Prácticas 4 & 5

Modelización Molecular
Objetivo:
Procedimiento:
Esta práctica se realiza utilizando el programa HyperChem 5.02 for Windows. Al principio nos
vamos a familiarizar con el programa, con los componentes y las herramientas del mismo. Vamos a
aprender a dibujar moléculas y realizar cálculos, aprender a rotar y mover las moléculas para
facilitar la visualización de esta, etc.
En esta práctica vamos a utilizar dos métodos de cálculo que son el Semi-empirical y Ab Initio.
Para dibujar una molécula, lo vamos a hacer seleccionando los átomos necesarios mediante la
opción Default Element del menu Build. Para cada molécula vamos a seleccionar la opción Start Log
para que se nos guarden los detalles de los cálculos realizados. Al finalizar los cálculos,
seleccionamos la opción Stop Log.

Cálculos y resultados
1.- Moléculas diatómicas. Enlaces simples, dobles y triples:

(a) Vamos a completar la siguente tabla: primero vamos a dibujar la molécula a estudiar y a
continuación vamos a realizar cálculos mediante 2 métodos: primero con el método semiempírico
AM1 y a continuación con el método ab-initio con la base Small (3-21G).
Una vez dibujada la molécula, se optimiza mediante la opción Geometry Optimization del menu
compute.
AM1

H2

N2

O2

F2

HF

0.677

1,106

1,248

1,427

0,826

1,171

-635,016
1,02·10-8

-9550,31
7,13·10-15

-14697,6
4,16·10-16

-22304,5
1,2·10-14

-11530,2
1,736

-10311,9
0,061

Ab initio
Small (3-21G)

H2

N2

O2

F2

HF

NO

CO

Re/A

0,735

1,082

1,242

1,402

0,937

1,201

1,129

-704,668
5,5·10-8

-67959,9
8·10-6

-93302,6
-124024
-5
6,36·10
1,83·10-6
Datos experimentales

-62412,2
2,174

-80635,375 -70339,61
0,332
0,397

Re/A
E/kcal∙mol
µ/debyes

E/kcal∙mol
µ/debyes
Re/A
µ/debyes

-1

-1

0,74144
0

1,2126
0

1,21563
0

1,41193
0

NO

0,9168
1,98

CO

1,1577
0,15

1,12832
0,122

la densidad de carga está distribuida por igual entre los dos átoms. Vamos a realizar cálculos con el método ab initio . va a cometer un error mayor al calcular la energía que el método ab initio. (b) 2. C2H6 (a) Nuevamente vamos a dibujar moléculas. pero esta vez moléculas poliatómicas sencillas. y luego con el método semiempirical AM1. Densidad de carga de:  F2:  HF: Observamos en en una molécula diatómica homonuclear. H2O. como el agua y CO2. en nuestro caso en el flúor. como en el ejercicio anterior.Moléculas poliatómicas: CO2.pero esta vez utilizando distintas bases. Como el método semiempírico utilizan un hamiltoniano más sencillo que el verdadero. En conclusión podemos decir que con el método ab initio obtenemos mejores resultados. en cambio en una molécula diatómica heteronuclear la densidad de carga se centra en el átomo más electronegativo.. Además observamos que los cálculos a través de ab initio se aproximan más a los datos experimentales que a través del métoso semiempírico. Vamos a ir optimizando la geometría y completaremos la siguente tabla: .Vemos en la tabla que la energía obtenida mediante el método Ab initio y el Semi-empirical difieren bastante.

5 -47705.967 0.156 1.03º 107.8 -47430.189 180 -17735 0.70º 105.188 1.943 100.21 Observamos que los datos obtenidos mediante el mismo método (aunque con distintas bases).961 0.143 1.989 0.50º 105.189 1.156 1.3 1.188 1.143 1.947 0.143 1.967 0.9 -47697. (b).989 0. .943 0.53 -8038.143 180º 180º 180º 180º -116 -117 -118 -118 0.947 0.CO2 Ab initio STO-3G 3-21G 6-31G* 6-31G** Semiempírico AM1 R1/ ̇ R2/ ̇ H2O θ/grados E/Kcal·mol-1 R1/ ̇ R2/ ̇ θ/grados E/Kcal·mol-1 1.961 103. los resultados son casi iguales. en cambio al comparar los datos obtenidos por distintos métodos.97º -47041. se observa mayor desviación.