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Enzima

Artculo destacado
Estructura de la triosafosfato isomerasa. Conformacin en forma de diagrama de cin
tas rodeado por el modelo de relleno de espacio de la protena. Esta protena es una
eficiente enzima involucrada en el proceso de transformacin de azcares en energa e
n las clulas.
Las enzimas1 2 son molculas de naturaleza proteica que catalizan reacciones qumica
s, siempre que sean termodinmicamente posibles: una enzima hace que una reaccin qum
ica que es energticamente posible (ver Energa libre de Gibbs), pero que transcurre
a una velocidad muy baja, sea cinticamente favorable, es decir, transcurra a may
or velocidad que sin la presencia de la enzima.3 4 En estas reacciones, las enzi
mas actan sobre unas molculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en m
olculas diferentes denominadas productos. Casi todos los procesos en las clulas ne
cesitan enzimas para que ocurran a unas tasas significativas. A las reacciones m
ediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimticas.
Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su ve
locidad crece solo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas presente
s en una clula determina el tipo de metabolismo que tiene esa clula. A su vez, est
a presencia depende de la regulacin de la expresin gnica correspondiente a la enzim
a.
Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan disminuyendo la energa de act
ivacin (?G ) de una reaccin, de forma que la presencia de la enzima acelera sustanci
almente la tasa de reaccin. Las enzimas no alteran el balance energtico de las rea
cciones en que intervienen, ni modifican, por lo tanto, el equilibrio de la reac
cin, pero consiguen acelerar el proceso incluso en escalas de millones de veces.
Una reaccin que se produce bajo el control de una enzima, o de un catalizador en
general, alcanza el equilibrio mucho ms deprisa que la correspondiente reaccin no
catalizada.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en la
s reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio qumico. Sin embargo, las enz
imas difieren de otros catalizadores por ser ms especficas. La gran diversidad de
enzimas existentes catalizan alrededor de 4000 reacciones bioqumicas distintas.5
No todos los catalizadores bioqumicos son protenas, pues algunas molculas de ARN so
n capaces de catalizar reacciones (como la subunidad 16S de los ribosomas en la
que reside la actividad peptidil transferasa).6 7 Tambin cabe nombrar unas molcula
s sintticas denominadas enzimas artificiales capaces de catalizar reacciones qumic
as como las enzimas clsicas.8
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras molculas. Los inhibidore
s enzimticos son molculas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas, mi
entras que los activadores son molculas que incrementan dicha actividad. Asimismo
, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad. Muchas dro
gas o frmacos son molculas inhibidoras. Igualmente, la actividad es afectada por l
a temperatura, el pH, la concentracin de la propia enzima y del sustrato, y otros
factores fsico-qumicos.
Muchas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la sntesis de antibitico
s o de productos domsticos de limpieza. Adems, son ampliamente utilizadas en diver
sos procesos industriales, como son la fabricacin de alimentos, destincin de vaque
ros o produccin de biocombustibles.
ndice
1 Etimologa e historia

2 Estructuras y mecanismos
2.1 Especificidad
2.1.1 Modelo de la "llave-cerradura"
2.1.2 Modelo del encaje inducido
2.2 Mecanismos
2.2.1 Estabilizacin del estado de transicin
2.2.2 Dinmica y funcin
2.3 Modulacin alostrica
3 Cofactores y coenzimas
3.1 Cofactores
3.2 Coenzimas
4 Termodinmica
5 Cintica
6 Inhibicin
7 Funcin biolgica
8 Control de la actividad
9 Implicaciones en enfermedades
10 Clasificacin y nomenclatura de enzimas
11 Aplicaciones industriales
12 Vase tambin
13 Referencias
14 Lecturas complementarias
15 Enlaces externos
Etimologa e historia
Eduard Buchner.
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoca la digestin de
la carne por las secreciones del estmago9 y la conversin del almidn en azcar por lo
s extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no haba sido identificado el mec
anismo subyacente.10 aunque la primera enzima fue descubierta por Anselme Payen
y Jean-Franois Persoz en 1833.11
En el siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentacin del azcar en el alcoho
l con levaduras, Louis Pasteur lleg a la conclusin de que esta fermentacin era cata
lizada por una fuerza vital contenida en las clulas de la levadura, llamadas ferm
entos, e inicialmente se pens que solo funcionaban con organismos vivos. Escribi q
ue "la fermentacin del alcohol es un acto relacionado con la vida y la organizacin
de las clulas de las levaduras, y no con la muerte y la putrefaccin de las clulas"
.12 Por el contrario, otros cientficos de la poca como Justus von Liebig, se mantu
vieron en la posicin que defenda el carcter puramente qumico de la reaccin de ferment
acin.
En 1878 el fisilogo Wilhelm Khne (1837-1900) acu el trmino enzima, que viene del grie
go e????? "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima fue usada
despus para referirse a sustancias inertes como la pepsina. Por otro lado, la pa
labra "fermento" sola referirse a la actividad qumica producida por organismos viv
ientes.
En 1897 Eduard Buchner comenz a estudiar la capacidad de los extractos de levadur
a para fermentar azcar a pesar de la ausencia de clulas vivientes de levadura. En
una serie de experimentos en la Universidad Humboldt de Berln, encontr que el azcar
era fermentado inclusive cuando no haba elementos vivos en los cultivos de clulas
de levaduras.13 Llam a la enzima que causa la fermentacin de la sacarosa, zimasa .14
En 1907 recibi el Premio Nobel de Qumica "por sus investigaciones bioqumicas y el
haber descubierto la fermentacin libre de clulas". Siguiendo el ejemplo de Buchner
, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reaccin que producen. Norm
almente, el sufijo "-asa" es agregado al nombre del sustrato (p. ej., la lactasa
es la enzima que degrada lactosa) o al tipo de reaccin (p. ej., la ADN polimeras
a forma polmeros de ADN).

Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una clula viva, el
prximo paso era determinar su naturaleza bioqumica. En muchos de los trabajos inic
iales se not que la actividad enzimtica estaba asociada con protenas, pero algunos
cientficos (como el premio Nobel Richard Willsttter) argumentaban que las protenas
eran simplemente el transporte para las verdaderas enzimas y que las protenas per
se no eran capaces de realizar catlisis. Sin embargo, en 1926, James B. Sumner d
emostr que la enzima ureasa era una protena pura y la cristaliz. Summer hizo lo mis
mo con la enzima catalasa en 1937. La conclusin de que las protenas puras podan ser
enzimas fue definitivamente probada por John Howard Northrop y Wendell Meredith
Stanley, quienes trabajaron con diversas enzimas digestivas como la pepsina (19
30), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres cientficos recibieron el Premio N
obel de Qumica en 1946.15
El descubrimiento de que las enzimas podan ser cristalizadas permita que sus estru
cturas fuesen resueltas mediante tcnicas de cristalografa y difraccin de rayos X. E
sto se llev a cabo en primer lugar con la lisozima, una enzima encontrada en las
lgrimas, la saliva y los huevos, capaces de digerir la pared de algunas bacterias
. La estructura fue resuelta por un grupo liderado por David Chilton Phillips y
publicada en 1965.16 Esta estructura de alta resolucin de las lisozimas, marc el c
omienzo en el campo de la biologa estructural y el esfuerzo por entender cmo las e
nzimas trabajan en el orden molecular.
Estructuras y mecanismos
Diagrama de cintas que representa la estructura de una anhidrasa carbnica de tipo
II. La esfera gris representa al cofactor zinc situado en el centro activo.
Las enzimas son generalmente protenas globulares que pueden presentar tamaos muy v
ariables, desde 62 aminocidos como en el caso del monmero de la 4-oxalocrotonato t
automerasa,17 hasta los 2500 presentes en la sintasa de cidos grasos.18
Las actividades de las enzimas vienen determinadas por su estructura tridimensio
nal, la cual viene a su vez determinada por la secuencia de aminocidos.19 Sin emb
argo, aunque la estructura determina la funcin, predecir una nueva actividad enzi
mtica basndose nicamente en la estructura de una protena es muy difcil, y un problema
an no resuelto.20
Casi todas las enzimas son mucho ms grandes que los sustratos sobre los que actan,
y solo una pequea parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 aminocidos) est directame
nte involucrada en la catlisis.21 La regin que contiene estos residuos encargados
de catalizar la reaccin es denominada centro activo. Las enzimas tambin pueden con
tener sitios con la capacidad de unir cofactores, necesarios a veces en el proce
so de catlisis, o de unir pequeas molculas, como los sustratos o productos (directo
s o indirectos) de la reaccin catalizada. Estas uniones de la enzima con sus prop
ios sustratos o productos pueden incrementar o disminuir la actividad enzimtica,
dando lugar as a una regulacin por retroalimentacin positiva o negativa, segn el cas
o.
Al igual que las dems protenas, las enzimas se componen de una cadena lineal de am
inocidos que se pliegan durante el proceso de traduccin para dar lugar a una estru
ctura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar actividad.
Cada secuencia de aminocidos es nica y por tanto da lugar a una estructura nica, c
on propiedades nicas. En ocasiones, protenas individuales pueden unirse a otras pr
otenas para formar complejos, en lo que se denomina estructura cuaternaria de las
protenas.
La mayora de las enzimas, al igual que el resto de las protenas, pueden ser desnat
uralizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor, los pH
s extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la estructu
ra terciaria de las protenas de forma reversible o irreversible, dependiendo de l
a enzima y de la condicin. Una consecuencia de la desnaturalizacin es la prdida o m

erma de la funcin, de la capacidad enzimtica.


Especificidad
Las enzimas suelen ser muy especficas tanto del tipo de reaccin que catalizan como
del sustrato involucrado en la reaccin. La forma, la carga y las caractersticas h
idroflicas/hidrofbicas de las enzimas y los sustratos son los responsables de dich
a especificidad. La constante de especificidad, es una medida de la eficiencia d
e una enzima, ya que la velocidad de la reaccin se encuentra directamente relacio
nada con la frecuencia con la que se encuentran las molculas de enzima y sustrato
. Las enzimas tambin pueden mostrar un elevado grado de estereoespecificidad, reg
ioselectividad y quimioselectividad.22
Algunas de estas enzimas que muestran una elevada especificidad y precisin en su
actividad son aquellas involucrados en la replicacin y expresin del genoma. Estas
enzimas tienen eficientes sistemas de comprobacin y correccin de errores, como en
el caso de la ADN polimerasa, que cataliza una reaccin de replicacin en un primer
paso, para comprobar posteriormente si el producto obtenido es el correcto.23 Es
te proceso, que tiene lugar en dos pasos, da como resultado una media de tasa de
error increblemente baja, en torno a 1 error cada 100 millones de reacciones en
determinadas polimerasas de mamferos.24 Este tipo de mecanismos de comprobacin tam
bin han sido observados en la ARN polimerasa,25 en la ARNt aminoacil sintetasa26
y en la actividad de seleccin de los aminoacil-tRNAs.27
Aquellas enzimas que producen metabolitos secundarios son denominadas promiscuas
, ya que pueden actuar sobre una gran variedad de sustratos. Por ello, se ha sug
erido que esta amplia especificidad de sustrato podra ser clave en la evolucin y d
iseo de nuevas rutas biosintticas.28
Modelo de la "llave-cerradura"
Las enzimas son muy especficas, como sugiri Emil Fischer en 1894. Con base a sus r
esultados dedujo que ambas molculas, la enzima y su sustrato, poseen complementar
iedad geomtrica, es decir, sus estructuras encajan exactamente una en la otra,29
por lo que este modelo ha sido denominado como modelo de la "llave-cerradura", r
efirindose a la enzima como a una especie de cerradura y al sustrato como a una l
lave que encaja de forma perfecta en dicha cerradura. Una llave solo funciona en
su cerradura y no en otras cerraduras. Sin embargo, si bien este modelo explica
la especificidad de las enzimas, falla al intentar explicar la estabilizacin del
estado de transicin que logran adquirir las enzimas.
Modelo del encaje inducido
Diagrama que esquematiza el modo de accin del modelo del encaje inducido.
En 1958, Daniel Koshland sugiere una modificacin al modelo de la llave-cerradura:
las enzimas son estructuras bastante flexibles y as el sitio activo podra cambiar
su conformacin estructural por la interaccin con el sustrato.30 Como resultado de
ello, la cadena aminoacdica que compone el sitio activo es moldeada en posicione
s precisas, lo que permite a la enzima llevar a cabo su funcin cataltica. En algun
os casos, como en las glicosidasas, el sustrato cambia ligeramente de forma para
entrar en el sitio activo.31 El sitio activo continua dicho cambio hasta que el
sustrato est completamente unido, momento en el cual queda determinada la forma
y la carga final.32
Mecanismos
Las enzimas pueden actuar de diversas formas, como se ver a continuacin, siempre d
ando lugar a una disminucin del valor de ?G :33
Reduccin de la energa de activacin mediante la creacin de un ambiente en el cual
el estado de transicin es estabilizado (por ejemplo, forzando la forma de un sus
trato: la enzima produce un cambio de conformacin del sustrato unido el cual pasa
a un estado de transicin, de modo que ve reducida la cantidad de energa que preci
sa para completar la transicin).

Reduciendo la energa del estado de transicin, sin afectar la forma del sustrat
o, mediante la creacin de un ambiente con una distribucin de carga ptima para que s
e genere dicho estado de transicin.
Proporcionando una ruta alternativa. Por ejemplo, reaccionando temporalmente
con el sustrato para formar un complejo intermedio enzima/sustrato (ES), que no
sera factible en ausencia de enzima.
Reduciendo la variacin de entropa necesaria para alcanzar el estado de transic
in (energa de activacin) de la reaccin mediante la accin de orientar correctamente lo
s sustratos, favoreciendo as que se produzca dicha reaccin.
Incrementando la velocidad de la enzima mediante un aumento de temperatura.
El incremento de temperatura facilita la accin de la enzima y permite que se incr
emente an ms su velocidad de reaccin. Sin embargo, si la temperatura se eleva demas
iado, la conformacin estructural de la enzima puede verse afectada, reduciendo as
su velocidad de reaccin, y solo recuperando su actividad ptima cuando la temperatu
ra se reduce. No obstante, algunas enzimas son termolbiles y trabajan mejor a baj
as temperaturas.
Cabe destacar que este efecto entrpico implica la desestabilizacin del estado basa
l,34 y su contribucin a la catlisis es relativamente pequea.35
Estabilizacin del estado de transicin
La comprensin del origen de la reduccin del valor de ?G en una reaccin enzimtica requ
iere elucidar previamente cmo las enzimas pueden estabilizar su estado de transic
in, ms que el estado de transicin de la reaccin. Aparentemente, la forma ms efectiva
para alcanzar la estabilizacin es la utilizacin de fuerzas electrostticas, concreta
mente, poseyendo un ambiente polar relativamente fijado que pueda orientarse hac
ia la distribucin de carga del estado de transicin. Ese tipo de ambientes no exist
en ni se generan en ausencia de enzimas.36
Dinmica y funcin
La dinmica interna de las enzimas est relacionada con sus mecanismos de catlisis.37
38 39 La dinmica interna se define como el movimiento de diferentes partes de la
estructura de la enzima, desde residuos individuales de aminocidos, hasta grupos
de aminocidos o incluso un dominio proteico entero. Estos movimientos se produce
n a diferentes escalas de tiempo que van desde femtosegundos hasta segundos. Cas
i cualquier residuo de la estructura de la enzima puede contribuir en el proceso
de catlisis por medio de movimientos dinmicos.40 41 42 43 Los movimientos de las
protenas son vitales en muchas enzimas. Dichos movimientos podrn ser ms o menos imp
ortantes segn si los cambios conformacionales se producen por vibraciones pequeas
y rpidas o grandes y lentas, y dicha importancia depender del tipo de reaccin que l
leve a cabo la enzima. Sin embargo, aunque estos movimientos son importantes en
el proceso de unin y liberacin de sustratos y productos, an no est claro si estos mo
vimientos ayudan a acelerar los pasos qumicos de las reacciones enzimticas.44 Esto
s nuevos avances tambin tienen implicaciones en la comprensin de los efectos alostr
icos y en el desarrollo de nuevos frmacos.
Modulacin alostrica
Transicin alostrica de una enzima entre los estados R y T, estabilizada por un ago
nista (A), un inhibidor (I) y un sustrato (S).
Los sitios alostricos son zonas de la enzima con capacidad de reconocer y unir de
terminadas molculas en la clula. Las uniones a las que dan lugar son dbiles y no co
valentes, y generan un cambio en la conformacin estructural de la enzima que repe
rcute en el sitio activo, afectando as a la velocidad de reaccin.45 Las interaccio
nes alostricas pueden tanto inhibir como activar enzimas, y son una forma muy comn
de controlar las enzimas en las clulas.46
Cofactores y coenzimas
Tiamina pirofosfato se muestra en un superficie globular opaco con un hoyuelo am
arrado abierto donde el submarino y cofacores demuestran como diagramas de palos
. y las estructuras qumicas por tiamina pirofosfato, cofactor en amarillo, y el s
ubmarino de Xilulosa-5-fosfato en negro.

Cofactores
Algunas enzimas no precisan ningn componente adicional para mostrar una total act
ividad. Sin embargo, otras enzimas requieren la unin de molculas no proteicas deno
minadas cofactores para poder ejercer su actividad.47 Los cofactores pueden ser
compuestos inorgnicos, como los iones metlicos y los complejos ferrosulfurosos, o
compuestos orgnicos, como la flavina o el grupo hemo. Los cofactores orgnicos pued
en ser a su vez grupos prostticos, que se unen fuertemente a la enzima, o coenzim
as, que son liberados del sitio activo de la enzima durante la reaccin. Las coenz
imas incluyen compuestos como el NADH, el NADPH y el adenosn trifosfato. Estas mo
lculas transfieren grupos funcionales entre enzimas.48
Un ejemplo de una enzima que contiene un cofactor es la anhidrasa carbnica, en la
cual el zinc (cofactor) se mantiene unido al sitio activo, tal y como se muestr
a en la figura anterior (situada al inicio de la seccin "Estructuras y mecanismos
").49 Estas molculas suelen encontrarse unidas al sitio activo y estn implicadas e
n la catlisis. Por ejemplo, la flavina y el grupo hemo suelen estar implicados en
reacciones redox.
Las enzimas que requieren un cofactor pero no lo tienen unido son denominadas ap
oenzimas o apoprotenas. Una apoenzima junto con cofactor(es) es denominada holoen
zima (que es la forma activa). La mayora de los cofactores no se unen covalenteme
nte a sus enzimas, pero s lo hacen fuertemente. Sin embargo, los grupos prostticos
pueden estar covalentemente unidos, como en el caso de la tiamina pirofosfato e
n la enzima piruvato deshidrogenasa. El trmino "holoenzima" tambin puede ser aplic
ado a aquellas enzimas que contienen mltiples subunidades, como en el caso de la
ADN polimerasa, donde la holoenzima es el complejo con todas las subunidades nec
esarias para llevar a cabo la actividad enzimtica.
Coenzimas
Modelo tridimensional de esferas de la coenzima NADH.
Las coenzimas son pequeas molculas orgnicas que transportan grupos qumicos de una en
zima a otra.50 Algunos de estos compuestos, como la riboflavina, la tiamina y el
cido flico son vitaminas (las cuales no pueden ser sintetizados en cantidad sufic
iente por el cuerpo humano y deben ser incorporados en la dieta). Los grupos qumi
cos intercambiados incluyen el ion hidruro (H-) transportado por NAD o NADP+, el
grupo fosfato transportado por el ATP, el grupo acetilo transportado por la coe
nzima A, los grupos formil, metenil o metil transportados por el cido flico y el g
rupo metil transportado por la S-Adenosil metionina.
Debido a que las coenzimas sufren una modificacin qumica como consecuencia de la a
ctividad enzimtica, es til considerar a las coenzimas como una clase especial de s
ustratos, o como segundos sustratos, que son comunes a muchas enzimas diferentes
. Por ejemplo, se conocen alrededor de 700 enzimas que utilizan la coenzima NADH
.51
Las coenzimas suelen estar continuamente regenerndose y sus concentraciones suele
n mantenerse a unos niveles fijos en el interior de la clula: por ejemplo, el NAD
PH es regenerado a travs de la ruta de las pentosas fosfato y la S-Adenosil metio
nina por medio de la metionina adenosiltransferasa. Esta regeneracin continua sig
nifica que incluso pequeas cantidades de coenzimas son utilizadas intensivamente.
Por ejemplo, el cuerpo humano gasta su propio peso en ATP cada da.52
Termodinmica
Grfica de las energas de las diferentes fases de una reaccin qumica. Los sustratos p
recisan mucha energa para alcanzar el estado de transicin, pero una vez alcanzado,
se transforman en productos. La enzima estabiliza el estado de transicin, reduci
endo la energa necesaria para formar los productos.
Al igual que sucede con todos los catalizadores, las enzimas no alteran el equil
ibrio qumico de la reaccin. Generalmente, en presencia de una enzima, la reaccin av

anza en la misma direccin en la que lo hara en ausencia de enzima, solo que ms rpido
. Sin embargo, en ausencia de enzima, podra producirse una reaccin espontnea que ge
nerase un producto diferente debido a que en esas condiciones, dicho producto di
ferente se forma ms rpidamente.
Adems, las enzimas pueden acoplar dos o ms reacciones, por lo que una reaccin termo
dinmicamente favorable puede ser utilizada para favorecer otra reaccin termodinmica
mente desfavorable. Por ejemplo, la hidrlisis de ATP suele ser utilizada para fav
orecer otras reacciones qumicas.53
Las enzimas catalizan reacciones qumicas tanto en un sentido como en el contrario
. Nunca alteran el equilibrio, sino nicamente la velocidad a la que es alcanzado.
Por ejemplo, la anhidrasa carbnica cataliza su reaccin en una u otra direccin depe
ndiendo de la concentracin de los reactantes, como se puede ver a continuacin:
C O 2 + H 2 O ? . H 2 C O 3 {\displaystyle \mathrm {CO_{2}+H_{2}O{\xrightarr
ow {.}}H_{2}CO_{3}} } {\displaystyle \mathrm {CO_{2}+H_{2}O{\xrightarrow {.}}H_{
2}CO_{3}} } (en tejidos; alta concentracin de CO2)
H 2 C O 3 ? C O 2 + H 2 O {\displaystyle \mathrm {H_{2}CO_{3}{\xrightarrow {
C}}O_{2}+H_{2}O} } {\displaystyle \mathrm {H_{2}CO_{3}{\xrightarrow {C}}O_{2}+H_
{2}O} } (en pulmones; baja concentracin de CO2)
Si el equilibrio se ve muy desplazado en un sentido de la reaccin, es decir, se c
onvierte en una reaccin muy exergnica, la reaccin se hace efectivamente irreversibl
e. Bajo estas condiciones, la enzima nicamente catalizar la reaccin en la direccin p
ermitida desde un punto de vista termodinmico.
Cintica
Artculo principal: Cintica enzimtica
Mecanismo para una reaccin catalizada por una enzima con un nico sustrato. La enzi
ma (E) une un sustrato (S) y genera un producto (P).
La cintica enzimtica es el estudio de cmo las enzimas se unen a sus sustratos y los
transforman en productos. Los datos de equilibrios utilizados en los estudios c
inticos son obtenidos mediante ensayos enzimticos.
En 1902, Victor Henri54 propuso una teora cuantitativa sobre la cintica enzimtica,
pero sus datos experimentales no fueron muy tiles debido a que la importancia de
la concentracin del ion de hidrgeno an no era considerada. Despus de que Peter Lauri
tz Srensen definiera la escala logartmica del pH e introdujera el concepto de "tam
pn" (buffer) en 1909,55 el qumico alemn Leonor Michaelis y su postdoctoral canadien
se Maud Leonora Menten repitieron los experimentos de Henri confirmando su ecuac
in, que actualmente es conocida como cintica de Henri-Michaelis-Menten (o simpleme
nte cintica de Michaelis-Menten).56 Su trabajo fue desarrollado ms en profundidad
por George Edward Briggs y J. B. S. Haldane, quienes obtuvieron las ecuaciones c
inticas que se encuentran tan ampliamente extendidas en la actualidad.57
La mayor contribucin de Henri fue la idea de dividir las reacciones enzimticas en
dos etapas. En la primera, el sustrato se une reversiblemente a la enzima, forma
ndo el complejo enzima-sustrato (tambin denominado complejo Michaelis). En la seg
unda, la enzima cataliza la reaccin y libera el producto.
Curva de saturacin de una reaccin enzimtica donde se muestra la relacin entre la con
centracin de sustrato y la velocidad de la reaccin.
Las enzimas pueden catalizar hasta varios millones de reacciones por segundo. Po
r ejemplo, la descarboxilacin no enzimtica de la orotidina 5'-monofosfato tiene un
a vida media de 78 millones de aos. Sin embargo, cuando la enzima orotidina 5'-fo
sfato descarboxilasa est presente en el medio, ese mismo proceso tarda apenas 25
milisegundos.58 Las velocidades de las enzimas dependen de las condiciones de la
solucin y de la concentracin de sustrato. Aquellas condiciones que desnaturalizan
una protena, como temperaturas elevadas, pHs extremos o altas concentraciones de

sal, dificultan o impiden la actividad enzimtica, mientras que elevadas concentr


aciones de sustrato tienden a incrementar la actividad. Para encontrar la mxima v
elocidad de una reaccin enzimtica, la concentracin de sustrato se incrementa hasta
que se obtiene una tasa constante de formacin de producto (vase la curva de satura
cin representada en la figura de la derecha). La saturacin ocurre porque, cuando l
a concentracin de sustrato aumenta, disminuye la concentracin de enzima libre, que
se convierte en la forma con sustrato unido (ES). A la mxima velocidad (Vmax) de
la enzima, todos los sitios activos de dicha enzima tienen sustrato unido, y la
cantidad de complejos ES es igual a la cantidad total de enzima. Sin embargo, V
max es solo una de las constantes cinticas de la enzima. La cantidad de sustrato
necesario para obtener una determinada velocidad de reaccin tambin es importante.
Este parmetro viene dado por la constante de Michaelis-Menten (Km), que viene a s
er la concentracin de sustrato necesaria para que una enzima alcance la mitad de
su velocidad mxima. Cada enzima tiene un valor de Km caracterstico para un determi
nado sustrato, el cual puede decirnos cmo de afn es la unin entre el sustrato y la
enzima. Otra constante til es kcat, que es el nmero de molculas de sustrato procesa
das por cada sitio activo por segundo.
La eficiencia de una enzima puede ser expresada en trminos de kcat/Km, en lo que
se denomina constante de especificidad, que incorpora la constante de velocidad
de todas las fases de la reaccin. Debido a que la constante de especificidad cont
empla tanto la afinidad como la capacidad cataltica, es un parmetro muy til para co
mparar diferentes enzimas o la misma enzima con diferentes sustratos. El valor mx
imo terico de la constante de especificidad es denominado lmite de difusin tiene un
valor de 108-109 (M-1 s-1). Llegados a este punto, cada colisin de la enzima con
su sustrato da lugar a la catlisis, con lo que la velocidad de formacin de produc
to no se ve limitada por la velocidad de reaccin, sino por la velocidad de difusin
. Las enzimas que poseen esta propiedad son llamadas enzimas catalticamente perfe
ctas o cinticamente perfectas. Ejemplos de este tipo de enzimas son la triosa fos
fato isomerasa, la anhidrasa carbnica, la acetilcolinesterasa, la catalasa, la fu
marasa, la beta-lactamasa y la superxido dismutasa.
La cintica de Michaelis-Menten depende de la ley de accin de masas, que se deriva
partiendo de los supuestos de difusin libre y colisin al azar. Sin embargo, muchos
procesos bioqumicos o celulares se desvan significativamente de estas condiciones
, a causa de fenmenos como el crowding macromolecular, la separacin de etapas entr
e enzima-sustrato-producto, o los movimientos moleculares uni- o bidimensionales
.59 No obstante, en estas situaciones se puede aplicar una cintica de Michaelis-M
enten fractal.60 61 62 63
Algunas enzimas presentan una cintica ms rpida que la velocidad de difusin, lo que e
n principio parecera ser imposible. Se han propuesto diversos mecanismos para tra
tar de explicar este fenmeno. Uno de los modelos propone que algunas protenas podra
n tener la capacidad de acelerar la catlisis secuestrando el sustrato y orientndol
o mediante campos elctricos dipolares. Otro modelo propone un mecanismo de efecto
tnel cuntico, donde un protn o un electrn pueden formar un tnel a travs de barreras d
e activacin, aunque existe cierta controversia en cuanto al efecto tnel que pueda
generar un protn.64 65 El efecto tnel mediado por protones ha sido observado en tr
iptamina.66 Esto sugiere que la catlisis enzimtica podra ser definida ms exactamente
como una "barrera", en lugar de como hace el modelo tradicional, donde el sustr
ato requiere a la enzima para alcanzar una barrera energtica ms baja.
Inhibicin
Artculo principal: Inhibidor enzimtico
Los inhibidores competitivos se unen reversiblemente al enzima, evitando la unin
del sustrato. Por otro lado, la unin del sustrato evita la unin del inhibidor. As p
ues, sustrato e inhibidor compiten por la enzima.
Tipos de inhibicin segn la clasificacin introducida por W. W. Cleland.67
Los inhibidores son molculas que regulan la actividad enzimtica, inhibiendo su act
ividad. A grandes rasgos, pueden clasificarse en reversibles e irreversibles. La

s irreversibles se unen covalentemente a la enzima sin posibilidad de revertir l


a modificacin, siendo tiles en farmacologa. Algunos de los frmacos que actan de este
modo son la eflornitina, utilizada para tratar la tripanosomiasis africana,68 la
penicilina y la aspirina.
Las reversibles se unen de forma reversible a la enzima, pudiendo clasificarse a
su vez, segn la forma en que intervienen en la reaccin, en competitivas, acompeti
tivas y mixtas. Habitualmente, por su amplia presencia en multitud de procesos,
se habla tambin de inhibicin no competitiva, que en realidad no es ms que una varia
nte de la ya mencionada inhibicin mixta. Sin embargo, por sus caractersticas se su
ele presentar como opuesta a la competitiva, con la que es comparada frecuenteme
nte.
En la inhibicin competitiva, el sustrato y el inhibidor no se pueden unir a l
a misma enzima al mismo tiempo, como se muestra en la figura de la derecha.69 Es
to generalmente ocurre cuando el inhibidor tiene afinidad por el sitio activo de
una enzima en el cual tambin se une el sustrato; el sustrato y el inhibidor comp
iten para el acceso al sitio activo de la enzima. Por ejemplo, el metotrexato es
un inhibidor competitivo de la enzima dihidrofolato reductasa, que cataliza la
reduccin de dihidrofolato a tetrahidrofolato. La similitud entre las estructuras
del cido flico y el metotrexato permite que se establezca una inhibicin de tipo com
petitivo. Este tipo de inhibicin se puede superar con concentraciones suficientem
ente altas del sustrato, es decir, dejando fuera de competicin al inhibidor. En l
a inhibicin competitiva la velocidad mxima de la reaccin no vara, pero se necesitan
concentraciones ms elevadas de sustrato para alcanzar una determinada velocidad,
incrementndose as la Km aparente.
En la inhibicin acompetitiva el inhibidor no puede unirse a la enzima libre,
sino nicamente al complejo enzima-sustrato (ES). Una vez formado el complejo con
el inhibidor (EIS) la enzima queda inactiva. Este tipo de inhibicin es poco comn,
pero puede darse en enzimas multimticas.
La inhibicin no competitiva es una forma de inhibicin mixta donde la unin del i
nhibidor con la enzima reduce su actividad pero no afecta la unin con el sustrato
. Como resultado, el grado de inhibicin depende solamente de la concentracin de in
hibidor, independientemente de la concentracin de sustrato, con lo que vara el val
or de la Vmax aparente. Sin embargo, como el sustrato an puede unirse a la enzima
, el valor de Km no vara.
En la inhibicin mixta, el inhibidor se puede unir a la enzima al mismo tiempo
que el sustrato. Sin embargo, la unin del inhibidor afecta la unin del sustrato,
y viceversa. Este tipo de inhibicin se puede reducir, pero no superar al aumentar
las concentraciones del sustrato. Aunque es posible que los inhibidores de tipo
mixto se unan en el sitio activo, este tipo de inhibicin resulta generalmente de
un efecto alostrico donde el inhibidor se une a otro sitio que no es el sitio ac
tivo de la enzima. La unin del inhibidor con el sitio alostrico cambia la conforma
cin (es decir, la estructura terciaria) de la enzima de modo que la afinidad del
sustrato por el sitio activo se reduce.
La coenzima cido flico (izquierda) y el frmaco anti-cancergeno metotrexato (derecha)
son muy similares en estructura. Como resultado, el metotrexato es un inhibidor
competitivo de muchas enzimas que utilizan folato.
En muchos organismos, los inhibidores pueden actuar como parte de un mecanismo d
e realimentacin. Si una enzima produce una sustancia en demasiada cantidad en el
organismo, esta misma sustancia podra actuar como un inhibidor de la enzima al in
icio de la ruta que lo produce, deteniendo as dicha produccin cuando haya una cant
idad suficiente de la sustancia en cuestin. Este sera una forma de realimentacin ne
gativa. Las enzimas que se encuentran sujetas a este tipo de regulacin suelen ser
multimricas y poseer sitios alostricos donde se unen sustancias reguladoras. Las
grficas que representan la velocidad de la reaccin frente a la concentracin de sust
rato de estas enzimas no son hiprboles, sino sigmoidales (forma de S).

Usos de los inhibidores


Debido a que los inhibidores modulan la funcin de las enzimas, suelen ser utiliza
dos como frmacos. Un tpico ejemplo de un inhibidor que es utilizado como frmaco es
la aspirina, la cual inhibe las enzimas COX-1 y COX-2 implicadas en la sntesis de
un intermediario inflamatorio, las prostaglandinas, con lo que suprime as los ef
ectos derivados, el dolor y la inflamacin. Sin embargo, otros inhibidores enzimtic
os actan como venenos. Por ejemplo, el cianuro es un inhibidor irreversible que s
e une a los tomos de hierro y cobre en el sitio activo de la citocromo c oxidasa
de clulas animales (las plantas son resistentes al cianuro), bloqueando as la resp
iracin celular.70