You are on page 1of 14

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.

QXP4

10/9/09

14:58

Page 22

La evolucin de
MOLCULAS y de
sistemas BIOLGICOS
Amanda Castillo Cobin, Agustino Martnez-Antonio y Alexander de Luna Fors

En ltima instancia la evolucin supone cambios en la estructura


gentica de las poblaciones. Estos cambios, incluso si son seleccionados por sus efectos en el organismo completo, son en principio arbitrarios y dependen de la naturaleza qumica del material gentico.

Introduccin

a idea central derivada de la teora evolutiva propuesta por Darwin, acerca


de la evolucin de las especies, seala que todos los organismos poseen un
ancestro en comn y que han evolucionado de ste a partir de modificaciones subsecuentes. Adems, el concepto implica que el mecanismo principal
por el que la evolucin acta es la seleccin natural de las variaciones hereditarias.
Es decir, Darwin plantea que la seleccin natural es la responsable directa de la
evolucin y la adaptacin de los organismos a su medio ambiente. A partir de estas
ideas se generaron dos campos de estudio dentro de la biologa: el estudio de la historia evolutiva de los organismos (filogenia) y la elucidacin de las fuerzas evolutivas que moldean la biodiversidad, mediante las adaptaciones que producen.
La seleccin natural en un sentido amplio se refiere a que algunos individuos
en una poblacin presentan una mayor adaptacin a un ambiente dado y, por
tanto, dejan un mayor nmero de descendientes que otros individuos de la misma
poblacin en las mismas condiciones. Es decir, esta ventaja adaptativa constituye
un diferencial entre supervivencia y reproduccin de algunos genotipos sobre
otros (genotipo: se refiere a un grupo de organismos que comparten la misma
informacin gentica).
Los bilogos evolutivos distinguen en la actualidad dos tipos de seleccin natural: 1) la seleccin purificadora o negativa, que acta eliminando cambios o mutan-

22 ciencia

octubre-diciembre 2009

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 23

Darwin plantea que la seleccin natural es la


responsable directa de la evolucin y la adaptacin
de los organismos a su medio ambiente

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 24

Evolucin

tes, y 2) la seleccin positiva, del tipo darwiniano, que favorece la fijacin de cambios en
los genomas. A su vez, la seleccin positiva
puede considerarse de dos tipos: la direccional,
que promueve la fijacin de un alelo ventajoso
(un gen en una poblacin); y la balanceadora,
que tiende a incrementar el polimorfismo
(variacin dentro de un mismo gen); es esta
ltima la que ms se acerca a lo que Darwin se
refiri como la seleccin natural.

Nacimiento del estudio de la


evolucin molecular
Se considera que la evolucin molecular
nace a partir del trabajo de Zuckerkandl
y Pauling en 1965, donde subrayan la importancia de la secuencia de aminocidos de
las protenas como documentos histricos. Ms
an, estos autores proponen que el cambio en
la secuencia es proporcional al tiempo transcurrido entre especies, lo que deriv en la propuesta del reloj molecular. Sin embargo, la
idea de la evolucin molecular se puede rastrear an ms atrs en el tiempo, a partir de los
estudios de G. H. F. Nuttall en 1904, quien trabaj con protenas de la sangre y sus reacciones

24 ciencia

octubre-diciembre 2009

inmunolgicas, proponiendo por primera vez que las comparaciones de estas reacciones nos pueden indicar las relaciones
filogenticas entre los primates y otros grupos de animales. Las
implicaciones de estas ideas fueron el eje central que rige el
estudio de la evolucin molecular hasta nuestros das. La primera premisa es que podemos estudiar las relaciones filogenticas entre biomolculas de la misma forma que estudiamos
relaciones entre especies; es decir, que la historia evolutiva de
las protenas o el ADN nos puede reflejar la historia de las especies. La segunda premisa es la existencia de un reloj molecular;
es decir, que los cambios fijados en las protenas y en el ADN
pulsan de manera constante y nos dan un registro directo del
tiempo transcurrido. Estas ideas sentaron las bases tericas para
el estudio de la evolucin a nivel molecular y han tenido
impacto en todas sus ramas, desde la propuesta de los modelos
de sustitucin en protenas y ADN, hasta los estudios de fechacin molecular.
Sin embargo, para lograr comprender el papel de la evolucin molecular dentro del desarrollo de la biologa evolutiva
moderna es necesario estudiarla en el contexto de la denominada gran sntesis evolutiva ocurrida entre los aos 30s y 50s,
y que involucr el trabajo de las mentes ms brillantes de su
tiempo. La sntesis evolutiva intenta hacer una incorporacin
de las ideas darwinistas y la gentica mendeliana que result en
el surgimiento de la gentica de poblaciones. Los tres principales arquitectos de esta sntesis fueron Sewall G. Wright, Ronald
A. Fisher y J. B. S. Haldane, quienes modelaron la distribucin
de las frecuencias allicas en las poblaciones como resultado de
la interaccin de las fuerzas evolutivas, tales como la seleccin,
la mutacin, la migracin y la deriva gnica. La sntesis evolutiva es central en biologa ya que nos da un marco terico de
referencia sobre el cual analizar los procesos evolutivos de una
manera formal en la biologa evolutiva moderna.
A partir de esta poca comenz una acumulacin de trabajos en gentica de poblaciones que mostraron que exista una
gran variacin gentica en los genes y las protenas, misma que
no poda ser justificada del todo por efectos de la seleccin
natural. Se inici as un debate acerca de la naturaleza del polimorfismo molecular y sobre si la evolucin actuaba de la misma
forma a nivel organismo y molcula. Los neo-darwinistas consideraban que el tamao de las poblaciones era grande (infinito para sus modelos estadsticos) y tomaban como modelo de
seleccin, por ejemplo, caracteres con importancia agronmica, sin parecerles importante la mutacin como generadora de
adaptaciones. Este tipo de discusiones hicieron que los debates

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 25

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

giraran en cmo buscar evidencia de la seleccin tipo darwiniana en las poblaciones biolgicas.
Es durante el perodo de la sntesis evolutiva que Haldane
calcula lo que denomina el costo de la seleccin natural, que se
refiere al lmite de substituciones que un mamfero puede poseer en un gen como resultado nico de la seleccin natural. El
clculo result en aproximadamente una substitucin gnica
cada 300 generaciones o cada 1 200 aos, si el tiempo generacional promedio de un mamfero es de 4 aos. Haldane desarrolla,
a su vez, el concepto de carga gentica, que hace posible el
clculo del nmero de variantes allicas que pueden existir en
una poblacin natural, y cmo el mantenimiento de esta variacin por seleccin hara que la carga de las mutaciones deletreas fuese muy grande al pasar el tiempo, tanto que no podra
sostener a la poblacin y terminara por extinguirse. Estas
ideas, en conjunto con la acumulacin de evidencia emprica
del polimorfismo en protenas y ADN, comenzaron a generar
polmica sobre la participacin de la seleccin en el mantenimiento del polimorfismo molecular, lo que culmin con la propuesta alternativa de la teora neutra.

Teora neutra
La propuesta de la teora neutra fue desarrollada por Kimura (1968) en conjunto con King y Jukes (1969). Usando
las hemoglobinas de los mamferos como punto de partida,
donde el nmero promedio de sustituciones nucleotdicas, al
ao por genoma, es de 4 109, calcularon que existe, en promedio, una substitucin cada dos aos. Si esto fuese cierto sera
una tasa de cambio altsima, muy superior al lmite propuesto
por Haldane, para ser justificado nicamente por la seleccin
natural darwiniana. Por esta razn Kimura propone que la mayora de estas sustituciones son neutras, o casi neutras, a la seleccin natural. De acuerdo a la teora neutra, la mayor parte
de la variacin observada a nivel molecular no es mantenida
por la seleccin natural de tipo darwiniano, sino que es resultado de un balance entre la deriva gnica (azar) y las mutaciones neutras o casi neutras. Es decir, que la mayor parte de la
variacin a nivel molecular ocurre de manera aleatoria y no
tiene importancia adaptativa. Otra de las predicciones de la
teora neutra es que las mutaciones no se produciran de manera uniforme en todas las protenas o al interior de las mismas.
Es decir, protenas que participasen en funciones esenciales
seran ms restringidas al cambio y sus tasas de cambio seran
mucho menores que las protenas que no tuviesen tanta res-

De acuerdo a la teora neutra,


la mayor parte de la variacin
observada a nivel molecular no
es mantenida por la seleccin
natural de tipo darwiniano,
sino que es resultado de un
balance entre la deriva gnica
(azar) y las mutaciones neutras
o casi neutras

triccin funcional. De igual manera, dentro de


las protenas encontraramos regiones que tendran mayor restriccin funcional; por ejemplo, los sitios activos comparados con el resto
de la protena.
Sin embargo, la relacin entre la diversidad gentica con el tamao efectivo poblacional por tasa de mutacin ( = 4Ne, donde
= diversidad gentica, Ne = tamao efectivo
poblacional, = tasa de mutacin), es lo que
hace a la teora neutra tan central a la biologa evolutiva moderna. En especies que posean tamaos efectivos poblacionales pequeos,
las mutaciones deletreas se ven incrementadas
por causa de la deriva gnica; de alguna forma
podramos interpretar a la deriva gnica como
el error de muestreo, en donde en poblaciones
muy grandes es poco evidente pero en poblaciones pequeas se vuelve relevante.
Conforme comenz a acumularse informacin a nivel de ADN, Kimura seal que, de
acuerdo a la teora neutra, se esperara que en
las secuencias codificantes el nmero de sustituciones sinnimas fuese mayor que el de las
sustituciones no sinnimas ya que estas ltimas al producir un cambio podran tener un
efecto deletreo en la funcin de la protena y
seran fcilmente eliminadas por la seleccin

octubre-diciembre 2009

ciencia

25

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 26

Evolucin

purificadora, mientras que las sustituciones sinnimas permaneceran neutras a la seleccin.

Adaptacin a nivel molecular


En la actualidad, la mayora de los trabajos
que intentan estudiar la adaptacin a
nivel molecular lo hacen evaluando los
cambios sinnimos (dS) y no sinnimos (dN)
a nivel codones (tripletes de bases que codifican para un aminocido) bajo los supuestos de
neutralidad o seleccin positiva (darwiniana)
como hiptesis nulas. La relacin ms utilizada es el cociente de las tasas de sustitucin no
sinnimas sobre las sinnimas dN/dS. Este cociente nos indica la relacin entre ambas tasas
y supone un punto de partida para la evaluacin estadstica de los supuestos neutros o selectivos. Si su valor es mayor a 1 suponemos
que la seleccin es positiva; si este valor es
igual a 1, entonces ambas tasas son similares y
nos encontramos bajo el modelo neutro; si el
valor es menor de 1 suponemos que la seleccin es purificadora. Esta relacin sencilla ha

Adaptacin molecular

1a

2a

3a

A T G
dS
dN

dN

dS
dN

Figura 1. En la actualidad la adaptacin a nivel molecular se estudia con base en las tasas de sustitucin (sinnimas y no sinnimas) a nivel de nucletidos, usando al
codn como unidad evolutiva.

26 ciencia

octubre-diciembre 2009

tenido un impacto muy grande en los trabajos de deteccin de


seleccin positiva, neutra o purificadora a nivel molecular.
Adems, trajo consigo la aparicin de nuevas metodologas de
estudio como fue el desarrollo de los modelos de sustitucin
de los codones como unidad mnima evolutiva y funcional dentro de las protenas. En cada codn, que corresponde a un tipo
de aminocido, se encuentran tres posiciones denominadas primera, segunda y tercera, correspondientes a las tres bases nucleotdicas que lo integran. Cada una de estas posiciones se ve
afectada de manera diferencial por la mutacin y la seleccin.
De acuerdo al cdigo gentico, si un cambio es introducido en
la primera posicin en su mayora ser un cambio sinnimo y
un porcentaje bajo sera no sinnimo; es decir, se mantendra
codificando para el mismo aminocido, mientras que todos los
cambios introducidos en la segunda posicin corresponden a
un cambio no sinnimo (que cambia el tipo de aminocido).
Sin embargo, si un cambio se introduce en la tercera posicin,
en su mayora corresponder a un cambio sinnimo (neutro;
codn sealando las tres posiciones [Figura 1]). Por lo tanto, a
nivel molecular el segundo nucletido en el codn es el que
nos brinda la posibilidad de evaluar si un cambio podra ser
adaptativo y si estar sujeto a la seleccin natural. Es entonces,
que tenemos la posibilidad de evaluar el genotipo y fenotipo al
mismo tiempo, donde el genotipo corresponde a la secuencia
de ADN y el fenotipo a la protena, usando como base funcional a los codones. Estos procesos son muy difciles de evaluar a
nivel morfolgico en un organismo ya que los cambios morfolgicos implican la participacin de muchos factores como son
los genes, las interacciones de sus productos y el medio ambiente. De esta manera es mucho ms fcil evaluar la huella de la
adaptacin a nivel molecular que a nivel morfolgico. Como
resultado, esta metodologa nos ha brindado un primer puente
entre los procesos macro y microevolutivos. Pero en realidad,
qu se sabe en la actualidad acerca de la evolucin molecular
a nivel del gen y del genoma?
El ejemplo clsico de adaptacin a nivel molecular es el que
involucra al complejo mayor de histocompatibilidad. Este complejo est formado por una familia multignica (comprende
varios genes) que participan en la generacin de la respuesta
inmune en los vertebrados. Existen dos clases: Clase I, que presentan antgenos a las clulas T citotxicas o CD8; Clase II,
que presentan antgenos a las clulas T (ayudadoras) o CD4.
Mediante experimentos de transplantes en ratones fue descubierta una gran cantidad de variacin en los genes de la
Clase I. Sin embargo, la naturaleza del polimorfismo era total-

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 27

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

mente desconocida. Posteriormente fue descubierto que las


protenas de estos genes presentaban antgenos a las clulas T
citotxicas, activndolas para que stas a su vez combatan a las
clulas infectadas con patgenos intracelulares. Estas protenas
interactan directamente con antgenos del patgeno para
desencadenar el ataque de la respuesta inmune, lo que resulta
en un proceso de co-evolucin con el patgeno.
Este hallazgo sentaba las bases biolgicas para la
comprensin del proceso por el cual se mantiene
y promueve la diversidad gentica de estas protenas. A continuacin se cristaliz la estructura del
complejo de clase I y se revel el sitio exacto de
unin del antgeno con el pptido del complejo.
Esto brind una forma de probar que en esta
regin el polimorfismo es mantenido por seleccin positiva balanceadora, puesto que se observ
un incremento en el cociente dN/dS, en comparacin con el resto de la protena. Este estudio es
considerado el primer ejemplo indiscutible y clsico de adaptacin a nivel molecular.
A partir de este trabajo, y con la acumulacin
de grandes bases de datos de secuencias de genes
y del desarrollo de nuevos mtodos estadsticos de
anlisis como aquellos basados en mxima verosimilitud, comenz el estudio masivo de la adaptacin a nivel molecular. Esto bajo la premisa de
encontrar seales de seleccin positiva darwiniana a nivel molecular y extrapolarlas a la bsqueda
de la funcin, o los sitios de importancia dentro de
las protenas, de manera experimental. Sin embargo, hasta ahora son pocos los genes donde se ha
detectado la participacin significativa de la seleccin positiva de manera clara (Tabla 1). La
generalidad es que estos genes pertenecen a familias gnicas con funciones definidas, tales como
el sistema inmune, involucrados en reproduccin
y apoptosis o muerte celular. La mayora de los
ejemplos corresponden a eucariontes (animales, hongos, plantas y protistas), mientras que existen pocos ejemplos descritos
en procariontes (bacterias). Entre estos ltimos destacan las
colicinas, que seran el equivalente molecular del sistema inmune en bacterias, y una subunidad de las ATPasas que se ve
involucrada en transporte y sntesis de ATP. Sin embargo,
recientemente se ha visto que el nmero de genes que han
pasado por seleccin positiva es grande en bacterias; en el caso

octubre-diciembre 2009

ciencia

27

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 28

Evolucin

Tabla 1. Genes involucrados en actividades celulares de varias


clases que se encuentran bajo seleccin positiva segn diferentes
mtodos moleculares.

Gen

Organismo

Genes que participan en la respuesta inmune


Quitinasas clase I
Colicanas
Defensinas
Inmunoglobulinas V H
Genes del Complejo Mayor de Histocompatibilidad
Inhibidor de la poligalacturonasa
Genes de grupo sanguneo RH (RH50)
Ribonucleasas
Gen de la transferrina
Interferon-w tipo I
Inhibidor de la proteinasa a-1

Arabis y Arabidopsis
Escherichia coli
Roedores
Mamferos
Mamferos
Dicotiledneas y legumbres
Primates y roedores
Primates
Salmones
Mamferos
Roedores

Genes involucrados en la evasin de la respuesta a sistema inmune


Gen de la cpside

Virus de la fiebre aftosa

Genes CSP , TRAP , MSA -2 y PF 83

Plasmodium falciparum
Virus de la hepatitis D
Virus HIV
Virus de la pseudorabia
Shigella
Plasmodium falciparum
Chlamydia
Neisseria gonhorreae y N. meningitidis
Coronavirus del ratn
Reovirus
Yersinia

Regin codificadora del antgeno delta


Gen de la envoltura de la cpside
Glicoprotena gH
Genes del antgeno de la invasin del plsmido
Antgeno-1 de la superficie del merozoito (MSA-1)
Protena de la membrana externa
Porina 1 (porB)
Glicoprotenas S y HE
Sigma 1
Gen determinante de la virulencia
Genes involucrados en la reproduccin
Protena involucrada en la fertilizacin 18 kDa
Gen Acp26Aa
Protena que une al andrgeno
Hormona de puesta de huevos
Gen de caja hometica Ods
Gen de caja hometica Pem
Protamina P1
Lisina del esperma
RNAsa S
Gen de la diferenciacin testicular Sry

Haliotis (Abuln)
Drosophila
Roedores
Aplysia californica
Drosophila
Roedores
Primates
Haliotis
Rosaceae
Primates

Genes involucrados en la digestin


Casena K

Bovinos

Lisozima

Primates

Toxinas
Conotoxina

Gastrpodo Conos

Fosfolipasa A 2

Serpientes crotalinas

Genes relacionados al transporte de electrones y sntesis de ATP


Subunidad F 0 de la ATP sintetasa
Isoforma COX 7A
COX 4

28 ciencia

octubre-diciembre 2009

E. coli
Primates
Primates

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 29

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

Tabla 1. Continuacin.

Gen

Organismo

Citoquinas
SF de Granulocito-macrfago

Roedores

Interleucina-3

Primates

Interleucina-4

Primates

Miscelneos
CDC6

Hormona de crecimiento
Cadena b de la hemoglobina
Gen Jingwei
Pptido C3 de la prostatena

de Escherichia coli alrededor de 56% de las substituciones de


aminocidos parecen haber sido fijadas por seleccin positiva.
Por otra parte, a partir de la comparacin de miles de genes
de mamferos se ha estimado que el promedio del cociente
dN/dS en este grupo se encuentra en el intervalo de 0.10 a 0.25.
Esto significa que aproximadamente 75-90% de las sustituciones no sinnimas son eliminadas por la seleccin purificadora.
En el caso de la poblacin humana la cifra es del 75%. La comparacin de los linajes del humano y del ratn comn arroja
un promedio de dN/dS de 0.115, mientras que entre humanos
y chimpancs es de 0.23. Por otra parte, utilizando informacin
derivada de 5 286 genes compartidos entre 5 genomas completos de mamferos, el promedio del cociente dN/dS fue mayor en
los linajes que llevan a los humanos (0.169) y chimpancs
(0.175), intermedio en los macacos (0.124) y perros (0.128), y
ms bajo en los roedores (0.104). Estos resultados sealan la
existencia de diferencias significativas en el cociente dN/dS a
lo largo de los distintos linajes de mamferos. Lo que se puede
concluir a partir de estos resultados es que en los linajes que
poseen tamaos poblacionales efectivos ms pequeos (como
los primates) el cociente dN/dS ser mayor que en los linajes
cuyos tamaos poblacionales son mayores (como los roedores).
En resumen, lo que estos trabajos demuestran es que al parecer
la seleccin natural positiva darwiniana no es la principal fuerza evolutiva dentro de la evolucin a nivel molecular en las
regiones codificantes de los genomas.

La seleccin a nivel genmico


La genmica comparativa nos permite estudiar la participacin de la seleccin natural a gran escala, a nivel de genomas. Con la llegada de la era de la genmica, la acumu-

Saccharomyces cerevisiae
Vertebrados
Peces antrticos
Drosophila
Rata

lacin en las bases de datos de secuencias y de


genomas completos ha sido exponencial. Esto
ha representado un nuevo reto para el desarrollo de herramientas y metodologas con la
capacidad de anlisis suficiente para el estudio de cientos de genomas con millones de
pares de bases nucleotdicas. En seguida presentamos algunos ejemplos de organismos
emblemticos de estudio que muestran lo que
se sabe acerca de la participacin de la seleccin natural a nivel genoma, cosa que era
impensable de alcanzar hace unos 20 aos.
El anlisis de doce genomas completos de
especies pertenecientes al gnero Drosophila
(mosca de la fruta) arroj como resultado la
propuesta de que al menos 33.1% de sus genes
compartidos han experimentado algn episodio de seleccin positiva, dentro de los cuales
se destacan los genes que participan en interacciones con el medio ambiente, los sexuales
y los involucrados en la reproduccin. En el
caso de los grandes primates u homnidos
(incluyendo al humano) el patrn selectivo
no parece ser el mismo que el observado para
la mosca de la fruta. El porcentaje de genes
que han pasado por algn evento de adaptacin a nivel molecular es muy bajo; varios trabajos calculan que se encuentra en el rango de
0.08% hasta el 6%. Tomando en cuenta que
el ser humano posee aproximadamente 30 000
genes (se han calculado de 26 000 a 35 000)
esto equivaldra slo de 300 a 1 800 genes

octubre-diciembre 2009

ciencia

29

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 30

Evolucin

La duplicacin gentica
ocurre en un individuo y
puede fijarse o perderse en
la poblacin, de manera muy
similar a lo que ocurre con
las mutaciones puntuales

30 ciencia

octubre-diciembre 2009

aproximadamente. Ello mostrara que la


seleccin positiva darwiniana no ha jugado
un papel relevante en la evolucin de los
primates, lo contrario a lo observado en la
mosca de la fruta.
En el caso de la planta Arabidopsis se ha
encontrado tambin muy poca evidencia de
seleccin positiva. Se ha descrito que en un estudio realizado en 304 genes, alrededor del 5%
mostraron alguna seal de seleccin positiva, lo
que es un porcentaje muy bajo; aunque si consideramos que se trata de una especie altamente endogmica sera razonable, ya que se encontrara muy
castigada por la seleccin purificadora.
A partir del clculo de la proporcin de sustituciones potencialmente adaptativas se puede calcular lo que se denomina la tasa genmica de adaptacin a nivel molecular. Por ejemplo, en el caso de
Drosophila, si se ha propuesto que aproximadamente
el 45% de substituciones son del tipo adaptativo, se ha calculado que se fija una substitucin cada 45 aos o 450 generaciones, lo que sera alrededor de 22 000 substituciones de
aminocidos por milln de aos. Pero, qu efecto global, en el
organismo, tienen estas sustituciones, si pensamos en las distintas especies de la mosca de la fruta que son casi idnticas a
nivel morfolgico, a pesar de las diferencias adaptativas a nivel
molecular? Esta cuestin ha generado muchos debates acerca
de si es la variacin en las secuencias (sobre todo la de tipo
adaptativo) o la variacin en la expresin de los genes lo que
constituye la base ms importante para la evolucin a nivel
morfolgico (fenotpico).

Evolucin de secuencias codificantes y


regulatorias de genes duplicados
Los genes duplicados juegan un papel primordial como
materia prima en la evolucin de nuevas funciones moleculares. En 1970 sale a la luz el libro Evolucin mediante
duplicacin gentica de Susumu Ohno, a partir del cual se populariza esta idea entre los bilogos. Sin embargo, no es hasta
finales de la dcada de los noventas, gracias al anlisis de diversas secuencias genmicas, que la omnipresencia e importancia
de la duplicacin gentica queda claramente demostrada. Dichas secuencias genmicas muestran que, en los tres dominios
de la vida (eucariontes, bacterias y arqueobacterias), una frac-

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 31

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

cin considerable de los genes detectados se han originado por


duplicacin gentica. Estos nmeros son particularmente notorios en organismos eucariontes: en el ser humano y en la mosca
Drosophila alrededor del 40% de los genes tienen dos o ms
copias, mientras que el 65% de los genes de la planta Arabidopsis son el producto de eventos de duplicacin gentica.
La duplicacin gentica ocurre en un individuo y puede
fijarse o perderse en la poblacin, de manera muy similar a lo
que ocurre con las mutaciones puntuales. Si la duplicacin es
selectivamente neutral comparada con el estadio previo a la
duplicacin, sta tiene una baja probabilidad de fijarse: 1/2Ne,
donde Ne es el tamao efectivo de la poblacin. Esto sugiere
que la mayor parte de los genes duplicados se pierden en las
poblaciones. Para aquellos genes duplicados (parlogos) que
logran fijarse en la poblacin, su destino evolutivo estar determinado por las funciones que desempean. En general se
reconocen cuatro escenarios posibles para las parejas de genes
duplicados: la pseudogenizacin, la conservacin funcional, la
subfuncionalizacin y la neofuncionalizacin.
La pseudogenizacin ocurre cuando la presencia de uno de
los genes duplicados es selectivamente neutral y comienza a
adquirir mutaciones que inactivan la expresin o la funcin,
convirtiendo al gen duplicado en un pseudogen. La proporcin
de pseudogenes vara en diferentes organismos; mientras que se
calcula que en el genoma humano existe un pseudogen por
cada ocho genes funcionales, en levaduras stos son prcticamente inexistentes.
En el escenario opuesto, la conservacin funcional se da
cuando la presencia de dos copias es benfica per se, debido
probablemente al aumento en la cantidad del producto gnico
(efecto de dosis gnica). Dicho fenmeno se ha observado en
genes altamente expresados, tales como los genes para ARN
ribosomal, protenas ribosomales o histonas de levaduras. La
conversin gnica recombinacin entre las copias parlogas o
duplicadas y la seleccin purificadora son los procesos preponderantes en el mantenimiento de la funcin ancestral.
En el proceso de subfuncionalizacin (Figura 2), cada copia
hija adopta una parte de la funcin ancestral, de modo tal que
el mantenimiento de ambos parlogos se vuelve indispensable.
Una forma de subfuncionalizacin que tiene relevancia en la
evolucin del desarrollo es la divisin de los patrones de expresin posteriores a la duplicacin.
Finalmente, uno de los resultados ms relevantes de la duplicacin gentica es el origen de nuevas funciones o neofuncionalizacin (Figura 2). sta puede ser vista como la aparicin

Los genes duplicados juegan


un papel primordial como
materia prima en la evolucin
de nuevas funciones
moleculares. En 1970 sale a la
luz el libro Evolucin mediante
duplicacin gentica de
Susumu Ohno, a partir del cual
se populariza esta idea
entre los bilogos

octubre-diciembre 2009

ciencia

31

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 32

Evolucin

Subfuncionalizacin
1

Duplicacin + mutaciones
degenerativas y complementarias

Gen ancestral expresado


en dos condiciones

Neofuncionalizacin
2

Duplicacin + mutacin adaptativa

Figura 2. Dos escenarios posteriores a la duplicacin gentica. Los cuadros representan genes y los valos
representan los elementos que controlan la transcripcin (en este ejemplo, la divergencia funcional es definida
en trminos de las condiciones en las que se expresan los genes).

de una funcin completamente original (nueva funcin bioqumica), o bien el refinamiento de la funcin preexistente (por ejemplo,
la expresin en una nueva condicin). Aun
cuando es improbable que una funcin completamente nueva se origine a partir de un gen
duplicado, existen ejemplos documentados. A
la fecha no es claro cul es la proporcin de
genes cuya divergencia funcional ocurre por
subfuncionalizacin o por neofuncionalizacin. En trminos de los niveles de expresin,
se ha sugerido que ambos procesos han determinado los perfiles de expresin de genes
duplicados en la levadura. Es probable que
lo que ocurre en muchos casos es una combinacin de ambos procesos: la subfuncionalizacin juega un papel importante en el man-

32 ciencia

octubre-diciembre 2009

tenimiento de las dos copias inmediatamente despus de la


duplicacin, y sta es seguida por un proceso constante de neofuncionalizacin.
La expresin de la divergencia entre genes duplicados es
considerado un paso importante en la generacin de nuevos
genes a partir de una funcin redundante. De hecho, el mismo
Ohno fue quien propuso que la divergencia en la expresin
gentica sera el primer paso en la divergencia funcional de genes duplicados, aumentando de esta manera la probabilidad de
su retencin en los genomas. De hecho, se ha encontrado que
existen un gran nmero de genes duplicados que muestran cambios significativos en su expresin, lo cual ha demostrado que
existe una gran probabilidad de divergencia en la expresin de
estos genes entre especies e incluso dentro de una misma especie. Estas investigaciones computacionales han llevado a
plantear la hiptesis que sugiere que en la evolucin de genes
duplicados, la regulacin de la transcripcin diverge ms rpi-

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 33

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

damente que la funcin codificada en la protena. Es decir, la funcin de la protena se conserva por ms tiempo que
su regulacin.

Evolucin molecular del cdigo


regulatorio en los genomas
Por mucho tiempo se consider que las regiones de ADN
en los genomas que no codificaba para genes eran poco
relevantes en cuanto a su funcin e incluso se lleg al
extremo de considerar estas zonas como ADN basura. Ahora
sabemos que las regiones intergnicas (entre los genes) juegan
un papel muy importante para la expresin gentica. Esto se
debe a que existen secuencias de ADN de 4 a 8 nucletidos que
son regiones de contacto para protenas reguladoras, tambin
llamadas factores de transcripcin. Cada factor de transcripcin reconoce una secuencia especfica de ADN. A su vez, los
factores de transcripcin normalmente tienen un dominio (regin especfica dentro de una protena) adicional (al de unin
al ADN) que reconoce una seal ambiental (por ejemplo, un
azcar o un aminocido) o que sirve para hacer contacto con
otras protenas, incluyendo otros factores de transcripcin.
Finalmente, los genes que codifican para factores de transcripcin se pueden auto-regular, o bien regular a otros reguladores,
lo que formara cascadas o redes de regulacin entre factores
de transcripcin.
La maquinaria regulatoria est formada por protenas que
reconocen el cdigo regulatorio en el ADN, y como producto de
estas interacciones resultan los distintos perfiles de expresin
de genes que normalmente son necesarios y suficientes para
el desempeo de los organismos en cada condicin ambiental
donde normalmente se encuentran. En la actualidad aunque
contamos con las secuencias genmicas de unos 1 000 organismos (la mayora de bacterias) an no conocemos para qu funciona cada uno de los genes de la bacteria ms simple, que
contiene unos 300 genes. Ms an, de cada nuevo genoma
que se secuencia, al menos a una tercera parte de los genes no
se les puede asignar una funcin. Lo que s se puede hacer,
mediante bioinformtica, es buscar dominios o regiones conservadas en los productos proteicos de los genes desconocidos
y asignarles una posible funcin. Tomando en cuenta este proceso se puede estimar el nmero de factores de transcripcin
codificados en los genomas de los organismos secuenciados. Y
si se supieran los sitios de unin en el ADN en cada uno de ellos
(o sus familias proteicas) se podra hacer un estimado de la

intensidad de la co-evolucin entre las protenas reguladoras y sus sitios de unin en el


ADN. Este punto es relevante, para esta discusin, puesto que desde 1975 King y Wilson se
dieron cuenta que el grado de divergencia
existente entre protenas de humanos y chimpancs difcilmente explicaba los cambios morfolgicos y de comportamiento tan contrastantes entre ambas especies. De esta manera se
propuso que adems de la evolucin de las
zonas codificantes en el genoma (que resulta
en divergencia proteica) tambin debiera contribuir la evolucin de las zonas regulatorias
(resultando en distintos niveles de expresin
de las protenas).
Lo que conocemos de la regulacin transcripcional en los modelos bacterianos mejor
estudiados (Escherichia coli, Bacillus subtilis y sus
extrapolaciones hacia otras bacterias) nos ensea que conforme el tamao de los genomas
aumenta (desde unos 300 hasta 8 000 genes)
el requerimiento de la maquinaria transcrip-

octubre-diciembre 2009

ciencia

33

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 34

Evolucin

cional no se incrementa en la misma proporcin sino que se cuadruplica, y que los genes
reguladores, por lo general no se mantienen a
la par que los genes regulados. Es decir, que el
cableado de regulacin transcripcional en los
genomas de bacterias es tremendamente flexible y, al parecer, los genes regulados se conservan ms que sus regiones regulatorias (y por
ende que sus protenas reguladoras).
El entender la evolucin de los organismos, como un todo, es una tarea compleja y
debe involucrar, por una parte, conocer la
identidad y saber el arreglo preciso de los elementos genticos en los genomas: conocer la
dinmica de las interacciones de los productos
de los genes, conocer la influencia de los factores ambientales en el hardware celular
(regulacin fisiolgica) y en el software
gentico (regulacin transcripcional). Por
otro lado, hace falta entender la influencia de
los procesos estocsticos en los procesos bioqumicos y conocer ms acerca del grado de
robustez y plasticidad evolutiva de los organismos con base en el nmero y grado de estructuracin de sus componentes internos.
Quienes nos dedicamos al estudio de la
biologa tenemos una oportunidad nica y una
gran responsabilidad para intentar entender,
desde una perspectiva mas integral, los procesos que definen la evolucin de la autoorganizacin material que hizo posible la existencia
de los organismos contemporneos y quizs
predecir, e incluso influir en, su comportamiento.

Deriva gnica. Es una fuerza evolutiva que acta junto con la seleccin
natural modificando las caractersticas de las especies, en el tiempo,
mediante el cambio aleatorio de la frecuencia de alelos de una generacin a la siguiente.
Estocstico. Concepto matemtico que sirve para caracterizar y estudiar
todo tipo de fenmenos aleatorios que evolucionan generalmente con
el tiempo.
Sitio activo. Es el espacio tridimensional donde ocurre la reaccin especfica que una protena realiza (por ejemplo, catlisis en una reaccin enzimtica).
Tamao efectivo poblacional. Est definido por los individuos de una
poblacin que dejan descendencia, que se reproducen.
Sustituciones sinnimas. Sustituciones a nivel de nucletidos (codones)
que no cambian el aminocido resultante en la traduccin.
Sustituciones no sinnimas. Sustitucin de codones que resulta en un
cambio del tipo de aminocido.
Anticuerpo. Son glicoprotenas empleadas por el sistema inmune para
identificar y neutralizar elementos extraos tales como bacterias, virus
o parsitos.
Antgeno. Sustancia extraa al organismo que desencadena la formacin de
anticuerpos.
Mxima verosimilitud. Mtodo estadstico basado en distribucin de probabilidades; describe el rango de valores de la variable aleatoria, as
como la probabilidad de que el valor de la variable aleatoria est dentro
de un subconjunto de dicho rango.
Genmica. Ciencia que estudia el contenido, funcionamiento, origen y
evolucin de los genomas completos.
Parlogo. Gen producto de la duplicacin de otro gen en el mismo organismo.
Dominio proteico. Es un mdulo tridimensional de la protena, el cual
puede ser funcional si lleva a cabo una funcin bioqumica, y estructural
si estabiliza la estructura.

Amanda Castillo Cobin es biloga egresada de la Facultad de Ciencias


de la Universidad Nacional Autnoma de Mxico y doctora en ciencias bio-

Definiciones de trminos
empleados

mdicas (Instituto de Ecologa, UNAM ). Ha realizado estancias posdoctorales

Alelo. Una de las formas alternativas que puede

tada en el Departamento de Biologa del Barnard College, Universidad de

tener un gen.

en el Instituto de Biologa y en el de Ecologa de la UNAM . Es profesora inviColumbia, y ha trabajado para el IBM TJ Watson Research Center en Nueva

Mutacin. Alteracin o cambio en la informacin

York. Se interesa en el estudio de la seleccin y adaptacin molecular, la

gentica (ADN o protena) de un alelo, indivi-

bioinformtica y la biologa evolutiva. Actualmente realiza una estancia pos-

duo, especie, y que puede ser heredable.

doctoral en el Laboratorio de BioSistemas del Centro de Investigacin y

Migracin gnica. Transferencia de genes de una


poblacin a otra.

34 ciencia

octubre-diciembre 2009

Estudios Avanzados Irapuato.


amanda.castillo@gmail.com

04_672_Moleculas.QXD7:PLANTILLA 4OCT.QXP4

10/9/09

14:58

Page 35

La evolucin de molculas y de sistemas biolgicos

Agustino Martnez-Antonio es qumico-bilogo por la Universidad de

Alexander de Luna Fors es bilogo egresado de la

Oaxaca ( UABJO ) y doctor en ciencias bioqumicas por la UNAM (Instituto

Universidad de Guadalajara y doctor en ciencias biom-

de Biotecnologa). Hizo estudios posdoctorales en el Centro de Ciencias Ge -

dicas por la UNAM (Instituto de Fisio loga Celular). Hizo

nmicas ( UNAM ) y en los Institutos Nacionales de Salud en Francia ( INSERM ).

estancias posdoctorales en la Universidad de Harvard

Actualmente est encargado del Laboratorio de BioSistemas en el Depar -

(Bauer Center for Genomics Research) y la Harvard

tamento de Ingeniera Gentica del Centro de Investigacin y Estudios

Medical School (Depart ment of Systems Biology),

Avanzados Irapuato. Su inters incluye entender los principios que regulan la

donde fue becario del programa Pew Latin American

autoorganizacin de los sistemas biolgicos (sistemas complejos) y su aplica-

Fellows. Actualmente es investigador titular del Labo -

cin en el diseo de nuevos sistemas (biologa sinttica).

ratorio Nacional de Genmica para la Biodiversidad

amartinez@ira.cinvestav.mx

(Langebio) del Centro de Investigacin y Estudios Avan zados Irapuato. En el Laboratorio de Sistemas Ge nticos
a su cargo se trabaja en la genmica funcional y se
investigan redes de interacciones genticas, con nfasis
en las funciones regulatorias y bioqumicas en el contexto de la historia evolutiva.
adeluna@ira.cinvestav.mx

Bibliografa
Castillo, A. (2007), La seleccin natural a nivel
molecular Ecologa Molecular, en Luis E.
Eguiarte, Valeria Souza y Xitlali Aguirre
(eds.), Semarnat, Conabio, Mxico, 592pp.
Drosophila 12 genomes Consortium (2007),
Evolution of genes and genomes on the
Drosophila phylogeny, Nature, 450, 203-218.
Ellegren, H. (2008), Comparative genomics and
the study of evolution by natural selection,
Molecular Ecology, 17, 4586-4596.
Li, W. H., Yang, J., Gu, X. (2005), Expression
divergence between duplicate genes, Trends
in Genetics, 21, 602-607.
Zhang, J. (2003), Evolution by gene duplication:
an update, Trends in Genetics, 18, 292-297.
Prez-Rueda, E., Janga S. C., Martnez-Antonio
A. (2009), Scaling relationship on the gene
content of transcriptional machinery in bacteria, Molecular BioSystems, DOI:10.1039/
b907384a.

octubre-diciembre 2009

ciencia

35