You are on page 1of 13

ISOLASI DNA DARI BUAH ALPUKAT DAN

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA
SEMESTER GANJIL 2016/2017

PRAKTIKAN :
KELOMPOK II
AHMAD HANIF FAHRUDY 1147040003
ANITA HALIMAH 1147040012
DESI DWI WULANDARI 1147040019
KHAIRILLA AULIA RAHMA 1147040035

Tanggal praktikum : Rabu, 30 November 2016
Tanggal laporan : Jumat, 23 Desember 2016

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN GUNUNG DJATI
BANDUNG
2016

 Proses pemisahan menggunakan teknik sentrifugasi. . dan molekul yang lebih ringan berada di bagian atas.A. serta purifikasi.  Pemurnian DNA dengan metode presipitasi. TUJUAN  Mengidentifikasi hasil isolasi DNA dari buah alpukat. ekstraksi. di mana prinsipnya yaitu memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di bagian bawah. Lisis yaitu mencecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstraksi sel yang terdiri dari DNA dan substansi lainnya. PRINSIP DASAR Prinsip percobaan pada isolasi DNA dan elektroforesis adalah sebagai berikut:  Isolasi DNA: terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi DNA. Molekul DNA yang bermuatan negatif akan tertarik ke arah elektroda yang bermuatan positif. B. di mana DNA dipisahkan dari larutannya dengan mencampurkannya dengan suatu bahan yang tak dapat melarutkannya. yaitu lisis. Hasil ekstraksi sel selanjutnya dipisahkan karena hanya dibutuhkan DNA nya saja.  Mengidentifikasi kemurnian DNA hasil isolasi.  Menentukan absorbansi DNA pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.  Elektroforesis gel agarosa yaitu pemisahan DNA berdasarkan perbedaan medan listrik. sehingga ia memisah/terpresipitasi.

C. Nama bahan Jumlah 1 Alpukat 1 buah 2 Detergen cair 10 ml 3 NaCl 3 gram 4 Etanol 9 gram . ALAT DAN BAHAN 1) NAMA ALAT No. Nama alat Jumlah 1 Alat elektroforesis 1 buah 2 Power supply 1 buah 3 Lampu UV 1 buah 4 Gelas kimia 100 ml 2 buah 5 Batang pengaduk 1 buah 6 Tabung reaksi 2 buah 7 Sarung tangan 1 pasang 8 Pipet tetes 2 buah 2) NAMA BAHAN No.

NaCl sebanyak 3 gram ditambahkan ke dalam gelas kimia berisi alpukat. diambil dagingnya dan dihaluskan dalam mortar.D. Diamati perubahannya. Campuran disaring dengan menggunakan kain kassa. Selanjutnya. gelatin yang telah disimpan selama 7 hari tersebut diukur absorbansinya padapanjang gelombang (λ) 260 nm dan λ 280 nm dengan menggunakan spektrofotometer UV-VIS. Alpukat halus berwarna hijau muda ditumbuk dengan alu . HASIL PENGAMATAN PERLAKUAN HASIL PENGAMATAN Alpukat dihaluskan dalam mortar. PROSEDUR  ISOLASI DNA DARI BUAH ALPUKAT Buah alpukat disiapkan. Gelatin yang diperoleh dimasukkan dalam tabung mikro dan didiamkan selama 7 hari. Setelah halus. hingga diperoleh filtrat campuran yang kemudian didiamkan selama 10 menit. ditimbang sebanyak 10 gram dan dimasukkan ke dalam gelas kimia. E. lalu ditambahkan 10ml detergen cair kemudian diaduk campuran tersebut menggunakan batang pengaduk. Filtrat dipipet sebanyak 6 ml kemudian dimasukkan dalam tabung reaksi dan ditambah 9ml etanol dingin. Setelah itu campuran ditambah aquades hingga volume total campuran menjadi 100ml. ditumbuk dengan menggunakan alu.

diaduk Campuran hijau kental.Ditimbang sebanyak 10 gram. berbusa dan wangi Ditambah aquades hingga volume larutan Campuran hijau muda. cair sedikit menjadi 100 ml berbusa dan wangi Disaring dengan kain kassa Filtrat : hijau muda pucat Residu : endapan berwarna hijau Filtrat didiamkan selama 10 menit Larutan hijau muda pucat Filtrat dipipet 6ml dan ditambah 9ml Terdapat 2 fasa etanol dingin Fasa atas: larutan tidak berwarna Fasa bawah: larutan hijau muda pucat Didiamkan selama10 menit Terbentuk gelatin berwarna putih yang berada dipermukaan larutan Gelatin dimasukkan dalam tabung mikro Gelatin berwarna putih Ditambah aquades Larutan putih keruh Didiamkan selama 7 hari Larutan tidak berwarna Diukur absorbansinya pada λ=260 dan Abs pada λ 260 = 10 A λ=280 Abs pada λ 260 = 10 A . 10 gram alpukat halus berwarna hijau dimasukkan dalam gelas kimia muda Ditambah 3gram NaCl Campuran hijau kental Ditambah 10 ml detergen cair.

F. Tahapan pertama ialah melisis atau menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi. urutan basa nitrogen yang tersusun dan pengamatan lainnya. namun pada percobaan kali ini hanya dilakukan analisa kualitatif dan penetuan DNA yang diisolasi memiliki kualitas yang baik atau tidak dalam proses isolasinya. pengamatan lebih lanjut dengan isolasi DNA dapat mengidentifikasi jumlah pang basa. Sehingga keberadaan biomolekul besar dapat dihilangkan dan dapat diperoleh . membran sel. Tahapan purifikasi adalah pemurnian larutan karena setelah sel dilisis seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. karena untuk mengekstraksi DNA. sehingga diperlukan penambahan bahan kimia lain untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus karena praktikan tidak akan menggunakan DNA yang diperoleh untuk tujuan eksperimen khusus. dinding sel (jika ada). Selain itu. dan membran nukleus harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan diketahui massa yang diperolehnya. mengisolasi DNA dari dalam sel lebih tepatnya di dalam nucleus. Kemudian proses penghancurkan secara kimiawi dilakukan dengan penambahan garam NaCl ke dalam buah alpukat yang telah dihaluskan. Langkah awal percobaan ialah. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. secara garis besar tahapan isolasi terbagi menjadi tiga yaitu melisis atau menghancurkan. proses penghancuran dilakukan dengan menumbuk dan menghaluskan daging buah alpukat. Secara mekanik. pemurnian larutan atau purifikasi dan presipitasi atau pengendapan. tujuan penghalusan ialah untuk mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan. PEMBAHASAN Khairilla Aulia Rahma (1147040035) Pada percobaan ini dilakukan isolasi DNA untuk mengidentifikasi DNA yang terkandung dalam buah papaya. NaCl berfungsi untuk presipitasi protein dan karbohidrat yang terdapat dalam sel.

Proses tersebut mempermudah pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA DNA di dalam nukleus menjadi terurai. Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA. ( Genetech Foundation for Biomedical Sciences.1 sisi hidrofobik pada molekul detergen akan mengikat sisi hidrofobik protein(dan komponen hidrofobik lain pada membran sel). ketika ditambahkan garam maka ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif posfat DNA. . maka setelah detergen dituang. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. Namun. demikian pula dengan sisi hidrofilik. Penambahan detergen dapat menghancurkan dinding sel tumbuhan sehingga komponen sel dapat keluar termasuk DNA. Mekanisme khusus degradasi dindings sel oleh detergen yaitu sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis.filtrat DNA yang murni. karena ion Na+ yang dikandung oleh NaCl mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif posfat DNA. 2001) Selanjutnya penambahan aquades dan pengadukan dilakukan untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. Gambar 1. sehingga terbentuklah lipid-protein-detergen kompleks. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu samalain sehingga adanya kesetimbangan dalam DNA. untuk dapat keluar dari sel.

Radioabsorbsi 260/280 nm dapat digunakan untuk mengetahui adanya kontaminan protein.027 dan untaian ganda untuk DNA 0. Setelah beberapa saat. didapat nilai absorbansinya masing-masing 10 A. Protein memiliki absorbansi maksimum pada 280 nm. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 5-10 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. Kumpulan benang-benang putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. setelah diamati selama ± 10 menit. Filtrat dipipet dan ditambah etanol dingin agar larutan yang berbagai komponenenya mulai terpisah tidak menyatu kembali. Berdasarkan hasil pengukuran absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Berdasarkan literature pada panjang gelombang 260 nm untaian tunggal DNA memiliki koefisien absorbsi 0. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. Hasil absorbansi yang sangat besar ini kemungkinan terjadi karena adanya zat lain yang mengkontaminasi sampel sehingga DNA tidak dapat terukur dengan baik. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam etanol. campuran kedua keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. Campuran disaring dengan menggunakan kasa. Wujud DNA yang dihasilkantidakberupa benang-benang melainkanberupa serbuk dan kemungkinan terbawanya etanol saat pengukuran dengan spektrofotometer. sementara filtrat berada di dasar. maka akan segera terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas.02. Untuk mempermudah proses penyaringan. Oleh karena itu. Langkah selanjutnya untuk mengetahui konsentrasi dan kemurnian DNA yang diperoleh adalah denganmenggunakan spektrofotometer UV. terlihat adanya kumpulan benang-benang putih yang melayang-layang ke permukaan tabung reaksi. dan absorbansi maksimum DNA pada 260 nm.perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. Kemudian. .

9.9 Jika rasio tersebut di bawah 1.8 yang menandakan adanya ketidakmurnian yang signifikan yang msih tertinggal di dalam sampel. .8 berarti ada ketidakmurnian yang signifikan yang masih tertinggal di dalam sampel. Sampel DNA yang murni memilikirasio 260/280 nm sebesar 1. Rasio ini berada di bawah 1. Sampel DNA yang murni memiliki rasio 260/280 nm sebesar 1.8-1. hasil yang diperoleh dari percobaan ini didapat rasio sebesar 1.8- 1.

dan kolesterol. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat yang bermuatan negatif pada DNA. Pada sel tumbuhan terdapat dinding sel yang melindungi sel tersebut sehingga sampel buah dihaluskan sehalus mungkin untuk merusak sel dan juga memisahkan sel yang satu dengan yang lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses selanjutnya. sehingga mudah untuk dihancurkan dan dihaluskan. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. protein. Oleh karena itulah diperlukan detergen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus (detergen memiliki gugus hidrofilik dan gugus hidrofob). Membran sel tersusun atas fosfolipid. dan kepala fosfolipid). Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. juga memisahkan karbohidrat (polisakarida) yang terkandung dalam sampel. Buah alpukat dipilih untuk diisolasi DNA-nya karena buah alpukat memiliki tekstur yang lembut. Penambahan garam NaCl pada sampel dilakukan untuk menguraikan protein- protein yang mengikat DNA sehingga DNA dapat terurai. sebagian protein intrinsik. Peristiwa ini menyebabkan . Langkah pertama yaitu penghancuran alpukat dengan cara menghaluskannya dengan menggunakan cawan dan alu. Meskipun DNA di dalam nukleus terpisah. DNA masih berada di dalam sel. Sisi hidrofilik pada detergen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofob detergen akan mengikat lipid sehingga membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. dan ekor fosfolipid).Ahmad Hanif Fahrudy (1147040003) Pada percobaan ini. sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau non polar. Komponen- komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. dilakukan isolasi DNA dari buah alpukat. dan yang bersifat hidrofob (kolesterol. Agar DNA dapat keluar dari dalam sel. Proses tersebut mempermudah pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. protein ekstrinsik. ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. glikogen.

Setelah didiamkan selama beberapa menit. Penambahan akuades dan pengadukan dilakukan untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. terlihat lapisan DNA berwarna putih pada larutan. larutan disaring untuk memisahkan larutan yang kaya DNA dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah alpukat. Ion positif yang terlarut di sini yaitu Na+ pada NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya. Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. karena susunan double helix DNA hanya gambar mikrograf saja. maka DNA yang terkumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. DNA dapat terpisah dari etanol karena DNA tak larut dalam etanol. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix meskipun dilihat dengan mikroskop elektronik sekalipun. Etanol digunakan untuk memurnikan DNA. Berdasarkan hasil pengukuran absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. penambahan etanol pada larutan DNA akan mengacaukan penyaringan muatan oleh air. didapat nilai absorbansinya masing-masing 10 A. Walaupun DNA yang terkumpul sangat banyak. Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . baik software UV-Vis maupun .interaksi polar yang menyatukan membran sel. Suhu etanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. Warna larutan yang hijau setelah pengadukan menandakan bahwa larutan telah homogen. Hasil absorbansi yang sangat besar ini dapat terjadi karena kesalahan konfigurasi alat. Setelah homogen. Artinya. Semakin dingin suhu etanol. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. DNA merupakan senyawa polar karena memiliki muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. Larutan kemudian didiamkan selama 10 menit dan ditambah etanol dingin. Etanol memiliki tingkat kepolaran yang lebih rendah dari pada air.

hardwarenya. Dilakukan pengukuran absorbansi pada panjang gelombang 260 nm yaitu karena panjang gelombang tersebut adalah panjang gelombang maksimum pada absorpsi DNA. sehingga spektrofotometer tidak dapat mengukur absorbansi sesuai dengan konsentrasi sampel DNA.8 maka kandungan air yang diambil terlalu banyak sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit. Jika kurang dari 1. . sedangkan panjang gelombang 280 nm adalah panjang gelombang maksimum pada absorpsi protein. Rentang kemurnian DNA yaitu 1. Untuk mengidentifikasi kemurnian protein. didapat nilai kemurnian DNA yaitu 1. Jika nilai melebihi 2.0 sehingga DNA kurang murni karena terlalu banyak air dan terlalu sedikit DNA yang diambil. Berdasarkan data absorbansi sampel buah alpukat ini.0 maka larutan yang diuji masih mengandung kontaminan dari protein membran/ senyawa lainnya sehingga kadar DNA plasmid yang didapat belum murni. dapat dihitung nilai absorbansi pada 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280 nm.8-2.0.

Anna. Penuntun Praktikum Biokimia. Dasar-dasar Biokimia. . New York: W. 2006. DAFTAR PUSTAKA Anonim. DNA berbentuk gel yang berwarna putih kehijauan. Principles of Biochemistry. Bandung: Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung. Leihninger. Rosahdi. Jakarta: UI Press. Robert. Poedjiadi.0 sehingga DNA kurang murni karena terlalu banyak air dan terlalu sedikit DNA yang diambil. DNA.G.07 WIB.  Absorbansi pada panjang gelombang 260 nm maupun 280 nm yaitu 10 A. 2006. Harton. KESIMPULAN Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan. 2013. Principles of Biochemistry. dapat disimpulkan bahwa:  DNA dari buah alpukat dapat diisolasi. H.org/wiki/Asam_deoksiribonukleat diakses pada 6 Desember 2016 pukul 23. Freeman. New Jersey: Prentice Hall.wikipedia. https://id. TD.  Nilai kemurnian DNA yaitu 1. 2016.