1) Correlazione tra ripetizioni trinucleotidiche e anticipazione, porta almeno due esempi

2) Ereditarietà mitocondriale

3) Array-CGH: spiegane la tecnica e la relativa importanza/indica in che casi la utilizzeresti

4) L’importanza della genetica di popolazione in genetica medica portando esempi (almeno due patologie)
5) Trisomia 21 (Sindrome di Down)
6) Mutazioni missenso, effetto fenotipico più grave: effetto dominante negativo
7) Meccanismo di inattivazione del cromosoma X: prove e controprove

8) Confrontare approccio di studio di linkage con quello di associazione

9) Encondromatosi di Ollier

10) Sindromi da microdelezione e microduplicazione si possono studiare con tecniche diverse? Descrivere quali e soprattutto quali

metodiche impiegheresti oggi per la loro definizione.

11) Paziente affetto da Angelman e Bloom insieme, dare una spiegazione della compresenza delle due malattie

12) Imprinting con evidenze e controprove nei mammiferi e nell’uomo

13) Differenze tra mutazioni missenso e non sense nella sindrome di Marfan

14) Perché il retinoblastoma ha ereditabilità dominante anche se è un carattere autosomico recessivo? Dove si trova il gene?

15) Differenza tra espressività variabile e penetranza incompleta con due esempi di malattia

16) Sequenziamento ad alta processività e applicazioni cliniche

17) Effetti delle mutazioni puntiformi

18) Descrivere 3 situazioni in cui la malattia ereditaria può insorgere senza che ci siano stati casi precedenti di malattie-fenotipo nella

famiglia

19) Classificare le abberrazioni cromosomiche di struttura in base a quegli elementi dell’architettura del genoma che favoriscono la

comparsa di riarrangiamenti ricorrenti de novo. Fornisci almeno un esempio per tali disordini

20) Geni le cui mutazioni costituzionali sono alla base dei tumori eredofamiliari

21) Classificare le mutazioni in base agli effetti funzionali con esempio di patologia

22) Presenta il concetto di pleiotropia con due esempi di malattie

23) Meccanismi di inattivazione di un gene o di un cromosoma

24) Definire CNV e con quale meccanismo può essere formata

25) Tipologie di caratteri multifattoriali: metodi di identificazione dei singoli fattori controllo genetico

26) (Domanda inglese) Dai una breve definizione a questa classificazione di varianti che possono essere individuate dopo sequenziamento dell’esoma:

a. variants with unknow biological function

b. functional variants not linked to a disease

c. disease-associated variants

d. disease-caused variant
27) Continuum tra caratteri mendeliani e complessi

28) Probabilità allelica e genetica

29) Differenza tra eterogeneità allelica e genetica

30) ASO e OLA

31) Biopsia liquida

32) Mosaicismo

33) Diagnosi prenatale

34) Differenza tra villocentesi e amniocentesi
35) Malattia di Hungtington: genotipo e sintomi

36) Madre con tre figli con sindrome di Down
37) Dominanza incompleta

1. CORRELAZIONE TRA RIPETIZIONI TRINUCLEOTIDICHE E ANTICIPAZIONE,
PORTA ALMENO DUE ESEMPI
L’anticipazione è un fenomeno comune a numerose malattie genetiche
ereditarie, che consiste nella tendenza di determinate malattie a trasmissione
verticale a insorgere più precocemente e spesso in maniera più grave nelle
generazioni successive rispetto a quelle precedenti. Sostanzialmente si tratta
di errori durante la ricombinazione meiotica. Rappresenta quindi un’eccezione
a quella che è la staticità della trasmissione mendeliana; la mutazione
ereditata non è mai fissa ma è dinamica, cioè si evolve nel corso delle
generazioni. I meccanismi che portano a questa condizione risiedono
nell’instabilità nel numero di triplette nucleotidiche intrageniche, le quali
tendono ad amplificarsi progressivamente una volta raggiunta una certa
lunghezza soglia. Per questo motivo possiamo parlare di correlazione tra
ripetizioni trinucleotidiche e anticipazione: generazioni precedenti che
presentano la malattia in forma lieve suggeriranno la presenza nelle
generazioni successive di individui affetti in forma più grave e precoce. Un
classico esempio clinico è rappresentato dalla sindrome del cromosoma X
fragile: malattia causata dalla mutazione del gene FMR1 sul cromosoma X che
porta a un ritardo mentale dovuto ad un amplificazione delle triplette CGG
(supera 230). Oppure un altro esempio è nel caso del Morbo di huntinton,
malattia neurodegenerativa a trasmissione autosomica dominante che provoca
demenza a causa di una mutazione del gene HTT (espansione della tripletta
CAG) sul braccio corto del cromosoma 4.
2. EREDITÀ MITOCNDRIALE
Per eredità mitocondriale si intende la trasmissione di caratteri attraverso il
DNA mitocondriale, e quindi dipendenti da geni presenti nel mitocondrio e non
nel nucleo. Dal momento che durante la fecondazione lo spermatozoo non è in
grado di trasmettere allo zigote il proprio patrimonio mitocondriale, questo
deriva solamente dall’oocita, quindi il DNA mitocondriale è di origine
esclusivamente materna e pertanto anche le mutazioni di geni mitocondriali
saranno trasmesse solo per via matrilineare; tuttavia possono esserci mutazioni
nucleari che controllano la funzione dei mitocondri (sintesi delle proteine)
trasmissibili in questo caso anche per via paterna. Il citoplasma delle cellule
contiene migliaia di mitocondri, quindi è possibile una compresenza di molecole
di DNA mitocondriale con differenti sequenze (DNA mutato e DNA integro) in
rapporti diversi, che viene definita come eteroplasmia. Gli effetti patologici si
andranno quindi a manifestare solamente nel caso la percentuale di mitocondri
con DNA mutato superi un certo limite (effetto soglia). Il DNA mitocondriale
viene definito come “nudo” in quanto costituisce una molecola circolare a
doppia elica priva di introni incapace di meccanismi di proof reading, ragione
per cui è facilmente soggetto a mutazioni; è anche chimicamente "fragile", per
via dello stress ossidativo dei radicali liberi tipici durante la fosforilazione
ossidativa in quanto non è protetto da istoni. La sua distribuzione varia da
tessuto a tessuto e le mutazioni colpiscono quelli a maggiore consumo
energetico (muscolare e nervoso) causando spesso delezioni e duplicazioni.
3. ARRAY-CGH, SPIEGARE LA TECNICA E LA RELATIVA
IMPORTANZA/INDICA IN CHE CASI LA UTILIZZERESTI
Array-CGH è una tecnica sviluppata per identificare anomalie cromosomiche di
tipo numerico (aneuploidie a carico di autosomi e cromosomi sessuali), o
variazioni (del numero di copie CNV) del contenuto di piccole porzioni
cromosomiche, come duplicazioni o delezioni. Queste anomalie del DNA
possono essere la causa di diverse patologie quali, ad esempio, sindromi
malformative, ritardo mentale, autismo, epilessia e tumori.
Il principio su cui si basa questa tecnica è la comparazione quantitativa del
DNA in esame del paziente (DNA test) con il DNA genomico di riferimento
proveniente da un soggetto sano (reference DNA). Ciascuno è marcato con un
diverso fluorocromo, vengono coibridizzati su un microarray (solido supporto di
vetro la cui superficie è coperta di frammenti di DNA/sonde molecolari) e al
termine dell’incubazione, sia il DNA in esame che quello di controllo si
legheranno ai frammenti presenti sull’array emettendo due segnali fluorescenti
con differente intensità.
Da un’analisi comparativa potranno emergere tre risultati: nel caso in cui il
rapporto tra le due emissioni è bilanciato (1:1) il paziente sarà normale; se il
rapporto DNA test-dna reference (1:2) significa che il paziente è portatore di
una delezione, in caso contrario (2:1) sarà invece portatore di una duplicazione.
Array-CGH è una tecnica molto importante in quanto permette di definire
esattamente la regione genomica alterata e quindi anche i geni in essa
contenuti, tramite essa si possono diagnosticare quindi anomalie quantitative
dell’intero genoma umano. Viene prevalentemente utilizzata per la diagnosi di
fenotipi complessi associati a ritardo mentale.
4. L’IMPORTANZA DELLA GENETICA DI POPOLAZIONE IN GENETICA
MEDICA PORTANDO ESEMPI (ALMENO 2 PATOLOGIE)
La genetica di popolazione si occupa dello studio della composizione genetica
delle popolazioni e del suo cambiamento generazione dopo generazione.
Caratterizzando il pool genico comune e identificando le forze che possono
modificare tale composizione In una popolazione in equilibrio. Questa branca
della genetica si fonda essenzialmente sulla legge di Hardy-Weinberg la quale
permette di determinare le frequenze genotipiche conoscendo le frequenze
geniche (o alleliche). La legge spiega la presenza di un equilibrio delle
frequenze alleliche e genotipiche che rimane stabile nelle generazioni
successive se non intervengono fattori esterni, quali: mutazioni, migrazioni,
panmissia, frequenze alleliche uguali in maschi e femmine, assenza di
selezione naturale e dimensioni infinite della popolazione. Tutte queste
condizioni sono pero teoriche e impossibili in natura, la popolazione non è in
equilibrio genetico, quindi c'è un cambiamento delle frequenze alleliche, per
cui si verifica un fenomeno evolutivo causato proprio dai fattori esteri
sopraelencati, insieme alla Deriva genetica, che per effetto di eventi
casuali, può far diventare un allele e il fenotipo da esso rappresentato più comune
o più raro col passare di generazioni successive (effetto del fondatore
fenomeno del collo di bottiglia). L’applicazione dei principi di genetica di
popolazione in genetica medica, ha permesso oggi la comprensione delle
ragioni storiche che hanno determinato la diffusione delle malattie genetiche in
diverse parti del mondo. Il processo evolutivo della popolazione Ha fatto sì che
oggi vi siano differenze apprezzabili nelle frequenze delle malattie genetiche
tra gruppi diversi di individui, la cui conoscenza è utile per attuare specifici
programmi di screening e per determinare i rischi di ricorrenza o di comparsa di
tali patologie in specifiche popolazioni. In alcune regioni italiane e nella
popolazione afroamericana degli USA ad esempio vendono effettuati screening
per l’individuazione degli eterozigoti per la B-talassemia e per l’anemia
falciforme. Queste due malattie infatti in queste popolazioni hanno trovato un
notevole vantaggio selettivo, proteggendo gli eterozigoti dalla malaria, un
tempo estremamente comune nelle regioni paludose italiane, e quindi
aumentando di molto la fitness riproduttiva di questi individui.
5. TRISOMIA 21 –SINDROME DI
DOWN

È la causa genetica più comune di ritardo mentale e non che il disordine
cromosomico più frequente nell’uomo. È soggetta a forte selezione in utero
tramite aborto spontaneo (solo 20% arriva al termine della
gravidanza)
- “LIBERA”: 95% casi, causata da una non-disgiunzione meiotica (nella 1°
divisione meiotica materna), cariotipo a 47 cromosomi (47, XX o XY, +21).
Evento che va considerato sporadico quindi con bassa ricorrenza familiare (1%)
il rischio di trisomia 21 nella prole di altri familiari non è aumentato dalla
presenza di un singolo caso di sindrome di Down in famiglia
- “NON LIBERA”: 4% associata a una traslocazione robertsoniana tra un crom 21
e un altro acrocentrico che di solito è il 14. Metà di queste traslocazioni
associate a questa sindrome sono un evento de novo, quindi con bassa
ricorrenza: l’altra metà da una traslocazione parentale bilanciata in cui se la
madre è portatrice t(14;21) -> rischio di ricorrenza 14%. Se lo è il padre ->
1,2%. In caso quindi traslocazione parentale bilanciata è possibile che altri
familiari come fratelli/sorelle del down siano portatori della stessa
traslocazione.
- TRASLOCAZIONE t(21;21) / ISOCROMOSOMA 21: solitamente è un prodotto de
novo e quindi a bassa ricorrenza, ma se uno dei due genitori sia portatore
bilanciato di t(21;12), il rischio di ricorrenza della sindrome è quasi del 100%,
quindi genitori portatori possono formare solamente gameti nullisomici (zigote
con monosomia 21 letale in utero) o disomici (zigote con trisomia 21) per il
cromosoma 21. Quindi in conclusione nel caso di una mamma con tre figli
Down sarà sicuramente portatrice dell’isocromosoma 21 o suo marito.
6. MUTAZIONI MISSENSO EFFETTO FENOTIPICO PIÙ GRAVE: EFFETTO
DOMINANTE NEGATIVO
Si parla di effetto dominante negativo quando il prodotto di un allele mutato
oltre a perdere la propria funzione, interferisce anche con quello dell'allele
normale. Appartengono a questa categoria mutazioni in geni che codificano
proteine che formano dimeri o multidimeri come per esempio i geni del
collagene. Una mutazione con effetto dominante negativo può essere
responsabile di un fenotipo grave poiché una subunità alterata può formare
dimeri o oligodimeri con le subunità normali, impedendone il corretto
funzionamento e determinando la perdita di funzione dell'intero complesso
proteico. Le mutazioni che causano questo effetto sono di tipo missenso dove
la sostituzione di base che codifica per un aa porta alla produzione di un altro
aa, causando una perdita della normale funzione della proteina. Un esempio
sono le mutazioni missenso sul gene COL1A1 del collagene che producono
catene anomale, queste aggregandosi con catene normali portano alla
formazione di triple eliche anomale causando il fenomeno dell’effetto
dominante negativo.
7. MECCANISMO DI INATTIVAZIONE DEL CROMOSOMA X PROVE E
CONTROPROVE
Essendo nel cariotipo femminile presenti due cromosomi X, e dal momento che
il contenuto genico deve essere identico nei maschi e nelle femmine, deve
esistere un meccanismo compensativo che prevede l’inattivazione di uno dei
due cromosomi X che prende il nome di lyonnizzazione. Infatti ai primi stadi
dello sviluppo embrionale femminile, in ciascuna cellula uno dei due cromosomi
viene inattivato completamente in modo totalmente casuale (possono essere
inattivati l’X materno o paterno). Si costituisce così uno mosaicismo. Questa
inattivazione risulta mediata da una regione specifica nel cromosoma X definita
“centro di inattivazione della X” ( Xic) ,di circa 1 Mb, la quale induce il
fenomeno della eterocromatizzazione mediante l’espressione del gene Xist.
Questo gene trascrive un RNA non tradotto, il quale va a reclutare una serie di
fattori proteici che portano alla condensazione della cromatina. Il cromosoma X
inattivato diventa corpo di Barr, si è infatti visto che il numero dei corpi di Barr
varia con il numero dei cromosomi X: nelle femmine XXX sono evidenti due
corpi di Barr.

8. CONFRONTARE APPROCCIO DI STUDIO DI LINKAGE CON QUELLO DI
ASSOCIAZIONE
Entrambi gli studi vengono utilizzati per effettuare il mappaggio genetico e la
ricerca nel genoma della posizione di quei geni che si pensa siano coinvolti
nell'insorgenza di malattie. Utilizzano Come strumenti i loci marcatori
polimorfici, quindi: microsatelliti, snp, CNV.
Per quanto riguarda lo studio di Linkage, ha come obiettivo l’identificazione di
quelle regioni cromosomiche che, all’interno di famiglie, tendono ad essere
ereditate. Fornisce una stima della distanza fra tratti di DNA attraverso lo
studio delle frequenze di ricombinazione, misurate mediante un calcolo
probabilistico detto LOD SCORE (linkage parametrico). Si tratta di un’analisi
indiretta con scarso potere di risoluzione, nel senso che prende in
considerazione una regione più vasta di DNA, visualizza il marcatore associato
al "gene malattia", ma non il gene direttamente. È favorita nelle malattie a
trasmissione mendeliana, e necessità la disponibilità di diversi membri familiari
anche se non coinvolti nella linea di trasmissione. Per questo motivo gli studiosi
hanno definito un metodo “non parametrico” che non tiene conto della
modalità di trasmissione ereditaria, ma ricerca alleli comuni tra gli individui
affetti. Dati i limiti di questo approccio (necessità di studiare un elevato numero
di coppie di fratelli per avere una buona significatività statistica) ultimamente
risulta maggiormente utilizzato lo studio di associazione caso – controllo dove
si va a confrontare la frequenza di un determinato polimorfismo in due gruppi
di soggetti divisi in base alla presenza (caso) o meno (controllo) del carattere.
Quando una determinata variante allelica mostra una frequenza
significativamente superiore nei casi rispetto ai controlli si dice che questa sia
associata al fenotipo in esame (OR). In questo caso il limite è dato dalla
necessità di selezionare individui con caratteristiche omogenee.
9. ENCONDROMATOSI DI OLLIER
La malattia di Ollier è una patologia rara, probabilmente non ereditaria
caratterizzata dalla presenza di molteplici tumori benigni detti encondromi e da
aree di cartilagine displasica. Per encondroma si intende una neoformazione
benigna costituita da cartilagine ialina ben differenziata. Origina da residui di
cartilagine embrionale rimasti inclusi durante l’ossificazione encondrale. Gli
encondromi colpiscono le diafisi e le epifisi delle ossa in accrescimento. Nell
encondromatosi multipla abbiamo una distribuzione asimmetrica che predilige
una metà del corpo. Le sedi di insorgenza più comuni sono le ossa lunghe come
femore e omero oppure le ossa piatte come nel caso della pelvi. È una malattia
che si manifesta durante l’infanzia con predilezione per il sesso maschile e la
distribuzione irregolare delle lesioni suggerisce che il disordine di formazione
dell’osso encondrale derivi da una mutazione somatica post-zigotica che
determina un mosaicismo. Ancora non sono del tutto chiari i geni coinvolti in
questa patologia.
10.SINDROMI DA MICRODELEZIONE E MICRODUPLICAZIONE SI
POSSONO STUDIARE CON TECNICHE DIVERSE? DESCRIVERE QUALI E
SOPRATTUTTO QUALI METODICHE IMPIEGHERESTI OGGI PER LA LORO
DEFINIZIONE.
Queste particolari sindromi sono caratterizzate da anomalie cromosomiche
causate dalla delezione/ duplicazione di specifiche regioni del genoma. Si
tratta di perdite di un tratto cromosomico di piccole dimensioni e di pochi geni
localizzati su quel frammento. La particolarità delle sindromi da microdelezione
è che l’estensione del difetto genetico, specifico di ognuna di esse, è di norma
la stessa nei diversi individui affetti, questo perchè il tratto di DNA genomico
deleto si trova vicino ai dupliconi che mediano la ricombinazione omologa non
allelica durante la meiosi (crossing over diseguale). Un processo che dovrebbe
generare non soltanto microdelezione cromosomiche, ma anche
microduplicazioni a carico della stessa regione. Una tecnica utilizzata per lo
studio di tali sindromi è la tecnica di ibridazione in situ fluorescente (FISH) su
cromosomi metafasici. Questa tecnica si basa sul principio di complementarietà
di un filamento di DNA sonda con uno di DNA cromosomico oggetto di studio.
Con la tecnica di FISH però si sono osservate solo microdelezioni delle regioni
fiancheggiate da dupliconi e non microduplicazioni in quanto sono difficilmente
diagnosticabili su cromosomi in metafase. Per questo motivo oggi impiegherei
la tecnica di a-CGH. Tramite quest’ultima infatti si possono diagnosticare
anomalie quantitative dell’intero genoma sia causate da delezioni che da
duplicazioni.
11.PAZIENTE AFFETTO DA ANGELMAN E BLOOM INSIEME, DARE UNA
SPIEGAZIONE DELLA COMPRESENZA DELLE DUE MALATTIE:
Il paziente presenta una isodisomia uniparentale paterna. In particolare ha
ereditando dal padre (sano poiché eterozigote) il cromosoma 15 con allele
recessivo causante sindrome di Bloom. Non ricevendo cromosoma 15 dalla
madre si ha una correzione della monosomia con duplicazione del cromosoma
paterno e questo spiega la sindrome di Angelman sia quella di Bloom, dato che
a questo punto il paziente risulta omozigote per l’allele causante sindrome di
Bloom.
12.IMPRINTING CON EVIDENZE E CONTROPROVE NEI MAMMIFERI E
NELL’UOMO
L’imprinting genomico viene definito come un meccanismo epigenetico che
regola l’espressione differenziata di alcuni geni a seconda della loro origine
parentale. Infatti evidenze sperimentali hanno suggerito che il genoma
materno e quello paterno non siano funzionalmente equivalenti, ma bensì
supplementari e non sostituibili per la determinazione di un corretto e completo
sviluppo embrionale
Questo fenomeno è possibile grazie all’inattivazione di uno specifico allele che
avviene mediante metilazione. Durante la spermatogenesi i geni a espressione
materna vengono metilati, mentre quelli a espressione paterna vengono
demetilati (viceversa nell’oogenesi). La metilazione avviene tramite specifici
enzimi chiamati DNA METILTRASFERASI i quali aggiungono un gruppo metile in
posizione 5’ dell’anello pirimidinico di citosine seguite da guanine, nelle isole di
CPG particolarmente frequenti nei promotori.
L’esistenza dell’imprinting genomico è stata dedotta da diverse osservazioni
effettuate sui mammiferi e sugli uomini. Si è visto infatti che tramite
produzione in vitro di zigoti ginogenetici e androgenetici trapiantati poi in topi
pseudogravidi (trapianto pronucleare), lo sviluppo embrionale non procedeva in
maniera corretta. Nel primo caso si arrivava a un corretto sviluppo degli organi
interni ma non degli annessi embrionali, viceversa nel secondo.
Si è poi visto nell’uomo grazie all’esperimento “fenotipi nelle triploidie”: nel
caso di diadria (doppio apporto cromosomico paterno) si osserva una placenta
macrocistica e ipertrofica, mentre il feto notevolmente iposviluppato. Al
contrario nella diginia. Queste osservazioni portano a dedurre che le
informazioni genetiche paterne sono importanti per il corretto sviluppo degli
annessi embrionali, mentre quelle materne dello sviluppo embrionale
Un’altra conferma è data dalle patologie derivanti da difetti di imprinting. Si
evidenzia come nelle disomie parentali, dove entrambi i cromosomi sono di
origine uniparentale si vada incontro a un fenotipo patologico. Lo stesso in
patologie che interessano mutazioni o delezioni a carico di geni soggetti a
imprinting (sindrome di Angelman).
13.DIFFERENZA TRA MUTAZIONE MISSENSO E NONSENSE NELLA
SINDROME DI MARFAN
La sindrome di Marfan è una malattia a trasmissione autosomica dominante
soggetta a pleiotropia, ovvero la mutazione del singolo gene si manifesta in
vari organi e tessuti, quali: apparato scheletrico, la cute, l'occhio, apparato
cardiovascolare, la dura madre e polmoni. Può provocare un eccessivo sviluppo
degli arti (dolicostenomelia) o delle dita di mani e piedi (aracnodattilia). È
causato da una mutazioni del gene FBN1 che codifica la fibrillina 1 (c15),
talvolta anche il gene FBN2 è coinvolto. La sindrome di Marfan è un esempio di
espressività variabile: all'interno di una stessa famiglia l’intensità della
manifestazione dei sintomi è varibile da un individuo all’altro, ciò perché ci
potrebbe essere una mutazione in un altro gene codificante per un'altra
proteina collagenica, quindi la mutazione della fibrillina non viene tamponata e
la sindrome di Marfan sarà più evidente!
Sono state riscontrate diversi tipi di mutazioni di FBN1: mutazioni missenso,
responsabili di una ridotta deposizione di fibrillina e riduzione della sua sintesi.
l'attività biochimica della proteina è compromessa e interferisce con il prodotto
dell'allele normale provocando un effetto dominante negativo che di
conseguenza comporta un fenotipo clinico più grave. Con una mutazione
nonsenso si avrà invece un fenomeno di aploinsufficienza (produzione del 50%
della proteina proveniente dalla trascrizione del gene selvatico) che dà
comunque delle manifestazioni, ma sicuramente più lievi.
14.PERCHÉ IL RETINOBLASTOMA HA EREDITABILITÀ DOMINANTE
ANCHE SE È UN CARATTERE AUTOSOMICO RECESSIVO? DOVE SI TROVA
IL GENE?
Retinoblastoma è un tumore maligno infantile dell'occhio, derivato da cellule
embrionali della retina. È una malattia rara legata al gene RB1 c13b14
(oncosoppressore) in cui il carattere essendo autosomico recessivo per
manifestarsi non è sufficiente una mutazione costituzionale, ma sono necessari
due eventi mutazionali (teoria dei two hits).
Può presentarsi: in forma ereditaria, più frequente a insorgenza precoce,
solitamente bilaterale, e trasmessa in maniera autosomica dominante con
penetranza incompleta. La prima mutazione, interessa tutte le potenziali cellule
bersaglio (retinoblasti) poiché l'allele mutante viene ereditato per via germinale
da uno dei due genitori (eterozigote per la mutazione). La seconda mutazione
colpisce invece una cellula somatica provocando la manifestazione del tumore.
Nella forma sporadica il RB è unilaterale, entrambe le mutazioni avvengono a
livello somatico, e devono essere contemporaneamente presenti nella stessa
cellula. Sono più rare e hanno insorgenza tardiva.
15.DIFFERENZA TRA ESPRESSIVITÀ VARIABILE E PENETRANZA
INCOMPLETA CON DUE ESEMPI DI MALATTIA.
L'espressività variabile misura il grado di espressione di un genotipo a livello
del fenotipo. Lo stesso allele in soggetti diversi può dare origine a fenotipi con
caratteristiche cliniche molto differenti. Quindi In alcuni soggetti di una stessa
famiglia il difetto ereditario può manifestarsi in forma più grave, in altri in
forma più lieve, pur essendo portatori della medesima mutazione. Ciò Dipende
da vari fattori: su quale dominio della proteina cade la mutazione, la presenza
di altri geni di altre proteine che fanno sì che la mutazione venga compensata o
meno e fattori ambientali e di vita. Nella sindrome di Marfan l'espressività è
molto variabile. Le varie manifestazioni della sindrome sono attribuibili a un
effetto dominante negativo della mutazione a carico del gene FBN1 (se vi è una
mutazione per un'altra proteina del collagene, la mutazione della fibrillina non
viene tamponata e ne consegue che la sindrome sarà più evidente). La
penetranza incompleta è una caratteristica di alcune malattie genetiche a
trasmissione autosomica dominante e si riferisce a quella parte di persone che
hanno sempre una mutazione, ma non hanno sempre sintomi di quella
malattia. (La malattia si può vedere ricomparire nella famiglia anche se l'albero
genealogico sembra che salti una generazione; in realtà la malattia
geneticamente è presente, ma non si manifesta fenotipicamente.) ciò accade
perché sono presenti altre variazioni in alcuni geni modificatori che
interagiscono con la mutazione e ne vanificano la presenza e i suoi effetti e per
azione di fattori i ambientali. Un esempio è il ritardo mentale da sindrome della
X fragile (penetranza dell'80%), oppure tumore alla mammella (autosomico
dominante geni BRCA1 e 2)
16.SEQUENZIAMENTO AD ALTA PROCESSIVITÀ
L’NGS (Next-Generation Sequencing)comprende metodiche e tecnologie che
hanno in comune il sequenziamento parallelo massivo di molecole di DNA
amplificate in modo clonale o di singole molecole di DNA separate
spazialmente in una cella a flusso. Prevedono tutte la frammentazione del DNA
genomico in molecole di circa 200-400 bp che saranno poi amplificate
clonalmente in parallelo. La fase successiva comprende il sequenziamento che
può essere di due tipi: “per sintesi” (basato sul metodo di Sanger o sulla
reazione di pirosequenziamento) e il sequenziamento “per ligazione”. Con il
NGS, l’acquisizione dei dati di sequenza avviene contemporaneamente per
tutte le reazioni, con un notevole risparmio di tempo. Viene generata in questo
modo una grande quantità di dati che, dopo essere processata e analizzata per
via bioinformatica, viene confrontata con un genoma di riferimento. Può essere
effettuato il sequenziamento dell’intero genoma o quello dell’esoma, limitato
alle regioni codificante del genoma. Quest’ultimo è più utilizzato in quanto
meno costoso, molto più semplice e può identificare la maggior parte delle
varianti causanti malattia. I metodi più usati di NGS sono Illumina, Ion torrent e
454 roche.
17.EFFETTI DELLE MUTAZIONI PUNTIFORMI
le mutazioni puntiformi sono quelle mutazioni che interessano un solo
nucleotide. Possono essere di vario tipo e con conseguenze diverse.
Innanzitutto la sostituzione di una purina con un’altra o di una pirimidina con
un’altra prende il nome di transizione mentre la sostituzione di una purina con
una pirimidina e viceversa prende il some si transversione. Queste mutazioni
possono essere silenti, quindi non alterare la sequenza amminoacidica
(soprattutto se avvengono sulla terza base di una tripletta, grazie alla
degenerazione del codice genetico) e non avere nessun effetto fenotipico
(alcune possono interferire con lo splicing del pre-mrna nelle seq ESE e ESS).
Possono essere mutazioni missenso, quindi provocano la sostituzione di una
amminoacido un altro, l’eventuale patogenicità di queste mutazioni può essere
valutata in base alla differenza di proprietà tra l’amminoacido mutato e quello
originale (conservative/non conservative). Possiamo anche avere mutazioni
frameshift dove la delezione o l’aggiunta di una singola base (o comunque di
un numero non multiplo di 3) provoca lo slittamento della cornice di lettura dal
punto in cui è avvenuta la mutazione fino alla porzione terminale della
sequenza. In questi casi solitamente viene inserito un codone di stop che
provoca la produzione di una proteina tronca (mutazione non senso). Infine
esistono le mutazioni di splicing, a carico di sequenze di regolazione dello
splicing , alterano la maturazione del pre-mrna.
18.DESCRIVERE 3 SITUAZIONI IN CUI LA MALATTIA EREDITARIA PUÒ
INSORGERE SENZA CHE CI SIANO STATI CASI PRECEDENTI DI MALATTIE-
FENOTIPO NELLA FAMIGLIA
Situazioni in cui la malattia ereditaria può insorgere senza che ci siano stati
casi precedenti di malattie-fenotipo nella famiglia, possono essere dovute a
una caso di Mosaicismo germinale parentale: condizione in cui in un
individuo coesistono due o più linee cellulari geneticamente diverse derivate da
un singolo zigote, che portano a differenti mutazioni, e che possono colpire
qualsiasi tipo di cellula. Si tratta di un errore nella divisione cellulare durante lo
sviluppo del nascituro. Un esempio di patologia legata al mosaicismo
germinale è l’osteogenesis imperfecta.
Un’altra situazione tipica è il caso della penetranza incompleta: una
caratteristica di alcune malattie genetiche a trasmissione autosomica
dominante che si riferisce a quella parte di persone che hanno sempre una
mutazione, ma non hanno sempre sintomi di quella malattia. (La malattia si
può vedere ricomparire nella famiglia anche se l'albero genealogico sembra
che salti una generazione; in realtà la malattia geneticamente è presente, ma
non si manifesta fenotipicamente.) ciò accade perchè sono presenti altre
variazioni in alcuni geni modificatori che interagiscono con la mutazione e ne
vanificano la presenza e i suoi effetti e per azione di fattori i ambientali. X
fragile e tumore mammella. Le malattie genetiche dovute ad un'alterazione
presente nel DNA possono insorgere in piccola parte de novo, cioè non essere
presente nei genitori ma aver avuto luogo solamente in una delle loro cellule
germinali che ha poi dato origine al nuovo organismo. Il difetto genetico è post-
zigotico, Una nuova mutazione autosomica dominante avvenuta durante la
meiosi a livello delle cellule gametiche parentali che determina uno schema di
eredità simile a quello di un carattere recessivo autosomico o legato all’X ed
invece si tratta di un caso sporadico
19.CLASSIFICARE LE ABERRAZIONI CROMOSOMICHE DI STRUTTURA IN
BASE A QUEGLI ELEMENTI DELL’ARCHITETTURA DEL GENOMA CHE
FAVORISCONO LA COMPARSA DI RIARRANGIAMENTI RICORRENTI DE
NOVO. FORNISCI ALMENO UN ESEMPIO PER TALI DISORDINI.
Le anomalie cromosomiche di struttura sono anomalie nelle quali il numero di
cromosomi non risulta essere alterato. Si possono distinguere anomalie
bilanciate , che comprendono traslocazioni reciproche, traslocazioni
robertsoniane, inversioni pericentriche e paracentriche e inserzioni, e anomalie
sbilanciate, rappresentate da: delezioni parziali, cromosomi ad anello,
isocromosomi e cromosomi derivativi.
-Traslocazioni reciproche bilanciate: originano da un evento di doppia rottura
cromosomica su due cromosomi diversi, con successivo scambio dei segmenti
cromosomici interessati. Si originano così due cromosomi derivativi
complementari l’uno dell’altro. Innocue (conservano integra la quantità di
materiale cromosomico), a meno che la rottura non avvenga a livello di un
gene trascritto che viene inattivato. Una traslocazione bilanciata può essere
causa di infertilità nel maschio per oligo-azoospermia.
- inversioni pericentriche e paracentriche: doppio evento di rottura sullo stesso
cromosoma con inversione di 180° di un segmento che può includere o meno il
centromero
- inserzioni: evento a tre rotture, una sul cromosoma accettore e due sul
cromosoma donatore del segmento inserito in sede ectopica
- traslocazioni robertsoniane: fusione a livello del centromero di due cromosomi
acrocentrici; si forma un cromosoma con le braccia lunghe complete,
centromero comune e perdita delle braccia corte. La più frequente è la
traslocazione t(13;14) (q10,q10) ed implica il rischio di concepire zigoti con
trisomia 13
-delezioni parziali (terminali o interstiziali): il fenotipo clinico varia in relazione
all’estensione della delezione. Es. Sindrome di Wolf-Hirschhorn (delezione
parziale 4p) Sindrome Cri du chat (delezione parziale 5p)
20.GENI LE CUI MUTAZIONI COSTITUZIONALI SONO ALLA BASE DEI
TUMORI EREDO FAMILIARI
Alla base dei tumori eredofamiliari, vi sono delle mutazioni somatiche che
riguardano principalmente tre tipologie di geni: protoncogeni, oncosopressori e
geni mutatori. I protoncogeni sono geni che promuovono la proliferazione
cellulare quando ricevono segnali che attivano la loro funzione enzimatica. Può
diventare un oncogene, quando, in seguito a mutazione, diventa attivo anche
in assenza di questi segnali. Mutazioni dei protoncogeni determinano un
eccesso o acquisto di funzione (gain of function) rispetto alla proteina normale
e agiscono con meccanismo dominante, quindi è sufficiente una mutazione in
eterozigosi per avere l’effetto sulla cellula. Gli oncosopressori sono geni che in
condizioni normali hanno effetti inibitori sulla trasformazione neoplastica. Il
danneggiamento di una singola copia del gene consente ancora il
funzionamento del locus e quindi non è associato allo sviluppo del tumore. La
perdita della funzione di entrambe le copie determina invece l’inattivazione
completa del locus e quindi la comparsa del tumore. Agiscono perciò con un
meccanismo recessivo. Altri geni causativi di tumori sono i “geni mutatori”, così
chiamati perché le forme alleliche responsabili delle sindromi appartenenti a
questa categoria determinano un aumento del tasso di mutazione.
L’alterazione del gene mutatore determina una perdita della sua funzione e
quindi del meccanismo di controllo della stabilità del materiale genetico in cui è
coinvolto. Nelle forme recessive entrambi gli alleli sono difettosi
costituzionalmente, mentre nelle forme dominanti il secondo allele viene
inattivato da mutazioni somatiche. Un esempio di patologia dovuta alla
mutazione di un gene mutatore è la sindrome di Li-Fraumeni, dovuta a una
mutazione della proteina p53, definita come il “guardiano del genoma”, che
funziona come sensore del danno subito dal DNA. Quando vi sono delle rotture
cromosomiche, p53 segnala alla cellula che è il caso di sospendere la
progressione del ciclo per consentire la riparazione del danno. Se i danni sono
numerosi e non correggibili la cellula va incontro ad apoptosi. Quando le
funzioni di p53 sono soppresse, la cellula procede nella divisione cellulare,
trasmettendo le mutazioni acquisite alle cellule figlie.
21.CLASSIFICARE LE MUTAZIONI IN BASE AGLI EFFETTI FUNZIONALI
CON ESEMPIO DI PATOLOGIA
In base all’effetto che hanno le mutazioni sul fenotipo si possono distinguere
mutazioni con perdita di funzione (loss of function) e mutazioni con
acquisizione di funzione (gain of function). Le mutazioni che producono la
perdita o almeno una riduzione della funzione. In questi casi, l’effetto
patogenetico della mutazione si manifesta soltanto quando entrambi gli alleli a
un determinato locus sono mutati. Se uno solo dei due alleli è mutato, quello
normale produce quantità sufficienti di prodotto genico e si ha l’espressione di
un fenotipo normale. La gran parte delle mutazioni di geni responsabili di errori
congeniti del metabolismo sono mutazioni loss of function. Ma vi sono anche
casi in cui la perdita di funzione può determinare un fenotipo dominante.
Questo avviene, ad esempio, quando il livello di proteina prodotto (circa il 50%)
da un singolo allele è insufficiente a compensare la perdita dell’altro e si ha
l’espressione di un fenotipo patologico (aploinsufficienza). Un esempio è
l’ipercolesterolemia familiare, una condizione autosomica dominante causata
da mutazioni nel gene del recettore per le lipoproteine a bassa densità. Oppure
può avvenire che il prodotto di un allele mutato oltre a perdere la propria
funzione, interferisce con quella dell’allele normale. Si parla di effetto
dominante negativo. Solitamente questo avviene per quei geni che codificano
proteine che formano multimeri, come per esempio i geni del collagene.
Mutazioni invece che determinano gain of function causano più spesso fenotipi
dominanti. Ad esempio, in alcuni riarrangiamenti cromosomici responsabili di
tumori si formano geni chimerici in seguito alla fusione di due geni che
acquisiscono una nuova funzione. Rientrano nelle mutazioni gain of function
anche duplicazioni associate ad un aumento del dosaggio genico, come ad
esempio nella malattia di Charcot-Marie-Tooth, una neuropatia periferica
ereditaria dovuta in alcuni casi alla duolicazione del gene PMP22. Gli effetti
delle varie mutazioni possono avere entità estremamente variable, anche in
realzione al tipo di cellule/tessuti che esprimono il gene mutato e alla sua
funzione specifica: a volte gli effetti di una mutazione possono essere limitati a
un solo organo o un solo tipo cellulare, altre possono avere effetti su più
tessuto o organi, si parla in questo caso di effetto pleiotropico.
22.PRESENTA IL CONCETTO DI PLEIOTROPIA CON 2 ESEMPI DI
MALATTIA
La pleiotropia è il fenomeno per cui uno stesso gene manifesta più effetti
fenotipici distinti. Quando un gene è soggetto a mutazioni, che ne alterano il
funzionamento, le manifestazioni fenotipiche saranno estese a differenti organi
o tessuti. In particolare, l’effetto fenotipico atteso sarà tanto maggiore quanto
più il gene mutato è espresso in diversi tipi cellulari e/o il suo prodotto è
implicato in diversi processi biochimici che riguardino vari aspetti della
funzione cellulare. Un esempio è dato dalla Sindrome di Marfan, una malattia a
trasmissione autosomica dominante dove la mutazione del singolo gene FBN1
della fibrillina si manifesta nel cuore, nell’osso e nei tendini. In particolare si
evidenziano alta statura, lassità delle articolazioni, lussazione del cristallino,
dilatazione aortica e difetti a carico delle valvole cardiache. Un altro esempio è
rappresentato dalla fibrosi cistica, malattia autosomica recessiva causata dalla
mutazione del gene CFTR, che presenta sintomi a livello dell’apparato
respiratorio e digerente, oltre che interessare le ghiandole esocrine, prime fra
tutte, le ghiandole sudoripare.
23.MECCANISMI DI INATTIVAZIONE DI UN GENE O UN CROMOSOMA
Poiché il nostro genoma non cambia esistono vari meccanismi epigenetici di
regolazione che non modificano la sequenza primaria del DNA ma agiscono
modificandone la struttura, da aperta e lassa e trascrizionalmente attiva
(eucromatina) a chiusa, condensata e inattiva (eterocromatina). Se questi
meccanismi vengono meno possono emergere malattie (es. tumori). I principali
meccanismi di controllo sono: acetilazione degli istoni H3 H4 che avvengono a
livello dei residui di lisina delle code n-terminali (la deacetilazione inattiva la
cromatina e viceversa).
Metilazione del DNA: è uno dei meccanismi più frequenti, consiste
nell’aggiungere un gruppo metilico al carbonio 5 dell’anello pirimidinico della
citosina in prossimità della guanina, regione detta isola di CPG caratteristica nei
promotori. (determinando una eterocromatizzazione della porzione
cromosomica che impedisce la trascrizione di tali geni). meccanismo mediato
dall’enzima metiltrasferasi. Metilare un gene vuol dire dunque spegnerlo, non
metilarlo significa renderlo attivo. Questo meccanismo si chiama imprinting
genetico. Quando interessa la diversa regolazione trascrizionale di geni a
seconda del sesso. Questo perché il genoma paterno e materno sono di numero
idendico ma non sono funzionalmente equivalenti. L’imprinting non è un
processo permanente nel DNA: mantenuto durante la divisione delle cellule
somatiche poi cancellato dalle cellule della linea germinale per essere poi
reinserito rispetto a quello che sarà il sesso dell’individuo. Ad un gene può
inoltre essere impedita la replicazione quando a livello della regione del
promotore si legano molecole ad azione inattivante che impediscono
stericamente l’aggancio del rna polimerasi e quindi la trascrizione del gene. Per
quanto riguarda l’inattivazione dell’intero cromosoma avviene ad esempio nel
fenomeno della lyoniazzazione dove un intero cromosoma x viene silenziato.
Qua agiscono geni specifici quali il gene Xist il quale codifica per un lncRNA
implicato nel reclutamento di fattori proteici del complesso Polycomb implicati
nella condensazione della cromatina e nella conseguente inattivazione del
cromosoma.
24.DEFINIRE CNV E CON QUALE MECCANISMO PUÒ ESSERE FORMATA
Le CNV sono regioni di DNA che si possono trovare in un numero variato di
copie; rappresentano il prodotto della ricombinazione non omologa fra
sequenze ripetitive intersperse come le sequenze Alu o LINE, o retroelementi
dotati di sequenze LTR. Si generano per dupicazione/delezione e trasposizione
di elementi ripetuti che possono interessare sequenze non alleliche e quindi
non patologiche oppure locus genici e quindi causare fenotipo patologico.
Nuove varianti non presenti nel DNA dei genitori, lunghe almeno 1kb-100kb,
che Solitamente si trovano nelle regioni del DNA non codificanti, ma possono
essere ritrovate all’interno di geni senza che ci siano necessariamente
implicazioni fenotipiche. Se queste modificazioni vanno ad interessare regioni
codificanti possono insorgere fenotipi patologici per inattivazione del gene o
per modificazioni nella funzionalità della proteina prodotta. Queste sequenze
hanno inoltre in alcuni casi la capacità di integrarsi nel genoma dopo
retrotrascrizione da uno stampo di RNA intermedio. Allo stesso modo se questi
elementi vanno ad inserirsi all’interno di un gene possono provocarne
l’inattivazione. Un esempio è dato da alcuni casi di emofilia.
Posso essere distinte in: CNV benigne: piccole dimensioni, presenti in individui
sani della stessa famiglia ( o può anche insorgere de novo) sono spesso
localizzati in regioni cromosomiche ricche di dupliconi. CNV patogeniche:
risultano maggiormente da un evento de novo, hanno dimensioni maggiori di 2
Mb e sono riportate in associazione a sindromi con ritardo mentale e anomalie
fenotipiche multiple. Possono interferire sulla salute ma non sono subito
causative di una malattia, assieme ad altri fattori possono predisporre a
malattie, diminuire o aumentare la capacità di metabolizzazione di certe
molecole (ex farmaci). Possono però proteggere da alcune infezioni HIV
quando si ha una modificazione di un gene dei recettori dei linfociti T (che
riconoscono il virus dell'HIV), il quale assume una forma 3D alterata e viene
nascosto dalla membrana plasmatica dei linfociti T, così il virus non lo
riconosce e non entra nella cellula.
25.TIPOLOGIE DI CARATTERI MULTIFATTORIALI. METODI DI
IDENTIFICAZIONE DEI SINGOLI FATTORI CONTROLLO GENETICO
Esistono numerose forme patologiche comuni che mostrano familiarità (spina
bifida,labbro leporino,diabete), la cui esatta natura della familiarità è difficile da
identificare, poiché non sono ereditate secondo gli schemi di trasmissione
mendeliane ma la loro espressione di è il risultato dell'azione congiunta di più
geni e di fattori ambientali. Queste condizioni sono definite caratteri
multifattoriali o anche poligenici. Questi caratteri si possono suddividere in 2
tipi: quantitativi e discontinui o semiquantitativi. I primi presentano una
variazione continua nella "intensità" della loro manifestazione (altezza, il peso,
il colore della pelle, occhi e pressione arteriosa). Ogni singolo gene non
determina se quel carattere è presente o meno, ma fornisce un piccolo
contributo alla intensità di presentazione di quel carattere, e solo la somma dei
contributi dei diversi geni coinvolti determina effettivamente il valore reale
osservabile per quel carattere. I caratteri discontinui invece si presentano in
modalità "tutto o nulla", ovvero affinché si manifestino devono superare un
certo valore critico detto soglia di suscettibilità.
Es. labiopalatoschisi, :Il labbro leporino è un carattere poligenico dipendente
proprio dal fatto che sia superato o no un certo valore soglia. Modello che
spiega la "familiarità" della presenza di questa malattia.
Per identificare quali sono i geni coinvolti nella comparsa di questi caratteri
vengono impiegate due strategie principali: analisi di linkage e gli studi di
associazione. Entrambi effettuano il mappaggio genetico e la ricerca nel
genoma dei geni coinvolti nelle patologie utilizzando loci marcatori polimorfici.
La migliore strategia è rappresentata dal linkage non parametrico che si basa
sulla condivisione allelica tra due o piùù̀ individui affetti all’interno della stessa
famiglia. Studi di associazione invece mirano ad individuare un’associazione
allelica tra marcatori e malattia a livello di popolazione.
Una variante allelica può avere un effetto diretto sul fenotipo alterando la
sequenza amminoacidica di una proteina, la regione regolatori del gene o dello
splicing. Al contrario, una variante allelica puòù̀ mostrare associazione con la
malattia senza, però, essere direttamente implicata nella patogenesi.
26.DOMANDA INGLESE
(Domanda inglese) Dai una breve definizione a questa classificazione di varianti
che possono essere individuate dopo sequenziamento dell’esoma:
- variants with unknow biological function
- functional variants not linked to a disease
- disease-associated variants
- disease-caused variants
Spesso un test genetico rileva la presenza di una sequenza rara di cui non è
possibile stabilire gli effetti funzionali e clinici. Si è stabilità una classificazione,
in cui a ciascuna mutazione viene attribuito un punteggio in base alla
potenziale patogenicità. Si distinguono varie classi:
- Variants with unknow biological function: classe piuttosto ampia di varianti il
cui significato non è interpretabile in maniera univoca
- Functional variants not linked to a disease: varianti private, le quali tutt’al più
possono comportarsi come alleli a bassa penetranza in un contesto
multifattoriali; anche se fosse vera quest’ultima ipotesi, la loro determinazione
non comporterebbe significativi vantaggi sul piano clinico, data la bassa entità
del rischio associato.
- Disease-associated variants: varianti con alta probabilità di essere dannose
- Disease-caused variants: varianti il cui effetto dannoso sulla funzione di un
gene è accertata. A questo gruppo sono attribuite quasi tutte quelle mutazioni
che, in base al previsto effetto sull’RNA e/o sulla proteina, determinano la
perdita di funzione di un gene (es frameshift, missenso) così come mutazioni
missenso o di altro tipo precedentemente identificate in altri pazienti come
patogenetiche.
27.CONTINUUM TRA CARATTERI MENDELIANI E COMPLESSI
i caratteri mendeliani sono quei caratteri che vengono trasmessi nelle
generazioni di individui secondo le leggi di Mendel. Questi caratteri sono
caratterizzati da un evidente meccanismo di ereditarietà (che sia recessiva o
sia dominante) e con, la maggior parte delle volte un singolo gene responsabile
del carattere espresso (monofattoriali). Per quanto riguarda i caratteri
complessi si vuole evidenziare come in questi caratteri l’intervento di fattori
genetici sia correlato con una grande parte di altri fattori che contribuiscono
all’espressione fenotipica. In particolare tra questi altri fattori presentano ruolo
di rilievo i fattori ambientali. Abbiamo però un continuum tra queste tipologie di
caratteri dove da caratteri monofattoriali si passa a caratteri nei quali abbiamo
un progressivo aumento dell’influenza ambientale (caratteri poligenici) fino a
quelli che sono appunto i caratteri complessi nei quali abbiamo un intreccio di
molteplici fattori. Si evidenzia comunque come nei caratteri complessi si riesca
sempre a trovare una base genetica, che anche se non semplice come per i
classici caratteri monofattoriali quando si vada ad analizzare l’aggregazione
familiare. Infatti il grado di aggregazione familiare (ossia il rapporto tra la
prevalenza della malattia tra una determinata categoria di parenti degli affetti
e la prevalenza della malattia nella popolazione generale) può essere decine o
centinaia di volte maggiore tra consaguinei rispetto a quello che si osserva
nella popolazione di rifermento. Si pensa quindi che ci sia un certo grado di
predisposizione allo sviluppo di una determinata malattia su base genica che
verrà manifestata se si supera una certo valore soglia di fattori di suscettibilità
28.PROBABILITà ALLELICA E GENETICA
Le frequenze geniche o alleliche sono le proporzioni dei diversi alleli presenti a
un determinato locus in una popolazione. Dal momento che ogni gamete
contiene una singola copia di un gene la frequenza allelica corrisponde alle
frequenze di gameti con diversi alleli (frequenza gametica). Le frequenze
genotipiche invece si riferiscono alle diverse combinazioni possibili di due alleli,
e rappresentano le proporzioni dei diversi genotipi esistenti per il locus preso in
considerazione. Conoscendo le frequenze geniche è possibile determinare le
frequenze genotipiche di una popolazione presa in esame.
29.DIFFERENZA TRA ETEROGENEITÀ ALLELICA E GENETICA
L'eterogeneità genetica è il fenomeno per cui mutazioni di geni diversi possono
avere lo stesso effetto fenotipico. Ad esempio nel caso del sordomutismo sono
stati identificati circa 60 geni responsabili di questa condizione. L’eterogeneità
allelica invece è la condizione nella quale mutazioni diverse dello stesso gene ,
nello stesso allele possono dare fenotipi diversi. Ad esempio, se si verifica una
mutazione nei collageni che danno normalmente osteogenica imperfetta
(COL1A1 e COL1A2) e questa mutazione fa saltare la lettura dell’esone 6 di
questo gene, non avremo più osteogenesi imperfetta, ma la malattia di Ehlers
Danlos.
30.ASO E OLA:
Allele-specific oligonucleotide permette di discriminare tra loro alleli che
differiscono anche di un solo nucleotide sfruttando la capacità delle sonde di
DNA di ibridarsi in maniera specifica solo con sequenze del tutto
complementari. Vengono infatti utilizzate sonde specifiche che sono ibridate al
tratto di DNA denaturato da analizzare. Se l’appaiamento non è completo a
causa di una mutazione anche di un singolo nucleotide, avremo un mismatch,
l’ibridazione non sarà stabile e la sonda verrà eliminata con i lavaggi. Per
quanto riguarda la oligonucleotide ligation assay (OLA) si vanno ad utilizzare
sonde fluorescenti specifiche per le mutazioni da analizzare. Si utilizzano due
sonde che si legano a segmenti adiacenti della sequenza di DNA con punto di
giunzione a livello della presunta mutazione. Viene fatta l’ibridazione e poi
utilizzata una ligasi che andrà ad unire i filamenti solo se perfettamente
ibridati.
31.Biopsia liquida
La biopsia liquida è una tecnica per rivelare la presenza di un tumore
direttamente da un prelievo di sangue e poterlo analizzare, studiando il DNA
circolante. Si va a selezionare il DNA tumorale circolante tramite delle
macchine come la CPC che permettono di isolare le cellule tumorali circolanti
riconoscendo gli anticorpi nelle membrane cellulari delle cellule tumorali che
possono poi essere messe in coltura e studiate. Oltre a questo, si può isolare
direttamente il DNA circolante. Si possono anche isolare basse percentuali di
DNA tumorale e controllare i livelli del DNA permette di capire se la terapia in
corso è buona o se il tumore sta tornando. Il DNA tumorale circolante può
essere presente in percentuali che vanno dallo 0,01% al 90% e il tasso di
questo DNA è associato al peso del tumore. Da questo DNA si possono vedere
le alterazioni genetiche associate ai tumori. In questo modo si può ricostruire il
profilo genetico del tumore senza andare a fare la biopsia, anche se oggi è
ancora necessaria, anche solo per un confronto con quella liquida.
32.Mosaicismo
Il mosaicismo è una condizione in cui coesistono due linee cellulari nello stesso
individuo, dovuto a mutazioni che avvengono come eventi post-zigotici.
Quando un mosaicismo è contenuto nelle cellule germinative, si parla di
mosaicismo germinale. Quest’ultimo al contrario del mosaicismo somatico, può
essere trasmesso alla prole in maniera mendeliana. Il mosaicismo somatico
può essere privo di conseguenze fenotipiche a seconda del numero di cellule
con la mutazione e dei tessuti in cui esse si distribuiscono; mutazioni in geni
che controllino la proliferazione cellulare possono essere responsabili
dell’insorgenza di tumori.
33. Diagnosi prenatale
La diagnosi prenatale è un insieme di indagini utilizzate per identificare difetti
congeniti nel feto. Si possono distinguere tecniche invasive e tecniche non
invasive. Tra le tecniche non invasive troviamo:
- ecografia: possono essere eseguite in qualsiasi momento della gravidanza e
non comportano rischi per il feto. Sono consigliate 3 ecografie, una a trimestre.
Nel primo trimestre l’ecografia è volta a rilevare i principali parametri dello
sviluppo fetale quali la lunghezza e l’attività cardiaca. Nel secondo trimestre si
effettua l’ecografia morfologica, che permette di visualizzare molti dettagli
anatomici del feto e quindi eventuali anomalie. Rientrano sempre tra le
tecniche non invasive i test predittivi del siero materno. A dieci settimane di
gestazione si esegue il bi-test che combina PAPP-A e Beta-HCG e ha un potere
di riconoscimento per la sindrome di Down intorno al 63%, includendo però un
5% di falsi positivi. Il potere di riconoscimento può arrivare al 90% se al bi-test
è associata la valutazione ecografica della translucenza nucale. Il tri-test (alfa-
FP, beta-HCG e uE3) si esegue tra le 14 e le 18 settimane di gestazione e ha
una detection rate del 66%, con il 5% di falsi positivi. Un altro esame non
invasivo è il NIPT (Non Invasive Prenatal Test) che consiste nell’analizzare il
DNA fetale in circolo nel sangue materno. Affinchè vi sia la concentrazione di
DNA sufficiente per l’esame è necessario che sia eseguito dalla decima settima
di gravidanza in poi.
Le tecniche invasive comprendono:
- villocentesi: tecnica che permette il prelievo più precoce di materiale
placentare, intorno a 10-11 settimane dalla data dell’ultima mestruazione.
Consiste nel prelievo di villi coriali dal chorion frondosum per via
transaddominale con un ago rigido introdotto sotto controllo ecografico. Il
rischio di perdita fetale dopo villocentesi è intorno all’1-2%. Inoltre esiste
correlazione tra villocentesi effettuata prima dell’ottava settimana di
gestazione e presenza alla nascita di difetti trasversi degli arti, per questo è
raccomandabile che la villocentesi non venga eseguita prima di 10 settimane di
gestazione.
- amniocentesi: si esegue invece di norma alla sedicesima settimana di
gestazione, contando dal primo giorno dell’ultima mestruazione. Consiste nel
prelievo di 15-20 ml di liquido amniotico mediante una siringa il cui ago viene
inserito nella cavità uterina attraverso la parete addominale sotto controllo
ecografico. A differenza della villocentesi, l’amniocentesi permette la raccolta
di cellule fetali e non annessiali, nonché di liquido amniotico su cui possono
essere condotti vari test biochimici e microbiologici. Il rischio di aborto è
generalmente intorno allo 0.5-1%.
-cordocentesi: consiste nel prelievo di sangue fetale dal cordone ombelicale, si
esegue a partire dalla ventesima settimana di gestazione. Il prelievo viene
praticato per via transaddominale utilizzando un ago sottile e una piccola
siringa eparinata. Il rischio di perdita fetale è intorno al 1-2%.
La diagnosi prenatale, soprattutto quella che prevede l’utilizzo di tecniche
invasive, viene effettuata in caso di:
- età materna avanzata
- casi precedenti di figli con sindromi o di interruzioni di gravidanza
- genitore portatore di riarrangiamento strutturale o anomalia cromosomica
legata al sesso o malattia a trasmissione autosomica dominante
- feto con malformazioni evidenziate tramite ecografia
- positività ai test di screening
34.Differenza tra villocentesi e amniocentesi
La villocentesi è la tecnica che permette il prelievo più precoce di materiale
placentare, intorno a 10-11 settimane dalla data dell’ultima mestruazione.
Consiste nel prelievo di villi coriali dal chorion frondosum per via
transaddominale con un ago rigido introdotto sotto controllo ecografico. Può
avere delle complicanze, quali piccole perdite ematiche, perdita di liquido
amniotico, infezioni e soprattutto interruzione della gravidanza. Il rischio di
perdita fetale dopo villocentesi è intorno all’1-2%. Inoltre esiste correlazione tra
villocentesi effettuata prima dell’ottava settimana di gestazione e presenza alla
nascita di difetti trasversi degli arti, per questo è raccomandabile che la
villocentesi non venga eseguita prima di 10 settimane di gestazione.
L’amniocentesi si esegue invece di norma alla sedicesima settimana di
gestazione, contando dal primo giorno dell’ultima mestruazione. Consiste nel
prelievo di 15-20 ml di liquido amniotico mediante una siringa il cui ago viene
inserito nella cavità uterina attraverso la parete addominale sotto controllo
ecografico. A differenza della villocentesi, l’amniocentesi permette la raccolta
di cellule fetali e non annessiali, nonché di liquido amniotico su cui possono
essere condotti vari test biochimici e microbiologici. Le complicanze
dell’amniocentesi, molto rare, possono essere l’amniotite, la perdita di liquido
amniotico, il travaglio prematuro, l’emorragia placentare. Queste evenienze
sono legate alla traumaticità del prelievo, a insufficiente sterilità ambientale, a
eventuali inserzioni multiple dell’ago per inesperienza dell’operatore e possono
portare all’aborto in una piccola percentuale di casi, generalmente intorno allo
0.5-1%.
35. Malattia di Hungtington: genotipo e sintomi
La Corea di Hungtington è una malattia da mutazioni dinamiche che riguardano
il gene HTT localizzato sul braccio corto del cromosoma 4, che codifica per la
hungtingtina, proteina espressa nelle cellule del SNC. Nel primo esone del gene
è presente una sequenza di triplette CAG, a cui corrisponde una sequenza
poliglutaminica nel prodotto proteico. Gli alleli normali comprendono un
numero di triplette variabile tra 10 e 35. Gli alleli comprendenti un numero di
triplette tra 36 e 39 sono considerati alleli patologici a penetranza variabile, il
che significa che in alcuni soggetti danno un quadro tipico della malattia,
mentre in altri rimangono silenti anche ad età molto avanzata. Gli alleli con un
numero di CAG compreso tra 40 e 120 sono patologici a penetranza completa.
Il processo di amplificazione avviene durante la gamentogenesi sia maschile
che femminile. Le amplificazioni più cospicue avvengono nel corso della
spermatogenesi, pertanto le rare forme giovanili sono ereditate dai padri. Gli
affetti da malattia di Hungtington producono un’hungtingtina che differisce da
quella normale per la presenza di un numero maggiore di glutammine e che
esercita a livello cellulare un effetto dominante negativo. I sintomi sono
disabilità motoria progressiva sia volontaria che involontaria e deterioramento
intellettivo. Inizialmente le manifestazioni motorie sono lievi e consistono in
irrequietezza, iperreflessia, movimenti oculari abnormi, movimenti eccessivi e
inappropriati delle mani e dei piedi. Successivamente compaiono i movimenti
coreici involontari, più tardivamente bradicinesia, distonia e rigidità. Inoltre i
pazienti presentano un rallentamento dei processi psichici, difficoltà di
concentrazione e attenzione e predita della memoria, a cui sono associati
disturbi psichiatrici, sia dell’umore che del comportamento
36.Madre con tre figli con sindrome di Down
Vista la presenza di ben tre figli con Sindrome di Down è molto probabile che
uno dei due genitori sia portatore bilanciato di traslocazione t(21;21), il rischio
di ricorrenza è del 100%. Infatti genitori con traslocazione bilanciata t(21;21)
possono formare solo gameti nullisomici o disomici per il cromosoma 21. Nel
primo caso lo zigote avrà monosomia 21, sempre letale in utero, nel secondo
caso trisomia 21. Quindi potranno nascere vivi solo neonati con sindrome di
Down.
37.Dominanza incompleta
In genetica, si parla di dominanza incompleta quando nessuno dei due alleli per
un carattere è dominante sull'altro. Il fenotipo manifestato dall'eterozigote è un
fenotipo intermedio tra quelli dei due omozigoti. La dominanza incoompleta si
distingue dalla codominanza, in cui, invece, gli alleli di un medesimo gene sono
espressi con piena funzionalità contemporaneamente, come accade nel gruppo
sanguigno AB, in cui sono espressi efficacemente entrambi i geni per
gli antigeni A e B. Nella dominanza incompleta accade non solo che
nell'eterozigote, come avviene anche nella dominanza completa, l'allele mutato
è o amorfo, cioè inattivo, o ipomorfo, cioè con attività qualitativamente
normale ma quantitativamente ridotta, ma contemporaneamente si osserva
anche e soprattutto un'aploinsufficienza della copia selvatica del gene, cioè
l'incapacità di una sola copia selvatica del gene per cellula di garantirne una
funzione normale, perché per un fenotipo penetrante è richiesto un dosaggio
molecolare del prodotto genico più elevato che negli eterozigoti.