LAMPIRAN: Kualifikasi A MIKROBA FORENSIK EXPERT

Hypo: Terdakwa dituduh melakukan pencacatan berat tanpa maksud, karena telah
menularkan HIV ke pasangan seks tanpa kondom saat mengetahui ini akan menempatkan
pasangan pada risiko infeksi, dan menyangkal bermitra ini infeksi HIV-nya . Selain bukti lain
(kesaksian, catatan medis dari kedua pengadu dan terdakwa), penuntut berupaya untuk
memperkenalkan bukti analisis darah pelapor dan terdakwa, yang urutan genetik HIV itu
ditemukan. Hypo ini dipilih karena paling mendekati diterimanya saat di pengadilan:
menggunakan metode ilmiah yang mapan dan ditujukan untuk bukti saja. Karakter adalah
Jaksa (P) dan Expert (E).
P: Selamat pagi, Bu Expert. Aku Jaksa dan kami di sini untuk membahas metodologi Anda
digunakan untuk datang ke kesimpulan Anda. Apakah Anda menyiapkan laporan untuk
pengadilan ini yang berjalan sekitar 30 halaman?
E: Selamat pagi, Pak Jaksa, ya itu benar.
P: Jika saksi dapat ditampilkan pernyataannya, Kehormatan Anda. Adalah bahwa laporan
Anda siap?
E: Ya itu.
P: Sebelum kita pergi ke bukti-bukti tentang hal ini, saya ingin mengajukan beberapa
pertanyaan tentang kualifikasi Anda. Apa posisi Anda saat ini, di mana Anda bekerja saat ini.
... Berikut mengikuti diskusi panjang tentang posisi kerja ahli, bidang keahliannya,
pengalamannya dengan teknik yang digunakan, pengalamannya sebagai ahli forensik, yang
menunjukkan bahwa ahli memiliki pengalaman lama dalam analisis forensik penularan HIV
kasus.
P: Sekarang kita telah menetapkan keahlian Anda sebagai ahli forensik dalam kasus
penularan HIV, akan Anda peduli untuk menjelaskan kepada kami apa jenis tes dan analisis
Anda dilakukan dan bagaimana relevan dengan persidangan ini. Mari kita mulai dengan
virus, bagaimana HIV menyebar dan apa yang transmisi?
E: Cara yang paling umum untuk HIV untuk menyebarkan secara seksual, tetapi juga dapat
menyebar melalui kontak darah langsung seperti berbagi jarum di pengguna narkoba suntik,
atau dari ibu ke anak. Dalam hal ini, kita berbicara tentang penularan seksual melalui virus
yang telah lulus bersama-sama dengan cairan tubuh selama seks.
P: Jadi kita menggunakan transmisi kata ketika seseorang menginfeksi orang lain. Dan
apakah benar bahwa setelah transmisi, virus pada orang yang baru terinfeksi beredar dalam
darah dan dapat pulih dari darah?
E: Ya, ini sebenarnya apa yang kita lakukan. Kami diberi dua sampel darah dari kedua
individu, dua sampel pada tanggal yang berbeda, dan kami genotipe virus di semua 4 sampel.
P: Dengan genotip, yang Anda maksud Anda menentukan informasi genetik dari virus?
E: Ya, di laboratorium kami, kita mengekstrak RNA dari plasma darah, menuliskan ke cDNA
dan kemudian, kami memperkuat DNA melalui reaksi berantai polimerase, atau PCR. Ini
memberi kita cukup bahan untuk urutan ditargetkan daerah genom. Kami menargetkan gen
polimerase dan gen amplop, yang ada adalah database publik besar urutan HIV. Itu adalah
bagaimana kita genotipe virus dalam darah.
P: Dan ini mapan dalam komunitas ilmiah? Peer-review?
E: Ya untuk kedua pertanyaan-pertanyaan. Studi genotip telah dilakukan sejak bertahun-tahun
dan peneliti peer-review setuju bahwa daerah kita sequencing dapat digunakan untuk
menyelidiki penularan HIV.
P: Jika saya bisa mengajukan beberapa pertanyaan yang telah Anda rinci dalam laporan Anda
berkaitan dengan genotipe ini, adalah mungkin untuk membuat penilaian apakah virus di dua
individu terkait?
E: Ya, sampai batas tertentu. Dengan urutan ini kami sedang membangun pohon filogenetik,
dan memeriksa apakah urutan virus dari kedua pelapor dan terdakwa yang mengelompokkan
bersama-sama.
P: Apa adalah pohon filogenetik?
E: Dengan pohon filogenetik, Anda mencoba untuk memperkirakan berapa berkaitan erat
dengan virus. Anda dapat menganggapnya sebagai semacam silsilah, pohon keluarga,
semakin dekat Anda cluster di pohon itu, semakin dekat hubungan Anda. Setiap kali virus
bereplikasi, itu membuat kesalahan, dan ini disebut mutasi. Jika dua orang terinfeksi sama
lain, virus lewat di antara mereka dan pada waktu itu mereka memiliki virus yang sama. Tapi
sejak saat itu, virus bereplikasi di keduanya dan terakumulasi mutasi. Kami memiliki
perangkat lunak yang penting mutasi, dan cluster bersama-sama virus dengan jumlah paling
sedikit mutasi di antara mereka.
P: Apakah Anda mengatakan bahwa seperti pohon filogenetik dapat memberitahu kita yang
terinfeksi siapa?
E: Tidak, itu lebih rumit dari itu. Sejak virus ini mereplikasi cepat, banyak mutasi yang terjadi
dalam waktu singkat, kita tidak mungkin untuk menemukan kecocokan genetik langsung.
Jadi bahkan jika virus cluster bersama, Anda tidak tahu apakah mereka terinfeksi sama lain,
atau keduanya terinfeksi oleh orang ketiga hipotesis, atau mungkin ada bahkan lebih banyak
pihak ketiga di antara mereka.
P: Jadi, apa yang Anda cari itu?
E: Apa yang kita cari adalah apakah keterkaitan virus antara kedua individu lebih dekat
daripada antara dua individu yang terinfeksi dalam epidemi lokal yang sama. Jadi adalah
virus mereka lebih dekat terkait secara kebetulan karena fakta bahwa orang-orang tinggal di
daerah yang sama dan mungkin telah tertular virus melalui cara lain daripada seks dengan
satu sama lain.
P: Jadi, Anda tidak pernah bisa menghubungkan kedua individu langsung, seberapa dekat
yang dapat Anda katakan virus mereka terkait?
E: Jika kita memiliki urutan kontrol yang tepat dari orang yang terinfeksi lokal lainnya, kita
dapat mengatakan apakah atau tidak mereka milik cluster transmisi. Ini berarti kita tidak bisa
mengatakan mereka terinfeksi sama lain, tetapi virus mereka lebih dekat terkait daripada
dibandingkan dengan virus lokal yang beredar lainnya. Jika virus mereka terkait kurang erat,
yang berarti bahwa mereka ditemukan dalam kelompok yang berbeda, maka kita dapat
mengatakan mereka tidak menginfeksi satu sama lain.
P: Dan bagaimana Anda bisa melihat bahwa di pohon tersebut? Adalah bahwa pohon ada
sebagai lampiran untuk laporan Anda?
E: Ya, itu adalah, dua pohon pada kenyataannya, kami menganalisis dua gen.
P ke Kehormatan Her: Apakah Kehormatan Anda memiliki lampiran pada salinan
pernyataan? Saya hanya ingin menanyakan beberapa pertanyaan tentang lampiran.

Hormatilah nya: Saya memiliki lampiran dimaksud. Anda dapat merujuk ke lampiran.
Saya harus mengatakan semua ini agak rumit. Jika Anda ingin juri mempertimbangkan
pohon, Anda harus memastikan itu dipahami dengan benar.
P ke Kehormatan Her: Itu niat saya Kehormatan Anda.
P ke E: Biarkan aku memandu Anda melalui pohon. Jadi Anda memiliki semua jenis garis
horizontal di sini, dan di sebelah kanan Anda memiliki label.
E: Ya, label-label adalah nama-nama sampel. Pohon itu sebenarnya pada sisinya, sehingga
tumbuh dari kiri ke kanan. Garis disebut cabang, dan mereka berpisah di masing-masing dua
kali seseorang menginfeksi orang lain. Kami menyebutnya membagi node. Jika Anda
menganggap bahwa waktu adalah dari kiri ke kanan, semakin ke kanan perpecahan terlihat,
lebih baru infeksi tersebut terjadi. Membandingkannya dengan silsilah, yang tumbuh dari atas
ke bawah, sehingga kakek Anda berada di atas, orang tua Anda di bawah ini, Anda dan
saudara Anda dan sepupu di bawah itu. Jadi garis silsilah berjalan dari atas ke bawah, tidak
dari kiri ke kanan seperti dalam lampiran ini, tapi pada dasarnya itu adalah sama, Anda hanya
bisa mengubah lampiran ini pada sisinya dan kemudian garis akan tumbuh dari atas ke
bawah. Sekarang perpecahan antara Anda dan saudara Anda terletak pada tingkat orang tua
Anda, sementara perpecahan antara Anda dan sepupu Anda terletak pada tingkat kakek-nenek
Anda, yang lebih tinggi atas pohon. Anda bisa mengatakan Anda lebih dekat berhubungan
dengan saudara kandung Anda daripada sepupu Anda. Semakin rendah perpecahan dalam
silsilah - di pohon filogenetik kami ini adalah lebih ke kanan - yang lebih dekat hubungan.
Semuanya ke kanan split atau node di pohon filogenetik kita sebut cluster. Jika virus di dua
individu membentuk cluster dengan tidak ada virus lain di dalamnya, maka mereka lebih erat
terkait satu sama lain daripada dengan virus lain di pohon, tersedia cluster secara statistik
didukung.
P: Dan jika virus lain dalam cluster yang sama?
E: Kemudian mereka juga milik cluster transmisi yang sama, setidaknya jika cluster tidak
pecah menjadi kelompok yang lebih kecil yang juga secara signifikan didukung.
P: Jadi cluster transmisi dapat memiliki virus dari lebih dari dua individu?
E: Itu benar, dan itu juga alasan mengapa Anda tidak pernah dapat membuktikan transmisi
langsung dengan pohon-pohon filogenetik, hanya dapat digunakan sebagai bukti. Di sisi lain,
jika virus dari pengadu dan terdakwa milik berbeda cluster statistik didukung, maka Anda
bisa mengatakan mereka tidak menginfeksi satu sama lain, setidaknya tidak baru-baru.
P: Apa maksudmu tidak baru-baru?
E: Yah, mengatakan mereka terinfeksi sama lain 20 tahun yang lalu, maka masing-masing
bisa memiliki sejak itu terinfeksi orang lain, dengan yang virus mereka akan mengelompok
lebih dekat daripada dengan orang yang mereka terinfeksi 20 tahun yang lalu.
P: Apakah itu sebabnya Anda mengatakan bahwa sampel harus diambil sedekat mungkin ke
acara tersebut?
E: Itu benar, dengan waktu, begitu banyak mutasi telah mengumpulkan, bahwa itu menjadi
lebih dan lebih sulit untuk mengidentifikasi kelompok transmisi.
P: Seberapa baik didirikan adalah filogenetik?
E: filogenetik adalah ilmu yang mapan. Proses evolusi, yang berarti akumulasi mutasi, telah
dipelajari melalui genetika setidaknya sejak 1974. Telah digunakan tidak hanya di
mikrobiologi, tetapi juga dalam sejarah evolusi semua hewan.
P: Dan tidak ada suara dissenting tentang penggunaan filogenetik untuk menilai keterkaitan?
E. Dalam komunitas ilmiah, filogenetik dipahami dengan baik dan didukung. Penggunaan
teknik filogenetik untuk menyimpulkan hubungan tidak diperdebatkan. Ada banyak publikasi
tentang hal ini.
P: Dan penelitian ini ditinjau rekan?
E: Ya, mereka rekan ditinjau.
P: Apakah ada tingkat diketahui kesalahan dengan metode ini?
E: Ada banyak faktor yang dapat mempengaruhi filogenetik, tetapi mereka bergantung pada
bagaimana seseorang mempraktekkan teori. Praktek-praktek tersebut harus ditinjau
berdasarkan kasus per kasus. Dalam kasus di hadapan kita, menggunakan penanda genetik
terkenal di HIV, dukungan statistik untuk mengidentifikasi cluster telah ditunjukkan pada
pohon yang disajikan.
P: Dan seberapa baik apakah ditetapkan bahwa teknik tersebut dapat digunakan sebagai
teknik forensik untuk penyelidikan penularan HIV?

E: Hal ini juga ditetapkan bahwa hal itu dapat digunakan di pengadilan, tetapi ada beberapa
perselisihan tentang cara terbaik untuk menggunakan teknik tersebut, tetapi sudah ada
beberapa panduan dan aku mengikuti pedoman tersebut.
P: Terima kasih, Pak Expert.