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Bactriologie - DCEM1

Cours du 29 septembre 2008

Anatomie et physiologie
des bactries

M.J. Sanson - Le Pors


Service de Bactriologie - Virologie
Groupe hospitalier Lariboisire - Fernand Widal

Proprit de la Facult de Mdecine Paris 7 Denis Diderot


Structure bactrienne

Quest-ce quune bactrie?


Principales caractristiques
morphologiques et structurales,
intrt mdical.
Agents des maladies infectieuses

 Prions : maladies dgnratives du systme nerveux


(maladie de Creutzfeldt Jakob)

 Virus : 20 200 nm

 Bactries

 Champignons

 Parasites
Quest ce quune bactrie ?
Bactrie = tre vivant, unicellulaire
Poids dune cellule = 10-12 g (poids sec = 3x10-13 g)

Dcouverte du monde bactrien : dbut du 18me sicle grce au microscope

tude des bactries : Louis Pasteur (1822-1895)


dcouverte du rle des bactries dans - les fermentations
- les maladies

Classement :

 Eucaryotes : membrane nuclaire


(algues, champignons, protozoaires)

 Procaryotes : un seul chromosome, pas de membrane nuclaire


toujours unicellulaire
(bactries, algues bleues)
Domaines de la bactriologie

 Science mdicale : pathologie infectieuse

 Science fondamentale :
bactries et virus = outils en gntique et biologie molculaire

 Science extra-mdicale concernant :


- Lagriculture :
bactries interviennent dans cycles naturels de C, N, S
- Lindustrie alimentaire :
. rle dans les fermentations
. contamination des aliments (Salmonelles, Listria)
- Lindustrie chimique et pharmaceutique :
. production dantibiotiques
. armes de guerre
Moyens dtude de la structure bactrienne
microscopie optique (x 1000 1500)
 morphologie, groupement
Coloration de Gram invente en 1884
violet : Gram +
rose : Gram

microscopie lectronique (x > 10 000)


 structure fine des bactries

fractionnement des bactries


Constituants librs, spars, analyss
Morphologie bactrienne

forme : - coques = sphres


- bacilles = btonnets
- spirilles

taille : ~1 de large x quelques de long

groupement des bactries caractristique de lespce :


isoles, par 2, amas, chanettes, en palissades

Combinaison entre - forme, caractrise les bactries


- coloration
- et groupement
Anatomie bactrienne (cellule procaryote)
Elments obligatoires : Elments inconstamment prsents :
- chromosome - plasmides
- cytoplasme - vacuoles, substances de rserve
- ribososomes - capsule
- membrane cytoplasmique - flagelles
- paroi - pili (pilus commun et pilus sexuel)
- spore

Elments absents :
* vritable noyau
* mitochondrie
* rticulum endoplasmique
* appareil de Golgi
Constituants de la cellule bactrienne

Rle pour la bactrie


Implications mdicales dans
- pouvoir pathogne
- diagnostic biologique (direct et indirect)
- tudes pidmiologiques (comparaison de souches)
- sensibilit aux antibiotiques
- vaccins
Chromosome

- absence de membrane nuclaire

- filament unique dADN . bicatnaire


. circulaire
. surenroul

- 1000 fois plus long que la bactrie (masse ~ 2000MDa)

- protines fixes dessus:


- ADN et ARN polymrases
- topoisomrases : ralisent les torsades
Chromosome : intrt mdical
Identification bactrienne : mise en vidence de gnes

pidmiologie : comparaison des gnomes des souches bactriennes

Cible dantibiotiques :

- quinolones : inhibition des topoisomrases

- rifamycine : inhibition de lARN polymrase (=> de la transcription)

- nitro-imidazols : fragmentation de lADN


Plasmides
 structures gntiques non essentielles (inconstantes)

 ADN double brin, surenroul


de 1 1000 kb (en moyenne 0,5 5% de la taille du chromosome)

 cytoplasmique, de rplication autonome

 transfrable dautres bactries par conjugaison

 exemples :

- plasmides porteurs de gnes intervenant dans le pouvoir pathogne


(gnes de virulence, de toxines)

- plasmides de rsistance aux antibiotiques

- Facteur F  transfert de fragments de chromosome par conjugaison


Cytoplasme

composs solubles
composs de rserve
ARN
ribosomes
Ribosomes
Nombreux : ~ 20 000 / bactrie

Constitution :
comportent 2 sous units (50S et 30S)
constitues de protines + ARN (23S et 16S)

Rle dans la synthse protique

Cible dantibiotiques qui agissent en perturbant la synthse protique


- aminosides
- cyclines
- phnicols
- macrolides
- acide fusidique
Membrane cytoplasmique

interface entre cytoplasme et structures externes


sous la paroi

Constitution
- protines disperses dans
- double couche de phospholipides
absence de cholestrol

micro. lectronique : aspect trilamellaire

Lieu de fixation des flagelles et dinitiation de leur mouvement


Membrane cytoplasmique : nombreuses fonctions
Responsable des changes
- transferts passifs : barrire osmotique
- pntration active et slective : permases
- sortie des protines : systmes de scrtion

Transmission des informations de lenvironnement : protine signal

Enzymes de la chane respiratoire (mme rle que la mitochondrie dans


cellule eucaryote)

Cible de substances antibactriennes :


- phnols, antiseptiques cationiques
- antibiotiques polypeptidiques : fixation sur les phospholipides
Paroi

enveloppe rigide forme (exosquelette)


protection
contient la pression osmotique interne

diffrente chez les Gram positif et les Gram ngatif

mais comporte un polymre commun, partie la plus interne :


PEPTIDOGLYCANE = MUREINE = MUCOPEPTIDE

macromolcule (= sac entourant la bactrie) de structure rticule :


- chaines polysaccharidiques relies par des
- chainons peptidiques
Paroi : peptidoglycane ou murine
constitution :
- chaines polysaccharidiques . acide N-actyl muramique = NAM
. N-actyl glucosamine = NAG
- chainons peptidiques . branchs sur lacide muramique (NAM)
. et relis entre eux par une chane peptidique

biosynthse :
- enzymes (transpeptidase, carboxypeptidase) sur lesquelles se fixent les AB
bta-lactamines = protines se liant la pnicilline ou PLP
Paroi chez les GRAM POSITIF : paisse (30 50 nm)
peptidoglycane = constituant majeur (30% du poids sec),
nombreuses couches
autres constituants fixs dans

- le peptidoglycane :
- acides teichoques
- polysaccharides
- protines

- la mb. cytoplasmique :
acides lipoteichoques
Paroi chez les GRAM NEGATIF : plus complexe
 peptidoglycane : couche mince (3-5 nm) (< 15% du poids sec)
 espace priplasmique
 membrane externe : - double couche de phospholipides
- couche externe de lipopolysaccharide (LPS)
- protines : - de structure (OmpA)
- de transport
- porines : permabilit
- dadhrence
Paroi des GRAM NEGATIF : structure du LPS
couche externe de lipopolysaccharide (LPS) = endotoxine, avec 3 rgions :
lipides (lipide A)
rattachs au core ou noyau polysaccharidique de base
sur lequel est fix un polysaccharide complexe immunogne (antigne O)
se dveloppant lextrieur de la paroi
Intrt mdical de la paroi bactrienne
 Des fragments des divers constituants ont un rle dans :
activation des macrophages (murine, ac lipoteichoque, LPS)
 plus forte production de cytokines
endotoxine en grande quantit  choc toxique
activation de la voie alterne du complment,
attraction des phagocytes sur les sites infectieux
activit antiphagocytaire
adhrence (protines associes, ac lipoteichoques)
immunognicit
variantes antigniques  srotypage des bactries (pidmiologie)

 Site daction dantiseptiques


dantibiotiques agissant sur :
- la synthse de la paroi : - bta-lactamines (liaison avec les PLP)
- fosfomycine
- glycopeptides
- la partie phospholipidique : polymyxines (colistine)
Capsule
lment le plus superficiel
inconstante
polysaccharidique (polymre de 1-2 sucres)
mise en vidence lencre de chine  halo clair

Implications mdicales :
Pouvoir pathogne :  la rsistance la phagocytose (pneumocoque)
Diagnostic :  antignes solubles dans les liquides de lorganisme
pidmiologie : typage srologique (pneumocoque, hmophile)
Vaccins : base de polymres capsulaires purifis
(pneumocoque, Haemophilus influenzae)
Flagelles
assurent la mobilit de certaines bactries

- colorations spciales en microscopie optique


- longueur : 6 15 m
- nombre variable suivant les espces : 1 ou plus
- disposition variable
- pritriche (autour de la bactrie)
- polaire ( 1 ou aux 2 extrmits)

assemblage de protines : flagellines

attachs la membrane cytoplasmique par une structure protique mobile


par rotation

flagellines sont antigniques


- srotypage
- srodiagnostic (fivre typhode)
Pili sexuels
peu nombreux (1 4)
longs - creux - extrmit distale renfle
cods par des gnes plasmidiques (facteur F)
rle dans la conjugaison bactrienne : rapprochement des 2 bactries
 change de matriel gntique
Pili communs ou Fimbriae
structure fibrillaire protique, fine, 4 8 m de long
visibles uniquement en microscopie lectronique
rigides, rgulirement disposs la surface
ancrs dans membrane externe de la paroi

facteurs de pathognicit :
. adhsion aux cellules eucaryotes, favorise la colonisation des muqueuses :
- pithlium urinaire : colibacilles uropathognes
- entrocytes : colibacilles entropathognes
- pithlium urognital : gonocoque
. protection contre la phagocytose
Glycocalyx  Biofilm
Exopolymre : feutrage de fibres polysaccharidiques = structure rticule lche

Proprits dadhsion responsable de lattachement :

des bactries entre elles


entre bactries et corps trangers (biomatriaux, cathters, prothses)
entre bactries et surfaces cellulaires (respiratoires) : facteur de colonisation
entre bactries et valves cardiaques : vgtations et endocardite
entre bactries et mail dentaire : plaque dentaire puis carie

Biofilm = ensemble structur de bactries, enveloppes dans une matrice de


polymre autoproduit, qui samarre sur des surfaces inertes ou vivantes
Formation dun biofilm

- concentre ou modifie les nutriments exognes,


- protge les bactries contre - dessiccation - antiseptiques
- cellules immunitaires - dsinfectants
- anticorps - antibiotiques
SPORE
FORME DE RESISTANCE de certaines bactries
quand les conditions deviennent dfavorables
- ronde ou ovale
- paroi trs paisse
- rsiste . au froid
. la chaleur
. la dessication
. aux antibiotiques
. certains antiseptiques
- conservation de toutes les
aptitudes gntiquement dtermines
- peut persister trs longtemps dans lenvironnement et redonner une forme
vgtative quand les conditions redeviennent favorables

exemples de bactries sporules : Bacillus anthracis


Clostridium perfringens Clostridium botulinum
Clostridium tetani Clostridium difficile
Cibles daction des principales famille dantibiotiques
Paroi : - Bta-lactamines (PLP)
- Glycopeptides
- Fosfomycine
Membrane cytoplasmique : - Polymyxines
Ribosomes : - Aminosides
- Phnicols
- Cyclines
- Macrolides
- Acide Fusidique
ADN : - Rifamycines (ARN polymrase)
- Quinolones (topo-isomrases)
- Sulfamides et apparents (synthse des acides nucliques)
- Nitroimidazols
Physiologie
et
croissance bactrienne

Reproduction bactrienne
Nutrition bactrienne
Croissance bactrienne
Reproduction bactrienne
Par fission binaire : une cellule grandit
et se divise en 2 cellules filles

Duplication de lADN :
une molcule dans chaque cellule fille

Rptition de ce processus qui aboutit laugmentation du nombre de


bactries suivant une progression gomtrique de raison 2
une bactrie mre donne des millions de cellules filles
Nutrition bactrienne
Les nutriments doivent satisfaire les besoins - constitutifs et
- nergtiques
 besoins constitutifs
C, H, O et N en quantits importantes (structure des bactries)
- source de C : souvent un sucre
- source de H et O : eau
- besoin dazote pour synthse des protines
Minraux (S, P, Ca)
Oligolments (activateurs enzymatiques)
Facteurs de croissance ventuels

 besoins nergtiques
bactries dintrt mdical puisent lnergie partir de composs organiques
= chimioorganotrophe (glucose = le plus souvent)
Nutrition bactrienne
Les nutriments doivent - pntrer dans la bactrie et
- tre mtaboliss

1 - Digestion des substrats nutritifs complexes : clivage par exoenzymes


2 - Absorption travers - la paroi puis
- la membrane cytoplasmique
- diffusion libre, passive ou
- transport actif par protines de transport : porines, permases
3 - Prparation loxydation
4 - Oxydation ( respiration ou fermentation)

Les besoins nutritifs et les tapes mtaboliques sont des lments didentification
Nutrition bactrienne

Conditions physico-chimiques de la croissance variables selon lespce


bactrienne

Selon lespce bactrienne, le milieu de culture doit prsenter

1 une temprature optimale

2 une valeur de pH spcifique

3 une pression osmotique spcifique

4 une teneur prcise en O2 et en CO2


Nutrition bactrienne : conditions physico-chimiques
1 temprature optimale de croissance
de 4C > 40C selon les espces bactriennes

~ 37C = optimum pour les bactries dintrt mdical


Au laboratoire, incubation des cultures dans des tuves 37C
(20-40C = msophiles)

2 pH

la plupart des bactries dintrt mdical sont neutrophiles : pH 5,5-8,5.


optimum voisin de 7,5

3 pression osmotique

les bactries sont assez tolrantes grce leur paroi


mais les concentrations leves de sel ou de sucre inhibent la croissance
(utilis pour la conservation de certains aliments)
Nutrition bactrienne : conditions physico-chimiques
4 - pression partielle doxygne : suivant leur comportement vis--vis de loxygne,
on distingue 4 groupes de bactries :

arobies strictes : exigent de loxygne (mtabolisme respiratoire) [1 2]


aro-anarobies facultatives : poussent avec ou sans oxygne
(mtabolisme aussi bien respiratoire que fermentatif) [3]
anarobies strictes : loxygne leur est toxique (mtabolisme fermentatif) [4]
anarobies arotolrantes : tolrent loxygne (mtabolisme fermentatif) [3]
Croissance des bactries
milieux de culture = supports nutritifs striles apportant les divers lments
ncessaires la croissance
- liquide : bouillon nutritif en tube
- solide (+ mucilage : agarose)

diffrents types de milieux


- milieux ordinaires
- milieux enrichis de supplments divers (sang, vitamines)
- milieux slectifs (additionns dantibiotiques, inhibiteurs divers)
 proprits biochimiques)
- milieux didentification (

intrt des milieux de culture


- mise en vidence des bactries responsables dinfection
- identification
- antibiogramme (sensibilit aux antibiotiques)
Croissance des bactries en milieu liquide
manifestation de la croissance en milieu liquide :
multiplication bactrienne diffuse  trouble du bouillon de culture

la courbe de croissance studie en milieu liquide


- inoculum dans un bouillon
- incubation 37C

mesure de la croissance sur des chantillons prlevs rgulirement


 courbe de croissance en coordonnes semilog
log n

temps
Croissance des bactries : courbe de croissance
6 phases :

1 - Latence : taux de croissance nul (nombre de division par unit de temps) =


temps dadaptation

2 - Acclration : augmentation de la vitesse de croissance

3 - Croissance exponentielle : taux de croissance maximal, vitesse de croissance


constante (temps de doublement de lordre de 30 mn)

4 - Ralentissement : vitesse diminue, puisement du milieu de culture et


accumulation de dchets

5 - Stationnaire : taux de croissance nul

6 - Dclin : taux de croissance ngatif,


lyse cellulaire

1 2 3 4 5 6
Intrt de la courbe de croissance
valuer lefficacit dun antibiotique

savoir quand la population bactrienne


scrte dimportantes quantits de toxines

hmoculture
courbe de
prlvement croissance en
automate automate
Croissance des bactries en milieu solide

milieux de culture solide = milieu nutritif liquide + mucilage (agarose) :


glose en boite de Ptri

manifestation de la croissance sur glose : formation de colonies


- inoculation par puisement : linoculum est tal sur la glose
- chaque bactrie dpose se multiplie et forme un amas = colonie
Croissance des bactries en milieu solide

 Le nombre de colonies renseigne sur la richesse bactrienne de lchantillon

 Laspect des colonies (forme, couleur) varie avec les espces 


- renseigne sur le nombre despces prsentes dans lchantillon
(il y a autant despces bactriennes que de colonies
diffrentes)
- peut donner une orientation diagnostique
Cas particuliers
Bactries ncessitant des milieux de culture complexes :
- mycobactries : milieux de Loewenstein Jensen
- lgionelles
- mycoplasmes
- chlamydia : culture cellulaire
- rickettsies : culture cellulaire

Bactries non cultivables :


- Treponema pallidum : syphilis
- Mycobacterium leprae : lpre
Croissance des bactries in vivo
Importance clinique de la multiplication bactrienne

Divers cas de figure

dans certaines conditions, croissance foudroyante des bactries en un temps


court  ncessit dun traitement rapide

parfois croissance ralentie


- absence de nutriments ncessaires
- phagocytose
- inhibition par produits antibactriens (lysozyme, complment)

croissance en biofilm (muqueuses lses, matriels implants)


OUVRAGES RECOMMANDES

E. Pilly 2006. Maladies infectieuses et tropicales par le


Collge des Universitaires de Maladies Infectieuses et
Tropicales. Vivactis Plus Ed. (20me dition).

Le Rmic (Rfrentiel en microbiologie mdicale) par le


groupe Rmic de la SFM. Edition 2M2 (2me dition,
2004)

Prcis de bactriologie clinique par J. Freney, F. Renaud,


W. Hansen et C. Bollet. ESKA Ed.

Bactriologie mdicale par C. Nauciel et J.L. Vild.


Masson Ed. (2me dition, 2005).