You are on page 1of 43

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-
masing sel. Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) adalah makromolekul
biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai
nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum
adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam
nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Asam nukleat dinamai
demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel.

Pada tahun 1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat yang tersusun
oleh suatu gugus gula, gugus fosfat, dan gugus basa. Asam nukleat berbentuk
rantai linier yang merupakan gabungan monomer nukleotida sebagai unit
pembangunnya. Molekul ini menyimpan informasi pertumbuhan sel dan
reproduksi.

Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil
hidrolisis asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari monomer nukleotida
akan dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses hidrolisis ini dilakukan dalam
suasana basa. Jika hidrolisis dilanjutkan kembali terhadap senyawa nukleosida
dalam larutan asam berair akan dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen dengan
bentuk heterosiklik.
1.2 Rumusan Masalah
Bagaimana struktur, macam-macam, dan fungsi asam nukleat?
Apa saja sifat yang dimiliki oleh asam nukleat?
Bagaimana proses sintesis DNA dan RNA?
Bagaimana proses transkripsi dan translokasi?
BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Struktur, macam, dan fungsi asam nukleat

Makrobiomolekul ini mempunyai susunan yang sangat unik, yaitu berupa


polimer yang tersusun atas monomer yang disebut nukleotida. Tiap nukleotida
terdiri atas nukleosida dan asam fosfat. Nukleosida terdiri atas gula pentose
(ribose atau deoksiribosa) dan basa nitrogen heterosiklik, yaitu turunan purina
(adenine dan guanine) dan turunan pirimidina (sitosin, urasil, dan timin).

(Sumardjo,2006)

Gambar 1. Struktur Asam Nukleat


Gambar 2. Komponen Asam Nukleat

Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1).

Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).

Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya


basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu
bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.
Nukleotida dan nukleosida

Gambar 3. Nukleotida dan Nukleosida

Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda


aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran
posisi pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9)
pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik
atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida.

Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-


monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus
fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap
nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.
Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida
dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin
trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.

Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.

Ikatan fosfodiester

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N,


pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini
dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester.

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida


dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus
menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian,
akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya
satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.

Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa
gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula >uanine. Oleh karena itu, ujung ini
dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil
yang terikat pada posisi 3 gula >uanine sehingga ujung ini dinamakan ujung
OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida
linier mempunyai arah tertentu.

Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat


bermuatan >uanine>. Inilah >uanine pemberian nama asam kepada molekul
polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N.
Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau
merupakan polimer yang sangat bermuatan >uanine>.
Sekuens asam nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas


suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu
molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.
Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5 di sebelah kiri atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu
sekuens RNA dituliskan 5-GGUCUGAAUG-3.

Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya,
juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki
sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain
3 5).

Gambar 4. Basa Nitrogen

( Susanto, 2012)
Ada dua jenis asam nuklet:

1. DNA (deoxyribonucleid acid)

Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul


deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul
deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Secara kimia DNA
mengandung karakteri/sifat sebagai berikut:

a. Memiliki gugus gula deoksiribosa.

b. Basa nitrogennya >uanine (G), sitosin , timin (T) dan >uanine (A).

c. Memiliki rantai heliks ganda anti parallel

d. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G
C), dan >uanine berpasangan dengan timin (A T), sehingga jumlah
>uanine selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula >uanine dan
timin.

2. RNA (ribonucleid acid)

Asam ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-


molekul ribonukleotida. Seperti DNA asam ribonukleat terbentuk oleh adanya
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul >uanin
dengan perantaraan gugus fosfat. Rumus strukturnya sama dengan gambar
10.2 tetapi gulanya adalah >uanin ( atom C nomor 2 mengikat gugus OH)
RNA memiliki sifat spesifik yang berbeda dengan sifat kimia DNA, yakni
dalam hal:
a. Gula pentosanya adalah ribose

b. RNA memiliki ribonukleotida >uanine(G), sitosin , >uanine (A) dan


Urasil (U) pengganti Timin pada DNA.

c. Untai fosfodiesternya adalah untai tunggal yang bisa melipat membentuk


jepit rambut seperti untai ganda.Beda dengan DNA bentuk molekulnya
heliks ganda.

d. Prosentasi kandungan bas tidak harus sama, pasangan >uanine tidak harus
sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan >uanine.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA (messenger RNA)
dan rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi
yang berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai
peranan penting dalam sintesis protein.

( Mustofa,2012)

DNA RNA

Gula : deoksiribosa Gula : Ribosa


Basa : AGCT Basa : AGCU
Untai Ganda Untai Tunggal
Prokariot : Sitoplasma Prokariot : sitoplasma
Eukariot : Inti Eukariot : inti dan sitoplasma
Penyimpan informasi Hasil transkripsi

Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,


menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara
(intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim
pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino
dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi.
( Mustofa, 2012)
2.2 Sifat sifat asam nukleat

Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam


nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam,
pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.

a. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan
hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai
tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas
struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan
basa.

Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi


penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.
Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air
dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut
menjadi kuat.
b. Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan suhu lebih
dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer,
hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga
asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.

c. Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya


perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang
sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh
lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya
gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.

d. Denaturasi kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam


nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH 2)2)
dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-
senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur
sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami
denaturasi.
e. Viskositas

DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi


karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai
beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis
memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga
larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah
molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini
menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA
yang utuh.

f. Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan


apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat
dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA
mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7
g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi,
maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan
membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi
menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal
sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium
density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.

Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik
dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi
linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).

Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat

Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar


UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat, penentuan
kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. Masing-
masing akan dibicarakan sekilas berikut ini.

a. Absorpsi UV

Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen


yang bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam
absorpsi UV. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA
maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan maks = 260 nm. Nilai ini jelas
sangat berbeda dengan nilai untuk protein yang mempunyai maks = 280 nm.
Sifat-sifat absorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi, kuantifikasi,
dan perkiraan kemurniannya.

b. Hipokromisitas

Meskipun maks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai
yang bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini,
absorbansi pada 260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa
pada kondisi yang berbeda. Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang
diisolasi, nilai sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA)
atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA).
Efek ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan hidrofobik.
Istilah klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah
hipokromisitas. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang
berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan
hiperkromik terhadap dsDNA.

c. Penghitungan konsentrasi asam nukleat

Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA


dengan konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan
konsentrasi yang sama untuk molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih
kurang sebesar 25. Nilai A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan
perkiraan karena kandungan basa purin dan pirimidin pada kedua molekul
tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260 purin tidak sama dengan nilai A260
pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu mempunyai kandungan purin dan
pirimidin sama, nilai A260 -nya sudah pasti.

d. Kemurnian asam nukleat

Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan


nisbah A260 terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280
sebesar 1,8. Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar
2,0. Protein, dengan maks = 280 nm, tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280
kurang dari 1,0. Oleh karena itu, suatu sampel DNA yang memperlihatkan
nilai A260 /A280 lebih dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA. Sebaliknya,
suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 kurang dari 1,8
dikatakan terkontaminasi oleh protein.

e. Denaturasi termal dan renaturasi

Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat


menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat. Ternyata, panas juga dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses denaturasi ini dapat diikuti
melalui pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena molekul rantai
ganda (pada dsDNA dan sebagian daerah pada RNA) akan berubah menjadi
molekul rantai tunggal.

Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada
RNA denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai
ganda yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai
ganda yang panjang. Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi
sangat cepat dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung
molekul dan pada daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerah-daerah di
sekitarnya.

Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi


dinamakan titik leleh atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan
fungsi kandungan GC sampel DNA, dan berkisar dari 80 C hingga 100C
untuk molekul-molekul DNA yang panjang.

DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi)


dengan cara didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil
renaturasi yang diperoleh. Pendinginan yang berlangsung cepat hanya
memungkinkan renaturasi pada beberapa bagian/daerah tertentu. Sebaliknya,
pendinginan yang dilakukan perlahan-lahan dapat mengembalikan seluruh
molekul DNA ke bentuk rantai ganda seperti semula. Renaturasi yang terjadi
antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat yang berbeda
dinamakan hibridisasi.

f. Superkoiling DNA

Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closed-
circular (CC), misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA
berbagai virus. Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain
dihubungkan sesuai dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam
molekul DNA tersebut.

Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. Cara yang baik untuk
membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti
gelang karet dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. Jika
kita membayangkan suatu pilinan pada gelang, maka deformasi yang
terbentuk akan terkunci ke dalam sistem pilinan tersebut. Deformasi inilah
yang disebut sebagai superkoiling.

g. Interkalator

Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah


akibat beberapa faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. Sebagai
contoh, peningkatan suhu dapat menurunkan jumlah pilinan, atau sebaliknya,
peningkatan kekuatan ionik dapat menambah jumlah pilinan. Salah satu faktor
yang penting adalah keberadaan interkalator seperti etidium bromid (EtBr).
Molekul ini merupakan senyawa aromatik polisiklik bermuatan positif yang
menyisip di antara pasangan-pasangan basa. Dengan adanya EtBr molekul
DNA dapat divisualisasikan menggunakan paparan sinar UV.

(Susanto, 2012)
2.3 Proses sintesis DNA dan RNA

REPLIKASI DNA (Asam deoksiribonukleat)

Replikasi DNA sangat penting agar DNA kita tidak termutasi, dimana
DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Pada proses replikasi
terdapat pos-pos pengecekan, sehingga jika ada kode yang salah tercetak, dapat
langsung dikenali dan langsung diperbaiki. Ada beberapa teori yang mencoba
menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif.

Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA


1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.
2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA
lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing
mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru
hasil sintesis.
3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu,
hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai
DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan
DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai.

Setelah berhasil membuat model struktur DNA, Watson dan Crick


memprediksi bahwa DNA bereplikasi dengan cara semikonservatif. Kemudian
pada tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan percobaan
untuk menguji ketiga alternatif hipotesis replikasi DNA tersebut dengan
menggunakan DNA bakteri Eschericia coli. Hasilnya ternyata mendukung
model replikasi semikonservatif yang telah diprediksi oleh Watson dan Crick.
Berikut ini merupakan animasi proses replikasi DNA :

Gambar 5. Animasi replikasi DNA

Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu


yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim
pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer.
Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik
tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu
oleh enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase
yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Jika dianalogikan, dua rantai DNA
heliks ganda yang terpisah berbentuk seperti ritsleting terbuka. Setelah cukup
ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk
dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal
tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan
pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Setiap
rantai DNA yang lama akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan
urutan nukleotida di sepanjang rantai DNA komplementer baru yang
bersesuaian dengan cara mendeteksi basa komplemennya. Monomer DNA yang
berupa nukleotida ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali
DNA polimerase bergeser. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai,
nukleotida yang baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk
tulang punggung gula-fosfat rantai DNA yang baru. Jadi, setiap molekul DNA
terdiri atas satu rantai DNA lama dan satu rantai DNA baru. Setelah seluruh
rantai benar-benar terpisah, maka,terdapat dua molekul DNA yang sama persis
dengan satu molekul DNA induk.

Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA


yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki
DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida
DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi.Yang berikut ini merupakan awal
dari proses replikasi DNA yang diambil dengan menggunakan mikroskop.
Enzim DNA polimerase memisahkan dua rantau DNA heliks ganda :

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses
sintesis rantai. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu;
salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang
merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang
merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan
untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses
pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh enzim helikase yang dapat
mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu membuka
pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan
untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua
rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan
rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA
polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA
ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase
bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.
Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti.

Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang


mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat
fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis
amatlah kecil. Jadi, replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul
DNA untai ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu
terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim
DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-
nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase
(PCR).

Mekanisme replikasi DNA

Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu
konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh
tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan
pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif tangga
berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai
polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan
untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai
polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-
fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen
nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-
seling di dalam tangga berpilin yang baru. antara ketiga cara replikasi DNA
yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang dapat dibuktikan
kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient
centrifugation.Percobaan ini dilaporkan hasilnya padatahun1958 oleh M.S.
Meselson dan F.W. Stahl.

Garpu replikasi

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur


yangterbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat
enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua
untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang
yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing
cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk
untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh
enzim primase dan disebut primer. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan menambahkan nukleotidadalam hal ini, deoksiribonukleotida
ke ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh.
Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian,
salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5',
sementara untaian lainnya berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka
untaian rangkap DNA dengan arah 5'3'. Oleh karena itu, replikasi harus
berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Pembentukan leading strand


Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian
DNA yang disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian
ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH
bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

Pembentukan lagging strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang
berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis
dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini,
primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat
menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis
DNA dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan
(misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida
baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA
ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga
sintesis lagging strand menjadi lengkap.

Dinamika pada garpu replikasi

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim


dan protein yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi
sementara DNA membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA
ke dua arah. Hal ini merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase,
sliding clamp, dan clamp loader.

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa
dan mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun
non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai
suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang
mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi
DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp
memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk
interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini.
Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat
sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase
mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah),
sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA
polimerase.Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu
menempel pada sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP,
clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel
pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada polimerase
selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah
habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan
bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA
polimerase III bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding
clamp.

Replikasi diprokariota dan eukariota

Replikasi DNA prokariota\Replikasi DNA kromosom prokariota,


khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori
pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan protein inisiator
DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan
dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan
laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA
kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang
baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-
sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah
bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga


40 buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah
ori akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan
kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah
sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga
sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga
memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim
helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk
bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya


diselubungi oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding
protein (Ssb) untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan
mencegah renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada
DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau
menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan
menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena
pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa
superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata
tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks
yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval
1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA
primase. Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks
multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah
dan separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis
pada kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama. Masing-masing
bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai
fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapatsubunit b yang
menempelkan polimerase pada DNA. Begitu primer pada untai tertinggal
dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera dibuang dan celah
yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA polimerase I,
yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5 3, dan
eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer,
sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya,
fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in
vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk
kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya
replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180C dari ori.
Di sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan
gerakan garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus,
suatu inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran
hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase
IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikanke dalam
kedua sel hasil pembelahan. Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam


interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein
kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-
dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh
sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan
melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk
inisiasi pada masing-masing ori.Berhubung dengan kompleksitas struktur
kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak hanya dengan kecepatan 50
pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus dilepaskan dari
nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia.

Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon


mengalami inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan
yang mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang
agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA
bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas
struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan
untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang
berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen
untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase
yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan
meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA
polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal.
Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan.
Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell
nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim
DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan
histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-
mesin tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli
DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog
timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli
tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang
mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak


ada DNA yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5
untai tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA.
Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung
beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik
dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung molekul
RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens
repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi
penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.

Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami


penekanan di dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat
laun akan menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika
pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan
menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses
penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada
kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
Gambar 6. DNA

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi


dua untai tunggal oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11)
yang mengurangi tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh
protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk
heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang
disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai
tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer,
membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan
lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus
mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen
Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-
potongan lagging strand tersebut.
(Anonymous a,2012)

Jenis RNA

RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan
RNA non-genetik.

1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai
pembawa keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk
hidup tertentu yang tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi
RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam
mengatur aktivitas sel.

2. RNA non-genetik

RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik


sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki
DNA. Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi
mRNA, tRNA, dan rRNA.

1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)

mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer


(berpasangan) dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini
merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA
di dalam nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang
pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang
menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di
dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola
cetakan pembentuk polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa
kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma.
mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan
dihancurkan dalam plasma.

2) tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer)

RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di


dalam sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam
amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan kodon
dinamakan antikodon.

3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)

RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun


dibuat di dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan
fleksibel. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom
adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah
sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.

Dengan adanya penjelasan materi di atas, terdapat perbedaan antara DNA dan
RNA.

Tabel . Perbedaan DNA dan RNA


DNA (Deoxyribo RNA (Ribo Nukleat
Nukleat Acid) Acid)
- Letak Dalam inti sel, Dalam inti sel,
mitokondria, kloroplas, sitoplasma dan ribosom.
senriol.
- Polinukleotida ganda yang Polinukleotida tunggal
Bentuk terpilin panjang dan pendekl
- Gula Deoxyribosa Ribosa
- Golongan purin : adenine Golongan purin :
Basanya dan guanine adenine dan guanine

Golongan pirimidin : Golongan pirimidin :


cytosine dan timin cytosine dan urasil

- - mengontrol sifat - sintesis protein


Fungsi yang menurun

- sintesis protein

- sintesis RNA

- Tidak dipengaruhi sintesis Dipengaruhi sintesis


Kadarnya protein. protein.

Letak basa nitrogen dari Macam ARN :


kedua pita ADN saling
ARN duta
berhadapan dengan
pasangan yang tetap yaitu
ARN ribosom
Adenin selalu berpasangan
dengan Timin, Cytosin ARN transfer
dengan Guanin. Kedua
pita itu diikatkan oleh
ikatan hidrogen.
Sintesis RNA

Sintesis RNA (atau transkripsi) dapat didefinisikan sebagai proses


mentransfer informasi dari urutan nukleotida DNA ke urutan RNA.Dalam
organisme multi-selular (eukariota), mereka telah berevolusi jauh lebih
kompleks mekanisme pengaturan transkripsi dari organisme uniseluler
(prokariota).Sebuah enzim besar yang dikenal sebagai transkripsi RNA
polimerase mengkatalisis. Dengan peran yang berbeda dan sifat, berbagai
transkripsi RNA polimerase mengkatalisis tipe RNA yang berbeda. Meskipun
ada perbedaan besar dalam ukuran dan jumlah subunit polipeptida, struktur
keseluruhan dari polimerase RNA di prokariota dan eukariota cukup mirip,
mengungkap asal evolusi yang sama.

Berikut ini adalah garis besar dari RNA polimerase pada eukariota:

RNA polimerase I terletak di nucleolus dan mentranskripsi ribosomal


RNA (rRNA). Ribosomal RNA, bersama dengan berbagai bentuk protein
ribosom. Satu rRNA tertentu adalah katalis untuk pembentukan ikatan peptida.
Berbagai jenis rRNA berbagai ukuran dari 120-4700 basis amina. Eukariotik
dan prokariotik rRNA yang jelas berbeda, namun kedua spesies berumur
panjang dan stabil.

RNA polimerase II lokal dengan inti, dan mentranskripsi messenger


RNA (mRNA) dan RNA nuklir paling kecil. Messenger RNA adalah pembawa
informasi genetik pada struktur primer protein dari DNA, bersama dengan fitur
khusus yang memungkinkan untuk menempel ribosom dan fungsi dalam
sintesis protein. Ukurannya tergantung pada ukuran protein untuk yang kode.
Ini cenderung relatif pendek-hidup, dan umur bervariasi dari spesies secara
molekuler spesies molekul tergantung pada peran biologis protein.

RNA polimerase III mentranskripsi RNA transfer (tRNA) dan RNA


kecil lainnya. tRNA adalah molekul kecil (65-110 nukleotida) dirancang untuk
membawa asam amino diaktifkan untuk tempat sintesis protein, ribosom. Ini
adalah berumur panjang dan stabil.

Transkripsi berlangsung dalam tiga (3) tahap:

1. Inisiasi,
2. Perpanjangan, dan
3. Penghentian.

Berikut ini menjelaskan transkripsi eukariotik:

Pada tahap inisiasi, RNA polimerase DNA pencarian untuk situs inisiasi,
juga disebut situs promotor, atau promotor. Pada tahap ini, DNA untai ganda
("tertutup"). Ini RNA polimerase / luka-struktur DNA yang disebut sebagai
kompleks ditutup. polimerase RNA kemudian unwinds bentangan pendek DNA
heliks ganda untuk menghasilkan beruntai tunggal ("terbuka") template DNA
dari yang dibutuhkan petunjuk. Ini RNA polimerase / diterminasi-struktur DNA
disebut kompleks terbuka.

Pada tahap perpanjangan, RNA polimerase memilih trifosfat


ribonucleoside benar dan mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester. Proses
ini diulangi sebanyak yang enzim unidirectionally bergerak sepanjang template
DNA. transkrip A disintesis dari awal sampai akhir oleh molekul RNA
polimerase tunggal.

Pada tahap terminasi, polimerase RNA mendeteksi sinyal terminasi yang


menentukan di mana transkrip berakhir.Kimia sintesis RNA adalah identik
untuk semua bentuk RNA, termasuk messenger RNA, transfer RNA, dan RNA
ribosomal. Langkah-langkah dasar hanya dijelaskan juga berlaku untuk semua
bentuk. proses sintetik mereka berbeda terutama dalam peraturan, pengolahan
posttranscriptional, dan polimerase khusus yang berpartisipasi.

RNA sintesis dapat dirangsang dengan pemberian RNA eksogen.


Ditunjukkan dalam beberapa percobaan, al Grabowska et. menentukan tingkat
penggabungan 5p uridin radioaktif-trifosfat (UTP) ke dalam RNA disintesis
(dikembangkan dalam sistem sel-bebas dengan kromatin dari hati tikus dan
DNA polimerase RNA bergantung dari E coli). Mereka menemukan transkripsi
yang meningkat lima kali lipat setelah penambahan hati tikus RNA [6].
Kanehisa et al. and Dobrzelewski et al. memperoleh hasil yang sama dalam
sistem dari DNA ayam hidup atau betis kromatin timus dan polimerase RNA
dari E coli.

(Dendhi, 2012)

2.4 Proses transkripsi dan translokasi

Transkripsi

Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai


DNA, sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA.
Fungsi ini disebut fungsi heterokatalis DNA karena DNA mampu mensintesis
senyawa lain yaitu RNA. Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai
tunggal mRNA dengan bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut menempel
pada kodon permulaan, umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin.
Pertama-tama, ikatan hidrogen di bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya,
dua utas DNA berpisah. Salah satu polinukleotida berfungsi sebagai pencetak
atau sense, yang lain sebagai gen atau antisense. Misalnya pencetak memiliki
urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi sebagai gen memiliki urutan basa
komplemen C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA hasil
cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian
dari DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan merupakan komplemen dari pencetak.

Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada


organisme eukariot, mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi
dalam sintesis polipeptida, sebab masih mengandung segmen-segmen yang tidak
berfungsi yang disebut intron. Sedangkan segmen-segmen yang berfungsi untuk
sintesis protein disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi pematangan/pemasakan
mRNA yaitu dengan jalan melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan
segmen-segmen ekson. Gabungan segmen-segmen ekson membentuk satu
rantai/utas mRNA yang mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan
polipeptida. Rantai mRNA ini dikenal sebagai sistron.
Gambar 7. Proses pematangan mRNA dengan membuang bagian intron

Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada di
dalam nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju
sitoplasma dan melekat pada ribosom. Ini dimaksudkan agar gen asli tetap
terlindung, sementara hasil kopinya ditugaskan untuk melaksanakan pesan-pesan
yang dikandungnya. Jika RNA rusak, akan segera diganti dengan hasil kopian
yang baru

1. Inisiasi (permulaan)

Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali


transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana
transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA
yang digunakan sebagai cetakan.

2. Elongasi (pemanjangan)

Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka untaian heliks


ganda DNA dengan bantuan enzim polimerase, sehingga terbentuklah
molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya.

3. Terminasi (pengakhiran)

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi


urutan DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi
merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai kodon terminasi (kode
stop) yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti
tepat pada akhir kodon terminasi, yaitu ketika polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik
polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam
mRNA. Pada titik yang jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini
dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.

(Anonymous b, 2012)

Translokasi

Translokasi merupakan mutasi kromosom dimana sebagian dari salah


satu kromosom ditransfer ke kromosom lain. Translokasi adalah perpindahan
bahan terlarut yang dapat terjadi di seluruh bagian tumbuhan. Translokasi ini
membahas yang terjadi pada Floem. Ada dua macam translokasi yaitu
translokasi resiprok dan translokasi Robertsonian.

Gambar 8. Translokasi

Mekanisme dan Pola Translokasi

Sejak lama para ahli fisiologi tumbuhan bermaksud mengukur langsung


translokasi dalam system pengangkutan dengan cara mengikuti pergerakan
bahan bertanda. Mula mula menggunakan zat warna : fluoresein bergerak
dengan mudah dalam sel floem dan masih digunakan sebagai perunut yang
efektif. Virus dan herbisida juga pernah digunakan. Penggunakan fosfor,
belerang, klorin, kalsium, stronsium, rubidium, kalium, hydrogen dalam
kajian ini, namun hingga saat ini nuklida radioaktif yang paling penting.

Perunut radioaktif bisa dilacak perjalannya dengan pelacak radiasi yang


disentuhkan pada batang atau bagian lain dari tumbuhan. Metode lainnya
adalah autoradiografi. Tumbuhan diletakkan bersinggungan dengan sehelai
film sinar X selama beberapa hari hingga bulan. Kemudian,film tersebut
dikembangkan dan ditemui letak radioaktivitasnya pada tanaman tersebut.

Model E. Munch di Jerman pada tahun 1926 adalah model pengangkutan


floem yang dianut sampai sekarang. Konsepnya yaitu model aliran tekanan.
Menggunakan dua osmometer. Osmometer yang dilakukan di laboratorium
direndam dalam larutan. Osmometer pertama berisi larutan yang lebih pekat
daripada larutan sekitar, osmometer kedua berisi larutan kurang pekat dari
osmometer pertama dan harus lebih pekat dari medium sekelilingnya.

Osmometer pertama dialokasikan dengan daun (sebagai sumber);


sedangkan osmometer kedua dialokasikan dengan organ-organ penerima
(sebagai limbung, misal buah, jaringan meristem, dan akar). Perbedaan antara
model osmometer dengan pengangkutan floem yang sesungguhnya terletak
pada sumber dan lingbungnya. Pada daun, bahan terlarut yang telah terangkut
segera ditambahkan kembali dari hasil fotosintesis (phloem loading); dan
bahan terlarut yang telah sampai ke limbung akan dikeluarkan dari pembuluh
floem (phloem unloading). Dimanfaatkan untuk pertumbuhan atau ditimbun
di organ penampung, misalnya dalam bentuk pati atau lemak. Larutan
perendam pada osmometer setara dengan bagian apoplas tanaman, yakni
dinding sel dan pembuluh xylem.

Material Translokasi
Fungsi floem adalah sebagai jaringan translokasi bahan organik yang
terutama berisi karbohidrat. Crafts dan Lorenz (1994) mendapatkan persentase
nitrogen (dalam bentuk protein) sebesar 45%. Sebenarnya gula yang menjadi
linarut terbesar yang ditranslokasikan dalam cairan floem. Diantara gula ini,
sukrosa yang paling banyak jumlahnya. Gula lain seperti gula rafinosa :
glukosa, rafinosa, stakiosa, dan fruktosa juga ada pada gula alcohol: manitol,
sorbitol, galaktitol, serta mio-inositol.

Tingkat Pergerakan

Diestimasi dengan cara menghitung penambahan berat organ tersebut


selama kurun waktu tertentu untuk mengetahui laju pengangkutan melalui
pembuluh floem ke suatu organ. Kemudian diukur luas penampang melintang
dari pembuluh floem. Berdasarkan data tersebut dapat dihitung laju transfer
massa (mass transfer rate). Laju perpindahan masa merupakan jumlah bahan
yang melintasi suatu irisan melintang tabung taapis per satuan waktu.
Dikemukakan oleh Alden S. Crafts dan O.Lorenz (dari University of
California di Davis) berasumsi bahwa bahan kering yang diangkut melalui
floem mempunyai gravitas spesifik (atau kepadatan) sebesar 1,5 g.cm-3.Nilai
ini jika dibagi dengan laju transfer massa akan diperoleh velositas sebesar 110
mm.jam-1. Tentu saja, bahan yang diangkut dalam pembuluh floem tidak
dalam bentuk kering, tetapi terlarut didalam air. Dengan demikian velositas
sesungguhnya adalah lebih cepat. Potensi osmotik larutan floem yang umum
terukur adalah antara -2 Mpa sampai -3 Mpa, yang setara dengan 20% sampai
30% larutan sukrosa (Sukrosa merupakan bahan terlarut yang dominan pada
larutan floem. Berdasarkan nilai ini, maka volaritas pengangkutan pada
pembuluh floem adalah antara 363 sampai 550 mm.jam-1.
Dengan teknik yang lebih maju, pengukuran velositas dapat dilakukan dengan
isotop11C dalam bentuk CO2 yang diberikan pada daun. Isotop ini akan
terkandung dalam fotosintat yang akan diangkut melalui pembuluh floem.
Pada 2 atau lebih posisi pada batang ditempatkan pendeteksi radiasi dengan
jarak yang telah ditetapkan.

Phloem Loading dan Unloading

Proses peningkatan konsentrasi gula pada sel-sel floem yang berada dekat
dengan sel-sel fotosintetik pada daun disebut proses pengisian floem (phloem
loading). Berdasarkan pengukuran pada berbagai spesies, terlihat bahwa
potensi osmotik sel-sel mesofil (sekitar -0,8 MPa sampai -1,8 MPa) lebih
tinggi dibanding pada pembuluh floem (antara -2,0 MPa sampai -3,0 MPa).
Karena bahan terlarut (sukrosa) pada pembuluh floem lebih tinggi dibanding
pada sel-sel mesofil.

Serapan sukrosa oleh sel peneman floem ini yang dikarenakan oleh sel
peneman ini lebih besar dan lebih aktif dibandingkan sel-sel lain pada jaringan
floem dan juga adanya penumbuhan ke dalam (ingrowth) yang menyebabkan
luas permukaan membran sel ini menjadi 3 kali lebih luas. Menyebabkan
potensi osmotic sitoplasma sel ini menjadi turun (lebih negatif) dan ini akan
merangsang air untuk masuksecara osmosis kedalam sel ini dari sel-sel
mesofil disekitarnya. Sebagai akibatnya tekanan internal pada sel peneman
akan meningkat dan mengakibatkan sukrosa bergerak masuk ke pembuluh
floem secara simplastik melalui plasmodesmata. Masuknya larutan yang
mengandung sukrosa ke pembuluh floem dari sel-sel peneman ini yang
mengakibatkan tekanan internal pada pembuluh floem pada daun lebih tinggi,
yang kemudian menjadi faktor pendorong dari aliran larutan floem, berarti
pengangkutan senyawa-senyawa yang terlarut didalamnya.

Proses pengisian >embrane> bersifat selektif. Jenis material yang di


translokasi seperti gula rafinosa : glukosa, rafinosa, dan stakiosa juga ada pada
gula alcohol: manitol, sorbitol, galaktitol, serta mio-inositol. Fruktosa jarang
diangkut kedalam pembuluh floem. Demikian juga dengan asam amino dan
mineral.sifat selektif ini memperkuat argumentasi bahwa senyawa senyawa
yang akan dimuat kedalam pembuluh floem diserap dari apoplas oleh sel sel
peneman floem. Sifat selektif ini berkaitan dengan peranan senyawa pembawa
pada >embrane, yang menyangkut pada senyawa senyawa tertentu.
Kompetisi antara organ atau jaringan limbung ditentukan oleh laju
pengeluaran bahan dari pembuluh floem (phloem unloading). Limbung yang
dapat memanfaatkan hasil terlarut (sukrosa) dari pembuluh floem dan akan
berpeluang besar untuk memperoleh lebih banyak lagi bahan terlarut dari
organ sumber. Hal ini disebabkan sukrosa diserap sel sel organ limbung dari
pembuluh floem, maka potensi air sel sel limbung tersebut turun.
Mengakibatkan air akan bergerak keluar dari pembuluh floem dan tekanan
internal pembuluh floem pada organ atau jaringan limbung akan turun. Hal ini
akan lebih memacu laju pengangkutan dari sumber ke limbung karena
perbedaan tekanan internal yang lebih besar antara kedua ujung pembuluh
floem tersebut.

( Lakitan, 1993)
BAB III

PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Bagaimana proses sintesis DNA dan RNA?
Bagaimana proses transkripsi dan translokasi?

Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang mana nukleotida tersusun atas
nukleosida dan fosfat. Nukleosida tersusun atas gula pentose dan basa
nitrogen (purin dan pirimidin).
Asam nukleat memiliki sifat kimia, yaitu stabilitas asam nukleat, pengaruh
asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung,
sedangkan sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan
absorpsi sinar UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat,
penentuan kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam
nukleat.
Proses sintesis DNA berupa replikasi DNA yang terdiri atas 3 macam, yaitu
model konservatif, model semikonservatif, dan model dispersif. Sedangkan
sintesis RNA terdiri atas RNA polimerase I terletak di nucleolus dan
mentranskripsi ribosomal RNA (rRNA), lalu, RNA polimerase II lokal dengan
inti, dan mentranskripsi messenger RNA (mRNA) dan RNA nuklir paling
kecil. RNA polimerase III mentranskripsi RNA transfer (tRNA) dan RNA
kecil lainnya.
Proses Transkripsi terdiri atas insiasi, elongasi, dan terminasi.
DAFTAR PUSTAKA

Anonymous a. 2012. Replikasi di prokariota dan eukariota. http://www.google.com

Di akses 20 Mei 2012

Anonymous b. 2012. Transkripsi. http://desybio.wordpress.com/tag/1-transkripsi/

Di akses 20 Mei 2012

Dendhi, Deny. 2012. Sintesis DNA.

http://denydendhi.blogspot.com/2011/03/replikasi-dna.html Di akses 20 Mei


2012

Lakitan, Benyamin.1993. Dasar Dasar Fisiologi Tumbuhan. PT RajaGrafindo


Persada : Jakarta

Mustofa, Kharis. 2012. Komponen Asam Nukleat. http://kharism.blog.unsoed.ac.id/

Di Akses 20 Mei 2012

Sumardjo, Damin. 2006. Pengantar Kimia : Buku Pnduan Kuliah Mahasiswa


Kedokteran dan Program Strata I Fakultas Bioeksata. Jakarta : Penerbit Buku
Kedokteran EGC

Susanto, Agus H. 2012. BAB II Asam Nukleat.

http://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/asam-nukleat/ Di akses 20 Mei 2012