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2ª. lista de exercícios – Biofísica I Proteínas 1) O paradoxo de Levinthal.

( Abril de 2005)

a) Quantas sequências diferentes é possível para um peptídeo com 25 aminoácidos ? b) Escolhendo um destes peptídeos e supondo que cada aminoácido do peptídeo pode assumir 3 conformações espaciais distintas, quantas conformações diferentes pode ter essa sequência? c) Assumindo que o tempo de transição conformacional é de 1 picosegundo, quanto tempo leva para que todos os estados conformacionais sejam visitados? d) Qualquer sequência arbitrária teria uma estrutura tridimensional estável ? 2) Qual é a importância da água e das interações entre átomos não ligados covalentemente no enovelamento de proteínas. 3) O que mostra o chamado diagrama de Ramachandran ou mapa conformacional. 4) Como são agrupados os 20 resíduos aminoácidos mais comuns segundo suas propriedade físicoquímicas? Qual é a relação dessas propriedades com a estrutura tridimensional funcional ? 5) Proteínas integrais de membranas diferentemente das globulares solúveis apresentam uma região transmembranar que atravessa a bicamada lipídica. Quais devem ser as propriedades físico-químicas dos resíduos de aminoácidos dessa região para que a proteína de membrana fique ancorada sem precisar estar covalentemente ligada? 6) Qual é a importância do pH da solução para a estrutura e função de proteínas? Membranas 7) A receita para fazer maionese é ir acrescentando óleo aos poucos a uma gema de ovo numa batedeira. Durante o processo acrescenta-se também um pouco de vinagre. A gema do ovo é rica em fosfatidilcolina, mais conhecida como lecitina, que é um fosfolipídio de 2 cadeias longas de ácido graxo com insaturações variadas. Ela tem as propriedades de um emulsificador. Ao término do processo, como estão arranjados a lecitina, o óleo e a solução aquosa com vinagre? Faça um desenho esquemático. O que significa “desandar a maionese”? 8) Qual a importância da membrana biológica para os seres vivos e quais são as suas principais funções. 9) O que diz o modelo do mosaico fluido de Nicolson e Singer? (Ref.: Science 175, 720-731, ano 1972). É um modelo ainda válido? 10) Quais as mudanças físicas que a presença de insaturações nas cadeias de hidrocarbonetos de fosfolipídios provoca na bicamada? 11) Qual a diferença entre a fase líquido-cristalina e a fase gel ? Pode alguma substância adquirir ao mesmo tempo uma fase líquida e cristalina? Não é um paradoxo? 12) Explique o que é a transição de fase gel para líquido-cristalina, que ocorre em membranas modelo composta de um único tipo de fosfolipídio. Na membrana biológica este fenômeno ocorreria? Por que? 13) Explique porque anfifílicos de uma única cauda de hidrocarbonetos formam, em geral, estruturas micelares e anfifílicos de duas caudas formam membranas.. 14) Colesterol é um lipídio importante presente em membranas biológicas, mas que sozinho não forma membranas. Qual o efeito do colesterol nas propriedade físicas da membrana.