Panduan Pemakaian Laboratorium Biologi Komputasi dan Bioinformatika

oleh : Tim Biologi Komputasi dan Bioinformatika Jurusan Biologi
5

FMIPA Universitas Brawijaya

1

I. Pendahuluan
Terkait dengan percobaan beroperasinya Lab Biokomputasi maka kami menyampaikan beberapa hal mengenai Laboratorium Biologi Komputasi dan Bioinformatika untuk menunjang 10 aktivitas belajar mengajar. Sebagai pertimbangan untuk software yang akan dipasang dapat memiliki kriteria sebagai berikut : 1. Harus dapat dijalankan di komputer i386 (computer IBM clone dengan prosesor 32 bit seperti Intel atau AMD, sementara ini software 64 bit belum didukung dikarenakan masih 15 banyaknya hardware 32 bit yang dipakai) 2. Berjalan di Windows XP dan/atau Linux (untuk Mac menunggu apabila Open Source Mac OS didapatkan dan jalan di VirtualBox serta mendukung software yang dikehendaki) 3. Tidak memiliki proteksi baik software atau hardware (beberapa software tidak akan berjalan tanpa dongle proteksi). 20 4. Open Source, source code dapat diperoleh dengan gratis yang membuka kemungkinan untuk dipelajari mekanismenya atau dimodifikasi sesuai kebutuhan. 5. Gratis atau menyediakan educational licence, untuk software komersial tanggung jawab hak cipta dibebankan kepada dosen yang berkaitan dengan software tersebut. 6. Mudah didapatkan (mahasiswa boleh menyalin dan memungkinkan untuk diinstall 25 komputer mahasiswa) Lebih baik apabila dosen yang berkaitan menguasai cara install dan uninstall software tersebut. di

II. Tujuan Lab Biokomputasi
Menyediakan fasilitas belajar mengajar, permodelan, simulasi serta analisis fenomena biologi dengan memaksimalkan penggunaan metode komputasi dan IT.

30

III. Fasilitas Lab Biokomputasi
Beberapa hardware terpasang : - 11 unit PC merk Acer Aspire M5800 dengan spesifikasi : - Prosesor : Intel Pentium Quad Core 2,3GHz - Memori : 2GB

35

- Monitor LCD 21” wide - Hard Disk : 500GB 2

- Wireless Keyboard dan Mouse - LAN - untuk sementara akan dibebani @10 – 15 pengguna 40 - Server IBM System x3650 - 7979 dengan instalasi Virtual environment Proxmox. - 2 LAN hub - 1 wireless router - 9 unit UPS

Gambar 1: Skema Jaringan Lab Biokomputasi (setting dapat berubah menyesuaikan konfigurasi)

45

Beberapa software terpasang : - Sistem Operasi PC menggunakan Ubuntu Linux 9.04 dengan pertimbangan ukuran yang relatif kecil, skalabilitas untuk multiuser, stabilitas pada workload tinggi, fleksibel dan highly customizable dan sejarah yang cukup lama dari UNIX dalam pengembangan riset komptasi serta aman dengan sedikit virus. Untuk server

50

menggunakan CentOS 5. - Office Productivity Suite menggunakan OpenOffice.org yang memiliki fasilitas dasar editing dokumen, presentasi dan spreadsheet. Untuk MS Office secara opsional akan dipasang pada lingkungan virtual (lihat Machine Virtualization).

3

- Image editing menggunakan GIMP yang gratis dan memiliki kemampuan editing 55 gambar hampir sama dengan software komersial. - Untuk computing environment dan analisis statistik independen disediakan program R yang dapat dikembangkan sesuai kebutuhan pengguna. - GIS standar menggunakan program GIS yang open source dan gratis yaitu Quantum GIS dan GRASS. 60 - Machine Virtualization menggunakan VirtualBox untuk melakukan instalasi Windows bagi pengguna dengan software yang hanya berjalan pada lingkungan Windows. - Wine yang dapat menjalankan software Windows pada lingkungan Linux tanpa perlu menginstall Windows dengan beberapa keterbatasan. - Antivirus standard Linux dan UNIX menggunakan ClamAV. 65 - Server ftp menggunakan vsftp, untuk server database menggunakan PostgreSQL dan MySQL. Account di Ubuntu Linux dengan login name yang ditentukan pengguna atau admin dan password yang dapat diubah sendiri. Tanpa login name dan password komputer tidak dapat digunakan. Akun mahasiswa berlaku selama 1 semester, sedangkan akun dosen 70 dapat dibuat sesuai keperluan.

Gambar 2: Skema penggunaan komputer bersama oleh pengguna

Pengguna boleh menginstall sendiri aplikasi yang tidak memerlukan administrative privilege pada direktori home-nya, contoh program MGLTools untuk permodelan protein dapat diinstall di folder home pengguna. Untuk program yang memerlukan administrative privilege pengguna harus 75 menghubungi petugas. Beberapa scientific software yang dapat diinstall dengan administrative privilege : * science-astronomy 4

* science-biology * science-chemistry 80 * science-electronics * science-engineering * science-geography * science-linguistics * science-mathematics 85 * science-physics * science-robotics Berikut adalah paket semu untuk utilitas umum bagi seluruh cabang ilmu pengetahuan. * science-statistics * science-typesetting 90 * science-viewing Pemakai jaringan Lab Biokomputasi dapat mengakses buku-buku, materi kuliah, master program atau tugas yang diletakkan pada server oleh dosen pengajar. Para pengajar dapat meletakkan materi yang berkaitan dengan kuliah pada server.

IV. Pengguna Lab. Biokomputasi
95 1. Dosen 2. Mahasiswa Matakuliah Biokomputasi 3. Mahasiswa dengan tugas akhir/khusus berdasarkan arahan dosen pembimbing.

V. Tata-tertib dan Himbauan Penggunaan Lab
1. Lab Biokomputasi buka setiap hari kerja selama jam kerja. 100 2. Lab Biokomputasi hanya bisa digunakan oleh pengguna yang memiliki akun (login name dan password) 3. Setiap pengguna Lab Biokomputasi harus mendaftar kepada petugas untuk mendapatkan fasilitas lab (login name, password dan space harddisk). 4. Pengguna diharapkan tidak menggunakan password yang digunakan untuk menyimpan 105 informasi sensitif lain seperti e-mail atau social networking seperti facebook, friendster dll. 5. Pengguna tidak menyebarkan login name dan password untuk menjaga keamanan akunnya dan keseluruhan sistem.

5

6. Pengguna dilarang mengganggu pengguna lain, apabila ada pengguna yang merasa terganggu oleh pengguna lain harap menghubungi petugas. Contoh pengguna yang 110 melakukan DoS (Denial of Service) pada suatu workstation dianggap sebagai pengganggu. 7. Pengguna dilarang menyimpan materi pornografi, materi yang menghujat SARA dan kekerasan. 8. Setelah menggunakan komputer silakan log-off saja tidak perlu mematikannya karena kemungkinan masih ada user yang sedang menggunakan secara remote. 115 9. Dilarang mencuri barang-barang laboratorium komputasi. 10. Pengguna yang terbukti melanggar peraturan atau mengganggu keamanan system akan dibekukan akunnya dan terancam tidak lulus matakuliah.

VI. Prosedur Pendaftaran Penggunaan Lab Biokomputasi
(seperti prosedur lab biologi lainnya) 120 1. Aplikan mendaftar pada petugas lab dengan menunjukkan tanda bukti keanggotaan civitas akademika PS Biologi. Aplikan dapat mengirimkan permintaan pendaftaran akun ke e-mail labkomputasi.jbub@yahoo.co.id. 2. Aplikan akan mendapatkan login name dan space hard disk pada salah satu komputer beserta password standard yang bisa diganti, contoh : paimin@biokomp-desktop 125 pass:12345. Dengan demikian user paimin dapat melakukan login ke PC biokomp-desktop baik secara langsung atau secara remote dalam LAN apabila komputer sedang dipakai. 3. Apabila user paimin memiliki PC pribadi yang telah terinstall Linux atau Windows dengan SSH/sftp-client (atau PuTTY pada Windows) dapat melakukan login melalui PC-nya sendiri setelah terkoneksi dengan LAN lab biokomputasi. Password yang telah diterima harus 130 segera diganti dengan password sendiri yang mudah diingat dan aman. 4. Untuk account tertentu dapat diset untuk memiliki masa kadaluarsa. Apabila telah melawati masa ini maka account tidak dapat digunakan lagi. 5. Bagi pengguna yang ingin memiliki akses ke wifi bisa mendaftarkan MAC/Physical address dari wireless adapternya.

135

VII. Bidang-bidang yang dapat dikerjakan dalam Lab Biologi Komputasi.
- Geographic Information System - Analisis dan Permodelan Genomik serta Biologi Molekuler. - Analisis Statistik dan Data Mining 6

- SQL Relational Database Management System (MySQL dan PostgreSQL) 140 - Cluster computing - dll. menanti masukan.....

VIII. Lampiran
Tips Migrasi ke Ubuntu Linux • 145 Tersedia Ubuntu Help Center dengan mengakses New to Ubuntu? > If You've been using Windows.
Tabel 1: Daftar padanan istilah Windows dan Ubuntu (GNOME) Standard

Windows Terms • Add/Remove Programs • • • • • • • • • • • • • • • • •

Ubuntu (Gnome) Terms Applications ▸ Add/Remove... System ▸ Administration ▸ Synaptic Package Manager (Global) System ▸ Administration (Personal)System ▸ Preferences Places Places Applications ▸ Internet ▸ Firefox Web Browser User Switcher in the top corner Places ▸ Computer Places ▸ Home Folder System ▸ Administration ▸ Printing Trash User Switcher in the top corner Applications, Places, and System System ▸ Administration ▸ System Monitor Applications ▸ Sound & Video

• • • • • • • • • • • • • • •

Control Panel Explorer Favorites Internet Explorer Log Off My Computer My Documents Printers & Faxes Recycle Bin Standby Start button Task Manager Windows Media Player Windows Update

System ▸ Administration ▸ Ubuntu Update Manager Pada Linux tidak terdapat drive letter (C:, D: ... dsb.) semua disk drive dan data diletakkan dalam folder (/media/usb, /media/cdrom,...dsb).

7

VirtualBox yang terpasang tidak menyediakan koneksi ke USB, file dikopi terlebih dahulu ke dalam salah satu folder dalam /home yang dapat di-share pada VirtualBox

150

IX. Referensi
Caicedo, C.E. Cerroni, W. 2009. Design of a Computer Networking Laboratory for Efficient Manageability and Effective Teaching. 39th ASEE/IEEE Frontiers in Education Conference, San Antonio

155

Eichinger, D.C. Nakhleh, M.B. Auberry, D.L. 1997. Evaluating Computer Lab Modules For Large Biology Courses. Annual Conference of the National Association for Research in Science Teaching, Oak Brook Gagne, M. 2006. Moving to Ubuntu Linux. Addison Wesley Professional. Gibas, C. Jambeck, P. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly, USA Hong, Q. 2009. Teaching Computational Thinking through Bioinformatics to Biology Students. Department of Biology Tuskegee University, Alabama

160

8

X. Lampiran
Lampiran 1. Form Pendaftaran
Tabel 2: Form pendaftaran login name yang akan dikembalikan kepada pendaftar dengan password

No. 1

Nama Lengkap

NIM

e-mail

login

Password (diisi petugas)

Paimin Obengmin 109100025

paiminobeng paimin @kotaksurat. com

Lampiran 2. Tahapan yang masih harus dikerjakan - Menyediakan beberapa kabel LAN yang cukup panjang (3-5m), diperlukan tenaga pembantu 165 yang dapat memasang jack LAN pada kabel. - Menata perkabelan, posisi switch hub dan router agar rapi. - Menata meja dan kursi serta box yang tidak terpakai - Updating dan instalasi software-software yang akan digunakan dalam komputasi. - Bersih-bersih dari debu 170 - Menata ulang berkaitan dengan komputer yang baru datang.

9

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful

Master Your Semester with Scribd & The New York Times

Special offer: Get 4 months of Scribd and The New York Times for just $1.87 per week!

Master Your Semester with a Special Offer from Scribd & The New York Times