Genetika : Materi DNA

Minggu, 08 Juli 2012 | 0 komentar

DNA Asam deoksiribonukleat, ( lebih dikenal dengan DNA (bahasa

Inggris: deoxyribonucleic acid),) adalah rantai doble heliks berpilin yang terdiri atas
polinukleotida yang merupakan sejenis asam nukleat yang
tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di
dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel .Berfungsi sebagi pewaris sifat
dan sintesis protein.

Ada 2 kelompok basa nitrogen yang berikatan pada DNA yaitu

1. Purin, terdiri dari basa nitrogen adenine dan guanin.
2. Pirimidin, terdiri dari basa nitrogen sitosin dan timin . pada RNA, timin diganti
dengan urasil.
Basa Purin selalu berpasangan dengan basa pirimidin melalui ikatan hidrogen.
Adenine selalu berpasangan dengan hymine melalui 2 ikatan hidrogen sedangkan
cytosine berpasangan dengan guanine melalui 3 ikatan hidrogen.
Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu :
1. Model konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa
memisahkan rantai-rantainya.
2. Model semi konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah
kemudian bereplikasi.
3. Model dispersi. Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-
potongan yang kemudian bereplikasi. Meselson dan Stahl membuktikan bahwa
DNA bereplikasi sesuai model semi-konservatif.
Proses replikasi terbagi atas 3 tahap:
1. Inisiasi. Replikasi tidak berlangsung pada titik acak pada DNA namun
berlangsung pada awal yang disebut tempat awal replikasi. Protein inisiator
menempel pada daerah tersebut kemudian berikatan menyebatkan rantai heliks
terbuka untuk menunjukkan satu rantai yang digunakan untuk membangun
rantai baru.
2. Elongasi. DNA polimerase bertugas untuk memasangkan basa nitrogen baru
dengan rantai DNA lama sehingga terbentuklah rantai DNA yang baru. DNA
polymerase menambahkan basa-basa baru ke ujung 3 rantai yang ada,
kemudian mereka mensintesis dari arah 5 ke 3 dengan menyediakan rantai basa
pasangan untuk cetakan. Triplet AUG merupakan sinyal untuk memulai proses
sintesis, sehingga triplet ini dinamakan kodon start.
3. Terminasi. Replikasi berakhir saat DNA polimerase mengenali daerah basa
nitrogen yang diulang-ulang, daerah ini disebut telomer.Maka terbentuklah rantai
DNA yang baru.
Pada Sintesis protein, salah satu rantai DNA akan dikodekan oleh mRNA. Rantai
yang dikodekan tersebut disebut DNA Sense atau DNA template, sedangkan
rantai pasangannya yang tidak dicetak disebut DNA Antisense atau DNA
Komplementer. Triplet kode-kode genetik DNA yang dikodekan oleh mRNA
disebut kodogen.
Berbeda dengan DNA, RNA merupakan rantai panjang lurus yang berfungsi
dalam sintesis protein. Terdapat 3 jenis RNA yaitu:
1. mRNA(messenger RNA atau RNA duta/RNAd), bertugas untuk mengkodekan
kode genetik dari DNA untuk sintesis protein. Terdapat di anak inti.sel. Triplet
kode genetik pada mRNA disebut kodon.
2. tRNA(transfer RNA atau RNAt), bertugas untuk mencocokkan triplet yang ada
pada mRNA dengan protein yang sesuai. Terdapat di sitoplasma. Triplet kode
genetik pada tRNA disebut antikodon.
3. rRNA(ribosomal RNA atau RNAr), bertugas untuk memasangkan kodon mRNA
dengan antikodon tRNA dan menggeser rantai-rantai supaya terbentuk
polipeptida(protein). Terdapat di ribosom.
Struktur RNA(ribosenucleic acid) yaitu
1. Gula 5 karbon ribosa.
2. Gugus fosfat.
3. Basa nitrogen yang persis sama dengan basa nitrogen DNA namun pada mRNA
thymine diganti dengan urasil.
Sebelum sintesis protein dilakukan, perlulah diadakan persiapan yang
menyeluruh, salah satunya pemasangan asam amino pada salah satu ujung
tRNA. 1 asam amino harus diikatkan pasada salah satu ujung tRNA dengan
antikodon yang benar, namun protein ini sesuai dengan kodon bukan antikodon.
Enzim yang melakukan proses ini adalah enzim tRNA aminoasil sintetase. Enzim
ini mengikatkan asam amino pada bagian sisi asam amino kemudian tRNA
dengan antikodon spesifik untuk asam aminonya. tRNA dan asam amino
berikatan pada enzim sebelum akhirnya dilepaskan.
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang
diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel,
sitoplasma dan ribosom. Sintesis protein terdiri dari 3 tahapan besar yaitu:
Transkripsi.
DNA membuka menjadi 2 rantai terpisah. Karena mRNA berantai tunggal, maka
salah satu rantai DNA ditranskripsi (dicopy). Rantai yang ditranskripsi dinamakan
DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut kodogen.
Sedangkan yang tidak ditranskripsi disebut DNA antisense/komplementer. RNA
Polimerase membuka pilinan rantai DNA dan memasukkan nukleotida-
nukleotida untuk berpasangan dengan DNA sense sehingga terbentuklah rantai
mRNA. Contoh transkripsi:
Translasi
mRNA / RNAd yang sudah terbentuk keluar dari anak inti sel menuju rRNA.
Disana mRNA masuk ke rRNA / RNAr diikuti oleh tRNA / RNAt. Ketika antikodon
pada tRNA cocok dengan kodon mRNA kemudian rantai bergeser ke tengah.
Kodon mRNA berikutnya dicocokkan dengan tRNA kemudian asam amino yang
pertama berikatan dengan asam amino kedua. tRNA pertama keluar dari rRNA.
Proses ini berlangsung hingga kodon stop, ribosom subunit besar dan kecil terpisah,
mRNA dan tRNA keluar dari ribosom.
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
Rumus cepat:mRNA=DNA komplementer=DNA antisense=kode protein
tRNA=DNA template=DNA sense=kodogen. Berikut ini adalah gambar proses
sintesis protein.
DNA dan RNA Sebagai Materi Genetik

Mei 7

Posted by Gusti Pandi Liputo

Gustinerz | Asam deoksiribonukleat biasa dikenal dengan DNA

adalah tempat penyimpanan informasi genetik. DNA terdapat didalam inti sel
(nucleus)

Struktur DNA
DNA tersusu atas

- Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)

- Basa nitrogen yang terdiri dari golongan
Purin yaitu (Adenin A dan Guanin G)
Pirimidin yaitu (Cyotosin C dan Tymin T)
- Gugus fosfat

RNA atau asam ribonukleat adalah makro molekul yang berfungsi sebagai
penyimpan dan penyalur informasi genetik.
Struktur RNA
RNA tersusun dari beberapa senyawa
- 5 karbon
- Basa nitrogen yang terdiri dari
Purin yaitu (Adenin A dan Guanin G)
Pirimidun yaitu ( Cytosin C dan Urasil U)
- Gugus fosfat

Tipe RNA
1. RNAd (RNA duta): RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari
kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd tersebut
kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai
polipeptida.
2. RNAr (RNA ribosomal): komponen struktural yang utama di dalam ribosom.
3. RNAt (RNA transfer): RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom
Perbedaan DNA dan RNA
Jika kita melihat kembali struktur penyusun DNA atau RNA maka dapat dilihat salah
satu perbedaan DNA dan RNA terletak pada strukturnya yaitu pada Basa nitrogen
DNA dan RNA. Basa nitrogen pada DNA khusunya pirimidin yaitu (Cyotosin C
dan Tymin T) sedangkan untuk RNA pirimin-nya yaitu ( Cytosin C dan Urasil
U). itu hanyalah salah satu perbedaanya.

Pertanyaan:
1. Mengapa DNA dan RNA itu dikatakan sebagai materi genetik?
2. Jika DNA atau RNA rusaka apa akibatnya?
Jawaban:
1. Seperti yang telah dijelaskan diatas bahwa DNA dan RNA itu bekerja sebagai
penyimpan inforsmasi genetika yang terdapat didalam sel. Sel merupakan pusat
aktifitas kehidupan makhluk hidup oleh karena ia terdapat dalam sel maka DNA atau
RNA itu dikatakan sebagai materi genetik.
2. Sama halnya dengan penjelasan diatas bahwa DNA atau RNA itu tempat
penyimpanan informasi genetika, jika dia rusak maka otomatis penyimpanan
informasi genetik akan terhambat dana akan menyebabkan salah transfer oleh RNA
akibatnya akan terjadi Mutasi genetik.
Materi DNA , Gen Dan Kromosom
Materi DNA , Gen Dan Kromosom - Pengertian gen - Pengertian DNA -
Pengertian Kromosom - Materi SMA

Pengertian DNA
Apa sih pengertian DNA itu? Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA
merupakan sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat
kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama

1. gugus fosfat
2. gula deoksiribosa
3. basa nitrogen, yang terdiri dari:
o Adenina (A)
o Guanina (G)
o Sitosina (C)
o Timina (T)

Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling.
Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua
gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon
ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu
perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.

Gen

Gen adalah bagian kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam
kromosom, yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri genetis suatu makhluk hidup.
Gen diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya melalui suatu proses
reproduksi. Dengan demikian, informasi yang menjaga keutuhan bentuk dan fungsi
kehidupan suatu organisme dapat terjaga. Gen terdapat berpasangan dalam satu lokus
pada kromosom homolog. masing-masing gen dalam pasangan itu disebut alel. Kedua
alel dapat membawa ciri sifat yang sama atau berbeda, misalnya sifat tangkai panjang
da tangkai pendek.

Kromosom

Kromosom adalah pembawa gen yang terdapat di dalam inti sel (nukleus).
Kromosom terdiri dari DNA, RNA (asam ribo nukleat) dan protein. Kromosom
homolog (2n) adalah kromosom yang terdapat berpasangan dan memiliki struktur dan
komposisi yang sama. sel yang memiliki 2n kromosom (kromosom homolog) disebut
sel diploid. Bila tidak berpasangan kromosom diberi simbol n kromosom. Sel dengan
n kromosom adalah sel haploid, misalnya sel kelamin jantan saja atau sel kelamin
betina saja
 II. SINTESA PROTEIN
A. Definisi

Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling
utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang
merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan
satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon,
hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor.
Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk
hidup dan virus. Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim.
Jenis protein lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti
misalnya protein yang membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein
terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam
bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai
sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino
tersebut (heterotrof).

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid,
dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu,
protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam
biokimia. Protein ditemukan oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang
dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi
translasi yang dilakukan ribosom.

Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam
amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein
yang memiliki fungsi penuh secara biologi.

B. Struktur
 Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur
primer (tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan
kuartener (tingkat empat). Struktur primer protein merupakan urutan asam
amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida).

Sementara itu, struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi

lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh
ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai
berikut : alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam
amino berbentuk seperti spiral
beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran lembaran lebar yang
tersusun dari sejumlah ranta asam amino yang saling terkikat melalui ikatan
hydrogen atau ikatan tiol ( S H ), beta turn ( turn, lekukan beta ), dan
gamma turn ( turn, lekukan gamma ). Gabungan dari aneka ragam dari
struktur sekunder akan menghasilkan struktur tiga dimensi yang dinamakan
struktur tersier.

Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein

dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang
stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur
kuartener. Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan
insulin. Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode:
1. hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian
komposisi asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer,
2. analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman,
3. kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan
4. penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.

Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi

circular dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD
dari puntiran-alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm
dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm.
Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari
spektrum CD.

Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan

dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari
protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri
dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu
domain. Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat
 di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan
menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila
struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang
membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur
kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak
fungsional.

C. Sumber Protein

Daging,Ikan,Telur,Susu, dan produk sejenis Quark,Tumbuhan berbji, Suku

polong-polongan,Kentang.

Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor

untuk biokimia di Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan
tumbuhan kepada kelinci. Satu grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan
protein hewani, sedangkan grup yang lain diberikan protein nabati. Dari
eksperimennya didapati bahwa kelinci yang memperoleh protein hewani lebih
cepat bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh protein nabati.

Kemudian studi selanjutnya, oleh McCay dari Universitas Berkeley

menunjukkan bahwa kelinci yang memperoleh protein nabati, lebih sehat dan
hidup dua kali lebih lama.

D. Sintesa protein
Gen dan protein memiliki hubungan yang tidak dapat dipisahkan . gen
merupakan segmen DNA yang terdapat pada kromosom. Produk seluler yang
dikodekan oleh gen sebagian besar adalah protein. Dengan demikian, dengan
sedikit pengecualian ( seperti pada RNA transfer dan RNA Ribosomal ), urutan
basa suatu gen mengkodekan urutan asam amino daru sebagian atau
keseluruhan protein.

RNA adalah suatu asam nukleat tunggal yang membantu dalam

mentranskripsikan dan menerjemahkan informasi genetic DNA kedalam bentuk
urutan asam amino. Terdapat tiga RNA yang berperan dalam proses ini, yaitu :

1. RNA messenger ( mRNA )

2. RNA transfer ( tRNA )
3. RNA ribosomal ( rRNA )
 1. Tahapan sntesa protein

Informasi berpindah dari DNA menuju pembentukan protein melalui dua

tahapan proses yaitu :

Transkripsi, dimana informasi yang terdapat pada DNA digandakan dalam bentuk
mRNA
Translasi, dimana urutan basa pada mRNA memberikan informasi yang
diperlukan oleh tRNA dan rRNA untuk mensitesis suatu protein dengan urutan
asam amino yang sesuai dengan informasi yang terdapat pada DNA.

2. Tahapan transkripsi

Enzim yang berperan dalam transkripsi adalah RNA polymerase, yang bergerak
sepanjang gen dari promotornya ( warna hijau ), hingga terminatornya ( Warna
merah ). RNA polymerase memasangkan molekul RNA pada rantai nukleotida
yang sesuai, dan menambahkan molekul RNA sehiingga sesuai dengan untai gen
templat. Bagian DNA yang ditranskripsikan disebut unit transkripsi.
Gambar Proses transkripsi ( Campbell, et,al, 1998 )

1. Setelah mengikat promoter, RNA polymerase melepaskan rantai ganda

DNA dan menginisiasi sintesis RNA pada titik awal untaian templat.
Urutan nukleotida promoter menentukan kerja RNA polymerase, begitu
pula urutan nukleotida yang digunakan sebagai acuan proses sintesis
protein
 2. RNA polymerase bekerja dari hulu ke hilir ( downstream ) berawal dari
promoter. RNA mengalami pemanjangan ( elongasi ) pada arh 5 3.
Pada proses transkripsi untaian DNA kembali membentuk rantai ganda
3. Pada saat RNA polymerase menerjemahkan terminator urutan
nukleotidayang mengkodekahn akhir prosestranskripsi, proses
transkripsi berakhir. Singkatnya, sesudah itu RNA diepaskan, dan RNA
polymerase memisahkan diri dari DNA.

Pada eukariot , mRNA hasil transkripsi segera digunakan untuk mensintesis

protein. Sedangkan pada eukariot, RNA harus melalui berbagai proses terlebih
dahulu.

Urutan basa mRNA membawa kode genetic untuk urutan asam amino
protein. Urutan tiga basa pada mRNa, disebu kodon, menentukan jenis asam
amino pada protein. Kodon start dan kodon stop memberikan tanda untuk
memulai dan mengakhiri proses sintesis protein.

Gambar tranlasi ( Campbell et.al., 1998 )

Sintesis protein berjalan berdasarkan urutan sebagai berikut :

1. mRNA dibentuk berdasarkan urutan nukleotida gen pada DNA. mRNA

selanjutnya meninggalkan inti sel, bergerak ke ribosom dan kemudian
berikatan dengan subunit kecil ribosom
2. tRNA membawa asam amino ke mRNA. Anti kodon tRNA yang sesuai
selanjutnya berpasangan dengan kodon dari mRNA. Subunit besar dan
kecil ribosom bergabung , dan tRNA berikatan subunit besar ribosom.
3. Subunit besar ribosom mengkatalis proes pembentukan ikatan peptide
antara asam amino asam amino yang dibawa molekul tRNA.
4. Pada saat asam amino baru bergabung dengan asam amino yang sudah
ada sebelumnya, tRNA melepaskan diri dari subunit besar ribosom dan
tRNA berikutnya ( yang membawa asam amino urutan berikutnya )
menggantikan tRNA tersebut.
5. Proes ini terus berjalan sampai kodon stop. Pada akhir proses ini, mRNA
dan protein yang selesai terbentuk, meninggalkan ribosom.
Gambar Ringkasan transkripsi dan translasi pada sel eukariot ( Campbell et.el., 1998
1. Proses Transkripsi
Pada tahap ini terjadi di dalam nukleus.DNA double heliks yang terdiri dari 2 sisi,
misal yang sisi bawah adalah DNA sense (pencetak/cetakan) sedangkan sisi atas
adalah DNA non sense (bukan cetakan). Pertama, enzim polimerase akan masuk
diantara double heliks dan menempel pada sisi DNA sense. Enzim polimerase akan
mencetak/ mengkopi kode genetik DNA seperti yang ada pada DNA non sense
dengan jalan DNA sense sebagai cetakan. Proses pencetakan ini dimulai dari start
kodon pada mRNA yaitu AUG lalu proses pengkopian ini berakhir pada stop kodon
yaitu UAG, UAA,atau UGA. Proses transkripsi selesai lalu mRNA keluar dari nukleus.

2. 2. Proses Translasi
Setelah mRNA keluar dari nukleus ke sitoplasma yang membawa kode genetik akan
menempel pada ribosom sub unit kecil. Setelah itu tRNA yang tersebar di sitoplasma
akan menghampiri mRNA dengan membawa pasangan yang sesuai dengan kode
genetik mRNA. setelah itu ribosom sub unit besar akan menghampiri ribosom sub
unit kecil sehingga tRNA berada pada site P lalu pada site A akan ada tRNA lain yang
membawa kode genetik yang sesuai dengan mRNA sehingga berjajaran. Setelah itu
asam amino yang dibawa oleh masing-masing tRNA akan berikatan membentuk
rantai polipeptida dan begitu terus menerus tRNA di site A bergeser ke site P dan
datang lagi tRNA lain di site A asam amino berikatan lagi hingga ujung mRNA maka
selesailah proses tanslasi sehingga terbentuk asam amino atau polipeptida.