You are on page 1of 34

CH1131 – Biomolecular

Engineering
Week 4 (Sep 01 & 04)
DNA Replication, Cell Cycle and Cancer

Learning Objectives
• DNA replication (mutations)
• Cell Cycle and Control (checkpoints)
• Cancer (tumour suppressor genes)

Cell Cycle: learning objectives

• DNA replication (vs transcription)
• Stages in cell cycle
• Control of cell cycle
• Cell cycle checkpoints
• Similarities and differences between 
mitosis and meiosis

Cell Division

3

Cell Cycle: introduction • Cell cycle starts with cell division and  ends with daughter cell formation • Two major cell cycle phases ‐ M phase (mitotic) includes mitosis and  cytokinesis ‐ Interphase phase (preparation) is divided  into G1 (1st gap). G2 checkpoint for damage  repair ‐ DNA replication in S phase 4 . S (synthesis) and G2 (2nd gap) ‐ G1: cell growth phase (high protein  synthesis and metabolic rate) and before  mitosis. cytokinesis and S Phases in Cell Cycle ‐ G2: after completion of DNA replication but  before mitosis.

Learning Objectives • Basic Mechanism of DNA Replication • Basic Aspects of Mutations in DNA http://www.com/watch DNA ?v=zFVH9SqtJCM Replication and Transcription Replication Transcription 5 .youtube.

6 .Semi‐conservative DNA replication • DNA replication is semi- conservative: in the "next generation" molecule one strand is "old" and another is “new”.

7 . upon  separation. each DNA strand  is used as a template to  synthesize the  complementary DNA strand.  • DNA strand is ALWAYS synthesized in the 5' to 3' direction.Mechanism of DNA replication • During DNA replication.

Mechanism of DNA replication • Complementary strands bring in individual nucleotides to base pair with complementary bases on the template • There is no restriction replication. the whole DNA genome is duplicated 8 . as opposed to transcription • As a result.

http://www.com/watch?v=1L8Xb6j7A4w 9 .youtube. DNA Replication in Prokaryotes • Single replication origin (multiple in eukaryotes) • RNA Primer (Synthesized by RNA Polymerase called Primase) • DNA Polymerase • Replication fork – Continuous and discontinuous DNA replication at leading and lagging strands respectively.

• Achieved by forming a bond btw 5′ phosphate of incoming nucleotide and 3′ OH of end of growing strand: DNA synthesis in 5′ to 3′ direction. • Requires primer for DNA synthesis to begin. DNA Polymerase • DNA polymerase: The enzyme that catalyses/synthesizes DNA. 10 .

• Exonucleases are enzymes that digest DNA (cleave phosphodiester bonds). • If wrong nucleotide gets inserted. • Hence DNA polymerase is self- correcting: it has a proofreading activity. 11 . it will be “deleted”. chewing away nucleotides from end of DNA chain • 3′ to 5′ exonuclease activity: degrades DNA in direction opposite to that of synthesis.DNA Polymerase • DNA polymerases have exonuclease activities.

RNA Primers at the Lagging Template 12 .

DNA Replication in Eukaryotes • Complications: – Eukaryotic DNA complexed with histones  forming chromatin. – More complex cell structure (organelles  such as mitochondria and chloroplasts  contains own DNA: 5 DNA polymerases  identified so far). – Linear instead of circular chromosomes.com/watch?v=lf9rcqifx34 Cell Cycle 13 .youtube. hence requires  removal and replacement of histones  during and after: hence process more  lengthy and complex. http://www.

and proceeds bidirectionally from the point of origin (replication bubble) • DNA synthesis is continuous on leading strand • DNA synthesis is discontinuous on lagging strand (Okazaki fragments) 14 . Summary • DNA replication is semi-conservative (existing strand serving as a template for the synthesis of a new strand) • Replication begins at specific locations (origins of replication) • Replication requires a primer.

 until defect is  repaired • Failure at checkpoints usually leads  to cancer development http://www.youtube. Control of Cell Cycle: checkpoints • Surveillance mechanisms to ensure: ‐ no DNA damage  ‐ completion of DNA replication • Activated throughout cell cycle • Detection of defect leads to arrest of  cell cycle progression.com/watch?v=1EB8q9aR8Hk Checkpoints 15 .

  and G2 to M • G1 to S most critical • Proteins at checkpoint G1  to S: p53 and Rb 16 .Control of Cell Cycle: checkpoints • Checkpoint proteins  control cell cycle  progression • Main checkpoints: G1 to S.

Control of Cell Cycle: example of checkpoints • ATM coded for kinase activated by DNA  damage • ATM phosphorylates and activates Chk2 (a  checkpoint protein) • Chk2 phosphorylates p53  • Phosphorylated p53 activates gene  expression of p21  • Cells with DNA damage in G1 synthesize p21  protein • p21 inhibits kinase activity of G1 cdk • The inhibition prevents cells from entering S  phase THUS. mutated p53 found in cancers may be  the cause for failure in checkpoint control  and subsequent development of cancer Example of Checkpoint in  Cell Cycle 17 .

com/watch?v=cvlpmmvB_m4&feature=related Mitosis 18 . Cell Cycle: M Phase • Mitosis ‐ process of nuclear division to  separate faithfully replicated DNA of  each chromosome into 2 nuclei • Mitosis is normally followed by  cytokinesis Mitotic Cell • Other cellular activities (metabolic)  are reduced during mitosis http://www.youtube.

Cell Cycle: cytokinesis • Process during which cell is divided into 2  daughter cells • Normally in coordination with mitosis • Take place in late anaphase • New membrane is delivered for the  Cytokinesis process of cytokinesis 19 .

com/watch?v=zQocsLRm7_A &feature=relmfu 20 .youtube.Cell Cycle: contractile ring in cytokinesis • Force required to cleave cell is generated  in a thin band of contractile cytoplasm • Actin filaments are condensed under the  cleavage plan  • Myosin II filament (motor protein) found  in between actin filaments • Sliding of actin filaments of contractile  ring pull the cleavage plan towards the  centre of cell http://www.

Cell Cycle: summary • Cell cycles comprises two main phases: M phase with mitosis and Interphase  which is further divided into G1 (1st gap). S (synthesis) and G2 (2nd gap) phases • Cyclin‐dependent kinases control the progression of cell cycle at G1 to START and  G2 to M phase • Progression of cell cycle is also controlled by checkpoints to weed out mistake in  DNA replication and chromosome alignment • Cytokinesis takes place at the end of mitosis and twice in meiosis  21 .

Cancer: learning objectives • General characteristics of cancer cells • Tumor‐suppressor genes and oncogenes • Cell cycle and cancer development Hepatocellular Carcinoma 22 .

Cancer: background • Cancer – uncontrolled cell proliferation  forming malignant tumors that invade  surrounding healthy tissue • Cancer results from mutations in genes in  somatic cells Invasive Liver Cancer • Cancer cells are invasive and affect normal  tissue • Cancer can proceed to metastasis by  forming secondary (more damaging) tumors 23 .

Cancer: basic properties of cancer cell • Loss of growth control ‐ normal cells show contact inhibition ‐ cancer cells continue to grow in confluency  and form colonies ‐ normal cells respond to growth factors ‐ cancer cells do not respond to such signals ‐ normal cells have limited cell cycles ‐ cancer cells are immortal Growth Properties of  Cancer Cells Growth Factors and  Cancer Cells 24 .

 act as cell  cycle brakes • Experimentally. both copies on  the pair of chromosomes must be defective  to remove the suppressor effect Tumor‐Suppressor Genes https://www.youtube.com/watch?v=iLK3jy-kGvs 25 . if absence of such genes  correlates with tumor development. their  presence normally suppresses tumor  formation • These genes act recessively. Cancer: Tumor‐Suppressor Genes • Encode proteins that restrain cell growth  and prevent cancer development.

youtube. Tumor‐Suppressor Genes: Retinoblastoma (RB) • Retinolastoma is a rare childhood cancer  of the retina of eye • Rb protein (pRb) always damaged or  deleted in tumor of optic nerve • Rb phenotype results from mutation in  both copies of RB gene  • Rb mutations are detected in other  tumors (more general role for pRb) Rb and Retinoblastoma https://www.com/watch?v=IGY_3BWDpbk 26 .

 phosphorylation of pRb by cdk  releases E2F and allows cell cycle to resume • Mutations in RB remove its inhibitory effects  on E2F pRb and Cell Cycle 27 . and prevents E2F’s  function • Unphosphorylated E2F‐pRb complexes arrests  cell cycle at G1. Tumor‐Suppressor pRb and Cell Cycle • pRb helps to regulate G1 to S phase transition. cyclins) • pRb forms complex with E2F (transcription  factor of cell cycle genes).  and helps to commit the cell to divide • G1‐S transition requires activation of many  genes (polymerases.

Tumor‐Suppressor Genes: P53 • First discovered as associated with SV40‐T‐antigen • Interacts with other DNA virus oncoproteins • Frequent mutations in p53 protein in tumours • Spontaneous tumours in transgenic mice with knock‐out p53 • Interferes with cell cycle • Interferes with transcription https://www.youtube.com/watch?v=iGQdwSAAz9I 28 .

p53 and Cell Cycle • Cells with DNA damage in G1 synthesize  p21 protein with higher levels of p53 • p21 inhibits kinase activity of G1 cdk  (which drives cell through G1) • Arrest at G1 allows cells to repair DNA  damage • Mutations in both copies of TP53 lead to  absence of p21 • Absence of p21 allows cells to proceed  with cell cycle without repair of DNA  damage p53 and cdk inhibitor. p21 • Result: higher risk of cancer 29 .

Tumor Suppressor p53: model for function • Normal cell cycle does not require p53 • p53 gene expression is activated in cells with DNA damage • Higher level of p53 leads to G1 arrest or apoptosis • Mutations in p53 remove inhibitory effects of p53 • Cells continue dividing and accumulate more mutations • Cumulated mutations lead to cell malfunction and cancer development 30 .

  act as accelerators of cell proliferation • Oncogenes are derived from proto‐oncogenes  (proteins having a function in normal cells) • Some RNA viruses carry oncogenes  • Mutations in proto‐oncogenes are dominant.youtube.com/watch?v=WZdErhuLCtc Proto‐oncogenes and  Oncogenes 31 . Cancer: Oncogenes • Encode proteins that promote growth control  loss and conversion of cell to malignant state.  and common cause for oncogenic activity https://www.

youtube. Cancer: Ras Oncogenes • Ras superfamily of proteins are involved in cell  proliferation and other processes • They are GTP‐binding proteins and able to  hydrolyze GTP to GDP • They are active in GTP‐bound state • They are inactive in GDP‐bound state Ras and related GTPases:  • Mutations in Ras (or related) block them at  Molecular Switch GTP‐bound state • Sustained on‐state of cell proliferation leads to  cancer  https://www.com/watch?v=6ZRIOSRBMt8 32 .

Cancer: summary • Cancer is resulted from uncontrolled cell proliferation forming malignant  tumors that invade surrounding healthy tissue • Normal cells can be converted to cancer cells by external agents  (environment. viruses) or mutations in genes • Genes involved in cancer development include tumor‐suppressor genes  and oncogenes • Tumor‐suppressor genes regulate cell cycle • Oncogenes regulate signaling cascade 33 .

Tutorial Topics • How to prove the statement: DNA Replication  Is Semi‐Conservative? .