You are on page 1of 24
 

La biología de la cromatina Complejos de remodelación

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Cedric R. Clapier and Bradley R. Cairns

Howard Hughes Medical Institute, Department of Oncological Sciences, Huntsman

 

Cancer Institute, University of Utah School of Medicine, Salt Lake City, Utah

 

84112; email: brad.cairns@hci.utah.edu, cedric.clapier@hci.utah.edu

Annu. Rev. Biochem. 2009. 78:273–304

Key Words

First published online as a Review in Advance on

cáncer, diferenciación, epigenética, histona, nucleosoma, transcripción

April 8, 2009

The Annual Review of Biochemistry is online at

 

biochem.annualreviews.org

Abstract

This article’s doi:

El envasado de ADN cromosómico por nucleosomas condensa y organiza

10.1146/annurev.biochem.77.062706.153223

el genoma, pero ocluye muchos elementos reguladores del ADN. Sin

Copyright

c 2009 by Annual Reviews.

embargo, esta restricción también permite que los nucleosomas y otros

All rights reserved

componentes de la cromatina participen activamente en la regulación de

 

0066-4154/09/0707-0273$20.00

la transcripción, la segregación cromosómica, la replicación del ADN y la reparación del ADN. Para habilitar el acceso dinámico al ADN empaquetado y adaptar la posición de los nucleosomas en las regiones cromosómicas, las células han desarrollado un conjunto de complejos especializados en remodelación de la cromatina (remodeladores). Los remodeladores usan la energía de la hidrólisis de ATP para mover, desestabilizar, expulsar o reestructurar nu-cleosomas. Aquí abordamos muchos aspectos de la biología remodeladora: su orientación, mecanismo, regulación, propiedades compartidas y únicas, y especialización para procesos biológicos particulares. También tratamos los roles de los remodeladores en el desarrollo, el cáncer y los síndromes humanos.

273

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Contents

INTRODUCTION

.

274

DNA Repair and Recombination

 

.

286

THE LOGIC OF CHROMATIN

Chromosome Segregation

.

287

REMODELING

.

275

GENE REGULATION

 

287

Why Do Cells Need Remodelers? REMODELER FAMILIES, DOMAIN

.

275

Gene Repression Nucleosome Restructuring and

 

.

288

COMPOSITIONS, AND BASIC FUNCTIONS Shared Remodeler Properties

.

276

276

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Targeting of SWR1 Recruitment and Transcription

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Initiation

.

.

.

288

288

Remodeler Family Specialization

.

276

. Transcription Elongation

.

289

.

280

REGULATION OF REMODELER ACTIVITY

.

289

 

Actin and Actin-Related Proteins

.

290

 

.

280

Posttranslational Modifications

 
 

of Remodelers

 

.

290

Targeting or Regulation?

.

281

REMODELERS IN

 

STRUCTURES OF

DEVELOPMENT

 

.

291

REMODELERS

.

281

Plant Development

.

291

REMODELER MECHANISMS

282

Animal Development

.

292

CHROMOSOMAL PROCESSES REQUIRING REMODELERS

283

BUILDING TISSUE-SPECIFIC REMODELERS FOR CELL

 

Chromatin Assembly

.

284

DIFFERENTIATION AND

Dosage Compensation and

SELF-RENEWAL

 

.

292

Chromosome-Wide Affects

.

284

REMODELERS AND DISEASE

 

Large Chromatin Domains

SYNDROMES

 

.

294

and Insulation

.

285

REMODELERS AND CANCER

 

294

DNA Replication

.

285

INTRODUCTION

La biología cromosómica implica un equilibrio dinámico entre el envasado del genoma y el acceso al genoma. Por ejemplo, la longitud lineal del ADN cromosómico presenta un desafío topológico importante, ya que aproximadamente 2 m de ADN deben ser empaquetados en cada núcleo humano. La solución consiste en la cromatina, la colaboración entre los promotores de envasado de ADN especializados (principalmente histonas), los factores de deposición y eliminación de histonas, las enzimas de modificación de histonas y un conjunto de complejos de remodelación de la cromatina (remodeladores). Los remodeladores usan la energía de la hidrólisis de ATP para cambiar el estado de la cromatina de envasado moviendo, expulsando o reestructurando el nucleosoma,

  • 274 Clapier · Cairns

que es la unidad primaria de repetición de la estructura de la cromatina (2, 3). Los remodeladores trabajan con otros factores de la cromatina para controlar el empaquetado y desembalaje, ya que los elementos de ADN que controlan los procesos cromosómicos (potenciadores, promotores, orígenes de replicación) deben ser expuestos de manera regulada para ejecutar correctamente varios procesos, como la transcripción de genes, La reparación del ADN y la recombinación del ADN. Por lo tanto, la estructura de la cromatina no sólo proporciona una solución de embalaje, sino también una oportunidad para la regulación. Nos centramos en la cromatina dinámica desde la perspectiva de los remodeladores de cromatina y discusión recientes avances en la forma en que se especializan para los procesos enumerados anteriormente, cómo se mueven o reestructurar nucleosomas, cómo son dirigidos y regulados, y cómo las mutaciones en los remodeladores afectan el desarrollo y las enfermedades humanas.

LA LÓGICA DE CHROMATIN REMODELING

Para entender los remodeladores, primero debemos

discutir su sustrato-el nucleosoma. El nucleosoma

canónico es un disco octamerico compuesto de dos

copias de cada una de las cuatro proteínas histonas

canónicas (H3, H4, H2A y H2B) alrededor de las cuales

se envuelven 147 pb de ADN. Los residuos cargados

positivamente en las histonas con tact la espina dorsal

de fosfato del ADN cada 10.4 pb, proporcionando 14

relativamente débiles de ADN histona-contacs. Sin

embargo, cuando se agregan estos contactos

proporcionan estabilidad posicional. Todos los eucariotas contienen también proteínas de variantes de ∼10.4 bp, providing 14
proporcionan estabilidad posicional. Todos los
eucariotas contienen también proteínas de variantes de
∼10.4 bp, providing 14 relatively weak histone-
histonas
de
menor
abundancia
que
pueden
ser
DNA contacts. However, when added together,
incorporadas
en
nucleosomas
(o
partículas
these contacts provide positional stability. All
relacionadas con los nucleosomas) para especializarse
eukaryotes also contain lower abundance his-
en regiones grandes o pequeñas de la cromatina. Para
tone variant proteins that can be incorporated
el ejemplo H2A.Z es una histona variante que reside en
into nucleosomes (or nucleosome-related par-
los nucleosomas que flanquean el sitio de inicio de la
ticles) to specialize either large or small regions
transcripción. En los eucariotas superiores, una histona
of chromatin. For example, H2A.Z is a histone
de enlace (comúnmente un subtipo H1 o H5) se une al
variant that resides at nucleosomes flanking the
nucleosoma, a menudo en regiones de cromosomas
transcription start site. In higher eukaryotes, a
que
están
altamente
empaquetadas,
para
formar
el
linker histone (most commonly an H1 or H5
cromatosoma. La distancia típica entre los nucleosomas
subtype) joins the nucleosome, often in regions
varía, dependiendo del organismo y tipo celular, entre
of chromosomes that are highly packaged (4), to
10 y 50 pb. Sin embargo, el espaciamiento y la posición
form the chromatosome. The typical distance
de los nucleosomas en las regiones críticas de control
between nucleosomes varies, depending on the
que actúan en cis (es decir, los promotores) se adaptan
organism and cell type, between 10 and 50 bp.
para la regulación apropiada del locus.
However, the spacing and positioning of nucle-
osomes at critical cis-acting control regions (i.e.,
promoters) are tailored for the proper regula-
tion of the locus.

¿Por qué las células necesitan remodeladores?

Los

L

nucleosomas densamente empaquetados

pueden ocultar importantes elementos de ADN cis,

ya que la mayoría de los factores de unión al ADN

no pueden unirse a su sitio cognato si una cara del

ADN se envuelve sobre la superficie del

nucleosoma. Solución: Existen dos métodos para la

exposición del elemen- to: (a) posicionar los

elementos cis en regiones libres de nucleosomas o

Cromatosoma:

una unidad de cromatina asimétrica que combina una proteína histona de enlazador con un nucleosoma, que estabiliza el nucleosoma evitando el desempacado de ADN

en el enlazador de ADN entre nucleosomas, y (b)

utilizar un remodelador especializado para deslizar

el nucleosoma, o para exponer el elemento

transitoriamente en la superficie nucleosoma

(Figura 1).

La reparación del ADN requiere acceso a todos los pares de bases de

ADN, y la recombinación requiere acceso a largos tramos de ADN.

Por lo tanto, los nucleosomas deben ser movilizados o expulsados

para proporcionar un acceso rápido (Figura 1]. Solución: Los remod-

elers especializados ayudan en la eliminación del nucleosome, slid-

ing, y la reestructuración durante la reparación y la recombinación.

El progreso de ARN y ADN polimerasas puede ser impedido por los

nucleosomas. Además, la transcripción puede liberar núcleos-osomas,

que necesitan reemplazo y posicionamiento adecuado. Solución: Los

factores de remodelación o expulsan o acompañan al octamer de la

histona alrededor de la polimerasa que avanza. Además, los

remodeladores pueden ayudar a que la maquinaria de ensamblaje de

cromatina independiente de la replicación llene los huecos donde se

han expulsado los nucleosomas.

Por lo tanto, los remodeladores son necesarios para dinámica de

nucleo-algunos para mover, expulsar o reestructurar la composición

Los remodeladores son necesarios para empaquetar

completamente el genoma, para especializar las regiones de la

cromatina, y para proporcionar la accesibilidad de ADN

regulada en las regiones de paquete de edad. A continuación,

como una amplia vista previa, enumeramos los desafíos que

presentan los cromosomas y cómo los remodeladores

especializados han evolucionado para ayudar a proporcionar

soluciones.

de los nucleosomas (Figura 1]. Ciertos remodeladores promueven el

genoma de envasado de nucleosomas denso de ancho, con

excepción de las regiones directamente aguas arriba de los sitios de

inicio de la transcripción. Sin embargo, otros remodeladores

especializados mueven y expulsan nucleosomas para ayudar a los

factores de transcripción a acceder secuencias de ADN de una

manera regulada. A medida que los procesos cromosómicos

(montaje, transcripción, reparación, etc.) se acompañan de modi fi

después de la replicación, los nucleosomas deben ser

depositados y espaciados adecuadamente en todo el

genoma. Solución: Se utilizan remodeladores especializados

para espaciar correctamente los nucleosomas después de la

caciones particulares de las histonas, una pregunta clave es: ¿Cómo

podrían las modi fi caciones de histonas reclutar o regular a los

remodeladores especializados? Primero, discutimos las propiedades

compartidas de todos los remodeladores y luego nos enfocamos en

su especialización.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

a

Deposicion/DEclaración Remodeler Corredizo + deposición adicional =ensamblaje ATP ADP D B P Remodelador ATP ADP
Deposicion/DEclaración
Remodeler
Corredizo
+ deposición adicional
=ensamblaje
ATP
ADP
D
B
P
Remodelador
ATP
ADP
D B P Binding site D B P D B P
D
B
P
Binding site
D
B
P
D
B
P
Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI
Histone variant +
Histone variant
+

Figure 1

 

b

Reposicionamiento

Expulsión

exposición en el sitio

Desconexión

Intercambio

c

de dímeros

Composición

alterada

Dimerización

Los diferentes resultados de la remodelación de la cromatina. Los remodeladores (verdes) pueden ayudar en el montaje de la cromatina moviendo los octameros de histonas ya depositados, generando espacio para la deposición adicional (a). La acción del remodelador en una matriz de nucleosomas da lugar a varios productos que pueden clasificarse en dos categorías: (b) exposición en el sitio, en la que un sitio (rojo) para una proteína de unión al ADN (DBP), inicialmente ocluido por el octamer de la histona, por desplazamiento nucleosómico (reposicionamiento) o expulsión nucleosómica (eyección), o desenrollado localizado, y (c) composición alterada, en la que el contenido de nucleosomas se modifica mediante sustitución de dímero [intercambio de dímero H2A-H2B con un dímero alternativo que contiene una variante de histona (azul)] oa través de la eyección del dímero.

FAMILIAS DE REMODELADOR, COMPOSICIONES DE DOMINIO Y FUNCIONES BÁSICAS

Actualmente hay cuatro familias diferentes de

complejos de remodelación de la cromatina. Los

cuatro utilizan la hidrólisis de ATP para alterar

los contactos de histona-ADN y compartir un

dominio ATPasa similar (Figura 2]. Sin embargo,

los cuatro también se especializan para

propósitos particulares y contextos biológicos,

impartidos por dominios únicos que residen en

sus ATPasas catalíticas y también por sus únicas

subunidades asociadas.

Propiedades remodeladas compartidas

Todos los remodeladores comparten cinco

propiedades básicas: (a) una affinidad para el

nucleosoma, más allá del ADN mismo; (b)

dominios que reconocen modi fi caciones de

histonas covalentes; (c) un dominio ATPasa

dependiente de ADN similar, requerido para

volver a modelar y servir como un motor de

translocación de ADN para romper los contactos

de histona-ADN; (d) do-mains y / o proteínas

que regulan el dominio ATPasa; y (e) dominios

y / o proteínas para la interacción con otros

factores de cromatina o transcripción. Juntas,

estas propiedades compartidas permiten el

compromiso, la selección y la remodelación de

los nucleosomas. Sin embargo, la focalización y

las tareas específicas requieren una

especialización del remodelador.

Remodeler Family Especialización

Aunque todas las subunidades catalíticas remodelador

comparten un dominio ATPasa conservado, cada

miembro de la familia tiene dominios de fl anqueación

únicos, permitiendo su separación en cuatro familias

distintas (5) (Figura 2). Las familias individuales se

conservan de la levadura a la humana, aunque existe

cierta variación en su detallada composición proteica

(Tabla 1, también compilada en la Referencia 6). Sin

embargo, los complejos ortólogos a menudo conservan

dominios clave, lo que sugiere que los dominios

conservados reflejan las funciones conservadas (Figura

3). La composición de las proteínas y el dominio de los

complejos remodeladores en las cuatro familias se

proporciona bajo. Para mayor claridad, la especie

específica de los complejos remodeladores (o

subunidades) está precedida por una letra que designa

su origen: humano (h), levadura (y), Drosophila (d),

ratón (m), Xenopus (x) y Arabidopsis (a).

SWI / SNF remodeladores de la familia. Los

remodeladores familiares SWI / SNF (conmutación

defectuosa / sacarosa no fermentativa) (revisados en la

Referencia 7) se purificaron inicialmente a partir de

Saccharomyces cerevisiae y se componen de 8 a 14

subunidades. La mayoría de los eucariotas utilizan dos

remodeladores familiares SWI / SNF relacionados,

construidos alrededor de dos subunidades cat-alíticas

relacionadas (Tabla 1). El AT-Pase catalítico incluye un

HSA (helicasa-SANT), un post-HSA, y un C-terminal

bromodominio. Un par de proteínas relacionadas con

la actina (ARP) está presente en complejos fúngicos

(8), mientras que un dímero de actina y un ARP

(hBAF53a / b) están presentes en orthologs más alto

(9). Otras subunidades con servidas llevan do-mains

conservadas adicionales; ejemplos incluyen hBAF155 /

170 (SANT, SWIRM), hBAF60 (SwiB), y poli-bromo

humano (bromodomanos múltiples). Esta familia tiene

muchas actividades, y se desliza y expulsa nucleosomas

en muchos loci y para di-verso procesos, pero carece de

funciones en la cromatina de montaje.

Remodeladores

de

la

familia

ISWI.

Los

remodeladores de la familia ISWI (interruptor de

imitación) (revisados en la Referencia 10) contienen de

2 a 4 subunidades. Los complejos dNURF, dCHRAC y

dACF se purificaron inicialmente a partir de

Drosophila melanogaster, con hWICH o hNoRC

identificados posteriormente. La mayoría de los

eucariotas construyen múltiples complejos familiares

ISWI usando una o dos subunidades catalíticas

diferentes,

HSA Bromo SWI/SNF family DExx Short HELICc insertion SANT SLIDE ISWI family Tandem chromo CHD family
HSA
Bromo
SWI/SNF
family
DExx
Short
HELICc
insertion
SANT
SLIDE
ISWI
family
Tandem
chromo
CHD
family
HSA
Long insertion
INO80
family
DExx
HELICc

Figure 2

Familias Remodeladoras, definidas por su ATPase. Todas las familias remodeladoras contienen una subunidad ATPasa de la familia SWI2 / SNF2 caracterizada por un dominio ATPasa dividido en dos partes: DExx (rojo) y HELICc (naranja). Lo que distingue a cada familia son los dominios únicos que residen dentro o adyacentes al dominio ATPasa. Los remodeladores de las familias SWI / SNF, ISWI y CHD tienen cada uno una inserción corta distintiva (gris) dentro del dominio ATPasa, mientras que los remodeladores de la familia INO80 contienen una inserción larga (amarilla). Cada familia se define adicionalmente mediante distintas combinaciones de dominios flanqueantes: Bromodominio (verde claro) y dominio HSA (helicasa-SANT) (verde oscuro) para la familia SWI / SNF, módulo SANT-SLIDE (azul) para la familia ISWI, cromodománneos tándem (magenta ) para la familia CHD, y el dominio HSA (verde oscuro) para la familia

INO80.

con proteínas especializadas. Un conjunto

característico de dominios residen en el extremo

C de las ATPas de la familia ISWI: un SANT do-

main (ySWI3, yADA2, hNCoR, hTFIIIB) ad-

jacente a un dominio SLIDE (SANT-like ISWI),

que juntos forman un nucleosoma reconoce- que

se une a una cola de su tono no modificada y al

ADN (11). Las proteínas auxiliares especializadas

(Tabla 1) imparten muchos dominios,

incluyendo los motivos de los pliegues de

histonas de unión a ADN (en hCHRAC 15-17),

homeodominio de plantas (PHD),

bromodomains (hBPTF y hACF1) y ad-ditional

DNA binding motifs [ HMGI (Y), para

dNURF301]. Muchos complejos familiares ISWI

(ACF, CHRAC) optimizan el espaciamiento de

los nucleosomas para promover el montaje de la

cromatina y la represión de la transcripción. Sin

embargo, ciertos complejos (NURF) pueden

ARP: proteína relacionada con la actina ACF: ATP-utilización de cromatina montaje y remodelación factor CHRAC: complejo de accesibilidad a la cromatina NURF: factor de remodelación de los nucleosomas RNAPI / RNAPII / RNAPIII:

RNA polimerasas I, II y III

aleatorizar el espaciamiento, lo cual puede ayudar

a la activación de RNAPII, mostrando la

diversidad que puede ser impartida por

subunidades auxiliares.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Table 1 Remodeler composition and orthologous subunits

Family and

 

Organisms

 

composition

 

Levadura

   

Mosca

   

Human

 
 

Complex

SWI/ SNF

 

RSC

BAP

PBAP

BAF

 

PBAF

SWI/

ATPase

Swi2/Snf2

 

Sth1

BRM/Brahma

 

hBRM or BRG1

 

BRG1

SNF

Noncatalytic

Swi1/Adr6

 

OSA/eyelid

 

BAF250/hOSA1

 

homologous

subunits

     

Polybromo

   

BAF180

BAP170

BAF200

Swi3

 

Rsc8/Swh3

MOR/ BAP155

   

BAF155, BAF170

 

Swp73

 

Rsc6

 

BAP60

   

BAF60a or b or c

 

Snf5

 

Sfh1

SNR1/BAP45

   

hSNF5/BAF47/INI1

   

BAP111/ dalao

   

BAF57

 
 

Arp7, Arp9

 

BAP55 or BAP47

   

BAF53a or b

 
   

Actin

   

β-actin

 

Unique

a

 

b

       
 

Complex

ISW1a

ISW1b

ISW2

NURF

 

CHRAC

ACF

NURF

CHRAC

ACF

ISWI

ATPase

Isw1

Isw2

 

ISWI

 

SNF2L

 

SNF2H c

Noncatalytic

   

Itc1

NURF301

 

ACF1

BPTF

 

hACF1/WCRF180

homologous

   

CHRAC14

   

hCHRAC17

 

subunits

CHRAC16

hCHRAC15

NURF55/p55

 

RbAp46 or 48

 

Unique

Ioc3

Ioc2, Ioc4

 

NURF38

         
 

Complex

 

CHD1

 

CHD1

 

Mi-2/ NuRD

CHD1

 

NuRD

CHD

ATPase

 

Chd1

 

dCHD1

 

dMi-2

CHD1

 

Mi-2α/CHD3,

   

Mi-2β/CHD4

Noncatalytic

     

dMBD2/ 3

   

MBD3

homologous

 

dMTA

 

MTA1,2,3

subunits

 

dRPD3

 

HDAC1,2

 

p55

 

RbAp46 or 48

 

p66/68

 

p66α,β

Unique

         

DOC-1?

 

Complex

INO80

   

SWR1

Pho-dINO80

 

Tip60

INO80

SRCAP

TRRAP/Tip60

INO80

ATPase

Ino80

 

Swr1

dIno80

 

Domino

hIno80

SRCAP

p400

Noncatalytic

 

Rvb1,2

 

Reptin, Pontin

   

RUVBL1,2 /Tip49a,b

homologous

Arp5,8

   

Arp6

dArp5,8

 

BAP55

 

BAF53a

 

subunits

 

Arp4, Actin1

 

dActin1

Actin87E

Arp5,8

Arp6

Actin

Taf14

 

Yaf9

   

dGAS41

   

GAS41

Ies2,6

   

hIes2,6

   
 

Swc4/ Eaf2

 

dDMAP1

   

DMAP1

Swc2/ Vps72

 

dYL-1

 

YL-1

 

Bdf1

 

dBrd8

 

Brd8 /TRC/p120

H2AZ,H2B

 

H2Av,H2B

H2AZ,H2B

 

Swc6/ Vps71

 

ZnF-HIT1

   

dTra1

 

TRRAP

 

dTip60

Tip60

 

dMRG15

MRG15

 

MRGX

 

dEaf6

FLJ11730

 

dMRGBP

MRGBP

 

E(Pc)

EPC1,

 

EPC-like

 

dING3

ING3

Unique

Ies1,Ies3-5,Nhp10

Swc3,5,7

Pho

 

d

   

a Swp82, Taf14, Snf6, Snf11. b Rsc1 or Rsc2, Rsc3-5, 7, 9, 10, 30, Htl1, Ldb7, Rtt102. c In addition, SNF2H associates respectively with Tip5, RSF1, and WSTF to form NoRC, RSF, and WICH remodelers. d Amida, NFRKB, MCRS1, UCH37, FLJ90652, FLJ20309.

  • 278 Clapier · Cairns

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Remodeladores de la familia CHD. Los re-

modeladores de familias CHD (modulación de

cromo, helicasa, unión a ADN) (revisados en la

referencia 12), entre los cuales Mi-2, combinan 1

a 10 subunidades y se purificaron primero de

Xenopus laevis. Las características incluyen dos

chro-modomainas dispuestos en tándem en el

extremo N de la subunidad catalítica. La

subunidad catalítica es monomérica en

eucariotas inferiores pero puede estar en grandes

complejos en vertebrados (Tabla 1). Los pro-teins

de asistente suelen llevar dominios de unión al

ADN y dominios de PHD, BRK, CR1-3 y SANT.

Cer-tain remodeladores CHD deslizar o expulsar

nucleosomas para promover la transcripción. Sin

embargo, otros tienen funciones represivas,

incluyendo el complejo ver-tebrate Mi-2 / NuRD

(remodelación de nucleosomas y desacetilasa)

(recientemente revisado en la Referencia 13), que

contiene desacetilas histonas (HDAC1 / 2)

principales (MBD). La variabilidad de la familia

CHD puede depender, en parte, de la diversidad

del cromodominio (véase más adelante).

INO80 family remodelers. Los

remodeladores de la familia INO80 (en el ositol

que requiere 80) (reexaminados en la Referencia

14) contienen más de 10 subunidades, incluyen

los complejos relacionados con SWR1 (Tabla 1),

y se purificaron inicialmente a partir de S.

cerevisiae. Los ortólogos superiores incluyen

hINO80, hSRCAP (promotor de activador de

CREB relacionado con SNF2) y p400, que

también contiene actividad de HAT. La

característica de fi nición es un dominio ATPasa

"dividido", con una larga inserción presente en el

centro del dominio ATPasa, al cual se unen los

pro-tecidos Rvb1 / 2 relacionados con helicasa

(AAA-ATPasa) y una proteína ARP. Ambos

yINO80 y ySWR1 complejos también contienen

actina y Arp4. INO80 tiene diversas funciones,

incluyendo la promoción de la activación

transcripcional y la reparación del ADN. Aunque

altamente relacionado con INO80, SWR1 es

único en su capacidad para reestructurar el

nucleosoma mediante la eliminación de los

dímeros canónicos H2A-H2B y su sustitución

por los dímeros H2A.Z-H2B, con lo que la

inserción de la histona H2A variante H2A.Z.

SWI/SNF

Actin ARPs
Actin
ARPs
 
SANT SWIB
SANT
SWIB
ARID
ARID
 

family

HSA

ATPase

 

Bromo

   
 

Acetylation

 
 

Phosphorylation

Multi

bromo

Phosphorylation Multi bromo Acetylation

Acetylation

Reg.

MacroH2A

(H3K14ac,

Phosphatidylinositol

 

H3K56ac,

 

Acetylation

 

others)

 

ISWI

 

ATPase

 

HAND-SANT-SLIDE

 

family

   

PARylation

K16ac
K16ac

R17-R19

H4

Acetylation

NC core surf.

PHD bromo Histone fold
PHD
bromo
Histone
fold

Reg.

MacroH2A

H1

or H3K4me3

HMGB1

 

H3K4me2/3

CHD H3K4me2/3 or DNA DNA Me family recog. Chromo ATPase Phosphorylation Reg. H1 H3K14ac AAA INO80
CHD
H3K4me2/3 or DNA
DNA Me
family
recog.
Chromo
ATPase
Phosphorylation
Reg.
H1
H3K14ac
AAA
INO80
ARPs
Phosphorylation
?
ATPases
family
Insertion
Actin
Ies4
Bromo
ARPs
HSA
ATPase
Phosphatidylinositol
Reg.
Phospho-H2A
Dominio ATPase
Contribución a la orientación
  • Impacto positivo en la remodelación

Segmentación y activación Efecto

  • desconocido o poco claro

Impacto negativo en la remodelación

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI

Figure 3

Dominios, proteínas y modi fi caciones que regulan los remodeladores. La regulación del remodelador es un área de creciente complejidad. Para captar conceptualmente estos principios, representamos el dominio de la ATPasa (azul) junto con las proteínas, dominios y modi fi caciones que intervienen en la regulación del remodelador. Las modificaciones reglamentarias (Reg.) Y las proteínas que afectan positivamente las actividades de remodelación están en verde, las que afectan negativamente a las actividades de remodelación están en rojo y las que contribuyen a la focalización son púrpuras. Amarillo se utiliza para las características con efecto poco claro o desconocido. Los objetos implicados en la activación y la orientación se representan como objetos con un gradiente de color verde-púrpura. Los remodeladores de CHD pueden ser monoméricos o multiméricos, con texto en cursiva sólo para la forma monomérica.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

RECONOCIMIENTO DE NUCLEOSOMAS POR REMODELADORES

HAT: histona

acetiltransferasa

Los

modificadores

y

remodeladores de cromatina

trabajan en conjunto para dirigir la dinámica de

los

  • nucleosomas. Las preguntas clave son cómo los determinantes de nucleosomas y las modificaciones covalentes son reconocidos por los remodeladores y cómo se usan para guiar la función del re-modelador. En la Figura 3, utilizamos la codificación de color para indicar la función de las proteínas, dominios y modificaciones que ayudan a los re-modeladores objetivo y / o regulan las funciones del remodelador.

Remodeler

Domains

for

Nucleosome Interaction

La evidencia actual apoya las funciones de múltiples dominios re-

modelador en el reconocimiento de nucleosomas. Actualmente, no

está claro si estos dominios actúan como módulos separados o junto

con otros de una manera más concertada. A continuación,

destacamos varios de estos dominios y discutimos nuestra

comprensión actual de sus funciones.

Por lo tanto, la acetilación de las histonas podría ayudar a

guiar la localización o la eficiencia del proceso de

reemplazo. Hasta el momento, los bromodominios

presentes en los remodeladores ISWI no han sido

conectados a sustratos particulares. El dominio BAH

(homología bromo-adyacente) se encuentra a menudo

junto a bromodomanos en ciertas proteínas re-

modeladoras (Rsc1 / 2, polibromo), pero re-side solo en

otros reguladores de cromatina (por ejemplo, Sir3). La

evidencia estructural y genética reciente apoya un papel

para el dominio de BAH en el reconocimiento de histonas

(20), pero cómo el BAH pudo cooperar con el

bromodominio no se ha tratado.

Dominio CHD . Los cromodomenos definen a los

remodeladores de la familia CHD, que típicamente

contienen dos cromodominios en tándem en su término

N. Ciertos dominios CHD tándem funcionan como una

unidad estructural para unir una lisina metilada (21, 22);

Los cromodominios en tándem hCHD1 se unen a

H3K4me2 o me3, marcas correlacionadas con la

cromatina activa (22, 23). En la actualidad, hay evidencia

tanto para (24) y contra (23) yChd1 cromodománeos en

Bromodominio.

Las

lisinas

acetiladas

en

histonas

y

otras

tándem vinculante H3K4me; la razón de la diferencia en

proteínas

son

reconocidas

por

el

bro-modomain,

un

motivo

estos resultados es aún desconocida. Dos cromodominios

común

en

los

remodeladores.

 

Para

remodeladores

familiares

residen en Mi-2, sin embargo, los datos actuales sugieren

SWI

/

SNF,

un

dominio de bromo siempre

reside en

la

región

el reconocimiento de ADN en lugar de metilado colas

C-terminal de la ATPasa (Figura 2). Curiosamente, la levadura,

(21]. No-tably, Mi-2 carente de sus chromodomains no

las moscas y los seres humanos construir dos SWI / SNF

logra o remodelar nucleosomes.

relacionados

con

los

complejos,

uno

con

múltiples

bromo-

dominios (yRSC, dPBAP, y hPBAF). Estos múltiples

Plant homeodomain. El dedo PHD representa un

bromodomenos pueden residir en una sola proteína (polibromo)

motivo alternativo de interacción metil-lisina. En

o

distribuirse

entre

varios

(por

ejemplo,

yRsc1

/

2/4/10),

y

dNURF, el PHD que reside en la subunidad BPTF

abrir

 

la

posiblidad

 

de

reconocimiento

cooperativo

de

interactúa directamente con H3K4me3, estabilizando

modificaciones separadas.

 

BPTF / NURF con cromatina activa (25). Sin embargo,

Una

pregunta

central

es

si

los bromo-dominios afectan al

otros estudios sugieren epítopes alternativos. Por ejemplo,

remodelador

de

focalización,

la

eficiencia

de

remodelación

o

el PHD de dACF1 reconoce el dominio globular de las

ambos.

En

particular,

la

acetilación

de

las

histonas

aumenta

la

histonas centrales en lugar de las colas (26). Además,

eficiencia

de

la

remodelación

por

los

complejos

SWI

/

SNF

algunos complejos son altamente dependientes de sus

(15) y RNAPII elongación por yRSC (16).

 

PHD (por ejemplo, dACF), mientras que otros (por

Los

bromodominios

remodeladores

 

pueden

interactuar con

ejemplo, dMi-2) no lo son. Esta diversidad en los sub-

residuos de histona acetilados específicos. Por ejemplo, el único

estados y en los afectos es desconcertante y no resuelta.

bromodominio presente en la subunidad ATPasa (ySnf2 / Swi2)

Además, los dedos PHD podrían cooperar

de

ySWI /

NF

es necesario para

la

retención del re-modelador

funcionalmente con los bromodománidos de la familia

en

el

gen

SUC2

(17).

Además,

yRsc4

interactúa

con

H3K14ac

ISWI y con los cromodominios en la familia CHD. Por

in

vitro

 

y

pro-motes

activación

de

genes

in

vivo (18]. Para

ejemplo, el dedo de PHD y el bromodominio de Tip5, la

SWR1, los bromodománneos de yBdf1 reconocen un patrón de

subunidad grande de NoRC (complejo de remodelado

acetilación

 

(incluyendo

H3K14ac),

que

puede

influir

en

la

nucleoalar), cooperan para reclutar la actividad de

deposición de dímeros variantes H2A.Z-H2B en el nucleo-some

remodelado de NoRC a H4K16ac y coordinar los eventos

apropiado (19).

 

que conducen al silenciamiento de ADNr (27).

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

HAND-SANT-SLIDE. Esta combinación de tres

dominios se encuentra en el C ter-menos de

ISWI. El dominio SANT se encuentra en muchas

proteínas de la cromatina y está estructuralmente

relacionado con los dominios de unión a ADN de

c-Myb (DBD). Sin embargo, el ADN es

improbable debido a una distribución

desfavorable de la carga proteica y la ausencia de

residuos clave que contactan con el ADN en c-

Myb (11, 28). En cambio, los dominios SANT se

unen a las colas de las histonas no modificadas

(11, 28, 29). Los dominios SANT son requeridos

en ySwi3 para la función ySWI / SNF, en yRsc8

para la función yRSC y en yAda2 para mejorar la

actividad de HAT yGcn5 a través de la unión de

cola H3 (29). En dISWI, el SANT do-main

interactúa con las histonas, y su dominio

estructuralmente relacionado yuxtapuesto SLIDE

contacta al ADN nu-cleosomal. Curiosamente,

borrado de dominio SLIDE impide dISWI

ATPase y actividades de remodelación, mientras

que SANT eliminación mantiene baja actividad

(28]. El SANT-SLIDE de yISW2 interactúa con el

sitio de entrada nucleosoma y el ADN de

enlazador (30). Por lo tanto, el tandem SANT y

SLIDE, una combinación única de la familia

ISWI, coopera para lograr el reconocimiento de

los nucleosomas y la estimulación de la actividad

ATPasa. Notablemente, las distribuciones de

carga superficial de los dominios SANT y SLIDE

en yISW2 están aparentemente invertidas en

comparación con dISWI, con el dominio ySANT

posiblemente asociándose con ADN y ySLIDE

con histonas (J. Mellor, comunicación personal).

Interacciones entre dominios y nucleosomas:

¿orientación o regulación?

Las constantes de unión para muchos de los

dominios individuales enumerados

anteriormente están típicamente en el intervalo

alto nanomolar a micromolar, lo cual es

probablemente insuficiente para dirigir un

remodelador a un locus par-particular. Sin

embargo, como los remodeladores pueden

contener varios motivos de unión a las histonas,

su uso en combinación podría, en principio,

proporcionar afianzabilidad significativa tanto

para la fijación como para la retención (Figura 3).

Una posibilidad adicional es que las interacciones de modificación

de dominio ayuden a regular la actividad ATPasa del re-modelador u

otras propiedades de remodelación; por esta idea, las modi fi caciones

de histonas proporcionan información al remodelador en lugar de

únicamente influir en la focalización (Figura 3). Además, para los

remodeladores multidominio, ¿actúan todos los actores en sinergia para

"afinar" la actividad o son combinaciones de dominios utilizadas como

módulos separados dedicados a funciones o loci particulares? Además,

recientemente se ha demostrado que los dominios remodeladores

reconocen sustratos no histónicos más adelante), un concepto que

puede estar más extendido de lo que se aprecia actualmente.

ESTRUCTURAS DE LOS REMODELADORES

Para ISWI, los estudios de reticulación elegante muestran interacciones

de la ATPasa dos vueltas de la díada nucleosómica (Figura 4a, b) y las

interacciones importantes del dominio SLIDE de ISWI con el ADN del

enlazador (31-33). Esto se representa en la Figura 4b, donde el dominio

SLIDE es el DBD y el dominio ATPasa es el dominio de traslocación (Tr).

La protección por nucleasa y otros ensayos soportan un sitio similar de

interacción (~ 2 vueltas de la díada) para la ATPasa cat-alítica de RSC, así

como un desarrollo extensivo del nucleosoma por el resto del complejo.

Los estudios estructurales que utilizan la mi-croscopia electrónica (EM)

con RSC muestran una cavidad muy grande de dimensiones

nucleosómicas y la presencia de dos conformaciones, que pueden estar

influenciadas por modificaciones de la cola (34-37). Recientes EM

estudios con ySWI / SNF sugieren nucleosome vinculante en una gran

depresión en el remodelador de superficie, con estudios de reticulación

que revelan el componente de nucleosomas interacciones. Para los

remodeladores familiares SWI / SNF, los estudios bioquímicos y

estructurales sugieren que la unidad de re-modelado es un remodelador

y un nucleo-alguno. Sin embargo, dos copias del complejo familiar

ISWI ACF pueden unirse a un nucleosoma (38, 39), y estas dos copias

pueden interactuar físicamente entre sí, planteando la posibilidad de

que cada subunidad catalítica ISWI mueva el ADN sobre el octamer en

el frente dirección, proporcionando un movimiento de ida y vuelta (G.

Narlikar, comunicación personal). Aunque se han realizado

considerables progresos, una limitación de todos los estudios publicados

es la falta de un remodelador-nucleosoma complejo; todas las

estructuras actuales implican el modelado del nucleosoma en el

remodelador.

www.annualreviews.org Chromatin Remodeling Complexes

281

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

a ADN después de pasar la díada axis Dyad axis 90° DNA b
a
ADN después de
pasar la díada axis
Dyad
axis
90°
DNA
b

Cambio conformacional

Histona octamer
Histona
octamer

Dyad

axis

liberar y DBD DBD State 1 State 4 volver a unir Nuevo ciclo de remodelación Hinge/Bisagra
liberar y
DBD
DBD
State 1
State 4
volver a unir
Nuevo ciclo
de remodelación
Hinge/Bisagra
Hinge
Tr
Tr

Formación de bucle de ADN

Propagación de bucle de ADN en la segunda mitad del nucleosoma
Propagación de
bucle de ADN en
la segunda mitad
del nucleosoma
DBD State 2 Hinge Tr
DBD
State 2
Hinge
Tr
DBD Hinge Tr
DBD
Hinge
Tr

State 3

Propagación de bucle de

ADN
ADN

Translocación

del ADN

Figure 4

Modelo de movimiento del ADN durante un evento de remodelación. a) A la izquierda, una vista lateral de los nucleosomas que hace hincapié en la envoltura de la mano izquierda del ADN (naranja y rojo) alrededor del octamer de la histona (cilindro transparente gris). El color del ADN cambia de naranja a rojo al pasar el eje de la diada nucleosómica. A la derecha (y también en la parte b), el nucleosoma gira 90de acuerdo con el eje y se representa en dos dimensiones. Después de pasar el eje de la diada, el segundo giro del ADN se presenta en puntos rojos en lugar de naranja para reforzar la perspectiva de envolver el ADN. Un asterisco (*) proporciona un punto de referencia en el ADN, útil para seguir la translocación del ADN a lo largo de la superficie del octamer. b) Los Estados 1 a 4 representan las etapas sucesivas que se producen durante una remodelación. La acción concertada de un dominio de unión al ADN (DBD) situado en el ADN del enlazador y un dominio de translocación (Tr) situado cerca de la díada genera un pequeño lazo de ADN que se propaga sobre la superficie del nucleosoma. El remodelador sufre un cambio conformacional en su DBD cuando se genera lazo de ADN (estado 1 a estado 2), seguido por la translocación del ADN a través del dominio Tr, que pasa el bucle de ADN a la díada (estado 2 a estado 3). El bucle de ADN continúa su propagación en la segunda mitad de la superficie del nucleosoma por difusión unidimensional (ver texto). La propagación en bucle se resuelve entonces en el enlazador distal, dando como resultado el reposicionamiento de nucleosomas (Estado 3 a Estado 4). El remodelador restablece su conformación con contactos de unión originales, listos para un nuevo ciclo de remodelación (estado 4 a estado 1).

MECANISMOS DE REMODELADOR

Las preguntas centrales para los mecanismos de

remodelación son: (a) cómo la hidrólisis de ATP

interrumpe los contactos de histona-ADN y (b)

cómo se utiliza esa propiedad para diversos

resultados de remodelación (Figura 1). Este tema

ha sido revisado extensamente y sólo se resume

aquí antes de publicar los últimos avances.

Remodeler ATPases son muy similares a los

conocidos translocases de ADN, y un gran

número de experimentos apoyan su uso de la

translocación de ADN. De acuerdo con los

modelos de recentor, los anclajes del

remodelador al nu-cleosoma, y el dominio

ATPasa responsable de la translocación se une al

ADN en una localización en el lado del

nucleosoma, dos vueltas de la díada (Figura 4b,

estado 1). El dominio de la ATPasa / translocasa

permanece anclado en esa posición fija en el

octamer, a partir de la cual conduce la

translocación direccional del ADN extrayendo el

ADN del enlazador y bombeándolo hacia la

diada. Esto puede ocurrir a partir de la acción

secuencial o concertada de dos dominios, un

DBD que empuja el ADN hacia el nucleosoma

(Figura 4b, estado 1 a 2), creando un pequeño

lazo de ADN en el nucleosoma, y un Tr que

bombea ese ADN hacia el nucleosoma díada

(Figura 4b, estado 2 a 3). De hecho, se han

observado cambios conformacionales durante el

ciclo de la ATPasa ISW2 (40). Esto puede crear

un bucle transitorio de ADN en la superficie del

nucleosoma cerca de la díada, que luego se

propaga alrededor del nucleosoma por difusión

unidimensional, rompiendo los contactos de

histona-ADN en el borde delantero del bucle y

reemplazándolos en el borde rezagado del bucle

( Figura 4b, estado 3 a 4) (3, 32, 38, 41). Esta

forma de propagación del bucle requeriría la

interrupción de sólo uno o dos contactos de

histona-ADN a la vez y proporciona una

explicación intuitiva para el deslizamiento de

nucleosomas. Sin embargo, se desconoce si los

bucles de ADN son típicamente muy grandes (~

100 pb) o pequeños (1-12 pb), una cuestión

importante para el mecanismo. En este caso, los

experimentos con moléculas únicas han des-

tected bucles más grandes pero aún no tienen

una resolución suficiente para detectar si los

bucles pequeños son los más comunes (42, 43).

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Los experimentos de una sola molécula han

demostrado que la di rección de la translocación

del ADN en el nucleo-uno puede cambiar; sin

embargo, no está claro cómo se consigue esto; si

esto implica el flip-ping del nucleosoma dentro

del remodelador, un cambio en la

direccionalidad de translocación, o (para ACF)

alternando cuál de las dos subunidades ATPasa

está activamente traslocando, tal vez a través de la

comunicación alostérica (39).

Una pregunta clave es cómo la translocación

del ADN y la formación de bucle se regula y

luego se aplica para derivar diferentes resultados

de remodelación. Por ejemplo, un bucle de ADN

podría permitir que sus chaperones de tono

eliminen el octamer mientras que los contactos

de histona-ADN se interrumpen (44-46). Otra

cuestión es si un pequeño lazo de ADN puede

estar restringido a una posición en la superficie

núcleo-en la que H2A-H2B residen, facilitando

su sustitución por un H2A.Z-H2B dímero por el

complejo SWR1 en concierto con un dedique

histona chaperona, por ejemplo, Chz1. Estos

posibles mecanismos, y sus implicaciones, son

áreas importantes de estudio futuro. La eyección

de histonas ha surgido como un importante

modo de exposición al ADN y puede lograrse por

re-modeladores SWI / SNF en presencia de

chaperones de histonas (44-46). En este caso, la

víctima de la eyección es el nucleosoma unido al

remodelador o posiblemente el nucleosoma

adyacente. Para este último, un mecanismo

especulativo es que la translocación del ADN que

ocurre en el nucleosoma enlazado podría

eliminar el ADN del nucleosoma adyacente

mediante el desmoldeo (47, 48). Esto podría

resultar en la expulsión del dímero adyacente, o

de todo el oc-tamer, dependiendo de la cantidad

de ADN re-movido desde el nucleosoma

adyacente (42, 43, 49, 50).

Otra cuestión mecanicista es cómo la ATPasa del

re-modelador está regulada por los determinantes de

las histonas. Un importante elemento conceptual fue la

estimulación de la ATPasa ISWI por una región en la

cola H4 (residuos 17-19) (51-53) (Figura 3), con

estimulación atenuada por la cola acetilada (H4K16ac).

Para yISW2 y yChd1, la acetilación de H4 disminuye la

actividad ATPasa sin afectar su afi- nidad para el

nucleo-alguno, mientras que la acetilación de H4

aumenta el remodelado de yRSC (15). Además, los

remodeladores ISWI están regulados por la longitud

del enlazador de ADN que emite desde el nucleosoma

(54), una propiedad crítica para establecer el

espaciamiento de los nucleosomas durante el montaje

de la cromatina, como se discute a continuación. La

regulación por la longitud del engarce para los

remodeladores de CHD queda por investigar. Es

importante destacar que los remodeladores SWI / SNF

carecen de esta regulación por la cola H4 o por el ADN

del enlazador y no se uti- lizan en el conjunto de la

cromatina. Por último, investigar la remodelación de la

fibra nucleosomal plegada es potencialmente de gran

interés (aunque técnicamente desafiante) debido a la

dispersa "perlas en una cuerda" topografía no puede

ser la forma inicial encontrada por remodeladores in

vivo.

PROCESOS CROMOSÓMICOS QUE REQUIEREN REMODELADORES

Una manera útil de agrupar las funciones de los re-

modeladores es considerar sus principales funciones:

organización de la cromatina (el espaciamiento

consistente de los nucleosomas), o acceso a la

cromatina (movimiento nu-cleosoma o expulsión

para el acceso al ADN) o reestructuración de la

cromatina (la inserción de variantes de histona para

especializar la región de la cromatina). Primero

consideramos la organización de la cromatina por

remodeladores. Una descripción general de las

funciones biológicas de los remodeladores se

proporciona en la Tabla Suplementaria 1 con

Referencias Complementarias (siga el enlace

complementario de la página de comentarios

anuales en http://www.annualreviews.org).

Histona chaperona:

proteínas que interactúan con las histonas y que funcionan como donante y aceptor de histonas durante el montaje y desensamblado de la cromatina

Polytene

chromosomes:

grandes cromosomas, que resultan de múltiples rondas de replicación del ADN sin división celular, útil para la cartografía citológica de las características de la cromatina

Ensamblaje de cromatina

El conjunto de cromatina dependiente de la

replicación implica la deposición regulada de nuevos

dímeros H3-H4 por el complejo CAF1 junto con una

chaperona de tono-tono (Asf1 o Nap1), formando un

tetrámero H3-H4 unido por dos dímeros H2A-H2B para

formar el nucleosoma canónico (revisado en la

Referencia 55). La evidencia actual demuestra papeles

claros para los complejos de CHRAC y de ACF en

espaciar los nucleosomas después de la deposición. En

algunos sistemas de ensamblaje, el proceso de deposición

requiere la hidrólisis de ATP por ACF, mientras que en

otros sistemas la deposición no lo hace; más bien, la

actividad de espaciamiento proporciona nuevas

ubicaciones para la nueva deposición (56) (Figura 1).

Notablemente, el complejo dNURF tiene la misma

subunidad catalítica dISWI que dACF y dCHRAC (Tabla

1), pero no promueve el ensamblaje o el espaciamiento

organizado, proporcionando un claro ejemplo de

especialización funcional por las proteínas asociadas.

dCHD1 lleva a cabo el montaje de cromatina procesal in

vitro en conjunción con la chaperona NAP-1 de la

histona, pero genera una longitud más corta de la re-

turba del nucleosoma que los productos de la dACF (57).

Curiosamente, Schizosaccharomyces pombe carece de

re-modeladores ISWI pero tiene una familia CHD

ampliada.

La mayoría de los experimentos mecanísticos se han

centrado en los mononucleosomas, con sólo estudios

limitados sobre estructuras de cromatina de orden

superior (58). Con el cromatosoma, la histona

enlazadora estabiliza el nucleosoma y se correlaciona con

la compactación. En particular, H1 inhibe las actividades

de remodelación de ySWI / SNF, hSWI / SNF y xMi-2

(59), mientras que la fosforilación H1 res-cues

remodelación por ySWI / SNF (60). Curiosamente,

dACF efectivamente desliza chromatosomes, mientras

que dCHD1 no puede (61), una selectividad consistente

con ISWI promover H1 montaje en cromatina in vivo

(57, 62). Además, la pérdida de dACF1 in vivo reduce la

periodicidad de espaciamiento y acorta la longitud de

repetición nucleosómica (56, 62). Xenopus proporciona

un ejemplo notable de la regulación de la histona

enlazante durante la embriogénesis temprana.

En Xenopus, el conector expresado maternalmente,

su tono B4 no bloquea el acceso del remodelador al

enlazador, permitiendo la remodelación (63). Este at-

tributo podría promover la totipotencia embrionaria,

mientras que la restricción por la histona del ligador

somático promueve la regulación genética diferencial

durante la diferenciación (63).

La composición de la histona central también puede

afectar la función del re-modelador. Curiosamente, la

depuración de la variante H3.3 en el pronucleus

masculino de Drosophila requiere la actividad motora

de dCHD1 (64), mostrando un claro papel en el

ensamblaje de novo núcleo-osoma. Sin embargo, los

remodeladores CHD de S. pombe yHrp1 y yHrp3

utilizan ambos la chaperona yNap1 para desmontar

nucleosomas en los promotores y dentro de la región

codificante (65). Por lo tanto, CHD remodelación

resultados (as-semiller versus desmontaje) podría ser

influenciado por su cooperación con histonas

chaperones. Además, SWI / SNF y ACF son incapaces

de remodelar los nucleosomas que contienen la

variante de macroH2A (66), presente en el cromosoma

X

inactivo. En S. pombe, la familia CHD ATPasa

yHrp1 participa en la carga de la variante de histona

H3 CENP-A centromérica y es necesaria para la

segregación cromosómica adecuada (67). Aquí se

espera con impaciencia la comprensión mecánica de si

y cómo se depositan y organizan los nucleosomas del

CENP-A. Por último, Drosophila RSF, la combinación

de ISWI y dRsf1, interactúa con Tip60 y H2Av, que

puede ayudar en la sustitución de H2Av mediante la

vinculación de estos factores (68].

 

Compensación de dosis y efectos cromosómicos

 

La

compensación

de

dosis

iguala

la

dosis

génica

del

cromosoma

X

en

machos

y

hembras.

En

Drosophila,

la

doble

regulación

del

X

macho

implica

múltiples

factores,

incluyendo la actividad de HAT y los factores

que

afectan

la

compactación

del

macho

X,

incluyendo

 

el

dISWI.

Curiosamente,

las

mutaciones

de

Iswi o nurf301 causan

una

espectacular

descondensación

del

cromosoma

X

macho

en las moscas masculinas

(69, 70)

y

una

descondenación

moderada

de

los

cromosomas mitóticos y de politeno (62).

En particular, el dNURF promueve la carga de H1

en los cromosomas in vivo, apoyando la noción de que

los remodeladores del ISWI desempeñan papeles

globales en la compactación cromosómica (62). Por lo

tanto, una pregunta clara es, ¿qué hace que el varón X

dependa particularmente de dISWI?

La respuesta reside en una característica clave de la

compensación de dosificación de Drosophila, la hiper-

acetilación en H4K16 del X masculino por dMOF, un

componente del complejo de compensación de dosis

de Drosophila (revisado en la Referencia 71). La

acetilación de H4K16 inhibe la compactación de la

cromatina de dos formas: H4K16ac inhibe la

formación de fibras (72, 73) y reduce, pero no suprime,

la actividad de remodelación de ISWI. El resultado es

un equilibrio finamente ajustado: H4K16ac promueve

el doble aumento en la transcripción, y aunque la

función ISWI está deteriorada, ISWI todavía se

requiere para prevenir la descondensación catastrófica.

Grandes dominios de cromatina y aislamiento

hSATB1 es una proteína arquitectónica nuclear que

forma una estructura en forma de jaula dentro de la

célula nu-cleus y regula los genes plegando la

cromatina en los dominios del bucle. hSATB1 está

ligado al cáncer; se correlaciona con metástasis y es un

marcador prog nostic en cánceres de mama.

Curiosamente, hSATB1 se dirige a los remodeladores

hACF y hNuRD a loci específicos para la represión,

mediando la desacetilación de las histonas y el

posicionamiento de nucleosomas durante varias

kilobases (74).

Las proteínas aislantes, tales como hCTCF, dividen

los cromosomas en dominios distintos formando

bucles de cromatina entre los sitios de unión a hCTCF.

hCHD8 interactúa in vitro e in vivo con hCTCF.

Además, hCHD8 se localiza en muchos sitios de unión

a hCTCF in vivo y se requiere para un aislamiento

adecuado en el locus H19 / Igf2 ICR. El complejo

hCTCF-hCHD8 bloquea el efecto de los potenciadores

cercanos de una manera dependiente de la posición y

afecta a la metilación del ADN en los sitios de unión a

hCTCF (75). Además, hCHD8 y dKismet (su ortholog

Drosophila) interactúan directamente con β-catenina y

regulan negativamente la expresión de genes diana de

β-catenina (76). Así, hCHD8 puede ser reclutado a loci

por diversas proteínas de unión al ADN a la cromatina

regional al-ter.

Replicación de ADN

Los nucleosomas pueden inhibir el origen de la

replicación in vivo en la levadura (77), lo que sugiere

que los re-modeladores promueven el acceso al origen o

ayudan en la progresión de la polimerasa del ADN. De

hecho, ySWI / SNF promueve la iniciación de la

replicación en un ensayo de minichromosoma en la

levadura (78), pero no ha sido probado en organismos

superiores. Los remodeladores ISWI tienen extensas

conexiones con la sincronización y el arranque de la

iniciación de la replicación. Por ejemplo, yISW2 se

enriquece en los sitios de replicación activa y ayuda a

facilitar la progresión de horquilla de replicación (79).

En las células superiores, un com-plex SNF2H-

HDAC1 / 2 coordina el remodelado de la cromatina

especıfica G1 y la desacetilación de las histonas con el

proceso de iniciación de la replicación del ADN en OriP

(80). Similarmente, hNoRC promueve la replicación

tardía de genes inactivos de rRNA (81). Por lo tanto, la

actividad de remodelación abre las regiones de la

cromatina para ayudar a establecer el momento de la

fiebre de origen. En particular, hSNF2H tiene dos

funciones: la asociación con hACF1 para promover la

replicación del ADN a través de heterochro-matin (82) y

con hWSTF para dirigir su actividad a los focos de

replicación en la heterocromatina, probablemente a

través de una interacción con PCNA (antígeno nuclear

celular proliferante) (83). Finalmente, se reveló

recientemente un papel para yChd1: yChd1 regula

negativamente la replicación del ADN en levaduras de

una manera que coopera con una histona

metiltransferasa (84).

Los papeles para yINO80 en la replicación abundan.

Primero, yINO80 se asocia con ori-gins de replicación y

con horquillas de replicación estancadas, y los mutantes

ino80 son defectuosos en la reactivación de horquillas

estacionadas (85). Además, yINO80 contribuye

activamente a la sincronización normal de la fase S y es

esencial para la progresión de la horquilla de repli

cación bajo condiciones de estrés. Además, yINO80

mejora la progresión de la horquilla en condiciones

normales, migrando junto con PCNA, y ayuda a

mantener replisome la integridad (86). Por tanto, tanto

hSNF2H como INO80, a través de sus interacciones con

PCNA, pueden movilizar los nucleosomas detrás de una

bifurcación de replicación bloqueada (permitir que la

bifurcación "respalde") o interrumpir los nucleosomas

antes de la horquilla. Existen problemas interesantes,

como si ambos actúan en el mismo bifurcación de

replicación o en su lugar están especializados para

ayudar al replisoma en un territorio de cromatina

particular (es decir, heterocromatina o eucromatina).

Replication origin

firing: la iniciación de la replicación del ADN de varias localizaciones discretas a lo largo de

los cromosomas

Hetocromatina:

territorios nucleares en los que la cromatina se condensa y los genes son generalmente

silenciosos

by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org

Euchromatin:

territorios nucleares en los que la cromatina está en una conformación abierta y los genes son generalmente activos H2A.X: variante de H2A de baja frecuencia presente en mamíferos, fosforilada en S139 por quinasas de control de

daño de ADN y en Y142 por WSTF

AAA ATPasa / helicasa:

ATPasas multiméricas, que sufren ATP-dependientes cambios conformacionales para diversos fines, incluyendo el despliegue de macromoléculas y translocación a lo largo de polímeros

DNA Repair and Recombination

Las lesiones de ADN ocurren a menudo y

amenazan la integridad del genoma, requiriendo

un rápido reconocimiento de los sitios de daño

dentro de la cromatina. Sin embargo, chro-matin

realmente facilita la reparación, con una de las

respuestas celulares más rápidas al daño que es la

fosforilación de serina 129 de H2A en levadura o

serina 139 de H2A.X en vertebrados. Esta

fosforilación ayuda a reclutar a los factores de

reparación del ADN, así como a los

remodeladores de cromatina de las familias SWI /

SNF e INO80, que faciliten el acceso a los

extremos del ADN para las enzimas de

reparación. Las rupturas bicatenarios (DSB) en el

ADN se reparan por una de dos vías:

recombinación homóloga (HR) o unión no

homóloga (NHEJ). HR requiere un alargamiento

de ADN accesible largo para el mecanismo de

búsqueda y emparejamiento de homología, que

intuitivamente debe requerir una eliminación

más agresiva de la cromatina, re-modelado y

restauración.

Se ha realizado un extenso trabajo en los

remodeladores INO80 y SWR1, los cuales son

reclutados para romper el ADN y ayudar al

proceso de re-par. Curiosamente, INO80 puede

copu rifiarse con nucleosomas fosfo-H2A, que se

pierden en complejos INO80 carentes de Nhp10

e Ies3 (87). Un papel para Nhp10 o Ies3 en fosfo-

H2A reconocimiento sigue siendo sorprendente,

ya que carecen de un conocidos fosfo-

reconocimiento principal. En particular, el

INO80 de tipo silvestre persiste en el DSB

después de que el fosfo-H2A disminuye,

sugiriendo que una modificación alternativa de

las histonas (o proteína) confiere retención de

INO80. La acción de INO80 puede ayudar a

exponer el ADN cerca del DSB a una resección de

5-3,, ya que los mutantes ino80 no crean la

sobreexploración de ADN de cadena sencilla 3,,

un paso crítico en la reparación del ADN (88).

INO80 también facilita la fosforilación de H2A.X

y permite que la levadura supere la detención del

ciclo celular después del daño del ADN, también

contribuyendo a los puntos de control del daño

del ADN (89). Por otra parte, en el ratón, YY1

(Yin Yang-1), un factor de transcripción esencial

para el desarrollo, interactúa con mINO80 para

lograr con éxito la reparación del ADN por HR y,

por tanto, preservar la integridad del genoma

(90).

El reclutamiento de SWR1 a DSBs también se

ve favorecido por fosfo-H2A, pero SWR1 tiene

papeles alternativos interesantes a los de INO80.

Por ejemplo, aunque la función INO80 es

necesaria para el procesamiento final del ADN y

la activación (91) del punto de control, SWR1 no

lo es. En cambio, SWR1 se requiere para yKu80

carga y libre de errores NHEJ (91).

Sorprendentemente, SWR1 no carga H2A.Z en

nucleosomas en el DSB (91). De hecho, el INO80

elimina ambos nucleosomas fosfo-H2A y H2A.Z

cerca del DSB (89, 91). Además, la Drosophila

SWR1 ortholog, dTIP60, proporciona una capa

adicional de control y especificidad. dTIP60

contiene histona acetiltransferasas que modifican

la Drosophila H2A.Z (denominada H2Av) y

dTIP60 intercambia fosfo-H2Av por la histona

H2Av no modificada de una manera facilitada

por la acetilación de fosfo-H2Av (92). En

particular, la levadura yNuA4 contiene varias

proteínas relacionadas con dTIP60 pero carece de

una ATPasa remodeladora, lo que sugiere que los

remodeladores superiores (hTIP60 y mam-

malian p400 / Domino) pueden ser complejos

HAT remodeladores complejos, mientras que la

levadura separar estas actividades. Curiosamente,

yNuA4 acepta la cromatina en el DSB antes de la

asociación yINO80 o ySWR1, revelando la

relación temporal que puede ayudar en el

reclutamiento o la función del remodelador. Para

SWR1 e INO80, interesantes trabajos futuros

incluyen el desconocimiento del papel de las

subunidades conservadas AAA ATPasa / helicasa

Rvb y la adaptación del trabajo a los mamíferos.

En la levadura, los re-modeladores ySWI /

SNF y yRSC asisten a HR: se requiere ySWI / SNF

en los primeros pasos que preceden a la etapa de

invasión de la hebra de HR, mientras que yRSC

juega un papel tardío para completarse (93).

Además, yRSC facilita yKu70 vinculante, libre de

errores NHEJ (94), y el desalojo de nucleosomas,

dando a yRSC una amplia función en ambos HR

y NHEJ reparación de caminos. Dirigimos al

lector al síndrome de Cockayne tipo B (CSB) en

la sección Remodelers and Disease Syndromes

para un rol de remodelador adicional. Un

problema no resuelto es cómo las regiones

reparadas se restauran a su estado original de la

cromatina (si es que lo son) después de la

reparación.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Recientemente, una discubrimiento

espectacular e intrigante fue hecha dentro del

complejo de WICH, un remodelador de ISWI

revelado ahora para tener un papel en la

reparación del ADN. WSTF, un componente del

complejo WICH, tiene una actividad de tirosina

quinasa que implica el dominio WAC, que f

osforiliza la tirosina 142 de H2A.X (95). Durante

la respuesta al daño del ADN, existe una aparente

coordinación entre las dos fosforilaciones que

afectan al H2A.X; la tirosina 142 se desfosforila

gradualmente mientras que la fosforilación de la

serina 139 aumenta (95). Los estudios futuros

incluirán la identificación del "lector" de esta

modificación y si esta fosforilación afecta la

actividad o orientación de WICH u otros

factores.

Segregación cromosómica

Remodeler enlaces a la segregación de

cromosomas están creciendo. Por ejemplo, el

hATRX, una proteína relacionada con el SNF2, se

une a la heterocromatina centromérica en el

conjunto meiótico, promoviendo un huso

meiótico bipolar y alineación cromosómica

adecuada (96). En hu-mans, un remodelador de

la familia hSNF2H media la carga de cohesina

(97). Además, el remodelador familiar yRSC de

SWI / SNF está constitutivamente presente en los

centrómeros y promueve la función kineto-core y

la segregación cromosómica (98). yRSC se asocia

de una manera dependiente del ciclo celular con

brazos cromosómicos e interactúa directamente

con la cohesina para preservar la cohesión

cromosómica y promover la segregación

cromosómica adecuada (99). Sin embargo, se

desconoce el meca- nismo preciso para promover

la carga de cohesina. Finalmente, yINO80

interactúa con componentes de telomerasa

multi-tiple para ayudar a regular el

mantenimiento dependiente de la recombinación

de las estructuras teloméricas (100).

REGULACIÓN DE GENES

La cromatina en muchos (pero no en todos)

los promotores RNAPII se ajusta a una lógica

general, que luego se adapta a la biología del gen.

En primer lugar, las secuencias de ADN, como

los tractos ricos en AT, doblan el ADN de una

manera desfavorable a los nucleosomas (101) y

crean una región libre de nucleosomas (NFR) de

~100 pb localizada en el sitio de inicio de la

transcripción (TSS), flanqueada por H2A.Z

variante nucleosomas (véase más adelante) y

seguido por arreglos de nucleosomas canónicos

que se extienden en la región de codificación o

en el distal pro-moter (102). Muchos NFR

también contienen sitios de unión para factores

de transcripción, y un subconjunto signi fi cativo

(en células superiores) también ha precargado

RNAPII. Potenciadores distales adicionales

pueden ser envueltos en nucleosomas y

requieren remodelación para la exposición. La

transición al estado activo se acompaña de una

mayor acetilación de las histonas, pérdida

adicional de nucleosomas alrededor de los TSS y

movimientos nucleosómicos significativos tanto

en el promotor como en las regiones

codificantes. Las preguntas clave incluyen: cómo

los remodeladores son dirigidos a promotores

particulares, cómo promueven transiciones hacia

y desde los estados activos y reprimidos, y cómo

se guían en estas tareas por factores de

transcripción y modificaciones de histonas.

Un concepto importante es el aparente

antagonismo entre remodeladores que organizan

la cromatina y aquellos que desorganizan /

expulsan nu-cleosomas, estableciendo un flujo

dinámico de ensamblaje / desmontaje (44).

yISW2 puede montar / organizar

constitutivamente la cromatina y deslizar así los

nucleosomas sobre el TSS, lo que promueve la

represión transcripcional (103). Sin embargo, la

secuencia desfavorable rica en AT, la presencia

de otros remodeladores y la acetilación de las

histonas puede promover la eyección de

nucleosomas, estableciendo una situación

antagonista y dinámica que se utiliza en la

regulación génica. Como se destacó

anteriormente, no hay una familia de

remodeladores para el montaje / organización y

otra para la desorganización / expulsión, aunque

la mayoría de los remodeladores SWI / SNF

carecen de roles de ensamblaje y la mayoría de

remodeladores de la familia ISWI (pero no

todos)

Centrómero: región cromosómica que lleva una variante H3 especializada (CENP- A), que nuclea el cinetocoro, para el apareamiento y la separación apropiados de las cromátidas hermanas durante la división celular

NFR: región libre de nucleosomas

TSS: sitio de inicio de la transcripción

Iniciación

crótica:

transcripción iniciada desde un lugar no planificado, oculto en la secuencia de ADN

Represión genética/ Represión del Gen

En general, los remodeladores represivos ayudan

a las regiones a agruparse en arrays de

nucleosomas, restringiendo el acceso, eliminando

los factores de unión al ADN y atrayendo

modificadores de cromatina que ayudan a

reforzar la represión. Por ejemplo, el yISW2

represivo es reclutado a una gran variedad de

promotores por el represor yUme6 y también por

el organizador nucleo-alguno Ssn6-Tup1 (104).

Sorprendentemente, la organización de la

cromatina por yISW2 ayuda a prevenir la

transcripción antisentido de regiones

intergénicas, así como la iniciación de los sitios

crípticos de iniciación (105). Además, yISW2 y

dISWI también cooperan física y funcionalmente

con una proteína HDAC (RPD3) para la

represión de la transcripción (106). NuRD

contiene la histona deacetylases HDAC1 y

HDAC2, y un pro-tein (MBD3) para el

reconocimiento de la metilación del ADN,

apoyando fuertemente un papel en silenciar

regiones metiladas. Otro ejemplo notable es el

complejo NoRC, que impone el silenciamiento

del ADNr. NoRC es reclutado a promotores

RNAPI por TTF-I (107); entonces NoRC desloca

el nucleosoma unido al promotor a una po-

sición desfavorable para la transcripción y atrae

la actividad HDAC y ADN metiltransferasa de

una manera dependiente de H4K16ac (27, 108).

Finalmente, el complejo SHREC de S. pombe es

importante para el ensamblaje de

heterocromatina pericentromérica silenciosa y

contiene una proteína relacionada con SNF2

(con un solo dedo PHD) así como proteínas

HDAC (109). Mediante un mecanismo separado,

el TBP (proteína de unión a TATA) puede ser re-

movido de una manera dependiente de ISWI

para prevenir la reiniciación de la transcripción

(110). De forma similar, el complejo yISW1 es

reclutado por yCbf1p para desplazar TBP del

promotor PHO8 (111). Otro atributo de los

promotores reprimidos es la presencia de

nucleosomas variantes H2A.Z, que se ensamblan

antes de la activación génica.

Estructuración de Nucleosomas y orientación de SWR1

Los remodeladores SWR1 intercambian dímeros H2A.Z-H2B

para los dímeros canónicos H2A-H2B de una manera

independiente de la replicación, que sirve para especializar las

regiones de la cromatina. En la levadura, este proceso se

produce en ciertos telómeros y puede asistir a antagonizar la

diseminación de heterochro-matin de telómero termina en

regiones ricas en genes (112-114). Sin embargo, el reemplazo es

más frecuente en los promotores, donde H2A.Z nucleo-somes

típicamente fl ank el NFR. Estos nucleo-somes pueden ser

menos estables que los nucleosomas canónicos, lo que facilita la

exposición y activación del ADN promotor (19, 115). Por lo

tanto, una pequeña región de la cromatina puede ser

construido en los promotores con alto volumen de

nucleosoma, facilitando el acceso a las secuencias de ADN. Para

remodeladores SWR1, poco se sabe sobre su reclutamiento. En

este caso, la generalidad del reemplazo en los promotores

sugiere fuertemente un atributo de la cromatina (por ejemplo,

aceptación) o la maquinaria de transcripción basal en el

reclutamiento de SWR1, aunque los factores de transcripción

específicos del sitio también pueden ayudar a garantizar un

reclutamiento robusto.

Recruitment and Transcription Initiation

La lógica general de los remodeladores en la activación es el

movimiento, la reestructuración o la expulsión de los

nucleosomas para exponer el ADN, permitiendo así la unión de

activadores adicionales a potenciadores aguas arriba o

facilitando la unión de la maquinaria de transcripción basal a

los promotores por expandiendo el NFR. Aquí, ad-vestir la

evidencia para los remodeladores en la promoción de la

iniciación y los factores que los reclutan a los promotores.

Para el SWI / SNF, la evidencia genética apoya fuertemente

a la familia en la activación, y su co-incidencia en Drosophila

con RNAPII agrega más apoyo. De hecho, dBrahma es

necesaria para la iniciación de la transcripción de la mayoría de

los genes en politeno cromosomas (116). El promotor de tar-

geting normalmente precede a la transcripción y puede ser

independiente de las secuencias promotoras, TBP o RNAPII

holoenzyme (117). Aquí, enfatizamos que no existe un

concepto unificador en cuanto al momento del reclutamiento

de SWI / SNF: En el promotor de HO de levadura, es uno de los

eventos más frecuentes, mientras que en el promotor de IFN-β

es uno de los últimos factores reclutados (118). Esto ejemplifica

la medida en que el re-modelado de la cromatina se adapta a

genes particulares.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Para la orientación, los ejemplos de

interacciones activador-SWI / SNF incluyen

ySwi5 con ySWI / SNF (118), Gcn4p con ySWI /

SNF (119), HSF1 con hSWI / SNF (120), hW-

STF con hWINAC en genes regulados por la

vitamina D (121), y el receptor de

glucocorticoides (GR) con hSWI / SNF (vía

BAF60a) (122). Sorprendentemente, GR recluta

hSWI / SNF y luego es desplazado por hSWI /

SNF de una manera peri-odic y cíclica (123).

Además, en el locus yHTA1-HTB1 (histona), la

yHir1p y yHir2p corepressors reclutar ySWI /

SNF para la activación posterior (124]. Una vez

tarado, ySWI-SNF puede permanecer anclado a

los nucleosomas promotores-acetilados a través

de sus bromodomains (17). Por último, yRSC

disminuye la densidad de nucleosomas en los

genes RNAPIII, ayudando a promover su

transcripción, aunque el mecanismo de

orientación es desconocida (125).

Los remodeladores particulares de la familia

ISWI activan activación in vivo (62), tal como

dNURF, que utiliza dNURF301 para interactuar

con muchos reguladores transcripcionales

específicos de secuencia, incluyendo dGAGA,

dHSF (126), el receptor de ecdisona (70) y dKen

(127). Además, los componentes de dNURF co-

purifican con dTrf2, un homólogo de TBP, para

ayudar a dirigir la expresión génica dependiente

de dTrf2 (128). Para la familia CHD, los enlaces

funcionales en S. cerevisiae son principalmente

para promover el alargamiento; sin embargo, los

estudios en S. pombe muestran claramente un

papel de los remodeladores de CHD en la

expulsión de nucleosomas en los promotores

para estimular la activación (65). Los enlaces

adicionales a la activación provienen del

remodelador relacionado con CHD8 dKismet,

que probablemente actúa justo antes de la

transición al alargamiento (129). Curiosamente,

la actividad de remodelación de hINO80 puede

ser reclutada por YY1 para obtener acceso a sus

sitios de unión para activar la transcripción

(130). Por último, el trabajo sobre los genes

estimulados con lipopolisacáridos en los

macrófagos reveló un ejemplo notable de co-

reclutamiento de remodeladores, con los

remodeladores SWI / SNF y Mi-2β actuando de

manera antagonista para atenuar la inducción del

gen (131).

Elongación de la transcripción

Los nucleosomas representan una barrera para la elongación

de la transcripción. Sin embargo, las regiones transcritas no son

típicamente despojado de nucleosomas para facilitar el paso de

RNAPII, ya que la falta de nucleosomas permitiría la promiscua

iniciación genética interna. Por el contrario, los nucleosomas

son típicamente chaperoned alrededor de alargamiento

RNAPII, con expulsión ocasional parcialmente equilibrado por

re-ensamblaje. Para la familia CHD, los cuatro miembros

dCHD colocalize con RNAPII a los sitios de transcripción

activa en cromosomas polytene (12, 132). dCHD1 se colocaliza

con el RNAPII elon-gating y tiene la capacidad de ensamblar

los nucleosomas in vitro (57, 129). Los estudios de levadura

proporcionan un fuerte apoyo, ya que yChd1 se localiza en

regiones transcritas y muestra muchas interacciones

funcionales y físicas con factores de alargamiento (133). En las

células superiores, los nucleosomas de la variante H3.3

reemplazan los nucleosomas canónicos en la región codificante

de una manera independiente de la replicación (134). Aquí, es

importante determinar si el montaje H3.3 en las regiones de

codificación se basa en remodeladores CHD.

yISW1 puede tener dos propósitos: el ensamblaje en yISW1a

para reprimir la iniciación mediante la posición de un

promotor proximal dinucleosome y as-sembling en yISW1b

para ayudar en el promotor de liquidación (135). Para SWI /

SNF, hSWI / SNF claramente promueve la elongación en

humanos hsp70 (136) y también tat-dependiente elongación del

promotor del VIH (137]. Las funciones en elongación en la

levadura son apoyadas por experimentos genéticos con ySWI /

SNF (138) y experimentos in vitro con yRSC (16). Sin embargo,

cuando se trató, estos remodeladores SWI / SNF promovieron

la eyección de nucleosomas. Una pregunta clave es cómo la

acetilación podría guiar esta eyección.

REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD DEL REMODELADOR

Las subunidades no catalíticas remodeladoras pueden regular la

actividad ATPasa y / o influir en la reacción y los productos de

remodelación (Figura 3). Por ejemplo, dACF1 tiene dedos PHD

que estabilizan las interacciones con la superficie del

nucleosoma (26), potencian el deslizamiento de los

nucleosomas y afectan la direccionalidad del movimiento de los

nucleosomas (26, 56). De acuerdo, el dNURF301 también

facilita el deslizamiento de nucleosomas (126).

www.annualreviews.org Chromatin Remodeling Complexes

289

Interesantemente, hACF1 promueve un espaciamiento nu-

cleosome más eficiente al permitir que el deslizamiento ocurra

dentro de un intervalo más amplio de longitudes de

enlazadores de ADN, mientras que ninguna subunidad tiene

esta función en hSWI / SNF (139). Un reciente estudio in vitro

comparó muchos com plexos humanos que contenían

hSNF2H (hACF, hCHRAC, hWICH y hRSF) y demostró que

las subunidades no catalíticas regulan generalmente el

hSNF2H a través de su interacción con el ADN del engarce

que sale del nucleosoma, lo que es probable impacta sus

funciones in vivo (140). CHRAC contiene dos proteínas

adicionales de doble histona, que mejoran la actividad de

deslizamiento en relación con ACF (141-143), probablemente

por unión y doblado del ADN que emerge del nucleosoma. De

hecho, yDpb4 de yISW2 ancla a extranucleosomal ADN (144].

Por lo tanto, los remodeladores de la familia ISWI a menudo

contienen una subunidad que regula la actividad de la ATPasa

al interactuar con el ADN del enlazador, potenciando y

extendiendo una propiedad intrínseca de la propia ISWI, para

afectar el espaciamiento de los nucleosomas y afectar la

estructura de la cromatina de orden superior. Con un

mecanismo similar a las subunidades del doblez de histonas,

las proteínas HMG (grupo de movilidad alta), o dominios

presentes en las subunidades del remodelador, también

pueden aumentar la capacidad de los remodeladores para

unirse al ADN nucleosómico y mejorar sus actividades de

deslizamiento.

Actina y Proteínas Relacionadas con Actina

La actina es una proteína abundante que trabaja con el

complejo Arp2 / 3 para filiar los filamentos de actina en el

citoplasma. Sin embargo, la actina y ciertas ARP también son

nucleares. Sorprendentemente, todos los ARPs nucleares son

componentes de los complejos SWI / SNF e INO80 de

remodelación de la cromatina familiar (Tabla 1) (8, 112, 145,

146). En contraste con la actina, los ARP remodeladores

típicamente no se unen o hidrolizan ATP. Actina y ARPs se

unen directamente a uno de los dos dominios en el

remodelador ATPasa: la HSA o la inserción larga (Figura 3].

Los dominios HSA son necesarios y sufi- cientes para la unión

selectiva de la mayoría de las ARP y actina al remodelador. Sin

embargo, para los remodeladores de la familia INO80, se

requiere el largo dominio de inserción (dentro de la ATPasa)

para la asociación de una ARP adicional. La unión de ARPs

directamente a la subunidad AT-Pase planteó la posibilidad de

que los ARPs podría regular la actividad ATPasa (147-149).

Un elegante estudio sobre yINO80 reveló que las ARPs

promover la remodeladora ATPasa actividad, el ADN

vinculante, y la movilización de nucleosomas (149]. Además,

Arp5 parece ser contratado para ensamblar un complejo

funcional INO80 por Rvb2 AAA-ATPases (147). Los fármacos

que afectan la función de la actina también disminuyen la

actividad de ATPasa de hSWI / SNF, argumentando que la

actina también regula la ATPasa del remodelador. Los ARPs

en SWR1 y RSC regulan positivamente sus actividades de

remodelación (148, 150), sugiriendo esto como una propiedad

común. Curiosamente, para RSC y SWI / SNF, el remodelador

catalítico ATPasa y las dos ARPs forman un módulo estable

capaz de moderado nucleosome remodelación actividad (49].

Una función de ARPs en la interacción de histonas también

tiene apoyo, ya que algunos ARPs se informó que tienen

actividad histona vinculante in vitro (151]. Sin embargo, aún

no está claro cómo se vinculan los ARPs a sus tonos

particulares, pero es digno de estudio adicional.

Sigue siendo curioso por qué los remodeladores usan

proteínas relacionadas con la actina para regular la

remodelación de la cromatina. Una posibilidad es que los

ARPs en los remodeladores interactúan con ARPs en otros

remodeladores (o en complejos HAT) para unir complejos y

coordinar sus funciones (150). Otra es una función en el chro-

matin de orden superior basado en la observación de que el

fosfatitidinosino estimula la unión del complejo de hBAF a los

extremos de filamentos de actina y puntos de ramificación

(152). Aún así, identificar los lig-ands precisos para ARPs-

actina es crítico para entender por qué se usan ARPs para

regular la actividad de la ATPasa del remodelador.

Modificaciones postraduccionales de remodeladores

Un tema familiar para los remodeladores es su reconocimiento

de las histonas modificadas. Sin embargo, un tema emergente

es la modificación postraduccional de los remodeladores

mismos, que sirven para regular las actividades y la función del

remodelador.

Annu. Rev. Biochem. 2009.78:273-304. Downloaded from www.annualreviews.org by Indiana University - Purdue University Indianapolis - IUPUI on 09/30/12. For personal use only.

Fosforilación. El primer ejemplo de fosfo-regulación de

un remodelador fue la fosforilación miótica de hSWI3 y

hBRG1 por hERK1, que inactiva hSWI / SNF (Figura 3),

con posterior desfosforilación por hPP2A restauración de

la actividad de remodelación (153, 154).

Simultáneamente, la fosforilación de hBRM, la subunidad

catalítica alternativa de hSWI / SNF, conduce a la

degradación de hBRM (154). Además, la fosforilación de

ySnf5 en ySWI / SNF se produce en G1, y los mutantes

snf5 muestran detención del ciclo celular; sin embargo,

no se ha establecido el vínculo entre la fosforilación de

ySnf5 y la progresión. La fosforilación de dMi-2 por

dCK2 es constitutiva, aunque la desfosforilación aumenta

la actividad ATPasa y la movilización de nucleosomas

(155). Sería interesante determinar si este mecanismo

regulador se extiende a otros remodeladores de CHD

(155). Las quinasas Mec1 / Tel1 coordinan la respuesta al

daño del ADN mediante la fosforilación de las proteínas

de reparación y de control del ADN. Curiosamente, estas

quinasas también fosforilan la subunidad yIes4 de

yINO80 bajo condiciones dañinas del ADN (Figura 3), lo

que ayuda a activar los puntos de control del daño del

ADN sin promover la reparación del ADN en sí.

Acetilación. La regulación de los remodeladores por los

HAT es un área emergente (Figura 3). Por ejemplo, el

hBRM es acetilado en su extremo C por hPCAF para

limitar la función hSWI / SNF, lo que reduce el

crecimiento celular y la activación transcripcional (157).

Además, yRsc4 tiene un bromodominio esencial en

tándem, con un bromodominio uniéndose a H3K14ac,

mientras que el otro bromod-omain se une a K25ac

dentro de su propio término N, con yGcn5 añadiendo

ambas modi fi caciones. En particular, la unión de K25ac

en un bromodominio inhibe la unión de H3K14ac en el

otro, sugiriendo que yGcn5 puede promover o deteriorar

la interacción de yRSC-nucleosoma, tal vez afectando el

tiempo de residencia de yRSC en sitios de remodelación

(158). dISWI puede ser acetilado in vitro e in vivo por

dGcn5 y puede contribuir a una función de dNURF

durante la condensación cromosómica metafase (159).

Estos estudios iniciales abren las posibilidades de HAT

que corregen tanto a los re-modeladores como a sus

sustratos nucleosómicos.

Parilación./PARylation Curiosamente, dISWI es poli-ADP-

ribosilado (PARylated) por la enzima PARP. Parlyated ISWI

muestra reducida nucleosome vinculante fi nidad, así como

menor ADN y nucleosoma estimulada ATPasa actividad

(Figura 3]. Además, la cantidad de dISWI unido a la

cromatina es afectada por la actividad de la PARP, lo que

sugiere que PARP y dISWI podrían competir por sitios

comunes de cromatina y antagonizar en la condensación de

cromosomas (160). Por lo tanto, las modificaciones del