Open Access Publishing in the Health Sciences: 

An Annotated Bibliography 

Gina Cacace  
Introduction and Scope  The following bibliography consists of thirteen scholarly peer‐reviewed research articles that cover the  topic of Open Access publishing in the health sciences. The studies, published from 2004 to 2009,  examine the pervasiveness of open access (OA) publishing models in biomedical science journals, the  anticipated benefits of OA publication versus traditional subscription based publishing and author's  perceptions of OA. Lead author affiliations show that the articles were published in the U.S., the United  Kingdom, Spain and Japan. All articles are published in English, but come from a variety of sources  including specialized and general medical journals and library science publications. Presented as a  whole, these articles present a compelling argument for the current state of OA and its implications for  the future of biomedical publishing.   Description of Topic  Open access publishing in the health sciences encompasses library science topics such as the increase in  popularity and demand for electronic resources and keyword searching, as well as the medical topics of  global collaboration and intellectual property. Open access publishing models impact the way that  medical libraries function, as they free libraries from costly subscriptions to large databases provided by  publishers. Interest in this topic has increased tremendously since the introduction of the National  Institute of Health's (NIH) public access policy in 2005, which requested that all research funded by the  NIH be available on an OA platform within 12 months of publication (Matsubayashi et al., 2009). Since  then, authors and publishers have been investigating whether open access articles benefit from what is  called the "citation advantage," where free access leads to increased exposure, resulting in higher  citation counts across their discipline (Davis et al., 2008). So far it is clear that the success of the open  access movement in the health sciences depends on its adoption by authors and readers alike. With this  in mind, many studies survey the perception of authors and readers on OA journals. Concerns raised by  both parties include the quality of the journals, the speed of publication and whether open access will  increase the exposure and subsequent citation count of the articles.   Literature Review  Proponents of open access biomedical journals claim that the publishing model will increase the visibility  of articles, which will increase the article's citation count. Citation count or citation impact is a badge of  honor in the biomedical field (Davis et al., 2008). If OA could increase the citation count of articles, it  would clearly be beneficial to the field: more people would be able to read articles, more research  would be built upon prior studies, and authors in particular areas would be able to gain more  widespread recognition for their work. No longer would one need to be a subscriber to the New England  Journal of Medicine in order to be familiar with Dr. Wong's research on sickle cell anemia, because Dr.  Wong's research is available in full text online for free. This allows researchers at institutions with fewer 

 OA Publishing in the Health Sciences 2    resources the ability to access articles and information that was once shut off from them (Hernandez‐ Borges, 2006; Warlick & Vaughan, 2007).  Under this reasoning, it seems that the OA model would  benefit readers and authors alike: authors want their work to be read more and cited more and readers  want to be able to read peer‐reviewed scholarly articles without having to subscribe to large databases  or pay Inter‐Library Loan charges. Researchers in library science and the health sciences are very  interested in whether OA could be the method of which access to quality information is expanded. If  true, the benefits of OA are obvious, since "access to scholarly information is essential for all research"  (Matsubayashi et al., 2009: 4).   In order to assess the potential citation advantage of OA publishing models, researchers have examined  two different measures. One measure is "hit count" or the amount of times an article is downloaded in  full text (Davis et al., 2008). Hit counts attempt to measure the exposure of an article, similar to the  number of subscribers to a print journal. Perneger (2004) found that downloading an article doesn't  guarantee that it is read; just like subscription counts don't capture how many people read an article.  Journal websites and databases have a way of tracking hit counts, but it can be compromised in several  ways. Some downloads can be due to spiders which crawl the web indexing websites and downloading  files to include on web searches (Wren, 2005). Another issue is that the article could be hosted on  multiple servers outside of the journal's database. These servers do not communicate their hit counts  with the host journal, so that data is lost. One popular method of OA is self‐archiving, where an author  uploads their article on their own web server (Wren, 2005). While this does help in their exposure, it  doesn't help with their hit count, as it scatters the data for the amount of downloads. There are six  popular places for OA archiving of articles: (1) self‐archiving by authors, (2) institutional repositories  maintained by an academic research center, (3) discipline specific databases, such as PubMed Central,  (4) hosting on the journal's website, (5) hosting on the funding government agency's website and (6)  third party (sometimes illegal) article hosting sites (Matsubayashi et al., 2009: 5‐6). With so many ways  to combine these six methods of OA archiving, it is understandable why many question whether hit  counts can be a reliable measure of the exposure of an article. In spite of the questionable value of hit  counts, Perneger (2004) was able to find a significant correlation between the hit count of articles from  BMJ (in the first week that they were available on BMJ.com) and their subsequent citation count within  the first year of publication.   The other way that researchers examine the citation advantage of OA articles is by citation impact  scores. This is done by searching the web and other popular databases for articles that reference a  particular article. While early researchers reported a significant "citation advantage" for OA articles,  subsequent work in the field has called this into question (Davis et al., 2008). Davis et al. (2008)  examined the citation impact of articles from 11 journals indexed by Web of Science and found that  while OA articles had higher downloads (hit counts), only 59% of OA articles were cited 9‐12 months  after publication, compared to 63% of subscription access articles. This lack of a citation advantage was  also examined when Lansingh & Carter (2009) performed a tailored inquiry into the citation count of OA  versus non‐OA articles in ophthalmology journals and found at first that OA articles had higher citation  counts. Upon further manipulation of the data, they found that the higher citation count was not related  to the OA status of the article. Instead, it was the author's reputation, affiliation, country and funding 

 OA Publishing in the Health Sciences 3    source that correlated significantly with citation count (Lansingh & Carter, 2009). This supports the idea  that quality is the reason that articles have a higher citation count, rather than exposure. Similarly, Wren  (2005) found that the articles made available on illegal third party sites came from journals with higher  impact scores, so that the higher hit count of the article is due to the actual demand for the article,  rather than the exposure of the article (Wren, 2005). Thus, there is reason to believe that in illegal  hosting, the demand precedes the exposure, while with OA, the exposure precedes the demand.  One proposed explanation for the appearance of a citation advantage for OA articles is the possibility  that higher citation counts of OA articles are a result of an "in group" of researchers who prefer and cite  OA journal articles more frequently than non‐OA articles. Frandsen (2008) found that within the  discipline of biology, researchers who publish in OA journals cite more OA articles than researchers who  publish in non‐OA journals. To further investigate this "in group" of OA authors, Warlick & Vaughan  (2007) surveyed a group of authors who had been published in OA biomedical journals indexed by  PubMed Central (referred to as "early adopters"). The authors who published in OA journals recognized  that the reputation of OA journals were not as high as traditional journals, but chose access over  reputation (Warlick & Vaughan, 2007). Park (2009) looked further into the question of reputation. Park  (2009) surveyed biomedical researchers and found a significant difference in their perception of OA  based on tenure, with untenured respondents having more positive impression of OA. Tenured  respondents rated the quality of the journal as the most important factor to consider when publishing  their work, while untenured respondents placed more emphasis on the ease of publication (time from  submission to publication) and the technological advantages of online publishing (Park, 2009). While the  "early adopters" also pointed to faster and more efficient peer review process as a benefit of OA,  (Warlick & Vaughan, 2007), Dong (2006) compared the publication lag time between traditional  subscription journals and OA journals and found no difference.   Tenured authors were also wary of author fee open access models, as they equated them with vanity  publishing (Park, 2009). Over three‐fourths of the "early adopters" interviewed by Warlick & Vaughan  (2007) had paid author fees in order to publish in an OA journal, and reported that this was not a barrier  as the fees were covered by their research grants. In contrast, Hernandez‐Borges et al., (2006)  conducted a study in Spain with authors who had published in PubMed (only 21% in OA journals) in the  previous 2 years. They found only 9% of the authors would pay fees in order to publish, with "nearly  one‐third of respondents noted that lack of funds was a significant barrier to open access publishing"  (Hernandez‐Borges et al., 2006: 450). Schroter et al. (2005) found similar levels of hesitation to the  author fee system, but surveyed several authors who said they would continue to submit to high quality  journals, even if author fees were imposed. The author fee model is a controversial aspect of OA  publishing, precisely because it seems to prevent researchers from less affluent institutions from  publishing.   The tipping point for open access publishing in the biomedical field was the implementation of the NIH  public access policy in 2005 (Kroth et al., 2006). In an effort to assess the impact of this policy,  Matsubayashi et al. (2009) surveyed the proportion of OA articles from biomedical journals in 2005,  before the policy became active. They surveyed various sources, including PubMed, Google, Google  Scholar and OAIster (the OCLC OA database) and found that 27% of articles published in biomedical 

 OA Publishing in the Health Sciences 4    journals were available on some sort of OA model in 2005. In 2006, Kroth et al. assessed the rate of  compliance of researchers with the NIH policy, and found that nationally, only 7.5% of researchers  funded by the NIH were voluntarily making their research available in an open access model. Future  inquiries should be modeled after Matsubayashi et al. (2009) and Kroth et al. (2006) to continue to  assess the prevalence of OA in relation to the implementation of the NIH public access policy to get a  better idea of its impact. Studies should also keep in mind the methods employed by Lansingh & Carter  (2009) in order to control for influences other than the access status of the article that may account for  an increase in citation counts. Alarmingly, Davis et al. (2009) have been the first to report a decline in OA  in recent years (7% per year since 2004), which warrants further investigation. Regardless of the  prevalence of OA journals in the biomedical field, it is clear from the work of Wren (2005) that articles of  importance will continue to be shared on third party sites, in spite of the questionable legality of it. This  demand for content (regardless of its copyright status) provides an interesting opportunity for OA  journals to provide legal access to credible peer reviewed sources.                                   

 OA Publishing in the Health Sciences 5    Bibliography  Entry 1:  Davis, P.M., Lewenstein, B.V., Simon, D.H., Booth, J.G., Connolly, M.J.L. (2008). Open access   publishing, article downloads, and citations: Randomised controlled trial. BMJ, 337 (7665) 15.  doi:10.1136/bmj.a568    Abstract:  Objective To measure the effect of free access to the scientific literature on article downloads and  citations.  Design Randomised controlled trial.  Setting 11 journals published by the American Physiological Society.  Participants 1619 research articles and reviews.  Main outcome measures Article readership (measured as downloads of full text, PDFs, and abstracts)  and number of unique visitors (internet protocol addresses). Citations to articles were gathered from  the Institute for Scientific Information after one year.  Interventions Random assignment on online publication of articles published in 11 scientific journals to  open access (treatment) or subscription access (control).  Results Articles assigned to open access were associated with 89% more full text downloads, 42% more  PDF downloads, and 23% more unique visitors, but 24% fewer abstract downloads than subscription  access articles in the first six months after publication. Open access articles were no more likely to be  cited than subscription access articles in the first year after publication. Fifty nine per cent of open  access articles (146 of 247) were cited nine to 12 months after publication compared with 63% (859 of  1372) of subscription access articles. Logistic and negative binomial regression analysis of article citation  counts confirmed no citation advantage for open access articles.  Conclusions Open access publishing may reach more readers than subscription access publishing. No  evidence was found of a citation advantage for open access articles in the first year after publication.  The citation advantage from open access reported widely in the literature may be an artefact of other  causes.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This study is unique due to its design: a randomized controlled trial which should account  for all researcher bias (versus the retrospective observational method that other studies have  employed). They examined download count and compared that with citation. The authors also  controlled for self‐archiving of articles by searching for copies of the articles published on other  websites. However, while they tracked down instances of self‐archiving, they were unable to gather a 

 OA Publishing in the Health Sciences 6    download count for those files. It is interesting that they only measured citation count after 9‐12  months. Given the time it takes to apply for research grants, complete the research and submit the  manuscript for approval at a journal, I wonder why they didn't examine a different time period. Perhaps  citation count would be different after a longer period of time. While the principal investigator is a  graduate student, he is aided by esteemed researchers in Economics, Science Communication and  Statistics from Cornell University. The interdisciplinary nature of this research team definitely helped in  its innovation.  Search Strategy: I knew from our class assignment using Web of Science that it was a great way to do a  citation search. I wanted more information about citation count and OA articles, so I did a citation  search for "Citation advantage of open access articles" by Gunther Eysenbach from the Public Library of  Science Biology. I refined my search to include only research articles in the biomedical discipline.  Database: Web of Science  Method of Searching: Citation Search  Search String:  Title: Citation advantage of open access articles  Author(s): Eysenbach, G  Source: PLOS BIOLOGY Volume: 4 Issue: 5 Pages: 692‐698 Published: MAY 2006  Refined by: Document Type=( ARTICLE ) AND Subject Areas=( MEDICINE, GENERAL & INTERNAL )  Timespan=All Years. Databases=SCI‐EXPANDED, A&HCI, SSCI, CPCI‐SSH, CPCI‐S.     Entry 2:  Davis, P.M. (2009). Author‐choice open access publishing in the biological and medical   literature: a citation analysis. Journal of the American Society for Information Science   and Technology, 60 (1), pp. 3‐8.    Abstract: In this article, we analyze the citations to articles published in 11 biological and medical  journals from 2003 to 2007 that employ author choice open access models. Controlling for known  explanatory predictors of citations, only 2 of the 11 journals show positive and significant open access  effects. Analyzing all journals together, we report a small but significant increase in article citations of  17%. In addition, there is strong evidence to suggest that the open access advantage is declining by  about 7% per year, from 32% in 2004 to 11% in 2007.   (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This study analyzes a specific type of OA model ‐ author choice, where authors pay to have  their articles available open access. Another interesting contribution is that this article calculates a "cost 

 OA Publishing in the Health Sciences 7    per citation" based upon the author's monetary contribution and subsequent citation count. Future  studies of author perceptions of OA should provide these "cost per citation" figures and assess the  researcher's impression to see if they will influence them towards or away from open access publishing.   Search Strategy: I wanted to see if I was missing any synonyms for Open Access publishing that I could  use for keyword searches, so I went to Wikipedia to see what articles were linked to its  entry(http://en.wikipedia.org/wiki/Open_access_(publishing) ). They referenced a bibliography that  talked about open access publishing in general (available: http://opcit.eprints.org/oacitation‐ biblio.html). I scanned the bibliography for anything related to the biomedical field.     Database: N/A  Method of Searching: Footnote Chasing  Search String:   Referenced in:  Hitchcock, S. (2010). The effect of open access and downloads ('hits') on citation impact: a   bibliography of studies. The Open Citation Project. Online. Internet. Retrieved 12 March 2010. Available:  http://opcit.eprints.org/oacitation‐biblio.html     Entry 3:  Dong, P., Loh, M. & Mondry, A. (2006). Publication lag in biomedical journals varies due to the   periodical’s publishing model. Scientometrics, 69 (2). pp. 271–286.    Abstract: Research manuscripts face various time lags from initial submission to final publication in a  scientific periodical. Three publishing models compete for the market. Professional publishing houses  publish in print and/or online in a “reader‐pays” model, or follow the open access model of “author‐ pays”, while a number of periodicals are bound to learned societies. The present study aims to compare  the three business models of publishing, with regards to publication speed. 28 topically similar  biomedical journals were compared. Open access journals have a publication lag comparable to journals  published by traditional publishers. Manuscript submitted to and accepted in either of these two types  of periodicals are available to the reader much faster than manuscripts published in journals with strong  ties to specialized learned societies.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: Most studies assess the hit count within the first few months of online publication as a  measure of how much exposure a study gets. This article took a novel approach by examining just how  long it takes for a study to get to the point of publication in the three major publishing models. The  reasoning is that it is important to be published first and fast, so any model that can maintain quality  while decreasing the time it takes from submission to publication has an advantage.   Search Strategy: I wanted to experiment with Dialog's OneSearch options, so I started with INFOSCI. At  first my search string included keywords about citation count but I found that to be too limiting. I also  took out the phrase "open source" because it returned a lot of articles on software rather than 

 OA Publishing in the Health Sciences 8    publishing. Since this was a preliminary search, I wanted to return as many different kinds of results at  first so that I could start footnote chasing. So this search is broader and includes more databases than I  would have preferred, but it was effective.   Database: INFOSCI (which includes: British Education Index [Dialog File 121], Dissertation Abstracts  Online [Dialog File 35], ERIC [Dialog File 1], Education Abstracts [Dialog File 437], Gale Group Magazine  Database [Dialog File 47], Gale Group Trade & Industry Database [Dialog File 148], Inspec [Dialog File 2],  Library Literature and Information Science [Dialog File 438], NTIS ‐ National Technical Information  Service [Dialog File 6] and Social SciSearch [Dialog File 7]).   Method of Searching: Keyword searching  Search String:  s (OPEN(W)ACCESS OR OPEN(3W)CONTENT) AND (HEALTH(W)SCIENCE OR BIOMED)     Entry 4:  Frandsen, T.F. (2008). The integration of open access journals in the scholarly communication   system: Three science fields. Information Processing and Management, 45 (2009), pp.   131‐141.    Abstract: Open access (OA) to the research literature has the potential to accelerate recognition and  dissemination of research findings, but its actual effects are controversial. This was a longitudinal  bibliometric analysis of a cohort of OA and non‐OA articles published between June 8, 2004, and  December 20, 2004, in the same journal (PNAS: Proceedings of the National Academy of Sciences).  Article characteristics were extracted, and citation data were compared between the two groups at  three different points in time: at ‘‘quasi‐baseline’’ (December 2004, 0–6 mo after publication), in April  2005 (4– 10 mo after publication), and in October 2005 (10–16 mo after publication). A total of 1,492  original research articles were analyzed: 212 (14.2% of all articles) were OA articles paid by the author,  and 1,280 (85.8%) were non‐OA articles. The average number of citations of OA articles was higher  compared to non‐OA articles at each time frame. In a logistic regression model, controlling for potential  confounders, OA articles compared to non‐OA articles remained twice as likely to be cited (odds ratio ¼  2.1 [1.5–2.9]) in the first 4–10 mo after publication (April 2005), with the odds ratio increasing to 2.9  (1.5–5.5) 10–16 mo after publication (October 2005). Articles published as an immediate OA article on  the journal site have higher impact than self‐archived or otherwise openly accessible OA articles. We  found strong evidence that, even in a journal that is widely available in research libraries, OA articles are  more immediately recognized and cited by peers than non‐OA articles published in the same journal. OA  is likely to benefit science by accelerating dissemination and uptake of research findings.   (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This article analyzes the citation counts over a longer period of time than other studies. It  also benefits from analyzing the citation count of articles from a single journal, which takes out any  discrepancy between citation count based on the reputation of the journal. PNAS was operating on a  hybrid OA model at the time of this study, so articles operated under traditional subscription models  and others were OA after 6 months, or authors could pay a fee in order to have them OA immediately.   Search Strategy: I saw this article as a citation in "Which journals do primary care physicians and  specialists access from an online service?" from the Journal of Medical Library Association, which I found  the same way as the Kroth et al. (2006) article: I started my search at the Directory of Open Access 

 OA Publishing in the Health Sciences 9    Journals (doaj.org) because I wanted to expand the types of sources I was using. I refined the journals by  subject: Social Sciences > Library and Information Science. I then scanned the list for Health Sciences  journals and found the Journal of the Medical Library Association and the Journal of Medical Internet  Research which are indexed by PubMed Central. I confirmed that the journals were peer reviewed an  scholarly by looking it up on Ulrich's Directory. I then went to PubMed Central and searched the journals  by keyword.   Database: N/A  Method of Searching: Footnote Chasing  Search String:   Referenced in:   McKibbon, A.K., Haynes, B.R., McKinlay, R.J. & Lokker, C. (2007). Which journals do   primary care physicians and specialists access from an online service? Journal of the Medical Library  Assocation, 95 (3), pp: 246‐254.     Entry 5:  Hernandez‐Borges, A.A., Cabrera‐Rodriguez, R., Martinez‐Pineda, B., Torres‐Alvarez de   Arcaya, M.L., Jimenez‐Sosa, A., (2006). Awareness and attitude of Spanish medical   authors to open access publishing and the ‘‘author pays’’ model. Journal of the Medical Library  Association, 94(4). pp. 459‐461.    Abstract: This research sought to evaluate the extent of familiarity with OAP of biomedical authors who  publish in Spanish and their attitudes toward the author‐pays model. The investigators selected the first  authors of Spanish language articles (with the exception of letters) appearing in PubMed between June  and December 2003. The study found a low level of awareness of the OAP model and of acceptance of  journals charging author fees among Spanish authors. Only nine respondents (9%) indicated they would  pay author fees to publish in an OA journal, and only five (5%) had published in an open access journal  that charged fees. Nearly one third of respondents noted that lack of funds was a significant barrier to  open access publishing, while 19 (19%) indicated the prestige factor as a barrier.  (Abstract constructed from excerpts of article)  Annotation: This study examines Spanish speaking authors who published in PubMed. This is an  important group to examine in order to assess the international appeal of OA, as the movement  originated in the U.S. One limitation is that the sample was pulled from Spanish medical authors who  included their email addresses in their PubMed article. This could have predisposed the sample to be  more of a technologically friendly group.   Search Strategy: I wanted to experiment with Dialog's OneSearch options, so I started with INFOSCI. At  first my search string included keywords about citation count but I found that to be too limiting. I also  took out the phrase "open source" because it returned a lot of articles on software rather than  publishing. Since this was a preliminary search, I wanted to return as many different kinds of results at  first so that I could start footnote chasing. So this search is broader and includes more databases than I 

 OA Publishing in the Health Sciences 10    would have preferred, but it was effective.   Database: INFOSCI (which includes: British Education Index [Dialog File 121], Dissertation Abstracts  Online [Dialog File 35], ERIC [Dialog File 1], Education Abstracts [Dialog File 437], Gale Group Magazine  Database [Dialog File 47], Gale Group Trade & Industry Database [Dialog File 148], Inspec [Dialog File 2],  Library Literature and Information Science [Dialog File 438], NTIS ‐ National Technical Information  Service [Dialog File 6] and Social SciSearch [Dialog File 7]).   Method of Searching: Keyword searching  Search String:  s (OPEN(W)ACCESS OR OPEN(3W)CONTENT) AND (HEALTH(W)SCIENCE OR BIOMED)     Entry 6:  Kroth, P.J., Aspinall, E.E., & Phillips, H.E. (2006). The national institutes of health (NIH) policy   on enhancing public access: Tracking institutional contribution rates. Journal of the   Medical Library Association, 94 (3), pp 279‐283.    Abstract: The National Institutes of Health (NIH) enacted its Policy on Enhancing Public Access to  Archived Publications Resulting from NIH‐Funded Research on May 2, 2005. The policy requests that  authors of peer‐reviewed publications resulting from NIH‐funded research voluntarily submit a copy of  their final manuscript to the National Library of Medicine (NLM) for archiving in PubMed Central (PMC),  the NLM’s open access electronic repository for life sciences journals. Because compliance with the  policy is voluntary, its success depends on investigators’ awareness of the policy and their willingness to  contribute their work to PMC. Librarians wishing to promote the NIH policy need a tool to help  determine an institution’s contribution rate to PMC so they can direct local awareness training and  library support for the policy. This paper presents an adaptable institutional contribution rate (ICR)  formula using NLM’s PubMed database.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: The search strings tested in this study proved to be powerful, but with several limitations.  PubMed Central does not have a controlled vocabulary for indicating that research was funded by NIH,  which could lead to inconsistent results due to unreported funding sources. The authors of the study are  all employed by the University of New Mexico in the health sciences library and have years of  experience searching medical journal databases. The principal investigator, Philip J. Kroth, has his  medical degree as well as a MLS.  Search Strategy: I started my search at the Directory of Open Access Journals (doaj.org) because I  wanted to expand the types of sources I was using. I refined the journals by subject: Social Sciences >  Library and Information Science. I then scanned the list for Health Sciences journals and found the  Journal of the Medical Library Association and the Journal of Medical Internet Research which are  indexed by PubMed Central. I confirmed that the journals were peer reviewed an scholarly by looking it  up on Ulrich's Directory. I then went to PubMed Central and searched the journals by keyword. 

 OA Publishing in the Health Sciences 11    Database: PubMed Central  Method of Searching: Keyword Search  Search String:  "NIH policy" OR "open access" OR "open source" AND publish!  Limits: Research/Review Articles or Open Access Articles Journals: "Journal of the Medical Library  Association : JMLA", "Journal of Medical Internet Research"     Entry 7:  Lansingh, V.C., & Carter, M.J. (2009). Does open access in ophthalmology affect how articles   are subsequently cited in research? Ophthalmology, 116 (8). pp.1425‐1431.  Abstract:  Objective To determine whether the concept of open access affects how articles are cited in the field of  ophthalmology.  Design Type of meta‐analysis.  Participants Examination of 480 articles in ophthalmology in the experimental protocol and 415 articles  in the control protocol.  Methods Four subject areas were chosen to search the ophthalmology literature in the PubMed  database using the terms “cataract,” “diabetic retinopathy,” “glaucoma,” and “refractive errors.”  Searching started in December of 2003 and worked back in time to the beginning of the year. The  number of subsequent citations for equal numbers of both open access and closed access (by  subscription) articles was quantified using the Scopus database and Google search engine. Number of  authors, article type, country/region in which the article was published, language, and funding data  were also collected for each article. A control protocol was also carried out to ascertain that the  sampling method was not systematically biased by matching 6 ophthalmology journals (3 open access, 3  closed access) using their impact factors, and employing the same search methodology to sample open  access and closed access articles.  Main Outcome Measures Number of citations.  Results The total number of citations was significantly higher for open access articles compared to  closed access articles for Scopus. However, univariate general linear model (GLM) analysis showed that  access was not a significant factor that explained the citation data. Author number, country/region of  publication, subject area, language, and funding were the variables that had the most effect and were  statistically significant. Control protocol results showed no significant difference between open and  closed access articles in regard to number of citations found by Scopus. Unlike other fields of science,  open access thus far has not affected how ophthalmology articles are cited in the literature.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This study focused on a particular field within the health sciences, but did a sophisticated  statistical analysis that has not been employed in other studies. Due to the GLM, the authors were able  to discern that higher citation counts were not the result of the article's OA status; rather they were  significantly influenced by other variables.   Search Strategy: I wanted to find articles from non‐library sources, so I searched a database that I use  frequently at work, Medline. I used the same keyword string I had put into LIS databases on Dialog and 

 OA Publishing in the Health Sciences 12    found that it worked well in non‐library databases as well.   Database: Medline [Dialog File 155]  Method of Searching: Keyword searching  Search String:   ? s (OPEN(W)ACCESS OR OPEN(3W)SOURCE OR OPEN(3W)CONTENT) AND (HEALTH(W)SCIENCE OR  BIOMEDICAL) AND (CITATION(3W)COUNT OR CITATION(3W)IMPACT OR IMPACT(3W)FACTOR OR  HIT(3W)COUNT)    Entry 8:  Matsubayashi, M., Kurata, K.,Sakai, Y., Morioka, T., Kato,S., Mine,S., Ueda,S. (2009). Status of   open access in the biomedical field in 2005. Journal of the Medical Library Association,   97(1) pp.4‐11.     Abstract:  Objectives This study was designed to document the state of open access (OA) in the biomedical field in  2005.  Methods PubMed was used to collect bibliographic data on target articles published in 2005. PubMed,  Google Scholar, Google, and OAIster were then used to establish the availability of free full text online  for these publications. Articles were analyzed by type of OA, country, type of article, impact factor,  publisher, and publishing model to provide insight into the current state of OA.  Results Twenty‐seven percent of all the articles were accessible as OA articles. More than 70% of the OA  articles were provided through journal websites. Midrank commercial publishers often provided OA  articles in OA journals, while society publishers tended to provide OA articles in the context of a  traditional subscription model. The rate of OA articles available from the websites of individual authors  or in institutional repositories was quite low.   Discussion/Conclusions In 2005, OA in the biomedical field was achieved under an umbrella of  existing scholarly communication systems. Typically, OA articles were published as part of subscription  journals published by scholarly societies. OA journals published by BioMed Central contributed to a  small portion of all OA articles.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This article examined the state of OA immediately before the NIH public access policy in  order to capture the pervasiveness of OA before any mandatory submission policies came into play. The  study accounts for self‐archiving of articles by searching consumer search engines like Google and  Google Scholar.    Search Strategy: I chose Social SciSearch because I was familiar with it and knew I would be able to get  articles related to library science. I used a keyword search of the phrases I was looking for including  citation count, as I noticed many articles discussed this topic.  Database: Social SciSearch [Dialog File 7]  Method of Searching: Keyword searching  Search String:  ? s (OPEN(W)ACCESS OR OPEN(3W)SOURCE OR OPEN(3W)CONTENT) AND (HEALTH(W)SCIENCE OR  BIOMEDICAL) AND (CITATION(3W)COUNT OR CITATION(3W)IMPACT OR IMPACT(3W)FACTOR OR  HIT(3W)COUNT) 

 OA Publishing in the Health Sciences 13       Entry 9:  Park, J. (2009). Motivations for web‐based scholarly publishing: Do scientists recognize open   availability as an advantage? Journal of Scholarly Publishing, doi: 10.3138/jsp.40.4.343.    Abstract: Despite emerging disputes about the effects of open availability, scholars’ perceptions of the  phenomenon are not well understood.  This study sought to examine reasons why scholars publish in  open‐access venues and the extent of their motivations. To accomplish this goal, results were tallied  from a Web‐based survey of 1104 scientists around the world. The data analysis identified eleven  relevant motivational factors: six attitudinal factors, two perceived control factors, and one  demographic factor. Together, these factors significantly influenced the intention to adopt open‐access  publishing. Factors related to social influence and perceived topical compatibility appeared to be  insignificant. The influence of attitudinal and perceived control factors, however, varied based on tenure  status. The biggest difference between tenured and untenured groups was the rank of perceived visible  advantages, implying that open availability has different levels of significance depending on tenure  status.  (Excerpt from published abstract)  Annotation: This recently published article contributes an essential piece of the OA puzzle: differences  in perception of OA based on tenure. Tenure is usually related to age, so further investigation should be  made to see if there is a clear difference between young researchers and older ones. This can give us a  better understanding of the future of OA. Dr. Ji‐Hong Park has the advantage of being educated in Korea  and the US and has done extensive research on OA and scholarly perceptions.  Search Strategy: I chose Library Literature & Information Science Full Text because I knew that I would  be able to access full text up to date articles on information science. I wanted to harness the power of  the controlled vocabulary built into this database so I started by searching the thesaurus for preferred  terms. Since OA is such a dynamic topic, I wanted to find the most up to date information I could, so I  limited by search by publication year.  Database: Library Literature & Information Science Full Text  Method of Searching: Controlled Vocabulary  Search String: Open access publishing/Evaluation AND 2009 <in> Publication Year     Entry 10:  Perneger, T.V. (2004). Relation between online "hit counts" and subsequent citations:   prospective study of research papers in the BMJ. BMJ, 329, pp. 546–7. 

 OA Publishing in the Health Sciences 14      Abstract: Evaluation of published medical research remains a challenge. Two classic yardsticks are the  citation count (the number of times a given paper is cited by others) and the impact factor of the journal  that published the paper (which reflects the average number of citations per article).However, the  citation count can be assessed only several years after publication, and the impact factor is not paper  specific and is thus virtually meaningless in assessing any given paper. Another measure, which can be  obtained rapidly and is paper specific, is the "hit count" (the number of times a paper is accessed  online). Whether this count predicts citations is unknown. I examined this issue prospectively in a cohort  of papers published in the BMJ.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This article analyzes citation count and hit count based on study type, which can better  differentiate if certain types of articles are being cited more than others. One concern is that the author  states that the "hit parade" on BMJ.com was incorrect, but they did not take into account how the  publishing of how many people have accessed the article could influence another researcher’s decision  to look at the article.   Search Strategy: I found this study in the references for another article that was in BMJ.  Database: N/A  Method of Searching: Footnote Chasing  Search String:  Referenced in:  Davis, P.M., Lewenstein, B.V., Simon, D.H., Booth, J.G., Connolly, M.J.L. (2008). Open access   publishing, article downloads, and citations: Randomised controlled trial. BMJ, 337 (7665) 15.  doi:10.1136/bmj.a568.     Entry 11:  Schroter, S., Tite, L., & Smith, R. (2005). Perceptions of open access publishing: interviews with   journal authors. BMJ, doi:10.1136/bmj.38359.695220.82.     Abstract:  Objective To explore authors’ attitudes towards open access publishing and author charges, their  perceptions of journals that charge authors, and whether they would be willing to submit to these  journals.  Design Semi‐structured telephone interviews. Participants 28 randomly selected international authors  who submitted to the BMJ in 2003.  Results Authors were more aware of the concepts of open access publishing and author pays models  than previously reported. Almost all authors supported the concept of open access, but few had  submitted to an open access journal, other than the BMJ. Reasons for not submitting included lack of  awareness of which journals publish with open access, and journal quality taking a higher priority in  decision making than the availability of open access. Authors disliked the idea of author charges without 

 OA Publishing in the Health Sciences 15    institutional support and were concerned about implications for authors from developing countries and  those without research funding. However, many said they would probably continue to submit to  journals they perceived as being of high quality even if they charged authors.  Conclusions Authors consider perceived journal quality as more important than open access when  deciding where to submit papers. New journals with open access may need to do more to reassure  authors of the quality of their journals.  (Original published reproduced abstract in its entirety)  Annotation: This was funded by the BMJ Publishing Group’s research budget, and conducted by senior  researchers at BMJ, so there was a vested interest in learning about the willingness of authors to submit  to an OA journal (especially one that employed the author pay business model). All of the respondents  had been published by BMJ in the past, so there was an existing relationship between them and the  institution conducting the research. It is possible that the researcher's position as a publisher would  influence the responses of the surveyed scientists. Those surveyed were against the author charges,  which makes sense since they would be the ones that would have to pay. It is important to note that  since this study was conducted, BMJ went fully OA in 2008 (no author charges).  Search Strategy: I used Google Scholar because I knew that it had a large index of Open Access journals.  I assumed this meant that there would also be a lot of literature about OA available. I started with a title  search because I was worried that a keyword search in Google Scholar may return too many results.  Database: N/A  Method of Searching: Title Search  Search String:  allintitle: publish! OR journal OR health OR science OR medicine AND "open access"  exclude patents, 2000‐2010     Entry 12:  Warlick, S.E. & Vaughan, KTL. (2007). Factors influencing publication choice: Why faculty   choose open access. Biomedical Digital Libraries, 4. doi:10.1186/1742‐5581‐4‐1    Abstract:  Background In an attempt to identify motivating factors involved in decisions to publish in open access  and open archives (OA) journals, individual interviews with biomedical faculty members at the  University of North Carolina at Chapel Hill (UNC‐Chapel Hill) and Duke University, two major research  universities, were conducted. The interviews focused on faculty identified as early adopters of OA/free  full‐text publishing.   Methods Searches conducted in PubMed and PubMed Central identified faculty from the two  

 OA Publishing in the Health Sciences 16    institutions who have published works in OA/free full‐text journals. The searches targeted authors with  multiple OA citations during a specified 18 month period. Semi‐structured interviews were conducted  with the most prolific OA authors at each university. Individual interviews attempted to determine  whether the authors were aware they published in OA journals, why they chose to publish in OA  journals, what factors influenced their publishing decisions, and their general attitude towards OA  publishing models.   Results & Discussion Fourteen interviews were granted and completed. Respondents included a fairly  even mix of Assistant, Associate and Full professors. Results indicate that when targeting biomedical  faculty, speed of publication and copyright retention are unlikely motivating factors or incentives for the  promotion of OA publishing. In addition, author fees required by some open access journals are unlikely  barriers or disincentives.    Conclusion: It appears that publication quality is of utmost importance when choosing publication  venues in general, while free access and visibility are specifically noted incentives for selection of OA  journals.   (Excerpt of published abstract)  Annotation: This is a very specific study of "early adopters" of OA. While most studies ask researchers  why they are hesitant to submit to OA, it is interesting to approach the question from the other side:  why do you submit to OA journals? Despite its new approach, it comes out with the same answer:  quality is of utmost importance. Additional new data points include: OA journals tend to process articles  faster, which is important in competitive areas of science. This study is limited by a small sample size.   Search Strategy: I used FirstSearch so that I could simultaneously search resources in Education,  Medicine and Library Science. I chose to search ERIC, Medline and WilsonSelectPlus and did a basic  keyword search combining open access terms with health science synonyms.   Database: FirstSearch  Method of Searching: Keyword Searching  Search String:  Current database: ERIC, MEDLINE, WilsonSelectPlus  (kw: open w access) and kw: publish! and (kw: health w sciences OR kw: medic* OR kw: biomedical)     Entry 13:  Wren, J.D. (2005). Open access and openly accessible: a study of scientific publications shared   via the internet. BMJ, doi:10.1136/bmj.38422.611736.E0.    Abstract:  Objectives To determine how often reprints of scientific publications are shared online, whether journal  readership level is a predictor, how the amount of file sharing changes with the   age of the article, and to what degree open access publications are shared on non‐journal websites.   Design The internet was searched using an application programming interface to Google, a popular and  freely available search engine.   Main outcome measures The proportion of reprints of journal articles published between 1994 and  2004 from within 13 subscription based and four open access journals that could be   located online at non‐journal websites.   Results The probability that an article could be found online at a non‐journal website correlated with the  journal impact factor and the time since initial publication. Papers from higher   impact journals and more recent articles were more likely to be located. On average, for the high impact  journal articles published in 2003, over a third could be located at non‐journal   websites. Similar trends were observed for the delayed or full open access publications.  

 OA Publishing in the Health Sciences 17    Conclusions Decentralised sharing of scientific reprints through the internet creates a degree of de facto  open access that, though highly incomplete in its coverage, is none the less   biased towards publications of higher popular demand. The crux of the open access debate primarily  argues that costs will prevent some people from accessing published scientific research. Certainly, this  access is important to further both future research efforts and public education, but there is a factor in  this debate that has been neglected because the extent   to which it occurs is unknown. While some scientific publications may not have been published in an  open access journal, they are, none the less, openly accessible to the public on non‐journal websites and  can be located by using freely available internet search engines.   (Excerpt of published abstract)  Annotation: Proponents of OA explain that if subscription fees are removed, researchers will be able to  freely share and discuss research. However, this study shows that people are already sharing and  discussing articles by hosting copies on their sites regardless of their copyright status. While it is not  ideal to depend on Google's index (and it's mysterious algorithm, which may take things into account  like the author's previous searches, location, and demographic information), this study shows that the  only impact that widespread OA will have is to make the activity that is already going on less illegal.   Search Strategy: I chose Library Literature and Information Science Full Text because I knew that their  thesaurus would show me new search terms that I hadn't yet anticipated. I did a thesaurus search for  publishing, as well as one for science research. Then I refined the controlled vocabulary search by  subject (open access publishing).   Database: Library Literature and Information Science   Method of Searching: Controlled Vocabulary  Search String:   Records found for Publishers and publishing / Scientific and technical literature AND Open access  publishing <in> Subject In  Library Lit & Inf Full Text