You are on page 1of 11

ANALISIS KRITIS ARTIKEL

MICROSCOPIC AND MOLECULAR STUDIES OF THE DIVERSITY OF


FREE-LIVING PROTOZOA IN MEAT-CUTTING PLANTS
(Vaerewijck, Mario J. M., Sabbe, Koen., Bare, Julie., Dan Houf, Kurt)

UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH


Protista
yang dibina oleh :
Sofie Ery Rahayu, S.Pd, M.Si Dan Susriyati Mahanal, Dr., M.Pd

Oleh :
Herlizza Basyarotun Amaliyah
130341614782
Pendidikan Biologi/C

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
APRIL 2014
ANALISIS KRITIS ARTIKEL
Oleh
Herlizza Basyarotun Amaliah

I. Bibliografi
Vaerewijck, Mario J. M., Sabbe, Koen., Bare, Julie., dan Houf, Kurt. 2008.
Microscopic and Molecular Studies of the Diversity of Free-Living
Protozoa in Meat-Cutting Plants. Journal Applied And Environmental
Microbiology. 74 (18): 57415749, (Online). (http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/pmc/articles/PMC2547033/). Diakses pada 19 April 2014

II. Tujuan Penulis


Menginformasikan hasil penelitiannya tentang protozoa yang hidup bebas
pada pabrik pemotongan daging.

III. Fakta Fakta Unik


1. Abstrak
Menentukan Keragaman hidup bebas protozoa di lima pabrik
pemotongan daging.
Menggunakan mikroskop cahaya setelah kultur pengayaan dan
dikombinasikan dengan PCR, Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
(DGGE) dengan pemisahan fragmen gen 18S rRNA.
Komunitas protozoa dari amoeba, ciliates dan flagelata ditemukan pada
semua pabrik.
Protozoa terdeteksi terutama pada saluran, genangan air di lantai, di
meja pemotong yang kotor, pada palet plastik, permukaan yang
bersentuhan langsung dengan daging, seperti sabuk conveyer,
permukaan meja pemotongan, dan jarum pelunak daging.
Setelah 7 hari inkubasi pada suhu lemari es, protozoa terdeteksi di
sekitar kultur. Berdasarkan pengamatan mikroskopis. ditemukan 61
morfospesie.
Spesies yang paling sering ditemui adalah Bodo saltans, Bodo spp.,
Epistylis spp., Glaukoma scintillans, Petalomonas spp., Prodiscophrya
Collini, dan Vannella sp.
Pada DGGE diidentifikasi 49 phylotypes, termasuk perwakilan dari
Amoebozoa, Chromalveolata, Excavata, Opisthokonta, dan Rhizaria.
Flagelata heterotrofik kecil yang berafiliasi terutama dengan Alveolata
(Apicomplexa), Stramenopiles (Chrysophyta), dan Rhizaria (Cercozoa).
Survei ini menunjukkan bahwa banyak ditemukan protozoa pada pabrik
pemotongan daging dan spesies yang ditemukan termasuk jenis
protozoa yang patogen pada makanan.

2. Pendahuluan
Protozoa merupakan mikroorganisme uniseluler eukariotik dan terdapat
di alam serta lingkungan antropogenik.
Protozoa memakan bakteri, mikroalga, dan partikel atau bahan terlarut.
Namun protozoa juga menjadi makanan untuk protozoa lain dan
metazoa.
Hubungan antara bakteri dan protozoa selain mangsa-memangsa yaitu
replikasi bakteri dalam protozoa (survival). Beberapa bakteri
digambarkan endosymbion obligat intraseluler, hidup dalam sitoplasma
atau makronucleus protozoa, yang dan sering tidak dapat dibudidayakan
di luar protozoa.
Cara hidup intraseluler fakultatif pada bakteri patogen dalam protozoa,
menjadi perhatian khusus karena: (i) Beberapa protozoa seperti A.
castellanii, A. polyphaga, Glaukoma sp, dan Tetrahymena spp,
menghasilkan vesikula kecil yang dapat mengandung bakteri dan
mungkinkan vesikel akan terhirup atau dapat mencemari lingkungan.
(ii) Bakteri hidup dalam protozoa atau kista protozoa yang resisten pada
kondisi yang tidak menguntungkan, seperti kekeringan dan terkena
desinfektan. (iii) Peningkatan resistensi antimikroba dan virulensi
bakteri patogen.
Asosiasi patogen pada makanan dengan protozoa yang hidup bebas
dipelajari untuk mengetahui strategi terkenal lain seperti pembentukan
biofilm, beberapa patogen makanan bertahan di daerah pengolahan
makanan meskipun dibersihkan dan desinfeksi harian.
Identifikasi protozoa secara tradisional menggunakan morfologi
(mikroskop dan analisis ultrastruktur) dan locomotion.
Teknik kultur-independen, seperti Denaturing Gradient Gel
Elektrophoresis (DGGE), thermal gel elektroforesis gradient, telah
digunakan untuk mempelajari komunitas protozoa dalam berbagai
ekosistem.
Untuk menyelidiki peran hidup bebas protozoa dalam kontaminasi
makanan, maka penyelidikan pada lingkungan pengolahan makanan
adalah langkah pertama yang diperlukan.

3. Bahan Dan Metode


a. Persiapan sampel dan pengolahan.
Lokasi penelitian adalah Lima pabrik pemotongan daging, satu
pabrik pengolahan daging sapi [pabrik A], dua pabrik pengolahan
daging babi [pabrik B dan C], dan dua pabrik pengolahan daging
sapi, babi, dan unggas [pabrik D dan E]
Dilakukan penelitian selama periode bulan Februari sampai Mei
2007.
105 Sampel diambil setelah menunggu minimal 2 jam setelah
pembersihan dan desinfeksi.
Sampel cair diambil sebanyak 22 dengan jarum suntik steril atau
pipet steril dan dipindahkan ke tabung plastik steril.
Sterilisasi kapas dengan cara membasahi kapas dengan air mineral
steril, dengan menggunakan kapas, sampel dikumpulkan dari luas
permukaan 126 cm2 (n=71), kapas dimasukkan dalam kantung
plastik dan ditutup rapat. Setelah itu kapas dibasahi dengan air
mineral sebanyak 6 ml, kemudian kapas diperas dan airnya diambil
sebanyak 5 ml, selanjutnya cairan dimasukkan dalam tabung steril.
Untuk jarum pelunak sampel diperoleh dengan penyeka kapas steril
(n=3), dan diproses seperti sampel (n=71)
Sisa daging yang diperoleh dari sudut lantai dipindahkan ke tabung
plastik, lalu ditambahkan 5ml air mineral kemudian divortex dan
supernatannya digunakan sebagai kultur (n=5)
Air keran dari pabrik (n=4) dikumpulkan dalam botol steril.
b. Penentuan status kebersihan mikrobiologis.
Status higienis umum pabrik ditentukan dengan menggunakan
metode plate count agar. Plate count agar (Oxoid) digunakan sebagai
media budidaya, dan lempeng aerobik diinkubasi pada suhu 37C
selama 24 jam.
c. Budidaya protozoa dan identifikasi morfologi.
1 ml cairan dari pengenceran awal atau sampel asli dipindahkan ke
cawan petri yang berisi larutan steril dan beras. Setelah itu diinkubasi
selama 7 hari pada suhu lemari es (5C) dan diperiksa secara
mikroskopis. Identifikasi morfologi menggunakan taksonomi standar
dan diklasifikasikan.
d. Ekstraksi DNA.
3 ml cairan yang telah dipisahkan dari sampel asli atau dilusi awal
(t0) dan 2 ml cairan dari setiap kultur pengayaan, diambil secara
acak pada hari ke 7 (t7), kemudian disenrifugasi selama 20 menit
dengan kecepatan 20.800 pada suhu 4C. Dan proses sentrifugasi
dihentikan bila pelet tersisa sebanyak 500 l (volume akhir) dari
supernatan, pelet ini menjadi bahan ekstraksi DNA.
Ekstraksi DNA dilakukan dengan Charge Switch genom DNA.
Ekstrak DNA disimpan pada 20C sampai analisis.
e. Amplifikasi PCR.
Ampilifikasi PCR dilakukan dengan PE Terapan Biosystems 9700,
gen primer 18S rRNA set Euk1A-Euk516r-GC dan F1427GC-R1616
digunakan dengan modifikasi berikut: 800 ng bovine serum albumin
(Roche) ditambahkan ke dalam campuran PCR, dan 35 siklus
denaturasi digunakan untuk kedua set primer.
f. Analisis DGGE.
Protozoa dari sampel t0 dan t7 dianalisis dengan DGGE. produk
PCR t0 dan t7 untuk titik sampel yang sama ditempatkan pada gel
samping satu sama lain. Semua analisis DGGE dilakukan dengan
menggunakan universal sistem deteksi mutasi DCode (Bio-Rad).
g. Pemulihan DNA dari DGGE gel.
Pita DNA yang paling menonjol disekuensing, Bagian tengah
pita DGGE yang dipilih kemudian dipotong dan dipindahkan ke
tabung Eppendorf 1,5 ml yang mengandung 30 L dari 1 x larutan
penyangga TE. Tabung diinkubasi semalam pada suhu 4C. 4 l
digunakan untuk PCR berikutnya, yang dilanjutkan dengan DGGE
untuk memeriksa posisi pita dan kemurniannya. Setelah kemurnian
dipastikan, PCR dilakukan dengan primer yang sama set tanpa
penjepit GC.
h. Sequencing dan analisis pita gel yang dipotong.
Sequencing dilakukan menggunakan analisa genetik Terapan
Biosystems ABI3130XL. Produk PCR dimurnikan untuk sequencing
menggunakan udang alkali fosfatase selama 15 menit pada suhu 37C,
diikuti dengan 15 menit pada 80C. Bahan ini kemudian digunakan
untuk siklus sequencing tanpa pemurnian lebih lanjut.

IV. Hasil
a. Status hygine pabrik
Pabrik memenuhi syarat kelayakan bakteri adalah pabrik E,
pabrik A, B dan C hampir memenuhi persyaratan dan pabrik D tidak
memenuhi persyaratan.
b. Pemulihan organisme eukariotik setelah kultur pengayaan
Amoeba dan/atau flagelata terdeteksi dalam kultur yang diperoleh
dari tempat-tempat yang bersentuhan langsung dengan daging.
Metazoa seperti nematoda dan rotifera yang diamati pada dua dari
lima pabrik tetapi tidak diidentifikasi lebih lanjut.
Fungi (terutama ragi) ditemukan di kira-kira seperempat dari
kultur.
Populasi yang diperoleh pada t0 tidak jauh berbeda dari kultur
pengayaan t7, meskipun ada beberapa spesies yang tidak
ditemukan dalam kultur t7.
c. Keragaman morfologi protozoa
Perwakilan dari amoeba, ciliates, dan flagelata ditemukan di setiap
pabrik.
Jumlah yang lebih dari morfospesies diamati untuk pabrik C (37
morfospesies, termasuk 16 morfospesies diidentifikasi), A (22
morfospesies, termasuk 14 morfospesies diidentifikasi), dan B (22
morfospesies, termasuk 9 morfospesies diidentifikasi) daripada
untuk pabrik D (18 morfospesies, termasuk 7 morfospesies
diidentifikasi) dan E (13 morfospesies, termasuk 10 morfospesies
diidentifikasi) (Tabel 2).
Titik sampel lain yang menunjukkan keanekaragaman spesies yang
tinggi adalah lantai saluran, pembersih pisau, residu daging, dan
genangan air di lantai.
d. Profil DGGE
Sampel dari t0 dan t7 digunakan untuk DGGE, tidak ada pita DNA
yang terdeteksi. Tidak ada profil yang dapat dijelaskan dari DNA
eukariotik karena adanya kerusakan DNA, kerusakan DNA
diakibatkan residu klorin yang berasal dari desinfektan.
Kegagalan metode ekstraksi atau penghambatan PCR. Profil tidak
dianalisis lebih lanjut karena pita-pita yang lemah, gagal dalam
mepotong gen, atau dominasi dari jamur dalam kultur.
e. Afiliasi Sequencing (Pengurutan) DNA protozoa
Semua urutan yang berafiliasi dengan organisme eukariotik, yang
menegaskan kekhususan dua set primer eukariotik.
Komposisi komunitas protista berbeda pabrik pemotongan daging
ditentukan dengan analisis BLAST dari sequens gen 18S RNA.
Angka yang lebih tinggi dari phylotypes ditemukan untuk pabrik C
(n=21) dan E (n=20) daripada pabrik A (n=15), D (n=13), dan B
(n=12). Chromalveolata adalah kelompok terbesar (25 phylotypes),
diikuti oleh Rhizaria (10 phylotypes), Amoebozoa (5 phylotypes),
Excavata (3 phylotypes), Opisthokonta (3 phylotypes), dan
Archaeplastida (2 phylotypes). Dalam kelompok Chromalveolata,
Chrysophyta dan Colpodellida adalah kelompok flagellate yang
ditemui paling sering.
Bodomorpha sp. dan Lecythium sp. adalah phylotypes yang paling
sering ditemui pada pabrik pemotongan daging.

V. DISKUSI
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keanekaragaman
hayati hidup bebas protozoa pada pabrik pemotongan daging.
Mikroskop cahaya setelah kultur pengayaan dikombinasikan dengan
urutan amplifikasi PCR, DGGE, dan metode skrining cepat.
Pengamatan mikroskopis awal pada sampel t0 menunjukkan rendahnya
jumlah protozoa, dan kesulitan dalam menganalisis sampel yang
mengandung lemak atau kaya protein.
Kultur pengayaan diinkubasi pada suhu rendah karena suhu lingkungan
di pabrik pemotongan daging tidak lebih dari 12 C. Karena tidak
mampu untuk sequencing semua pita dan menganalisis subset dari
profil DGGE, sehingga tidak mungkin untuk membuat perbandingan
rinci dari dua set primer dan hasil yang diperoleh untuk t0 dan sampel
t7. Oleh karena itu, survei hanya menghasilkan gambaran umum
tentang komunitas protozoa.
Kebanyakan sampel kultur pengayaan yang positif protozoa adalah sisa
bahan organik atau air. Selain itu, lokasi yang tidak dibersihkan dan
didesinfeksi karena belum dibersihkan atau tidak terjangkau.
Protein dan lemak residu menyediakan sumber nutrisi yang sangat baik
bagi bakteri, tetapi juga menguntungkan bagi pertumbuhan protozoa
Protozoa yang diidentifikasi hampir sama pada semua pabrik, dan
analisis data tidak membuktikan bahwa aktivitas-aktifitas yang
dilakukan pabrik menghasilkan komunitas protozoa tertentu.
Pabrik C menunjukkan kekayaan spesies tertinggi, sebagaimana
ditentukan oleh kedua metode.
T. matiense adalah spesies Ciliata paling sering dijumpai. Flagelata
yang ditemukan yaitu Alveoloata (Apicomplexa), Stramenopiles
(Chrysophyta), dan Rhizaria (Cercozoa).
Bodo spp. dan Petalomonas spp. yang berlimpah dalam budaya
pengayaan tetapi jarang terdeteksi oleh PCR. Amoeboid jarang
diidentifikasi oleh DGGE, meskipun amoeba sering ditemukan dalam
kultur.
Data yang diperoleh menunjukkan bahwa pendekatan dua metode
(metode kultur dan metode PCR) mengakibatkan identifikasi jumlah
yang lebih tinggi, daripada menggunakan metode tersebut secara
terpisah.
Amplifikasi DNA jamur atau metazoan yang ditemukan dalam
penelitian dapat disebabkan oleh beberapa faktor. Pertama, ragi yang
berlimpah dalam budaya pengayaan, yang mengarah ke konten DNA
jamur lebih tinggi dalam ekstrak. Kedua, sejumlah salinan tinggi gen
rRNA muncul dalam genom beberapa khamir, yang meningkatkan
kemungkinan bahwa gen diperkuat selama PCR. Ketiga, bentuk
protozoa kelompok paraphyletic, dan penggunaan primer eukariotik
yang universal yang meningkatkan kemungkinan bahwa gen diperkuat
selama PCR.
Amoeba yang teridentifikasi terutama berasal dari genera Hartmannella,
Vahlfkampfia, dan Vannella.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa protozoa di daerah pengolahan
daging kebal pada proses pembersihan dan desinfeksi sehari-hari, baik
karena eksismen siklus desinfeksi, karena inefisiensi konsentrasi
desinfektan, karena permukaan yang tidak cukup dibersihkan, atau
karena sel tidak memiliki mekanisme respon. Hal ini menunjukkan
bahwa protozoa juga ditemukan di lingkungan antropogenik yang
mengandung residu disinfektan, seperti sistem air dan kolam renang.
Keragaman spesies protozoa sebaiknya dipelajari dengan kombinasi
pengamatan mikroskopis dan teknik molekuler.
Nilai ekologis protozoa yang hidup bebas di area pengolahan makanan
masih belum jelas. Protozoa harus mempengaruhi populasi bakteri
dalam hal jumlah dan keragaman spesies. Protozoa mungkin dianggap
"mitra" dalam kontrol bakteri.
Studi keragaman menunjukkan bahwa beberapa protozoa adalah potensi
host untuk patogen yang ditularkan melalui makanan. Baru-baru ini
Penelitian menunjukkan bahwa protozoa hidup bebas diisolasi dari
sayuran mampu menginternalisasi dan melepaskan patogen yang
berhubungan dengan makanan

VI. Pertanyaan yang dapat Dimunculkan


1. Apakah protozoa patogen pada makanan berbahaya untuk manusia?
2. Bagaimana cara meminimalisir adanya protozoa pada pabrik
pengolahan daging?
3. Apa yang menyebabkan tinggi rendahnya hidup bebas protozoa pada
pabrik pemotongan daging?
4. Bagaimana cara pengolahan daging yang terkontaminasi dengan
protoza?
5. Apakah protozoa dapat digunakan sebagai agen untuk membasmi
bakteri patogen pada pabrik?

VII. Konsep Utama


Konsep utama dalam artikel ini adalah mengamati keragaman
protozoa patogen dalam makanan pada pabrik pemotongan daging
dengan menggunakan pengamatan mikroskop cahaya, aplikasi PCR,
dan DNA squencing dan DGGE. Kultur dinyatakan positif mengandung
protozoa jika setidaknya ditemukan protozoa dari jenis amoeba, ciliata
dan flagellata.

VIII. Refleksi
Setelah membaca tulisan ini saya memperoleh banyak informasi
tentang keragaman protozoa yang hidup bebas pada pabrik
pemotongan daging namun ada beberapa metode yang masih belum
dapat saya pahami dan juga beberapa pertanyaan yang saya ajukan.
Artikel ini dapat saya gunakan untuk memenuhi tugas mata kuliah
protista sekaligus untuk menambah pengetahuan saya dalam
menganalisis kritis artikel. Kritik dan saran dari pembaca sangat
diharapkan untuk menyempurnakan analisis kritis selanjutnya.