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El flujo de informacin esbozado en la seccin anterior puede apreciarse mejor en referencia a

un determinado gen que haya sido bien estudiado, por ejemplo, el gen de la b-globina. La
cadena de la b-globina es un polipptido de 146 aminocidos codificado por un gen de 1,6 kb
situado en el brazo corto del cromosoma 11. El gen tiene tres exones y dos intrones. El gen de
la b-globina, como otros genes cercanos en el grupo de la b-globina, se transcribe desde el
centrmero hacia el telmero. Sin embargo, esta orientacin es diferente para genes
diferentes y depende de cul sea la cadena codificante.

Las secuencias de DNA que se requieren para una apropiada iniciacin de la transcripcin del
gen de la b-globina se localizan en el promotor, a unos 200 pb hacia arriba del lugar de inicio
de la transcripcin. En la figura 3-6 se exponen la secuencia de DNA de doble cadena de esa
regin del gen de la b-globina, la secuencia de RNA correspondiente y la secuencia traducida
de los 10 primeros aminocidos, para ilustrar las relaciones entre estos tres niveles de
informacin. Tal como ya se ha mencionado con anterioridad, la cadena 3' a 5' del DNA es la
que sirve de molde y se traduce, pero es la secuencia 5' a 3' la que se corresponde
directamente con la secuencia 5' a 3' del mRNA (de hecho, es idntica a esa cadena de DNA,
excepto que U es sustituido por T). Debido a esta correspondencia, la cadena 5' a 3' del gen (es
decir, la que no se transcribe) es la que en general se incluye en la bibliografa mdica o en las
bases de datos. De acuerdo con esta convencin, en la figura 3-7 se expone la secuencia
completa de aproximadamente 2,0 kb en el cromosoma 11 que incluye el gen de la b-globina.
(Da que pensar el hecho de que esa pgina de nucletidos represente slo el 0,000067% de la
secuencia de todo el genoma humano.) En esas 2,0 kb est contenida la mayora (aunque no
todos) de los elementos de la secuencia que se requieren para codificar y regular la expresin
de este gen. En la figura 3-7 se recogen muchas de las caractersticas estructurales importantes
del gen de la b-globina, incluidos los elementos de la secuencia conservada del promotor, los
lmites entre intrones y exones, las UTR 5 y 3, los sitios de corte y empalme de RNA, los
codones de iniciacin y terminacin, y la seal de poliadenilacin. Se conocen mutaciones de
todos estos sitios que causan defectos hereditarios del gen de la b-globina (v. cap. 11).

Inicio de la transcripcin

El promotor del gen de la b-globina, igual que otros muchos promotores, se compone de una
serie de elementos funcionales cortos que se cree interactan con protenas reguladoras
especificas (denominadas genricamente factores de transcripcin) que controlan la
transcripcin, incluyendo - en el caso del gen de la b-globina- las protenas que restringen la
expresin de estos genes a las clulas eritroides, donde se produce la hemoglobina. Hay
muchos mas de mil factores de transcripcin especficos de secuencia que se unen al DNA en
el genoma, alguno de los cuales tienen una expresin ubicua, mientras que otros son
especficos de un tipo celular o de un tejido.

Una secuencia promotora importante presente en muchos genes (pero no en todos), es la caja
TATA, una regin conservada rica en adeninas y timinas, que se sita a unos 25-30 pb hacia
arriba del sitio de inicio de la transcripcin (v. figs. 3-4 y 3-7). Parece que la caja TATA es
importante para determinar la posicin del inicio de la transcripcin, que en el gen de b-
globina est aproximadamente 50 pb hacia arriba del sitio de inicio de la traduccin (v. fig. 3-
6). As, en este gen hay alrededor de 50 pb de la secuencia en el extremo 5 que se transcriben,
pero no se traducen; en otros genes, la regin 5 UTR puede ser mucho ms larga y, de hecho,
puede hallarse interrumpida por uno o ms intrones. Una segunda regin conservada, la
llamada caja CAT (en realidad es CCAAT), est situada a unas cuantas docenas de pares de
bases ms arriba (v. fig. 3-7). En cualquiera de estos elementos de la secuencia, as como en
otras secuencias reguladoras incluso ms arriba, se producen mutaciones, tanto inducidas de
forma experimental como de forma natural, que provocan una fuerte reduccin del nivel de
transcripcin, lo que demuestra la importancia de estos elementos para la expresin gnica
normal. Se han identificado muchas mutaciones en estos elementos reguladores en pacientes
con b-talasemia.

No todos los promotores gnicos contienen estos dos elementos descritos. Los genes que se
expresan de forma constitutiva en la mayora de los tejidos (denominados genes de
mantenimiento o housekeeping) con frecuencia carecen de las cajas TATA y CAT, ms tpicas
de los genes con especificidad tisular. Los promotores de muchos genes de mantenimiento
suelen contener una elevada proporcin de citosinas y guaninas, en comparacin con el DNA
que les rodea (v. el promotor del gen BRCA1 en la fig. 3-4). Estos promotores ricos en CG se
suelen localizar en regiones del genoma denominadas islas CpG, por la concentracin
inusualmente elevada del dinuclerido 5'-CpG-3' (la p representa el grupo fosfato entre bases
adyacentes; v. fig. 2-3) en relacin con el resto del cromosoma, ms rico en AT. Se cree que
algunos de los elementos de la secuencia ricos en CG que se encuentran en esos promotores
sirven como sitios de enlace para determinados factores de transcripcin. Las islas CpG se
suele asocia r a una represin de la transcripcin gnica, como se comentar con ms detalle
ms adelante en el contexto de la cromatina y su papel en el control de la expresin gnica.

La transcripcin por la RNA polimerasa II (RNA pol II) est sometida a regulacin a mltiples
niveles, incluida la unin al promotor, el inicio de la transcripcin desplegamiento de la doble
hlice de DNA para exponer la cadena molde y la elongacin a medida que la RNA pol II avanza
a lo largo del DNA. Aunque algunos genes silenciados carecen de uncin a RNA pol II, lo qe
concuerda con s incapacidad para ser transcritos en un tipo de cella determinado, otros tienen
RNA pol II preparada bidireccionalmente en el sitio de inicio de la transcripcin, lo que puede
ser un medio de ajuste fino de la transcripcin en respuesta a seales celulares particulares.

Adems de las secuencias que componen el promotor, existen otros elementos de la secuencia
que pueden cambiar de forma sustancial la eficiencia de la transcripcin. Los elementos mejor
caracterizados de estas secuencias activadoras se llaman potenciadores. Los potenciadores
son elementos de la secuencia que pueden actuar a cierta distancia de un gen (a menudo
varias kilobases o incluso ciento de ellas) para estimular la transcripcin. Al contrario que los
promotores, los potenciadores son independientes de la posicin y de la orientacin y pueden
localizarse en 5' o 3' del lugar de inicio de la transcripcin. Los elementos potenciadores
funcionan slo en ciertos tipos de clulas y parecen estar implicados en el establecimiento de
la especificidad tisular o en el nivel de expresin de muchos genes, coordinados con uno o ms
factores de transcripcin. El gen de la b-globina tiene varios potenciadores especficos de
tejido, tanto dentro del gen como en las regiones colindantes. La interaccin de los
potenciadores con protenas especficas incrementa los ni veles de transcripcin.

La expresin normal del gen de la b-globina durante el desarrollo embrionario requiere


tambin la participacin de secuencias ms alejadas, denominadas regiones de control de
locus (LCR), localizadas hacia arriba del gen de la b-globina (v. fig. 3-2), que son necesarias para
establecer el contexto apropiado en la cromatina suficiente para un elevado nivel de
expresin. Tal como era de esperar, las mutaciones que alteran o delecionan las secuencias
potenciadores o las RCL interfieren o impiden la expresin del gen de la b-globina (v. cap. 11 ).
Corte y empalme (splicing)

El transcrito primario de RNA del gen de la b-globina contiene dos exones, de cerca de 100 y
850 pb, que deben ser eliminados y los segmentos restantes deben unirse entre si para formar
el mRNA maduro. Este proceso de corte y empalme del RNA, descrito de forma general
previamente, suele ser exacto y muy eficiente; se calcula que el 95% de los transcritos de b-
globina son ensamblados de forma correcta para producir el mRNA funcional de la globina. Las
reacciones de corte y empalme son dirigidas por secuencias especficas de RNA en los dos
extremos, 5' y 3', de los intrones. La secuencia 5' se compone de nueve nucletidos, de los
cuales dos (el dinudetido GT [GU en el transcrito de RNA] localizado en el intrn
inmediatamente adyacente al lugar de corte y empalme) son virtualmente invariables en los
lugares de corte y empalme de los diferentes genes (v. fig. 3-7). La secuencia 3' se compone de
alrededor de una docena de nucletidos, de los cuales de nuevo dos, los AG localizados
inmediatamente 5' del lmite intrn/exn, son obligados para el corte y empalme normal.
Estos lugares de corte y empalme son independientes del marco de lectura de un mRNA
especfico. En ocasione, como en el caso del intrn 1 del gen de la b-globina, el intrn divide un
codn (v. fig. 3-7).

Un hecho que ilustra la importancia mdica del corte y empalme del RNA es que las
mutaciones en las secuencias conservadas de los lmites intrn/exn suelen daar el proceso
de corte y empalme del RNA, lo que ocasiona una reduccin de la cantidad de mRNA de b-
globina maduro y normal; las mutaciones en los dinucletidos GT y AG mencionadas con
anterioridad eliminan de forma invariable el proceso de corte y empalme normal del intrn
que contiene la mutacin. En el captulo 11 se expone una serie de mutaciones del lugar de
corte y empalme identificadas en pacientes con b-talasemia.

Corte y empalme alternativo

Tal como se acaba de sealar, cuando los intrones son eliminados del transcrito de RNA
primario mediante el mecanismo del empalme del RNA, los exones restantes se empalman
entre s para generar el RNA maduro final. Sin embargo, en lo que se refiere a muchos genes,
el transcrito primario puede seguir mltiples vas alternativas de empalme, dando lugares a la
sntesis de numerosos mRNA relacionados pero distintos, cada uno de los cuales puede ser
traducido posteriormente para generar productos proteicos diferentes (v. fig. 3-1). Alguno de
estos eventos alternativos tiene una especificidad tisular o celular muy elevada y, en la medida
en que estos eventos estn determinados por la secuencia primaria, estn sujetos a variacin
allica entre, distintos individuos. Casi todos los genes humanos presentan un corte y
empalme alternativo en cierta medida, y se ha estimado que cada uno de los genes del
genoma humano muestra un promedio de 2 a 3 transcritos alternativos, lo que ampla de
manera importante la informacin contenida en el genoma humano, muy por encima de la
correspondiente a los 20.000 genes codificantes de protenas. La regulacin del corte y
empalme alternativos parece desempear un papel especialmente destacado durante el
desarrollo neuronal, donde puede contribuir a generar los elevados niveles de diversidad
funcional necesarios en el sistema nervioso. En concordancia con esto, la susceptibilidad a
varias enfermedades neuropsiquiatras se ha asociado a desplazamiento o a la alteracin de
patrones de corte y empalme alternativos.
Poliadenilacin

El mRNA de b-globina madura contiene cerca de 130 pb de material no traducido en la regin


3' (la 3'UTR) entre el codn de terminacin y sitio de inicio de la cola poli-A (v. fig. 3-7). Al igual
que ocurre en otros genes, la escisin del extremo 3' y la adicin de la cola poli-A estn
controladas, al menos en parte, por una secuencia AAUAAA de unos, 20 pares de bases situada
antes del sitio de poliadenilacin. Las mutaciones en esta sefial de poliadenilacin en pacientes
con p-talasemia (as como las mutaciones en la correspondiente seal de poliadenilacin en el
gen de la b-globina en pacientes con b-talasemia) documentan la importancia de esta seal
para la correcta escisin en 3' y poliadenilacin {v. cap. 11). La UTR 3' no traducida de algunos
genes puede tener hasta varias kb de longitud. Otros genes tienen varios lugares de
poliadenilacin alternativos y, si la seleccin acta en su contra, puede influir en la estabilidad
del mRNA resultante y, por tanto, en el nivel estable de cada mRNA.

Edicion del RNA y diferencias de secuencias entre el RNA y el DNA

Varios hallazgos recientes sugieren que el principio conceptual que subyace al dogma central
(que las secuencias del RNA y de las protenas reflejan la secuencia genmica subyacente) no
siempre se cumple. Se ha demostrado la edicin del RNA para modificar la secuencia de
nucletidos del mRNA en varios organismos, incluidos el ser humano. Este proceso implica la
desaminacion de la adenosina en sitios particulares, con conversin de una A en la secuencia
de DNA en una inosina en el RNA resultante que, a continuacin se lee por la maquinaria de
traduccin como una G, lo que provoca cambios en la expresin gnica y la funcin de la
protena, sobre todo en el sistema nervioso. Tambin se han descrito diferencias ms
generalizadas etre DNA y RNA que implican a otras bases (con los cambios correspondientes
en la secuencia de aminocidos codificada), a niveles que varan entre los individuos. Aunque
el (o los) siendo controvertidos, ilustran la existencia de diversos procesos capaces de
aumentar la transcripcin y la diversidad del proteoma.