You are on page 1of 7

eISSN 2234-0742

SOLDADO AMERICANO
Informar a la genmica 2015; 13 (4): 112-118
Genmica e informtica http://dx.doi.org/10.5808/GI.2015.13.4.112

ARTCULO DE REVISIN

Los intrones: los beneficios funcionales de los intrones en el genoma

Bong-Seok Jo, Sun calza Choi *

Departamento de Biotecnologa Mdica, Facultad de Ciencias Biomdicas y el Instituto de Biociencia y Biotecnologa,


Universidad Nacional de Kangwon, Chuncheon 24341, Corea

El intrn ha sido un misterio biolgico grande desde que fue descubierto por primera vez en varios aspectos. En primer lugar, todos los eucariotas secuenciados completamente
albergan intrones en la estructura genmica, mientras que no hay procariotas identificados hasta ahora llevan intrones. En segundo lugar, la cantidad de intrones totales vara en
diferentes especies. En tercer lugar, la longitud y el nmero de intrones varan en los diferentes genes, incluso dentro del mismo genoma especies. En cuarto lugar, todos los
intrones se copian en los ARN por transcripcin y los ADN por los procesos de replicacin, pero secuencias de intrones no participan en las secuencias codificantes de protenas.
La existencia de intrones en el genoma debe ser una carga para algunas clulas, ya que las clulas tienen que consumir una gran cantidad de energa para copiar y les extirpan
exactamente en la posicin correcta con la ayuda de maquinarias spliceosomal complicados. La existencia en toda la larga historia evolutiva se explica, slo si se supone
ventajas selectivas de intrones que llevan que debe darse a las clulas para superar el efecto negativo de los intrones. En ese sentido, se resumen las investigaciones anteriores
sobre los papeles o los beneficios de intrones funcionales. Adems, varios otros estudios que sugieren fuertemente que los intrones no deben ser no deseado ser introducido.

palabras clave: primer intrn, los roles funcionales de intrones, intrones, ventaja selectiva

el tamao de los intrones vara grandemente hasta varias veces, lo que implica que los

Introduccin intrones pueden tener papeles en la determinacin de especies especficas

caractersticas y complejidades [8].

Todos los genomas eucariotas llevan intrones como partes de algunas Los intrones ciertamente imponen una enorme carga energtica a la celda,

estructuras de genes y los intrones deben ser eliminados por una maquinaria teniendo en cuenta que la densidad de intrones (es decir, las regiones gnicas que

molecular complejo llamado el spliceosome que comprende cinco ARNsn y ms consumen grandes cantidades de energa para nada en trminos de la sntesis de

de 150 protenas [1,2]. Aunque el debate sobre el origen de los intrones, es decir, protenas) es mayor que la de los exones en los genomas. Las razones por las que

el intrn-temprana versus hiptesis de intrn-tarde, todava no se ha completado, los intrones propagan en algunos genomas eucariotas, independientemente de esta

es obvio que la mayora de los intrones spliceosomal han sido adquirida tras desventaja energtica han sido cuestiones an no se ha explicado. Segn Lynch

procariota-eucariota divergencia [35], y hay ha habido spliceosomal intrones se [9], intrones son slo ADNs egostas que invaden genes codificantes de protenas

encuentran en procariotas linajes hasta el momento. El intrn ha sido todava se en genomas eucariotas, y los intrones deletreos pueden ser sostenidos debido a

propaga en algunos linajes eucariotas [6], mientras que otros linajes han graves cuellos de botella de poblacin. Muchos estudios han discutido ventajas

experimentado grandes prdidas de intrones durante la historia evolutiva vida [2]. selectivas que los intrones traer a la clula en eucariotas, lo que contribuye a la

Primates tienen una mayor densidad de secuencias intrnicas que los eucariotas superacin de la desventaja energtica [2,10-20]. Sin embargo, los resultados

primitivos que divergieron antes en la historia de vida eucariotas, tales como derivados de los diferentes estudios son todava controvertida hasta la fecha [13,

levaduras, Drosophila y 21-25].

Caenorhabditis elegans. Las secuencias de intrones constituyen aproximadamente Recientes estudios multi-micas utilizando un gran escala del genoma, transcriptoma y

el 25% del genoma humano, que es 4 ~ 5 veces el tamao de los exones [7]. Se ha datos epigenoma producidos mediante tcnicas de secuenciacin masiva en paralelo o

observado que el nmero de genes vara poco entre estas especies eucariotas tcnicas de secuenciacin de prxima generacin proporcionan una oportunidad para que

que van de menos de 2 veces a partir de 14.000 genes a 25.000 genes, mientras podamos investigar nuevos territorios en los genomas y dar lugar a ideas novedosas

funcionales

Recibido el 30 de octubre de, 2015; Revisado 14 de diciembre 2015; Aceptado 21 de diciembre 2015

* Autor correspondiente: Tel: + 82-33-250-6487, Fax: + 82-33-241-6480, E-mail: schoi@kangwon.ac.kr Copyright 2015 por la

Organizacin del Genoma Corea


CC Es idntica a la licencia Creative Commons Reconocimiento No comercial (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/).
Genmica y Informtica Vol. 13, No. 4, 2015

en los ADN no codificantes, regiones intergnicas y intrones. En la presente revisin, resultados


primero introducimos algunos estudios que muestran cules son las caractersticas
funciones directas de intrones
moleculares de los intrones no pueden ser explicados por un simple proceso de

mutacin al azar que los ADN verdadera basura pueden haber sufrido. Regulacin del splicing alternativo

Posteriormente, se resumen las caractersticas funcionales de los intrones que han Los intrones son cruciales porque el repertorio de protenas o variedad es
sido estudiados proporcionar pistas sobre el significado adaptativo de los intrones en mucho mayor por corte y empalme alternativo en el que los intrones llevan papeles
genomas. Dividimos los papeles funcionales de los intrones en dos categoras en parte importantes. Splicing alternativo es un mecanismo molecular controlada la
diferentes, es decir, funciones directas y roles indirectos en la Tabla 1 [15,26-46], y produccin de mltiples protenas variantes de un solo gen en una clula eucariota.
demostramos los detalles en la seccin Resultados. Uno de los ejemplos notables de la creciente repertorio de protenas por corte y
empalme alternativo es el gen Drosophila Dscam, de los cuales ms de 38.000
isoformas potencialmente pueden ser producidos por corte y empalme alternativo.
Es problemtico, sin embargo, que la 'funcin' de los genes en la biologa Pan et al. [ 27] han proporcionado evidencia experimental que sugiere que
molecular general se ha limitado en el concepto de "funcin de la protena. En fecha aproximadamente el 95% de los genes multiexon en el genoma humano puede
tan reciente intensamente debatido, 'funcin biolgica' debe extenderse a la someterse a corte y empalme alternativo. Adems, intrones muy cortos se
regulacin de la expresin de cis- elementos situados en las regiones exteriores de seleccionan contra porque se requiere una longitud mnima de intrn para la
las partes codificantes de protenas en los genes [47] actuacin, y que es lo que reaccin de empalme [28].
queremos decir en la discusin de la funcin intrn.

Se ha observado que la longitud de conservaciones en flanqueante intrones de


exones conservados alternativos, es decir, exones que son alternativa en varias
especies, es mayor que la longitud de conservaciones en flanqueante intrones de
exones conservados constitutivos, es decir, exones que son constitutivos en varios

Tabla 1. Resumen de las funciones directas e indirectas intrn especies [26], lo que sugiere que los intrones llevan cis- elementos que regulan
splicing alternativo de actuar. De hecho, cortas que actan en cis motivos que son
Descripcin Referencia
necesarios para la unin de factores de empalme se han reconocido y nombrado
funciones directas
empalme silenciadores intrnicas y potenciadores intronic empalme.
Las secuencias de intrones regulan splicing alternativo [26]
[27]
[28]
Las secuencias de intrones potencian la expresin gnica [15] regulacin positiva de la expresin gnica

[29] La expresin efecto de intrones mejora fue reconocido por primera vez en el
[30] experimento usando virus de simio 40 construcciones con o sin intrones,
secuencias de intrones de control de transporte de [31] mostrando que sus productos proteicos se disminuyeron de manera significativa
ARNm o ensamblaje de la cromatina
sin sus intrones [15]. Posteriormente, Buchman y Berg [48] mostr que, en una
[32]
determinada condicin, construye con intrones se expresaron hasta 400 veces
[33]
Intrones en el 5 ' y 3 ' UTR afecta decaimiento [34] mayor que los constructos sin intrones, lo que sugiere que los intrones pueden
absurdo mediada mejorar fuertemente la expresin gnica. De hecho, algunos intrones estn
[35] diseados para ser incluido para construir vectores de expresin para garantizar
[36]
un mayor nivel de expresin [49]. A gran escala anlisis realizado en la levadura
papeles indirectos
tambin confirm que los genes con intrones tienden a tener un mayor nivel de
posicin ordinal diferente de los intrones en el gen puede [37]
expresin gnica en comparacin con genes sin intrones [50]. Una observacin
tener un papel funcional diferente
[38] similar se hizo en los mamferos, as como [51].
[39]
Los intrones Materias de la longitud en la eficiencia de la seleccin [40]
natural

[41]
Clsicamente, potenciadores median cualquier direccin de expresin, arriba y
Los intrones pueden proporcionar una fuente de nuevos genes [42]
abajo-regulacin de los genes, e implican tanto el control espacial y temporal de la
SNPs rasgo asociado se enriquecen en intrones [43]
Los intrones albergan varios tipos de genes de ARN no [44] expresin gnica en una clula especfica independiente de la localizacin genmica
codificantes funcionales [52]. Por el contrario, los potenciadores intrn mediada (IME) identificados
[45] principalmente en la planta actan generalmente en la mejora de la expresin de genes
[46]
y se encuentran principalmente en la primera posicin intrn ordinaria dentro de

UTR, regin no traducida; SNP, el polimorfismo de un solo nucletido.

www.genominfo.org 113
BS y SS Jo Choi. Los Benifits funcionales de intrones

un gen. De hecho, en experimentos realizados en Arabidopsis, arroz, e incluso situado en el citoplasma [31].
mamferos, el nivel de expresin de un gen con IME se increment hasta 100 Hay algunos estudios que sugieren que los intrones pueden tener un papel en el

veces [29]. localizacin genmica y la distancia desde el sitio de inicio de ensamblaje de la cromatina tambin. mapeo reciente en todo el genoma anlisis de las

transcripcin pueden influir en la actividad IME a diferencia del modo de posiciones de nucleosoma han demostrado que los nucleosomas estn relativamente

regulacin de la expresin realizado por los potenciadores clsicos [53]. agotan en regiones de intrones en comparacin con exonic regiones [32, 33]. Schwartz et

al. [ 32] han sugerido que los elementos de secuencia de extremos de intrones pueden

procesos de iniciacin de la transcripcin y de terminacin son procesos celulares ser responsables de agotamiento nucleosoma en intrones empujando los nucleosomas

que involucran intrones, as, que necesitan algunos elementos de la secuencia en los distancia hacia exones.

intrones para ser completado correctamente. Por ejemplo, algunos estudios mostraron

que los elementos de secuencia especficos en intrones, tales como potenciadores y


papeles indirectos de intrones
silenciadores, regulan iniciacin de la transcripcin a travs de la modulacin de la

funcin de los promotores de genes [30, 54]. posicin ordinal diferente de los intrones dentro del gen tiene un papel funcional

diferente

Regulacin de decaimiento absurdo mediada El primer intrn entre todos los intrones dentro de un gen ha sido particularmente

decaimiento absurdo mediada (NMD) fue originalmente conocido como un un foco de investigacin. El primer intrn es el ms largo entre todos los otros intrones

mecanismo de vigilancia en eucariotas que elimina selectivamente mRNAs que aguas abajo dentro de un gen en la mayora de especies, incluyendo plantas y

contienen codones de terminacin prematuros generados errneamente (PTCs). Sin animales [38]. Adems, motivos de unin a cierto factor de transcripcin se enriquecen

embargo, varios estudios recientes han sugerido que la NMD puede ser otro en la primera intrones [61]. Diferentes partes de genes tienen diferentes tamaos

mecanismo normal de la regulacin de la expresin del gen post-transcripcional [34, medios de intrones, por ejemplo, el tamao de los intrones en el 5' UTRs son dos

35, 55]. Consistentemente, un estudio reciente ha demostrado que los niveles de la veces tan grande como intrones en las regiones de codificacin [62]. En Drosophila,

expresin de genes importantes para el desarrollo de las plantas estn regulados intrones largos evolucionan ms lentamente que los ms cortos y la primera intrones

por NMD [36]. La cuestin es cmo NMD reconoce las transcripciones PTC-que son los ms largos en comparacin con otros intrones [37,63]. En Tetrahymena, los

contienen, es decir, lo que las caractersticas moleculares de las transcripciones intrones situados ms cerca del extremo 5' de los genes son ms conservadas de

objetivo NMD son. Generalmente, NMD reconoce la transcripcin en la que un intrones aguas abajo. Nuestro equipo tambin demostr en un estudio anterior que la

complejo de unin exn-exn (EJC) reside ms de 50 ~ 55 pares de bases aguas primera intrones son los ms largos y el ms conservado [39] en comparacin con

abajo de una terminacin autntico codn como las transcripciones prematuros, es otros intrones aguas abajo. Adems, demostramos que marcas de histona activos,

decir, su ARNm diana, lo que implica que los intrones de alguna manera tales como H3K4me1, y H3K4me3, se enriquecen de manera significativa en los

desempean un papel en el reconocimiento de los objetivos prematuros ARNm. primeros intrones, y el tamao del primer intrn de un gen se hace ms grande como

Kalyna et al. [ 36] han demostrado que los intrones situados en 5' o 3' regiones no el nmero de exones que lleva gen aumenta. Adems, demostramos en el mismo

traducidas (UTRs) juegan un papel importante en el control de NMDsensitivity de papel que las proporciones de marcas de histona reguladoras estn asociadas

transcripciones. positivamente con los niveles de expresin de genes en 12 tejidos humanos normales,

incluyendo rin, corazn, hgado, y ovario [39].

Los intrones pueden estar asociados con el transporte de ARNm o ensamblaje de la

cromatina

Se ha informado de que las transcripciones empalmados se exportan Adems, una sustitucin del segundo intrn con otros intrones en el gen de la
ms rpido desde el ncleo al citoplasma que sus contrapartes no beta-globina en humanos condujo a una reduccin de la eficacia de la formacin
empalmados [56,57] que indica la asociacin entre los mecanismos de del extremo 3 '[64]. Los intrones, en particular los primeros intrones, tienen
empalme y exportacin nuclear, aunque hay algunos estudios papeles importantes en la correcta localizacin citoplsmica de algunos ARNm,
contradictorios [58,59]. De hecho, era conocido UTRs ser regulada por el incluyendo la Drosophila Oskar gen y el ARNm de exportacin [60,65] as como en
complejo de la exportacin de la transcripcin y las protenas serina / ricos la regulacin transcripcional y traduccional [61,66,67].
en arginina (SR), mientras que el transporte de los transcritos que carecen
de intrones en su 5' transporte nuclear al citoplasma de los transcritos que Tomados en conjunto, los primeros intrones entre todos los intrones dentro de los genes

contienen intrones en sus 5' UTRs estaba regulado por las secuencias tienen caractersticas funcionales especiales, lo que indica que la existencia de intrones dentro

seal localizadas en los marcos de lectura abierta (ORFs) de esos genes de los genes es muy poco probable que sea el producto de un proceso aleatorio.

[60].
Los intrones Materias de la longitud en la eficiencia de la seleccin natural

De acuerdo con Comeron et al. [ 41], largo intrones son favorecidas debido a
que aumentan la eficiencia de la seleccin natural por la liberacin de La
interferencia Hill-Robertson (HR). el HR

114 www.genominfo.org
Genmica y Informtica Vol. 13, No. 4, 2015

interferencia fue bsicamente describe como ligamiento gentico entre dos participantes identificar los SNPs que son significativamente ms enriquecido en

sitios bajo seleccin en poblaciones finitas, lo que lleva a la disminucin de grupos de casos que los grupos de control. Si un alelo es significativamente ms

la eficacia de la seleccin natural [41]. El modelo de interferencia HR frecuente en los grupos de casos, se dice que el alelo a ser un alelo asociado a la

predice que la eficiencia de seleccin debe ser diferente entre los genes enfermedad, o un SNP rasgo-asociado (TAS). En teora, TASS se considera que

que difieren en las estructuras de exn-intrn, por lo que los genes con reside cerca de los sitios de mutaciones reales que causan enfermedades en los

intrones ms largos deben estar bajo ms dbil interferencia HR mediante genomas. Curiosamente, la mayor parte de la TASS detectada por Nierba se han

el aumento de la recombinacin entre dos sitios en dos exones vecinos. En mapeado a regiones intrn en lugar de los sitios exonic o nonsysnonymous (Fig. 1A)

otras palabras, los intrones pueden tener un papel en la relajacin de la [43,68]. La significacin estadstica de este hallazgo fue demostrado por una

interferencia HR intragenic entre los sitios bajo la influencia de la seleccin comparacin de la proporcin de SNPs intrnicas mapeadas por todos los SNPs

natural en poblaciones finitas. La recombinacin da la oportunidad para obtenidos a partir de 'v dbSNP 142' despus de restar el TASS (es decir, todos los

que dos se producen independientemente alelos favorables en loci ligados SNPs menos TASS) y la proporcin de intrnica TASS (p < 0,01) (Fig. 1B). La

a ser situados juntos y por lo tanto mejora la eficiencia de la seleccin investigacin de la implicacin funcional de estos intrn-TASS ser, pues, un

natural [40], importante tema de investigacin en el futuro.

Los intrones albergan varios tipos de genes de ARN no codificantes funcionales

Los intrones pueden proporcionar una fuente de nuevos genes Estudios recientes basados en tcnicas de secuenciacin masivamente paralelos

Recientemente, Carvunis et al. [ 42] sugiere una hiptesis muy interesante han contribuido a la identificacin de diversos tipos de ARN no codificantes (ncRNAs)

acerca de cmo los genes novela surgir de los ORF traducidos no funcionales, en los genomas, incluyendo miRNAs, siRNAs, ARNs Piwi-interactuando (piRNAs),

llamados proto-genes, mostrando que cientos de corto ORFs de proto-genes largo RNAs no codificantes (lncRNAs), y pequeos ARN nucleolar (snoRNAs), y que

localizados en las secuencias no gnica en realidad estaban traducidos y podran son conocidos por ser preferentemente situada en las regiones de intrones dentro de

proporcionar potencial de adaptacin a clulas en diferentes ambientes fisiolgicos los genes [46]. Por ejemplo, aproximadamente la mitad de los miRNAs en el genoma

en filogenia Ascomycota, incluyendo Saccharomyces cerevisiae. De acuerdo con su humano se encuentran en los intrones, y por lo general son co-expres con sus

modelo, las cortas ORFs pueden evolucionar en genes funcionales reales a travs genes del husped regulados por los promotores de genes de acogida [44]. Al igual

de una especie de proceso de evolucin continua. En ese sentido, las regiones de que en los miARN, algunos snoRNAs residen en intrones, y tambin estn regulados

intrones no codificantes largas en eucariotas superiores puede ser un buen por la transcripcin de acogida y mecanismos de empalme [45]. Otro ncRNAs,

depsito de ORFs cortos y no funcionales. incluyendo lncRNAs y siRNAs, tambin se encuentran en las regiones de intrones,

aunque la proporcin de lncRNAs y siRNAs en intrones es menor que la de miRNAs

y snoRNAs en intrones [2,46]. Los intrones son degradados clsicamente despus de

polimorfismos de nucletido nico rasgo asociado se enriquecen en intrones la finalizacin del corte y empalme; sin embargo, estos genes ncRNA incrustados en

las regiones de intrones se producen despus de la retirada intrn [2,46]. Adems,

Genoma en todo el estudio de asociacin (GWAS) ha sido un mtodo popular para pueden sobrevivir ms tiempo que los genes del husped intrnicas [2]. Teniendo en

identificar rasgos asociados variantes genticas denominados polimorfismos de nucletido cuenta que la

nico (SNPs). Nierba comparar las frecuencias de los alelos de los grupos de casos (es

decir, grupos de enfermedades) y los grupos de control (es decir, grupos de la normal) de

estudio

Figura 1. Clasificacin de los polimorfismos de rasgo


asociada de nucletido nico (TASS) a travs de
regiones gnica. (A) Un grfico de sectores que
muestra la proporcin de cada tipo de variante gentica
obtenida de GWASdb [68]; nearGene-3, SNPs a
menos de 500 bps desde 3 ' aguas abajo de una
transcripcin; nearGene-5, SNPs dentro de

2.000 bps de 5 ' aguas arriba de una transcripcin. (B)


Las proporciones de intrnica TASS y todos los
SNPs intrnicas despus restando TASS se
compararon. los '-'
en ' todos los SNPs - TASS ' medio ' sustraccin de '. La
significacin estadstica se analiz mediante la prueba de
chi-cuadrado.

www.genominfo.org 115
BS y SS Jo Choi. Los Benifits funcionales de intrones

ncRNAs situado en intrones se co-expres y se co-regulados con sus genes del husped referencias
por parte de los promotores y los mecanismos de corte y empalme de genes del husped,

que se considera que estn implicados en la auto-regulacin de la expresin de genes de 1. Wahl MC, Will CL, Luhrmann R. El spliceosoma: principios de diseo de una
mquina RNP dinmico. Celda 2009; 136: 701-718.
acogida [46].
2. Chorev M, Carmel L. La funcin de los intrones. frente Genet
2012; 3: 55.
Discusin 3. Koonin EV. El origen de los intrones y su papel en la eucariognesis: una solucin de
compromiso a los intrones y principios debate entre los intrones-tarde? Biol directa 2006;
La existencia de intrones en el genoma es un misterio real, dado el costo de 1: 22.
energa caro para una clula a pagar por la copia de toda la longitud de varios 4. Martin W, Koonin EV. Los intrones y el origen de compartimentacin

intrones en un gen y la escisin de ellos en la posicin exacta, controlada por ncleo-citosol. Naturaleza 2006; 440: 41-45.
5. Koonin EV. genomas de los primeros ancestros de los eucariotas intrn-dominado. J
grandes complejos de ARN y protenas despus de la transcripcin. Sin embargo,
Hered 2009; 100: 618-623.
la mayora completamente genomas de clulas eucariotas hasta ahora llevan
6. Rogozin IB, Wolf YI, Sorokin AV, Mirkin BG, Koonin EV. interkingdom
intrones en sus genomas [69,70], y algunos estudios incluso mostraron que los
conservacin notable de las posiciones de intrones y masiva, prdida intrn
intrones se haban propagado durante la evolucin linaje eucariota [3,9,71-73]. El
especficos de linaje y el aumento en la evolucin eucariota. Curr Biol 2003; 13:
origen de spliceosomal intrones en el linaje eucariota se ha intentado para ser 1512-17.
explicada por la invasin masiva de intrones del grupo II libre de empalme desde 7. Sakharkar MK, Chow VT, Kangueane P. Las distribuciones de los exones e
las bacterias hasta los eucariotas [3,5]. Es muy difcil entender cmo y por qu los intrones en el genoma humano. En Silico Biol 2004; 4: 387-393.

intrones se propagan en linajes eucariotas y lo que el efecto beneficioso de los


8. Lynch M. Los orgenes del Genoma arquitectura. Sunderland:
intrones sobre la supervivencia celular es.
Sinauer Associates, 2007.
9. evolucin Lynch M. Intrn como un proceso poblacin-gentica.
Proc Natl Acad Sci EE.UU. 2002; 99: 6118-6123.
Revisamos aqu roles funcionales putativos de intrones en diversos procesos
10. CC Blake. Los genes-en-pedazos implican protenas-en-pedazos?
celulares, tales como el empalme, el transporte del ARNm, NMD, y la regulacin de Naturaleza 1978; 273: 267.

la expresin. Adems, los intrones pueden dar algunas ventajas como un 11. Blake C. Los exones: presente desde el principio? Naturaleza 1983;

amortiguador mutacional en genomas eucariotas que protegen las secuencias de 306: 535-537.

codificacin se vea afectado por ocurren al azar mutaciones deletreas. Los 12. CC Blake. Exones y la evolucin de las protenas. Int Rev Cytol
1985; 93: 149-185.
intrones ocupan alrededor del 40% de media de la longitud total de los genes, lo
13. Gilbert W. Por qu genes en pedazos? Naturaleza 1978; 271: 501.
que significa que las mutaciones que ocurren ms al azar caern en regiones de
14. Gilbert W. Genes-en-pedazos revisitados. Ciencia 1985; 228: 823-824.
intrones, y no afectar a las secuencias de protenas y funciones. Sin embargo, no
15. Gruss P, Lai CJ, Dhar R, Khoury G. empalme como un requisito para la biognesis de
est claro qu tan extenso y fuertemente este efecto amortiguador de las regiones ARNm 16S funcionales de virus de simio 40. Proc Natl Acad Sci EE.UU. 1979; 76:
de intrones podra tener ventajas evolutivas para la retencin intrn contra la 4.317 a 4.321.

presin de la eliminacin de cargas celulares. 16. Cavaller-Smith T. La evolucin del tamao del genoma. Chichester:
John Wiley & Sons Ltd., 1985.
17. Doolittle RF. La genealoga de algunas protenas de vertebrados han evolucionado

recientemente. Trends Biochem Sci 1985; 10: 233-237.


Tomados en conjunto, los intrones no son claramente no deseado, y proporcionan
insercin de barajado y el intrn 18. Rogers J. exn en genes de proteasa de serina. Naturaleza
ventajas selectivas a las clulas para ser evolutivamente conservado, sin embargo,
1985; 315: 458-459.
tiene altos costos energticos. Las nuevas tcnicas de biologa molecular avanzada
19. Sudhof TC, Goldstein JL, Brown MS, Russell DW. El gen del receptor de LDL: un
conducirn a los territorios funcionales de los intrones en una escala ms detallada mosaico de exones compartidos con diferentes protenas.
en un futuro prximo. Ciencia 1985; 228: 815-822.
20. Cech TR, Bass BL. catlisis Biolgica por ARN. Annu Rev
Biochem 1986; 55: 599-629.
21. Li W, Graur D. Fundamentos de la evolucin molecular. Sunderland:
Expresiones de gratitud
Sinauer Associates, 1991.
22. Wen-Hsiung L. Evolucin Molecular. Sunderland: Sinauer
Esta investigacin fue apoyada por el Programa Bsico de Investigacin de la
Associates Inc., 1997.
Ciencia a travs de la Fundacin Nacional de Investigacin de Corea (NRF), 23. Jareborg N, Birney E, Anlisis comparativo Durbin R. de regiones no codificantes
financiado por el Ministerio de Educacin, Ciencia y Tecnologa de 77 de ratn y humano de genes pares ortlogos. Genome Res 1999; 9:
(NRF-2014R1A1A4A01003793). 815-824.
24. Shabalina SA, Kondrashov AS. Patrn de restriccin selectiva en C. elegans y C.
briggsae genomas. Genet Res 1999; 74: 23-30.
25. Bergman CM, Kreitman M. Anlisis de ADN no codificante conservado en Drosophila
revela limitaciones similares en intergnica y

116 www.genominfo.org
Genmica y Informtica Vol. 13, No. 4, 2015

secuencias intrnicas. Genome Res 2001; 11: 1335-45. 44. Baskerville S, Bartel DP. Microarrays de perfiles de microARN revela coexpresin
26. Sorec R, secuencias Ast G. intrnicas que flanquean los exones empalmados frecuente con miRNAs vecinos y los genes del hospedador. ARN 2005; 11:
alternativamente se conservan entre humanos y de ratn. 241-247.
Genome Res 2003; 13: 1631-37. 45. Dieci G, Preti M, Montanini B. Eukaryotic snoRNAs: un paradigma para la flexibilidad
27. Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ. topografa profundo de complejidad corte y de la expresin gnica. genmica 2009; 94: 83-88.
empalme alternativo en el transcriptoma humano mediante secuenciacin de alto 46. Rearick D, Prakash A, McSweeny A, Shepard SS, Fedorova L, Fedorov A.
rendimiento. Nat Genet 2008; 40: 1413-15. asociacin crtica de ncRNA con intrones. Nucleic Acids Res 2011; 39:
28. Roy M, Kim N, Xing Y, Lee C. El efecto de la longitud del intrn en ratios de creacin 2357-2366.
de exn durante la evolucin de los genomas de mamferos. ARN 2008; 14: 47. Proyecto ENCODE Consorcio. Una enciclopedia integrada de elementos de ADN en
2261-2273. el genoma humano. Naturaleza 2012; 489: 57-74.
29. Callis J, Fromm M, Walbot V. Los intrones expresin aumento de genes en clulas de maz 48. Buchman AR, Berg P. Comparacin de la expresin gnica intrn-dependiente y el
cultivadas. genes Dev 1987; 1: 1183-1200. intrn-independiente. Biol Cell Mol 1988; 8: 4395-
30. Beaulieu E, Green L, Elsby L, Alourfi Z, Morand EF, Ray DW, 4405.
et al. Identificacin de un nuevo potenciador intrnica tipo de clulas especficas 49. Clark AJ, Archibald AL, McClenaghan M, Simons JP, Wallace
de macrfagos factor inhibidor de la migracin (MIF) y su regulacin por R, Whitelaw CB. Aumentar la eficacia de la expresin del transgen. Philos
mitramicina. Clin Exp Immunol 2011; 163: 178-188. Trans R Soc Lond B Biol Sci 1993; 339: 225-232.
50. Juneau K, Miranda M, Hillenmeyer ME, Nislow C, Davis RW. Los intrones regulan ARN
31. Valencia P, Dias AP, Reed R. Splicing promueve la exportacin de ARNm rpida y eficaz y protenas abundancia en la levadura. Gentica
en clulas de mamfero. Proc Natl Acad Sci EE.UU. 2008; 105: 3386 a 3.391. 2006; 174: 511-518.
51. Shabalina SA, Ogurtsov AY, Spiridonov AN, Novichkov PS, Spiridonov NA,
32. Schwartz S, Meshorer E, la organizacin de la cromatina Ast G. marca Koonin EV. patrones distintos de expresin y evolucin de los intrones y los
exn-intrn estructura. Nat Struct Mol Biol 2009; 16: 990-995. genes de mamferos que contienen intrones. Mol Biol Evol 2010; 27: 1745-49.

33. Spies N, Nielsen CB, Padgett RA, Burge CB. firmas cromatina sesgadas alrededor 52. Oswald A, Oates AC. Control de la expresin de genes endgenos de temporizacin por

de los sitios de poliadenilacin y exones. Cell mol intrones. Biol genoma 2011; 12: 107.

2009; 36: 245-254. 53. Parra G, Bradnam K, Rose AB, Korf I. comparativo y anlisis funcional de
34. Lewis BP, Verde RE, Brenner SE. Evidencia para el acoplamiento generalizada de corte y seales de mejora intrn mediada revela caractersticas conservadas entre las
empalme alternativo y descomposicin de ARNm mediada por el antisentido en los seres plantas. Nucleic Acids Res
humanos. Proc Natl Acad Sci EE.UU. 2003; 100: 189-192. 2011; 39: 5328-5337.
54. Tourmente S, Chapel S, Drau D, Drake ME, Bruhat A, Couderc JL, et al. Los
35. Hillman RT, verde RE, Brenner SE. Un papel no apreciado para la vigilancia de elementos potenciadores y silenciadores dentro del primer intrn median la
ARN. Biol genoma 2004; 5: R8. regulacin de la transcripcin del gen de tubulina beta 3 por 20-hidroxiecdisona
36. Kalyna M, Simpson CG, Syed NH, Lewandowska D, Marquez en Drosophila clulas Kc.
Y, Kusenda B, et al. El empalme alternativo y de expresin modulan la Insecto Biochem Mol Biol 1993; 23: 137-143.
55. Verde RE, Lewis BP, Hillman RT, Blanchette M, Lareau LF, Garnett AT, et al. predicho
descomposicin mediada por el antisentido de genes reguladores importantes en Arabidopsis.
Nucleic Acids Res 2012; 40: 2454-2469. absurdo mediada por mRNA decadencia generalizada de transcritos empalmados
alternativamente-de genes normales y de enfermedad humanos. bioinformtica 2003;
37. Marais G, Nouvellet P, Keightley PD, Charlesworth B. tamao y la evolucin exn 19 Suppl 1: I118-I121.
en el intrn Drosophila. Gentica 2005; 170: 481-485.
56. Ryu WS, Mertz JE. virus Simian 40 transcripciones finales de los que carecen de secuencias que

38. Bradnam KR, Korf I. Longer primeros intrones son una propiedad general de la estructura intervienen sujetos a impuestos especiales son defectuosos tanto en la estabilidad en el ncleo y

del gen eucariota. Ms uno 2008; 3: e3093. el transporte al citoplasma. J Virol 1989; 63: 4.386-4.394.

39. Parque SG, Hannenhalli S, Choi SS. Conservacin en primera intrones se asocia
positivamente con el nmero de exones dentro de los genes y la presencia de 57. Luo MJ, Reed R. El empalme se requiere para la exportacin de ARNm rpida y
seales de epigenticos de regulacin. BMC Genomics 2014; 15: 526. eficiente en metazoos. Proc Natl Acad Sci EE.UU. 1999; 96: 14.937-14.942.

40. Otto SP, Barton NH. La evolucin de la recombinacin: la eliminacin de los lmites de 58. Rodrigues JP, Rode M, Gatfield D, Blencowe BJ, CarmoFonseca M, las
la seleccin natural. Gentica 1997; 147: 879-906. protenas Izaurralde E. REF median la exportacin de mRNAs empalmados y
41. Comeron JM, Williford A, Kliman RM. El efecto de Hill-Robertson: consecuencias unspliced del ncleo. Proc Natl Acad Sci EE.UU. 2001; 98: 1030-1035.
evolutivas de la dbil seleccin y vinculacin en poblaciones finitas. La herencia
(Edinb) 2008; 100: 19-31. 59. Nott A, Meislin SH, Moore MJ. Un anlisis cuantitativo de los efectos intrn sobre
42. Carvunis AR, Rolland T, Wapinski I, Calderwood MA, Yildirim MA, Simonis N, et la expresin gnica de mamfero. ARN 2003; 9: 607-617.
al. Proto-genes y de nacimiento gen novo.
Naturaleza 2012; 487: 370-374. 60. Palazzo AF, Springer M, Shibata Y, Lee CS, Dias AP, Rapoport TA. La regin de la

43. Welter D, MacArthur J, Morales J, Burdett T, Hall P, Junkins H, secuencia de codificacin de la seal promueve la exportacin nuclear de ARNm. PLoS

et al. El catlogo de GWAS del NHGRI, un recurso curada de asociaciones Biol 2007; 5: E322.
SNP-rasgo. Nucleic Acids Res 2014; 42: D1001-D1006. 61. Majewski J, Ott J. Distribucin y caracterizacin de regu-

www.genominfo.org 117
BS y SS Jo Choi. Los Benifits funcionales de intrones

elementos miento de reglamentacin en el genoma humano. Genome Res 2002; 12: 1827-36. 67. Un Furger, O'Sullivan JM, Binnie A, Lee BA, Proudfoot NJ. Promotor sitios de
empalme proximales potenciar la transcripcin. genes Dev 2002; 16: 2792-2799.
62. Hong X, Scofield DG, tamao Lynch M. Intron, abundancia y distribucin dentro de
las regiones no traducidas de los genes. Mol Biol Evol 2006; 23: 2392-2404. 68. Li MJ, Wang P, Liu X, Lim EL, Wang Z, Yeager H, et al.
GWASdb: una base de datos para las variantes genticos humanos identificados por los estudios

63. Haddrill PR, Charlesworth B, Halligan DL, Andolfatto P. Los patrones de evolucin de asociacin de todo el genoma. Nucleic Acids Res 2012; 40: D1047-D1054.

de secuencias de intrones en Drosophila dependen de longitud y contenido de


GC. Biol genoma 2005; 6: R67. 69. JD Hawkins. Una encuesta sobre el intrn y exn longitudes. cidos nucleicos

64. Antoniou M, Geraghty F, Hurst J, Grosveld F. Eficiente formacin extremo 3 'del mRNA Res 1988; 16: 9.893-9908.
de beta-globina humana en vivo requiere secuencias dentro de la ltima intrn pero 70. Deutsch M, estructuras largas M. exn-intrn de organismos modelo eucariotas. Nucleic
ocurre independientemente de la reaccin de empalme. Nucleic Acids Res 1998; 26: Acids Res 1999; 27: 3219 a 3228.
721-729. 71. Simpson AG, MacQuarrie EK, Roger AJ. eucariotas evolucin: origen a principios de los

65. Hachet O, Ephrussi A. empalme de Oskar ARN en el ncleo est acoplado a su intrones cannicas. Naturaleza 2002; 419: 270.

localizacin citoplasmtica. Naturaleza 2004; 428: 959-963. 72. Mourier T, Jeffares DC. intrn prdida eucariota. Ciencia
66. Matsumoto K, Wassarman KM, Wolffe AP. historia Nuclear de un pre-ARNm 2003; 300: 1393.
determina la actividad de traduccin de ARNm citoplsmico. EMBO J 1998; 17: 73. Jeffares DC, Mourier T, Penny D. La biologa de intrn ganancia y la prdida. Trends
2107-2121. Genet 2006; 22: 16-22.

118 www.genominfo.org