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TALLER DE ENZIMAS

1-Definicin de enzima, caractersticas de las enzimas en una reaccin


qumica
Una enzima es una protena que cataliza las reacciones bioqumicas del
metabolismo. Las enzimas actan sobre las molculas conocidas como sustratos
y permiten el desarrollo de los diversos procesos celulares.
Es importante determinar adems de todo lo expuesto que las enzimas se
caracterizan por contar con una serie de seas de identidad propias que las
determinan en todos y cada uno de sus aspectos. En este sentido podemos
exponer, por ejemplo, que poseen la capacidad para contar con unos tamaos
muy diferentes de tal modo que hay desde las que tienen 2.500 aminocidos hasta
las que, sin embargo, rondan los 50.
Y adems poseen elementos fundamentales para su funcionamiento tales como el
centro activo o la cadena de aminocidos, entre otros muchos ms.
1.Naturaleza proteica
Las protenas estn formadas por numerosos aminocidos, que se agrupan a
travs de uniones peptdicas, formando largas cadenas. Esas cadenas suelen
formar espirales, enrollamientos y plegamientos.
Es por ello que las enzimas adoptan una estructura caracterstica que es muy
importante a la hora de ejercer su funcin cataltica. En general las enzimas son
protenas globulares
2.Especificidad
Las enzimas en general tienen una alta especificidad de sustrato, lo que significa
que pueden reconocer al compuesto qumico que deben procesar y anclarlo en
lo que se conoce como sitio activo. El sustrato encaja en dicho sitio activo, tal
como una llave encaja en el diseo de una cerradura. A veces, compuestos muy
parecidos entre s pueden insertarse en el mismo sitio activo, a esto se le llama
inhibicin competitiva de una reaccin.
3.Diferente localizacin
Si consideramos la estructura de la clula, algunas enzimas se localizan en el
citosol, otras en las membranas plasmticas, otras en ciertas organelas (ejemplo:
mitocondrias, peroxisomas, cloroplastos), aunque tambin hay enzimas que se
pueden localizar en diferentes estructuras.
Tambin vale la pena aclarar que algunas enzimas son liberadas hacia el exterior
de la clula (extracelulares), en tanto que otras permanecen siempre en el interior
de aquellas (intracelulares).
4.Diferentes condiciones ptimas
Las enzimas suelen ser activas en determinado rango de condiciones de
temperatura y pH, con un ptimo donde su velocidad de reaccin es mxima. La
mayora de las enzimas del cuerpo humano funcionan bien a 36-37 C, que es la
temperatura corporal.
Para algunas bacterias que viven en ambientes extremos, la temperatura ptima
puede ser bastante diferente que esa, tambin el pH ptimo. A veces hay
subgrupos dentro de un mismo tipo de enzima con diferentes ptimos de pH (por
ejemplo: fosfatasas cidas y fosfatasas alcalinas).

5.Se requieren en mnimas concentraciones


Dada esta especificidad que las caracteriza, solo es necesario una cantidad muy
pequea de estas protenas para llevar adelante los procesos metablicos
normales, pues funcionan como una lnea de montaje muy eficiente, que en
cuestin de segundos transforman un compuesto o varios en otro.
6.Mnimos cambios pueden derivar en su inactivacin
Se debe tener presente que a veces el cambio de unos pocos aminocidos puede
significar la reduccin de la actividad de una enzima o incluso la prdida total de
su actividad. Asimismo, las enzimas se pueden oxidar, por ejemplo, y bajo esas
condiciones podran verse imposibilitadas de catalizar una reaccin.
7.Algunos agentes conducen a su activacin
Algunos compuestos pueden unirse a la enzima, no en el sitio activo, sino en otra
posicin, y motivar un cambio conformacional que derive en su activacin. A estos
se los llama activadores o efectores alostricos.
8.Tipos de enzimas
Las enzimas se clasifican de acuerdo al tipo general de reaccin que catalizan.
Algunos grupos muy importantes los conforman las enzimas hidrolticas (que
catalizan hidrlisis), las xido-reductasas (que catalizan reacciones rdox), las
oxigenasas (que introducen oxgeno en la molcula), las polimerasas (que van
uniendo unidades a una estructura repetitiva), las fosfatasas (que liberan grupos
fosfato de una molcula).
9.Usos industriales
La habilidad que tienen algunas enzimas para llevar adelante un proceso a veces
se aprovecha a una escala industrial, con los ajustes necesarios para el cambio de
escala.
Por ejemplo, en la industria panadera se utiliza la amilasa, que es la enzima que
degrada el almidn y lo convierte en azcares ms sencillos; estos azcares
simples son luego utilizados por las levaduras que intervienen en la fabricacin del
pan.
Tambin se emplean proteasas para romper la estructura del gluten y permitir un
buen amasado, al lograr una masa ms plstica.
10.A menudo requieren cofactores
Algunas enzimas necesitan de la presencia simultnea de otras sustancias no
proteicas para poder operar. Estas sustancias suelen ser iones metlicos (cobre,
manganeso, magnesio) o sustancias orgnicas, en este ltimo caso se las suele
designar tambin como coenzimas.

2- qu es velocidad de una reaccin enzimtica?


La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por
enzimas. Estos estudios proporcionan informacin directa acerca del mecanismo
de la reaccin cataltica y de la especifidad del enzima. La velocidad de una
reaccin catalizada por un enzima puede medirse con relativa facilidad, ya que en
muchos casos no es necesario purificar o aislar el enzima. La medida se realiza
siempre en las condiciones ptimas de pH, temperatura, presencia de cofactores,
etc, y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones, la
velocidad de reaccin observada es la velocidad mxima (Vmax). La velocidad
puede determinarse bien midiendo la aparicin de los productos o la desaparicin
de los reactivos.

3- Cules son las sustancias que participa en una reaccin


qumica?
Las reacciones qumicas son procesos en los que los tomos rompen sus enlaces
qumicos y forman otros nuevos, cambiando la naturaleza de las sustancias que
intervienen.
En toda reaccin qumica unas sustancias llamadas reactivos se transforman en
otras llamadas productos. Al ser los reactivos y productos sustancias diferentes
tienen propiedades distintas: color, olor, sabor, densidad, viscosidad, punto de
fusin, etc.

4- Qu significa sustrato, producto, apoenzima, holoenzima,


isoenzima, cofactor, grupo prosttico, centro activo, centro de fijacin
al sustrato, sustrato, centro activo, centro alosttico?. De ejemplo de
cada uno.
SUSTRATO: un sustrato es una molcula sobre la cual acta una enzima.
Las enzimas catalizan reacciones qumicas que involucran sustrato(s). El sustrato
se une al sitio activo de la enzima, y se forma un complejo enzima-sustrato. Por
accin de la enzima, el sustrato se transforma en producto, se libera del sitio
activo y queda libre para recibir otro sustrato.
PRODUCTO: es la molcula o molculas finales de una ruta metablica y tambin,
la molcula o molculas que se obtienen tras la accin de una enzima
APOENZIMA: La apoenzima es una protena sin actividad que constituye la
holoenzima o enzima activa. Es la parte prosttica de la enzima desprovista de los
cofactores o grupos proteicos que pueden ser necesarios para que la enzima sea
funcionalmente activa. La apoenzima es catalticamente inactiva. Para que la
apoenzima pueda catalizar debe haber una coenzima que generalmente es una
vitamina. Tiene en su molcula un centro activo, en donde se relaciona con el
sustrato, relacin llave-candado.
HOLOENZIMA: Una holoenzima es una enzima que est formada por una
apoenzima y un cofactor, que puede ser un ion o una molcula orgnica compleja
unida (grupo prosttico) o no (una coenzima). En resumidas cuentas, es una
enzima completa y activada catalticamente.
Las apoenzimas son enzimas que carecen de los componentes qumicos
apropiados para realizar la actividad cataltica, por ello, se ayudan de otras
sustancias no proteicas, denominadas cofactores que, fijadas en su superficie
mediante enlaces covalentes o dbiles, le aportan a la enzima los grupos y
funciones qumicas que necesita. En estos casos, la parte proteica de la enzima
se denomina apoenzima y la fraccin no proteica es el cofactor.
Por lo tanto, una holoenzima est formada por:
*Apoenzima.
*Cofactor.
ISOENZIMA: Las isoenzimas o isozimas son enzimas que difieren en la secuencia
de aminocidos, pero que catalizan la misma reaccin qumica. Estas enzimas
suelen mostrar diferentes parmetros cinticos (i.e. diferentes valores de KM), o
propiedades de regulacin diferentes. La existencia de las isoenzimas permite el
ajuste del metabolismo para satisfacer las necesidades particulares de un
determinado tejido o etapa del desarrollo. En bioqumica, las isoenzimas son
isoformas (variantes estrechamente relacionadas) de las enzimas. En muchos
casos, son codificadas por genes homlogos que han divergido con el tiempo.
Aunque de forma estricta, las aloenzimas representan enzimas de diferentes
alelos de un mismo gen y las isoenzimas representan enzimas de diferentes
genes cuyos productos catalizan la misma reaccin, los dos trminos se suelen
usar indistintamente

COFACTOR: Un cofactor es un componente no proteico, termoestable y de baja


masa molecular, necesario para la accin de una enzima. El cofactor se une a una
estructura proteica, denominada apoenzima, y el complejo apoenzima-cofactor
recibe el nombre de holoenzima.
Aquellos cofactores que estn covalentemente unidos a la apoenzima se
denominan grupos prostticos, ya sean orgnicos (coenzimas) o inorgnicos.
Los cofactores son bsicamente de dos tipos, iones metlicos y molculas
orgnicas, denominadas coenzimas.
GRUPO PROSTETICO: Un grupo prosttico es el componente no aminoacdico
que forma parte de la estructura de las heteroprotenas o protenas conjugadas,
estando unido covalentemente a la apoprotena. No debe confundirse con el
cofactor que se une a la apoenzima de las enzimas (ya sea una holoprotena o
heteroprotena) por enlace no covalente.
CENTRO ACTIVO: El sitio o centro activo es la zona de la enzima en la que se
une el sustrato para ser catalizado. La reaccin especfica que una enzima
controla depende de un rea de su estructura terciaria. Dicha rea se llama el sitio
activo y en ella ocurren las actividades con otras molculas. Debido a esto, el sitio
activo puede sostener solamente ciertas molculas. Las molculas del sustrato se
unen al sitio activo, donde tiene lugar la catlisis. La estructura tridimensional de
ste es lo que determina la especificidad de las enzimas. En el sitio activo slo
puede entrar un determinado sustrato. Dentro del centro activo hay ciertos
aminocidos que intervienen en la unin del sustrato a la enzima y se denominan
residuos de unin, mientras que los que participan de forma activa en la
transformacin qumica del sustrato se conocen como residuos catalticos.
CENTRO DE FIJACION AL SUSTRATO: es la estructura que se forma de la unin
de una enzima con su sustrato (la molcula sobre la que acta la enzima).
Algunas protenas tienen la capacidad de modificarlos ligndos a los cuales son
unidos, es decir, actan como catalizadores moleculares. Su funcin es acelerar
en varios rdenes de magnitud el ajuste del equilibrio qumico y la velocidad de
reacciones qumicas, que sin ellas podran tardar una eternidad. Estas protenas
son las denominadas enzimas. Para realizar esta aceleracin del proceso lo que
consigue la enzima es lograr la disminucin de la energa de activacin de la
reaccin
CENTRO ALOSTERICO: Regin de una enzima donde interacciona una
determinada molcula (efector alostrico), produciendo la activacin o la inhibicin
de la enzima.
5- Cmo se nombra una enzima?
Antiguamente, los enzimas reciban nombres particulares, asignados por su
descubridor. Al ir aumentando el nmero de enzimas conocidos, se hizo necesaria
una nomenclatura sistemtica que informara sobre la accin especfica de cada
enzima y los sustratos sobre los que actuaba.

El nombre sistemtico de un enzima consta actualmente de 3 partes:


el sustrato preferente
el tipo de reaccin realizado
terminacin "asa"
Un ejemplo sera la glucosa fosfato isomerasa que cataliza la isomerizacin de la
glucosa-6-fosfato en fructosa-6-fosfato.
Muchos enzimas catalizan reacciones reversibles. No hay una manera nica para
fijar cual de los dos sentidos se utiliza para nombrar al enzima. As, la glucosa
fosfato isomerasa tambin podra llamarse fructosa fosfato isomerasa.
Cuando la accin tpica del enzima es la hidrlisis del sustrato, el segundo
componente del nombre se omite y por ejemplo, la lactosa hidrolasa se llama
simplemente lactasa. Adems de los nombre sistemticos, an persisten otros
consagrados por el uso. As, la glucosa:ATP fosforiltransferasa se llama
habitualmente glucoquinasa.

NOMENCLATURA DE LA COMISIN ENZIMTICA


El nombre de cada enzima puede ser identificado por un cdigo numrico,
encabezado por las letras EC (enzyme commission), seguidas de cuatro nmeros
separados por puntos. El primer nmero indica a cual de las seis clases pertenece
el enzima, el segundo se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo, el
tercero y el cuarto se refieren a los grupos qumicos especficos que intervienen en
la reaccin. (Este enlace te lleva a la pgina de la Enzyme Comission, donde
puedes acceder a todas las clases y subclases de enzimas).
As, la ATP:glucosa fosfotransferasa (glucoquinasa) se define como EC 2.7.1.2. El
nmero 2 indica que es una transferasa, el 7 que es una fosfotransferasa, el 1
indica que el aceptor es un grupo OH, y el ltimo 2 indica que es un OH de la D-
glucosa el que acepta el grupo fosfato.
6-Diga las clases de enzimas, y subclases
En funcin de su accin cataltica especfica, las enzimas se clasifican en 6
grandes grupos o clases:

Clase 1: OXIDORREDUCTASAS

Se clasifican en:

Deshidrogenadas.

Oxidasas.

Peroxidasas.

Oxigenasas.

Hidroxilasas.

Reductasa

Clase 2: TRANSFERASAS

Se clasifican en:

Grupos Monocarbonados.

Grupos Aldehdo o Ceto.

Acil Transferasas.

Glicosiltransferasas.

Alquil o Ariltranferasas.

Grupos Nitrogenados.

Grupos Fosfato.

Grupos Sulfato.

Clase 3: HIDROLASAS

Se clasifican en:

Esterasas.

Glucosidasas.
Eter Hidrolasa.

Peptidasas.

Acil anhidro Hidrolasas.

Helicasas.

Clase 4: LIASAS:

Se clasifican en:

Actan sobre enlaces C-C.

Actan sobre enlaces C-O.

Actan sobre enlaces C-N.

Actan sobre enlaces C-S.

Actan sobre enlaces C- Haluro.

Actan sobre enlaces P-O

Clase 5: ISOMERASAS:

Se clasifican en:

Rasemasas y Epimerasas.

Cis-Trans- Isomerasas.

Oxidoreductasas Intramoleculares.

Transferasas Intramoleculares.

Liasas Intramoleculares.

Clase 6: LIGASAS:

Se clasifican en:

Forman enlaces C-O.

Forman enlaces C-S.

Forman enlaces C-N.

Forman enlaces C-C.


Forman enlaces esters fosforicos.

Actan sobre enl aces N-metal.

http://skat.ihmc.us/rid=1MXDZBZQ3-G9CJVT-
2748/CLASIFICACI%C3%93N%20DE%20LAS%20ENZIMAS.cmap

7- Cmo es el mecanismo de accin de cada clase de enzima y de


las subclases?
Oxidoreductasas:

Estas enzimas catalizan la transferencia de electrones desde una molcula que va


a ser el agente reductor hasta otra molcula receptora y esta ser el agente
oxidante.

Las enzimas Oxidoreductasas reaccionan de la siguiente manera:

AH2 + O2 A + H2O

Transferasas:

Estas enzimas catalizan la transferencia de un grupo funcional de una molcula


donante a una molcula receptora.

Las enzimas Transferasas reaccionan de la siguiente manera:

AB + C A+ CB

Hidrolasas:

Estas enzimas son capaces de hidrolizar sea descomponer enlaces qumicos


por su reaccin con el agua.

Las enzimas Hidrolasas reaccionan de la siguiente manera:

AB + H2O AH + BOH

Liasas:

Estas enzimas son las encargadas de catalizar la ruptura de enlaces qumicos en


compuestos orgnicos por un mecanismo distinto a la hidrlisis y a la oxidacin.
Como resultado del proceso de la ruptura de los enlaces se forman
frecuentemente nuevos dobles enlaces o nuevas estructuras en anillos.
Las enzimas Liasas reaccionan de la siguiente manera:

AB A + B

Isomerasas:

Estas enzimas son las encargadas de transformar un ismero de un compuesto


qumico en otro

Las enzimas Isomerasas reaccionan de la siguiente manera:

ABC ACB

Ligasas:

Son las enzimas capaces que catalizar la unin entre dos molculas de gran
tamao, para dar lugar a un nuevo enlace qumico.

Las enzimas Ligasas reaccionan de la siguiente manera:

A + B + XTP AB + XDP + Pi

SUBCLASES:
Deshidrogenasas:

Las deshidrogenasas son enzimas capaces de catalizar la oxidacin o


reduccin de un sustrato por sustraccin o adicin de dos tomos de hidrgeno
(deshidrogenacin), empleando un par de coenzimas que actan como
aceptores o como donadores de electrones y protones; las principales
coenzimas implicados en estas reacciones redox son los pares NAD+/NADH,
NADP+/NADPH, FAD/FADH2 y FMN/FMNH2; en cada par, la primera es la
forma oxidada y la segunda la forma reducida de la coenzima. As, cuando una
deshidrogenasa arranca dos tomos de hidrgeno de un sustrato, oxidndolo,
los electrones y los protones de dichos tomos de hidrgeno son captados por
la forma oxidada de la coenzima, que se reduce:

A-H2 + FAD A + FADH2

Oxidasa:

Una oxidasa es una enzima que cataliza una reaccin de oxidacin/reduccin


empleando oxgeno molecular (O2) como aceptor de electrones. En estas
reacciones el oxgeno se reduce a agua (H2O) o a perxido de hidrgeno
(H2O2). Las oxidasas son una subclase de las oxidorreductasas.
Peroxidasa:

a peroxidasa, EC 1.11.1.7, es una enzima que cataliza la oxidacin de un


amplio nmero de sustratos orgnicos e inorgnicos, utilizando el poder
oxidante del perxido de hidrgeno.

Donante + H2O2 Donante oxidado + H2O

Esta enzima utiliza como cofactor el grupo hem.

Oxigenasas:

oxigenasa es cualquier enzima que oxida un sustrato mediante la transferencia de


oxgeno presente en el oxgeno molecular(O2, como en el aire). Las oxigenasas
forman un grupo dentro de las oxidorreductasas; su nmero EC se corresponde
con EC 1.13 EC 1.14.

Las oxigenasas fueron descubiertas en 1955 simultneamente por dos grupos, el


del japons Osamu Hayaishi123 y el del estadounidense Howard Mason.45

Se distinguen dos tipos de oxigenasas:

Monooxigenasas, que transfieren un tomo de oxgeno al sustrato, y reducen el


otro oxgeno a agua.

Dioxigenasas, u oxgeno transferasas, que transfieren al sustrato ambos tomos


de oxgeno de la molcula.

Hidroxilasas:

Cataliza reacciones de oxidacin y reduccin. Las hidroxilasas incorporan un


tomo del oxgeno molecular en el sustrato; el segundo oxgeno forma agua.

Reductasa:

Enzima capaz de reducir un sustrato. Entre otros ejemplos destaca la enzima 5-


alfa-reductasa, que amplifica la accin andrognica al transformar testosterona en
dihidrotestosterona.

8- Qu es cintica enzimtica, como se expresa la ecuacin de


Michael Menten, como se determina esta ecuacin, y qu significado
tiene?
La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones qumicas que son
catalizadas por las enzimas. El estudio de la cintica y de la dinmica qumica de
una enzima permite explicar los detalles de su mecanismo cataltico, su papel en
el metabolismo, cmo es controlada su actividad en la clula y cmo puede ser
inhibida su actividad por frmacos o venenos o potenciada por otro tipo de
molculas.

Las enzimas, en su mayora, son protenas con la capacidad de manipular otras


molculas sin ser alterados por la reaccin,1 esas molculas son denominadas
sustratos. Un sustrato es capaz de unirse al sitio activo de la enzima que lo
reconozca y transformarse en un producto a lo largo de una serie de pasos
denominados mecanismo enzimtico. Algunas enzimas pueden unir varios
sustratos diferentes y/o liberar diversos productos, como es el caso de las
proteasas al romper una protena en dos polipptidos. En otros casos, se produce
la unin simultnea de dos sustratos, como en el caso de la ADN polimerasa, que
es capaz de incorporar un nucletido (sustrato 1) a una hebra de ADN (sustrato 2).
Aunque todos estos mecanismos suelen seguir una compleja serie de pasos,
tambin suelen presentar una etapa limitante que determina la velocidad final de
toda la reaccin. Esta etapa limitante puede consistir en una reaccin qumica o en
un cambio conformacional de la enzima o del sustrato.

La cintica de Michaelis-Menten describe la velocidad de reaccin de muchas


reacciones enzimticas. Recibe este nombre en honor a Leonor Michaelis y
Maude Menten. Este modelo slo es vlido cuando la concentracin del sustrato
es mayor que la concentracin de la enzima, y para condiciones de estado
estacionario, es decir, cuando la concentracin del complejo enzima-sustrato es
constante.

Aunque es imposible medir exactamente la concentracin de sustrato que da


Vmax, las enzimas pueden caracterizarse mediante la concentracin de sustrato a
la cual la velocidad de reaccin es la mitad de la velocidad mxima. Esta
concentracin de sustrato se conoce como constante de Michaelis-Menten (KM).

Para enzimas que exhiben una cintica de Michaelis-Menten simple esta


constante representa la constante de disociacin del complejo enzima-sustrato
(ES) (o la inversa de la afinidad entre enzima y sustrato). Valores bajos indican
que el complejo ES est unido muy fuertemente y raramente se disocia sin que el
sustrato reaccione para dar producto.

En estos casos se obtendr una KM diferente segn el sustrato especfico sobre el


que acte la enzima (como sucede en el caso de enzimas que actan sobre
sustratos anlogos) y segn las condiciones de reaccin en que se realicen las
mediciones.
Nota: KM solo se puede usar para determinar la afinidad de una enzima por un
sustrato k2 es limitante de la velocidad, por ejemplo, k2 << k1 y KM se convierte
en k-1/k1. Generalmente, k2 >> k1 o bien k2 y k1 son comparables.

La derivacin de Michaelis y Menten est descrita por Briggs y Haldane. Se


obtiene de la siguiente manera:

Se supone que la reaccin enzimtica es irreversible, y que el producto no se liga


con la enzima despus de la reaccin.