You are on page 1of 20

Obrada pre-rRNK

i biogeneza
ribozoma
Organizacija gena za rRNK
Tandemski ponovljne grupe gena - rDNK
Motiv koji se ponavlja = transkripciona jedinica
+ intergenski graničnik
Obrada pre-rRNK
• Pol I sintetiše prekurskora rRNK (pre-rRNK)
• Pre-ribozomska ribonukleoproteinska čestica (pre-rRNP)

• Obradom pre-rRNK nastaju zrele 18S, 5,8S i 28S rRNK


 Niz endonukleolitičkih sečenja
 Egzonukleolitičko skraćivanje sa 5- i 3  -krajeva
 Posttranskripcione modifikacije određenih nukleozida

• Kvasac S. cerevisiae
 6 minuta sinteza pre-rRNK
 10 sekundi obrada pre-rRNK
 Oko 40 parova ribozomskih subjedinica se formira i
transportuje u citoplazmu u svakoj sekundi

• Izuzetno velika brzina sinteze ribozomskih subjedinica


naspram prilično dugog perioda za sintezu pre-rRNK
omogućena je velikim brojem gena za rRNK koji se
simultano eksprimiraju, a svaki gen prepisuje veliki broj Pol I
• Obrada pre-rRNK kojom nastaju zrele
18S, 5,8S i 28S rRNK

 Niz endonukleolitičkih sečenja –


mesto sečenja određuju snoRNK procezom

• Inicjalno sečenje na 3’ kraju


• Inicijalno sečenje na 5’-kraju – RNaza MRP
procezom – U3 snoRNK u
asocijaciji sa 25 proteina
• Prvo endonukleolitičko sečenje
kojima se oslobađaju prekursori
za 18S i 5,8S i 28S rRNK –
RNaza MRP
 Egzonukleolitičke razgradnje sa 5'- i
3'-krajeva
• Nuklearni egzozom
• Rat1/Xnr1
 Posttranskripcione modifikacije
tačno određenih nukleotida
• C/D i H/ACA snoRNK
• Neki geni za rRNK sadrže introne grupe I
• Autokatalitičko iskrajanje - ribozimi
Modifikacije nukleotida u pre-rRNK i snoRNK
• Post-transkripcione modifikacije nukleotida u pre-rRNK – u delovima rRNK koji su
dirkektno uključeni u proces translacije
 Metilacija 2-OH grupe riboze
 Konverzija uridina u pseudouridin

• 150 malih nukleolarnih RNK – snoRNK usmeravaju post-transkripcione modifikacije


nukleozida
 Duge su 60 do 300 nt
 Formiraju snoRNP
 Prolazno hibridizuju sa ciljnom RNK usmeravajući enzim na određeni nukleozid
koji se modifikuje

• C/D snoRNK – vode (usmeravaju) metilaciju riboze


• H/ACA snoRNK – vode konverziju uridina u psudouridin
Modifikacije nukleotida u pre-rRNK i snoRNK

• C/D snoRNK hibridizuju sa dva različita regiona pre-rRNK, usmeravajući metilaciju


metiltransferazom na tačno određenim mestima pre-rRNK

• H/ACA snoRNK formiraju dve strukture drška petlja, koje u oblasti drški imaju imaju
jednolančane izbočine, sa kojim hibridizuje pre-rRNK ostavljajući uridin koji treba da se
modifikuje kao jednonukleotidnu izbočinu dostupnu pseudouridin sintazi za njegovu konverziju
u pseudouridin
Obrada prekursora 5S rRNK

• Geni za 5S rRNK se transkribuju Pol III van nukleolusa

• Obrada prekursora za 5S rRNK – otklanjanje izvesnog broja nukleotida na 3'-kraju

• Obrađena 5S rRNK odlazi u nukleolus i asocira sa pre-rRNK


Biogeneza ribozomskih subjedinica
Nukleolus – biogeneza rRNK
• Triparitna arhitektura nukleolusa
odražava njegove funkcije u biogenezi
rRNK i pre-ribozomskih subjedinica:

 rDNK (nukleolarni organizator) je


lokalizovana u fibrilarnom centru
(FC)
 Transkripcija rDNK odigrava se na
granici FC i guste fibrilane
komponente (DFC)
 Obrada pre-rRNK odigrava se u DFC
gde se nalaze snoRNP
 Asembliranje pre-ribozomskih
subjedinica odigrava se u
granularnoj komponenti (GC), gde
se one i akumuliraju

• Utišana rDNK – perinukleolarni region


Kondenzacija dela rDNK u perinukleolarnom regionu bi mogla biti opšta strategija u
sprečavanju rekombinacije visoko ponovljene rDNK
pRNK in cis epigenetički utišava rDNK

• Ekspresija rRNK je usklađena sa trenutnim potrebama


ćelija za sintezom proteina – neke kopije gena su
aktivne, a neke transkripciono utišane

• Približno polovina kopija gena u rDNK je


transkripciono aktivna – otorena euhromatinska
struktura (epigenetički potpis: acetilovani H4 i
trimetilovani H3K4)

• Transkripciono neaktive kopije rDNK – odlikuje


hetrohromatinska struktura (epigenetički potpis:
hipoacetilovani H4 i metilovani H3K9, H3K27 i H4K20)
pRNK in cis epigenetički utišava rDNK

• Transkripciono utišavanje vodi pRNK - transkribuje se sa promotra za transkripcionu jedinicu


pre-rRNK koji je lociran u intergenskom graničniku
• pRNK – molekul vodič koji in cis utišava ponovljene transkripcione jedinice u skladu sa
potrebom ćelije za sintezu proteina:
 Formira specifičnu strukturu drška-petlja koja regrutuje i vezuje NoRC (nukleolusni
kompleks za remodelovanje)
 NoRC menja pozicije nukleozoma u promotoru i kao spona koordiniše aktivnosti drugih
enzima koji pišu represivni histonski kod i metiliju DNK

• Tripleks strukturu DNK-RNK koju formira pRNK sa ciljnom DNK specifično prepoznaje DNK
metiltransferaza koja uspostavlja de novo metilaciju u promotrskom regionu
Još nekoliko reči o snoRNK

• Geni za snoRNK
 Mali broj snoRNK se eksprimira sa sopstvenih, nezavisnih gena. Transkribuju ih
Pol II ili Pol III
 Najveći broj snoRNK je kodiran intronima pre-iRNK, a neke intronima dugih
nekodirajućih RNK

• Biogeneza snoRNK
 snoRNK kodirane intronima se obrađuju iz iskrojenih i linearnizovanih introna
delovanjem egzonukleaza
 Proteini koji će sa C/D i H/ACA snoRNK formirati snoRNP vezuju se za snoRNK
još dok su one delovi introna u rastućim transkiptima, štiteći tako njihove krajeve
od delovanja egzonukleaza, s obzirom da se introni kičmenjaka gotovo odmah
degraduju nakon iskrajanja
Još nekoliko reči o snoRNK

• Ciljni molekuli snoRNK mogu biti i druge RNK, uključujući iRNK i snRNK

• scaRNK (small Cajal body RNAs) – snoRNK u Kahalovim telima učestvuju u obradi
prekursora za snRNK koji podleže specifičnim modifikacijama nukleotida (konverzija
uridina u pseudouridin i metilacija 2'-OH grupe riboze)

• Regulatorne snoRNK – neke sno RNK se tkivno- i razvojno specifično eksprimiraju, što
ukazuje na njihove potencijalne regulatorne funkcije (npr. alternativno splajsovanje i
editovanje pre-iRNK za 5HT2C, prekursori malih RNK sličnih miRNK)

• snoRNK “siročići” – izvestan broj snoRNK čiji ciljni molekuli RNK nisu poznati
Obrada pre-tRNK
Ekspresija gena za tRNK

Geni za tRNK

Transkripcija, Pol III

Prekursor tRNK (pre-tRNK)

Obrada pre-tRNK :
 endonukleolitičko sečenje pre-tRNK
 posttranskripcione modifikacije baza
 splajsovanje (nekada)

Zrele tRNK (75 do 80 nt)

Transport u citoplazmu, eksportin-t


• Obrada pre-tRNK se dešava u
nukleusu:
 Endonukleolitičko sečenje vodeće
sekvence na 5’-kraju – RNaza P
 Posttranskripcione modifikacije
baza
 Otklanjanje uridina sa 3’-kraja
u dodavanje niza CAA – tRNK
nukleotidiltransferaza
 Dodavanje metil i izopentanil
grupa na heterociklične
prstenove purinskih baza i
metilacija 2-OH grupe riboza
na određenim mestima
 Konverzija specifičnih
uridinskih ostataka do
dihidrouridina, pseudouridina
ili ribotimidina
 Splajsovanje – iskrajanje introna
endonukleazom u jednom koraku
uz utrošak energije, i spajanje RNK
ligazom
• RNaza P je ribozim

• Kako RNaza P uvek nalazi tačno mesto


sečenja u velikom broju supstrata koji
se razlikuju po svojim sekvncama?
 trodimenzionalna struktura
pre-tRNK
 sposobnost RNK komponente
RNaze P da “meri “razdaljinu od 12
bp između T petlje i mesta sečenja
• Obrada pre-tRNK se dešava u
nukleusu:
 Endonukleolitičko sečenje vodeće
sekvence na 5’-kraju – RNaza P
 Posttranskripcione modifikacije
baza
 Otklanjanje uridina sa 3’-kraja
u dodavanje niza CAA – tRNK
nukleotidiltransferaza – korak
kontrole kvaliteta
 Dodavanje metil i izopentanil
grupa na heterociklične
prstenove purinskih baza i
metilacija 2-OH grupe riboza
na određenim mestima
 Konverzija specifičnih
uridinskih ostataka do
dihidrouridina, pseudouridina
ili ribotimidina
 Splajsovanje – iskrajanje introna
endonukleazom u jednom koraku
uz utrošak energije, i spajanje RNK
ligazom
Raznovrsnost strukture gena za tRNK kod arhea

Endonukleaza za splajsovanje prepoznaje motiv BHB