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BIOLOGÍA CELULAR Y

MOLECULAR

EL NÚCLEO
  Es el organelo más grande de las cel
eurcariotas

  Rodeado por 2 membranas, c/u bicapa


fosfolipídica

  Las 2 membranas están separadas por un


intersticio (espacio perinuclear) de 20 a 40
nm

  A intervalos frecuentes las membranas se


fusionan creando pequeños poros nucleares
Poros nucleares
  Por medio de los poros circulan   Forman canale estreechos que
los materiales entre el núcleo y atraviesan las bicapas lipídicas
el citoplasma fusionadas
  Están formados por una elaborada
estructura llamada complejo del
poro nuclear

  El complejo está formado por mas


de 100 proteínas diferentes que se
disponen en una distribución
simétrica octagonal
  En muchas células la membrana y luz se
continúa con RE

  Contiene al DNA

  El DNA en células eucarióticas es lineal y


esta fuertemente unido a proteínas
especiales llamadas histonas y a otras
proteínas no histónicas
  Cada molécula de DNA con sus proteínas
constituye un cromosoma

  Cuando una célula no se está dividiendo, los


cromosomas se ven como una maraña de
hilos delgados (cromatina)

  Cuando se divide la cromatina se condensa y


los cromosomas se hacen visibles como
entidades independientes.

  Sintetiza al RNA ribosómico en el nucléolo


Nucléolo
  Se ve como un conjunto de
  Hay 2 por cada núcleo,
gránulos y fibras diminutas.
aunque solo uno es visible
Formados por filamentos de
por microfotografía
cromatina, rRNA que se está
sintetizando y partículas de
  Es el sitio donde se ribosomas inmaduros
construyen las subunidades
que forman el ribosoma
  Varían en tamaño, pueden llegar
a ser el 25% del volumen
nuclear
Funciones del núcleo

  Es el portador de la información hereditaria

  Cada vez que la célula se divide esta


información pasa a las células hijas

  El núcleo dirige las actividades de la célula,


asegurando que las moléculas complejas que
se requieren se sinteticen en la cantidad y el
tipo necesarios
El cromosoma eucariótico

  Es un filamento extremadamente fino

  Cada cromosoma eucariótico está formado


por una única molécula de DNA

  En el cromosoma humano mide de 3 a 4 cm

  Por lo que cada célula diploide humana con


sus 46 cromosomas posee 2 m de doble
hélice
  El DNA de cadena doble adopta la forma de
una hélice enrollada que gira hacia la
derecha, es dextrógira

  Esta conformación es la forma B y fue la


descrita por Watson y Crick, y es la forma
fisiológica

  Puede asumir in vitro otras conformaciones

l  Forma A, dextrógira pero menos enrollada 11


bases por giro,bases inclinadas, compacta puede
adoptase por híbridos DNA-RNA y por RNA de
cadena doble originados por apareamientos de
bases en la misma molécula
l  Forma Z, gira hacia la izquierda o levógira. Se
encuentra en regiones cuyasecuencia está
formada por pirimidinas y purinas alternadas, en
condiciones fisiológicas es termodinámicamente
poco favorable a menos que las bases sufran
modificaciones

l  Estructura con hebra triple


Estructura del cromosoma

  En el núcleo de las célula eucariótica el DNA


está siempre combinado con proteínas que
pueden ser histónicas o no histónicas

  El complejo DNA y proteínas forman la


cromatina (hebras teñidas)

  Mas de la mitad de la cromatina consiste en


proteínas, en su mayor parte histonas que
son polipéptidos pequeños
  Las histonas se encuentran únicamente en los
eucariotas y son ricas en los a.a básicos lisina y
arginina (tienen carga +)

  Por esto son atraídas por el DNA que está


cargado negativamente

  Las histonas son los principales responsables


del plegamiento y empaquetamiento del DNA

  Son de 5 tipos: H1, H2A, H2B, H3 y H4


  La unidad de empaquetamiento fundamental
de la cromatina es el nucleosoma

  Cada nucleosoma consiste en un núcleo


central formado por dos moléculas de cada
una de las histonas nucleosómicas

  En total son 8 moléculas de histona alrededor


de las cuales el filamento de DNA da 2
vueltas
  La histona tipo H1 está fuera de la parte central
del nucleosoma, y no es imprescindible para la
formación del nucleosoma

  A excepción de H1 las secuencias de a.a de las


histonas son muy conservadas

  En el siguiente nivel de organización de la


cromatina los nucleosomas están
empaquetados unos sobres otros y generan
arreglos regulares en los que la cromatina
forma fibras de 30 nm
  Este nivel se encuentra tanto
en la cromatina interfásica
como en los cromosomas
mitóticos.

  La fibra tiene una estructura


enrollada con aprox 6
nucleosomas por cada giro

  Esta estructura para su


formación requiere la histona
H1

  De manera que cada µm de


esta fibra enrrollada son 40
µm de DNA
  El modelo la la fibra de 30 nm es un
solenoide

  Después existe una condensación cuando


esta fibra forma una serie de bucles llamados
dominios en bucle
  Cada dominio en bucle se enrolla hasta que
finalmente ramilletes de dominios en bucle
vecinos se condensan formando los
cromosomas compactos que se ven durante
la mitosis y la meiosis

  Otras proteínas asociadas con el cromosoma


son las enzimas vinculadas con la síntesis de
DNA y RNA, y proteínas regulatorias las
cuales no son conservadas
Condensación del cromosoma

  El grado de condensacion del DNA regula la


expresión génica de las células eucarióticas

  La tinción revela 2 tipos de cromatiina:


l  Eucromatina, mas abierta y tiñe debilmente

l  Heterocromatina, mas condensada y tiñe fuerte

  Algunas regiones heterocromáticas son


constantes entre células y nunca se expresan
y se llama heterocromatina constitutiva
  Otras regiones de hetrocromatina varía entre tipos de
células

  La proporción de hetrocromatina aumenta respecto a


la eucromatina a medida que la célula es mas
especializada

  El DNA sufre modificaciones por la unión de


proteínas como las histonas y no histonicas
ACIDOS NUCLÉICOS

TRANSCRIPCIÓN
DNA
REPLICACIÓN

mRNA

tRNA

rRNA

PROTEINA
DNA Y RNA

  Son polímeros compuestos por monómeros


(nucleótidos)

  RNA 100 – varios miles de nucleótidos de


longitud

  DNA hasta varios cientos de millones de


nucléótidos

  Se componen de 4 nucleótidos diferentes


Nucleótidos
  Estructura común: gpo fosfato unido por
enlace fosfoéster a una pentosa y a una
base orgánica
l  Ribosa
l  Desoxiribosa

  Las bases A, C y G están en ambos

  La T en DNA y U en RNA

  Se clasifican en:
l  Purinas A y G
l  Pirimidinas C, T y U
Nucleótidos (continuación)

  Son ácidos por el fosfato que se disocia en el


pH intracelular

  Existen los nucléósidos, combinación de una


base con un azucar sin o con hasta 3
fosfatos

  Los trifosfato de nucléósido se usan para


sintetizar ácidos nucléicos, como ATP, GTP
ACIDOS NUCLÉICOS
  Una hebra es un polímero
de fosfatos y pentosas con
bases púricas y pirimídicas
como grupos laterales.

  Los nucleótidos se unen


por enlace fosfodiéster

  Tiene orientación:

l  Extremo 5´ posee un
fosfato libre
l  Extremo 3´ posee un
grupo hidroxilo libre
  La síntesis va de 5´ a 3´ por lo que se lee asi

  Se pliegan para tener conformación 3D

  DNA 2 hebras y RNA 1 hebra


DNA
  Formado por 2 hebras
entrelazadas para
formar una doble hélice

  Columnas de azúcar-
fosfato

  Bases hacia adentro

  Las hebras tienen


orientación antiparalela
  Existe apareamiento de las
bases entre las hebras por
enlaces H (2 ó 3)

  Las hebras son complementarias

  La hélice gira hacia la derecha

  Cada 10 pares se completa un


giro = forma B del DNA (común
en la célula9

  Se forman 2 hendiduras: mayor y


menor
Las cadenas de DNA pueden
separarse reversiblemente
  Durante la replicación del DNA donde se crean 2
nuevas cadenas idénticas a la original

  Cuando se copia el DNA para mRNA

  Desnaturalización, proceso de desenrrollar y


separar.

  Calentando puede inducirse (Temp de fusión T)


DESNATURALIZACIÓN
  Depende de proporción de G-C (a >G-C
>Temp)

  Soluciones con bajas concentración de iones


inducen desnaturalización con baja temp

  Por exposición a agentes como sol´n


alcalinas o de formamida o urea

  Las cadenas monocatenarias se enrollan


aleatoriamente pueden renaturalizarse
DNA circular

  Se encuentra en:
Procariotes virus
Mitocondrias cloroplastos
Eucariotes unicelulares

  Cada cadena de DNA es una estructura


cerrada sin extremos

  Al desnaturalizarse no pueden separarse


SUPERENROLLAMIENTO

  Ocurre cuando se interrumpe el


apareamiento de bases y una región se
desenrolla

  Es el enrollamiento de la doble hélice sobre


sí misma para disminuir el estrés

  Tienen lugar durante la replicación, la


transcripción y fijación de proteínas

  Se regula por enzimas topoisomerasas


RNA

  Tiene U en lugar de T

  En sol´n alcalina se rompe en mononucleótidos

  Puede ser mono o bicaternario y lineal o circular

  Los tipos tienen conformacíones distintas


  Hebilla: apareamiento de bases
complementarias en monocatenario 5-10
nucleótidos de distancia

  Tallos de asa, 50-cientos de nucleótidos de


distancia

  Seudonudo: estructura terciaria compleja

  Los dominios plegados tienen actividad


catalítica llamados ribozimas (eliminan
intrones y pegan exones)
REPLICACIÓN
  La replicación es
SEMICONSERVADOR
A, una cadena original
se aparea con una
cadena nueva
copiada.

  Otro modelo era que


la replicación era
conservadora

  Un tercer modelo
suponía que era
dispersadora
  En humanos la velocidad de replicación es de 100
pares de bases por segundo

  El genoma humano tiene 3 x 10 9 pares de bases

  Se replica en 8 hrs

  Debe tener entre 10-100 mil replicones


LA REPLICACIÓN ENPIEZA EN
SITIOS ESPECÍFICOS

  Comienza en una secuencia definida de


bases, el Origen de replicación
  Los orígenes tiene secuencias repetidas
cortas que reconocen algunas proteínas
uniéndose y reclutando enzimas.

  3 tipos de origen de replicación:


l  oriC de E.coli
l  Secuencias de replicación autónoma de
levadura
l  Origen del virus de los simios 40 (SV40)
PROBLEMAS DE LA DNA POLIMERASA

  NO pueden disociar la doble hélice para separar


las 2 cadenas

  Solo pueden alargar una cadena de DNA o RNA


preexistente, el iniciador

  Solo catalizan la adición de nucleótidos en el


extremo hidroxílico 3´ de una cadena, por lo tanto
crece ne dirección 5´ a 3´
La proteína DnaA

  Se une al ori C y forma un complejo inicial de 10 –


20 subunidades protéicas

  Solo puede iniciar la replicación si el DNA está


superenrollado negativamente (compactas y se
disocian)

  La unión de la DnaA facilita la separación de las


cadenas,requiere ATP y genera el complejo
abierto
REPLICACION EN CELULAS
BACTERIANAS
  Empieza en un sitio específico, el origen,
donde se unen diferentes proteínas

  Tras empezar la replicación se aleja del


origen en ambas direcciones (bidireccional)
formando asi las horquillas de replicación

  Cada horquilla es:


l  La doble hélice parental se separa
l  Los nucleótidos se incorporan a las nuevas
cadenas
  Al irse abriendo y desenrrollando la doble
hélice se genera un superenrrollamiento
positivo, por lo tanto una gran tensión

  Para ayudar a esto la célula posee enzimas


topoisomerasa que cambian el estado de
enrollamiento.

  La girasa de DNA (topo II) libera la tensión


durante la replicación, va delante de la
horquilla y corta la cadena para dejar que
rote libre y luego liga los cortes. Esto es
mediante energía de la hidrólisis de ATP
Dirección de la replicación

  Los nuevos nucleótidos


solo pueden pegarse en
dirección 5´ a 3´
  La polimerasa se
mueve en dirección 3´ a
5´ a lo largo del molde

  Una cadena crece hacia


la horquilla pero la otra
crece en dirección
opuesta alejándose de
ella
  La replicación será semidiscontínua

  Las 2 cadenas hijas se sintetizan por


procesos diferentes

  La que se sintetiza de modo contínuo se


llama cadena adelantada

  La que se sintetiza de modo discontínuo se


llama cadena retrasada
  La cadena
retrasada se
sintetiza por
fragmentos
llamados de
Okazaki

  La enzima ligasa
del DNA une los
fragmentos
  Ya que ninguna polimerasa de DNA puede
iniciar la replicación es necesaria otro tipo de
enzima, la primasa que es una polimerasa de
RNA

  Los iniciadores de RNA se eliminan después


y los espacios se llena por una ligasa de DNA

  La probabilidad de cometer errores es mayor


al inicio que en el alargamiento por lo que al
eliminar el iniciador elimina las bases que
pudieron ponerse de manera errónea
  En la horquilla de replicación se unen un grupo
de enzimas y proteínas que intervienen para
ayudar a separar, desenrrollar, iniciar la
replicación, alargar la cadena

  Las proteínas SSB se unen a cada cadena


separada y las mantienen de manera extendida
y previene que de nuevo vuelvan a unirse y
enrollarse. Es decir las estabiliza durante la
replicación
Las helicasas
  Son enzimas capaces de desplazarse a lo
largo de una DNA dúplex usando la energía
de la hidrólisis de ATP para separar las
cadenas

  Posee direccionalidad de 5´a 3´

  No se desencadena hasta llegar al final de


dicha cadena o hasta ser descargada del
DNA por otra proteína.
La DnaB

  Hexámero de subunidades idénticas

  Es una helicasa

  Su une como abrazadera alrededor de cada


una de las cadenas del complejo abierto

  Requiere ATP y la proteína DnaC que lleva a


la DnaB a la Dna A para aformar el complejo
preiniciador
La primasa

  Los iniciadores usados tanto en procariotes


como en eucariotes son moléculas cortas de
RNA
  Su síntesis es catalizada por una RNA
polimerasa, la primasa.

  Se une a la DnaB formando el primosoma


(primasa + helicasa)

  Una vez que las primasas sintetizan


iniciadores cortos de RNA complemtarios a la
cadena de DNA se disocian.
Estructura y función de las
polimerasas de DNA
  La DNA III sirve durante la replicación para
agregar nucleótidos

  La DNA II en procariotes no se conoce


función

  La DNA I interviene en la reparación del DNA


y también elimina los iniciadores de RNA en
dirección 5´ 3´
La replicación en eucariotes es
similar.

  Hacer un cuadro comparativo entre


las diferencias y similitudes de la
replicación entre E,coli y eucariotes
(virus SV40)
REPARACIÓN
DAÑOS AL DNA

  Puede modificarse la secuencia por errores de la


DNA pol o por agentes mutagénicos (radiación,
sustancias químicas)

  Si no se corrigen las células somáticas no tendrían


un buen funcionamiento

  Las germinales producirian descendencia no viable

  Todos los agentes carcinogénicos son mutágenos


LECTURA DE PRUEBA

  Durante la adición de nucleótidos a veces se inserta


una base errónea.

  En E.coli tiene una frecuencia de error de 1 / 104pb

  Pero la frecuencia de mutaciones medida es 1 /109pb

  Esto debido a la lectura de prueba de las


polimerasas y su actividad de exonucleasas.
  Reparación por escisión de nucleótidos,
mecanismo de corte y pegado.

  Reparación de la unión deficiente, una enzima de


reparación reconoce el cambio de conformación
por mal apareamiento, para reconocer la molde la
enzima busca metilaciones

  Reparación de la rotura de doble cadena


mediante la unión de extremos no homólogos
Molecular Cell Biology, 6e - Content

http://
http://www.youtube.com/watch?
v=teV62zrm2P0
Los telómeros

  Los cromosomas eucariotes son lineales y


tienen extremos especializados, telómeros.

  Son secuencias oligoméricas repetitivas

  Sin los telómeros la cadena retrasada se


acortaría con cada división celular
La telomerasa

  Transcriptasa inversa modificada


  Alarga el DNA plantilla de la cadena
retrasada en su extremo 3´
  Posee sitio catalítico que polimeriza
desoxirribonucleótidos dirigidos por una
plantilla de RNA
  La secuencia depende del RNA asociado y
varía según el origen de la enzima
  Células somáticas humanas se replica sin
esta actividad. Está asociado a la longevidad.
LAS TOPOISOMERASAS

  Controlan la topología del DNA

  Actúan en diferentes pasos de la replicación


tanto de eucariotes como de procariotes

  Hay 2 clases:
l  Topoisomerasas I

l  Topoisomerasas II
Topoisomerasa I

  En procariotes puede eliminar superenrollamientos


negativos

  En eucariotes elimnina tanto negativos como


positivos

  Esta reacción no necesita energía

  Son importantes par regular transcripción y repara


el DNA dañado
Topoisomerasa I

Figura 12.14
Topoisomerasa II
ej. DNA girasa de E.coli

  Compuesta por 2 subunidades idénticas

  Cortan ambas cadenas del DNA bicaternario


(descatenación) y las vuelven a unir (catenación)

  Se utiliza ATP

  Este proceso cambia de negativo a positivo o


aumenta el superenrollamiento negativo

  Elimina el superenrollamiento positivo delante de


la horquilla de crecimiento durante la replicación.
Capacidad procesiva
  La subunidad b forma un dímero alrededor del
DNA dúplex
  Se asocia con el núcleo polimerásico
  Puede deslizarse a lo largo del DNA

  5 subunidades forman el complejo g:


l  Unir la subunidad b al DNA por hidrólisis de
ATP
l  quitar la abrazadera una vez terminada la
replicación

  La subunidad t dimeriza dos núcleos


polimerásicos, corrdina las síntesis de las
cadenas adelantada y retrasada
Topoisomerasa II

Fig 12.16
Topo IV

  En la replicación de DNA circulares (procariotas)


las nuevas moléculas de DNA bicatenario
quedarían enlazadas (catenanos)

  Interviene la topo IV (otra topoisomerasa tipo II)


junto con la DNA girasa que separan las cadenas

  En eucariotes la una Topo II desenreda ovillos


entre los cromosomas lineales.
Topo IV

Fig 12.19