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Tema 10.

Control de la expresión
génica

Genética CC. Mar 2004-05

Objetivos

• Estudiar el funcionamiento del control


de la expresión génica en procariotas:
operones
• Regulación transcripcional y no
transcripcional en eucariotas
• Introducción a la genética del desarrollo

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Genes regulados y constitutivos
• Adaptación al medio ambiente => habilidad de
activar e inactivar genes como respuesta a señales
extracelulares
• Producción de tipos específicos de proteínas cuando
y dónde se necesite.
Genes regulados o adaptativos: genes cuya actividad
está controlada en respuesta a las necesidades de una
célula u organismo.
Genes constitutivos o “housekeeping”: genes que
siempre permanecen activos, independientemente de
las condiciones del medio.

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Sistemas inducibles y represibles en


procariotas
• Sistemas inducibles: un inductor activa la
expresión génica. Catabolismo (degradación de
lactosa, maltosa).
• Sistemas represibles: un represor reprime la
expresión génica. Metabolismo (síntesis de
triptófano, histidina).

• Control positivo: el producto del gen regulador


activa la expresión de los genes.
• Control negativo: el producto del gen regulador
reprime o impide la expresión de los genes

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Operones
•Operón: grupo de genes estructurales cuya expresión está
regulada por los mismos elementos de control (promotor y
operador) y por genes reguladores:
– Genes estructurales: llevan información para polipéptidos. Se trata de
los genes cuya expresión está regulada. Se transcriben juntos en un
mRNA poligénico.
– Promotor: secuencia de DNA reconocida por la ARN polimerasa para
el comienzo de la transcripción. Se encuentra inmediatamente antes de
los genes estructurales
– Operador: secuencia de ADN reconocida por la proteína reguladora.
Se sitúa entre la región promotora y los genes estructurales
– Gen regulador: codifica la proteína reguladora que reconoce la
secuencia del operador. Está cerca de los genes estructurales del
operón pero no inmediatamente al lado.
– Proteína reguladora: proteína codificada por el gen regulador. Se une a
la región del operador.
– Inductor: compuesto cuya presencia induce la expresión de los genes.
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Uso de lactosa por E. coli


• En E. coli, si la fuente de carbono es únicamente
lactosa (glucosa + galactosa), tres enzimas van a ser
sintetizados rápidamente para metabolizar la lactosa
– !-galactosidasa: rompe la lactosa en glucosa y galactosa,
pudiendo además transformar lactosa en alolactosa
– Lactosa permeasa: proteína de membrana que transporta
lactosa en la célula
– Transacetilasa: función desconocida

• En ausencia de lactosa en el medio hay ~3 moléculas


de !-galactosidasa. En presencia de lactosa está
cantidad puede aumentar hasta 3000.

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Operón lactosa (lac)

Org anización d el op erón lac

• Sistema inducible bajo control negativo.


• Genes estructurales: lacZ+ (!-galactosidasa), lacY+
(lactosa permeasa) y lacA+ (transacetilasa).
• Operador lacO+.
• Gen regulador lacI+: separado, se expresa de de
forma constitutiva, pero débilmente, y codifica una
proteína represora.
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Operón lac en ausencia de lactosa

Op erón lac en ausencia d e lactosa

• En ausencia de lactosa, la proteína represora se une al


operador: la RNA polimerasa puede unirse al
promotor pero no es capaz de iniciar la transcripción.
• Las pocas moléculas de enzima que se producen lo
hacen aprovechando las constantes uniones y
desuniones del represor.
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Operón lac en presencia de lactosa

Op erón lac en
p resencia d e
lactosa

• Única fuente de carbono es lactosa


• Lactosa -- !-galactosidasa --> alolactosa.
• La alolactosa se une al represor, modificando su
conformación. Éste pierde su afinidad por el operador.
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Operón triptófano (trp)


• Sistema represible bajo
control negativo.
• Genes estructurales:
trpE, trpD, trpC, trpB,
trpA. Biosíntesis de
triptófano.
• Gen regulador (trpR):
proteína aporrepresora
• Región líder (trpL):
incluye un sitio
atenuador (att)
• Dos mecanismos de
regulación:
– interacción represor-
operador.
Org anización d el op erón trp
– longitud de los
tránscritos.

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Operón trp en presencia/asuencia de
triptófano
• trpR => proteína aporrepresora: represor que no se
puede unir al operador por sí sola.
• El tritptófano es el efector: interactúa con el
aporrepresor y lo convierte en un represor activo.
• El represor activo se une operador e impide la
transcripción de los genes estructurales.
• Esta represión puede reducir unas 70 veces la tasa de
transcripción de estos genes.
• Cuando no hay triptófano en el medio los genes trp se
expresan al máximo nivel

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Atenuación del operón trp


• La atenuación controla la
proporción de transcritos
completos e incompletos
que terminan en el
atenuador
• La región líder del mRNA
contiene 4 regiones
complementarias que
pueden aparearse y
plegarse. Antes del codón
Estructura d e la reg ión líd er d el mRNA en el op erón trp d e E. coli de terminación hay dos
codones de Trp.

• Las regiones 1 y 2 de la región líder del mRNA se emparejan justo


después de ser sintetizadas formando una estructura secundaria que
paraliza temporalmente la RNA polimerasa (señal de pausa) y le permite
al ribosoma acoplarse al mRNA de forma que comienza a traducir justo
detrás de la RNA polimerasa
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Atenuación en ausencia de trp

Atenuación d el op erón trp en E. coli: ausencia d e Trp

• Poco Trp => poco tRNA.trp => el ribosoma se para en los codones de Trp
• El ribosoma cubre la región 1; no hay señal de pausa 1-2
• Se produce el apareamiento 2-3, que es una señal de antiterminación, ya
que evita que se forma la señal de terminación (3-4)
• Los genes estructurales se transcriben
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Atenuación en presencia de trp

Atenuación d el op erón trp en E. coli: p resencia d e Trp

• Suficiente Trp => suficiente tRNA.trp => el ribosoma llega al codón de


terminación
• El ribosoma cubre la región 2; no hay señal de antiterminación 2-3
• Se produce el apareamiento 3-4, que es una señal de terminación
• Los genes estructurales no se transcriben
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Regulación génica en eucariotas
• La regulación de la expresión
génica puede producirse a corto-
plazo, como respuesta a cambios
en el ambiente, o a largo plazo,
durante la diferenciación y el
desarrollo
• En eucariotas la regulación de la
expresión génica es complicada
– Transcripción
– Procesamiento del mRNA
– Transporte del mRNA
– Traducción
– Procesamiento de las proteínas
– Degradación del mRNA

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Control de la transcripción: factores


de regulación

Reg ulación p ositiva y neg ativa d e la transcrip ción

• Control positivo y negativo.


• Los factores de regulación cis están físicamente
relacionados con la secuencia de DNA que regulan,
mientras que los factores trans no están físicamente
anclados a su diana.
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Control de la transcripción:
promotores e intensificadores

• Los genes codificantes de eucariotas contienen elementos


promotores e intensificadores
• Algunos elementos de los promotores, como la caja
TATA, son necesarios para especificar dónde comienza la
transcripción (promotores basales).
• Otros elementos de los promotores controlan sí la
transcripción se produce o no (promotores proximales)
• Los intensificadores y represores regulan los niveles de
expresión
• Proteínas regulatorias específicas se unen a estas regiones
para activar o reprimir, o para intensificar, la transcripción

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Control de la transcripción: factores


de transcripción
• Los factores de transcripción
son proteínas se unen a
activadores o a elementos
proximales de los
promotores para regular la
transcripción (de forma trans).
• En general presentan dos
dominios, uno de unión al
DNA y otro de unión a
proteínas (p.e., dedos de
zinc), que es el que
influencia la transcripción.

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Cambios cromosómicos y control
transcripcional
• La regiones cromosómicas que se están transcribiendo
presentan una estructura de la cromatina más relajada
• Las histonas pueden a su vez actuar como represores
de la transcripción: los nucleosomas alrededor de
elementos de un promotor (por ejemplo, caja TATA)
impiden que las proteínas reguladores o los factores
de transcripción se unan a estos elementos
• Es posible que las proteínas activadoras se unan a los
intensificadores desplazando las histona y
“rompiendo” los nucleosomas: la caja TATA queda
expuesta a las factores de transcripción.

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Metilación y control transcripcional


• Después de la replicación, algunas citosinas
son metiladas por la DNA metilasa para dar
lugar a 5-metilcitosina (5mC).
• En mamíferos, un 3% de las citosinas están
metiladas, y el 90% de las 5mC se encuentran
en la secuencia CG. En Drosophila o
Tetrahymena casi no hay 5mC.
• Parece ser que existe una correlación negativa
entre metilación y transcripción en algunos
casos, aunque no se sabe si es causa o efecto.

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Regulación hormonal
• Las hormonas son
moléculas efectoras
producidas por una
célula, y que causan
una respuesta
fisiológica en otras
células
• Determinados tipos de
células presentan
determinados tipos de
receptores para
determinados tipos de
hormonas.

Mecanismos d e acción d e hormonas p olip ep tíd icas y esteroid eas

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Proteínas inducidas por hormonas


esteroides

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Acción de los esteroides
• Los genes regulados por
esteroides específica presentan
una secuencia de DNA común
a la que se une el complejo
esteroide-receptor,
denominadas elementos de
respuesta a las hormonas
esteroides (HREs)
• Los HREs se encuentran, a
menudo en copias múltiples, en
regiones intensificadoras.
• Dependiendo de la presencia
de otras proteínas regulatorias,
los HREs pueden activar genes
diferentes en distintos tipos de
células.
Mod elo d e acción d e una hormona g lucocorticoid e en células d e mamíferos.

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Procesamiento del RNA:


poliadenilación y splicing alternativo
• Este tipo de control regula
la producción de
moléculas de RNA
maduras a partir de
precursores
• La poliadenilación
alternativa puede resultar
en la producción de
moléculas de pre-mRNA
diferentes (p.e., calcitonina)
P oliad enilación y sp licing alternativos d el g en humano d e la calcitonina

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Determinación del sexo en Drosophila
• El corte y empalme
alternativo desempeña
un pape crucial en la
determinación del sexo
en Drosophila
• En Drosophila el sexo
está determinado por la
proporción cromosoma
X : autosoma (A)
– Si X:A " 1, hembra
– Si X:A # 0.5,s macho
Cascad a
– Si 1 > X:A > 0.5, “intersex”
reg ulatoria d e
d eterminación
d el sexo en
Drosoph ila.
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Control del transporte del mRNA

• Varios experimentos parecen demostrar que


quizás la mitad de los transcritos primarios de
genes codificantes nunca llegan a abandonar
el núcleo
• Modelo de retención por el spliceosoma
– El spliceosoma previene el transporte nuclear,
retiene el RNA inmaduro en el núcleo hasta que
todos los intrones han sido eliminados
– El mRNA maduro con la caperuza 5’ (que parece
desempeñar un importante papel) interacciona con
los poros nucleares y abandona el núcleo.

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Control de la traducción

• Las moléculas de mRNA son sometidas a un


control traduccional a través de la selección
de mRNAs por parte de los ribosomas
• Los mRNA citoplasmáticos podrían asociarse
con proteínas que los protegen de la
degradación y previenen su traducción.
• La cola poli(A) podría estar implicada en este
tipo de control: los mRNA inactivos
almacenados suelen tener colas poli(A) más
cortas que los mRNAs activos.

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Control de la degradación del mRNA

Estab ilid ad d e mRNAs en resp uesta la p resencia d e moléculas efectoras

• Los tRNA y rRNA son bastante estables.


• Los mRNAs pueden durar de minutos a meses, como
respuesta a diversas señales de regulación.
• Mecanismo importante, aunque desconocido.

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Control de la degradación de
proteínas
• La vida media de las proteínas es un control
post-traduccional de la expresión génica.
• En eucariotas la proteolisis parece requerir el
factor proteico ubiquitina, que se une a las
proteínas “marcándolas” para su degradación.
• La regla del N-terminal predice que la vida
media de una proteína depende del
aminoácido N-terminal.

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Genética del desarrollo


• Los eucariotas complejos presentan muchos tipos de células,
tejidos y órganos con funciones especializadas, pero con un único
genoma.
• El desarrollo es el proceso de crecimiento regulado que resulta de
las interacciones del genoma con el citoplasma y el ambiente
celular externo, y que involucra una secuencia programada de
eventos fenotípicos a nivel celular, de forma típicamente
irreversible.
• La diferenciación implica la formación de diferentes tipos de
células, tejidos y órganos a través del proceso de regulación
específica de la expresión génica; las células diferenciadas
presentan propiedades estructurales y funcionales características.
• Los procesos de desarrollo y diferenciación son el resultado de un
patrón programado de activación e inactivación génica.

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Actividad genómica en eucariotas
Organismo Tamaño estimado Número estimado de Densidad Número de
(millón de bases) genes (1 gen cada x bases) cromosomas
Homo sapiens 2900 ~30000 100000 46
Rattus norvegicus 2750 ~30000 100000 42
Mus musculus 2500 ~30000 100000 40
Drosophila melanogaster 180 13600 9000 8
Arabidopsis thaliana 125 25500 4000 5
Caenorhabditis elegans 97 19100 5000 6
Saccharomyces cerevisiae 12 6300 2000 16
Escherichia coli 4.7 3200 1400 1
H. influenzae 1.8 1700 1000 1

• Un 20-40% del DNA de eucariotas multicelulares es altamente repetitivo; el


resto es moderadamente repetitivo o de copia única.
• Se cree que tan sólo un 1.5% del genoma humano es codificante/
• En erizos de mar, en cualquier momento un máximo del 6% de las
secuencias únicas se está transcribiendo.
• La función del DNA que no se transcribe es eucariotas multicelulares podría
ser “DNA basura” acumulado durante la evolución, o podría desempeñar
funciones regulatorias todavía por determinar.

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Constancia del genoma durante el


desarollo
• La clonación de la oveja Dolly
demostró que las célula
somáticas poseen toda la
información genética necesaria
para producir un desarrollo
completo desde el comienzo.
• El núcleo celular es totipotente

Clonación d e la oveja Dolly

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Actividad genética diferencial entre
tejidos y durante el desarrollo
• En humanos, se producen diferentes
tipos de hemoglobinas a lo largo del
desarrollo:
– hemoglobina embrionaria (2$ + 2% )
en el saco vitelino.
– hemoglobina fetal (2& + 2') en
hígado y al bazo.
– hemoglobina adulta (2& + 2!; 1/40
Síntesis d e g lob ina d urante el d esarrollo humano
son 2& + 2() en la médula espinal.
• Los genes de las globinas se sitúan en
los cromosomas en orden
cronológico.

Genes humanos d e la g lob ina

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Inmunogenes
• Cuándo un antígeno las activa,
los linfocitos B se producen
anticuerpos, que consisten
proteínas especializadas
denominadas inmunoglobulinas.
• 2 cadenas pesadas (H) idénticas y
2 cadenas ligeras (L) idénticas.
• Regiones variables (VH y VL) y
regiones conservadas (CH y CL).
• Los mamíferos (IgA, IgD, IgE, IgG
e IgM) presentan 106-108
anticuerpos distintos, originados
Molécula d e inmunog lob ulina G (Ig G) por recombinación somática.

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Recombinación de la cadena ligera

P rod ucción d e la cad ena lig era * en ratón p or


recomb inación d e los seg mentos g énicos V, J,
y C d urante el d esarrollo. El reord enamiento
q ue se muestra es uno d e muchos p osib les.

• En la línea germinal de ratón hay una serie de segmentos génicos que


codifican partes de la cadena ligera: 350 L-V* (L es una secuencia líder), 4
segmentos J* de unión y 1 segmento C*
• Durante el desarrollo de la célula B, por recombinación un segmento
particular L-V* se asocia con un segmento particular J* y con el
segmento C*
• Así, se pueden producir 350 ) 4 ) 1 = 1400 cadenas ligeras * diferentes.

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Recombinación de la cadena pesada

P rod ucción d e g enes d e la cad ena p esad a en


ratón p or recomb inación d e los seg mentos
g énicos V, D, J, y C d urante el d esarrollo p ara
d ar lug ar a Ig G. Dep end iend o d el seg mento
CH usad o, el anticuerp o resultante es Ig M,
Ig D, Ig E o Ig A. El reord enamiento q ue se
muestra es uno d e muchos p osib les.

• En la línea germinal de ratón hay una serie de segmentos génicos que codifican
partes de la cadena pesada: 500 L-VH, 12 segmentos D, 4 segmentos JH de
unión y 5 segmentos CH para las IgM, IgD, IgG, IgE e IgA.
• Durante el desarrollo de la célula B, por recombinación un segmento particular
L-VH se asocia con un segmento particular D, con otro JH y con un segmento CH
que especifica el tipo de Ig.
• De esta forma, se pueden producir 500 ) 12 ) 4 = 24000 cadenas pesadas
diferentes, y por lo tanto 24000 ) 1400 (cadenas ligeras *) = 33600000
moléculas de anticuerpo.

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Genética del desarrollo en
Drosophila
• Gradientes en los ejes posterior-
anterior y dorsal-ventral en el
huevo.
• Subsiguiente determinación de
regiones en el embrión que se
corresponden directamente con
segmentos del cuerpo del adulto.
• En Drosophila hay tres clases
principales de genes del desarrollo
– genes de efectos maternos:
especifican los gradientes en el
huevo
– genes de segmentación:
determinan los segmentos del
embrión y del adulto
– genes homeóticos: especifican la
identidad de los segmentos.

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Genes de efectos maternos y de


segmentación
• Los genes de efectos maternos bicoid, nanos y torso
regulan la formación de las estructuras anterior,
posterior y terminal, respectivamente.
– La proteína BICOID se acumula en la parte anterior del
huevo y la NANOS en la posterior. La proteína TORSO se
distribuye homogéneamente, pero sólo será activada en las
partes terminales.
• Los genes de segmentación se dividen en tres clases:
– Los genes gap dividen embrión en grandes regiones.
– A continuación los genes de la regla de pares dividen el
embrión en un número de regiones, cada una de las cuales
contiene un par de parasegmentos.
– Finalmente los genes de polaridad del segmento se expresan
para determinar las regiones que se corresponderán con los
segmentos en el embrión y en el adulto.

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Genes homeóticos (Hox)
• Determinan la identidad de cada
segmento con respecto la parte corporal a
la que darán lugar en el adulto.
• Los mutantes homeóticos provocan que
un segmento se desarrolle en una parte
corporal diferente de la normalmente
especificada.
• Comparten secuencias similares de unos
180 pb que se denominan homebox, que
dan lugar a homeodominios proteicos
capaces de unirse al DNA. Estas
secuencias suelen estar muy conservadas
también han sido observadas en otros
organismos.
• Los genes homeóticos aparecen en todos
Comp lejo bith orax los fila animales, a excepción de esponjas y
cnidarios.

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Mutaciones homeóticas

Mutaciones an ten n apedia Mutaciones bith orax

• El complejo Antennapedia agrupa varios genes que determinan la identidad


anterior de la mosca. A menudo las mutaciones en estos genes son letales.
• El complejo Bithorax agrupa varios genes que determinan la identidad
posterior de la mosca. A menudo las mutaciones en estos genes son letales.

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