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LOS ÁTOMOS, LAS

MOLÉCULAS Y LA VIDA

DR. ENRIQUE AVILA ZAMORA


2013
BIOQUÍMICA

La bioquímica, término utilizado por primera vez


en 1877 por Félix Hoppe-Seyler, puede ser
definida como la ciencia que estudia los
constituyentes químicos de los seres vivos, sus
funciones y sus transformaciones, así como los
procesos que controlan éstas. Es decir, se dedica al
conocimiento de la base molecular de la vida, es
una ciencia derivada de la Fisiología, disciplina
esta última que estudia las funciones del
organismo vivo, vegetal o animal, y su
coordinación. Enrique Avila Zamora 2
BIOQUÍMICA
• En fisiología se entiende que el conocimiento
parcial de los fenómenos ocurridos en los seres
vivos llega a comprender los procesos completos.
Se hace especial hincapié en la integración de
tales procesos tanto en el organismo vivo como
en la función orgánica, tisular y celular.
• Ahora sabemos que, en última instancia, las
funciones de células y órganos, incluso del
organismo completo, depende de las moléculas
que los constituyen y su interacción; es decir, de
los procesos bioquímicos que
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en ellos tienen 3
lugar. (Emilio Herrera)
COMPOSICIÓN DE LA MATERIA VIVA

• La materia viva se compone principalmente de los


elementos más ligeros.

• Sólo 22 de los más de 90 elementos presentes en


la naturaleza son esenciales para el hombre.

• La mayoría de ellos tienen un número atómico


relativamente bajo sólo dos (Mo y I) tienen
número atómico superior al Se.

• Ver la tabla periódica en la siguiente diapositiva

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LA MATERIA VIVA SE COMPONE
PRINCIPALMENTE DE LOS ELEMENTOS MÁS
LIGEROS
• Ver las figuras de las siguientes dos dispositivas.
• Sólo 22 de los más de 90 elementos presentes en
la naturaleza son esenciales para el hombre.
• La mayor parte tiene un número atómico
relativamente bajo, sólo 2 (Mo y I) tienen nº
atómico superior al Se.
• Los elementos más ligeros son capaces de formar
1, 2, 3 y 4 enlaces covalentes.
• Los elementos más ligeros forman los enlaces
más fuertes.
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COMPOSICIÓN DE LA MATERIA VIVA
• Ver la tabla de la siguiente diapositiva
• Los cuatro elementos más abundantes en el organismo del hombre
H, O, C y N constituyen más del 99% del total de átomos existente
en él.
• Los 6 elementos más abundantes en el cuerpo humano se
encuentran entre los 9 elementos más abundantes en el agua del
mar.
• Varios de los elementos abundantes en el cuerpo humano (N, O, y
H) son componentes de la atmósfera y se encontraban ya en ella en
la época prebiótica.
• En el agua de mar han debido aparecer los primeros organismos.
• Los oligo elementos (elementos traza) representan una fracción del
cuerpo humano, pero todos ellos son esenciales para la vida,
generalmente a causa de que resultan totalmente necesarias para la
función de las enzimas y hormonas.
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Abundancia de los elementos en el agua del
mar, el cuerpo humano y la corteza terrestre.

Agua del mar (%) Cuerpo humano (%) Corteza terrestre (%)

H 66 H 63 O 47
O 33 O 25.5 Si 28
Cl 0.33 C 9.5 Al 7.9
Na 0.28 N 1.4 Fe 4.5
Mg 0.033 Ca 0.31 Ca 3.5
S 0.017 P 0.22 Na 2.5
Ca 0.0062 Cl 0.08 K 2.5
K 0.0060 K 0.06 Mg 2.2
C 0.0014

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Las funciones biológicas de algunos oligo elementos
Elemento Ejemplo de función biológica
Fe Transportador electrónico en reacciones de oxidación reducción
Cu Componente de la oxidasa mitocondrial
Mn Cofactor de la arginasa y otras enzimas
Zn Cofactor de las deshidrogenasas
Co Componente de la vitamina B12º
Mo Componente del sistema fijador de N2
Se Componente de la enzima glutation peroxidasa
V Cofactor de la enzima nitrato reductasa
Ni Cofactor de la enzima ureasa
I Componente de la hormona tiroidea
Mg Cofactor de la fosfosíntesis.
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ENLACE COVALENTE

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BIOMOLÉCULAS

Las biomoléculas son las moléculas


constituyentes de los seres vivos.
Están compuestas principalmente por carbono
e hidrógeno, aunque también pueden estar
presentes oxígeno, nitrógeno, fósforo y
azufre.
Otros elementos son a veces incorporados pero
en mucha menor proporción.

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BIOMOLÉCULAS

Los cuatro elementos más abundantes en


los seres vivos son el carbono, hidrógeno,
oxígeno y nitrógeno representando más del
99 % de la masa de la mayoría de las
células.
Estos cuatro elementos son los principales
componentes de las biomoléculas debido a
que:

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BIOMOLÉCULAS
1. Permiten la formación de enlaces covalentes
entre ellos, compartiendo electrones, debido a
su pequeña diferencia de electronegatividad.
Estos enlaces son muy estables, la fuerza de
enlace es directamente proporcional a las
masas de los átomos unidos.
2. Permiten a los átomos de carbono la
posibilidad de formar esqueletos
tridimensionales –C-C-C- para formar
compuestos con número variable de carbonos.

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BIOMOLÉCULAS
3. Permiten la formación de enlaces múltiples
(dobles y triples) entre C y C, C y O, C y N,
así como estructuras lineales ramificadas
cíclicas heterocíclicas, etc.
4. Permiten la posibilidad de que con pocos
elementos se den una variedad de grupos
funcionales (alcoholes, aldehídos, cetonas,
ácidos, aminas, etc.) con propiedades
químicas y físicas diferentes.

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CLASIFICACIÓN DE LAS BIOMOLÉCULAS
A) Según la naturaleza química las
biomoléculas
pueden ser:

1. Biomoléculas inorgánicas: Que no son


formadas por los seres vivos, pero son muy
importantes para ellos, como el agua, la
biomolécula más abundante, los gases (oxígeno,
dióxido de carbono) y las sales inorgánicas:
aniones como fosfato (HPO4-2), bicarbonato
(HCO3-) y cationes como el amonio (NH4+).
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CLASIFICACIÓN DE LAS BIOMOLÉCULAS
2. Biomoléculas orgánicas o principios
inmediatos: Que son sintetizadas solamente por
los seres vivos y tienen una estructura a base de
carbonos. Como los Glúcidos (glucosa,
glucógeno, almidón), los lípidos (ácidos
grasos, triglicéridos, colesterol, fosfolípidos,
glucolípidos), las proteínas (enzimas,
hormonas, hemoglobina, inmunoglobulinas
etc.), los ácidos nucleicos (ADN, ARN) y los
metabolitos (ácido pirúvico, ácido láctico,
ácido cítrico, etc.)Enrique Avila Zamora 18
CLASIFICACIÓN DE LAS BIOMOLÉCULAS
B) Según el grado de complejidad estructural
las biomoléculas pueden ser:
1. Precursoras: moléculas de peso bajo
molecular, como el agua (H2O),
anhídrido carbónico (CO2) o el
amoníaco (NH3).
2. Intermediarios metabólicos:
moléculas como el oxaloacetato,
piruvato o el citrato, que
posteriormente se transforman en otros
compuestos.
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CLASIFICACIÓN DE LAS BIOMOLÉCULAS
3. Unidades estructurales También
llamadas unidades constitutivas de
macromoléculas como los
monosacáridos (en celulosa, almidón),
aminoácidos (de las proteínas),
nucleótidos
4. Macromoléculas: de peso molecular
alto como los ya citados almidón,
glucógeno, proteínas, ácidos
nucleicos, grasas, etc.

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CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES VIVOS
• Los seres vivos están formados por
moléculas que se ajustan a todas las
leyes físicas y químicas que rigen el
comportamiento de la materia inerte. Los
organismos vivos poseen unas
propiedades que no se encuentran en la
materia inanimada como son:
1) Complejidad y organización:
• Poseen estructuras internas
complejas formadas por numerosas
moléculas complejas.

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CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES
VIVOS
2. Cada una de las partes que
componen la materia viva cumple un
rol específico:

• Esto se cumple no sólo para las


estructuras extracelulares, sino
también para los compuestos
químicos de la célula (lípidos,
proteínas y ácidos nucleicos).

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CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES
VIVOS
3. Son capaces de extraer y transformar
la energía de su entorno:
• El ser vivo utiliza materias primas
sencillas para producir o transformar
energía, la cual es utilizada para
edificar y mantener sus propias e
intrincadas estructuras.
4. Posee la capacidad de duplicarse:
• El ser vivo posee la capacidad de
reproducirse, elaborando copias
exactas de si mismo, logrando así la
persistencia del ser vivo en nuestro
planeta Enrique Avila Zamora 23
CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES
VIVOS
5. La composición química de los seres
vivos es, cualitativamente, muy diferente
de la del entorno físico en que viven.

6. La mayor parte de los componentes


químicos de los organismos son
compuestos orgánicos de carbono en
los que este elemento se halla
relativamente reducido o hidrogenado.

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CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES
VIVOS
7. Muchas biomoléculas orgánicas
contienen también nitrógeno. Por el
contrario, los elementos nitrógeno y
carbono no son abundantes en la materia
inerte y se encuentran en la atmósfera y
en la corteza terrestre en formas
inorgánicas sencillas, tales como, dióxido
de carbono, nitrógeno molecular,
carbonatos y nitratos.
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CARACTERÍSTICAS DE LOS SERES
VIVOS
8. Los compuestos orgánicos presentes
en la materia viva muestran enorme
variedad y la mayor parte de ellos son
extraordinariamente complejos; las mas
sencillas de las células, las bacterias
contienen gran número de distintas
moléculas orgánicas. Las proteínas y los
ácidos nucleicos son moléculas
complejas y solamente se conoce la
estructura de unas pocas.
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TAMÑOS RELATIVOS DE LAS BIOMOLÉCULAS

Par kilo base Kb o Kbp: unidad de medida de longitud para el DNA y RNA, usada en genética. Es igual
a mil nucleótidos. Se usa en genética. Enrique Avila Zamora 28
ENLACE ENTRE CARBONOS

Tetrahedro, longitud: 0,154 nm,


ángulo de 105 grados

Libertad de rotación de los


enlaces simples

Enlaces dobles c-c no permiten doble


rotación, ángulo entre ellos es de
120º y los átomos A, B, X y Y
están en el mismo plano.

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REACCIONES QUÍMICAS DE TIPO GENERAL
QUE OCURREN EN LAS CÉLULAS

• La gran cantidad de reacciones químicas que ocurren en la


célula pueden clasificarse en cinco categorías generales:

1. Reacciones de transferencia de grupos


2. Reacciones de óxido reducción
3. Reacciones de reordenación de los enlaces alrededor de los
átomos de carbono.
4. Reacciones de rotura o formación de enlaces carbono
carbono.
5. Reacciones de condensación

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TIPOS GENERALES DE REACIONES EN LA
CÉLULA
TRANSFERENCIA DE GRUPOS

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Oxido reducción
TIPOS GENERALES DE REACIONES EN
LA CÉLULA

REORDENACIÓN DE LOS ENLACES ALREDEDOR DE LOS ATÓMOS DE


CARBONO

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TIPOS GENERALES DE REACIONES EN LA
CÉLULA

REACCIÓN DE ROTURA DE ENLACE


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MODELOS DE LA ESTRUCTURA DEL
AMINO ÁCIDO ALANINA

a) f. estructural en perspectiva
b) Modelo bolas y varilla
c) Modelo espacial lleno

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MOLÉCULA QUIRAL

ESTÉREO ISOMERÍA: iguales propiedades químicas pero difieren en una propie


física: desviar la luz polarizada en sentido opuesto pero de misma magnitud.
SON ENANTIÓMEROS: Isomería óptica (especular), desvían luz polarizada
Enrique
en la misma magnitud pero Avila Zamora
de sentido opuesto. 40
MOLÉCULA AQUIRAL

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ENANTIÓMEROS DEL ÁCIDO TARTÁRICO

D dextrógiro L levógiro

Acido tartárico = ácido 2, 3 di hidroxi butano dioico


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CONFIGURACIÓN DE ESTÉREO ISOMÉROS
CIS TRANS

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PRECURSORES DE BIOMOLÉCULAS

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MACROMOLÉCULAS, ESTRUCTURA

• Las macromoléculas constituyen la mayor parte de


la materia orgánica contenida en las células vivas:
Cada uno de los tipos de macromoléculas se
forma a partir de una serie limitada de subunidades
monoméricas de bajo peso molecular y unidas
covalentemente.
Las proteínas son polímeros de 20 clases
diferentes de amino ácidos.
Los ácidos nucleicos son polímeros de varias
unidades de nucleótido (4 en el DNA y 4 en el RNA)
mientras que los polisacáridos son polímeros de
unidades repetidas de azúcares.
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MACROMOLÉCULAS FUNCIONES

• Los ácidos nucleicos y las proteinas son


moléculas informativas, la secuencia de
sus sub unidades conforman la
individualidad genética de una especie.
• Los polisacáridos simples actúan
como componentes estructurales , pero
algunos complejos son también
informativas.
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JERARQUÍA ESTRUCTUAL
• Existe una jerarquía estructural en la
organización molecular de las células .
• Las células contienen organellas como
el núcleo, las mitocondrias, los cuales a
su vez contienen complejos
supramoleculares como las membranas
y ribosomas.

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JERARQUÍA ESTRUCTUAL
• Estos últimos consisten a su vez en
agrupaciones de macromoléculas unidas
por muchas fuerzas no covalentes
relativamente débiles.
• Las macromoléculas están formadas por
subunidades unidas covalentemente.

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JERARQUÍA ESTRUCTURAL EN LA ORGANIZACIÓN MOLECULAR
DE LAS CÉLULAS

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DILUCIONES ACUOSAS, AGUA, ACIDOS,
BASES, SOLUCIONES BUFFER
• GENERALIDADES

– Aproximadamente 60% del peso


corporal es agua, medio fundamental en
el que se desarrolla el metabolismo
intracelular como el extracelular.
– El agua solubiliza carbohidratos,
proteínas y iones, permi-tiendo el
anabolismo y el catabolismo de los
diferentes nutrientes..
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DILUCIONES ACUOSAS, AGUA, ACIDOS,
BASES, SOLUCIONES BUFFER
– Del líquido corporal 2/3 partes son
intracelulares y 1/3 es extracelular. El
25% del extracelular es plasma
sanguíneo.
– La regulación del agua corporal
depende del hipotálamo que controla la
sed, de la hormona antidiurética y de la
función renal.

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• El pH es una expresión pH
que valora la
pH DE FLUIDOS BIOLÓGICOS
concentración de iones
hidrógeno. Sangre arterial 7.4
• Se define como el Sangre venosa 7.35
logaritmo negativo de la Líquido intersticial 7.35
concentración de iones Líquido intracelular 6,0 a 7,4
H. Orina 6,8 a 7,2
• Así, para el caso del Sudor 5,0 a 7,0
agua el pH
Jugo gástrico 2,0 a 2,5
correspondiente es:
[ ]+ −7
pH = −logH = −log10 = −(−7) = 7
Acidosis: pH sanguíneo menor 7,36
• El pH de las soluciones Alcalosis: pH sanguíneo mayor 7,44
al-calinas se obtiene
sobre la base de pH +
pOH=14. Enrique Avila Zamora 58
Ácidos fuertes y débiles
La fortaleza y debilidad
de un ácido no depende
sólo de la concentración
del mismo, sino del grado HCl ⇔ Cl + H
de disociación que 36 , 5 g ⇔ 35 , 5 g + 1 g
alcanza. Disocia 95 %
H = 0 , 95 g
El HCL fuerte se disocia
95% mientras que el
ácido acético débil lo CH 3− COOH ⇔ CH 3 COO +H
hace en un 1,34%. 60g ⇔ 59g +1g
El H + que proporciona Disocia =1,4%
una solución de HCL es H = 0,014g
diferente.
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Algunas características
adicionales del pH...
• El agua al disociarse
genera 1x10-7 moles de
hidrógeno por litro de pH = − log[ H + ]
agua. Genera también
1x10-7 moles de OH-por pH = − log[10 −7 ]
lo que es
característicamente pH = −(−7) = 7
neutra y su pH es 7.
Hidrógeno pH • Las unidades de pH avanzan
1x10-4 4
de una en una, pero las
concentracio-nes
1x10-5 5
correspondientes, de diez en
1x10-6 6 diez.
1x10-7 7 • Valores por debajo de 7 son
1x10-8 8 ácidos y por encima de 7 son
1x10-9 9 alcalinos.
1x10-10 10
1x10-11 11 Enrique Avila Zamora 60
Efecto amortiguador del pH por la
solución de ácido débil y su sal
correspondiente
• Las soluciones de ácido
débil y su base conjugada 0,9
tienen la capacidad de
amortiguar las variaciones
bruscas de pH.
• El efecto se observa 0,5
titulando un ácido débil con
una base fuerte.
• Son fisiológicos el par
0,1
Bicarbonato/ác.Carbóni
co 2,7 4,7 6,7
pK
• Fosfato básico/fosfato
ácido.
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Características de una solución
amortiguadora

• Las características de una solución amortiguadora


derivan de la Ecuación de Henderson
Hasselbalch.
• La máxima capacidad amortiguadora se produce
cuando el pH=pK del ácido, es decir cuando la
concentración de sal y de ácido son iguales.
• Los valores pH de la solución dependen de la
relación sal/ácido y no de la concentración absoluta
de ellos.
sal
pH = pK + log ácido
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Amortiguadores
de importancia biológica

• Bicarbonato: Bicarbonato/ácido carbónico, es


el más importante amortiguador extracelular. El pK
del ácido carbónico es 6,1 y se genera a partir del
CO2 del metabolismo.
• Fosfato: Fosfato básico/fosfato ácido, el más
im-portante en el intracelular. El pK del fosfato
ácido es 6,8 y el pH intracelular se mantiene entre
6 y 7,4.
• Proteínas: Son importantes amortiguadores intra-
celulares. En base a las cadenas imidazólicas de
las histidinas. Su pK está entre 5,6 y 7,0
dependiendo de la proteína.
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pH biológico
• El pH es la concentración de iones [H] de una solución.
• Las distintas soluciones naturales, artificiales y
biológicas tienen un pH variable que es bueno
reconocer.
• Las soluciones alrededor de pH 7 (neutralidad) son las
menos agresivas para los seres biológicos.
Jugo de
naranja Agua
Cola de mar
Amoniaco
Leche

0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
ácido neutro alcalino
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Medida de pH
• Existen varias formas de medir el pH de una
solución:
– Tiras indicadoras
– Colorantes indicadores líquidos
– Electrodos de medida
• Las tiras y los colorantes líquidos, funcionan a base de
indicadores que varían de color de acuerdo al pH donde se
encuentren.
pH color 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
Azul de timol R-AM
Rojo Congo AZ-AM
Anaranjado de metilo R-AM
Verde de Bromocresol AM-AZ
Rojo de Metilo R-AM
Púrpura de bromocresol AM-PU
Azul de Bromotimol AM-AZ
Rojo de Fenol AM-R
Fenolftaleina IN-R
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PROPIEDADES Y FUNCIONES DEL AGUA

• PROPIEDADES TÉRMICAS:
– Conductividad térmica y calor específico elevado (para subir de
temperatura absorbe mucho calor y para bajar tiene que perder mucho
calor: el agua es adecuada para llevar calor de una a otra parte del
organismo (desde el interior de las células).
– Calor latente de evaporación elevado (es la propiedad térmica más
importante), es una forma importante de perder vapor.
• PROPIEDADES FISICOQUÍMICAS:
– Tamaño molecular pequeño: le permite atravesar membranas, llegar
a todas las partes del organismo.
– Es el sovente universal.
– Químicamente es inerte.

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EL HOMBRE COMO SISTEMA
FISICOQUÍMICO

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HEMATOCRITO (Ht ). EN UN TUBO SE COLOCA LA MUESTRA DE
SANGRE Y SE CENTRIFUGA. EL SOBRENADANTE ESTARA FORMADO
POR PLASMA Y EL SEDIMENTO POR ERITRICITOS. EN UNA PERSONA
NORMOHIDRATADA, LA PROPORCION DE DE ERITROCITOS/PLASMA ES
DE 45% Y SE REDUCE EN LAS ANEMIAS. EL Ht AUMENTA EN LAS
DESHIDRATACIONES Enrique Avila Zamora 74
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compartimento % del peso Eritrocitos Urea Na+ H2O
corporal

IV 5 5(106) 30 mg/dl 140 mEqL [H2O]

Intersticial 15 30 mg/dl 140 mEq/L [H2O]

Intracelular 40 30 mg/dl 12 mEq/L [H2O]

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EL INTRAVASCULAR ES LA VIA DE ENTRADA Y SALIDA DE AGUA, SOLUTOS Y
GASES AL COMPARTIMIENTO CORPORAL. A) EL AGUA Y LOS ALIMENTOS
ENTRAN POR LA BOCA AL TUBO DIGESTIVO. ALLI SON ABSORBIDOS,
PASANDO AL ESPACIO INTERSTICIAL A TRAVES DE LA PARED DE LOS
CAPILARES Y DE ALLI AL INTRACELULAR (IC) A TRAVES DE LAS MEMBRANAS
CELULARES. EL AGUA Y LOS PRODUCTOS DEL METABOLISMO PASAN DE
LAS CELULAS AL INTERSTICIAL Y DE ALLI AL INTRAVASCULAR, DE DONDE
SON EXCRETADOS POR VIA RENAL Y DIGESTIVA. B) LOS GASES
ATMOSFERICOS SIGUEN UN CAMINO SIMILAR, SIENDO ABSORBIDOS Y
ELIMINADOS POR VIA PULMONAR. C) LAS GLANDULAS SUDORIPARAS
PERMITEN LA ELIMINACION DE CALOR DEL AGUA QUE TOMAN DEL PLASMA
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FIN

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