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Les Archaea - le troisième domaine du vivant

cours de Guennadi SEZONOV

BMC429

guennadi.sezonov@pasteur.fr

- 2009 -
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3
La lecture conseillée
BMC429 BMC429 et 421

« Microbes de l’enfer » « Biologie et génétique d’E. coli »


Belin; Patrick Forterre belin, Richard d’Ari et Guennadi Sezonov

4
Elles s’appellent…

► archéobactéries (jusqu'a 1990)

► archaeon – archaea

► archée – archées
Les notions à retenir à la fin du cours
(minimum syndical)

-les Archées sont des procaryotes unicellulaires

-les Archées ne sont pas des bactéries

-les trois principales phyla d’Archées sont :

- Crenarchaea (Crenarcheota)
- Euryarchaea (Euryarcheota)
- Thaumarchaea (Thaumarcheota)

-les Archées ne sont pas que des bêtes exotiques vivant dans des conditions
extrêmes dans des endroits inaccessibles et uniques (sources chaudes, fond d’océan)

- elles sont partout et représentent jusqu’à 20% des procaryotes en biomasse

6
Le plan du cours
Partie I. La découverte des Archaea

Partie II. A la recherche du monde perdu…. des archées

Partie III. Organisation de la cellule chez les Archaea

Partie IV. Les archées mésophiles – cultivables et non-cultivables

Partie V. Virus des Archaea hyperthermophiles

Partie Vl. Epiloque et les archées sur Mars

7
Partie I
La découverte des Archaea

100-120°C 300°C

8
La vision traditionnelle du vivant (avant 1977)

eucaryotes

eucaryotes
supérieurs

eucaryotes
« inférieurs »
=

procaryotes

= bactéries procaryotes

9
Robert Whittaker: 5 domaines –
les critères morphologiques

10
Reconstitution de l’évolution–
les critères morphologiques

11
Reconstitution de l’évolution–
les critères morphologiques

12
Question de taille
La taxonomie classique des microorganismes est
difficile et inexacte…
Les critères sont :
- morphologie
- coloration
- métabolisme
- habitat
- +++ ??

Escherichia coli Streptomyces

Staphylococcus Bacillus

… et ne reflète pas l’évolution réelle du monde des procaryotes


14
Les macromolécules, témoins de l’évolution

1965
(Emile Zuckerkandl, Linus Pauling)

nouvelle approche –
la phylogénie moléculaire
basées sur l’analyse
et la comparaison
de séquences des gènes

15
Linus Pauling et macromolécules
Pauling fut lauréat à la fois du prix
Nobel de chimie en 1954 et du prix
Nobel de la paix en 1962

ADN protéines
16
Le principe de la phylogénie moléculaire

temps= nombre de copies

les erreurs s'accumulent à une vitesse globalement proportionnelle


au nombre de copies du manuscrite réalisées et donc au temps si on
copie ce livre à une vitesse constante
Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan

« Bonjour tristesse »

Bon… triste
Sans stress

Bon… stress Bon… tristesse

Fort stress
…jour tristesse

établir les liens de parenté entre ces différents titres


18
Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan

Bon… triste

Bon… tristesse Sans stress

Bon… stress
Bonjour tristesse

Fort stress

…jour tristesse
Les macromolécules, témoins de l’évolution
histoire
Temps évolutive

mouse ACcAGCTAA

ancêtre commun
rat ACTAGCTAA

ACTAGCTGA rabbit AgTAGCTAA

man ACTTGtTGA
Selon l'hypothèse de l'horloge
moléculaire, les mutations génétiques
s'accumulent dans un génome
gorilla ACTTGaTGA
à une vitesse globalement proportionnelle
au temps géologique écoulé après la séparation séquences actuelles
d’espèces issues du même ancêtre commun
Phylogénie moléculaire – une machine à remonter le temps

Temps

mouse
séquences actuelles
rat
ACTAGCTAA

Arbre
rabbit phylogénique

man
Reconstruction
gorilla

L’arbre phylogénique construit même avec un seul gène reflète


l’histoire naturelle des espèces
Evolution des hominides – échelle
immunologique (Science 1967)

22
Gibbon
Siamang

Orang-outan

Chimpanzé

ancêtre commun 5 millions d’années

23
Origine du virus du SIDA

24
Science 2000

ancêtre commun
1920-1940

gp160 – arbre phylogénétique


25
Phylogénie moléculaire des grands groupes –
avec quel(s) gène(s)?
les ARN ribosomaux - ubiquitaires (toutes les cellules possèdent des ribosomes)
- essentiels (message non saturé)
- et longs (contiennent suffisamment d’information)

procaryotes eucaryotes

80S
ribosome

60S
subunit

40S subunit

5S 18S 28S
~120nt ~1900 nt ~4700 nt
ARN 16S (ou 18S) – le choix idéal

ARN 16S – 1400 - 1500 nt


(18S chez eucaryotes -1900 nt)

- plus riche en information


que le 5S – 120-130 nt

-plus facile à étudier


que le 23S – ~3000 nt

Pour comparer il faut connaître les séquences de ARN 16S venant de plusieurs espèces

27
« Il existe trois grands types d’ARN 16S (et donc 3 type
de ribosomes) sur Terre »
Carl Woese, 1977

???

1 - E –eucaryotes
2 - B – procaryotes (bactéries)
3 - ?????

28
1977 – la technique employée par C. Woese
pour séquencer l’ARN 16S

- la technique de séquençage de l’ADN est inconnue

- cependant, l’ARN 16S peut être facilement extrait des ribosomes

- une technique laborieuse permet de comparer les séquences des


différents ARN

29
Production d’un catalogue d ’oligonucléotides
digérés par la RNAse T1

les oligos assez spécifiques


trop courtes pour être spécifiques
à partir de 5-6 nt

coupure sur G
par l’RNase T1
bibliothèque des oligos

30
Les bibliothèques d’oligonucléotides

diapo

31
Les bibliothèques d’oligonucléotides

élution et
séquençage

32
La comparaison des bibliothèques d’oligonucléotides

espèce a espèce b

Sab – la coefficient de similarité


(ou coefficient d'association)

33
Les premiers résultats de Woese –
les bactéries sont éloignées des eucaryotes

proches

éloignés

éloignés

proches

Les valeurs de SAB de deux bactéries ou de deux eucaryotes


sont toujours supérieures à 0,2

34
Les premiers résultats de Woese –
les chloroplastes sont des ex- bactéries

proches

éloignés

35
Carl Woese entreprend alors l’analyse des « bactéries bizarres »:

- les méthanogènes

- les halophiles

- les hyper thermoacidophiles (Sulfolobus)

36
3 groupes de procaryotes connus depuis longtemps et mal classifiés

ils ne peuvent pas être distingués des bactéries par leur phénotype
- petites cellules
- pas de noyau
- pas d’organites

les méthanogènes les halophiles les hyperthermophiles


acidophiles

Methanobrevibacter Halococcus Halobacterium


Sulfolobus acidocaldarius

37
Au microscope ces organismes ont l’apparence des bactéries typiques

une « bactérie » méthanogène une « bactérie » halophile

une bactérie hyperthermophile,


Sulfolobus solfataricus

38
La découverte du méthane – gaz combustible – par Alessandro Volta
en 1776 – Lac Majeur

le gaz est produit par une « bactérie » appelée méthanogène et habitant dans les marais

39
Les méthanogènes: une biodiversité extraordinaire

Habitats variés:
- eaux stagnantes (marais, station d ’épuration)
- sol
- lacs salés
- zones volcaniques
- sédiments sous-marins des sources chaudes
- tractus intestinal des mammifères (homme inclus)

Modes de vie très variés:


- adaptation à la salinité
- adaptation à toutes les températures de 10°C à 100°C

exemples
Methanogenium frigidum (15°C)
Methanopyrus kandleri 100°C

40
Les méthanogènes: comme leur nom l’indique…

… ce sont les seuls organismes sur Terre à produire du méthane:

méthanogenèse

CO2 + 4H2 = CH4 + 2H2O


réduction du CO2 ou des substrats méthylés
en utilisant l’hydrogène comme donneur d ’électrons

CONDITIONS: anaérobie stricte; une réductase avec des coenzymes uniques


contenant du Ni2+

41
Conclusion

l’étude phénotypique et métabolique des méthanogènes ne permettait pas


de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – les méthanogènes, sont elles tout


simplement des bactéries bizarres?

42
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus

Les extrêmophiles sont:


- des organismes capables de vivre dans des conditions de température, pression ,
salinité, acidité, rayonnement… extrêmes, qui seraient mortelles pour la majorité
des êtres vivants.

Un organisme halophile (du grec alos, sel et philein, aimer)


est un organisme qui a un besoin absolu de fortes concentrations en sel pour vivre

Procaryotes
- Halobacterium
- cyanobactérie Aphanothece halophytica
Eucaryotes
- une algue verte Dunaliella salina

43
Les extrêmes halophiles - habitat

Na+
K+
Mg2+
Cl-

Great Salt Lake, Utah, USA La Mer morte


44
Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie

Type trophique : chimioorganotrophes - acides aminés , acides organiques

Respiration: aérobes obligatoires

Division cellulaire: fission binaire; pas de noyau – procaryotes typiques

Capacité de mouvement : motiles

Haloferax sulfurifontis Halobacterium

45
Conclusion

les études phénotypiques et métaboliques de certains halophiles ne permettaient pas


de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – tous les procaryotes halophiles, sont


elles tout simplement des bactéries bizarres?

46
Sulfolobus acidocaldarius
un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5

USA, Yellowstone Park

découvert en 1975 par Thomas Brock


dans les sources chaudes du parc de Yellowstone USA –
80° - 95°C

a comparer – bactérie Bacillus stearothermophilus -


optimum 55°C

47
Sulfolobales : je me nourris au soufre pur

sulfur oxygenase reductase (SOR)

48
Conclusion

les études phénotypiques et métaboliques de


Sulfolobus acidocaldarius ne permettaient pas
de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – tous les hyperthermophiles , sont elles


tout simplement des bactéries bizarres?

49
La découverte extraordinaire de Carl Woese

élution et
séquençage

50
Les méthanogènes ne sont pas des eucaryotes

- les méthanogènes sont aussi éloignés


de l’homme que des bactéries

51
Les méthanogènes ne sont ni des eucaryotes
… ni des bactéries !!!!!

- les méthanogènes sont aussi éloignés


de l’homme que des bactéries
- les méthanogènes sont également très éloignés des
bactéries (alors, ils ne sont pas des bactéries?!!)

52
Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie

Nicolas Copernic

53
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???

54
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???

55
il faut leur donner un nom – ARCHEOBACTERIES

très mauvais choix – ils ne sont ni ARCHEO


ni BACTERIES

56
Conclusion: les archéobactéries forment une
groupe à part - UN DOMAINE

- les trois groupes analysés

-méthanogènes
-halophiles
-hyperthermophiles

forment un domaine très distinct


de ceux des vraies bactéries et des
eucaryotes

alors le monde vivant est constitué de 3 domaines correspondant aux 3 ribosomes

57
03 Novembre 1977

58
1977-1990 Arbre phylogénétique universel raciné

procaryotes eucaryotes
Domaines :

diversification
« last
LUCA sur Archaea et Eucarya
universal
common
ancestor »
origine de la vie
Les trois domaines du vivant de Carl Woese - « The Woesian
Revolution » 1977-1990

procaryotes

Bacteria Archaea Eucarya

ancêtre commun universel

- nouvel arbre du vivant basé sur la phylogénie moléculaire


- découverte des Archaea
- division du monde du vivant en trois domaines au lieu de
deux
60
Une question de terminologie

avant les travaux de Carl Woese

bactéries=procaryotes

entre 1977 et 1990

eubactéries + archéobactéries = procaryotes

à partir de 1990

bactéries + archées = procaryotes


les archées ne sont pas des bactéries

61
Chronologie de la vie sur Terre

archées/eucaryotes
LUCA les archées ne sont pas plus vielles
bactéries que les bactéries
2008 –
comment déterminer la séquence de l’ARN 16S d’une espèce?

on séquence le gène codant cet ARN (rADN)

ou (mieux)

on séquence le génome en entier et


on cherche des gènes codant pour les ARNr

63
2008 - comment déterminer la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce?

on séquence le génome en entier et on cherche des gènes codant pour les ARNr

Nitrosomonas europaea complete genome


sequence and annotation.

64
On séquence 1 génome bactérien tous les 3 jours

2006 – 340
2007 – 446
le nombre de génome bactériens séquencés s’éleve à 2008 – 576
2009 - 640
Nouvel arbre
phylogénétique du vivant
basé sur l’analyse complète
des génomes

66
En 2003 Carl Woese reçoit le Prix Crafoord à Stockholm

67
Partie II
A la recherche du monde perdu…. des archées

Identifier les nouvelles archées – où et comment?

68
Les premières archées identifiées par C. Woese sont essentiellement des extrêmophiles

-halophiles et thermoacidophiles

Cherchons les extrêmophiles….. dans les endroits extrêmes:

- lacs hyper salés

- sources chaudes géothermales

69
Hyperthermophiles et acidophiles – définir les termes

archaea

taux de
croissance

70
Les deux grands explorateur du monde des Archaea extrêmophiles

Wolfram Zillig Karl Stetter


Pyrococcus furiosus – producteur de la
polymérase - Pfu 71
Italie, Sicile

72
Taq et Pfu
Pyrococcus furiosus – kokkos -coque, puros - le feu, furiosus - furieuse.
Euryarchaeota. Karl Stetter 1986. Plage Vulcano, Italie. 95°C-105°C
Hyperthermophile le plus étudié. Polymérase Pfu

pour comparer
Thermus aquaticus – une bactérie. 1969, Thomas Brock, Yellowstone.
Taq polymérase. 55°C-70°C.
Les bactéries du genre Thermus sont
répandues dans les eaux chaudes
de nos installations de chauffage.
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles

Yellowstone
Les principales sources chaudes géothermales sur Terre

Italie

75
« Hot spots »- explication des géologues

plaque tectonique

manteau plume

2900 km

noyau

Geologists have identified some 40-50 such


hotspots around the globe, with Hawaii,
Réunion, Yellowstone, Galápagos, and Iceland
76
conditions – « fumeurs noir », fond d’océan
température 85-115°C
pH – de 0 à 2, riche en H2SO4

Islande
L’étonnante richesse morphologique et métabolique
des Archées hyperthermophiles et acidophiles

78
Phylogénie classique des Archaea – 1990-2008

Euryarchaeota
Crenarchaeota

Korarchaeota

79
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles

Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla

Nanoarchées

Sulfolobus islandicus Sulfolobales Crenarchaeota

Korarchées
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles

Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla

Nanoarchées

Sulfolobus islandicus Sulfolobales Crenarchaeota

Korarchées
82
Trent ans après…

83
Euryarchaeota– la liste des espèces dont les génomes sont séquencés

Archaeoglobi Methanococci
Archaeoglobus fulgidus [H]
Halobacteria Methanocaldococcus jannaschii [H]
Haloarcula marismortui [S]
Halobacterium sp [S] Methanococcus aeolicus
Haloferax volcanii [S] Methanococcus maripaludis C5
Haloquadratum walsbyi [S] Methanococcus maripaludis C7
Natronomonas pharaonis [S][K] Methanococcus maripaludis S2
Methanococcus vannielii
Methanomicrobiales Methanogens
Methanocorpusculum labreanum Z Methanobacteria
Methanoculleus marisnigri Methanobacterium thermoautotrophicum [T]
Methanospirillum hungatei Methanosphaera stadtmanae
Methanosarcinales Methanopyri
Methanococcoides burtonii [P] Methanopyrus kandleri [H]
Methanosarcina acetivorans Thermococci
Methanosarcina barkeri Pyrococcus abyssi [H]
Methanosarcina mazei Pyrococcus furiosus [H]
Methanosaeta thermophila [T] Pyrococcus horikoshii [H]
Thermococcus kodakaraensis [H]
Extreme Ecotypes: [H] Hyperthermophile; Thermoplasmata
[T] Thermophile; Ferroplasma acidarmanus [A]
[P] Psychrophile; [A] Acidophile; Picrophilus torridus [T][A]
[K] Alkaliphile; [S] Halophile Thermoplasma acidophilum [T][A]
Thermoplasma volcanium [T][A]
Crenarchaeota – la liste des espèces dont les génomes sont séquencés

Thermoproteales
Desulfurococcales
Caldivirga maquilingensis [H]
Aeropyrum pernix [H]
Pyrobaculum aerophilum [H]
Hyperthermus butylicus [H]
Pyrobaculum arsenaticum [H]
Ignicoccus hospitalis [H]
Pyrobaculum calidifontis [H]
Staphylothermus marinus [H]
Pyrobaculum islandicum [H]
Thermofilum pendens [H]
Sulfolobales
Thermoproteus neutrophilus [H]
Metallosphaera sedula [T][A]
Sulfolobus acidocaldarius [T][A]
Marine Mesophiles
Sulfolobus solfataricus [H][A]
Cenarchaeum symbiosum [P]
Sulfolobus tokodaii [H][A]

Nanoarchaeota
Nanoarchaeum equitans [H]

Korarchaeota
Korarchaeum criptofilum

[H] Hyperthermophile; [T] Thermophile;[P] Psychrophile; [A] Acidophile;


Les archées halophiles sont les mieux adaptées aux milieux riches en sels

- minimum de NaCl – 1,5 M;


bactéries algues archées
optimum – 3-4 M
- tous sont chimioorganotrophes
- la majorité sont des aérobes
-certains sont photosynthétiques
grâce à la
-bactériorhodopsine ou à
l’halorhodopsine

Halobacterium salinarum

86
Flux des ions et des molécules au travers de la membrane chez les archées halophiles

bactériorhodopsine

sodium / proton sodium / calcium


antiport antiport

3,3 M
de Na+ 5,3 M de K+
sodium / AA symport

potassium uniport
87
Les Archaea hyperthermophiles du
phylum Crenarchaeota

Quelques photos de la
famille Sulfolobales

Sulfolobus tokodaii

Sulfolobus solfataricus

Sulfolobus solfataricus
infecté par le virus STSV1 S. acidocaldarius 88
Les gourmandises des archaea hyperthermophiles - le soufre et l’acide sulfurique,
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption

T C° pH

sulfure d hydrogène

89
Ignicoccus islandicus – kokkos coque et ignis feu – Islande 2000. Crenarchaeota
La seule archée avec deux membranes et l’espace périplasmique. 95°C-98°C

Fluorescence
light micrograph

1 mm

fluorescence staining.
Confocal laser micrograph.

Nanoarchaeum equitans – nano miniature, equus cheval. Euryarchaeota


2000, Islande. Vit en symbiose avec Ignicoccus islandicus
Nanoarchaeum equitans - la plus petite cellule procaryotique
- et le seul parasite connu chez les Archaea

Hôte - Ignicoccus
-taille 1-2 mm
- phylum Crenarchaeota
- autotrophe réducteur de soufre,
nécessite H2 et CO2
Symbiote - Nanoarchaeum equitans
- taille 350-500 nm (1% de volume d’E. coli)
- phylum Euryarchaeota
- complètement dépendant de l’hôte

symbiote

hôte
Island, Kolbeinsey crête.
Cheminée blanche – petit volcan de
50 cm de hauteur situé à 106 m de
profondeur,
éjectant de l’eau chaude à 103°C

91
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes

bactérie

archaea

Nanoarchaeum equitans - absence de gènes de biosynthèse de novo des


aminoacides, des nucléotides, des lipides et des cofacteurs
- absence de gènes du cycle de Krebs, de gluconéogenèse
et des voies connues de l’assimilation du carbone

Nanoarchaeum equitans transporte tous ces composants de son hôte Ignicoccus

92
Partie III
Organisation de la cellule chez les Archaea

Archaea Bacteria

93
Organisation de la cellule chez les Archaea

2 grandes questions:
1 – les principaux protéines impliquées dans les processus informationnels

- réplication de l’ADN
- transcription
- traduction

sont-ils du type « bactérien »,?« eucaryotique »? « archaean »???

2 – les principaux mécanismes d’adaptation aux conditions extrêmes


surtout la haute température

94
Les Archaea ressemblent à la fois aux bactéries et aux eucaryotes

Transcription
Translation
DNA replication
DNA reparation

mais elles portent également un certain nombre de gènes uniques

95
Les archées sont les champions de la thermorésistance

50°C 80°C
hyperthermophiles
thermophile
s
0 113°C

EUCARYOTES 60°C

BACTERIA 90°C
113°C
ARCHAEA

Pyrolobus fumarii

96
Pyrolobus fumarii - une résistance extraordinaire à la chaleur
Pyrolobus fumarii – lobus – lobe, puros feu, fumarii fumeurs. 1993.
Le organisme le plus hyperthermophile connu sur Terre. Euryarchaeota
106-113°C. Isolé dans les cheminées hydrothermales (les fumeurs noirs).

maximum
minimum 113°C
90°C

optimum
la paroi chez les archées
Rappelle: la paroi chez les bactéries
le peptidoglycane bactérien

N-acetylglucosamine (blue) +
acide N-acetylmuramique (vert)

The tetrapeptides linked to NAM are cross-


linked by a pentaglycine peptide, shown as
red lines linking the D-glutamine (L) to the
D-alanine (A).]
La paroi: bactéries vs archées
Bactéries – peptidoglycane Archées – S layer

S layer

S layer est composé de protéines ou de glycoprotéines


qui forment une structure régulière paracristalline
Archées – S layer

S layer

S layer est composé de protéines ou de glycoprotéines


qui forment une structure régulière paracristalline
Methanothermobacter thermautotrophicus – une archée méthanogène.
Euryarchaeota 1972
.
Thermophile modéré. 55°C-65°C. Son ARN 16S a été analysé par C.Woese.
Possède une paroi épaisse contenant de la pseudomuréine, Gram positive.

certaines méthanogénès –
majorité des archées
pseudopeptidoglycane
– S layer
La membrane:
les phospholipides bactériens/eucaryotiques vs archées
diéster phosphoglycerol
acides gras non saturé, non ramifiés

D-glycérol-3-phosphate
Bacteria
Eukarya

Archaea de 20 à 40 carbones

L-glycérol-1-phosphate
diéther phosphoglycerol
chaines isoprène saturées ramifiées
104
Un peu de chimie

Liaison ester
Liaison entre un groupe alcool (-OH) et
un groupe acide carboxylique (-COOH),
formée par élimination d'une molécule
d'eau (H2O).

105
La membrane plasmiques : bi- et mono couches
polaire

non polaire lipide mono polaire

non polaire

caldarchaeol
lipide bipolaire
bactéries archées
membrane
mixte contenant
de 1 à 95%
de lipides bipolaires

hyperthermophiles
membrane membrane thermoacidophiles
bi-couche partiellement mono-couche
106
Membrane classique Membrane formées
de glycérides géants

H+ H+ H+
H+

H+
Bacteria/ H+ H+ H+ H+
Archaea
Eukarya Pompe
protéique
H+

H+ H+
H+
H+ H+ H+
H+
H+
H+
H+
H+ H+

100°C 100°C
membrane perméable membrane non perméable
100°C dépolarisée toujours polarisée
107
Temperature dependence of the proton permeability

The maximum growth temperature of any species is that


temperature at which the membrane becomes permeable and
looses its ability to maintain a proton gradient

van Vossenberg et al. Extremophiles, 1998


Conclusions 1:
a membrane cytoplasmique: bactéries /eucaryotes vs archées

3 points principaux qui distinguent la membrane des archées:

- chiralité du glycérol – D chez les Bactéries / L chez les Archées

- liaison ester chez les Bactéries / ether chez les Archées entre le glycérol
et les chaîne des acides gras

- acides gras non saturés et non ramifiés chez les Bactéries /


chaînes isopréniques saturées et ramifiées chez les Archées

109
Conclusions 2:
a membrane cytoplasmique: bactéries /eucaryotes vs archées

La membrane atypiques des archées leur permet


de mieux résister aux
conditions extrêmes, surtout à la température extrême.

Quels sont d’autres facteurs permettant aux archées


de mieux s’adapter
aux conditions extrêmes?

110
G+C percentage in genomes of hyperthermophiles
does not correlate with growth temperatures
GC percent and growth temperature
of Archaea

100

90

80
G+C percent of DNA

70

60

50

40

30

20

10

0
20 40 60 80 100

Optimal growth temperature (°C)


Hyperthermophiles possess efficient DNA repair mechanisms

Many are highly resistant to gamma-irradiation

Thermococcus gammatolerans
La viabilité de la bactérie D. radiodurans n’est pas affectée si elle est
soumise à une irradiation γ provoquant environ 200 cassures double-
brins, 3000 cassures simple-brins et plus de 1000 bases endommagées
par équivalent génome (survie de 100 % pour une exposition à une dose
de 6000 Gy de rayonnement γ) et sa survie reste très significative à des
doses supérieures à 10000 Gy (Figure 1). A titre de comparaison, des
doses 250 fois inférieures suffisent pour stériliser la majorité des cultures
bactériennes (exemple : Escherichia coli)

Cinétique de réparation des cassures de l’ADN

113
Chez les hyperthermophiles, les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques

nucléotides modifié spécifiques aux Archaea

114
Reverse gyrase – une marque déposée des hyperthermophiles

présence de la reverse gyrase

50°C 80°C
thermophiles hyperthermophiles

0 113°C

EUCARYOTES 60°C

BACTERIA 90°C
113°C
ARCHAEA

115
Rappel : le rôle de l’ADN gyrase chez les bactéries

Gyrase – une topoisomérase II capable d’introduire des super-tours


négatifs dans l’ADN.

topoisomérase

pas d’ADN
enroulé positivement surenroulé négativement
par GYRASE
La reverse gyrase des hyperthermophiles
Reverse gyrase – une topoisomérase capable d’introduire des supertours positifs

état normal de l’ADN


(-)

X
gyrase reverse gyrase

absente l’ADN chez les archées


dans la majorité hyperthermophiles
des archées est relâché ou surenroulé
hyperthermophiles positivement

(+)
117
Reverse gyrase est la seule(!) protéine présente chez
chez tous les hyperthemophiles, bactéries comme archées,
elle est absente chez non hyperthermophiles

hyperT reverse gyrase

118
Le rôle exact de la reverse gyrase est incertain
1990

2004

119
Hyper thermorésistance des Archées – les protéines

Les protéines des hyperthermophiles sont stabilisées par une augmentation du


nombre d’interactions ioniques entre acides-aminés
Les protéines hyperthermophiles sont enrichies en acides-aminés chargés
- diminution des résidus thermo instables : Asn, Gln, Cys
Certaines protéines hyperthermophiles peuvent fonctionner jusqu'à 140°C !

archée malate déshydrogénase bactérie

en rouge, aminoacides acides (aspartate, glutamate); en bleu - basiques


120
Les protéines des halophiles et des hyperthermophiles sont adaptées aux
études structurales

28 protéines

- facilité de purification
- facilité de cristallisation

23S ARNr

la structure 3D de la sous unité 50S


du ribosome de Haloarcula marismortui,
Science 2000

121
Les processus informationnels chez les Archaea

réplication

transcription

traduction

122
Initiation de la réplication en 5 étapes

123
Réplication de l’ADN chez Archaea

bactéries eucaryotes archées

ori

?
- unique site ori - multiples sites ori
- réplication bidirectionnelle - réplication bidirectionnelle
sur toutes les ori

124
Origines de réplication

le nombre de sites ori

cdc6-1

ori1
cdc6-2
ori2
ori3
cdc6-3

bactéries eucaryotes archées

de 1 (Pyrococcus abyssi)
1 multiples à 3 (Sulfolobus solfataricus)
ou plus ?

125
Initiation de réplication

bactéries eucaryotes archées


(2) (3) (3) (3)
Mcm(6)
DnaC DnaB (2) Cdc6 Mcm(2-7)
hélicase
hélicase loader hélicase hélicase loader hélicase
6 sous unités

ORC
(1+2)
DnaA
(1) initiation (1) « origin recognition complexe» ORC/ Cdc6
6 protéines Orc (1-6) plusieurs protéines

126
La distribution des familles des ADN polymérases
bacteries/ unique unique
eucaryotes communes Bacteria Euryarchaea communes communes

Cren/Eury Euryarchaea

A B C D X Y
Archaea

Bacteria

Eucarya

Viruses

127
La vitesse de réplication

bacteries eucaryotes archées


P. abyssi
vitesse de 50 2 15-20
réplication kb/min
taille de fragments ~ 2000 ~120 ~120
d’Okazaki

Euryarchaea (1 ori)
Pyrococcus abyssi Crenarchaea (3 oris)
DNA pol.  300nt s-1 Sulfolobus solfataricus
Genome: 1765kb DNA pol.  80-110nt s-1
Est. repln time: 49 min Genome: 2992kb
Est. repln time: 76 min
Sulfolobus acidocaldaricus
DNA pol.  80-100nt s-1
Genome: 1900kb
Est. repln time: 52 min

128
REPLICATION
Conclusions 1:

Les archées répliquent leurs chromosomes aussi vite que les bactéries
tout en utilisant les protéines d’initiation de la réplication eucaryotiques

129
Chromatine et les histones chez les Eucaryotes

acétylation = régulation

130
Chromatine et les protéines histone-like chez Euryarchaeota

H4
H3

H3

-pas de modification
des histones chez les archées

-pas de histones chez les


crénarchées

131
Transcription:

archées vs bactéries vs eucaryotes

132
Il existe seulement 2 types des ARN
polymérase
Deux classes d’ARN polymérases ADN-dépendantes:

- ARN Pol du bactériophage T7 (une seule sous unité)

- toutes les autres ARN pol


(bactéries, archées, eucaryotes) composées de
plusieurs sous unités.

133
L’ ARN pol du bactériophage T7

un seul polypeptide, et ça fonctionne!!

134
ARNPol – famille T7 – un seul polypeptide

transcription
des gènes
mitochondriaux

135
ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs
sous-unités

N de sous-unités 5 12 12 - 17
136
La transcription chez les bactéries: ARN polymérase
holoenzyme

αI αII - liaison à l’ADN .


core – 5 sous unités β β′ - catalyse .
ω – stabilisation de β′.

σ – reconnaissances des promoteurs

5 sous-unités
137
ARN polymérases des eucaryotes
Eucaryotes ont trois ARN polymérases:

rRNA - RNA polymérase I


mRNA -RNA polymérase II
tRNA - RNA polymérase III

(2005 – heterochromatine « silencing » chez


les plantes – RNA pol IV et polV)

ARN Pol des eucaryotes

12-17 sous-unités
138
Archaea: ARN polymérase, 2008
Sous unités Structure

139
Eucaryotes : initiation de la transcription
TATA box
position -25

TBP

TFIIB TFIIE
TFIIF

TFIIH

complexe d’initiation

Recrutement
140
.. et les Archaea??

141
La transcription chez les Archées

les gènes forment des opérons


séquences régulatrices
en aval et en amont

R Promoter R Gene 1 Gene 2 Gene 3 Terminator

RNApol.

mRNA 5‘- -3‘

La transcription chez les Archées ribosome

protéines Protein 1 Protein 2 Protein 3

142
promoteur typique des eucaryotes

promoteur typique des archées

143
Initiation de la transcription chez les archées

TFE
TBP

TFB

seulement 2 facteurs d’initiation un grand nombre de facteurs


TBP (TATA box binding protéine) TBP et TFB inclus
et TFB (transcription facteur B)

144
La régulation transcriptionnelle chez les archées
par des DNA binding protéines du type « bactérien »

activateur? compétition

compétition

répresseurs
répresseurs

145
Traduction chez les Archaea

146
Traduction chez les Archaea

en partie comme chez les bactéries


bactéries archées eucaryotes
ribosomes 70S=30S+50S 70S=30S+50S 80S=40S+60S
rARN 16S/5S+23S 16S/5S+23S 18S/5S+5,8S+28S
~1400nt
~130nt
~3000nt
opérons de 1 à 7 (E. coli) 1 seul r opéron beaucoup
ribosomaux: ou plus sauf méthanogènes et
le nombre halophiles

codons ATG, GUG, UUG ATG, GUG, UUG ATG


d’initiation
ribosome binding de type Shine- de type Shine-Dalgarno autre
site Dalgarno
(RBS)

147
Traduction chez les Archaea

en partie comme chez les archées


bactéries archées eucaryotes
ribosomes 70S=30S+50S 70S=30S+50S 80S=40S+60S

rARN 16S/5S+23S 16S/5S+23S 18S/5S+5,8S+28S


~1400nt
~130nt
~3000nt
opérons ribosomaux: de 1 à 7 (E. coli) 1 seul r opéron beaucoup
le nombre ou plus sauf méthanogènes et halophiles

opéron r: 16S—tARN—23S —5S—tARN 16S—tARN—23S 18S—5,8S—28S et 5S


les gènes et 5S à part à part
codons d’initiation ATG, GUG, UUG ATG, GUG, UUG ATG

ribosome binding site de type Shine-Dalgarno de type Shine-Dalgarno autre


(RBS)

initiation de la f-méthionine méthionine méthionine


traduction
facteurs 3 facteurs IF beaucoup d’IF beaucoup d’IF
d’initiation IF bactériens type -eucaryotiqiue
sensibilité à la insensible sensible sensible
toxine diphtérique
148
La traduction chez les archées est sensible à la toxine diphtérique

Corynebacterium diphtheriae

en agissant sur le facteur de traduction EF2 la toxine bloque la synthèse protéique


provoquant la mort cellulaire
149
Les ribosomes des archées sont insensibles aux antibiotiques habituels bloquant
la traduction chez les bactéries

150
Les archées sont résistantes à la majorité des antibiotiques utilisés
couramment comme les agents de sélection chez les bactéries

antibiotique bactéries archées


kanamycine sensibles résistantes
tétracycline sensibles résistantes
streptomycine sensibles résistantes
ampicilline sensibles résistantes
chloramphénicol sensibles résistantes

bléomycine sensibles sensibles (Halophiles)


hygromycine B sensibles sensibles (Sulfolobus)
mevinoline sensibles sensibles (Halophiles)
néomycine sensibles sensibles (Méthanogènes)
novobiocine sensibles sensibles (Halophiles, Sulfolobus)

151
Le métabolisme chez les Archées
les voies
métaboliques proches chez les Archées et les Bactéries
et la
conversion de
l’énergie

Nutritional type Source of energy Source of carbon Examples


Organic 152
Phototrophs Sunlight Halobacteria
compounds
Organic
Ferroglobus, Me
Inorganic compounds
Lithotrophs thanobacteria or
compounds or carbon
Pyrolobus
fixation
Organic
Pyrococcus, Sulf
Organic compounds
Organotrophs olobus or Metha
compounds or carbon
nosarcinales
fixation
Partie IV
Les archées mésophiles –
cultivables et non-cultivables

Archaea exist in a broad range of habitats


are a major part of global ecosystems,
contribute up to 20% of the total biomass on Earth

153
Le rumen est riche en méthanogènes

Methanobrevibacter
400 litres CH4/jour

la méthanogénèse

CO2 + 4H2 = CH4 + 2H2O


154
Interactions archées/ autres organismes

-relations mutualistes
-relation commensales

Aucune archées pathogènes


ou parasite (sauf archée/archée) n’est connue

mutualism is the interaction between protozoa


and methanogenic archaea in the digestive tracts of
animals that digest cellulose, such
as ruminants and termites.

marine archaean Cenarchaeum symbiosum lives


within (it is an endosymbiont of) the sponge Axinella
mexicana

les archées sont partout ????

155
Une archée méthanogène, Methanobrevibacter smithii,
est un composant majeur de l’intestin humain
1013 – 1014 microorganismes
-72 types de bactéries (83% non cultivables)
-1 seule archaea Methanobrevibacter smithii
-(10% de biomasse)

son rôle n’est absolument pas connu

156
Des archées pathogènes??

Inconnues……. pour le moment

157
Archaea à l’époque de la metagénomique

99% de procaryotes ne sont pas cultivables


158
L’approche métagénomique pour les études
environnementales des Archaea

Séquençage

159
The Institute for Genomic Research

Craig Venter

160
Global Ocean Sampling expedition 2004

- 200 litres d’eau de mer


- extraction d’ADN
- clonage des fragments de 2 à 6 kb
- séquence et analyse

Résultat:
- 1,66 millions de fragments lus
- 1,36 Gb d’ADN séquencées

Craig Venter and crew aboard the Sorcerer II during


the Global Ocean Sampling expedition.

161
Des représentants non-extrêmophiles
de deux phyla d’Archaea sont abondants dans l’eau de mer

Archaea mésophiles
non cultivables
6% de population 162
Les méthanogènes mésophiles non cultivables sont abondants dans les champs de riz

-les archées méthanogènes sont abondantes dans les champs de riz


- elles produisent du méthane en grande quantité
- ces archées ne peuvent pas être cultivées

de 10 à 25% du méthane est produit par des archées méthanogènes

163
Nature - 2006

- 99% de microorganismes du sol ne sont pas cultivables


- jusqu’à 3000 fois plus d’Archaea que des bactéries dans
des sols non agricoles
- dans le cycle d’azote sur Terre, l’oxydation de l’ammonium est
en grande partie assurée par les archées crenarchaeota

2,3x1028 cellules d’archées dans


le milieu marin et dans le sol

20% de biomasse

164
Le cycle de l’azote

ammonium
NH4
nitrification
ammonium
NO2 oxydase

165
on commence à étudier
les archées mésophiles CULTIVABLES

166
Cenarchaeum symbiosum - 1996

Cenarchaeum symbiosum – une archée mésophile, non-cultivable


symbionte de l’éponge marine Axinella mexicana; 10°C

séquençage du génome - 2006


L’énigme du « Shedd Aquarium » à Chicago

168
Il y a des poissons dans l’aquarium.

L’eau du Shedd Aquarium à Chicago ne contient pas de NH4.


169
Absence de bactéries de nitrification . Quel organisme est responsable de cette transformation?

170
La coloration par DAPI indique la présences des cellules viables

171
Crenarchaeota Nitrosopumilus maritumus

.
La première archée mésophile cultivable.
Genome 1.645.259 bp
séquençage du génome - 2007
172
Tous les mésophiles non-Eury sont ils Taumarchaea???
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles

Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla

Nanoarchées

Sulfolobus islandicus Sulfolobales Crenarchaeota

Korarchées
Partie V
Virus des archées hyperthermophiles
Les virus représentent un composant majeur de tous les écosystèmes

- 105 – 106 particules par ml dans l’eau de mer;

- ~ 20% des cellules procaryotiques sont infectées et lysées quotidiennement ;

- les virus participent à l’échange génétique par transduction

175
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils?

176
177
Virus des Archaea hyperthermophiles –
les points principaux à retenir

- une vingtaine de virus infectant des archaea hyperthermophiles sont identifiés;

- tous contiennent de l’ADN double brin;

- après l’infection, les virus établissent des relation stables avec leurs hôtes:
-les cellules ne sont pas lysées;
-les particules virales sont produites en continu ;

- peu de virus intègrent leur ADN dans le chromosome de l’hôte ;

-la majorité des protéines codées par des gènes viraux ne ressemblent à
aucune des protéines connues chez les bactéries ou chez les eucaryotes

178
Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV
family: Ampullaviridae

100 nm

Häring, Rachel, Peng, Garrett, Prangishvili, J. Virol. 2005


Peng, Basta, Garrett, Prangishvili, Virology 2007
Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV
family: Ampullaviridae

Häring, Rachel, Peng, Garrett, Prangishvili, J. Virol. 2005


Peng, Basta, Garrett, Prangishvili, Virology 2007
Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae
Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae
Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae
Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae

purifie
d
virions

incubation at 10°C, 6 months


Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae

purifie incubation at 90°C, 1 hr


d incubation at 75°C, 6 days
virions

incubation at 10°C, 6 months


Acidianus Two-tailed Virus, ATV
family: Bicaudaviridae
Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1
family: Lipothrixviridae

micro pinces – outil de nano technologie de demain?


Bettstetter , Peng, Garrett, Prangishvili, Virology 2003
Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1
Nucleosome-like organisation of the virion core

DNA is wound into a left-handed


helix with parameters similar to
those in the Xenopus laevis
nucleosome.

Kostyushenko, Pehau-Arnaudet , Basta, Bowman, Cambillau, Prangishvili, Rossmann, in preparation


Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1
family: Lipothrixviridae

Kostyushenko, Pehau-Arnaudet , Basta, Bowman, Cambillau, Prangishvili, Rossmann, in preparation


Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV)

Thermal Viruses in
Yellowstone National Park
190
Rudiviridae: SIRV1

200nm
Vestergaard, Haring, Peng, Rachel, Garrett, Prangishvili, Virology 2005
Partie VI
Epilogue et les archées sur Mars

192
Ecologie des Archaea – deux points de vue

- années 70-90
-les Archaea sont des créatures bizarres habitant dans
des environnements marginaux et extrêmes (très chauds, très salés,
fond de l’océan etc)
(sauf quelques exceptions comme les méthanogènes)

193
-années 2000
- les Archaea sont un composant ubiquitaire de tous les écosystèmes

- les Archaea mésophiles (Cren- comme Euryarchaeota) représentent 20%


de la biomasse sur Terre

- leur rôle dans le cycle de l’azote sur Terre est prédominant

archées extrêmophiles

archées marines
méthanogènes
archées du sol

Les majorité des Archaea ne sont pas des extrêmophiles


194
Les archées et la question de l’origine de la vie

Black smokers support a variety of archaea. The


discovery of the archaea in extreme environments
suggests that life evolved under hellish conditions.

195
Les premières formes de vie ont été hyperthermophiles?

Eucarya

Bacteria

les branches courtes


et profondes
de l’arbre de vie sont
représentées presque LUCA
exclusivement par
des hyperthermophiles
196
Les archées et la question de l’origine de la vie

Origin of the three domains from volcanic smokers. 197


Astrobiologie:
les archées sont bien
adaptées aux conditions extrêmes
existant sur certaines planètes

198
Les archées venues du Mars?

Mars rock, 1984

The size of the rod- and spherically-shaped objects are similar in


size to archaean bacteria.
199
Archaea et astrobiologie :
les extrêmophiles peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre

méthane volcan eau

Les archées méthanogène sur Mars?


200
201
http://astrobiology.nasa.gov/

http://cas.bellarmine.edu/tietjen/Diversity/EarlyEvolPix.htm
202
… et un jour Mars-archaeota???

203
204
205