You are on page 1of 33

12.11.2017.

PROTEINI
Sastav i struktura

Proteini

 najrasprostranjenije biološke makromolekule


 linearni polimeri građeni od osnovnih monomernih jedinica –
aminokiselina
 Velika raznolikost i različit stupanj složenost
peptidi – do 100 aminokiselina

polipeptidi (proteini) - > 100 aminokiselina

1
12.11.2017.

Općeniti oblici proteina

GLOBULARNI FIBRILARNI

Raznolikost
oblika

2
12.11.2017.

Funkcije proteina

1. Enzimska kataliza
 ubrzavaju reakcije od 106 – 1020 puta
 gotovo svi enzimi su proteini (izuzetak su ribozimi)

2. Regulacija
 hormoni (inzulin, hormon rasta)
 inhibitori enzima ili hormona
 modeliranje drugih proteina (šaperoni)

3. Prijenos
 tvari između stanica i tkiva (hemoglobin, transferin)
 metabolita kroz membranske strukture (glukozu, aktivirane masne kiseline)
 spojeva unutar stanice (masnih kiselina, iona, radikala)

Funkcije proteina

4. Transformacija energije
 kemijske energije u ATP (citokromi)
 svjetlosne u kemijsku (fotosintetski reakcijski centri)
 svjetlosne u osjet vida (rodopsin)

5. Pohranjivanje
 proteini mogu biti rezerva osnovnih nutrienata (npr. dušika, koji je
ograničavajući faktor rasta)

6. Izgradnja tkivnih i staničnih struktura


 održavanje čvrstoće, zaštita i strukturna specifičnost (kolagen, histoni, tubulin)

3
12.11.2017.

Funkcije proteina

7. Koordinirani pokreti
 stezanje mišića (kontraktilni proteini)
 gibanje kromosoma (tubulin, aktin)
 gibanje spermija flagelama (kinezin)

8. Zaštita i obrana stanice i organizma


 imuna zaštita (imunoglobulini)
 sprečavanje gubitka krvi pri ozljedi krvne žile (faktori zgrušavanja)

9. Egzotične funkcije
 zaštita protiv smrzavanja (“cold shock” proteini)
 elastični protein u insekata (resilin - paukova mreža)

AMINOKISELINE

bočni ogranak
α-ugljikov atom

amino skupina karboksilna skupina

4
12.11.2017.

Označavanje aminokiselina

opća formula ionizirani oblik


aminokiseline u vodenoj otopini

lizin

Aminokiseline su kiralne molekule

 proteini građeni isključivo od L-izomera


 većina L-izomera ima konfiguraciju S
 optički aktivne

5
12.11.2017.

Podjela aminokiselina

 proteini građeni od 20 aminokiselina


 razlikuju se oblikom, nabojem, sposobnošću za stvaranje vodikovih veza,
hidrofobnošću i kemijskom reaktivnošću

Podjela aminokiselina s obzirom na polarnost bočnog ogranka (R):


 Nepolarne alifatske
 Nepolarne aromatske
 Polarne s nenabijenim bočnim ogrankom
 Polarne s pozitivno nabijenim bočnim ogrankom
 Polarne s negativno nabijenim bočnim ogrankom

Nepolarne alifatske

Hidrofobne
interakcije

6
12.11.2017.

Prolin

 imino kiselina
 ograničava strukturnu fleksibilnost

Nepolarne aromatske

Veći stupanj reaktivnosti

7
12.11.2017.

Sposobnost apsorpcije UV svjetla

Polarne s nenabijenim bočnim ogrankom

8
12.11.2017.

Cistein tvori disulfidne mostove

 oksidacijom dvije molekule cisteina nastaje disulfidna veza


 kovalentna veza između djelova proteina ili različitih polipeptidnih lanaca

Polarne s pozitivno nabijenim bočnim ogrankom

9
12.11.2017.

Polarne s negativno nabijenim bočnim ogrankom

Popis kratica aminokiselina

Aminokiselina Troslovna Jednoslovni Aminokiselina Troslovna Jednoslovni


kratica simbol kratica simbol
alanin Ala A izoleucin Ile I
arginin Arg R leucin Leu L
asparagin Asn N lizin Lys K
asparaginska kiselina Asp D metionin Met M
cistein Cys C prolin Pro P
fenilalanin Phe F serin Ser S
glutamin Gln Q treonin Thr T
glutaminska kiselina Glu E triptofan Trp W
glicin Gly G tirozin Tyr Y
histidin His H valin Val V

10
12.11.2017.

„Neobične” aminokiseline

4-hidroksiprolin 5-hidroksilizin γ-karboksiglutamat

 prisutne u proteinima
 nastale dodatkom extra skupina na uobičajene a.k.

ornitin citrulin

nisu sastavni dio proteina


međuprodukti nekih biosinteza

Aminokiseline kao dvopolni ioni – „zwitterioni”

11
12.11.2017.

Aminokiseline mogu biti i donori i akceptori protona

Proton donor
Konstanta disocijacije

Proton akceptor

aminokiseline su
slabe kiseline/baze

Koncentracija pojedinih ionskih oblika monoamino


monokarbonske aminokiseline u ovisnosti o pH sredine

dvopolni ion obje grupe


deprotonirane
koncentracija

obje grupe
protonirane

12
12.11.2017.

Aminokiseline se ponašaju kao puferi

 veza između konstante disocijacije slabe kiseline i pH vrijednosti otopine dana je


Henderson–Hasselbachovom jednadžbom

 najbolje djelovanje pufera je u području pK vrijednosti

Titracijske krivulje aminokiselina

Izoelektrična točka
 predstavlja vrijednost pH kod koje je zbroj
pozitivnih i negativnih naboja jednak nuli,
odnosno ukupni naboj aminokiseline je nula

pK1  pK 2
pI 
2

13
12.11.2017.

Titracijske krivulje aminokiselina

Bočni ogranci koji se mogu ionizirati povećavaju reaktivnost


aminokiselina i omogućavaju stvaranje dodatnih veza

 Ionizirani bočni ogranci, mogu stvarati ionske veze, ili mogu donirati ili prihvaćati (akceptirati)
protone  kiselobazna kataliza

14
12.11.2017.

pKa vrijednosti uobičajenih aminokiselina

AMINOKISELINA - COOH pKa - NH3+ pKa R grupa pKa

alanin 2,4 9,7


arginin 2,2 9,0 12,5
asparagin 2,0 8,8
asparaginska kiselina 2,1 9,8 3,9
cistein 1,7 10,6 8,3
glutaminska kiselina 2,2 9,7 4,3
glutamin 2,2 9,1
glicin 2,3 9,6
histidin 1,8 9,2 6,0
izoleucin 2,4 9,7
leucin 2,4 9,6
lizin 2,2 9,0 10,5
metionin 2,3 9,2
fenilalanin 1,8 9,1
prolin 2,1 10,6
serin 2,2 9,2 ~13
treonin 2,6 10,4 ~13
triptofan 2,4 9,4
tirozin 2,2 9,1 10,1
valin 2,3 9,6

Struktura proteina

Razine u strukturi proteina

 PRIMARNA
 slijed aminokiselina u polipeptidnom lancu
 uključuje sve kovalentne veze uključujući i disulfidne mostove

 SEKUNDARNA
 nastaju stvaranjem vodikovih veza između aminokiselina koje su su blizu
jedna drugoj u linearnom slijedu
 -heliks, -nabrana ploča, heliks kolagena

 TERCIJARNA
 cjelokupni prostorni oblik polipeptidnog lanca nastao stvaranjem veza
između bočnih ogranaka aminokiselina koje su obično udaljenije jedna od
druge

 KVATERNA
 odnosi se na međusobni odnos pojedinih polipeptidnih lanaca (podjedinica)
u oligomernim proteinima

15
12.11.2017.

Razine u strukturi proteina

1° struktura

Peptidna veza

16
12.11.2017.

Peptidna veza

Polipeptidni lanac

seril-glicil-tirozil-alanil-leucin

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

17
12.11.2017.

Osnovna građa polipeptidnog lanca

glavni lanac ili varijabilni dio


okosnica

 prirodni polipeptidni lanci sadrže 50 do 2 000 Dalton (Da)


aminokiselinskih ostataka jedinica za relativnu
 prosječna molarna masa a.k. ostatka je 110 g mol-1 molekulsku masu

1 Da = u
 50 000 g mol-1 = 50 000 Da = 50 kDa

18
12.11.2017.

Proteini imaju jedinstvene slijedove aminokiselina

 Fraederick Sanger, 1953. – slijed aminokiselina u goveđem inzulinu

lanac A

lanac B

lanac A

Peptidna veza je planarna

19
12.11.2017.

Rezonancijske strukture peptidne veze

Sprječava rotaciju
peptidne veze

(C-N) = 1,49 Å
(C=N) = 1,27 Å

Konfiguracije peptidne veze

Veza X-Pro

20
12.11.2017.

Rotacije veza u polipeptidnom lancu

peptidna
veza

TORZIJSKI KUTEVI – ф i ψ

Ramachandranov dijagram

 prikazuje dopuštene vrijednosti ф i ψ

neprikladno

21
12.11.2017.

2° struktura

Sekundarna struktura proizlazi iz vodikovih veza između N-H i


C=O skupina aminokiselina blizu jednih drugima

 1951. Linus Pauling i Robert Corey  dvije periodične strukture

 α-uzvojnica

 β-nabrana ploča

α-uzvojnica

22
12.11.2017.

α-uzvojnica

 CO skupina svake a.k. tvori vodikov


most s NH skupinom četvrte po redu
a.k.
5,4 Å

Ramachandranov dijagram za uzvojnice

23
12.11.2017.

Slijed aminokiselina utječe na stabilnost α-uzvojnice

 veliki udio Glu  odbijanje negativno nabijenih R pri pH=7

 veliki udio Lys, Arg  odbijanje pozitivno nabijenih R pri pH=7

 Asn, Thr, Ser, Cys  veličina i oblik  destabilizacija ukoliko su blizu u


slijedu

 Pro  N atom u prstenu – nemoguća rotacija oko N–Cα veze

mioglobin

rodopsin

24
12.11.2017.

β-nabrana ploča

β-nit

β-nabrana ploča

antiparalelna paralelna

25
12.11.2017.

β-nabrana ploča

antiparalelna

paralelna

β-nabrana ploča

mješovita

26
12.11.2017.

fibronektin

beta-bačva iz bakterijskog
porina

Ostale sekundarne strukture

povratni okret Ω-omča

27
12.11.2017.

Posebni tipovi uzvojnica

α-KERATIN

α-usukana uzvojnica
heptadna
ponavljanja

Kako nastaje „trajna”?

redukcija uvijanje oksidacija

28
12.11.2017.

Posebni tipovi uzvojnica

KOLAGEN

aminokiselinski slijed dijela konformacija jednog lanca


kolagenskog vlakna trostruke uzvojnice
kolagena

Struktura kolagena

29
12.11.2017.

3° struktura

 Cjelokupni prostorni oblik polipeptidnog lanca


 proizlazi iz rasporeda bočnih ogranaka
 rendgenska kristalografija i NMR (mioglobin)

mioglobin

Raspodjela aminokiselina u mioglobinu

30
12.11.2017.

Raspodjela aminokiselina u porinu

Motivi i domene

DOMENA
 nezavisni funkcionalni dio složenog proteina odnosno djela tercijarne
strukture proteina
 obično imaju određene funkcije

piruvat-kinaza
MOTIV (supersekundarna struktura)
 određene kombinacije sekundarnih struktura

uzvojnica-okret-uzvojnica

31
12.11.2017.

Slijed aminokiselina u proteinu određuje njegovu


trodimenzionalnu strukturu

DENATURACIJA PROTEINA
 narušavanje prostornog oblika i strukture
proteina te gubitak njegove funkcije

ribonukleaza

4° struktura

 proteini građeni od više polipeptidnih lanaca, tzv. podjedinica


 većina L-izomera ima konfiguraciju S
 optički aktivne

galektin

hemoglobin

32
12.11.2017.

Razine u strukturi proteina

33