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FACULTAD DE QUÍMICA

DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA
U.N.A.M.
Conjunto “E”, Paseo de la Investigación Científica, Circuito Institutos
Ciudad Universitaria 04510, México D.F.
Teléfonos (55) 5622-5335 Fax (55) 5622-5329

CURSO DE BIOQUÍMICA
Carreras de QFB y QA

Prof. Marina Gavilanes Ruíz

AMINOÁCIDOS. PROTEÍNAS: ESTRUCTURA

The protein dove was designed by


Louis Tielens and Co Eijndhoven from the 135 IMÁGENES
Laboratory of Veterinary Biochemistry,
Utrecht University, The Netherlands.

VER BIBLIOGRAFÍA DEL CURSO PARA CONSULTAR MATERIAL ORIGINAL


Este material es exclusivamente para uso educativo y no de lucro
LAS PROTEÍNAS SON CADENAS O
POLÍMEROS DE AMINOÁCIDOS
AMINOÁCIDOS
FUNCIONES, ESTRUCTURA,
PROPIEDADES
Funciones: AMINOÁCIDOS
1)Moléculas formadoras de las proteínas.
2)Precursores de vitaminas.
3)Intermediarios en las síntesis de otros
aminoácidos.
4) Presentes en compuestos de las paredes celulares de
bacterias.
5) Como neurotransmisores.
6) Abundantes en plantas con funciones desconocidas.

20 son los más comunes y son los que se encuentran


formando parte de las proteínas, pero hay alrededor de
150 no proteicos.
ESTRUCTURA GENERAL DE AMINOÁCIDOS PROTEICOS.
H
R C COOH
NH3 Carbono a o Carbono asimétrico o Carbono quiral o
Carbono anomérico o Carbono estereogénico

CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS


POR SUS CADENAS LATERALES

1) NO POLARES O
GRUPO R O Tienen diferentes HIDROFÓBICOS.
CADENA tamaño, forma, 2) POLARES NO CARGADOS.
LATERAL O carga y por tanto 3) POLARES CON CARGA
SUSTITU- propiedades. POSITIVA.
YENTE 4) POLARES CON CARGA
NEGATIVA.
LOS AMINOÁCIDOS TIENEN UNA CONFIGURACIÓN ABSOLUTA D o L,
(QUE SE DENOMINA DE ACUERDO A LA DEL GLICERALDEHÍDO)
POR SER ISÓMEROS ÓPTICOS, PUES TIENEN UN CENTRO QUIRAL
(el Carbono alfa o Carbono asimétrico o Carbono anomérico )

Los aminoácidos que forman


a las proteínas son las
formas L, que son los
isómeros ópticos
resultantes de la presencia
del C asimétrico
Cada aminoácido tiene peso, carga y solubilidad específicas.
LOS 20 AMINOÁCIDOS ESTÁN AGRUPADOS EN 4 CLASES SEGÚN SU GRUPO R
Con grupo R hidrofóbico

LOS 20 AMINOÁCIDOS DE
LAS PROTEÍNAS TIENEN GLICINA ALANINA VALINA

GRUPOS R O CADENAS
FENILALANINA
LATERALES QUE SON TIROSINA
TRIPTOFANO

DIFERENTES EN TAMAÑO, Con grupo R polar, cargado +


PESO, FORMA, ESTRUCTURA
LEUCINA ISOLEUCINA
METIONINA
QUÍMICA, CARGA ELÉCTRICA
Con grupo R polar, no cargado
Y POLARIDAD.

AQUÍ SE LES PRESENTA LISINA HISTIDINA


ARGININA
SERINA
TREONINA CISTEÍNA
CLASIFICADOS SEGÚN Con grupo R polar, cargado -
SU POLARIDAD/CARGA

PROLINA ASPARAGINA
GLUTAMINA
AC. ASPÁRTICO AC. GLUTÁMICO
CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS SEGÚN SUS GRUPOS R O CADENAS LATERALES

ALANINA (el menos no polar)


1.- NO POLARES
LEUCINA, ISOLEUCINA, VALINA, METIIONINA
(Cadenas laterales alifáticas)
a) No muy
solubles en H2O PROLINA (iminoácido)
FENIL ALANINA, TRIPTOFANO (Anillos aromáticos).

2.- POLARES NO CARGADOS


SERINA, TREONINA, TIROSINA (con grupos OH)
a) Más solubles en H2O
ASPARAGINA, GLUTAMINA (con grupos amida)
b) Sus grupos polares
CISTEÍNA (con un tiol)
pueden establecer puentes de
GLICINA (el menos polar), no tiene C asimétrico
H con el H2O

3.- POLARES CARGADOS LISINA = + NH2 EN EL Ce


POSITIVAMENTE c
ARGININA = + GUANIDINO
(a.a. básicos) HISTIDINA = + IMIDAZOLIO (pH6)

4.- POLARES CARGADOS ÁCIDO ASPÁRTICO o ASPARTATO


NEGATIVAMENTE ÁCIDO GLUTÁMICO o GLUTAMATO
(aminoácidos ácidos) (un segundo COO- a pH 6 o 7)
ALANINA (el menos no polar)
1.- NO POLARES
LEUCINA, ISOLEUCINA, VALINA, METIIONINA
(Cadenas laterales alifáticas)
a) No muy
solubles en H2O PROLINA (iminoácido)
FENIL ALANINA, TRIPTOFANO (Anillos aromáticos).
2.- POLARES NO CARGADOS
SERINA, TREONINA, TIROSINA (con grupos OH)
a) Más solubles en H2O
ASPARAGINA, GLUTAMINA (con grupos amida)
b) Sus grupos polares
CISTEÍNA (con un tiol)
pueden establecer puentes de
GLICINA (el menos polar), no tiene C asimétrico
H con el H2O
OH
3.- POLARES CARGADOS LISINA = + NH2 EN EL Ce
POSITIVAMENTE c
ARGININA = + GUANIDINO
(a.a. básicos) HISTIDINA = + IMIDAZOLIO (pH6)
4.- POLARES CARGADOS ÁCIDO ASPÁRTICO o ASPARTATO
NEGATIVAMENTE ÁCIDO GLUTÁMICO o GLUTAMATO
(aminoácidos ácidos) (un segundo COO- a pH 6 o 7)
Cada aminoácido tiene peso, carga y solubilidad específicas.
PROPIEDADES DE LOS AMINOÁCIDOS
1) Sus pesos moleculares están entre los 57 y los 186 Daltones
(un peso molecular promedio es 110 daltones)

2) Los a.a. como cristales tienen altos puntos de fusión ( 250 ºC)

3) Bastante solubles en agua

4) Insolubles en solventes no polares

5) Algunos (triptofano, fenilalanina y tirosina) pueden absorber


fuertemente la luz ultravioleta (280 nm)

6) Pueden protonarse o desprotonarse, por lo que pueden actuar como


donadores o aceptores de H+, o sea pueden actuar como ácidos o
como bases y se comportan como iones dipolares o zwitteriones en
solución acuosa

7) Pueden tener carga eléctrica (dependiendo del pH)


LOS AMINOÁCIDOS
TIENEN PESOS
MOLECULARES QUE
VAN ENTRE LOS 57 Y
LOS 186 DALTONES

UN PESO PROMEDIO
ES 110 DALTONES
Propiedades espectroscópicas de los aminoácidos.
Son cuatro los aminoácidos que absorben la luz ultravioleta
Triptofano Fenilalanina
Tirosina Histidina

Fenilalanina

Longitud de onda (nm)

Longitud de onda (nm)


PROPIEDADES ÁCIDO – BÁSICAS DE LOS
AMINOÁCIDOS

Las propiedades ácido – básicas de los a.a.


son importantes, porque:

❖ Determinan muchas propiedades de las


proteínas y de sus funciones.

❖ Ayudan a separar, identificar y cuantificar a


los aminoácidos y las proteínas.
GRUPOS IONIZABLES COO-
DE LOS AMINOÁCIDOS R C +NH
3
a pH 6 -7
H
Disociación del grupo carboxilo:
- +
1) Cα COOH Cα COO + H

Es un ácido porque tiene la tendencia a donar H+, por tanto sus valores de
pK’ son bajos

Valores de pK del COO- son ligeramente diferentes para los 20 a.a.


por efecto de los grupos R

Disociación del grupo amino:


+ +
2) Cα NH 2 + H Cα NH 3

Es una base porque tiende a aceptar H+, por tanto sus valores de pK’
serán altos.
IONIZACIÓN DE LOS GRUPOS R DE LOS AMINOÁCIDOS

pKs de aminoácidos a 25 ºC
Aminoácido pK11 pK12 pK1R

+
αCOOH αNH 3 grupo R

Glicina 2.34 9.6


Alanina 2.34 9.69
Leucina 2.36 9.60
Serina 2.21 9.15
Treonina 2.63 10.43
Glutamina 2.17 9.13
Cisteína 1.71 10.78 8.33
Tirosina 2.20 9.11 10.07
Ac. Aspártico 2.09 9.82 3.86
Ac. Glutámico 2.19 9.67 4.25
Histidina 1.82 9.17 6.0
Lisina 2.18 8.95 10.53
Arginina 2.17 9.04 12.48
BAJO pH pH NEUTRO ALTO pH

COOH COO- COO-


-H+ -H+
+NH +NH
3 C +H+ 3 C +H+ NH2 C

Carga = + 1 Carga = 0 Carga = - 1


Forma no disociada Zwitterion o Ión dipolar Forma disociada
H2NCHRCOO-
13-
Curva de titulación de la alanina. 12-
11- pK2 =9.69
pH 10-
9-
-----------------
8- H3N+CHRCOO-
+
H 7 - H3N CHRCOOH H2NCHRCOO-
| 6 - - - - - - - - pH1=6.02
H3N+CHRCOO-
+ 5-
CH3 – C – NH3 4-
| 3- pK1=2.34
+
COOH 2- H 3 NCHRCOOH
H N +CHRCOO-
1- 3

0.5 1.0 1.5 2.0


Equivalentes -OH
Curva de titulación ácido-básica de la Alanina.

H 13
H2NCHRCOO-
|
+ 12
NH3– C – COOH
| 11
pK2 =9.69
CH3
10
- - - - - - - - - - - - - - - - ---------
9
H3N+CHRCOO-
8
H2NCHRCOO-
7
H3N+CHRCOOH
pH 6 - - - - - - - pH1=6.02 H3N+CHRCOO-
5
4
3 pK1=2.34
+
2 H3NCHRCOOH
1 H3N+CHRCOO-
2.0
0.5 1.0 1.5
Equivalentes -OH
IONIZACIÓN DE LOS GRUPOS R DE LOS AMINOÁCIDOS

pKs de aminoácidos a 25 ºC
Aminoácido pK11 pK12 pK1R

+
αCOOH αNH 3 grupo R

Glicina 2.34 9.6


Alanina 2.34 9.69
Leucina 2.36 9.60
Serina 2.21 9.15
Treonina 2.63 10.43
Glutamina 2.17 9.13
Cisteína 1.71 10.78 8.33
Tirosina 2.20 9.11 10.07
Ac. Aspártico 2.09 9.82 3.86
Ac. Glutámico 2.19 9.67 4.25
Histidina 1.82 9.17 6.0
Lisina 2.18 8.95 10.53
Arginina 2.17 9.04 12.48
EL VALOR DE pK NOS AYUDA A SABER EL ESTADO DE PROTONACIÓN Y
LA CARGA DE UN GRUPO QUÍMICO A CIERTO pH. Disociación del grupo R de
un aminoácido
Forma que predomina pKR Forma que predomina
abajo del pKR por arriba del pKR
3.9
Aspartato CH2 COOH CH2 COO- + H+

4.1
Glutamato CH2 CH2 COOH CH2 CH2 COO- + H+
H
+
N 6.0 N
Histidina C C + H+
H2 NH H2 NH

8.4
Cisteína CH2 SH CH2S- + H+

10.5
Tirosina OH O- + H+

+ 10.5
Lisina CH2 CH2 CH2 CH2 NH3 CH2 CH2 CH2 CH2 NH3 + H+
+
NH2 NH
Arginina 12.5
CH2 CH2 CH2 NH C CH2 CH2 CH2 NH C + H+
NH NH
CURVAS DE TITULACIÓN
DE UN AMINOÁCIDO CON
DOS GRUPOS DISOCIABLES
EL NH3 Y EL COOH

Y DE UN AMINOÁCIDO
CON TRES GRUPOS
DISOCIABLES:
NH3, COOH Y EL
GRUPO R
CH2
CURVAS DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO CON TRES GRUPOS
DISOCIABLES: NH3, COOH Y EL GRUPO R
EL CASO DE LA HISTIDINA

HISTIDINA pK2= 9.17

pKR= 6.0
pH
p I o pHi = pH isoeléctrico
pK1= 1.82

Equivalentes de OH-

ESPECIES PREDOMINANTES
CURVAS DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO CON TRES
GRUPOS DISOCIABLES: NH3, COOH Y EL GRUPO R
EL CASO DE LA HISTIDINA

p I o pHi = pH isoeléctrico

CH2

Debajo de entre entre Arriba de

ESPECIES PREDOMINANTES
EL CASO DE UN AMINOÁCIDO CON TRES GRUPOS IONIZABLES

IONIZACIÓN DE LA HISTIDINA Y CURVA DE TITULACIÓN

pKs de la Histidina:
pK3
pK1 = 1.8 COO- 9
pHi
pK2
+ 6
pK2= 6.0 Imidazolio (R) = NH pH

pK1

+ 2
pK3 = 9.3 NH3

[OH]
pHi = pH isoeléctrico
IONIZACIÓN DEL ÁCIDO GLUTÁMICO IONIZACIÓN DE LA LISINA
CURVAS DE TITULACIÓN PARA AMINOÁCIDOS CON TRES
12 GRUPOS IONIZABLES
pK’2 12
pK’R pK’2

9 10.53
9
8.95
pH pH
6
pK1R 6
pK’1 pK’1
3 3
2.18
1 2 3
1 2 3
Eq. OH
Eq. OH

En un aminoácido con solo DOS grupos ionizables:

pH isoeléctrico o pHi o pI pI = pk1 + pk2


2
IONIZACIÓN DEL ÁCIDO GLUTÁMICO

Cálculo del pH isoeléctrico


o pHi o pI
pI = pK1+ pKR
2
pI = 2.19 + 4.25 = 3.2
2
IONIZACIÓN DE LA LISINA

Cálculo del pH isoeléctrico


o pHi o pI

pI = pK2+ pKR
2
pI = 9.18 + 10.79 =10.0
2
AMINOÁCIDOS ESENCIALES Y NO ESENCIALES
Todos son INDISPENSABLES, pero los ESENCIALES no son sintetizados por el
metabolismo humano, por lo que necesitan ser ingeridos en productos que sí los
contienen y en los que son sintetizados por otros organismos
PROTEÍNAS

• ESTRUCTURAS PRIMARIA,
SECUNDARIA, TERCIARIA Y
CUATERNARIA
FUNCIONES BIOLÓGICAS

Hemoglobina Colágeno
Acuaporina
ESTRUCTURA
TRANSPORTE

Albúmina
Histonas

REGULACIÓN PROTEÍNAS
Y CATÁLISIS
Insulina
SEÑALIZACIÓN

Pepsina
MOVIMIENTO
Ciclooxigenasa
Inmuno-
gammaglobulina Factor de Alcohol
transcripción
Miosina deshidrogenasa
PROTEÍNAS.- FUNCIONES BIOLÓGICAS

a) Enzimas.- Actividad catalítica

b) Hormonas

c) Anticuerpos
Reconocimiento específico
d) Receptores en membranas de ligandos, sin transformarlo

e) Unión de alguna molécula


para su transporte

f) Acarreadores en membranas:- reconocimiento, transporte


y a menudo, actividad catalítica

g) Estructurales.- Andamios moleculares


PARA PODER ESTUDIAR A LAS PROTEÍNAS TENEMOS QUE IR ENTENDIENDO
SU ESTRUCTURA POCO A POCO:
NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Estructura
PRIMARIA

Estructura
SECUNDARIA

Estructura
TERCIARIA

Estructura
CUATERNARIA
PARA PODER ESTUDIAR A LAS PROTEÍNAS TENEMOS QUE IR ENTENDIENDO
SU ESTRUCTURA POCO A POCO:
NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

PRIMARIA SECUNDARIA TERCIARIA CUATERNARIA


NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Estos niveles co-existen


simultáneamente

Todas las proteínas presentan


estructura primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también cuaternaria
ESTRUCTURA PRIMARIA

NIVELES DE
ESTRUCTURACIÓN DE ESTRUCTURA SECUNDARIA

LAS PROTEÍNAS
Todas las proteínas
presentan estructura
primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también
cuaternaria

ESTRUCTURA TERCIARIA ESTRUCTURA CUATERNARIA


Estos niveles co-existen
simultáneamente
Con sólo 20 aminoácidos ordenados en secuencias diferentes
pero específicas podemos generar un número enorme de
proteínas con diferente estructura
Número de aminoácidos = 20
Longitud de la cadena = 200 a 500 (40 a 27,000)
Conformación por residuo = 3
Número de posibles proteínas de
200 residuos = 20200>10260
Comparar con :
El número de Avogadro = 1023
La edad estimada del universo = 5 mil millones de años >1017s
Proteínas en la naturaleza:
bacteria = 1000 tipos diferentes = 103
humano = un millón de tipos = 106
Naturaleza = (¿106 especies?) = 1012
Proteínas conocidas
secuencias de aminoácidos = 600,000 = 105 – 106
estructuras tridimensionales = 5000= 104( 800 = 103 diferentes)
Conformaciones posibles con 200 residuos = 3200> 1095
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
ESTRUCTURA PRIMARIA
Cadenas de aminoácidos unidos por
uniones peptídicas.

2 – 40 aminoácidos PÉPTIDOS U OLIGOPÉPTIDOS

40 – 40,000 aminoácidos CADENAS POLIPEPTÍDICAS


O POLIPÉPTIDOS O PROTEÍNAS
ESTRUCTURA PRIMARIA

1. Ordenamiento lineal de aminoácidos, en cadenas no ramificadas

2. Posición específica de cada aminoácido en la cadena secuencia

específica

3. Unión covalente aminoácido – aminoácido (enlace peptídico)

4. La cadena de aminoácidos tiene dos extremos: uno amino, otro

carboxilo
ESTRUCTURA PRIMARIA
LOS AMINOÁCIDOS QUE FORMAN UNA PROTEÍNA ESTÁN
UNIDOS ENTRE SÍ POR ENLACES PEPTÍDICOS

Formación de uniones peptídicas entre 4 aminoácidos:


R1 R2 R3 R4
NH3 CH COOH NH3 CH COOH NH3 CH COOH NH3 CH COOH
Ejemplo de 4 Aminoácidos unidos por enlaces peptídicos
R1 O R2 O R3 O R4
NH3 CH C NH CH C NH CH C NH CH COOH
α α α α

Extremo amino Extremo carboxilo

Enlaces peptídicos
ESTRUCTURA PRIMARIA
Características del enlace peptídico

1) Gran resonancia estable

2)C N, 40 % doble enlace, es relativamente rígido

Características del
enlace peptídico 3) C O, 40% enlace sencillo

NH (grupo imino), no se ioniza en el rango pH 1-14

Sólo los sustituyentes alrededor del Catienen posibilidades de libre rotación


Reacción de formación
del enlace peptídico

Estereoquímica del enlace peptídico


y los grupos adyacentes
LOS ENLACES PEPTÍDICOS TIENEN UNA DISPOSICIÓN PLANAR
Estereoquímica del enlace peptídico
y los grupos adyacentes

Papel del volumen de los


grupos R en la libre rotación
de los sustituyentes del C alfa

Sin embargo los grupos R no


participan en la formación
del enlace peptídico y por lo
tanto tampoco en la formación
de la estructura terciaria
Los enlaces sencillos entre el
Ca y el carbonilo y el Ca y
el imino se llaman psi () y
fi (), respectivamente
ESTRUCTURA PRIMARIA

Una de sus características


es el ordenamiento
específico de los
aminoácidos a lo largo de
la cadena polipeptídica

o
FORMA DE EXPRESAR LA SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS DE UNA
PROTEÍNA.
AQUÍ CADA AMINOÁCIDO SE REPRESENTA POR TRES LETRAS, PERO
EN OTROS CASOS, SE LE REPRESENTA POR UNA LETRA
La secuencia de aminoácidos o estructura primaria de la ribonucleasa
La secuencia de aminoácidos o estructura primaria de la ribonucleasa
ESTRUCTURA PRIMARIA
Cada proteína tiene una secuencia de aminoácidos
específica
ESTRUCTURA
PRIMARIA

Cada proteína tiene


una secuencia de
aminoácidos
específica
ESTRUCTURA
PRIMARIA DE LA
ALBÚMINA SÉRICA
HUMANA
N Terminal
α β α β α β α β

Val Val Thr Arg Met Leu Phe Phe


His Tyr Phe Pro Lys Thr Thr
Secuencia de aminoácidos Leu Leu Phe Phe Asn Gly Pro Pro
Ser Thr Pro Glu Ala Thr 120 Ala Pro
de las cadenas α and β de la Pro
Ala
Pro
Glu
His
Phe
Ser
Phe
80 Leu
Ser
Phe
Ala
Val
His
Val
Gln
hemoglobina humana adulta Asp
Lys
Glu
Lys Asp
Gly
Asp
Ala
Leu
Thr
Leu
Ala
Ser
Ala
Ala
Thr Ser Leu Leu Ser Ser Leu Tyr
normal Asn Ala Ser Ser Asp Glu Asp Gln
10 Val Val 50 His Thr Leu Leu Lys Lys
Lys Thr Gly Pro His His Phe Val
AIa Ala Ser Asp Ala Cys Leu Val
Ala Leu Ala Ala His Asp 130 Ala Ala
Trp Trp Val 90 Lys Lys Ser Gly
Gly Gly Met Leu Leu Val Val
Lys Lys Gly Arg His Ser Ala
Val Val Asn Val Val Thr Asp
Gly Asn Pro Asp Asp Val Ala
Ala Gln Lys Pro Pro Leu Leu
20 His Val Val Val Glu Thr Ala
Ala Val Lys Lys Asn Asn Ser His
Gly Asp Gly Ala Phe Phe Lys Lys
Glu Glu His His Lys Arg 140 Tyr Tyr
Tyr Val Gly Gly 100 Leu Leu Arg His
Gly Gly 60 Lys Lys Leu Leu
Ala Gly Lys Lys Ser Gly
Glu Glu Val Val His Asn C Terminal
Ala Ala Ala Leu Cys Val
Leu Leu Asp Gly Leu Leu
30 Glu Gly Ala Ala Leu Val
Arg Arg Leu Phe Val Cys
Met Leu Thr Ser Thr Val
Phe Leu Asn Asp Leu Leu
Leu Val Ala Gly 110 Ala Ala
Ser Val 70 Val Leu Ala His
Phe Tyr Ala Ala His His
Pro Pro His His Leu Phe
Thr Trp Val Leu Pro Gly
Thr Thr Asp Asp Ala Lys
40 Lys Gln 75 Asp Asn 116 Glu Glu
CADA PROTEÍNA TIENE UNA COMPOSICIÓN DE AMINOÁCIDOS.
COMPOSICIÓN NO ES LO MISMO QUE SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS
ESTRUCTURA SECUNDARIA
α-hélice
1) Arreglo periódico.
2) Especialmente la cadena no está “estirada”. β-plegada

3) Promovida y estabilizada por puentes de H. Giros o vueltas

LAS TRES FORMAS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA


α hélice β plegada

Giro o vuelta
ESTRUCTURA SECUNDARIA

α hélice
1) Arreglo periódico.
2) Especialmente la cadena no está “estirada”. β plegada
3) Promovida y estabilizada por puentes de H.
Giros o vueltas

* Cadena helicoidal

* 3.6 aminoácidos por vuelta (5.4A)

* Los grupos R se encuentran hacia fuera de la hélice

α hélice * Formación de puentes de hidrógeno


con periodicidad regular pues intervienen:
H del NH O del C
O
Enrolladas hacia la derecha
LAS TRES FORMAS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA

α hélice

β plegada

Giro o vuelta
α-hélice Esquele
adquirien
* Cadena helicoidal

* 3.6 aminoácidos por vuelta (5.4A)

* Los grupos R se encuentran hacia fuera de la hélice

α hélice * Formación de puentes de hidrógeno


con periodicidad regular pues intervienen:
H del NH O del C
O
Enrolladas hacia la derecha

MODELO DE α- HÉLICE
Esqueleto covalente de la cadena polipeptídica
adquiriendo una “torsión” helicoidal
a-hélice
α – HÉLICE DEXTRÓGIRA O
DE ENROLLAMIENTO A LA
DERECHA
EN LA a-HÉLICE, LOS GRUPOS R SE ENCUENTRAN HACIA FUERA
DE LA HÉLICE, AQUÍ SE MUESTRA LA CADENA DESDE “ARRIBA”
EN LA a-HÉLICE, LOS GRUPOS R SE ENCUENTRAN HACIA FUERA
DE LA HÉLICE

NÓTESE AQUÍ QUE


EN LA PROTEÍNA
QUE SE MUESTRA,
LAS
ESTRUCTURAS
SECUNDARIAS
TIENEN UNA
CIERTA
ORIENTACIÓN. ES
DECIR, LAS
CADENAS
POLIPEPTÍDICAS
NO ESTÁN
“ACOMODADAS”
LINEALMENTE:
ESTRUCTURA
TERCIARIA
Hoja b-plegada
•Es una forma de estructura secundaria

•Tiene una disposición planar en el espacio

•Está estabilizada por puentes de hidrógeno


(carbonilo e imino de la cadena polipeptídica)

•Las cadenas pueden correr en forma paralela o


antiparalela

•Los grupos R se encuentran hacia arriba y hacia abajo


del plano
b-plegada
Los grupos R se encuentran hacia
arriba o hacia abajo del plano
Las b-plegadas se pueden generar por varias cadenas polipeptídicas
o por secciones diferentes de la misma cadena polipeptídica

0.7 nm
Puentes de Hidrógeno
en hojas β – plegadas
antiparalelas y paralelas
FIBROÍNA DE LA SEDA
HOJA β-PLEGADA
ANTIPARALELA
APARIENCIA DE UNA HOJA
β-PLEGADA
ANTIPARALELA
VUELTAS O GIROS Y ASAS
-Estructuras secundarias en forma de U.

-Estabilizadas por puentes de H en sus extremos.

-Formadas por tres o cuatro residuos

- Se localizan en las superficie de las proteínas generalmente.

-Forman un doblamiento acentuado de la cadena polipeptídica que la reorienta


hacia el interior.

-Prolina favorece las vueltas o giros así como glicina, por tener un pequeño R.

-Sin estas vueltas, las proteínas serían largas cadenas de aminoácidos


extendidas (aunque con α-hélices o β-plegadas), y no serían estructuras
compactas.

-Las ASAS (loops) son más extensas y tienen diferentes formas.


VUELTAS O GIROS

VUELTAS EN CADENAS POLIPEPTÍDICAS


VUELTAS O GIROS
Cada aminoácido tiene preferencia por
formar uno de los tres tipos de estructura secundaria
ESTRUCTURA TERCIARIA

1) Plegamiento o acomodo tridimensional de la proteína.


2) Le da su actividad biológica (estructura nativa).
3) Está dada por la manifestación de las interacciones de
los grupos R de los aminoácidos:

a) Interacciones hidrofóbicas.
b) Interacciones electrostáticas. ENLACES
NO-COVALENTES
c) Puentes de hidrógeno.
d) Puentes disulfuro.
4) Es una consecuencia de la estructura primaria y es por
tanto, específica.
5) Es estable, pero “respira”.
6) Los grupos polares tienden a estar en la superficie
7) Los grupos hidrofóbicos tienden a mantenerse
internamente
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas

ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS PUENTES DE HIDRÓGENO
HIDROFÓBICAS

ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS
PUENTES DE
HIDROFÓBICAS
HIDRÓGENO

PUENTES
DISULFURO
Puentes de Hidrógeno
Coordinación con iones metálicos

M2+
70

+ RMET RILE
NH3 103
RFEN
30 O 97
RLEN CH2
O- RVAL COO-
H COO-
85
O C H3N+
CH2 CH2
CH2 H2C CH
2
S H2C
CH2
S
CH2 Interacciones
45
electrostáticas
Interacciones hidrofóbicas Puente disulfuro
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

Se pueden reconocer estructuras


secundarias, supersecundarias y las
terciarias
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

Se pueden reconocer estructuras


secundarias, supersecundarias y las
terciarias
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

MIOGLOBINA
QUIMOTRIPSINA

CADENA β DE HEMOGLOBINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

(a) CADENAS BETA DE LA HEMOGLOBINA. (b) PROTEINA DEL VIRUS DEL


MOSAICO DEL FRIJOL
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

(c) ISOMERASA DE (d) CARBOXIPEPTIDASA


TRIOSAS FOSFATO
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

(e) CITOCROMO c
(f) INSULINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(A) MIOGLOBINA

(B) CONCANAVALINA
A
L
F
A

L
A
C
T
A
L
B
Ú
M
I
N
A
TRANSFERRINA
Pérdida de la estructura terciaria de una proteína.
Desnaturalización.

Conformación
Proteína en Actividad termodinámicamente
estado nativo biológica más estable.

Pérdida de la estructura
Proteína en secundaria, terciaria, y en
Sin
estado actividad las que la tienen, de la
desnaturalizado cuaternaria

AGENTES DESNATURALIZANTES:
pH extremos, temperaturas extremas, altas
Fuerzas iónicas, detergentes
Agentes reductores de puentes disulfuro
LOS AGENTES DESNATURALIZANTES MÁS USADOS EN EL
ANÁLISIS DE PROTEÍNAS SON:
•pH (rompe puentes de H y salinos)
•TEMPERATURA (perturba puentes de H y salinos)
•SOLVENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•ALTAS FUERZAS IÓNICAS (perturba puentes salinos, y de H)
•DETERGENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•AGENTES REDUCTORES DE GRUPOS S-S
(reducen puentes disulfuro)

ditiotreitol
b-mercaptoetanol

Todos ellos perturban las estructura secundaria, terciaria y cuaternaria


de las proteínas, pero nunca alteran la estructura primaria, ya que estos
agentes sólo rompen interacciones no covalentes (excepto los agentes
reductores de S-S)
Pérdida de la estructura terciaria de una proteína.
Desnaturalización.
El caso de la Ribonucleasa (proteína que degrada al RNA)
92
Puentes disulfuro
58 65
110 26 Conformación termodinámicamente
Estado Actividad biológica
95
más estable.
nativo
40
Urea + β-MSH Agentes reductores de S S 2 SH
65

40 92
Estado Pérdida de la estructura
Sin actividad terciaria, y en ciertos
58
desnaturalizado
casos, de la cuaternaria
84
26
Puentes
110 95 disulfuro reducidos

92
-Urea - βMSH
58 65
110 26
95
Estado Re-naturalizado 40
Proteína en Proteína en estado
estado Proteína en estado
desnaturalizado renaturalizado
nativo
Proteína en Proteína
estado nativo desnaturalizada
ESQUEMA DE DESNATURALIZACIÓN-RENATURALIZACIÓN
ESQUEMA DE DESNATURALIZACIÓN-RENATURALIZACIÓN
ESTRUCTURA CUATERNARIA

* Es la estructura que se forma cuando dos o más polipéptidos se unen entre sí


para formar una proteína con una función biológica.

* Los polipéptidos que forman una proteína se llaman subunidades u oligómeros.


Éstos pueden ser idénticos o diferentes.

* Las interacciones que unen a los oligómeros pueden ser hidrofóbicas o


puentes de Hidrógeno o iónicas o enlaces S – S.

* Si los monómeros que forman un dímero son iguales forman un homodímero,


por ejemplo y si son diferentes forman un heterodímero

* Puede haber proteínas diméricas, triméricas, tetraméricas, etc., que están


formadas por dímeros, trímeros, tetrámeros, etc.

* Las proteínas con estructura cuaternaria pueden ser:


GLOBULARES O FIBROSAS (aunque también las proteínas con sólo estructura
terciaria pueden ser globulares) .
MONÓMERO TETRÁMERO
EJEMPLOS DE PROTEÍNAS CON ESTRUCTURA CUATERNARIA

DÍMERO
DÍMERO TRÍMERO
TRÍMERO TETRÁMERO PLANAR

TETRÁMERO
TETRÁMERO PENTÁMERO
PENTÁMERO HEXÁMERO PLANAR
HEXÁMERO HEPTÁMERO OCTÁMERO
(TRÍMERO DE
DÍMEROS)
4 SUBUNIDADES, ES UN TETRÁMERO FORMADO
E POR DOS HOMODÍMEROS DIFERENTES ENTRE SÍ
S
T
R
U
C
T
U
R
A

D
E

D
E
O
X
Y
H
b
NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
Todas las proteínas presentan estructura primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también cuaternaria

Estos niveles co-existen simultáneamente


NIVELES DE
ESTRUCTURACIÓN
DE LAS PROTEÍNAS
Todas las proteínas
presentan estructura
primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también
cuaternaria

Estos niveles co-


existen
simultáneamente
NIVELES DE
ESTRUCTURACIÓN DE LAS
PROTEÍNAS
Todas las proteínas
presentan estructura
primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también cuaternaria

Estos niveles co-existen


simultáneamente
Las proteínas membranales también tienen estructura primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria

MEMBRANA

© 2004 New Science Press Ltd new-science-press.com


Las proteínas membranales tienen regiones hidrofóbicas (en la parte
apolar de la membrana) y regiones hidrofílicas (en la región citosólica
o extracelular si se trata de la membrana plasmática

MEMBRANA

Región
hidrofílica

Región
hidrofóbica

Región
hidrofílica

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APÉNDICE DE ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
MOTIVOS, DOMINIOS, ESTRUCTURAS
SUPERSECUNDARIAS.
α hélice
UN MOTIVO SERÁ UNA ESTRUCTURA SECUNDARIA β plegada
giro
UNA ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA
Será un agregado de por lo menos dos motivos y puede tener combinaciones
de α-hélices, β-plegadas y giros.
a-hélice, giro, α-hélice
Por ejemplo
b- plegada, giro, α- hélice, etc.

(intermediarios entre las estructura secundaria y terciaria)

UN DOMINIO SERÁ UN AGREGADO COMPACTO DE VARIAS


SUPERESTRUCTURAS UNIDAS A OTRO POR UN SEGMENTO FLEXIBLE.

OTRAS ESTRUCTURAS SECUNDARIAS: Los giros son estructuras que no son


a-hélices ni β-plegadas pero pueden estabilizarse por puentes de H y son
estructuras secundarias también.
Hay tres tipos de giros: I, II, III.
Las regiones random coiled o estructuras no repetitivas NO están estabilizadas
por puentes de H.
VÍA HIPOTÉTICA DE PLEGAMIENTO
DE UNA PROTEÍNA DIMÉRICA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS SUPER - SECUNDARIAS

VUELTA O GIRO O UNIDAD β α β HÉLICE – VUELTA-HÉLICE


DOBLAMIENTO
β
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS

Plausible models for the tertiary structures of Prpsc and Prpc. (a) the proposed three – dimensional structure Prpc.
Helix 1 is shown in red while helix 2 is in green. We believe that helices 1 and 2 are Converted into a β – sheet
structure during the formation of Prpsc. The H2-H3 loop corresponding to the S2b – H3 loop in Prpsc is shown in yellow
four residues (ASN108, Met129 and Ala133) inplicated in the species barrier are shown in the bold d stick model.
(b) The propoced three - dimensional structure of Prpsc (Red.29). This structure was choosen from the six
Penultimated models.
MOTIVO

DOMINIO GIRO

ESTRUCTURA
SUPERSECUNDARIA
EJEMPLOS DE DOMINIOS

BARRIL-b