Chapter 1

THE BASICS

BONDING AND MOLECULAR STRUCTURE
 Organic Chemistry: The chemistry of the 
compounds of carbon
(1) The human body is largely composed of organic compounds.

(2) Organic chemistry plays a central role in medicine, bioengineering, etc.

Amoxicillin AZT Fluoxetine

DDT Capsaicin
 Vitalism
It was originally thought organic compounds could be made only by living things by 
intervention of a “vital force”.

Fredrich Wöhler disproved vitalism in 1828 by making the organic compound urea 

from the inorganic salt ammonium cyanate by evaporation:

Inorganic Organic
 The Structural Theory of Organic Chemistry
Between 1858 and 1861, Kekule, Couper, and Butlerov provided the foundations 
for structural theory.
Central Premises:
(1) Valency: atoms in organic compounds form a 
fixed number of bonds.

(2) Carbon can form one or more bonds to other carbons.
 Isomers
(1) Isomers are different molecules with the same molecular formula.
(2) Many types of isomers exist.
Example:
Consider two compounds with molecular formula C2H6O.  These compounds cannot be 
distinguished based on molecular formula.  However they have different structures.  The 
two compounds differ in the connectivity of their atoms.

Constitutional Isomers
Constitutional isomers are one type of isomer.  They are different compounds that 
have the same molecular formula but different connectivity of atoms.  They often 
differ in physical properties (e.g. boiling point, melting point, density) and chemical 
properties.
In Class Problems:

(1) Draw all the constitutional isomers of C4H10O.
 Three Dimensional Shape of Molecules
Virtually all molecules possess a 3‐dimensional shape which is often not accurately 
represented by drawings,

It was proposed in 1874 by van’t Hoff and le Bel that the four bonds around carbon 

where not all in a plane but rather in a tetrahedral arrangement i.e. the four C‐H bonds 
point towards the corners of a regular tetrahedron.
 Three Dimensional Shape of Molecules
Consider the constitutional isomers ethyl alcohol and dimethyl ether:

Ethyl Alcohol Dimethyl Ether

 Chemical Bonds: The Octet Rule
Octet Rule:
(1) Atoms form bonds to produce the electron configuration of a noble gas because 
the electronic configuration of noble gases is particularly stable. 
(2) For most atoms of interest this means achieving a valence shell configuration of 8 
electrons corresponding to that of the nearest noble gas. 
(3) Atoms close to helium achieve a valence shell configuration of 2 electrons.
(4) Atoms can form either ionic or covalent bonds to satisfy the octet rule.
Electronegativity
(1) Electronegativity is the ability of an atom to attract electrons.
(2) Electronegativity increases from left to right and from bottom to top in the 
periodic table (noble gases excluded).
(3) Fluorine is the most electronegative atom and can stabilize excess electron 
density the best.
 Ionic Bonds
(1) When ionic bonds are formed atoms gain or lose electrons to achieve the 
electronic configuration of the nearest noble gas; there is a transfer of electrons 
from one atom to another.
(2) The resulting oppositely charged ions attract and form ionic bonds.
(3) This generally happens between atoms of widely different electronegativities.

Example: Lithium Fluoride (a salt)
(1) Lithium loses an electron (to have the configuration of helium) and becomes 
positively charged. 
(2) Fluoride gains an electron (to have the configuration of neon) and becomes 
negatively charged.
(3) The positively charged lithium and the negatively charged fluoride form a strong 
ionic bond (actually in a crystalline lattice).
Sodium Chloride‐ An Ionic Salt
 Covalent Bonds
(1) Covalent bonds occur between atoms of similar electronegativity (close to each 
other in the periodic table).
(2) Atoms achieve octets by sharing of valence electrons.
(3) Molecules result from this covalent bonding.
(4) Valence electrons can be indicated by dots (electron‐dot formula or Lewis 
structures) but this is time‐consuming.
(5) The usual way to indicate the two electrons in a bond is to use a line (one line = two 
electrons).
 Writing Lewis Structures
(1) Atoms bond by using their valence electrons.

(2) The number of valence electrons is equal to the group number of the atom.
(a) Carbon is in group 4A and has 4 valence electrons.
(b) Hydrogen is in group 1A and has 1 valence electron.
(c) Oxygen is in group 6A and has 6 valence electrons.
(d) Nitrogen is in group 5A and has 5 valence electrons.

(3) To construct molecules the atoms are assembled with the correct number of valence 
electrons.

(4) If the molecule is an ion, electrons are added or subtracted to give it the proper 
charge.

(5) The structure is written to satisfy the octet rule for each atom and to give the correct 
charge.

(6) If necessary, multiple bonds can be used to satisfy the octet rule for each atom.
 Lewis Symbols
(a) The chemical symbol represents the nucleus and the core electrons.
(b) The dots around the symbol represent the valence electrons.

Some examples:
 Lewis Structures for Ionic Compounds:

Barium Oxide

Magnesium Chloride
 Lewis Structures for Some Small Molecules

(1) Hydrogen Fluoride

(2) Water

(3) Ammonia

(4) Methane
 Lewis Structures with Multiple Covalent Bonds

(1) Nitrogen

(2) Carbon Dioxide
 Additional Lewis Structures

(1) Phosgene

(2) Hypochlorous
Acid

(3) Chlorate Ion

(4) Methanol
In Class Problems:

(1) Draw the Lewis structures for each of the following species.  The atom 
connectivity is indicated.

(a) HN3  (hydrazoic acid)  H  N  N N

(b) HNO3  (nitric acid)  H  O  N  O
O

(c) CO3‐2 (carbonate ion)          O   ‐2
O  C  O

(d) H2C2 (acetylene)   H  C  C H
 Exceptions to the Octet Rule
The octet rule applies only to atoms in the second row of the periodic table (C, O, N, F) 
which are limited to valence electrons in the 2s and 2p orbitals
In second row elements fewer electrons are possible
Example: BF3

In higher rows other orbitals are accessible and more than 8 electrons around an atom 
are possible
Example: PCl5 and SF6
 Formal charge
(1) A formal charge is a positive or negative charge on an individual atom.
(2) The sum of formal charges on individual atoms is the total charge of the molecule or 
ion.
(3) The formal charge is calculated by subtracting the assigned electrons on the atom in 
the molecule from the electrons in the neutral atom.
(4) Electrons in bonds are  evenly split between the two atoms; one to each atom.
(5) Lone pair electrons belong to the atom itself.

Ammonium ion (NH4)+

Nitrate ion (NO3)‐
An atom will always have the same formal charge depending on how many bonds 
and lone pairs it has regardless of which particular molecule it is in.  For example a 
singly bonded oxygen with 3 lone pairs will always have a negative charge and an 
oxygen with three bonds and one lone pair will always have a positive charge.
Knowing these forms of each atom is invaluable in drawing Lewis structures correctly 
and rapidly .
In Class Problems:

(1)  Draw the Lewis structure for each of the following species and indicate the 
formal charge associated with each atom.  The atom connectivity is indicated.

(a) NO3‐ (nitrate)   O  N  O
O

(b) N3‐ (azide)   N  N N
 Resonance
Often a single Lewis structure does not accurately represent the true structure of a 
molecule.  The real carbonate ion is not represented by any of the structures 1,2 or 3.

Experimentally carbonate is known to have all bonds  equal in length and the charge is 
spread equally over all three oxygens.  The “real” carbonate ion can be represented by a 
drawing in which partial double bonds to the oxygens are shown and a partial negative 
charge exits on each oxygen.  The “real” structure is a resonance hybrid or mixture of all 
three Lewis structures.  Double headed arrows are used to show the resonance 
contributors to the experimental structure.  NEVER USE EQUILIBRIUM ARROWS!
One resonance contributor is converted to another by the use of curved arrows which 
show the movement of electrons.  The use of these arrows serves as a bookkeeping device 
to assure all structures differ only in position of electrons

A calculated electrostatic potential map of carbonate clearly shows the electron density is 
spread equally among the three oxygens.  Areas which are red are more negatively 
charged; areas of blue have relatively less electron density.
 Rules for Resonance
(1) Individual resonance structures exist only on paper.  The real molecule is a hybrid 
(average) of all contributing forms.
(2) Resonance forms are indicated by the use of double‐headed arrows.
(3) Only electrons are allowed to move between resonance structures.
(4) The position of nuclei must remain the same.
(5) Usually only electrons in multiple bonds and nonbonding electrons can be moved.

Example: 3 is not a resonance form because an atom has moved

(6) All structures must be proper Lewis structures.
(7) The energy of the actual molecule is lower than the energy of any single contributing 
form.  The lowering of energy is called resonance stabilization.
(8) Equivalent resonance forms make equal contributions to the structure of the real 
molecule.  In general, structures with equivalent resonance forms tend to be greatly 
stabilized.

Example: The two resonance forms of benzene contribute equally and greatly stabilize it

(9) Unequal resonance structures contribute based on their relative stabilities. 
(10) More stable resonance forms contribute more to the structure of the real molecule
 Rules to Assign Relative Importance of
Resonance Forms
(1) A resonance form with more covalent bonds is more important than one with less.
Example: 6 is more stable and more important because it has more total covalent 
bonds

(2) Resonance forms in which all atoms have a complete valence shell of electrons are 
more important.
Example: 10 is more important because all atoms (except hydrogen) have complete 
octets
(3) Resonance forms with separation of charge are less important.  Separation of 
charge cost energy and results in a less stable resonance contributor.

Example: 12 is less important because it has charge separation

(4) Forms with negative charge on highly electronegative atoms are more important.  
Those with positive charge on less electronegative atoms are also more important.
Example: Nitrate Ion
The nitrate ion is known to have all three nitrogen‐oxygen bond lengths the same and 
the negative charge spread over all three atoms equally.

Resonance theory can be used to produce three equivalent resonance forms .  Curved 
arrows  show the movement of electrons between forms.  When these forms are 
hybridized (averaged) the “true” structure of the nitrate ion is obtained.
In Class Problems:

(1) Draw the contributing resonance structures for each of the following species.

(a) Benzyl cation CH2 +

(b) Acetone enolate O

C _
H3C CH2
 Quantum Mechanics (Wave Mechanics), Atomic 
Orbitals, and Molecular Orbitals
Quantum mechanics (wave mechanics) provides a model for calculating the energies 
and probability locations of negatively charged electrons in the field of positively 
charged nuclei.  The model is  based upon the wave nature of electrons.

A hydrogen atom can be simply described as an electron in the field of a proton.  The 
application of the principles of quantum mechanics to this system provides the energies 
and probability locations of the electron in the ground and excited states of the 
hydrogen atom.  Each state is mathematically described by a wave function, ψ.  The 
wave functions associated with each of these states provide the foundation for our 
pictorial representation of the various atomic orbitals‐ s, p, d, and f orbitals.  The square 
of the wave function (ψ2) is related to the probability of finding an electron in a 
particular location in space.

An atomic orbital is defined as a region of space where there is a 90 – 95% probability of 

finding an electron.

Atomic orbitals on different atoms located proximate to one another interact (overlap) 
to form molecular orbitals.  Molecular orbitals provide the foundation for our 
understanding of molecular structure.
 The “Shapes” of Some Atomic Orbitals

(1) The 1s and 2s atomic orbitals have spherical symmetry centered around the 

nucleus.  The 2s orbital is higher in energy as compared to the 1s orbital and contains 
a nodal surface (Ψ = 0).  Each s orbital can contain a maximum of 2 electrons.
(2) The 2p atomic orbital has a nodal plane of symmetry‐ the node passing through 
the nucleus.  There are three 2p orbitals which are perpendicular (orthoganol) to each 
other‐ 2px, 2py, and 2pz.  The three 2p orbitals are degenerate (equal in energy).  
Each p orbital can contain a maximum of 2 electrons.
(3) The 2p orbitals are higher in energy than the 1s or 2s atomic orbitals.
(4) Generalization: The greater the number of nodes the higher the energy.
Atoms can be assigned electronic configuration using the following rules:

(1) Aufbau Principle: The lowest energy orbitals are filled first.

(2) Pauli Exclusion Principle: A maximum of two spin paired electrons may be placed in 
each orbital.

(3) Hund’s Rule: One electron is added to each degenerate orbital before a second 
electron is added.

Electronic Configurations of Some Second Row Elements
 Molecular Orbitals (MOs)
(1) The overlap of 1s orbitals on each of the hydrogen atoms results in two molecular 
orbitals‐ one of lower energy (the bonding molecular orbital‐ addition of the wave 
functions) and one of higher energy (the anti‐bonding molecular orbital‐
subtraction of the wave functions).  Generalization: The combination of n atomic 
orbitals results in the formation of n molecular orbitals.
(2) The molecular orbitals (MO’s) that form encompass both nuclei.  The electrons are 
not restricted to the vicinity of one nucleus or another.
(3) Each of the resulting MO’s has a maximum of 2 spin‐paired electrons.
(4) The mathematic operation by which wave functions are added or subtracted is 
called the linear combination of atomic orbitals (LCAO).
The energy of electrons in the bonding molecular orbital is substantially less than the 
energy of electrons in the individual  (isolated) H atoms.
The energy of electrons in the antibonding molecular orbital is substantially more 
than the energy of the electrons in the individual (isolated) H atoms.
The two electrons derived from the hydrogen atoms occupy the bonding molecular 
orbital.  The anti‐bonding molecular orbital is empty (virtual molecular orbital).
The Kinetic and Potential Energies For 
the Ground and Excited States of H2+

Bonds are formed because the kinetic energies of electrons are lower in bonding 
molecular orbitals than they are in the isolated atomic orbitals.  The potential 
energy of the system is always higher.  Additions of the kinetic and potential 
energies results in an optimum bond distance and the common Morse potential 
diagrams describing bond lengths and strengths.
 Molecular Orbitals (MOs)
A  simple model of bonding is illustrated by forming molecular H2 from two H atoms.  
The following diagram illustrates the total energy between the two H atoms as a 
function of internuclear distance:

Region I: The total energy of two isolated hydrogen atoms.  The hydrogen atoms do 
not  “feel” each other’s presence.  This is the reference state.
Region II: As the two hydrogen atoms approach one another their 1s orbitals begin to 
overlap initiating the formation of a bond; the  total energy of the system is lowered.
Region III: at 0.74 Å  a minimum is reached which represents the bond length of H2.
Region IV: energy of system rises.
 The Structure of Methane and Ethane:
sp3 Hybridization
The structure of methane with its tetrahedral geometry can be accomodated by the 
combination (hybridization) of the 2s and the three 2p atomic orbitals to form four sp3
hybrized atomic orbitals.  The four sp3 orbitals can then be combined with the 1s
orbitals of four hydrogens to give the molecular orbitals of methane.
An sp3 orbital looks like a p orbital with one lobe greatly extended.  This hybrid orbital 
can be looked upon as a “polarized” p atomic orbital.  

The extended sp3 lobe can then effectively overlap with the hydrogen 1s to form a strong 

bond.

These type of bond have cylindrical symmetry when viewed along the bond axis; these 
type of bond are referred to as sigma (σ) bonds. 
A variety of representations of methane show its tetrahedral nature and electron 
distribution:
a. calculated electron density surface
b. ball‐and‐stick model c. a typical
c. 3‐dimensional drawing
 Ethane (C2H6)
The carbon‐carbon bond is made from overlap of two sp3 orbitals to form a carbon‐
carbon σ bond.  Six hydrogen 1s atomic orbitals combine (overlap) with the remaining 
sp3 hybridized orbitals.  The molecule is approximately tetrahedral around each of the 
carbon atoms.
The representations of ethane show the tetrahedral arrangement around each of the 
carbon atoms.
a. calculated electron density surface
b. ball‐and‐stick model
c. typical 3‐dimensional drawing

Generally there is relatively “free” rotation about the carbon‐carbon σ bonds.  Very little 
energy (13‐26 kcal/mol) is required to rotate around the carbon‐carbon bond of ethane.
 The Structure of Ethene (Ethylene):
sp2 Hybridization
Ethene (C2H2) contains a carbon‐carbon double bond and is in the class of organic 
compounds called alkenes.  Another example of the alkenes is propene (propylene).

Overall Structure of Ethene:
The geometry around each carbon is called trigonal planar.  All atoms directly 
connected to each carbon are in a plane.  The bonds point towards the corners of a 
regular triangle.  The bond angles are approximately 120o.
There are three σ bonds around each carbon of ethene and these are formed by using 
sp2 hybridized orbitals.  The three sp2 hybridized orbitals come from mixing one 2s and 
two 2p atomic orbitals.  One p orbital is left untouched (unhybridized).

The sp2 orbitals are arranged in a trigonal planar arrangement.  The p orbital is 

perpendicular (orthoganol) to the plane.
Overlap of sp2 orbitals in ethylene results in formation of a σ framework.  One sp2
orbital on each carbon overlaps to form a carbon‐carbon σ bond; the remaining sp2
orbitals form bonds to hydrogen.  The leftover p orbitals on each carbon overlap to 
form a bonding π bond (lower energy) and an anti‐bonding π* bond (higher energy) 
between the two carbons.  These types of π interactions result from parallel overlap of 
p orbitals above and below the plane of the σ bond.  A π bond is characterized by 
nodal symmetry; it has a nodal plane passing through the two bonded nuclei and  
between the two lobes of the π molecular orbital.
The bonding π orbital results from overlap of p orbital lobes of the same sign.  The 
antibonding π* orbital results from overlap of p orbital lobes of opposite sign.  The 
antibonding orbital has one node connecting the two nuclei and another node between 
the two carbons.  The bonding π orbital is lower in energy than the antibonding orbital.  
In the ground state two spin paired electrons are in the bonding orbital.  The antibonding
π*orbital can become occupied if an electron is promoted (excited) from a lower level 
(e.g. by absorption of light). 
 The σ molecular orbital is lower in energy than the π molecular orbital.  The ground 
state electronic configuration of ethene is shown as follows:

Restricted Rotation and the Double Bond
There is a large energy barrier to rotation (approximately 264 kJ/mol) around the 
double bond.  This corresponds to the strength of a π bond.  In comparison, the 
rotational barrier of a carbon‐carbon single bond is 13‐26 kJ/mol.  This rotational 
barrier results because the p orbitals must be parallel to one another for maximum 
overlap.   Rotation of one of the p orbitals 90o breaks the π bond.
 Cis‐trans isomers
Cis‐trans isomers are the result of restricted rotation about double bonds.  These 
isomers have the same atom connectivity and differ only in the arrangement of atoms 
in space.  This places them in the broader class of stereoisomers.  The molecules 
below do not superpose on each other.  One molecule is designated cis (substitutent
groups on same side of the double bond) and the other is trans (substituent groups on 
opposite sides of the double bond).

Cis‐trans isomerism is not possible if one carbon of the double bond has two identical 
groups attached to it.
 The Structure of Ethyne (Acetylene):
sp Hybridization
Ethyne (acetylene) is a member of a group of compounds called alkynes; alkynes have 
carbon‐carbon triple bonds.  Propyne is another typical alkyne

The arrangement of atoms around each carbon is linear with bond angles 180o.
The carbons of ethyne are sp hybridized.  One 2s and one 2p atomic orbitals are 
mixed (hybridized) to form two sp orbitals.  Two p orbitals are left untouched 
(unhybridized).

The two sp orbitals on a particular carbon atom are oriented 180o relative to each 

other around the carbon nucleus.  The two p orbitals are perpendicular to the axis 
that passes through the center of the sp orbitals.
In ethyne the sp orbitals on the two carbons overlap to form a σ bond.  The remaining 
sp orbitals overlap with two hydrogen 1s orbitals.  The  p orbitals on each carbon 
overlap to form two π bonds.  The triple bond consists of one σ and two π bonds.
 Bond Lengths of Ethyne, Ethene and Ethane
The carbon‐carbon bond length is shorter and stronger as more bonds hold the carbons 
together.  The carbon‐hydrogen bond lengths also get shorter the greater the s character 
of the orbital forming the bond.  (The electrons in 2s orbitals are held more tightly to the 
nucleus than electrons in 2p orbitals.)  A hybridized orbital with more percent s character 
is held more closely to the nucleus than an orbital with less s character
The sp orbitals associated with the carbon atoms of ethyne have 50% s character; the sp2 
hybridized orbitals of ethene have 33% s character; the sp3 orbitals of ethane have only 
25% s character. 
In Class Problems:

Norethindrone is a steroidal oral contraceptive.  The structure is drawn below.

(1) Indicate the hybridization at each of the atoms designated by the arrows.
(2) Indicate the geometry at the circled atoms. 
H

C
HO C

(3) What is the empirical formula?
(4) What is the molecular formula?
(5) What is the molecular weight?
 Summary of Concepts from Quantum Mechanics
Atomic Orbital(AO): region in space around a nucleus where there is a high probability 
of finding an electron

Molecular Orbital (MO): results from overlap of atomic orbitals

Bonding Orbitals: overlap of AOs of the same sign

Antibonding Orbitals:  overlap of AOs of opposite sign

When two atomic orbitals overlap to form two molecular orbitals the energy of the 

bonding combination is less than the energies of the individual atomic orbitals and the 
anti‐bonding combination is greater than the energies of the individual atomic orbitals. 
The combination of n atomic orbitals results in the formation of n molecular orbitals.

Hybridized atomic orbitals are created by mixing unhybridized atomic orbital wave 

functions.  For instance:
(1) Four sp3 orbitals are obtained from mixing one s and three p orbitals .  The geometry 
of the four hybrid orbitals is tetrahedral.  sp3 hybrids are used to describe the 
geometry of the methane molecule. 
(2) Three sp2 orbitals are obtained from mixing one s and two p orbitals.  The geometry 
of the three orbitals is trigonal planar.  The remaining unhybridized p orbital can be 
used to make a π bond.  sp2 hybrids are used to describe the geometry and carbon‐
carbon bond rotation restriction of ethene.
(3) Two sp orbitals are obtained from mixing one s and one p orbital.   The geometry of          
the two orbitals is linear.  The two remaining unhybridized p orbitals can be used to 
make two π bonds.  sp hybrids are used to describe the geometry of ethyne.

Sigma (σ) bonds have cylindrical symmetry when viewed along the bond axis.

Pi (π) bonds have nodal symmetry and result from sideways overlap of two p orbitals . 
 Molecular Geometry: The Valence Shell Electron 
Pair Repulsion (VSEPR) Model
This is a simple theory to predict the geometry of molecules.  All sets of valence 
electrons are considered including:
(1) Bonding pairs involved in single or multiple bonds.
(2) Non‐bonding pairs which are unshared

Electron pairs repel each other and tend to be as far apart as possible from each 
other.

Non‐bonding electron pairs tend to repel other electrons more than bonding pairs.

The geometry of the molecule is determined by the number of sets of electrons by 
using simple geometrical principles.
 Methane
The valence shell of methane contains four pairs or sets of electrons.  To be as far 
apart from each other as possible they adopt a tetrahedral arrangement (bond 
angle 109.5o).  The molecule methane is therefore tetrahedral.
 Ammonia
When the bonding and nonbonding electrons are considered there are 4 pairs or 
sets of electrons.  In order for the electron pairs to be as far away from each other as 
possible, the electron pairs should be at the corners of a regular tetrahedron.   
However, because the non‐bonding electron pair is “more repulsive” than the 
bonding electron pairs the actual location of the electron pairs is described by a 
“distorted” tetrahedral arrangement.  Taking into account only the positions of the 
nuclei, the molecule is described as trigonal pyramidal.  The actual bond angles are 
about 107o and not 109.5o.  
 Water
There are four pairs or sets of electrons including 2 bonding pairs and 2 non‐bonding 
pairs.  Again, the position of the electron pairs would be at the corners of a regular 
tetrahedon.  However, because the non‐bonding electron pairs are more repulsive 
than the bonding electron pairs the actual location of the electron pairs is described 
by a “distorted” tetrahedral arrangement.  Taking into account only the positions of 
the nuclei, the molecule is described as angular.  The bond angle is about 105o. 
 Boron Trifluoride
Three sets of bonding electrons are farthest apart in a trigonal planar arrangement 
(bond angle 120o).  The three fluorides lie at the corners of an equilateral triangle

Beryllium Hydride
Two sets of bonding electrons are farthest apart in a linear arrangement (bond angles 
180o).
 Carbon Dioxide
There are only two sets of electrons around the central carbon and so the molecule is 
linear (bond angle 180o).  Electrons in multiple bonds are considered as one set of 
electrons.

A summary of the results also includes the geometry of other simple molecules
In Class Problems:

Using VSEPR predict the geometry of each of the following:

(1) BH4‐

(2) BH3

(3) H2S
 Representations of Structural Formulas
Dot formulas are more cumbersome to draw than dash formulas and condensed 
formulas.  Lone‐pair electrons are often (but not always) drawn in,  especially 
when they are crucial to the chemistry being discussed.
 Dash formulas
Each dash represents a pair of electrons.  This type of representation is meant to 
emphasize connectivity and does not represent the 3‐dimensional nature of the molecule.  
For instance, the dash formulas of n‐propyl alcohol appear to have 90o angles for carbons 
which actually have tetrahedral bond angles (109.5o).  There is relatively free rotation 
around single bonds so the dash structures below are all equivalent.

Constitutional isomers:  Constitutional isomers have the same molecular formula but 
different connectivity.  n‐Propyl alcohol (above) is a constitutional isomer of isopropyl 
alcohol (below).
 Condensed Structural Formulas
In these representations, some or all of the dash lines are omitted.  In partially 
condensed structures all hydrogens attached to an atom are simply written after it 
but some or all of the other bonds are explicitly shown.  In fully condensed structure 
all bonds are omitted and atoms attached to carbon are written immediately after it.  
For emphasis,  branching groups are often written using vertical lines to connect 
them to the main chain.
 Bond‐Line Formulas
A further simplification of drawing organic molecules is to completely omit all carbons 
and hydrogens and only show heteroatoms (e.g. O, Cl, N) explicitly.  Each intersection 
or end of line in a zig‐zag represents a carbon with the appropriate amount of 
hydrogens.   Heteroatoms with attached hydrogens must be drawn in explicitly.
Cyclic compounds are condensed using a drawing of the corresponding polygon.

Multiple bonds are indicated by using the appropriate number of lines connecting the 
atoms.
In Class Problems:

(1) Represent the following condensed structural formulas as a bond‐line formula:

CH2=C(CH3)CH(OH)CH3

(2) Represent the following dash formula as a condensed structural formula:

OH
 Three‐Dimensional Formulas
Since virtually all organic molecules have a 3‐dimensional shape it is often important to 
be able to convey this.  The conventions for this are:
(1) Bonds that lie in the plane of the paper are indicated by a simple line.
(2) Bonds that come forward out of the plane of the paper are indicated by a solid 
wedge.
(3) Bonds that go back out of the plane of the paper are indicated by a dashed wedge
(4) Generally to represent a tetrahedral arrangement of atom (a) two of the bonds are 
drawn in the plane of the paper about 109o apart and (b) the other two bonds are 
drawn in the opposite direction to the in‐ plane bonds  but right next to each other.
(5) Trigonal planar arrangements of atoms can be drawn in 3‐dimensions in the plane 
of the paper.  Bond angles should be approximately 120o.  These can also be drawn 
side‐on with the central bond in the plane of the paper, one bond forward and one 
bond back shown as follows:

(6) Linear arrangements of atoms are always best drawn in the plane of the paper.