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UNIVERSIDAD PERUANA

CAYETANO HEREDIA
Facultad de Ciencias y Filosofía
Departamento Académico de Bioquímica, Biología Molécular y Farmacología
SILABO:

I. DATOS GENERALES
1.1. Nombre de la asignatura Introducción a la Bioinformática
1.2. Código
1.3. Año 2009
1.4. Semestre Académico PRIMER SEMESTRE
1.5. Créditos 4
1.6. Tipo de asignatura PREGRADO
1.7. Prerrequisitos BIOQUÍMICA GENERAL
1.8. Semestre/Año de estudios/Nivel PRIMERO/PRIMERO
1.9. Horario Teoría: Lu 8:00-10:00, Práctica:
Mi 8:00-10:00
N° de horas lectivas (total semestral) Teoría: 68 Práctica:
1.10. Duración de la asignatura Del: 23 de Marzo 2009
Al: 15 de Julio 2009
1.11. Profesor coordinador/ Zimic Peralta, Mirko PhD
responsable
Profesores participantes Zimic Peralta, Mirko PhD

Asistente de enseñanza Daniel Rueda, MSc.

II. SUMILLA

Este curso proveerá un panorama global de los principales tópicos de la Bioinformática,


haciendo énfasis en el análisis de secuencias de ADN y proteínas así como en el
modelamiento y análisis estructural de biomoléculas.
III. OBJETIVOS EDUCATIVOS ó COMPETENCIAS

GENERAL
Desarrollar en los estudiantes las capacidades básicas para realizar análisis bioinformáticos

ESPECIFICOS
Al final del curso, los participantes estarán en la capacidad de:

 Realizar análisis de secuencias de proteinas y ácidos nucleicos


 Diseñar primers
 Realizar análisis de inferencias filogenéticas / evolutivas
 Predecir la estructura secundaria de ácidos nucleicos
 Realiza análisis de proteómica con herramientas bioinformáticas
 Modelar estructuras de proteínas

IV. CONTENIDOS
Módulo 1: Bases de datos biológicas
Introducción genera, bases de datos biológicas, PubMed, NCBI(genbank), EMBL,
Swissprot, Protein Data Bank, Drug Data Bank. Software DNAwin,
Swisspdbviewer

Módulo 2: Alineamiento de secuencias


Alineamiento simple de secuencias,Matrices de transición, Alineamiento global y
Local. Software. Programas Clustal, Macaw, Dotplot. Alineamiento múltiple de
secuencias. Alineamiento matricial. BLAST: Búsqueda de secuencias similares

Módulo 3: Análisis de Ácidos Nucleicos y Evolución


Análisis de genomas. Bases de datos de genomas. Estructura secundaria de ácidos
nucleicos. Características termodinámicas del ADN. Hibridización de
oligonucleótidos. Cinéticas de hibridación de oligonucleótidos complementarios.
Criterios para el diseño de primers. Evolución molecular. Teoría Neutral, Teoría
Seleccionista, Teoría Mutacionalista, Teoría de la Presión Termodinámica.
Predicción de genes. Reconstrucción filogenética. Reconstrucción dedrogramas a
partir de patrones RFLP, SSCP, spoligotyping,
Módulo 4: Introducción al Modelamiento Molecular
Interacción radiación-materia. Métodos experimentales de predicción de estructuras
moleculares. Modelamiento por homología. Predecir estructuras de proteínas a
partir de la secuencia de aminoácidos. Modelamiento por threading. Rosetta.
Threading local y global. Refinamiento de estructuras: Dinámica molecular y
Minimización de energía. Validación de estructuras moleculares. Diseño de drogas
y vacunas

V. ESTRATEGIAS DIDÁCTICAS

Durante el curso se utilizarán principalmente sesiones teórico/prácticas utilizando utilizando el


aula interactiva con lo cual se utilizan de manera dinámica herramientas en línea así como
software especializado de manera local. Una fracción del tiempo será destinada a
presentaciones sobre los conceptos y métodos. Los ejemplos serán desarrollados utilizando
problemas concretos que se vienen trabajando en los distintos laboratorios del LID. Habrán
cuatro exámenes parciales, 3 proyectos menores individuales, 2 presentaciones grupales y un
proyecto final grupal.

Al iniciar cada sesión diaria se realizará una introducción a los conceptos a revisar en el día,
relacionándolos con los temas previamente revisados. Al final de cada clase se resumirán los
conceptos más importantes de las sesiones del día, y se indicará hacia donde se orientarán las
siguientes sesiones, y como estos contenidos se relacionan con los conocimientos ya
adquiridos.

A través del curso los participantes desarrollarán de manera grupal un trabajo aplicado de
análisis bioinformático sobre un tema libre. El proyecto será presentado al finalizar el curso a
modo de una publicación científica.

VI. EVALUACIÓN
La evaluación de los estudiantes estará basada en:
Exámenes 1, 2, 3 y 4 (el promedio simple representa el 40% de la nota final). Los
exámenes serán aplicados de 10:00 a 11:30, seguidos de la discusión del mismo.
Prácticas (el promedio simple representa el 30% de la nota final)
Presentaciones/exposiciones (15%)
Proyecto (15%)
VII. BIBLIOGRAFÍA
Bibliografía
Bioinformatics, Sequence and Genome Análisis. David W. Mount.
Bioinformatics for dummies. J.M. Claverie, Cedric Notredame (CN)
(De preferencia con una antigüedad de edición no mayor de 5 años, si no existiere, indicar la
última edición.)
Enlaces internet
1. www.ncbi.nlm.nih
(Citar en el orden siguiente: autor / Institución / Nombre del SITE completo / URL. Verificar
previamente su vigencia en el World Wide Web)

ANEXO 1
DOCENTES PARTICIPANTES

Grado ó Título Nombre Apellidos


MSc. MHS. PhD Mirko Zimic Peralta

Anexo 2
Programación de actividades
Módulo 1: Bases de datos biológicas

Clase 1 (Lu 23 Mar): Introducción general.


Referencia: (Mount introducción) (CN introducción)
Herramientas: PubMed, NCBI books
Actividad: Identificar y descargar referencias bibliográficas

Clase 2 (Mi 25 Mar): Bancos de Datos Biológicos I: NCBI (genbank), EMBL.


Referencia: (Mount cap 1) (CN cap1, cap2, cap3:74-94)
Herramientas: DNAwin
Actividad: Identificar y descargar secuencias de ADN y proteína

Clase 3 (Lu 30 Mar): Bancos de Datos Biológicos II: Swissprot.


Referencia: (Mount cap 1) (CN cap1, cap2, cap3:74-94)
Herramientas: Swissprot proteomic tools
Actividad: Predicción de péptido señal, PM, PI, localización celular

Clase 4 (Mi 1 Abr): Bancos de Datos Biológicos III: Protein Data Bank.:]
Referencia: (Mount cap9) (CN cap 11)
Herramientas: SwissPdbviewer
Actividad: Alineamiento estructural, mutagénesis dirigida

Clase 5 (Lu 6 Abr): Bancos de Datos Biológicos IV: Drug Data Bank.
Referencia: (Mount cap9) (CN cap 11)
Herramientas: SwissPdbviewer, Servidores de protonación, STATA
Actividad: Determinación de la estabilidad de proteínas; determinación de la varianza
posicional

Módulo 2: Alineamiento de secuencias

Clase 6 (Mi 8 Abr): Alineamiento simple de secuencias I: Matrices de transición


Referencia: (Mount cap3) (CN cap 8: 267-278)
Herramientas: Clustal
Actividad: Identificación de dominios similares, similitud global y polimorfismos de
secuencias

Clase 7 (Lu 13 Abr): Alineamiento simple de secuencias II: Alineamiento global vs.
Local.
Referencia: (Mount cap3) (CN cap 8: 267-278)
Herramientas: Clustal, Macaw, Servidores de alineamiento en línea
Actividad: Identificación de dominios similares, similitud global y polimorfismos de
secuencias

Clase 8 (Mi 15 Abr): EXAMEN I / discusión examen I

Clase 9 (Lu 20 Abr): Alineamiento múltiple de secuencias.


Referencia: (Mount cap 4) (CN cap 8, cap 9)
Herramientas: Clustal, Macaw, Servidores de alineamiento en línea
Actividad: Identificación de secuencias cercanas y distantes. Identificación de dominios
comunes similares y de secuencias blanco para primers.

Clase 10 (Mi 22 Abr): Alineamiento matricial


Referencia: (Mount cap 7) (CN cap 7).
Herramientas: DotPlot
Actividad: Identificación de estructura secundaria, y secuencias repetitivas (zonas de
baja complejidad)

Clase 11 (Lu 27 Abr): BLAST: Búsqueda de secuencias similares


Referencia: (Mount cap 7) (CN cap 7).
Herramientas: NCBI BLAST (blastn, blastp, blastx, etc.)
Actividad: Identificación de dominios y secuencias homólogas en distintas especies

Módulo 3: Análisis de Ácidos Nucleicos y Evolución


Clase 12 (Mi 29 Abr): Análisis de genomas. Bases de datos de genomas.
Referencia: (Mount cap 10) (CN cap3:95-115, cap5:141-148, 160-172, cap6:173-189)
Herramientas: NCBI base de datos de genomas
Actividad: Secuencias únicas y repetitivas. Código genético (universal y particulares).
Transcripción y traducción, ORF, intrones cDNA.

Clase 13 (Mi 6 May): Estructura secundaria de ácidos nucleicos.


Referencia: (Mount cap 5) (CN cap 12)
Herramientas: RNAStructure, mfold
Actividad: Predicción de estructuras secundarias de secuencias de DNA, RNA

Clase 14 (Lu 11 May): Características termodinámicas del ADN. Hibridización de


oligonucleótidos. Cinéticas de hibridación de oligonucleótidos complementarios.
Criterios para el diseño de primers.
Referencia: (Mount cap 5)
Herramientas: Servidores en línea para diseño de primers
Actividad: Diseño de primers

Clase 15 (Mi 13 May): Evolución molecular. Teoría Neutral, Teoría Seleccionista, Teoría
Mutacionalista, Teoría de la Presión Termodinámica.
Referencia: Artículos selectos (Evolución in-vitro)
Herramientas: DNAwin, herramientas online (Swissprot: proteomic tools)
Actividad: Determinación del codon usage

Clase 16 (Lu 18 May): EXAMEN II / discusión examen II

Clase 17 (Mi 20 May): Presentación de avances de proyectos

Clase 18 (Lu 25 May): Predicción de genes.


Referencia: (Mount cap 8)
Herramientas: Artemis
Actividad: Predicción de secuencias codantes

Clase 19 (Mi 27 May): Reconstrucción filogenética I.


Referencia: (Mount cap6) (CN cap 13)
Herramientas: Phylip, Paup, Dambe
Actividad: Reconstrucción filogenética a partir de secuencias de ADN

Clase 20 (Lu 1 Jun): Reconstrucción filogenética II.


Referencia: (Mount cap6) (CN cap 13)
Herramientas: Phylip, Paup, Dambe
Actividad: Reconstrucción dedrogramas a partir de patrones RFLP, SSCP, spoligotyping,

Módulo 4: Introducción al Modelamiento Molecular

Clase 21 (Mi 3 Jun): Interacción radiación-materia. Métodos experimentales de


predicción de estructuras moleculares.
Referencia: (Mount cap9) (CN cap 11)
Herramientas: Swisspdbviewer
Actividad: Los archivos PDB y sus características. Factor beta. Perfiles de
hidrofobicidad y de otras características físicoquímicas.

Clase 22 (Lu 8 Jun): EXAMEN III / discusión examen III

Clase 23 (Mi 10 Jun): Modelamiento por homología I.


Referencia: (Mount cap9)
Herramientas: Servidor SwissModel, Swisspdbviewer
Actividad: Predecir estructuras de proteínas a partir de la secuencia de aminoácidos

Clase 24 (Lu 15 Jun): Modelamiento por homología II


Referencia: (Mount cap9)
Herramientas: Servidor SwissModel, Swisspdbviewer
Actividad: Predecir estructuras de proteínas a partir de la secuencia de aminoácidos

Clase 25 (Mi 17 Jun): Modelamiento por homología III


Referencia: (Mount cap9)
Herramientas: Servidor SwissModel, Swisspdbviewer
Actividad: Predecir estructuras de proteínas a partir de la secuencia de aminoácidos

Clase 26 (Lu 22 Jun): Modelamiento por threading. Rosetta. Threading local y global.
Referencia: (Mount cap9)
Herramientas: Fugue, SUSOI, 3Dpssm, Rosetta
Actividad: Predecir estructuras de proteínas a partir de la secuencia de aminoácidos

Clase 27 (Mi 24 Jun): Refinamiento de estructuras: Dinámica molecular


Referencia: Lecturas selectas
Herramientas: Hyperchem, Ghemical
Actividad: Refinar estructuras de proteínas

Clase 28 (Mi 1 Jul): Refinamiento de estructuras: Minimización de energía


Referencia: Lecturas selectas
Herramientas: Hyperchem, Ghemical
Actividad: Refinar estructuras de proteínas

Clase 29 (Lu 6 Jul): Validación de estructuras moleculares. Diseño de drogas y


vacunas
Referencia: Lecturas selectas
Herramientas: Servidores Validate, What If. Autodock
Actividad: Validar estructuras de proteínas. Realizar docking proteína-droga

Clase 30 (Mi 8 Jul): Presentación final de proyectos

Clase 31 (Lu 13 Jul): EXAMEN IV / discusión examen IV

Clase 32 (Mi 15 Jul): Exámene sustitutorio

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Prácticas
Las prácticas se entregarán impresas, en un documento de no más de 4 páginas, a
simple espacio, en typo Times New Roman, 11.
El criterio de evaluación de las prácticas se basará fundamentalmente en la adecuada
interpretación y discusión de los resultados obtenidos, debiendo seguirse el orden
definido para la presentación de un informe científico (título, introducción, objetivos,
métodos, resultados, discusión, bibliografía)

Práctica 1: Fecha de entrega: Lunes 20 de Abril


Práctica 2: Fecha de entrega: Lunes 25 de Mayo
Práctica 3: Fecha de entrega: Lunes 15 de Junio
Práctica 4: Fecha de entrega: Lunes 6 de Julio

Proyecto.
Fecha de entrega del proyecto: Se entregarán avances de acuerdo al cronograma, y el
proyecto final se entregará durante la última semana de clases.
Se entregará una copia impresa. El proyecto debe mantener el formato estándar de
una publicación científica, debiendo incluir las siguientes secciones:

Título
Resumen
Objetivos
Fundamento Teórico
Materiales y Métodos
Resultados
Discusión
Bibliografía

Libros de consulta complementarios para el curso:


(disponibles en la biblioteca de la Unidad de Bioinformática - LID)

-Bioinformatics, A Practical Guide to the Análisis of Genes and Proteins. AD. Baxevanis.
-Phylogenetics Charles Semple)
-Phylogenetics Trees made easy: A how to manual for molecular biologists
-Inferring Phylogenetics (Joseph Felsenstein)
-Protein structure prediction (Igor F. Tsigelny)
-Protein Engineering and Design (Paul A. Carey)
-Mechanisms of protein folding (R.H. Pain)
-Molecular Structure Bioinformatics
-Structure determination by X-Ray crystallography (M.F.C. Ladd)
-Biophysics: An introduction (Rodney Coterrill)
-Molecular Biophysics: Structures in motion (Michel Daune)
-Biological Thermodynamics (Donlad Haynie)
-Vaccine Design: The role of cytokine networks (Gregory Gregoriadis)
-Statistical methods for bioinformatics (Warren J. Ewens)
-Microarray: Gene Expression Data Analysis
-Phylogenetic Analysis Using Parsimony and Other Methods. David L. Swofford.
-Physical Approaches to Biological Evolution. Mikhail V. Volkenstein.
-Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. J. Andrew McCammon and Stephen C.
Harvey.
-Molecular Structures Bioinformatics
-Beginning Perl for bioinformatics (James Tisdall)
-Genomic Perl (Rex A. Dwyer)