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Los territorios cromosómicos - un paisaje nuclear funcional.

Introducción
La organización dependiente de tipo celular de las actividades de los genes está
regulada en diferentes niveles. La compleja interacción entre las secuencias
reguladoras específicas y los factores de transcripción y los mecanismos
epigenéticos, como la metilación del ADN, la modificación de histonas y la
remodelación de la cromatina, ha estado a la vanguardia de esta investigación (para
las revisiones recientes relevantes, ver). En la última década, la evidencia
acumulada ha apoyado la opinión de que la arquitectura nuclear proporciona otro
nivel de regulación de genes epigenéticos. En la actualidad, sabemos poco sobre el
rango de cambios dinámicos en la arquitectura nuclear que pueden ocurrir durante
el ciclo celular y la diferenciación de las células terminales, y somos bastante
ignorantes acerca de sus implicaciones funcionales.
Los modelos actuales de la arquitectura nuclear de los mamíferos (Figuras 1 y 2)
reconocen que los cromosomas en el núcleo celular están organizados como
territorios cromosómicos (CT). El término territorio cromosómico fue introducido por
primera vez en 1909 por Boveri y varias revisiones recientes se han centrado en
este tema. Los primeros indicios de que la estructura de una TC se correlaciona
fuertemente con su estado funcional provienen del descubrimiento del cuerpo de
Barr y del análisis comparativo de las TC del cromosoma X activo e inactivo. Se
encontraron diferencias en la compactación general de las TC autosómicas entre
varias líneas celulares de pollo hematopoyéticas, lo que refleja diferentes etapas de
diferenciación. El análisis cuantitativo de imágenes en 3D de los núcleos en células
precursoras mieloides multipotentes reveló CT compactos y bien demarcados,
mientras que los CT en núcleos de proerythroblasts diferenciados y macrófagos
estaban significativamente más dispersos. Croft y sus colegas observaron que los
territorios del cromosoma humano rico en genes 19 eran menos compactos en
comparación con el cromosoma relativamente pobre en genes 18. Tras la inhibición
de la ARN polimerasa II, los CT del cromosoma 19, pero no los del cromosoma 18,
se hicieron más pequeños, mientras que la inhibición de la desacetilación de
histonas mejoró las diferencias de tamaño entre estos TC.
En esta revisión, nos centramos en los modelos actuales de arquitectura CT y en la
evidencia que está disponible actualmente para respaldar cada modelo. Por falta de
espacio, no revisaremos aquí los estudios de arquitectura nuclear en especies no
vertebradas, como Drosophila. Tampoco revisaremos aquí los estudios en curso de
las reglas de CT conservadas evolutivamente, específicas del tipo de célula de los
acuerdos de CT, la evidencia de los arreglos preferidos de los segmentos de CTs
de genes densos y de genes pobres en el interior y la periferia nucleares,
respectivamente, o el problema de si Las disposiciones de vecindad de las TC
homólogas y heterólogas son aleatorias o ordenadas en diferentes tipos de células
en ciclo y postmitóticas. Una encuesta completa de estas preguntas se dio.
Territorios cromosómicos y organización de cromatina de orden superior.
Los TC se construyen a partir de una jerarquía de fibras de cromatina con grosor
creciente, es decir, las fibras de 10 y 30 nm y las fibras de cromonema de 60–130
nm; para revisiones recientes ver. La forma en que estas fibras se pliegan en
estructuras de cromatina de orden superior aún se discute. Los intentos para
modelar los TC han demostrado que el mantenimiento de los TC requiere el plegado
de las fibras de cromatina. Algunos investigadores, incluidos nosotros mismos, han
sugerido que las rosetas de cromatina, construidas a partir de bucles de cromatina
(SL) de pequeña escala de 50 a 200 kpb de largo, son componentes esenciales de
la cromatina de CT. Otros han argumentado que los CT se crean a partir de bucles
gigantes (GL) que comprenden de uno a varios ADN de Mbp, y otros han propuesto
que tanto los SL como los GL desempeñan un papel importante.
Modelos de territorios cromosómicos construidos a partir de bucles de cromatina a
pequeña escala
En 1993, Lichter y sus colaboradores [44] propusieron el modelo de arquitectura
nuclear de dominio de intercambio (ICD). La versión original de este modelo
implicaba que los TC tienen una superficie bastante lisa y están separados entre sí
por un dominio intercromosoma (DCI) (Figura 1a).
Argumentó la ubicación de los genes activos en la periferia de las TC para permitir
interacciones funcionales con los constituyentes de la DAI, como motas nucleares
(grupos de gránulos de intercromatina) y cuerpos nucleares (para una revisión, ver).
Posteriormente, se enfatizó que la superficie de los territorios cromosómicos puede
incrementarse en gran medida mediante infoldings (Figura 1b). Esta modificación
tuvo en cuenta que también se observaron genes activos en la parte interior de los
TC. Estos despliegues, así como los bucles de cromatina que se expanden hacia la
vecindad de los TC (ver más abajo), resultan en una ampliación muy considerable
del DAI. Sin embargo, creemos que este punto de vista es también una
simplificación excesiva. En cambio, argumentamos que la arquitectura de CT se
asemeja más bien a una esponja formada a partir de dominios / fibras de cromatina
de orden superior condensados, con una red contigua de canales libres de ADN y
la expansión de las lagunas entre estas estructuras de cromatina. El modelo CT-IC
(Figura 1c) toma en cuenta una arquitectura de CT similar a una esponja y se basa
en cinco suposiciones. Primero, el compartimiento de intercromatina (IC) comienza
en los poros nucleares y serpentea como un espacio similar a un canal libre de ADN
entre CT adyacentes y también entre dominios de cromatina compactos dentro de
CT. Si bien el dominio de intercromatina (ICD) o el espacio de intercromatina se
pueden usar como sinónimos para IC, preferimos este último término para evitar
una posible confusión con el concepto ahora desactualizado de que este dominio
solo existe en la periferia de los TC. Notablemente, por definición, el espacio IC
excluye cualquier espacio entre las fibras de cromatina en el interior de los dominios
compactos de cromati. Si bien el espacio IC está aparentemente libre de ADN (ver
más abajo), está repleto de los componentes de la CIE mencionados anteriormente
y solo se puede demarcar claramente en micrografías electrónicas cuando se
emplean procedimientos de tinción específicos para el ADN. En segundo lugar, los
TC se construyen a partir de bucles de bucle de cromatina de 100 a 200 kbp a
pequeña escala, llamados dominios de bucle de cromatina de 100 kbp, cuya
configuración puede cambiar dependiendo del estado activo o silencioso de sus
genes.
En tercer lugar, una serie de SL forma una estructura de cromatina tipo roseta que
comprende ADN de varios cientos de kbp a varios Mbp de longitud (Figura 1d),
denominado dominio de cromatina de 1 Mbp. Cuarto, cada dominio de 1 Mbp está
conectado mediante enlazadores de cromatina a sus dos dominios vecinos. Una
serie de dominios conectados de 1 Mbp pueden producir fibras de cromatina con
una relación de compactación de 1: 300. El quinto supuesto es que los genes
activamente transcritos o preparados para la transcripción están expuestos
directamente en los bordes de la cromatina que recubren el IC (Figura 1c, inserto;
Figura 1e). Una descondensación parcial o completa de los dominios de cromatina
de 100 kbp puede ayudar a exponer los genes al IC.
Las estructuras similares a rosetas construidas a partir de SL se han observado en
estudios de microscopía electrónica, pero aún falta la evidencia directa de que estas
estructuras se correspondan con los dominios de cromatina de 1 Mbp. Cada dominio
de 1 Mbp recluta la maquinaria de replicación en un tiempo programado durante la
fase S, formando un enfoque de replicación que puede visualizarse en experimentos
de marcaje por pulsos con análogos de timidina halogenada (Figura 1f). Las
observaciones de células vivas demostraron la persistencia de la estructura de
cromatina de orden superior de dichos focos cuando las células avanzaron a través
del resto de S y G2. Los dominios de la cromatina de 1 Mbp marcados con pulso
también permanecieron visibles durante los ciclos celulares posteriores y en los
núcleos de las células postmitóticas, lo que sugiere su importancia como estructura
básica y permanente de orden superior. Para enfatizar este supuesto, usamos el
término 'dominio de cromatina de 1 Mbp' como un término genérico independiente
de la etapa del ciclo celular y restringimos nuestro uso del término 'enfoque de
replicación' al período en el que un dominio de cromatina de 1 Mbp dado se replica
durante el S-fase.
En los experimentos de modelado realizados por Gregor Kreth y sus colegas, se
consideraron varias posibilidades para la estructura hipotética de los dominios de
cromatina de 100 kbp y 1 Mbp. Estos incluyen el predominio de fibras de 10 nm o
30 nm o una combinación de fibras finas y gruesas. El modelado se basó en el
supuesto de que los dominios de cromatina de 100 kbp y 1 Mbp contienen un
segmento de ADN contiguo y que un dominio de cromatina de 1 Mbp dado mantiene
su identidad a lo largo de los ciclos celulares posteriores. No podemos excluir, sin
embargo, la posibilidad de que también se forme un dominio de cromatina de 1 Mbp
a partir de SL, que representan segmentos de ADN no contiguos de un CT dado o
incluso de diferentes CT. Tampoco podemos excluir la posibilidad de que los
dominios de cromatina de 1 Mbp sean estructuras mucho más dinámicas de lo que
se predice actualmente y que los conjuntos de SL que los forman cambien con el
tiempo. En particular, el modelado de todos los CT en núcleos de células humanas
diploides de acuerdo con el modelo de dominio de cromatina esférico de 1 Mbp
produjo un IC de ancho de expansión variable entre los dominios de cromatina
esférica (Figura 1g).
Modelos de territorios cromosómicos construidos a partir de bucles de
cromatina gigantes
El primer modelo CT-GL fue el modelo aleatorio de caminata / bucle gigante (RW /
GL) propuesto por Sachs y colaboradores. Este modelo argumenta que los CT se
construyen a partir de GL organizados por principios de caminata aleatoria. Cada
GL consiste en una fibra de cromatina continua que comprende varios ADN de Mb
y se separa de la siguiente GL en el mismo CT mediante un enlazador de cromatina
de 200 kb (Figura 2a). La modulación del tamaño de los GL o los enlazadores afecta
la dispersión / compactación de la cromatina. Se ha afirmado que la organización
de los TC en los núcleos celulares de Arabidopsis se basa en las GL (Figura 2b).
Actualmente no está claro en qué medida la organización de los TC en los núcleos
de células vegetales puede diferir de la observada en los metazoos. Varios informes
han descrito la expansión de GL de sus CT correspondientes. Sheer y sus colegas
observaron que una región densa de genes del complejo principal de
histocompatibilidad (MHC) ubicada en el cromosoma 6 humano se desplaza con
una frecuencia significativamente mayor después de la estimulación con interferón,
mientras que una región cercana no lo hizo. También se observó un bucle hacia
fuera para una región en el cromosoma 1 que contiene el grupo de genes EDC. Otro
ejemplo destacado de un GL transcripcionalmente activo y denso en genes se
encontró en el cromosoma 11p15, aunque también se observaron genes activos en
el interior de la TC. No se observó formación de GL para otra región pobre en genes
y aparentemente silenciosa ubicada en la banda 11p13. Dos días después de la
inducción de la diferenciación de las células madre embrionarias de ratón con ácido
retinoico, el gen Hoxb1 de la agrupación de Hoxb formó un bucle de la MMU11 CT.
en un
En un estudio de seguimiento, se demostró que eventos similares ocurren durante
el desarrollo embrionario del ratón. Chubb y Bickmore han sugerido que las GL con
genes transcripcionalmente activos serpentean desde la superficie de un núcleo
compacto de CT hacia su entorno (Figura 2c [izquierda] y [derecha]). En
consecuencia, los GL que se expanden desde territorios centrales vecinos pueden
entremezclarse y formar zonas extendidas de cromatina transcripcionalmente activa
y físicamente sin condensar. Cuando cesa la transcripción, las GL supuestamente
vuelven a colapsar en los núcleos de TC (Figura 2c [derecha] y 2d [izquierda]).
Actualmente no se sabe si todas las regiones de la cromatina son capaces, en
principio, de formar GL in vivo o si esta capacidad está restringida a un número
(pequeño) de subregiones cromosómicas específicas. Los segmentos de
cromosomas propensos a la formación de GL pueden incluir, en particular, regiones
densas en genes que contienen agrupaciones de genes muy expresados de forma
ubicua, llamadas "crestas" (regiones de expresión génica aumentada). No se
conoce un mecanismo para la expansión y retracción reguladas de las GL, pero
podría ayudar a establecer interacciones específicas de tipo de células transitorias
entre los genes ubicados en CTs ampliamente separados entre sí (Figura 2e).
La estructura in vivo de GLs tampoco se conoce; sin embargo, la delineación de
toda la región densa del gen en 11p15.5 por 3D FISH con un contig BAC ha
demostrado niveles de compactación de 1: 300 o más (nuestros datos no
publicados), lo que indica que este GL representa una estructura de cromatina de
orden superior por encima del nivel de una fibra de cromatina extendida de 30 nm
con una relación de compactación esperada de 1:30 a 1:40.
La controversia del «compartimento de la intercromatina».
Además del tamaño del bucle, la diferencia más obvia que distingue a los modelos
CT-GL del modelo CT-IC es que este último postula un espacio libre de ADN que
separa los dominios de cromatina compactos. Para que las pruebas experimentales
apoyen o refuten esta afirmación, es necesario considerar las dimensiones de los
canales de IC previstos y las lagunas. En el contexto tridimensional del núcleo, la
palabra "canal" no debe limitarse a significar un tubo, sino que debe incluir espacio
con formas y perfiles complejos en las secciones nucleares. Esperamos que
muchos canales y lagunas tengan un ancho claramente por encima de los límites
de la resolución de microscopía óptica, mientras que los canales estrechos solo
pueden detectarse mediante microscopía electrónica (EM) (Figura 3).
Las considerables fuerzas eléctricas repulsivas entre las superficies de los dominios
de la cromatina con carga negativa solo ocurren cuando estas superficies se
acercan unas a otras dentro de unos pocos nm. Estas fuerzas pueden, sin embargo,
ser de carácter funcional.
Las considerables fuerzas eléctricas repulsivas entre las superficies de los dominios
de la cromatina con carga negativa solo ocurren cuando estas superficies se
acercan unas a otras dentro de unos pocos nm. Sin embargo, estas fuerzas pueden
ser de importancia funcional para prevenir la unión permanente de la cromatina,
perjudicial desde el punto de vista funcional, entre dominios de cromatina separados
en zonas nucleares transcripcionalmente silenciosas, donde el IC puede carecer en
gran medida de complejos macromoleculares. En contraste, los modelos CT-GL
predicen que pueden generarse motas y cuerpos nucleares en zonas extendidas de
GL sin condensar, entremezclados dondequiera que se necesiten estos cuerpos, tal
vez incluso haciendo a un lado la cromatina circundante durante su formación.
Varios estudios han proporcionado evidencia indirecta de que el IC es un dominio
nuclear, lo que favorece la formación de motas y cuerpos nucleares, así como
estructuras de proteínas filamentosas, pero no está claro si el IC y / o el interior de
los dominios de cromatina proporcionan sitios para la generación. de una matriz
nuclear continua o discontinua (Figura 1i)
La EM de secciones ultrafinas de núcleos de células de mamíferos típicos teñidos
con osmio amina ha revelado estructuras de cromatina de orden superior
contrastadas separadas por espacio de intercromatina; este espacio ocupa
aproximadamente la mitad del volumen nuclear y está desprovisto de cantidades
detectables de ADN (Figura 3). La tinción con amina de osmio se basa en una
reacción de tipo Feulgen y su sensibilidad es suficiente para detectar moléculas de
ADN individuales. Si bien sería difícil detectar un solo GL de sección transversal
dentro del espacio del dominio de la intercromatina, esta técnica debería poder
visualizar claramente la presencia de un gran número de GL en este espacio. El
caso de un espacio de intercromatina libre de cromatina está respaldado por la falta
de inmunotinción de estas regiones en secciones ultrafinas con anticuerpos
específicos de ADN. Consideramos este espacio y su contenido (grupos de gránulos
de intercromatina o motas nucleares, cuerpos nucleares, fibrillas RNP, etc.) como
el equivalente ultraestructural del IC predicho por el modelo CT-IC.
La cromatina compacta en secciones ultrafinas aparece como grupos de cromatina
más pequeños, típicamente del orden de unos cientos de nanómetros de diámetro,
así como grupos más grandes y zonas de cromatina más extendidas. Los grupos
de cromatina grandes y pequeños pueden alargarse y penetrar como
protuberancias de cromatina similares a los dedos de un CT a un CT vecino.
De acuerdo con el modelo CT-IC, los grupos de cromatina pequeños pueden
representar dominios de cromatina de 1 Mbp, mientras que los grupos y zonas de
cromatina más grandes probablemente se forman a partir de una serie de dominios
de cromatina de 1 Mbp estrechamente interconectados. Aunque en las secciones
ultrafinas los grupos de cromatina a menudo aparecen como entidades aisladas, se
podría demostrar que los grupos de cromatina de diferentes TC pueden unirse entre
sí sin un espacio aparente en el medio. Por consiguiente, sugerimos que las
estructuras de cromatina juntas forman una red de cromatina de orden superior
tridimensionalmente interconectadas con un nivel de compactación, típicamente al
menos un orden de magnitud mayor que el valor de compactación de 1:30 o 1:40
típico para una fibra de cromatina de 30 (nuestro datos no publicados). Los estudios
de EM han mostrado una zona de borde teñida menos intensamente de la cromatina
descondensada llamada región de pericromatina (PR), que se encuentra en la
periferia de los dominios de la cromatina compacta. El PR tiene un grosor de 100 a
200 nm y separa los dominios de cromatina de orden superior del verdadero interior
del espacio de intercromatina. Suponemos que el PR contiene pequeños bucles de
cromatina que participan directamente en la transcripción en curso y en el empalme
pre-mRNA u otras funciones, como la replicación de ADN. Actualmente, se
desconoce si la RP también desempeña un papel en la reparación del ADN.
En otros estudios de EM, las células se marcaron con un pulso corto de BrU o Br-
UTP inmediatamente antes de la fijación. En las secciones ultrafinas, la gran
mayoría de los granos de oro se encontraron en las fibrillas de pericromatina (PF)
que se encontraban en la RP.
Los PF son formas in situ de ARN recién sintetizado, a menudo aún alargante
asociado con factores de empalme, unidos a los bucles de cromatina a pequeña
escala. Fibrillas similares, si no idénticas, a PF también se observaron en el interior
del espacio de intercromatina, pero permanecieron sin marcar en experimentos
cortos de marcaje por pulsos. Estas fibrillas probablemente se habían desprendido
del PR y contienen ARN sintetizado y co-transcripcional empalmado antes del
período de marcaje de pulso. El hecho de que se pueda detectar muy poco ARN
naciente a distancia de los límites del dominio de la cromatina proporciona evidencia
adicional contra la suposición de que este espacio está lleno de numerosos bucles
entremezclados de cromatina transcripcionalmente activa. Además, se demostró
que la RP, además de su papel en la transcripción, es una zona donde tiene lugar
la replicación del ADN.
Configuraciones de cromatina abiertas y cerradas
En general, se cree que los genes transcritos activamente o los genes preparados
para la transcripción están presentes en configuraciones de cromatina "abiertas" sin
condensar, mientras que los genes permanentemente silenciosos se ubican más
bien dentro de la cromatina compacta, "cerrada". Las configuraciones "abiertas" se
caracterizan por una mayor accesibilidad a la digestión con ADNasa que las
configuraciones "cerradas", pero aún no se entiende bien lo que estos términos
realmente significan en el contexto de la topografía de cromatina dinámica en los
núcleos de las células vivas y tampoco está claro si esta "apertura" es una condición
previa de la transcripción o el resultado de la misma (para una revisión, véase).
Recientemente, Gilbert et al. describieron una correlación entre la estructura de la
cromatina abierta y la alta densidad de genes, pero no la expresión de genes
inevitablemente alta, ya que se observaron ejemplos de genes activos localizados
en fibras más compactas y genes silenciosos en fibras más "abiertas". Estos
hallazgos sugieren que una configuración abierta o cerrada del entorno de la
cromatina puede no ser un requisito indispensable para la transcripción o el
silenciamiento de genes específicos. Los autores utilizaron una combinación de
sedimentación de sacarosa y electroforesis en gel de campo de pulso para preparar
una fracción de fibras de cromatina descondensadas con un contenido de ADN de
aproximadamente 30 kpb. FISH (hibridación in situ fluorescente) a cromosomas en
metafase con la sonda de 30 kpb hibrida predominantemente en las regiones
cromosómicas más ricas en genes. Una limitación de este artículo es su falta de un
análisis detallado de las fracciones de la cromatina, incluido un análisis EM de la
homogeneidad y el orden de compactación de las fibras. Las mezclas de fibras de
cromatina sin condensar en la fracción compacta y viceversa podrían llegar a
conclusiones sobre el estado de la cromatina de genes específicos discutibles. Los
datos de EM descritos anteriormente sugieren que la gran mayoría de la cromatina
en el núcleo está presente en estructuras de cromatina de orden superior por
encima del nivel de fibras de 10 y 30 nm. Esta conclusión es compatible con la
evidencia de que la cromatina se descondensó al nivel de un segmento desnudo de
ADN codificante para permitir su transcripción. La suposición de que solo una
fracción muy pequeña de la cromatina preparada para la transcripción está
realmente descondensada al nivel de las fibras de cromatina de 10 y 30 nm se
vuelve plausible si se tiene en cuenta, primero, que solo una pequeña fracción del
genoma se transcribe en cualquier momento. tiempo y, segundo, que en cualquier
momento dado durante la transcripción, solo un pequeño segmento del gen que se
está transcribiendo debe ser expuesto a la maquinaria de transcripción o replicación
ubicada en el RP.
Esta línea de argumentación sugiere una relación dinámica entre la cromatina no
condensada en la RP y una organización más compacta en los dominios de la
cromatina justo debajo de la RP. Un gen dado con el tamaño de, por ejemplo, un
bucle de cromatina de 50 a 100 kbp puede translocarse y descondensarse en el PR
de manera gradual. Mientras se transcribe un segmento de ADN dado, un segmento
de ADN precedente cuya transcripción ya está terminada puede volver a
empaquetarse en una estructura de cromatina de orden superior y regresar al
interior del dominio de cromatina compacta, mientras que un segmento de cromatina
posterior del mismo gen se desplaza hacia afuera en el PR y se desempaquetan
simultáneamente.
Se deberían realizar estudios adicionales de alta resolución de la RP para probar
esta hipótesis y definir la estructura de la cromatina de la RP en relación con las
maquinarias de transcripción y replicación.
Conclusiones: implicaciones funcionales de los modelos actuales de arquitectura
CT.
A primera vista, puede parecer que los modelos CT-GL son más adecuados que el
modelo CT-IC para explicar, en primer lugar, la proximidad transitoria ("beso") de
las subregiones cromosómicas o genes ubicados en diferentes sitios de la misma
CT o en diferentes TC (Figura 2e) y, en segundo lugar, la necesidad de una estrecha
aposición de los extremos rotos de dos roturas de doble hebra dentro de una
maquinaria de reparación determinada para producir un reordenamiento
intercromosómico. Esto, sin embargo, no es el caso si tenemos en cuenta la
naturaleza dinámica del IC. Como resultado de los movimientos localmente
limitados de los dominios de la cromatina, el ancho de los canales de CI puede sufrir
cambios extensos, lo que permite la proximidad transitoria de las RP en los bordes
opuestos de un canal de IC. Por consiguiente, es poco probable que las
interacciones espaciales de los genes se limiten a GL, pero también se producen
entre los SL de CT adyacentes y contribuyen a las zonas nucleares especializadas
para silenciar o la actividad transcripcional, por ejemplo la expresión 'hubs' (Figura
2f).
Además de explorar la biología molecular que sustenta las características
específicas de tipo celular de la arquitectura nuclear: los genes codificadores y no
codificadores, las proteínas nucleares, la señalización y las vías bioquímicas,
también es necesario explorar las propiedades biofísicas, como el apiñamiento
molecular, que Puede contribuir a su organización compartimentada. Teniendo en
cuenta lo poco que sabemos
sobre el comportamiento dinámico de los canales IC, la estructura espaciotemporal
de los dominios de cromatina y aleatorias o no aleatorias, posiblemente en arreglos
de CT específicos para el tipo de célula, debería ser posible realizar predicciones
comprobables para los modelos CT-IC y CT-GL.
Figura 1: Modelos de arquitectura del territorio del cromosoma (CT).

(a) Izquierda: modelo de dominio inter-cromosoma (ICD) (con permiso de Springer Science and Business Media).
Este modelo predice que el ICD separa los CT vecinos. Derecha (adaptado de): la mayoría de los bucles de cromatina
son pequeños y forman una región de borde de cromatina descondensada entre los dominios de cromatina
compacta y el interior de la CIE. El ICD es en su mayoría vacío y muy estrecho en zonas nucleares
transcripcionalmente silenciosas. En las zonas nucleares transcripcionalmente activas, el DAI está lleno de motas y
cuerpos nucleares, así como otros complejos de proteínas para diversas funciones nucleares. Las modificaciones del
modelo de ICD asumieron que la superficie de los CT puede aumentarse en gran medida por los despliegues de
cromatina. En consecuencia, las ramas de la red de canales pueden conducir desde la periferia del territorio del
cromosoma a los dominios cromosómicos ubicados en el interior del territorio del cromosoma.

(b) Modelo de organización nuclear propuesto por Kosak y Groudine, reimpreso de. Tenga en cuenta que este
modelo supone un plegado extenso de CT con un aumento concomitante de su superficie y la ampliación del ICD.

(c) Modelo CT – IC (compartimiento de intercromatina), reimpreso desde; Para más detalles ver texto.

(d) Modelo de subcompartimiento (MLS) multiloop de arquitectura CT (reimpreso con permiso de Elsevier).
Izquierda: las rosetas con aproximadamente 1 Mbp se forman a partir de una serie de dominios de bucle de
cromatina con aproximadamente 100 kbp y proporcionan la característica estructural básica de este modelo. Los
dominios vecinos de 1 Mbp están conectados mediante enlazadores de cromatina. Derecha: la sección virtual a
través de un territorio simulado del cromosoma humano 15 revela una separación de bandas cromosómicas densas
en genes y pobres en genes como subcompartimentos distintos con poca mezcla de cromatina.

(e) Modelo de una sección delgada de un núcleo de interfase reproducido por la autorización de derechos de autor
de The Rockefeller University Press. Se supone que las fibras de cromatina de 200 a 400 nm de ancho siguen una
trayectoria irregular y enrevesada y están separadas por el espacio o compartimento de intercromatina. Los loci
activos (indicados por rectángulos negros) están ubicados en la superficie de estas fibras.

(f) Un modelo de organización del genoma nuclear que contempla una ubicación preferencial de los dominios de
banda oscura G, ricos en AT, relativamente pobres en genes (verde), así como la banda C con secuencias de satélite
(gris) alrededor de los nucleolos y en La periferia nuclear. Los dominios de la banda R / G de luz (GC) ricos en genes
y densos en términos de genes comprenden la mayoría de los genes de mantenimiento transcripcionalmente activos
y se encuentran en el interior nuclear debajo del dominio periférico de la cromatina, en gran parte
transcripcionalmente inactiva. La disposición polar de los TC densos en genes y pobres en genes produce
compartimentos genómicos de orden superior con fracciones de cromatina funcionalmente distintas.

(g) Izquierda: un modelo computacional 3-D basado en dominios de cromatina de 1-Mbp en un núcleo de células
humanas diploides masculinas, con los CT visualizados utilizando Pseudocolours. Derecha: sección virtual mediana a
través del núcleo modelado. Tenga en cuenta que un espacio de compartimiento de intercromatina de ancho
variable se extiende entre los dominios de cromatina esférica. Sin embargo, los bordes de los TC individuales ya no
se pueden distinguir sin el pseudocolor.

(h) Este modelo de un núcleo normal, reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Ltd, propone que un
andamiaje nuclear sin cromatina / matriz nuclear (red interna negra; proteínas de la matriz nuclear [NMP] indicadas
por pequeños círculos azules) participe en el organización espacial de la cromatina y el posicionamiento de las
moléculas y subestructuras nucleares, por ejemplo, los cuerpos de leucemia promielocítica en forma de rosquilla
(LMP) (rojo). Debajo de la envoltura nuclear se indica la lámina nuclear (púrpura), que se une a los dominios de
cromatina asociados a la lámina típicamente heterocromáticos (verde). Tenga en cuenta que este modelo no tiene
en cuenta la evidencia de la existencia de un compartimiento de intercromatina (IC).

c
Figura 1: Modelos de arquitectura del territorio del cromosoma (CT). (Continuaciòn)
(i) Relaciones topológicas hipotéticas entre canales de CI, dominios cromosómicos y una matriz
nuclear. Panel superior: esta versión supone que la cromatina está organizada espacialmente por
una matriz nuclear continua (líneas negras gruesas). Por ejemplo, se muestran cinco dominios de
cromatina compactos de 1 Mb, que están unidos a un andamio cromosómico ubicado en el interior
de la TC. Las ramas salen de este andamio y entran en el interior de cada dominio individual. Los
dominios están separados unos de otros por ramas del IC. Alternativamente, o además, este
modelo sugiere otra matriz nuclear continua, que se expande en el interior del CI y está
involucrada en la topografía funcional y el transporte de complejos macromoleculares en el CI.
Estas dos matrices nucleares hipotéticas tienen una topografía nuclear diferente y sirven
diferentes tareas estructurales y funcionales, pero serían indistintamente topológicas en
preparaciones de matriz nuclear in situ obtenidas después de una extensa digestión y extracción
de ADN. Panel inferior: esta versión sugiere que no existe una matriz nuclear continua en el interior
de los dominios de cromatina de 1 Mbp ni en el IC. En su lugar, supone que la estructura de estos
dominios se mantiene mediante interacciones de arreglos discontinuos de proteínas estructurales
entre sí y con el ADN. También tiene en cuenta la posibilidad de que se formen filamentos
discontinuos y se desintegren en el IC para participar en la organización espacial de las funciones
que tienen lugar en el interior del IC o en el RP.
Arquitectura del territorio del cromosoma y lazos de cromatina gigantes.
(a) Izquierda: el modelo de recorrido aleatorio / bucle gigante (RW / GL) sostiene que cada CT
consta de una serie de dominios de bucle gigante (5 Mbp cada uno), separados por fragmentos
de cromatina de 200 kbp. De acuerdo con este modelo, las fibras de cromatina pueden
intersecarse sin ninguna barrera energética. A la derecha: una sección virtual a través de un CT
modelado de acuerdo con el modelo RW / GL muestra una mezcla sustancial entre los GL que
contribuyen a las bandas de luz R / G (rojo) y los GL que contribuyen a las bandas de G-dark
(compárese con la Figura 1d).
(b) Este modelo de la arquitectura CT en un núcleo de células de Arabidopsis thaliana (adaptado
de con el permiso de Elsevier) propone que cada CT contenga un único cromocentro rodeado por
una estructura similar a una roseta de GL descondensados. Actualmente no está claro en qué
medida la organización de los TC en los núcleos de las células vegetales puede diferir de la
organización que se encuentra en los núcleos de los metazoos.
(c) Este modelo de Bickmore y colaboradores argumenta que los loci (r) en áreas de actividad
transcripcional muy alta se encuentran frecuentemente fuera del núcleo de CT correspondiente
(blanco). En contraste, los mismos loci vuelven a colapsar en territorios condensados cuando cesa
la transcripción. (D) Una TC en el cromosoma 11 del ratón (gris) con un locus Hoxb condensado
(rojo) presente en el núcleo de una célula ES no diferenciada, reimpresa. El gen Hoxb1 de 30
derivaciones se encuentra en la superficie de la TC y está preparado para responder a un
activador transcripcional. El gen Hoxb9 de más de 50 se encuentra más dentro del territorio.
Después de dos días de inducción con ácido retinoico, la fibra de cromatina Hoxb se descompone,
y el extremo 30 del lugar, incluido Hoxb1, se extruye de la TC. (e) La proximidad espacial de los
genes ("besos") de diferentes TAC puede ocurrir cuando la cromatina que contiene estos genes
se desplaza y puede ser de importancia funcional para coordinar la expresión génica con respecto
al silenciamiento génico o la actividad transcripcional.
(f) La proximidad de múltiples genes co-regulados en un centro de expresión facilita su
intercomunicación al ayudar a formar y luego utilizar concentraciones localizadas de proteínas
reguladoras.
En este escenario, la proximidad del gen se logra no mediante GL expandidos, sino por
subdominios de cromosomas que pueden representar dominios de cromatina de 100 kbp.
Evidencia ultraestructural de un compartimiento de intercromatina. Secciones
ultrafinas de dos tipos de células: (a) y (b), células P815 de ratón; (c), hepatocito de
ratón teñido con la reacción de amina de osmio tipo Feulgen para el ADN.
(a) A bajo aumento, la distribución intranuclear del ADN contrastado (cromatina) y del
espacio de intercromatina, en gran parte sin ADN, es claramente reconocible.
Micrografía cortesía de Marco Biggiogera (Universidad de Pavía) y Jitka Fakan
(Universidad de Lausana). Barra de escala representa 1 mm.
(b) El aumento más alto de una región nuclear revela dominios de cromatina rodeados
por grandes áreas de espacio de intercromatina prácticamente sin ADN. La flecha
apunta a un poro nuclear. Micrografía cortesía de Marco Biggiogera. La barra
representa 1 mm.
(c) La estructura intranuclear de este núcleo de hepatocitos es similar a la que se
muestra en las micrografías de células P815. Micrografía cortesía de Marco
Biggiogera. La barra representa 1 mm. Cy indica citoplasma