BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Atom dan Molekul

Definisi molekul yang sederhana yaitu bagian yang terkecil dari suatu zat yang masih mempunyai sifat yang sama dengan zat tersebut. Sebagai contoh, suatu molekul gula adalah bagian yang terkecil dari zat gula, yang masih mempunyai sifat gula meskipun secara fisik tidak tampak seperti butiran gula. Contoh lain adalah molekul air. Seperti zat lain, air tersusun atas molekul-molekul. Di dalam molekul, kita masih dapat menemukan bagian terkecil lagi yang tidak tampak dengan mata. Ada sekitar 100 jenis bagian yang lebih kecil dari molekul yang disebut atom.

Gambar 2.1 Struktur atom dan molekul

Di alam semesta terdapat sekitar 105 jenis atom. Semua zat dan molekul terdiri dari satu atau lebih atom, karena atom-atom adalah bahan dasar dari suatu molekul yang nantinya akan membentuk senyawa atau zat. Atom ini juga biasa disebut elemen atau unsur. Contoh bebrapa unsur, antara lain : Hidrogen (H), Argon (Ar), Nitrogen (N), Oksigen (O), Besi (Fe), dan sebagainya. Dua atom atau lebih atom yang sama atau berbeda bergabung membentuk molekul. Berdasarkan jenis atom pembentuknya,

Universitas Sumatera Utara

1 Sistem dan lingkungan Universitas Sumatera Utara . dan sebagainya. Pemisah antara sistem dan lingkungan disebut batas yang secara teoritis tidak memiliki massa maupun volume yang signifikan. maka sistem tersebut merupakan sistem terisolasi Lingkungan sistem molekul Batas Gambar 2. Apabila antara sistem dan lingkungan memungkinkan terjadinya pertukaran materi dan energi. maka sistem tersebut merupakan sistem terbuka. Sistem adalah suatu keadaan yang menjadi pusat perhatian atau apa yang diamati. Sedangkan jika pertukaran materi maupun energi tidak mungkin terjadi. molekul (NH 3 ). Sebelum membahas lebih jauh tentang dinamika molekul. terlebih dahulu perlu didefenisikan pengertian dari sistem dan lingkungan karena dinamika molekul pada dasarnya adalah mengamati perilaku molekul-molekul yang saling berinteraksi satu sama lain dan juga interaksi dalam suatu sistem terhadap lingkungannya. Molekul unsur adalah molekul yang terbentuk dari gabungan dua atom atau lebih atom –atom yang sejenis. CO 2 (molekul karbon dioksida). sedangkan Lingkungan adalah segala sesuatu yang berada di luar sistem yang dapat mempengaruhi keadaan sistem secara langsung. Misalnya H 2 O (molekul air). Molekul senyawa adalah molekul yang terbentuk dari atom –atom yang tidak sejenis.molekul dibedakan atas molekul unsur dan molekul senyawa. Jika hanya terbatas pada pertukaran energi sedangkan materi tidak dapat menembus batas maka sistem tersebut merupakan sistem tertutup.

Beberapa contoh ensemble yang sering digunakan dalam dinamika molekul adalah ensemble mikroknonikal. 4. maka kita dapat meninjau semua molekulnya sebagai molekul-molekul yang identik. Molekul-molekul bergerak di dalam semua arah dan dengan berbagai laju. Di dalam menghitung sifat-sifat geraka. Suatu gas terdiri partikel-pertikel. dengan demikian energi tidak dapat keluar dan memasuki sistem dan energi totalnya akan tetap konstan. maka setiap molekul terdiri dari sebuah atom atau sekelompok atom. Setiap molekul khas akan mengikuti sebuah jalan yang berliku-liku karena tumbukan-tumbukan ini. ensemble kanonikal. didefenisikan bahwa suatu gas hanya dapat didekati dengan memakaikan hukum-hukum mekanika klasik secara statistik. ensemble isobarik-isotermal. Ensemble ini merupakan sistem terisolasi sehingga tidak ada interaksi antara sistem dan lingkungan. Namun pada simulasi dinamika molekul ini hanya dibatasi pada ensemble mikrokanonikal yaitu ensemble yang memiliki karakteristik jumlah molekul N dan volume V yang tidak berubah serta energi total yang tetap pula. maka kita menganggapbahwa mekanika Newton dapat dipakai pada tingkat mikroskopik. akan tetapi karena banyaknya jumlah molekul yang terlibat maka kita menganggap bahwa jumlah besar tumbukan yang dihasilkan akan mempertahankan distribusi kecepatan molecular secara keseluruhan dan keserampangan/ keacakan gerakan. Molekul-molekul bergerak secara serampangan dan menuruti hukumhukum gerak Newton.Dalam sistem terdapat ensemble yang merupakan kumpulan dari keadaan sistem yang memiliki keadaan makroskopis sama tetapi memiliki keadaan mikroskopis berbeda. Bergantung pada gas tersebut. 2. Dari segi mikroskopik. Jumlah seluruh molekul adalah besar. yang dinamakan molekul-molekul. 3. Jika gas tersebut merupakan sebuah elemen atau suatu persenyawaan dan berada dalam suatu keadaan stabil. Arah dan laju gerakan dari setiap molekul dapat berubah secara tiba-tiba karena tumbukan dengan dinding atau dengan molekul lain. Volume molekul-molekul merupakan jumlah pecahan kecil yang dapat diabaikan dari volume yang ditempati oleh gas tersebut Universitas Sumatera Utara . Yang merupakan deenisi mikroskopik tersebut adalah: 1.

artinya jika keadaan suatu materi pada waktu tertentu telah diketahui maka keadaan materi tersebut pada waktu berbeda dapat ditentukan dengan tepat.2 Dinamika Molekul Dinamika molekul merupakan suatu pembahasan mengenai pergerakan molekulmolekul yang saling berinteraksi. Tumbukan-tumbukan adalah elastic dan tumbukan-tumbukan terjadi dalam waktu yang sangat singkat. Keunggulan lain dari simulasi dinamika molekul ini adalah sifatnya yang deterministik. Hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan fungsi batas dari gaya potensial masing-masing molekul yang terlibat sehingga hanya dengan menggunakan sampel ratusan molekul saja kita sudah dapat melihat bagaimana dunia atomic berinteraksi. Tidak ada gaya-gaya yang cukup besar (appreciable forces) yang beraksi pada molekul-molekul kecuali selama tumbukan 6. maka simulasi dinamika molekul ini hanya dapat melakukan perhitungan untuk jumlah ratusan ataupun ribuan molekul saja walaupun pada dasarnya jika dilibatkan molekul dengan jumlah lebih banyak maka akan semakin realistik hasil yang diperoleh. 2. Adapun langkah-langkah yang harus dilakukan dalam melakukan simulasi dinamika molekul adalah sebagai berikut: Universitas Sumatera Utara . Materi pada skala makroskopis terdiri dari molekul-molekul yang jumlahnya sangat banyak. Hal yang paling penting dalam melakukan simulasi dinamika molekul ini adalah melakukan pemodelan sistem. yang terdiri dari model interaksi antar molekul dan model interaksi antar molekul dengan lingkungannya. Namun dikarenakan adanya keterbatasan komputasi. Sedangkan Simulasi Dinamika Molekul (Molecular Dynamics Simulation) merupakan suatu teknik simulasi yang memungkinkan kita untuk melihat pergerakan molekul dalam suatu material dengan cara menghitung gerakan tiap atom satu persatu. Pemodelan sistem ini akan menentukan kebenaran simulasi dari segi fisis.5. Tumbukan antarmolekul dengan dinding wadah akan mempertahankan kekekalan energy kinetik.

Interaksi antar sistem dan lingkungan dibutuhkan untuk pengendalian tekanan dan juga temperatur sistem 2. Pengembangan model Pengembangan model dilakukan sebagai persiapan awal simulasi.2 Bagan simulasi dinamika molekul Dinamika molekul dilakukan dengan langkah-langkah berikut: 1.Pemodelan Dinamika Molekul Pengembangan model Simulasi Dinamika Molekul Pengembangan persamaan gerak Pemodelan distribusi dan posisi Pemodelan interaksi antarmolekul Inisialisasi Ekuilibrium Produksi Analisa Hasil Gambar 2. Universitas Sumatera Utara . solusi sistem dari persamaan differensial order kedua didapat dengan melakukan integrasi dua kali dari waktu 0 ke waktu t untuk mendapatkan velocity(kecepatan) dan posisi. point awal adalah Hamiltonian yang mendskripsikan interaksi anata N partikel. Simulasi dinamika molekul Metode molecular dynamics (dinamika molekul) mengkomputasi phase spase trajectory dari suatu koleksi molekul yang secara individu mengikuti hukum klasik dari motion. Simulasi awal dilakukan sistem dengan energi yang konstan. Model interaksi antarmolekul dilakukan apabila terjadi interaksi antar molekul satu dengan lainnya sehingga dibutuhkan pengembangan persamaan gerak. Model ini dapat diperoleh berdasarkan teori. Secara analisis.

dan parameter simulasi. maka interaksi molekul dengan batas dihilangkan dengan menggunakan syarat batas periodik. Untuk menghindari hal ini. Tahap Produksi (Production) Tahap produksi adalah tahap utama dalam simulasi dinamika molekul yaitu ketika hasil simulasi telah diperoleh. Program diawali dengan pendeklarasian variabel dan parameter yang digunakan dalam program. padahal yang paling penting untuk diamati adalah sifat materi itu sendiri. Universitas Sumatera Utara . Inisialisasi melibatkan penentuan posisi awal dan kecepatan awal molekul-molekul. Hal ini menyebabkan informasi yang akan diperoleh dominan merupakan sifat materi yang berada dekat permukaan. Tahap Ekuilibrium (Equilibration) Equilibrium dapat dibangun jika sistem sudah ditetapkan untuk energi kinetik dan potensial tertentu. Lalu dilanjutkan dengan menyiapkan inisial konfigurasi agar diperoleh hasil. Tahap Inisialisasi (Initialitation) Pada tahap ini kondisi awal ditetapkan Tahap inisialisasi terdiri dari penentuan sistem unit. Pada algoritma ini anggap posisi adalah dan velocity diambil dari distribusi Boltzman 2. 3. Molekul-molekul yang berada dekat batas sistem atau permukaan memiliki molekul tetangga yang lebih sedikit dari pada yang berada di tengah sistem sehingga mengakibatkan efek permukaan yang sangat kecil sedangkan simulasi dinamika molekul ini juga sangat dipengaruhi oleh efek permukaan.Simulasi komputer dari sistem molecular dapat dibagi menjadi 3 tahapan yaitu: 1.

Pembuatan syarat batas periodik ini memberikan implikasi yaitu apabila sebuah molekul meninggalkan sel primer. 2. molekul tersebut akan digantikan dengan sel citranya yang masuk ke dalam sel primer secara bersamaan. dan dinamika(mempelajari Universitas Sumatera Utara . kinematika (mempelajari benda bergerak). Sel yang diamati disebut dengan sel primer sedangkan sel lain yang tidak diamati disebut dengan sel citra yang juga memiliki semua informasi (misalnya posisi dan kecepatan molekul) yang sama dengan sel primer. Kondisi ini menyebabkan jumlah atom yang berada dalam sel akan konstan. Mekanika klasik dibagi menjadi sub bagian lagi. yaitu statika (mempelajari benda diam). Sering dinamakan "Mekanika Newton" dari Newton dan Hukum Gerak Newton. Posisi molekul yang keluar dari sel primer tersebut diganti dengan posisi baru yaitu posisi citranya yang masuk ke dalam sel primer.Sel primer Sel Citra Sel Citra Sel Citra Gambar 2.3 Sel Primer dan sel citra Objek yang diamati dibagi menjadi sel-sel yang identik satu sama lain.3 Mekanika Klasik Mekanika Klasik adalah bagian dari ilmu fisika mengenai gaya yang bekerja pada benda.

dan arah percpatan sejajar dengan arah gayanya. akan dibahas mengenai konsep-konsep yang menghubungkan kondisi gerak benda dengan keadaan-keadaan luar yang menyebabkan perubahan gerak benda. maka partikel j akan memberikan (2. digunakan ketiga hukum Newton: 1. Penyebab gerak suatu benda atau partikel disebut sebagai dinamika gerak. Ketiga hukum Newton ini memberikan konsekwensi hukum kekekalan momentum.benda yang terpengaruh gaya). Hukum Newton ketiga ini disebut dengan hukum aksi-reaksi. Hukum Inersia atau kelembaman. menyatakan bahwa suatu partikel akan cenderung untuk mempertahankan geraknya. Dalam suatu sistem terisolasi (ensemble mikrokanonikal). maka akan tetap diam dan apabila bergerak maka akan tetap bergerak dengan kecepatan konstan selama tidak ada pengaruh luar yang mengubah kondisi geraknya. Dalam dinamika molekul ini.2) Dari pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa kuantitas gerak suatu benda tergantung pada massa inersia dan juga kecepatan benda. Momentum total sistem diamati guna memeriksa kebenaran simulasi untuk mikrokanonikal ensemble. Jika partikel dengan massa m menerima gaya percepatan sebesar . Universitas Sumatera Utara . maka partikel tersebut akan mengalami (2. namun momentum totalnya tidak berubah. momentum dari masing-masing partikel dapat berubah-ubah akibat interaksi satu sama lain. Suatu partikel apabila diam. Untuk itu didefenisikan suatu besaran vector yang disebut sebagai momentum yang merupakan kuantitas gerak suatu benda. 2. Dalam pembahasan mengenai dinamika molekul ini. Jika partikel i memberikan gaya pada partikel j sebesar gaya pada partikel i sebesar .1) 3. Hukum Newton kedua menyatakan bahwa percepatan sebanding dengan resultan gaya yang dialami oleh benda tersebut dan bernading terbalik dengan massanya.

(2.4 Mekanika Statistik Mekanika statistika adalah aplikasi dari teori probabilitas yang mengkombinasikan matematika ke bidang mekanika yang menangani gerak partikel atau objek yang dikenai suatu gaya. Mekanika statistik ini dibutuhkan untuk mengkonversi informasi pada skala atomic menjadi informasi pada skala makroskopik. sehingga konsekwensinya adalah waktu bersifat homogen.1 Energi Kinetik Energy kinetic sistem adalah jumlah dari energy kinetic setiap molekul. Dikatakan. Universitas Sumatera Utara . Jika partikel bebas bergerak dengan kecepatan konstan dalam suatu sistem koordinat selama interval waktu tertentu tidak mengalami perubahan kecepatan. Konfigurasi posisi dan momentum molekulmolekul menentukan sifat-sifat yang dimiliki oleh materi tersebut sifat-sifat tersebut antara lain adalah energi. Menurut mekanika statistic.4. temperature.4) Dengan Sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari energy potensial dan juga energi kinetik sistem. (2.3) Dimana m adalah massa molekul dan p adalah momentum molekul. Kemampuan untuk membuat prediksi makroskopik berdasarkan informasi dari sifat mikroskopik. 2. ruang bersifat homogeny dan isotropic. dan entalpi dan sebagainya. 2. kuantitas fisis diperoleh sebagai rata-rata konfigurasi tersebut terhadap waktu. tekanan. dalam kerangka acuan inersia. Konsep partikel bebas diperkenalkan ketika suatu partikel bebas dari adanya pengaruh gaya atau interasi dari luar sistem fisis yang ditinjau.

5) Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas. temperature merupakan suatu skala dari energy kinetic molekul-molekul penyusunnya. sistem bersifat konservatif atau energi sistem konstan.6) Dengan adalah set posisi titik pusat massa atom atau molekul. Konservasi energi ini adalah salah satu cara untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.. Untuk tiga dimensi.4. (2.3 Temperatur Ditinjau menurut termodinamika statistik. Energy potensial adalah jumlah dari semua energy potensial molekul-molekul dalam sistem. 2.2 Energi Potensial Persamaan berdasarkan fisika Kuantum menyatakan gerak tiap partikel di alam semesta ditentukan oleh potensial yang dibentuk oleh medan gaya dari partikelpartikel lain di sekitarnya. hubungan antara energy kinetik terhadap temperatur dinyatakan oleh: (2. 2. (2. . sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari energy potensial dan juga energi kinetik sistem. sistem bersifat konservatif atau energi sistem konstan.(2.4. Konservasi energi ini adalah salah satu cara untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.7) Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas.8) Atau Universitas Sumatera Utara .

adalah konstanta Boltzman dan T adalah temperature. 9) Dimana K adalah energy kinetic total sistem. yang secara matematis dinyatakan dengan: (2.12) 2. Fluks momentum akibat gaya yang bekerja antara dua molekul yang berada pada sisi yang berbeda dari permukaan luas.4 Tekanan Tekanan didefenisikan sebagai gaya yang bekerja tegak lurus pada suatu satua luas.14) Universitas Sumatera Utara .11) Maka tekanan dapat dinyatakan sebagai suatu fluks momentum atau momentum yang menembus suatu satuan luas dalam suatu satuan waktu.13) Maka tekanan total menurut termodinamika statistik adalah: (2. Fluks momentum akibat molekul yang menembus suatu permukaan luas selama dt.(2. dinotasikan dengan (2.10) Dengan menggunakan Hukum Newton kedua: (2. 2. N adalah jumlah molekul sistem.4. Sedangkan menurut termodinamika statistik. tekanan seperti ini terdiri dari dua bagian yaitu: 1. dinotasikan dengan ( (2.

distribusi kecepatan itu akan simetris di sekitar kecepatan nol(jumlah molekul yang bergerak ke kanan akan sama banyaknya dengan jumlah molekul yang bergerak ke kiri). dapat diandaikan saja apabila kotak pengamatannya diam. Interaksi ini menyebabkan adanya pemerataan energy kinetic. dan dinamakan disribusi Maxwell-Boltzman.5 Distribusi kecepatan Untuk memahami bagaimana distribusi kecepatan dalam suatu wadah pengamatan kotak kubus.15) Gambar 2.4. dan akan semakin berkurang jumlah molekulnya dengan semakin jauh kecepatan ny dari suatu kecepatan tersebut.2. Salah satu penyebabnya adalah karena molekul-molekul dalam materi akan saling bertabrakan dan berinteraksi.4. Hal ini disebabkan molekul-molekul dalam materi dapat memiliki kecepatan yang berbeda-beda sehingga terbentuk suatu distribusi kecepatan. Distribusi Maxwell-Boltzman bergantung waktu suhu ini dirumuskan dengan: (2. Distribusi kecepatan yang terjadi berbentuk distribusi normal. karena molekul yang bergerak lebih cepat memberikan tambahan momentum pada molekul yang bergerak lebih lambat dan sebaliknya. dan kita juga memperkirakan bahwa distribusinya akan sedemikian rupa sehingga peluang untuk menemukan sebuah molekul dengan kecepatan besar adalah sangat kecil sekali. Distribusi kecepatan molekul pada berbagai temperature Universitas Sumatera Utara . Secara statistik dapat diperoleh bahwa molekul-molekul akan paling banyak berada paa suatu kecepatan tertentu.

Akan tetapi. bertumbukan dengan molekul-molekul lain sepanjang jalan yang dilaluinya.6 Jalan bebas rata-rata Diantara tumbukan-tumbukan yang berturutan. maka molekul tidak akan bertumbukan sama sekali dan jalan bebas rata-rata sama dengan tak berhingga. Jarak rata-rata diantara tumbukan-tumbukan yang berturutan seperti itu dinamakan dengan jalan bebas rata-rata (mean-free-path). Jalan bebas rata-rata l adalah jarak rata-rata di antara tumbukan-tumbukan yang berturutan. Jika molekulmolekul tersebut sangat banyak jumlahnya sehingga menempati seluruh ruangan yang tersedia bagi molekul-molekul tersebut. Sudah tentu bahwa semua molekul lainnya bergerak dengan cara yang sama. molekul-molekul bukanlah merupakan titik-titik dan karena itu terjadilah tumbukan-tumbukan. sebuah molekul dalam suatu gas akan bergerak dengan laju yang konstan sepanjang sebuah garis lurus.4.5 Jalan bebas rata-rata molekul Sebuah molekul yang berjalan melalui suatu gas. Seandainya molekul-molekul adalah titik-titik. dan tidak ada lagi ruangan untuk gerakan translasi. Gambar 2. secara matematis ditulis dengan: Universitas Sumatera Utara . Jadi jalan bebas rata-rata dihubungkan kepada ukuran molekul dan banyaknya molekul persatuan volume.2. maka jalan bebas rata-rata akan sama dengan nol. Maka l merupakan jarak total vt yang ditempuh di dalam waktu t dibagi dengan banyaknya tumbukan yang terjadi di dalam waktu ini.

dan setiap pembukaan sebesar 1/320 detik.4. Tidak ada keterangan kuantitatif mengenai fenomena ini hingga dikembangkannya teori kinetik.(2. Gambar 2. Mula-mula gerak ini dianggap sebagai suatu bentuk kehidupan. Henry pada tahun 1908 dari pengamatan sinematografinya mengenai gerakan Brown. Albert Einstein menegmbangkan teori Gerak Brown Einstein menyebutkan bahwa harus ada pergerakan suatu gerak partikelpartikel mikroskopik yang terbuka kepada pengamatan tanpa mengetahui bahwa pengamatan-pengamatan yang menyangkut gerak Brown ternyata telah lama dikenal. Garis-garis yang berliku- Universitas Sumatera Utara .16) 2. Kemudian pada tahun 1905.6 Sketsa Gerak Brown Gambar di atas merupakan sketsa gambar yang ditemukan oleh V. Henry menggunakan sebuah mikroskop dengan kamera gambar dengan kecepatan 20 kerangka/detik. tetapi segera ditemukan bahwa partikelpartikel yang tidak bersifat organik sekalipun memiliki perilaku yang serupa.7 Gerak Brown Gerak Brown dinamai menurut ahli Botani Inggris Robert Brown yang pada tahun 1827 menemukan bahwa tepung sari yang tergantung di dalam air memperlihatkan gerak sebarang yang kontinu jika dilihat di bawah mikroskop.

1 Potensial Lennard Jones Energi intermolekuler yang juga disebut dengan energi potensial didefenisikan sebagai perbedaan antara energi molekul dan juga penjumlahan energi kompleks molekul yang terpisah. energi intermolekul mulai menjadi negative dan mulai mencapai keadaan keseimbangan jika mempunyai energy intermolekul terendah. Pada pemisahan tak terhingga. yang ekivalen dengan fungsi energy potensial antarmolekul. Jika partikel cukup besar dan jumlahnya juga besar.5 Model Interaksi Antarmolekul 2. interaksi secara prinsip harus diturunkan secara kuantum. Karena berada dalam skala atomik.liku memperlihatkan keadaan dari lima partikel. yakni akan terjadi fluktuasi. Untuk satu pasangan molekul. dan ketika kedua molekul saling mendekati satu sama lain. Jika dua molekul ini saling mendekat maka energi intermolekulnya tidak lagi menjadi negative tetapi menjadi positif kembali (tolakmenolak). sematamata hanyalah merupakan kemungkinan. energy intermolekul adalah nol. Namun kita dapat melakukan pendekatan mekanika klasik dimana atom dan molekul dianggap sebagai suatu titik pusat massa. Model interaksi antarmolekul yang diperlukan adalah hukum gaya antarmolekul. Pemilihan model interaksi antarmolekul sangant menentukan kebenaran simulasi dari sudut pandang fisika. maka banyaknya molekul yang sama akan menumbuk partikel-partikel pada semua sisi pada setiap saat. potensial intermolekul adalah suatu fungsi orientasi relative terhadap jarak antara kedua pusat massa molekul. Model interaksi itu harus memenuhi dua kriteria. 2. dimana perilaku prinsip ketidakpastian Heisenberg. Pertama. Skala pada alas dibagi-bagi atas micrometer(micron = nilai 10 -6) Awalnya partikel-partikel yang diamati adalah sangat besar dibandingkan dengan molekul-molekul fluida dan ditembaki secara terus-menerus pada semua sisi oleh molekul-molekul tersebut.5.untuk partikel yang lebih kecil dengan jumlah lebih kecil maka banyaknya molekul yang menumbuk berbagai sisi partikel pada setiap saat. mungkin tidak sama. molekul-molekul harus mampu menahan tekanan pasangan molekul Universitas Sumatera Utara .maka partikel pada setiap saat mengalami gaya yang tak seimbang yang menyebabkan partikel tersebut bergerak dengan berbagai cara dengan sangat tidak teratur. Pemilihan energi fungsi energi potensial harus dilakukan sebelum melakukan simulasi.

Salah satu model energy potensial antara dua molekul yang dikembangkan adalah Potensial Lennard Jones. i dan j adalah indeks dari molekul. molekul-molekul tersebut harus saling mengikat. namun memiliki ketelitian yang baik untuk simulasi. kedua gaya tersebut saling meniadakan sehingga gaya resultannya sama dengan nol. dan atau jarak antara molekul i dan j. adalah parameter yang menyatakan kekuatan interaksi. atau adanya gaya tarik-menarik.18) Gambar 2. Untuk N jumlah atom dalam suatu simulasi maka fungsi energy potensial adalah dimana dimana adalah set posisi titik pusat massa atom atau molekul. Kedua.dimana n > m. Pilihan yang umum untuk m dan n adalah m=6 dan n=12. Pada suatu jarak tertentu.yang saling berinteraksi. .17) Dengan n dan m merupakan bilangan bulat positif yang dipilih. Model potensial ini dirumuskan dengan: (2. Sehingga persamaan (2. Ini berarti ada gaya tolak-menolak antarmolekul. Model ini dianggap paling sederhana. sedangkan adalah parameter jarak.7 Potensial Lennard Jones untuk atom Argon Universitas Sumatera Utara .17) menjadi (2.

Jika dianggap molekul kirakira berbentuk simetri bola.2. maka muatan pada masing-masing molekul akan terganggu dan berpindah sedikit dari kedudukan yang biasa sedemikian rupa sehingga jarak rata-rata diantara muatan yang berlawanan di dalam kedua-dua molekul tersebut adalah sedikit lebih kecil daripada jarak rata-rata diantara muatan yang sejenis. Model Lennard jones ini menggambarkan adanya gaya tolak-menolak dengan suku yang mndominasi pada jarak dekat dan gaya tarik menarik dengan suku yang mendominasi pada jarak jauh. maka kita dapat menjelaskan gaya-gaya antarmolekul secara grafik dengan menggambarkan tenaga potensial bersama dari dua molekul. Universitas Sumatera Utara . sebagai fungsi dari jarak r di antara titik pusat molekul-molekul tersebut. Ini hanya terjadi bila molekul-molekul sangat dekat terhadap satu sama lain. Bila dua molekul saling mendekati. maka gaya antarmolekul tersebut menjadi gaya tolak menolak.20) Gaya positif adalah gaya tolak menolak dan gaya negatif adalah gaya tarik-menarik. Maka. Gaya merupakan negatif dari gradien potensial. besar gaya adalah: (2. sebuah gaya tarik-menarik antarmolekul akan dihasilkan. Molekul-molekuli ini netral secara listrik dengan pengertian bahwa muatan negatif dari elektron-elektron adalah sama besarnya dan berlawanan tandanya dengan muatan inti-inti. sehingga gaya-gaya ini hanya beraksi pada jarak-jarak pendek (short range forces). Jika molekul-molekul tersebut sangat dekat terhadap satu sama lain sehingga muatanmuatannya yang sebelah luar mulai tumpang tindih (overlap).19) Untuk potensial Lennard Jones.5. Gaya F yang beraksi pada setiap molekul dihubungkan dengan tenaga potensial U oleh: (2.U.2 Gaya Antarmolekul Gaya-gaya di antara molekul-molekul adalah berasal dari gaya elektromagnet.

maka dapat diturunkan untuk masing-masing sumbu: Maka diperoleh: (2.Gambar 2.29).21) Universitas Sumatera Utara .8 Grafik Gradient Potensial Lennard Jones Dari persamaan (2.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful