BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari organisme yang berukuran sangat kecil
sehingga tidak dapat dilihat dengan mata telanjang melainkan harus menggunakan bantuan
mikroskop. Organisme yang sangat kecil ini disebut sebagai mikroorganisme, atau sering disebut
mikroba ataupun jasad renik. Saat ini, mikrobiologi sangat berkembang luas pada berbagai
bidang ilmu pengetahuan, misalnya pertanian, industri, kesehatan, lingkungan hidup, bidang
pangan, bahkan bidang antariksa (Waluyo, 2009). Dalam mikrobiologi, dibutuhkan suatu teknik
khusus untuk mempelajari mikroorganisme. Di laboratorium mikrobiologi dan bakteriologi
untuk menumbuhkan dan mempelajari sifat-sifat mikroorganisme seperti bakteri diperlukan
suatu media sebagai tempat pertumbuhan mikroorganisme (Collyn and Lyne, 1987).
Pengembangan media kultur bakteri memegang peranan yang sangat penting di bidang
mikrobiologi.

Dengan mengisolasi suatu bakteri dan menumbuhkanya dengan media buatan kita dapat
mengidentifikasi, dan mempelajari sifat suatu bakteri. Media pertumbuhan harus memenuhi
persyaratan nutrisi yang dibutuhkan oleh suatu mikroorganisme (Atlas, 2004). Nutrisi yang
dibutuhkan mikroorganisme untuk pertumbuhannya meliputi karbon, nitrogen, unsur non logam
seperti sulfur dan fosfor, unsur logam seperti Ca, Zn, Na, K, Cu, Mn, Mg, dan Fe, vitamin, air,
dan energi (Radji, 2011). Media tersebut dapat berbentuk cair, padat, dan semipadat, tergantung
mikroorganisme yang akan ditumbuhkan. Media yang umum digunakan untuk menumbuhkan
mikroorganisme di laboratorium seperti bakteri adalah media Nutrient agar sedangkan media
untuk menumbuhkan jamur adalah saboroud agar, oatmeal agar dan PDA (Potato 2 Dextrose
Agar). Media NA, saboroud agar, oatmeal agar merupakan media instant sedangkan media PDA
merupakan media racikan dari ekstrak kentang meskipun tersedia juga dalam bentuk instant.
Harga media instant yang mencapai Rp 500.000,- hingga Rp 1.500.000,- setiap 500 g serta
melimpahnya sumber alam yang dapat digunakan sebagai media pertumbuhan mikroorganisme
mendorong para peneliti untuk menemukan media alternatif dari bahan-bahan yang mudah
didapat dan tidak memerlukan biaya yang mahal serta untuk memberikan alternatif media
pertumbuhan mikroorganisme dari bahan-bahan tertentu selain kentang. Kentang dapaat
digunakan sebagai media pertumbuhan mikroorganisme karena kentang memiliki kandungan
karbohidrat yang cukup tinggi. Menurut Radji (2011) Karbohidrat sangat dibutuhkan oleh bakteri
karena karbohidrat merupakan substrat utama untuk metabolime bakteri. Hampir setengah berat
kering suatu bakteri adalah unsur karbon. Karbon dapat ditemukan dalam senyawa karbohidrat,
sehingga karbohidrat sangat berperan penting untuk mendukung pertumbuhan bakteri. Bahan-
bahan lain yang dapat digunakan sebagai media pertumbuhan bakteri adalah bahan yang mampu
menyedianakn nutrisi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan bakteri seperti dari bahan-bahan yang
kaya akan karbohidrat dan protein.

Dalam bidang pangan banyak mikroorganisme yang mempunyai peranan, baik peranan
positif (memberikan keuntungan) atau peranan negatif (menimbulkan kerugian). Peranan
mikroorganisme dalam bidang pangan diklasifikasikan menjadi beberapa bagian (Budiyanto,
2002).

Berbagai penyakit atau infeksi yang berbeda-beda mungkin terjadi karena memakan
makanan yang terkontaminasi dengan organisme patogen. Infeksi makanan terjadi karena
memakan makanan yang mengandung organisme hidup yang mampu sembuh atau bersporulasi
dalam usus yang menimbulkan penyakit (Volk, 1990).

Beberapa mikroorganisme menggunakan makanan yang sama dengan yang kita makan
sehingga, untuk sebagian besar, pengawet makanan melibatkan pembinasaan mikroorganisme
yang terdapat pada makanan atau pencegahannya agar tidak tumbuh (Volk, 1990).

Berbagai manfaat mikroorganisme dalam beberapa jenis makanan dan minuman

misalnya fermentasi seperti tempe, kecap, tauco, sosis, keju, bier, anggur dan sebagainya telah
sejak lama dikenal melengkapi menu makanan atau minuman sehari-hari. Makanan dan
minuman tersebut diolah secara fermentasi dengan menggunakan kemampuan mikroba.
1.2 Rumusan Masalah

1. Menjelaskan pengertian mikrobiologi dan kedudukan mikrobiologi

2. Menjelaskan sejarah mikrobiologi
3. Menjelaskan situasi terkini , harapan dan tantangan mikrobiologi
4. Menjelaskan klasifikasi dan penamaan
5. Menjelaskan metode dalam penelitian mikrobiologi
1.3 Tujuan Dan Manfaat Penulis
1. Mahasiswa mampu mengetahui pengertian mikrobiologi dan kedudukan mikrobiologi
2. Mahasiswa mampu mengetahui sejarah mikrobiologi
3. Mahasiswa mampu mengetahui situasi terkini , harapan dan tantangan mikrobiologi
4. Mahasiswa mampu mengetahui klasifikasi dan penamaan
5. Mahasiswa mampu mengetahui metode dalam penelitian mikrobiologi
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1. Pengertian Mikrobiologi dan Kedudukan Mikrobiologi

Mikrobiologi. merupakan cabang ilmu hayat (biologi) yang mempelajari kehidupan jasad
renik (mikrobia ). Mikrobiologi berasal dari mikros = kecil, bios = hidup, dan logos = ilmu .

Disiplin bidang biologi semakin luas dan berkembang sehingga perlu diadakan
pembagian yang lebih khusus lagi agar lebih mudah mempelajari mikroorganisme-
mikroorganisme tertentu yang berkaitan dengan orientasinya. Mikroorganisma memegang
peranan yang sangat besar dalam tahun-tahun terakhir ini sebagai system model (model
system) dalam mempelajari proses-proses dasar biologis. Sebagai pengetahuan berkembang
mikrobiologi dapat dibeda-bedakan menjadi beberapa sub disiplin berdasarkan berbagai macam
orientasi sebagai berikut:

a. Orientasi taksonomi

 Virologi: ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi virus.
 Bakteriologi: Ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi
makhluk hidup termasuk bakteri.
 Mikologi: Ilmu yang mempempelajari tentang struktur susunan dan klasifikasi
maklhuk hidup termasuk jamur.
 Fikologi atau algologi: Ilmu yang mempalajari tentang struktur, susunan dan
klasifikasi makluk yang termasuk ganggang atau algae.
 Protozoologi: Ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi
makhluk hidup termasuk protozoa.

b.Orientasi habitat

 Mikrobiologi air: Ilmu yang mempelajari tentang peri kehidupan dan peranan mikroba
dalam air.
 Mikrobiologi tanah: Ilmu yang mempelajari tentang peri kehidupan dan peranan mikroba
dalam tanah.
  Mikrobiologi marin: Ilmu yang mempalajari tentang peri kehidupan mikroba yang hidup
dalam habitat air laut.

c. Orientasi problema

 Ekologi mikroba: Ilmu yang mempelajari tentang timbal balik antara mikroba dan
lingkungan hidupnya.
 Mikrobiologi patogenik (Pathogenic microbiology) Ilmu yang mempalajari tentang
mikroba yang dapat menimbulkan penyakit.
 Mikrobiologi pertanian: Ilmu yang mempelajari tentang peranan mikroba dalam bidang
pertanian.
 Mikrobiologi Industri: Ilmu yang mempelajari tentang mikroba-mikroba yang berperan
dalam bidang industri.
 Mikrobiologi geologi Ilmu yang mempelajari tentang struktur, sifat dan peranan mikroba
dalam bidang geologi.

Lapangan Mikrobiologi terapan (PELCZAR, 1986, hal.16), dapat dibedakan sebagai berikut:

 Mikrobiologi Kedokteran: Mempelajari mikroba-mikroba yang dapat menimbulkan

penyakit, prosedur diognosa dan identifikasi mikroba penyebab penyakit dan cara
penyegahannya.
 Mikrobiologi akuatik: Diterapkan dalam pemurnian air, pengujian mikrobiologis,
pengurangan pencemaran biologis dan ekologis.
 Aeromikrobiologi: Mempelajari tentang kontaminasi dan kerusakan-kerusakan yang
disebabkan oleh mikroba, dan penyebaran penyakit-penyakit.
 Mikrobiologi makanan: Diterapkan dalam penyediaan bahan makanan, pengawetan
bahan makanan, penyakit-penyakit yang disebabkan oleh keracunan makanan dan
pencegahannya.
 Mikrobiologi pertanian: Penyerapannya dibidang penyuburan tanah, penelitian tentang
penyakit hewan dan tanaman.
 Mikrobiologi Industri: Diterapkan dalam pembuatan antibiotika, vaksin, minuman
fermentasi, zat-zat kimia, pembuatan protein dan hormon-hormon.
 Eksomikrobiologi: Diterapkan dalam eksplorasi tentang kehidupan di angkasa luar.
  Mikrobiologi geokimia: Diterapkan dalam pertambangan batubara, pembentukan mineral
dan gas, pencarian barang tambang seperti batubara, minyak dan gas bumi.

2.2. Sejarah Mikrobiologi

Awal perkembangan ilmu mikrobiologi pada pertengahan abad 19 oleh beberapa

ilmuwan dan telah membuktikan bahwa mikroorganisme berasal dari mikroorganisme
sebelumnya bukan dari tanaman ataupun hewan yang membusuk. Selanjutnya ilmuwan
membuktikan bahwa mikroorganisme bukan berasal dari proses fermentasi tetapi merupakan
penyebab proses fermentasi, misalnya buah anggur menjadi minuman yang mengandung
alkohol. Ilmuwan juga menemukan bahwa mikroba tertentu menyebabkan penyakit tertentu.
Pengetahuan ini merupakan awal pengenalan dan pemahaman akan pentingnya mikroorganisme
bagi kesehatan dan kesejahteraan manusia. Awal abad 20 ahli mikrobiologi telah meneliti bahwa
mikroorganisme mampu menyebabkan berbagai macam perubahan kimia baik melalui
penguraian maupun sintesis senyawa organik yang baru. Hal inilah yang disebut
dengan biohemial divesity atau keanekaragaman biokimia yang menjadi ciri khas
mikroorganisme. Disamping itu, yang penting lainnya adalah mekanisma perubahan kimia oleh
mikroorganisme sangat mirip dengan unity in biochemistry yang artinya bahwa proses biokimia
pada mikroorganisme adalah sama dengan proses biokimia pada semua makhluk hidup termasuk
manusia.

Bukti yang lebih baru menunjukkan bahwa informasi genetik pada semua organisme dari
mikroba hingga manusia adalah DNA. Pengambilan informasi genetika dari mikrorganisme
karena sifatnya sederhana dan perkembangbiakan yang sangat cepat serta adanya berbagai
variasi metabolisma. Saat ini mikroorganisme diteliti secara insentif untuk mengetahui dasar
fenomena biologi. Mikroorganisme juga merupakan sebagai sumber produk dan proses yang
menguntungkan masyarakat, misalnya: alkohol yang dihasilkan melalui proses fermentasi dapat
digunakan sebagai sumber energi. Strain-strain dari mikroorganisme yang dihasilkan melalui
proses rekayasa genetika dapat diterima. Sekarang insulin yang dibutuhkan manusia dapat
diproduksi dalam jumlah tak terhingga oleh bakteri yang telah direkayasa. Mikroorganisme juga
mempunyai potensi yang cukup besar untuk membersihkan lingkungan, misalnya: dari tumpukan
minyak di lautan dipergunakan sebagai herbisida dan insektisida di bidang pertanian.
 Hal ini karena mikroorganisme mempunyai kemampuan untuk mendekomposisi/
menguraikan senyawa kimia komplek. Kemampuan mikroorganisme yang telah direkayasa
untuk tujuan tertentu menjadikan lahan baru dalam mikrobiologi industri yang dikenal dengan
bioteknologi. Jika anda membaca tentang mikroorganisme anda akan menghargai, mengagumi
mikroorganisme seperti bakteri, alga, protozoa dan virus merupakan organisme yang sering tidak
terlihat. Beberapa diantaranya bersifat patogen bagi manusia, hewan maupun tumbuhan.
Beberapa dapat menyebabkan lapuknya kayu dan besi. Tetapi banyak diantaranya berperan
penting dalam lingkungan sebagai dekomposer. Beberapa diantaranya digunakan dalam
menghasilkan (manufacture) substansi yang penting di bidang kesehatan maupun industri
makanan.

1. Leeuwenhoek Dan Perkembangan Mikroskop

Antony van Leeuwenhoek (1632 – 1723) sebenarnya bukan peneliti atau ilmuwan yang
profesional. Profesi sebenarnya adalah sebagai ‘wine terster’ di kota Delf, Belanda. Ia biasa
menggunakan kaca pembesar untuk mengamati serat-serat pada kain. Sebenarnya ia bukan orang
pertama dalam penggunaan mikroskop, tetapi rasa ingin tahunya yang besar terhadap alam
semesta menjadikannya salah seorang penemu mikrobiologi. Leewenhoek mwnggunakan
mikroskopnya yang sangat sederhana untuk mengamati air sungai, air hujan, ludah, feses dan
lain sebagainya. Ia tertarik dengan banyaknya benda-benda kecil yang dapat bergerak yang tidak
terlihat dengan mata biasa. Ia menyebut benda-benda bergerak tadi dengan ‘animalcule’ yang
menurutnya merupakan hewan-hewan yang sangat kecil. Penemuan ini membuatnya lebih
antusias dalam mengamati benda-benda tadi dengan lebih meningkatkan mikroskopnya. Hal ini
dilakukan dengan menumbuk lebih banyak lensa dan memasangnya di lempengan perak.
Akhirnya Leewenhoek membuat 250 mikroskop yang mampu memperbesar 200-300 kali.
 Leewenhoek mencatat dengan teliti hasil pengamatannya tersebut dan mengirimkannya
ke British Royal Society Salah satu isi suratnya yang pertama pada tanggal 7 September 1674 ia
menggambarkan adanya hewan yang sangat kecil yang sekarang dikenal dengan protozoa.
Antara tahun 1963-1723 ia menulis lebih dari 300 surat yang melaporkan berbagai hasil
pengamatannya. Salah satu diantaranya adalah bentuk batang, coccus maupun spiral yang
sekarang dikenal dengan bakteri. Penemuan-penemuan tersebut membuat dunia sadar akan
adanya bentuk kehidupan yang sangat kecil yang akhirnya melahirkan ilmu mikrobiologi.
Penemuan Leewenhoek tentang animalcules menjadi perdebatan dari mana asal animalcules
tersebut. Ada dua pendapat yang muncul, satu mengatakan animalcules ada karena proses
pembusukan tanaman atau hewan, melalui fermentasi misalnya. Pendapat ini mendukung teori
yang mengatakan bahwa makhluk hidup berasal dari benda mati melalui proses abiogenesis.
Konsep ini dikenal dengan ganaratio spotanea. Pendapat ini mengatakan bahwa animalcules tadi
berasal dari animalcules sebelumnya seperti halnya organismea tingkat tinggi. Pendapat atau
teori ini disebut dengan biogenesis. Mikrobiologi tidak berkembang sampai perdebatan tersebut
terselesaikan dengan dibuktikannya kebenaran teori biogenesis. Pembuktian ini memerlukan
berbagai macam eksperimen yang nampaknya sederhana dan perlu waktu lebih dari 100 tahun.
 2. Pembuktian Ketidakbenaran Dari Abiogenesis

Franscesco Redi (1926-1697) menunjukkan bahwa ulat yang ada dalam daging busuk
adalah larva yang berasal dari telur lalat, bukan hasil dari generatio spontanea. Bagaimana
dengan asal dari mikroorganisma yang hanya bisa dilihat dengan mikroskop?

Pada tahun 1945 John Needham (1713-1781) memasak sepotong daging untuk
menghilangkan organisma yang ada dan menempatkannya dalam toples yang terbuka. Akhirnya
ia mengamati adanya kolono pada permukaan daging tersebut. Ia menyimpulkan bahwa
mikroorganisma terjadi spontan dari daging. Pada tahun 1769, Lazarro Spalanzani (1729 – 1799)
merebus kaldu daging selama 1 jam dan menempatkannya pada toples yang disegel/ditutup rapat
menunjukkan tidak ditemukannya mikroorganisma dalam kaldu tersebut. Jadi ekperimen ini
menentang teori abiogenesis. Tetapi Neddham mengatakan bahwa sumber makhluk hidup tadi
adalah udara dimana pada percobaan Spalanzani tersebut tidak berinteraksi langsung dengan
udara.

Hampir 100 tahun setelah percobaan Needham ada 2 peneliti yang mencoba memecahkan
kontroversi tentang peran udara. Pada tahun 1836, Franz Schulze melewatkan larutan asam kuat
ke dalam tabung tertutup yang berisi daging yang telah dimasak. Tahun 1837, Theodor
Schwann mengalirkan udara melalui pipa yang dipanai ke dalam tabung tertutup yang bersisi
kaldu. Keduanya tidak menemukan adanya mikroba sebab mikroba telah mati oleh adanya asam
kuat maupun oleh panas. Tetapi para pendukung teori generatio spontanea berpendapat bahwa
adanya asam dan panas akan mengubah udara sehingga tidak mendukung pertumbuhan mikroba.
Sampai akhirnya tahun 1954 peneliti menyelesaikan perdebatan tersebut dengan melakukan
percobaan menggunakan tabung tertutup berisi kaldu yang telah dipanaskan. Ke dalam tabung
tersebut dimasukkan pipa yang pada sebagiannya diisi dengan kapas dan ujungnya dibiarkan
terbuka. Dengan demikian mikroba akan tersaring dan udara tetap bisa masuk. Dengan tidak
ditemukannya mikroba dalam kaldu daging tersebut membuktikan bahwa teori generatio
spontanea adalah salah.

3. Bukti Teori Biogenesis

Pada perioda yang sama muncul ilmuwan baru dari Perancis Louis Pasteur (1822 – 1895)
seorang ahli kimia yang menaruh perhatian pada mikroorganisma. Oleh karena itu ia tertarik
untuk meneliti peran mikroba dalam industri anggur dana pembuatan alkohol. Salah satu
pendukung teori generatio spontanea yang hidup pada masa Louis Pasteur adalah Felix
Archimede Pouchet (1800-1872). Pada tahun 1859 ia banyak mempublikasikan tulisan yang
mendukung abiogenesis. Tetapi ia tidak dapat membantah penemuan-penemuan Pasteur. Untuk
memastikan pendapatnya, Pasteur melakukan serangkaian eksperimen. Ia menggunakan
bejana dengan leher panjang dan dibengkokkan yang dikenal dengan leher angsa. Bejana ini diisi
dengan kaldu kemudian dipanaskan. Udara dapat dengan bebas melewati tabung atau pipa leher
angsa tersebut tetapi tidak ditemukan adanya mikroorganisma di kaldu tadi. Dalam hal ini
mikroba beserta debu akan mengendap pada bagian tabung yang berbentu U sehingga tidka
dapat mencapai kaldu. Ia juga membawa tabung tersebut ke pegunungan Pyrenes dan Alpen.
Pasteur menemukan bahwa mikroorganima terbawa debu oleh udara dan ia menyimpilkan bahwa
semakin bersih/murni udara yang masuk ke dalam bejana, semakin sedikit kontaminasi yang
terjadi.
 Pada tanggal 7 April 1864 ia mengatakan bahwa: For I have kept them and am still
keeping from them, that one thing that is above the power of man to make; I have kept from
them, the germ that float in the air, I have kept them from life. Salah satu argumen klasik untuk
menantang buiogenesis adalh bahwa panas yang digunakan untuk mensterilkan udara atau bahan
juga dianggap merusak ‘vital force’. Mereka yang mendukung teori abiogenesis berpendapat
bahwa tanpa adanya kekuatan vital force tersebut mikroorganisma tidka dapat muncul serta
spontan. Untuk merespon argumen tersebut John Tyndall mengatakan udara dapat dengan mudah
dibebaskan dari mikroorganisma dengan cara melakukan percobaab dengan meletakkan tabung
reaksi berisi kaldu steril ke dalam kotak tertutup. Udara dari luar masuk ke dalam kotak melalui
pipa yang sudah dibengkokkan membentuk dasar U seperti spiral. Terbukti bahwa meskipun
udara luar dapat masuk ke dalam kotak yang berisi tabung dengan kaldu di dalamnya, namun
tidak ditemukan adanya mikroba. Hasil percobaan Pasteur dan Tyndall memacu diterimanya
konsep biogenesis. Selanjutnya Pasteur lebih memfokuskan penelitiannya pada peran mikroba
dalam pembuatan anggur dan mikroba yang menyebabkan penyakit.

4. Teori Tentang Fermentasi

Fermentasi terjadi jika jus anggur kita biarkan. Melalui serangkaian perubahan biokimia,
alkohol dan senyawa lain dihasilkan dari anggur tersebut. Salah satu alasan mengapa Pasteur
ingin menentang pendapat generatio spontanea adalah keyakinannya bahwa produk fermentasi
anggur merupakan hasil dari kikroorganisma yang ada, bukan fermentasi menghasilkan
mikroorganisma sebagaimana yang dipercaya pada waktu tersebut. Pada tahun 1850 an pasteur
memecahkan masalah yang timbul dalam industri anggur. Dengan meneliti anggur yang baik dan
anggur yang kurang bagus Pasteur menemukan mikroorganisma yang berbeda. Mikroorganisma
tertentu mendominasi anggur yang bagus sementara tipe yang lain mendominasi anggur yang
kurang bagus. Dia menyimpulkan bahwa pemilihan mikroorganisma yang sesuai akan
menghasilkan produk yang bagus. Untuk itu dia memusnahkan mikroba yang telah ada dalam
sari buah anggur dengan cara memanaskannya. Setelah dingin ke dalam sari buah tersebut
diinokulasi dengan anggur yangberkualita baik yang mengandung mikroorganisma yang
diinginkan. Hasilnya menunjukkan bahwa anggur yang dihasilkan memiliki kualitas yang baik
dan tidak mengalami perubahan aroma selama disimpan jika sebelumnya dipanasi dulu selama
beberapa menit pada 50 – 60 ºC. Proses ini dikenal dengan pasteurisasi yang digunakan secara
luas di bidang industri makanan. Sebelumnya orang meningkatkan produk fermentasi
melalui trial and error dimana sebelumnya tidak tahu bahwa kualitas produk tergantung pada
mikroorganisma tertentu.

5. Penyakit

Disamping membuat revolusi (perubahan besar) dalam bidang industry anggur, Pasteur
dan asistennya juga mengemukakan teori baru mengenai penyebab penyakit. Dalam
penelitiannya mereka menemukan agen penyebab penyakit serius baik pada hewan maupun
manusia. Tetapi juga sebelum Pasteur membuktikan bahwa mikroba merupakan penyebab
penyakit, beberapa peneliti membuat argument yang kuat terhadap teori kuman terhadap
penyakit. Sebelumnya, dalam sejarah manusia ada kepercayaan bahwa penyakit itu disebabkan
oleh beberapa faktor yang tidak jelas misalnya udara yang jelek, darah yang jelek dan lain-
lainnya. Pada tahun 1546, Girolamo Fracastolo (1483 – 1553) menyarankan bahwa penyakit
dapat disebabkan oleh mikroorganisma yang terlalu kecil untuk dapat dilihat yang ditularkan dari
1 orang ke orang lain. Sebagian besar informasinya berasal dari percakapannya dengan para
pelaut yang baru pulang dari perjalanannya ke luar negeri, dimana mereka menyaksikan
penyebaran berbagai penyakit. Lebih dari 200 tahun kemudian Anton von Plenciz (1705-1786)
mengatakan bahwa tidak hanya makhluk hidup yang merupakan penyebab penyakit tetapi juga
agen yang lain merupakan penyebab penyakit yang berbeda. Pada saat yang bersamaan konsep
tentang makhluk hidup atau bentuk lain yang menghisap nutrien mulai diterima. Setelah sukses
dengan fermentasinya, Pasteur diminta untuk meneliti penyakit ulat sutra yang merugikan
industri Perancis. Dia menghabiskan waktu 6 tahun untuk membuktikan bahwa mikrroorganisma
yang disebut dengan protozoa yang dapat menyebabkna penyakit. Pasteur juga menunjukkan
kepada petani ulat sutera bagaimana menghilangkan penyakit dengan cara memilih ulat sutera
yang bebas penyakit untuk diternakkan. Di Jerman, Robert Koch (1843 – 1910) seorang
profesional di bidang kesehatan mendapat hadiah mikroskop dari istrinya untuk hadiah ulang
tahunnya yang ke-28. Selanjutnya ia mulai meneliti dunia mikroorganisma yang sudah dilihat
oleh Pasteur. Baik Pasteur maupun Koch menjadi rival bersama yang sama-sama ingin
mengetahui penyebab penyakit anthrax yang sangat merugikan peternak sapi dan domba di
Eropa. Koch akhirnya menemukan dari darah domba yang telah mati karena anthrax. Dengan
sering meninggalkan prkateknya sebagai dokter, Koch membuktikan bahwa bakteri tersebut
penyebab anthrax dengan cara memisahkan bakteri untuk batang tersebut dari bakteri lain yang
ada kemudian menginjeksikannya ke dalam tikus yang sehat.

Tikus selanjutnya menunjukkan perkembangan menuju anthrax dan bakteri yang diisolasi
dari tikus menunjukkan kesamaan bakteri yang berasal dari domba yang sakit sebelumnya. Pada
1876, setelah meneliti selama 6 tahun Koch mengumumkan bahwa dia telah menemukan bakteri
penyebab anthrax. Ia juga menyarankan bahwa ternak sakit supaya dibunuh dan dibakar atau
dikubur yang dalam, setelah ia mengetahui bahwa spora yang dihasilkan oleh bakteri dapat
bertahan hidup selama berbulan-bulan di daerah peternakan. Dengan penemuan anthraxnya Koch
merupakan orang pertama yang membuktikan mikroba tertentu merupakan agen penyakit
tertentu. Selanjutnya Koch dan kawan-kawan menemukan bakteri penyebab tuberculosis dan
cholera. Perkembangan teknik laboratorium untuk mempelajari mikroorganisma. Koch dan
anggotanya banyak memberi kontribusi mengenai teknik-teknik tersebut. Diantaranya adalah
prosedur pengecatan bakteri untuk pengamatan dengna mikroskop cahaya. Salah satu kolega
Koch adalah Paul Erlich (1854 –1915) yang melakukan penelitian terhadap dyes dan
menggunakannya untuk mengecat bakteri termasuk bakteri penyebab tuberculosisi.

6. Teknik Biakan Murni

Secara kebetulan seorang para Jerman melihat bahwa koloni yang tumbuh pada kentang
yang telah direbus pada akhirnya dapat menemukan jalan untuk memisah menjadi individu-
individu. Caranya; mereka mengembangkan media spesifik untuk menumbuhkan
mikroorganisma. Media adalah substansi yang memenuhi kebutuhan nutrisi mikroorganisma.
Koch dan koleganyanya juga menunjukkan bahwa senyawa dari alga yang disebut agar dapat
membuat media menjadi padat. Richard J.Petri (1852 – 1921) membuat piringan kaca bertutup
untuk menempatkan media agar alat tersebut selanjutnya disebut Petri dish yang masih
digunakan sampai sekarang. Pada tahun 1892, dengan menggunakan teknik biakan murni Koch
dan anggotanya menemukan agen-agen penyebab typus, dipteri, tetanus, pneumonia dan lain
sebagainya. Koch mengenalkan penggunaan binatang model untuk penyakit manusia dengan
cara menginjeksikan bakteri ke dalam menit, kelinci, babi atau domba. Ia bahkan menempelkan
kamera pada mikroskopnya untuk mengambil gambar dan menggunakannya sebagai bukti untuk
menghilangkan keraguan.

Postulat Koch Pada tahun 1880, Koch memanfaatkan kemajuan metoda laboratorium
dan menentukan kriteria yang diperlukan untuk membuktikan bahwa mikroba
spesifik merupakan penyebab penyakit tertentu. Kriteria ini dikenal dengan postulat Koch yaitu:

a. Mikroorganisma tertentu selalu ditemukan berasosiasi dengan penyakit yang

ditimbulkan.
b. Mikroorganisma dapat diisolasi dan ditumbuhkan sebagai biakan murni di laboratorium.
c. Biakan murni tersebut bila diinjeksikan pada binatang yang sesuai dapat menimbulkan
penyakit.
d. Mikroorganisma tersebut dapat diisolasi kembali dari hewan yang telah terinfeksi
tersebut.

Adanya kriteria tersebut menjadi jalan ditemukannya berbagai bakteri penyebab berbagai
penyakit dalam waktu yang cukup singkat (kurang dari 30 tahun). Penemuan virus, adanya
bakteri yang dapat menimbulkan berbagai penyakit serta adanya penyakit tertentu yang
ditimbulkan oleh lebih dari 1 mikroorganisma memerlukan modifikasi dari postulat Koch. Pada
tahun 1892 Dimitri Ivanovski menunjukkan bahwa agen yang menyebabkan penyakit mosaik
pada tembakau dapat ditularkan melalui ekstrak tanaman yang sakit. Ekstrak terebut disaring
dengan filter yang ditemukan oleh kawan-kawan Pasteur dimana filter tersebut diketahui dapat
menyaring bakteri. Penelitian selanjutnya menunjukkan bahwa agen tersebut mempunyai ukuran
yang jauh lebih kecil dari bakteri. Yellow fever merupakan penyakit pertama pada manusia yang
diketahui disebabkan oleh virus. Pada tahun 1900 seorang ahli bedah bernama Walter
reed (1851-1902) dengan menggunakan manusia sebagai volunteer membuktikan bahwa virus
tersebut dibawa oleh nyamuk tertentu lainnya membawa protozoa penyebab malaria. Salah satu
cara penting untuk mencegah penyakit tersebut adalah mengurus air yang tergenang yang
digunakan nyamuk untuk tempat berkembang biak.

7. Perkembangan dan Pencegahan penyakit

Epidemik adalah penyakit tertentu yang menyerang banyak daerah misalnya penyakit
bubon yang dikenal dengan penyakit hitam yang mematikan yang disebabkan oleh bakteri terjadi
di Eropa selama perioda 1347 – 1350. Sepertiga sampai setengah populasi di Eropa meninggal
karena penyakit tersebut. Hewan pengerat, terutama tikus, berperan sebagai sumber bakteri
bacillus dan ditransmisikan/ditularkan ke manusia melalui lalat. Slama 1917 – 1919 malaria telah
membunuh setengah juta penduduk Amerika dan 21 manusia di seluruh dunia. Jumlah tersebut
mencapai 3 kali jumlah manusia yang terbunuh selama perang dunia I. Jadi mikroba terbukti
lebih mematikan dibanding peluru. Dengan pengetahuan bahwa mikroorganisma dapat
merupakan penyebab penyakit ilmuwan lebih memusatkan perhatiannya pada cara pencegahan
dan perlakuannya.

8. Penemuan Antiseptik

Secara umum septis berati efek toksis dari mikroorganisma penyebab penyakit pada
tubuh selama infeksi. Antiseptik; ukuran-ukuran yang menghentikan efek tersebut dengan
pencegahan infeksi. Oliver Weldell Holmes (1809 – 1894) seorang dokter Ameraka pada tahun
1843 menekankan bahwa penyakit demam pada wanita bersifat menular. Oleh karena itu
ditularkan dari satu wanita lain melalui tangan dikter. Tahun 1846 seorang dokter dari
Hungaria, Ignaz Philipp Semmelweiz menemukan penggunaan klorin sebagai desinfektan bagi
tangan dokter. Pada tahun 1860 ahli bedah dari Inggris, Josept Lister menemukan asam karbol
atau phenol dapat digunakan untuk membunuh bakteri. Lister menggunakan larutan ini untuk
merendam alat-alat bedah dan menyemprot ruangan operasi. Cara tersebut demikian sukses
untuk mengatasi infeksi setelah operasi yang sebelumnya menyebabkan kematian 45% dari
pasiennya. Cara tersebut segera dapat diterima dan dilakukan oleh ahli bedah yang lain.
Penemuan tersebut merupakan hari penemuan teknik aseptik untuk mencegah infeksi. Sekarang
ini berbagai macam senyawa kimia dan alat fisik lain dapt mengurangi mikroorganisma di ruang
operasi, ruangan untuk bayi prematur dan ruangan tempat memasukkan obat ke dalam kontainer
yang steril.

9. Imunisasi

Tahun 1880, Pasteur menggunakan teknik dari Konch untuk mengisolasi dan
membiakkan bakteri yang menyebabkan kolera pada ayam. Untuk membuktikan penemuannya,
Pasteur membuat demonstrasi dihadapan publik tentang percobaannya yang telah dilakukan
berulang kali di laboratorium. Dia menginjeksikan biakkan bakteri kolera pada ayam sehat dan
menunggunya sampai ayam tersebut menunjukkan gejala penyakit. Akan tetapi hasilnya
membuat Pasteur mendapat malu karena ayamnya tetap hidup dan sehat. Pasteur kemudian
mengevaluasi langkah-langkah yang menyebabkan demonstrasi tersebut gagal. Dia menemukan
bahwa secara kebetulan dia menggunakan biakan tua seperti yang telah dilakukan sebelumnya,
dan satu kelompok adalah ayam yang tidak pernah di inokulasi. Selanjutnya kedua kelompok
ayam tersebut diinjeksi dengan biakan segar. Hasilnya, kelompok ayam yang kedua mati sedang
kelompok ayam yang pertama tetap sehat. Pertama hal ini membuatnya bingung, tetapi Pasteur
segera menemukan jawabannya. Pasteur menemukan bahwa, bakteri jika dibiarkan tumbuh
menjadi biakan tua menjadi avirulen yaitu kehilangan virulensinya atau kemampuan untuk
menyebabkan penyakit. Tetapi bakteri avirulen ini masih dapat menstimulasikan sesuatu dalam
tubuh host dan pada infeksi berikutnya manjadi imun atau tahan terhadap penyakit. Pasteur
selanjutnya menerapkan prinsip imunisasi untuk mencegah anthrax. Pasteur menyebut bakteri
yang telah avirulen tersebut engan vaccin dari bahasa latin vaccayang artinya sapi dan imunisasi
dengan biakan tersebut dikenal dengan vaksinasi.

Dengan vaksinasi tersebut Pasteur mengenali atau mengetahui hasil kerja sebelumnya
yang dilakukan oleh Edward Jenner (1749 – 1823) yang telah sukses memfaksinasikan para
pekerjanya di peternakan yang telah terkena copox dari ternak sapinya tetapi tidak pernah
berkembang menjadi serius. Jenner menduga bahwa karena terbiasa menghadapi cowpox akan
mencegahnya dari serangan smallpox. Untuk membuktikan hipotesisnya ini Jener
menginokulasi James Phipps pertama dengan materi yang menyebabkan cowpox yang diambil
dari luka, kemudian dengan agen smallpox. Anak laki-laki tersebut tidak menunjukkan gejala
smallpox. Nama Pasteur selanjutnya dikenal dimana-mana dan oleh banyak orang dianggap
sebagai peneliti tentang mikroorganisma yang ajaib. Untuk itu ia diminta membuat vaccin
pencegah hidrofobia atau rabies, penyakit yang ditularkan ke manusia melalui gigitan anjing,
kucing, atau binatang yang terinfeksi lainnya. Pasteur adalah seorang ahli kimia, bukan dokter
dan Pasteur tidak biasa memperlakukan manusia. Disamping kenyataan bahwa penyebab
penyakit rabies adalah belum diketahui, tetapi Pasteur mempunyai keyakinan yang kuat bahwa
itu adalah mikroorganisma. Ia dapat membuat kelinci terkena penyakit setelah diinokulasi
dengan saliva anjing. Selanjutnya Pasteur dan asistennya mengambil otak dan tulang belakang
kelinci tersebut dan mengeingkannya dan membuatnya menjadi larutan. Anjing yang diinokulasi
dengan campuran tersebut dapat terhindar dari rabies. Akan tetapi vaksinasi terhadap anjing
sangat berbeda dengan manusia.Pada bulan Juli 1885, seorang anak laki-laki bernama Joseph
Meister digigit oleh serigala dan keluarganya membujuk Pasteur untuk menginokulasi anak
tersebut. Kekawatiran Pasteur dan orang-orang menjadi berkurang setelah anak laki-laki tersebut
tidak mati. Selanjutnya Pasteur menjadi terkenal dan memperoleh banyak dana yang kemudian
digunakan untuk mendirikan Institute Pasteur di Paris yang sangat terkenal.

10. Chemoterapi

Chemoterapi telah dilakukan selama ratusan tahun. Misalnya; merkuri telah digunakan
untuk mengobati syilis pada tahun 1495 dan kulit kayu pohon kina (cinchona) digunakan untuk
mengobati malaria. Orang tahu bahwa tumbuhan berperan sebagai sumber bahan untuk
chemoterapi. Paul Erlich meulai chemoterapi modern dengan membuat ‘magig bullet’ senyawa
kimia yang dapat membunuh mikroba spesifik penyebab sifilis tanpa membahayakan orangnya.
Ia menyebut camouran tadai dengan ‘salvarsan’ yang terbukti sangat efektif membasmi bakteri
penyebab sifilis. Untuk penemuan tersebut Ia mendapat Nobel tahun 1908. Alexander
Fleming (1881 – 1955) menemukan penicilin, senyawa kimia yang dihasilkan mikroorganisma
jamur Peniceliium notatum. Fleming menduga bahwa jamur tersebut menghasilkan sesuatu yang
menghambat pertumbuhan bakteri. Tulisannya mengenai hal tersebut tidak mendapat perhatian
sampai 10 tahun kemudian saat peneliti dari Universitas Oxford mencoba menemukan senyawa
antibakteri yang berasal dari mikroorganisma. Sebagian dari riset ini untuk mengobati korban
perang dunia kedua dan penyakit ternak. Peneliti yang dipimpin oleh Howard
W.Florey dan Ernst Chain melakukan pengobatan dengan penicilin yang hasilnya sangat
memuaskan. Penicilin selanjutnya dianggap sebagai ‘miracle drug’. Dan bertiga, Florey, Chain
dan Fleming mendapat Nobeluntuk penemuan tersebut.
 Dari sini terlihat bahwa timbulnya pertentangan-pertentangan dari para ilmuwan yang
mengemukakan teori asal-usul kehidupan ialah salah satunya adanya faktor pertentangan ahli-
ahli ilmuwan dari paham gereja yang lebih berlandaskan atas unsur materialisme semata, dan
adanya pemisahan ilmu pengetahuan dengan urusan agama yang terutama berhubungan dengan
Tuhan sebagai sang Khalik yang menciptakan alam semesta. Sehingga teori-teori yang
mengungkap tentang rahasia

2.3. Situasi Terkini , Harapan Dan Tantangan Mikrobiologi

a. Situasi Terkini Dari Terapan Ilmu Mikrobiologi

 Penemuan Insulin
Penemuan insulin juga merupkan bukti bahwa perkembangan mikrobiologi memberi
sumbangan besar dalam bidang kesehatan. Pada 1920, Dr Frederick Banting bereksperimen
untuk membuat ekstrak pankreas yang diharapkan akan memiliki kualitas anti-diabetes. Pada
tahun 1921, di Universitas Toronto, Kanada, bersama dengan mahasiswa kedokteran bernama
Charles Best, mereka berhasil membuat ekstrak pankreas. Metode yang mereka gunakan adalah
dengan mengikatkan tali di saluran pancrease. Ketika diperiksa beberapa minggu kemudian, sel-
sel pencernaan pankreas telah mati dan diserap oleh sistem kekebalan tubuh. Proses ini
meninggalkan ribuan kelenjar Pulau Langerhans. Mereka lantas mengisolasi ekstrak Pulau
Langerhans ini untuk memproduksi ‘isletin’. Isletin di kemudian hari lantas dikenal sebagai
insulin.
Banting dan Best menguji insulin ini pada anjing yang menderita diabetes. Hasilnya,
anjing tersebut tetap hidup meski pankreasnya telah diambil. Ekstrak insulin ternyata mampu
mengatur kadar gula darah anjing. Pada titik ini, Profesor J. MacLeod, seorang sejawat Banting
mengatakan ia ingin melihat kembali eksperimen ini secara keseluruhan. Setelah melihat
hasilnya, MacLeod memutuskan mengerahkan seluruh tim penelitinya untuk bekerja pada
produksi dan pemurnian insulin.JB Collip bergabung dengan tim tersebut, yang kemudian terdiri
dari Banting, Best, Collip dan MecLeod. Mereka berhasil memproduksi insulin yang cukup,
dalam kualitas yang cukup murni, untuk mengujinya pada pasien.
Pada tahun 1922 insulin diuji pada Leonard Thompson, seorang pasien diabetes berusia
14 tahun yang terbaring sekarat di Rumah Sakit Umum Toronto. Pada awalnya ia menderita
reaksi alergi parah sehingga suntikan lebih lanjut dibatalkan. Para ilmuwan kemudian bekerja
keras untuk meningkatkan kualitas ekstrak insulin. Suntikan kedua akhirnya diberikan pada
Thompson dan hasilnya spektakuler. Para ilmuwan lantas pergi menyuntikkan cairan yang sama
pada pasien diabetes lain yang sudah koma. Mereka pergi dari ranjang ke ranjang untuk
memberikan insulin. Setelah disuntik, para pasien mulai terbangun dari koma mereka. Sebuah
momen yang menggembirakan bagi anggota keluarga dan staf rumah sakit. Karena suatu hal
Collip akhirnya meninggalkan proyek tersebut. Sementara itu Best berusaha untuk meningkatkan
produksi insulin sehingga cukup untuk memenuhi kebutuhan rumah sakit.
Sebuah perusahaan bernama Eli Lilly akhirnya mendengar tentang penemuan insulin ini
dan menawarkan bantuan. Tak lama kemudian Eli Lilly berhasil memproduksi insulin murni
dalam jumlah besar.
Praktis penggunaan teknologi DNA rekombinan dalam sintesis insulin manusia
membutuhkan jutaan salinan plasmid bakteri yang telah digabungkan dengan gen insulin dalam
rangka untuk menghasilkan insulin. Gen insulin diekspresikan bersama dengan sel mereplikasi
galaktosidase-B di dalam sel yang sedang menjalani mitosis.

Sumber: http://www.littletree.com.au/dna.htm
Protein yang terbentuk, sebagian terdiri dari B-galaktosidase, bergabung ke salah satu
rantai insulin A atau B. Rantai insulin A dan rantai B kemudian diekstraksi dari fragmen B-
galaktosidase dan dimurnikan.
 Sumber: http://www.littletree.com.au/dna.htm
Kedua rantai dicampur dan dihubungkan kembali dalam reaksi yang membentuk
jembatan silang disulfida, menghasilkan Humulin murni (insulin manusia sintetis).

Sumber: http://www.littletree.com.au/dna.html
 Penemuan Vaksin berbentuk bubuk
Pengembangan vaksin untuk melindungi manusia dari penyakit virus adalah salah satu
keunggulan dari pengobatan modern. Vaksin pertama diproduksi oleh Edward Jenner pada tahun
1796 untuk memberikan perlindungan terhadap penyakit cacar. Jenner menyadari bahwa
pemerah susu yang telah tertular cacar sapi, sebuah infeksi yang relatif tidak berbahaya, menjadi
tahan terhadap penyakit cacar, sebuah penyakit manusia yang sering menjadi epidemi dengan
angka kematian yang sangat tinggi.
 Vaksin flu dalam bentuk bubuk bisa menyelamatkan jutaan nyawa, kalau terjadi epidemi
flu. Jean Pierre Amorij, seorang peneliti muda di Universitas Groningen berhasil
mengembangkan vaksin bubuk tersebut. Belanda telah memberlakukan lagi kewajiban
mengandangkan ungkas.
Di Jerman dan Polandia juga muncul virus flu burung H5N1. Flu burung versi ini
memang bisa membuat orang sakit, tapi tidak akan terjadi penularan dari manusia ke manusia.
Sejak beberapa tahun diketahui bahwa Flu Spanyol, yang abad lalu menelan nyawa puluhan juta
orang, cikal bakalnya adalah virus flu burung. Ketika virus itu berubah menjadi semacam flu
baru yang bisa menular antar manusia, bencana pun menjadi kenyataan.
Para ilmuwan sependapat bahwa pandemi seperti itu lambat laun akan datang kembali.
Ini adalah fenomena alamiyah. Jadi, masalahnya bukan masalah ya atau tidak, tapi masalah
kapan datangnya. Karena pesatnya peningkatan jumlah penduduk dunia dan meningkatnya
jumlah perjalanan internasional, para pakar virus memperhitungkan, korbannya bisa mencapai 81
juta orang. Sembilan puluh persen korban dari negara ketiga.
Vaksin flu dalam bentuk bubuk ini mungkin satu-satunya cara untuk mencegah bencana
dunia sebesar itu. Drs Amorij, penemu vaksin baru itu, menjelaskan kenapa penting bahwa virus
itu justru berbentuk bubuk.
Vaksin flu berbentuk bubuk yang tidak gampang rusak ini juga jauh lebih murah dan
lebih mudah untuk disimpan dan didistribusi. Malah bisa menumpuk cadangan sebagai persiapan
menghadapi bencana. Karena satu-satunya cara untuk menghambat proses pandemi adalah
sebanyak mungkin menyuntik orang. Oleh karena itu cadangan vaksin yang banyak adalah
sangat penting.

Gambar .Vaksin Bentuk Bubuk

 Masih banyak lagi kelebihan vaksin berbentuk bubuk ini. Karena bubuknya sangat halus,
maka cocok sekali untuk dihirup sehingga vaksin mudah masuk ke bawah paru-paru. Dan bubuk
halus gampang dibuat vaksin hirupan yang bisa dibuang setelah dipakai, yang mengandung
sedikit vaksin kering. Jadi masa depan vaknsi ini cemerlang.
Efektifitas vaksin flu baru ini sudah terbukti dalam ujicoba yang disebut “Model tikus”.
Tikus dan manusia memang tidak sama, tapi cara paru-paru bekerja hampir sama. Cara
menghirup bubuk halus, itu juga sama. Oleh karena itu, ujicoba dengan manusia – yang sekarang
sudah dimulai- dipastikan akan berhasil.
Kalau pandemi virus terjadi, cara kerjanya pertama-tama sama dengan vaksin flu lain.
Vaksin ‘dipanen’ dan produksi vaksin pun dimulai. Saat ini caranya persis seperti injeksi flu
tahunan. Tapi vaksin bubuk ini akan membawa perubahan besar. Apa yang selama ini dianggap
sebagai vaksin ‘biasa’ akan berubah menjadi senjata ampuh melawan flu. Jean Pierre Amorij
berani mengatakan, bahwa vaksin bubuk ini dalam waktu sepuluh tahun akan siap untuk
didistribusi. Sidang desertasi Amorij digelar Januari mendatang. Setelah itu dia berhak
menyandang gelar Doktor.Sumber: Radio Nederland Wereldomroep (RNW).
Setiap jenis virus tumbuh terbaik di media tertentu, namun semua media umumnya
mengandung protein yang berasal dari mamalia, misalnya protein murni dari darah sapi. Media
juga mengandung protein lain dan senyawa organik yang mendorong reproduksi sel virus.
Penyediaan media yang benar, pada suhu yang tepat, dan dengan jumlah waktu yang telah
ditetapkan, virus akan bertambah banyak.
Selain suhu, faktor-faktor lain harus dipantau adalah pH. pH adalah ukuran keasaman
atau kebasaan, diukur pada skala dari 0 sampai 14. dan virus harus disimpan pada pH yang tepat
dalam pabrik sel. Air tawar yang tidak asam atau basa (netral) memiliki pH 7. Meskipun wadah
di mana sel-sel tumbuh tidak terlalu besar (mungkin ukuran pot 4-8 liter), terdapat sejumlah
katup, tabung, dan sensor yang terhubung dengannya. Sensor memantau pH dan suhu, dan ada
berbagai koneksi untuk menambahkan media atau bahan kimia seperti oksigen untuk
mempertahankan pH, tempat untuk mengambil sampel untuk analisis mikroskopik, dan
pengaturan steril untuk menambahkan komponen ke pabrik sel dan mengambil produk setengah
jadi ketika siap.
Virus dari pabrik sel ini kemudian dipisahkan dari media, dan ditempatkan dalam media
kedua untuk penumbuhan tambahan. Metode awal yang dipakai 40 atau 50 tahun yang lalu yaitu
menggunakan botol untuk menyimpan campuran, dan pertumbuhan yang dihasilkan berupa satu
lapis virus di permukaan media. Peneliti kemudian menemukan bahwa jika botol itu berubah
posisi saat virus tumbuh, virus bisa tetap dihasilkan karena lapisan virus tumbuh pada semua
permukaan dalam botol.

Gambar . Teknologi Pembuatan Vaksin

Sebuah penemuan penting dalam tahun 1940-an adalah bahwa pertumbuhan sel sangat
dirangsang oleh penambahan enzim pada medium, yang paling umum digunakan yaitu tripsin.
Enzim adalah protein yang juga berfungsi sebagai katalis dalam memberi makan dan
pertumbuhan sel.
Dalam praktek saat ini, botol tidak digunakan sama sekali. Virus yang sedang tumbuh
disimpan dalam wadah yang lebih besar namun mirip dengan pabrik sel, dan dicampur dengan
“manik-manik,” partikel mikroskopis dimana virus dapat menempelkan diri. Penggunaan
“manik-manik” memberi virus daerah yang lebih besar untuk menempelkan diri, dan akibatnya,
pertumbuhan virus menjadi yang jauh lebih besar. Seperti dalam pabrik sel, suhu dan pH
dikontrol secara ketat. Waktu yang dihabiskan virus untuk tumbuh bervariasi sesuai dengan jenis
virus yang diproduksi, dan hal itu sebuah rahasia yang dijaga ketat oleh pabrik.
 Gambar. Pemisahan Virus
Ketika sudah tercapai jumlah virus yang cukup banyak, virus dipisahkan dari manik-
manik dalam satu atau beberapa cara. Kaldu ini kemudian dialirkan melalui sebuah filter dengan
bukaan yang cukup besar yang memungkinkan virus untuk melewatinya, namun cukup kecil
untuk mencegah manik-manik dapat lewat. Campuran ini sentrifugasi beberapa kali untuk
memisahkan virus dari manik-manik dalam wadah sehingga virus kemudian dapat dipisahkan.
Alternatif lain yaitu dengan mengaliri campuran manik-manik dengan media lain sehingga
mencuci manik-manik dari virus.
Vaksin bisa dibuat baik dari virus yang dilemahkan atau virus yang dimatikan. Pemilihan
satu dari yang lain tergantung pada sejumlah faktor termasuk kemanjuran vaksin yang dihasilkan
dan efek sekunder. Virus yang dibuat hamper setiap tahun sebagai respon terhadap varian baru
virus penyebab, biasanya berupa virus yang dilemahkan. Virulensi virus bisa menentukan
pilihan; vaksin rabies, misalnya, selalu vaksin dari virus yang dimatikan.
Jika vaksin dari virus dilemahkan, virus biasanya dilemahkan sebelum dimulai proses
produksi. Strain yang dipilih secara hati-hati dibudidayakan (ditumbuhkan) berulang kali di
berbagai media. Ada jenis virus yang benar-benar menjadi kuat saat mereka tumbuh. Strain ini
jelas tidak dapat digunakan untuk vaksin ‘attenuated’. Strain lainnya menjadi terlalu lemah
karena dibudidayakan berulang-ulang, dan ini juga tidak dapat diterima untuk penggunaan
vaksin. Seperti bubur, kursi, dan tempat tidur yang disukai Goldilocks, hanya beberapa virus
yang “tepat” mencapai tingkat atenuasi yang membuat mereka dapat diterima untuk penggunaan
vaksin, dan tidak mengalami perubahan dalam kekuatannya. Teknologi molekuler terbaru telah
memungkinkan atenuasi virus hidup dengan memanipulasi molekul, tetapi metode ini masih
langka.

Gambar . Pemilih Strain Virus

Virus ini kemudian dipisahkan dari media tempat dimana virus itu tumbuh. Vaksin yang
berasal dari beberapa jenis virus (seperti kebanyakan vaksin) dikombinasikan sebelum
pengemasan. Jumlah aktual dari vaksin yang diberikan kepada pasien akan relatif kecil
dibandingkan dengan jumlah medium yang dengan apa vaksin tersebut diberikan. Keputusan
mengenai apakah akan menggunakan air, alkohol, atau solusi lain untuk injeksi vaksin, misalnya,
dibuat setelah tes berulang-ulang demi keselamatan, steritilitas, dan stabilitas.

Gambar .Pengontrolan Kualitas dengan Gaun Tyvek untuk melindungi pekerja yang
membuat dan mengemas vaksin
Untuk melindungi kemurnian vaksin dan keselamatan pekerja yang membuat dan
mengemas vaksin, kondisi kebersihan laboratorium diamati pada seluruh prosedur. Semua
transfer virus dan media dilakukan dalam kondisi steril, dan semua instrumen yang digunakan
disterilisasi dalam autoklaf (mesin yang membunuh organisme dengan suhu tinggi, dan yang
berukuran sekecil kotak perhiasan atau sebesar lift) sebelum dan sesudah digunakan. Pekerja
yang melakukan prosedur memakai pakaian pelindung yang meliputi gaun Tyvek sekali pakai,
sarung tangan, sepatu bot, jaring rambut, dan masker wajah. Ruangan pabrik sendiri memakai
AC yang khusus sehingga jumlah partikel di udara minimal.
b. Harapan ke Depannya

Jenis mikrobia di alam sangat beranekaragam. Mikrobia dalam bentuk bakteria dan arhkaea
teridir 4760 spsesies), algae 40.000 spesies, fungi 72 000 spesies dan virus 5.000 spesies.
Menurutnya semua jenis mikrobia ini berperan besar dalam mempertahankan semua proses
kehidupan di bumi yakni menjaga tetap berlangsungnya aliran energi dan siklus materi. Menurut
peneliti mikrobiologi UGM, Prof. Dr. Langkah Sembiring, B.Sc., M.Sc., mikrobia kini tengah
dipelajari para ilmuwan dunia untuk mengetahui potensinya agar dapat dikendalikan sehingga
tidak merugikan. “Kemampuannya menghasilkan produk dan jasa dapat dimanfaatkan bagi
kesejahteraan manusia,” kata Sembiring dalam pidato pengukuhan dirinya sebagai Guru Besar
pada Fakultas Biologi UGM, Kamis (27/6)

Hingga sampai saat ini, kajian potensi aplikasi mikrobia yang mencakup berbagai bidang
yakni bidang kesehatan, pertanian, lingkungan industri, pangan dan bioteknologi. Alhasil, studi
ilmiah keanekaragaman mikrobia pun menjadi bagian tidak terpisahkan dari studi
keanekaragaman makhluk hidup yang telah mengalami perkembangan dari jaman ke
jaman.Sembiring mengatakan peran mikrobia dalam mikrobiologi digunakan untuk deteksi dan
identifikasi agensia penyakit dan hingga sampai saat ini berkembang menjadi upaya
pemberantasan dan pencegahan penyakit melalui penemuan bahan kimia antimikrobia maupun
antibiotik. “Semuanya dihasilkan dari produk mikrobia,” kata pria kelahiran Karo, Sumatera
Utara, 54 tahun silam ini.

Peranan mikrobia dalam lingkungan pertanian pun berkembang, khususnya terkait dengan
kesuburan tanah dengan ditemukannya kemampuan mikrobia dalam melakukan perubahan
biokimiawi bahan anorganik maupun bahan organik serta kemampuan mikrobia menghambat
nitrogen udara, baik secara simbiotik mapun non simbiotik. Dalam pengembangan bioteknologi
modern yang berintikasi rekayasa genetika, mikrobia dimanfaatkan dalam berbagai bidang
terutama keunggulan mikrobia dalam tumbuh cepat dan beradaptasi dengan berbagai lingkungan.
“karena itu prospek pemanfaatan sumberdaya keanekaragaman mikrobia akan selalu
berkembang,’ katanya.(Humas UGM/Gusti Grehenson)

c. Tantangan mikrobiologi

Sadar atau tidak, banyak terdapat makhluk hidup berukuran renik yang memiliki peran
penting dalam kehidupan sehari-hari. Jasad renik ini sering disebut sebagai mikroorganisme.
Peran mikroorganisme baik yang menguntungkan maupun yang merugikan secara nyata
menjadi bukti terjadinya interaksi antara mikroba dengan makhluk hidup lainnya. Kebanyakan
orang tidak menyadari hal itu karena ukuran mikroorganisme yang sangat kecil sehingga tidak
dapat dilihat dengan mata telanjang. Mikroorganisme hanya dapat dilihat dengan menggunakan
alat yang disebut mikroskop. Alat ini memungkinkan untuk mengamati bentuk dan struktur sel-
sel mikroorganisme dengan lebih jelas.

Beberapa kerugian yang disebabkan oleh aktivitas mikroorganisme pada umumnya dapat
mengakibatkan perubahan susunan makanan atau kerusakan pada makanan yang dapat
menurunkan nilai mutu dari suatu bahan pangan ataupun makanan itu sendiri. Selain itu, dapat
pula berupa penyakit-penyakit baik yang menular maupun yang tidak menular, serta dapat pula
berupa keracunan makanan akibat dari kontaminasi mikroorganisme pada bahan pangan.

Jasad renik yang merugikan merupakan agen penyebab penyakit yang timbul pada
tanaman. Selain itu, beberapa mikroorganisme diatas juga mampu menyebabkan kerusakan
mikrobiologik pada benda-benda tekstil maupun benda-benda logam. Jenis mikroorganisme yang
dapat dianggap sebagai golongan yang paling besar dan paling penting adalah cendawan.
Beberapa jenis cendawan penyebab penyakit diantaranya adalah Plasmodiophora
brassicaepenyebab kematian pada akar-akar kubis, Phyptophthora infestans, Aphanomuces
laevis, Synchytrium endobioticum, dan lain sebagainya.

2.4. Klasifikasi Dan Penamaan

Satu tuiuan setiap bidang ilmiah ialah organisasi dan interpretasi informasi faktual yang
ditemukan dalam bidang tersebut. Demikian pula halnya dengan mikrobiologi. Bagaimanakah
mengelompokkan banyak macam mikroorganisme itu ke dalam suatu pola, atau sistem teratur,
yang mengenali persamaan-persamaan di dalam suatu kelompok dan perbedaan-perbedaan di
antara kelompok-kelompok tersebut? Penelaahan mengenai organisme untuk mernantapkan
suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan sebaik-baiknya semua kesamaannya dan
kelainannya itu dinamakan taksonomi Sekali suatu organisme dimasukkan ke dalam suatu
kelompok taksonomik, maka menjadi mudah untuk memberikan nama kepadanya. Penamaan
mikroorganisme (nomenklatur) rnenyajikan label atau pegangan untuk acuan dan komunikasi
yang tidak menyulitkan. Untuk mengembangkan skema klasifikasi kita harus mengerti
sepenuhnya sifat-sifat atau ciri-ciri subjeknya dalam hal ini mikroorganismenya Yang akan kita
klasifikasikan. Dalam bab sebelumnya telah dibahas ciri-ciri utama mikoorganisme. Dalam bab
ini akan diperkenalkan klasifikasinya. Sebagai contoh akan dikemukakan skema klasifikasi
untuk bakteri; ingat lah bahwa sistem klasifikasi untuk semua mikroorganisme agak serupa.
Klasifikasi mikroorganisme

Klasifikasi ialah suatu istilah yang berkaitan dengan dan terka- dang digunakan secara
dapat dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi ialah ilmu mengenai klasifikasi atau
penataan sistematik organisme ke dalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal:
takson). Akan tetapi, penyusunan taksonomik mikroorganisme mensyaratkan mereka
diidentifikasi sebagaimana mestinya dan diberi nama. Kegiatan seluruhnya-pengklasifikasian,
penamaan, dan pengidentifikasian- disebut sistematika mikrobe. Ketiga proses ini sebagaimana
dijelaskan berikut ini amat saling bergantungan.

1. Taksonomi (klasifikasi): Penataan teratur unit-unit ke dalam kelompok satuan yang lebih
besar. Hal ini dapat diibaratkan dengan permainan kartu. Kartu-kartu dapat dipilih mula-mula
berdasarkan rupanya; kemudian di dalam setiap rupa, kartu- kartu itu dapat disusun menurut
nomor urutnya, dengan kartu yang bergambar muka (raja, ratu dan pangeran) ditempatkan
berurutan.

2 Nomenklatur: Penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan di batasi oleh klasifikasi. Dapat
digunakan analogi yang sama. Kartu-kartu ynag bergambar muka diberi nama dan mungkin
bahkan lebih dari satu nama. Misalnya, "jack" atau "knave" menunjukkan kartu yang sama.
Untunglah, nomenklatur ilmiah dalam semua bahasa itusama.
3 Identifikasi: Penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk kla- sifikasi dan nomenklatur tersebut
di atas untuk mengidentifikasi mikroorganisme dengan membanding-bandingkan "ciri- ciri yang
ada pada satuan yang belum diketahui dengan satuan- satuan yang sudah dikenale Identifikasi
mikroorganisme yang baru diisolasi memerlukan pencirian, deskripsi, dan pembandingan yang
cukup, dengan deskripsi yang telah dipublikasikan untuk jasad-jasad renik lain yang serupa.

Sebagaimana telah dikemukakan sebelumnya, maksud sistem klasifikasi ialah

mengelompokkan organisme sedemikian hingga mencerminkan semua kesatuaan maupun
kelainannya. Dari klasifikasi maka ditentukanlah kriteria yang perlu untuk identifikasi
mikroorganisme. Klasifikasi juga memberikan suatu cara, untuk menentukan kekerabatan
evolusioner di antara kelompok-kelompok jasad renik dan untuk memilih mikroorganisme yang
rnungkin memiliki ciri-ciri atau kemampuan yang menarik perhatian secara khusus, misalnya
menghasilkan antibiotik.

Konsep mengenai spesies

Satuan atau kelompok dasar dalam semua sistem klasifikasi organisme, termasuk
mikroorganisme, ialah spesies. Istilah ini sering dipakai tetapi terlampau sering dengan perasaan
autoritas ring dipakai yang tak dapat dibenarkan. Yang benar ialah bahwa konsepsi spesies itu
agak dibuat-buat dan tidak didefinisikan secara tepat, tambahan pula, hal itu biasanya bersifat
subjektif (didasarkan pada pertimbangan individu) dalam bidang mikrobiologi. Pada umumnya,
spesies didefinisikan sebagai suatu kelompok individu yang berkerabat dekat yang(1) dapat
dibedakan dari individu-individu lain yang serupa dan (2) semuanya dapat saling
dipertangkarkan (“interbreeding”) dengan anggota-anggota lain dalam kelompok tersebut.
Patokan untuk saling penangkaran itu dapat dengan mudah dan secara rutin diterapkan pada
mikroorganisme, terytama bakteri. Jadi bagian terakhir definisi yang disebut di atas itu tidak
sesuai, dan kita harus kembali pada penaksiran yang terdidik utau didasarkan pengalaman oleh
seorang peneliti tentang seberapa banyak persamaan sekelompok mikroorganisme seharusnya
agar dapat disebut spesies, Maka hal ini merupakan keputusan subjektif yang diambil oleh
mikrobiologiwan. Dengan demikian, lengkap pencirian suatu mikroorganisme, semakin baikpula
pertimbangan mengenai apa yang menjadikan suatu spesies.
Kategori tasonomi (taksa)

System klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penataaan kelompok
atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dan dunia di ujung lainnya dalam
urutan sebagai berikut:

Spesies: Sekelompok organisme berkerabat dekat (untuk tujuan kita iasad renik) yang individu-
individunya di dalam kelompok itu serupa dalam sebaSan terbesar ciri-cirinya.

Genus: Sekelompok spesies yang serupa.

Famili: Sekelompok genus yang serupa

Ordo: Sekelompok famili yang serupa.

Kelas : Sekelompok ordo yang serupa.

Filum atau divisi : Sekelompok kelas yang berkerabat.

Dunia : Seluruh organisme di dalam hierarki ini.

Penataan spesies ke dalam sistem klasifikasi misalnya, spesies →genus → famili →ordo
→kelas →filum atau divisi mungkin tampaknya relatif mudah dan tidak meragukan. Tidaklah
demikian, Seberapa jauhkah keserupaan spesies itu seharusnya jika akan dimasukkan ke dalam
genus yang sama? Apa batas-batas bagi setiap genus khusus, atau famili, atau ordo? Pertanyaan-
pertanyaan ini tidak dapat dijawab secara mutlak. Tambahan pula, taksa yang berlainan tidak
selamanya sama bergunanya. Misalnya, dewan penyunting Bergey's Manual edisi ke '8
berkesimpulan bahwa "bagi sebagian besar kelompok bakteri, genus dan spesies merupakan
satu-satunya kategori yang kini dapat dikenali (diterima) dan didefinisikan dengan ketepatan
yang memadai". Cara bertumpang tindihnya sifat-sifat bakteri di antara spesies menghalangi
penentuan batas-batas tajam bagi demarkasi di antara kelompok-kelompok taksonomik. Kategori
spesies merupakan kelompok terpenting dalam skema klasifikasi ini. Hal itu memberikan
landasan bagi seluruh struktur hierarki tersebut.
Penamaan mikroorganisme nomenklatur sistem biner

Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut

nomenklatur sistem biner (Tabel 3—1), Tujuan utama suatu nama ialah memberi cara pengacuan
suatu mikroorganisme, dan bukanlah untuk memeriksanya. Setiap organisme ditandakan dengan
nama genus dan istilah biasa atau deskriptif yang disebut epitet spesies, keduanya itu bahasa
Latin atau dilatinkan. Nama genus selalu ditulis dengan huruf besar; epitet spesies selalu dengan
huruf kecil. Kedua komponen tersebut bersama-sama disebut nama ilmiah (genus dan epitet
spesies) dan selalu dicetak miring-misalnya Neisseria gonorrhoeae, bakteri yang menyebabkan
penyakit gonorea.

Tabel 3-1. Contoh untuk nama-nama taksonomi sebagaimana di- terapkan bagi spesies dalam
dunia hewan, tumbuhan, dan mikrobe

CONTOHTAKSA

TAKSA Singa* Dandelion* Ameba* Basil turbekel*

Dunia Animalia Plantae Protista Procaryotae
Filum (divisi) Chordata Tracheophyta Sarcodina Bacteria
Kelas Mammalia Angiospermae Rhizopoda
Ordo Carnivore Campanulales Amoebida Actinomycetales
Family Felidae Compositae Amoebidae Mycobacteriaceae
Genus Felis Taraxacum Amoeba Mycobacterium
Spesies F. leo T. officinale A. proteus M. tuberculosis
*Nama biasa/umum.

Kode (sandi) nomenklatur

Agar memperoleh penamaan yang konsisten dn seragam bagi organisme, telah ditentukan
peraturan yang diterirna secara internasional untuk penamaan organisrne dan diikuti oleh para
biologiwan di semua negara. Peraturan seperti itu untuk tumbuhan dan hewan ditetapkan pada
awal tahun 1900 oleh para ahii botani dan zoologi. Sandi internasional untuk Nomenklatur
Zoologi untuk pertarna kali diterbitkan dalam tahun 1901; Sandi Internasional bagi Nomenklatur
Botani untuk pertama kali terbit Pada tahun 1906. Dalam tahun 1947 Gabungan Internasional
Perhimpunan Mikrobiologi memakai sandi Internasional untuk Bakteri dan Virus. Sandi itu, kini
dikenal dengan Kode Internasional Nomenklatur Bakteri, secara sinambung diubahsuai
(dimodifikasi) dalam suatu usaha untuk memperbaiki dan menjelaskan peraturan dan
pengaturannya. Edisi yang paling mutakhir diterbitkan dalam tahun 1975.

Prinsip nomenklatur

Sandi-sandi dalam zoologi, botani, dan bakteriologi didasarkan pada beberapa prinsip
yang umum, Beberapa di antaranya yang paling penting ialah:

1. Setiap macam organisme yang nyata disebut sebagai spesies.

2. Spesies ditandai dengan kombinasi biner Latin, maksudnya untuk memberinya label yang
seragam dan dipahami secara internasional.
3. Nomenklatur organisme diatur oleh organisasi pengawas internasional yang sesuai -
dalam hal bakteri, "the International Association of Microbiological Societies".
4. Hukum prioritas menjamin penggunaan nama sah tertua yang tersedia bagi suatu
organisme. Hal ini berarti bahwa nama yang pertama-tama diberikan kepada
mikroorganisme itulah nama yang benar, asalkan mengikuti prosedur yang semestinya.
5. Penunjukan kategori diperlukan untuk klasifikasi organisme.
6. Kriteria ditetapkan untuk pembentukan dan publikasi nama- nama yang baru.

Nama ilmiah dan nama umum

Nama ilmiah bagi organisme dibentuk sesuai dengan peraturan nomenklatur sistem biner
sebagaimana telah dikemukakan sebelumnya. Organisme yang-telah kita kenal dan acapkali kita
sebut-sebut biasanya mempunyai nama umum. Beberapa contoh organisme yang kerapkali
disebut-sebut dengan nama umumnya itu terdaftar di bawah ini, bersama-sama dengan nama
ilmiahnya. (Dalam banyak hal narna umum digunakan sebelum diberikan nama ilmiahnya).

NAMA UMUM NAMA ILMIAH

Anjing Canis familiaris
Lalat rumah Musca domestica
Oak putih Quercus alba
Kapang roti Neurospora crassa
Gonokokus Neisseria gonorrhoeae
Basil tuberkulosa Mycobacterium tuberculosis
Keuntungan menggunakan nama-nama umum ialah kemudahannya dan komunikasi yang
lebih efektif antara dokter dan pasiennya. Sebagai contoh, pada percakapan di laboratorium atau
dengan orang awam maka lebih mudah untuk menyebut agen penyebab penyakit T BC sebagai
"basil tuberkulosa" dan bukannya Mycobacterium tuberculosis. Nama umum terkadang
diturunkan dari nama genus, misalnya pseudomonad dari Pseudomonas.

Perkembangan mutakhir dalam taksonomi microbe

Taksonomi mikrobe bukanlah subjek yang statis. Skema klasifikasi terus-menerus

berubah secara perlahan karena diperoleh lebih banyak informasi dan karena dikembangkan
berbagai metode untuk menafsirkan data. Dua perkembangan yang relatif baru telah muncul
untuk digunakan dalam taksonomi mikrobe yang dalam berbagai cara akan membuat keputusan-
keputusan yang lebih objektif. Salah satu di antaranya ialah taksonomi numeris, dan yang
lainnya ialah taksonomi genetik.

Taksonomi numeris

Taksonomi numeris, yang juga dinamakan taksonomi komputer, didasarkan pada asas-
asas yang dipublikasikan bertahun-tahun yang lalu dan barulah belakangan ini diterapkan bagi
taksonomi mikrobe. Taksonomi numeris mensyaratkan tersedianya sejumlah besar informasi
mengenai mikroorganisme yang bersangkutan-sebanyak mungkin informasi mengenai ciri-ciri
yang tidak berkaitan yang mungkin diperoleh. setiap ciri diberi bobot Yang sama dalam
membentuk taksa, Kesamaan menyeluruh didasarkan pada proporsi ciri-ciri yang dipunyai
bersama, Dalam praktek mikrobiologiwan menghimpun data untuk setiap biakan. Dengan
menggunakan komputer maka data setiap biakan itu dibandingkan dengan data setiap biakan
yang lain, (Diperlukan bantuan suatu komputer berkecepatan tinggi karena kalau tidak maka
ribuan perbandingan ciri-ciri yang beragam itu akan memakan waktwyang terlampau lama).
Hasil akhirnya ialah bahwa ahli mikrobiologi itu dapat menghitung dengan angka, derajat
kesamaan setiap biakan terhadap setiap biakan yang lain. berdasarkan derajat kesamaan yang
disetujui. Taksonomi numeris memberi dua keuntungan. Pertama, dapat dibuat objektif:
prasangka (bias) taksonomiwan tidak terbawa di dalam prosedur, sehingga hasilnya (jika
prosedurnya diterapkan denganbenar) tidak terbuka untuk dipertentangkan. Keuntungan besar
yang lainnya taksonomi numeris itu ialah bahwa hasil penemuannya dapat diulang- ulang:
taksonomiwan yang lain yang mengikuti prosedur yang sama dengan data yang sama akan
memperoleh hasil yang sama pula.

Taksonomi genetik

Sebagaimana akan diketahui dari Bab 16 dan 17, kini sudah ba- nyak diketahui mengenai
bahan genetik bakteri, yaitu DNA. Dengan prosedur laboratorium yang telah tersedia, orang
dapat menentukan komposisi basa (kandungan guanin plus sitosin, atau GS) DNA suatu
mikroorganisme tertentu dan kemudian membandingkannya dengan komposisi basa DNA pada
mikroorganisme lainnya. Derajat kekerabatan atau kesamaan DNA pada berbagai
mikroorganisme dapat ditentukan pula dengan percobaan hibridisasi. Dalam teknik ini utasan
tunggal DNA mikroorganisme dipertemukan dengan utasan tunggal DNA mikroorganisme yang
lain. Derajat penyatuan kembali utasan-utasan tunggal ini mencerminkan derajat kesamaannya

2.5. Metode Dalam Penelitian Mikrobiologi

Mikroskop dan mikroskopi

Mikroskop adalah instrument yang paling banyak digunakan dan paling bermanfaat di
laboratorium mikroskopi. Dengan alat ini diperoleh perbesaran sehingga memungkinkan untuk
melihat oragnoisme yang yang tak tampak bugil . mikroskop memungkinkan perbesaran dalam
kisaran luas _dari serratus kali sampai ratusan ribu kali.

Kedua kategori mikroskop yang ada ialah mikroskop cahaya (atau optis) dan mikroskop
electron. Keduanya berbeda dalam prinsip yang ,endasari perbesaran. Mikrosop cahaya yang
kesemuanya menggunakan system ensa optis, mencaup mikoskop (1) medan-terang, (2) medan-
gelap (3) fluoresensi, dan (4) kontras-fase. Mikrosko electron menggunakan berkas electron
sebagai pengganti gelombang cahay untuk memperoleh bayangan yang di perbesar.

Mikroskopi medan terang

Dalam mikroskop medan-terang, medan mikroskop, atau daerah yang diamati. diterangi
dengan benderang sehingga objek-objek yang sedang ditelaah tampak lebih gelap daripada latar
belakangnya. Pada umumnya, mikroskop macam ini menghasilkan perbesaran berguna
maksimum sekitar I .000 diameter. Dengan sedikit modifikasi. termasuk lensa mata (okular)
yang berkekuatan tinggi, perbesaran ini dapat ditingkatkan. Akan tetapi. perbesaran 1.000sampai
2.000 diameter merupakan batas perbesaran bermaniaat yang dapat diperoleh dengan peralatan
seperti itu.

Mikroskopi medan-gelap

Mikroskopi Inedan-gelap diperoleh clari macam mikroskop yang sama seperti yang digunakan
untuk mikroskopi medån-terang kecuali bahwa alat itu diperlengkapi dengan kondensor median
gelap dan suatu objektif ber-NA rendah. Macam kondensör ini mengarahkan berkas cahaya ke
dalam medan spesimen pada sudut yang sedemikian hingga hanyalah berkas-berkas yang;
mengenai objek pada medan spesimen itu dibiaskan dan memasuki objektif, sébagainnana
tampak pada Gambar 4—2. Maka objek -itu rang- benderang dan sangat nyata terhadap medan-
gelap (latar belakang yang gelap ), sebagaimana tampak pada Gambar 4—3. Mikroskop medan-
gelap terutama berguna, seperti akan dijelaskan nanti, untuk pemeriksaan mikroorganisme
hidup. Teknik ini sangat berguna bagi identifikasi bakteri yang menyebabkan sifilis.

Gambar 4—2. Penyajian skematik mikroskopi medan gelap. Dengan menahan sebagian berkas
cahaya yang masuk ke•dalam kondensor, cincin medan gelap hanya melewat- kan
berkas cahaya yang mengenai objck pada slid spesimen agar memasuki objektif.
Karena itu objeknya menjadi diterangi dalam medan mncros- kopik yang seharusnya
gelap.
Mikroskopi fluoresensi

Mikroskop fluoresensi (pendar fluor) telah menjadi prosedur yang penting dan dipakai
secara amat luas untuk laboratorium rumah sakit dan klinis. Digenakan untuk memeriksa
spesimen yang telah diwarnai dengan zat-zat pewarna Üuorokrom sehingga memungkinkan
identifikasi mikroorganisme dengan cepat, Zat-zat pewarna ini menyerap energi gelornbang
cahaya pendek tak kasatmata

seraya mernancarkan gelombang-gelombang panjang gelombang kasatnnata yang lebih

besar. Bahan seperti itu dinamakan fluoresen dan fenomena ini dinamakan fluoresensi (pendar
fluor). Agas ini digabungkan dengan teknik-teknik yang Inemungkinkan untuk mengidentifikasi
mikroorganisme secara khusus dengan pemeriksa- an mikroskopis secara langsung (lihat Gambar
4—4). Cara-cara kerja laboratorisnya dapat dilaksanakan dengan cepat. Sebagai contoh, jika
seorang pasien mempunyai Iuka dan dikhawatirkan bahwa Iuka tersebut disebabkan oleh bakteri
sifilis, maka zat alir dari Iuka tersebut dapat diperiksa secara anikroskopis dengan teknik yang
disebut antibodi-fluoresen. Bakteri sifilis itu, kalau dapat secara positif diidentifikasi dengan
prosedur ini.

Mikroskopi kontras fase

Mikroskopi kontras fase adalah suatu tipe rnikroskopi cahaya yang memungkinkan
kontras yang lebih besar antara substansi dengan berbagai kctebalan atau berbagai indeks bias.
Hal tersebul dapat dicapai dengan penggunaan kondensor dan objektif yang khusus yang
mengendalikan iluminasi objeknya dengan jalan mengaksentuasikan perbedaan-perbedaan yang
kecil dalam ketebalan atau indeks bias sirukturstruktur selular. Perbedaan-perbedaan itu
tersingkapkan dalam derajat terang atau derajat gelap yäng berlainan (kontras yang lebih nyata).

Gambar 4-4 Teknik dnn mikroskopi powarnaan fluoresensi.(A)Teknik pewarnaan antibodi

fluoresen langsung bila sel bakteri diinkubasikan dengan antibodi khususyang dikombinasikan
dengan lat pewarna fluoresen, maka konjugat zat pewarna antibodi itu akan meliputi permukaan
sel. Teknik ini dilakukan påda kaca obyek, konjugat zat pewarna-antibodi yang berlcbih akan
tercuci, lalu preparatnya djperisa dengan mikroqkop cahaya ultraviolet, Scl baktcrj Okan
berkjlau sangat terang sebagaiai akibat pendar fluor yang disebabkan oleh iluminagi ultraviolet
sel bakteri yang terbungkus zat pewarna, Setiap sel bakteri yang tidak terliput oleh zat pewarna
tidak berpendar, rnaka itu tidak tarnpak (lcnpnn tcknik iniy (B) rotomikrograf preparat Proteus
Plirabilis diwarnai dcngan fluorescn sebagaimana dijelaskan di atas

Mikroskopi elektron

Mikrosköpi elektron membcrikan pcrbesaran berguna yang jauh lebih besar daripada
yang mungkin diperolell dengan mikroskopi cahaya. Hal ini dimungkinkan oleh daya pisah yang
lebih besar yang diperoleh karcna berkas-bcrkas elektron yang digunakan untuk perbesaran
mempunyai panjang gelombang yang sangat pendek dibandingkan dengan cahaya. Berkas
elektron yang dipükai dalam mikroskopi elektron nnennpunyai panjang gelombang yang berkisar
antara 09005 sampai nil). sangat pen dek bila di- bandingkan dentvan panjang cahaya kasatrnata
yang digunakan dalam mikroskopi cahaya. Panjang gelonabang yang terarnat pendek dari sinar
elektron ini nielli ungkinkan dicapainya dayapisah beberapa ratus kali lebih besar (laripacla yang
dapat diperoleh dengan illikroskopi cahaya. Dengan njenggunakan mikroskopi elektron ini
mungkinlah untuk Illernisah-misah objek dalam kisaran 0,0003𝜇𝑚. Perbesaran akhir yang
mnedekati 1.000.000 kali dapat diperoleh bila bayangan terpotret itu dibesarkan.

Preparat untuk pemeriksaan mikroskopi cahaya

Dua teknik urnum digunakan untuk mempersiapkan material atau spesimen untuk
pemeriksaan mikroskopis. Yang pertama ialah suspensi organisme dalam suatu cairan. Yang
kedua menggunakan lapisan tipis atau olesan spesimen yang dikeringkan, difiksasi, dan
diwarnai.

Teknik lekapan basah dan teknik tetes gantung

Preparat basah atau preparat tetes gantung memungkinkan pemeriksaan organisme hidup
yang tersuspensi dalam zat alir. Preparat basah diperoleh dengan menaruh setetes zat alir yang
mengandung organisme pada kaca objek dan menutupnya dcngan kaca sangat tipis yang
dinamakan kaca tutup. Untuk mengurangi laju peng- uapan dan meniadakan aliran udara, tetesan
itu biasanya dilingkari dengan "jeli petroleum" atau bahan serupa sehingga antara kaca objek dan
kaca tutup terkatup rapat. Tersedia kaca objek khusus dengan daerah cekung ke dalam untuk
preparat tetes gantung (lihat Gambar 4—9). Preparat basah atau preparat tetes gantung terutama
berguna apabila morfologi mikroorganisme yang tengah diperiksa dapat rusak karena perlakuan
dengan panas atau bahan kimia ataupun bila organisme itu sukar diwarnai. Cara itu pun
merupakan metode pilihan untuk mengamati proses-proses kehidupan tertentu., misalnya seperti
motilitas dan reproduksi.

Gambar 4—9. Teknik tetes gantung. (A) lingkaran (cincin) jeli petroleum dibuat dengan batang
korek api di seputar lekukan kaca objek. (B) Setetes suspensi mikrobe ditaruh di
tengah-tencah kaca tutup. (C) Kaca tutup dibalik dan diletakkan di atas lekukan kaca
obiek.

Teknik pewarnaan

Banyak senyawa organik berwarna (zat pewarna) digunakan untuk mewarnai

mikroorganisme untuk pemerikqaan mikroskopis. Telah dikembangkan prosedur-proqedur
pewarnaan untuk:

1. Mengamati dengan jebih baik tampang morfologi mikroorganisme secara kasar

2. Mengidentifikasi bagian-bagian struktural scl mikroorganisme
3. Mernbantu mengidentifikasi dan/atau membcdakan Organisme yang serupa

Langkah•langkah utama dalam mempersiapkan spesimen mikrobe yang diwarnai untuk

pcmeriksaan mikroskopik ialah•

1. Penempatan olesan, atau lapisan tipis spesirnen, pada kaca objek

2. Fiksasi olesan itu pada kaca objek, biasanya dengan pernanasan, menyebabkan
mikroorganisme itu melekat pada kaca objek
3. Aplikasi pewarna tunggal (pewarnaan sederhana) atau serangkaian larutan pewarna atau
reagen (pewarnaan diferensial)
Pewarnaan sederhana.

Pemberian warna pada bakteri atau jasad-jasad renik lain dengan menggunakan larutan
tunggal suatu pewarna pada lapisan tipis, atau olesan, yang sudah difiksasi, dinamakan
pewarnaan sederhana. Lapisan tadi digenangi dengan larutan pewarna selama jangka waktu
tertentu, kemudian larutan itu dicuci dengan air dan kaca objeknya dikeringkan dengan kertas
pengisap. Biasanya sel-sel itu terwarnai secara merata. Akan tetapi, pada beberapa organisme,
terutama bilamana zat pewarna itu biru metilen, beberapa granula di dalarn sel tampak terwarnai
lebih gelap ketimbang bagian-bagian sel lainnya.

Pewarnaan diferensial.

Prosedur pewarnaan yang menampilkan perbedaan di antara sel-sel mikrobe atau bagian-
bagian sel mikrobe disebut teknik pewarnaan diferensial Dengan teknik ini biasanya digunakan
lebih dari satu larutan zat pewarna atau reagen pewarnaan,

Teknik biakan murni

Populasi Inikrobe di alam sekitar kita bcsar lagi kompleks. Beratus- ratus spcsies
pclbagai mikrobe biasanya menghuni bermacam- bagian tubuh kita, termasuk mulut, saluran
pencernaan. dan kulit. Mcreka terdapat dalam jumlah yang luar biasa besar- nya, Sebagai contoh,
sekali bersin dapat menyebarkan beribu-ribu mikroorganisme. Satu gram tinja dapat
mengandung jutaan bakteri. Ala sekitamr sekitar kita udara, tanah, air juga dihuni kumpulan
mikroorganisme. Penelitian yang layak mengenai mikroorganisme dalam berbagai habitat ini
memerlukan teknik untuk memisah- misahkan populasi campuran yang rumit ini, atau blakan
campuran, menjadi spesies-spesies yang berbeda-beda sebagai biakan murni Biakan murni terdiri
dari suatu populasi sel yang semuanya berasal dari satu sel induk.

Pembiakan dan isolasi kultur murni

Mikroorganisme dibiakkan di laboratorium pada bahan nutrien yang disebut medium. Banyak
sekali medium yang tersedia; macamnya yang dipakai bergantung kepada banyak faktor, salah
satu di antaranya ialah macam mikroorganisme yang akan ditumbuhkan-

Pemeliharaan dan pengawetan biakan murni.

Sesudah suatu mikroorganisme berhasil diisolasi dalam biakan murni, maka perlu memelihara
biakan itu dalam keadaan hidup untuk masa yang cukup lama. Sesungguhnya kebanyakan
laboratorium mikrobiologi memelihara koleksi besar biakan-biakan seperti itu, acapkali
dinamakan koleksi biakan sediaan. The American Type Culture Collection yang ada di
Washington D.C. memelihara ribuan spesies mikroorganisme. termasuk virus, Tersedia kataJog
yang secara terperinci Inenjelaskan sejarah setiap biakan. Pusat Peng: wasan Penyakit (The
Center for Disease Control) di Atlanta, Georgia. wang merupakan bagian dari Dinas Kesehatan
Masyarakat Amerika Serikat ( ' 'U.S. Public Health Service"), rnerupakan sunlber lain untuk
biakan-biakan Inikroorganistue yang telah dikenal, tertitama yang menjadi penyebab penyakit.

Teknik pencirian mikroorganisme

Bila sudah diperoleh biakan murni suatu jasad renik, maka siaplah untuk melakukan berbagai
pemeriksaan laboratoris, masing-masing dapat memberikan keterangan mengenai
mikroorganisme tersebut. Keekstensifan uji laboratoris ditentukan oleh pertanyaany ang ingin
dijawab. Bisa saja untuk memastikan apakah biakan kita itu suatu macam mikroorganisme yang
baru ataukah organisme yang sudah dikenal. Dalam hal yang mana pun kita perlu mencirikan
biakan itu secara ekstensif. Mungkin kita merasa tertarik untuk , menemukan suatu
mikroorganisme dengan kemampuan yang unik, misalnya perombakan selulose dengan cepat.
Sehubungan dengan itu, pengujian kita itu akan dipusatkan pada pencarian keterangan mengenai
apakah biakan itu menguraikan selulose dan, bila demikian, pada laju berapa.

Masalah yang dihadapi kini dalam aspek-aspek tertentu menge- nai taksonomi mikrobe
dapat disebabkan oleh pengetahuan yang belum lengkap mengenai kelompok-kelompok tertentu
mikroorganismenya. Dengan pengetahuan yang lebih lengkap lagi lebih terperinci tentang
spesies-spesies mikrobe, yang diperoleh dari pengujian, maka mungkinlah untuk
mengembangkan sistem-sistem klasifikasi yang lebih memadai.
 BAB III

PENUTUP

3.1. Kesimpulan

Mikrobiologi. merupakan cabang ilmu hayat (biologi) yang mempelajari kehidupan jasad
renik (mikrobia ). Kedudukan mikrobiologi sebagai cabang ke tiga dari ilmu hayat dan terletak
diantara Ilmu Botani(Ilmu Tumbuhan) dan Zoologi(Ilmu Hewan). Mikrobia ialah jasad hidup
yang sangat keoil ukurannya, sukar diamati tanpa alat perbesaran (mikroskop.mikroskop
elektron). Mikrobia banyak yang hanya terdiri atas satu sel saja, jadi semua tugas hidup
dibebankan.. pada sel itu, sehingga mikrobia sebagai jasad h.idup mempunyai tugas metabolisme
yang sangat kompleks, karena semua tugas kehidupannya. dibebankan pada satu sel.saja.
Mikrobia yang terdiri atas banyak sel organisasi selnyapun belum sempurna. Mikrobia ada yang
bersifat merugikan namun juga tidak sedikit yang menguntungkan bagi manusia.. Tujuan
mempelajari mikrobiologi secara umum adalah untuk mengetahui semua sifat- sifat dan
kehidupan mikrobia serta faktor-faktor yang mempengaruhinya, sebagai dasar pijakan dalam
menentukan langkah-langkah pegendalian pertumbuhan (menghambat atau menstimulasi)
mikrobia, sehingga tidak merugikan/ bermanfaat bagi kehidupan manusia.
Dunia mikrobia diawali setelah ditemukannya mikroskop oleh Antony van Leeuwenhoek
(1632— 1723). Setelah itu timbul perdebatan para ahli mempertentangkan dari mana asal
mikrobia tersebut. Terdapat dua teori yang berkembang yaitu teori yang berpendapat bahwa
kehidupan berasal dan bahan mati, dikenal sebagai generasi spontan atau abiogenesis dan teori
biogenesis yang berpendapat bahwa kehidupan berasal dari benih yang telah ada sebelumnya.

3.2.Saran

Agar dapat memahami makalah ini dengan baik sebaiknya para pembaca selakilan turut
membaca buku yang tercantum pada daftar pustaka guna membantu pembaca sekalian dalam
memahami hal-hal yang sekiranya belum dapat kami sampaikan dengan jelas.
 Daftar pustaka

Dwidjoseputro. 1989. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Surabaya: Djamban

Pelczar, M.J Terjemahan Ratna Siri Hadiutomo. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta.

Universitas Indonesia.

https://biologydash.wordpress.com/2016/09/15/peran-mikroorganisme-dalam-kehidupan-
sehari-hari/, diakses pada tanggal 20 september 2019

https://www.ugm.ac.id/id/berita/7952-mikrobia-berperan-dalam-kemajuan-peradaban-
manusia, diakses pada tanggal 20 september 2019
Pertanyaan