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Introducci´n o

Proteinas Retinales

Bacteriorhodopsina

Rhodopsinas

Comparaci´n o

DM y Calculos MC

Alejandro G´mez Espinosa o Escuela Polit´cnica Nacional. e Quito - Ecuador.

16 de junio de 2010

Alejandro G´mez Espinosa Escuela Polit´cnica Nacional. Quito - Ecuador. o e

Introducci´n o

Proteinas Retinales

Bacteriorhodopsina

Rhodopsinas

Comparaci´n o

DM y Calculos MC

Introducci´n o

Similar estructura tridimensional y diferente funcionalidad biol´gica. Ej. Proteinas Retinales (PR) o Clorofilas. o PR:
siete h´lices transmembranales con un crom´foro. e o Ej: Bacteriorhodopsina (bR) y la Rhodopsina (Rh).

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Bacteriorhodopsina

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Proteinas Retinales

Visi´n, bioenerg´tica y fototaxis, prote´ o e ınas retinales juegan un papel preponderante. Estructura Tridimensional: Siete h´lices transmembr´nicas, e a peque˜as espiras interh´licas y terminales extramembranas N n e y C (Luecke et al 1999). Fotoisomerizaci´n: cambia la conformaci´n del retinal o o (cis-trans o trans-cis).

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Proteinas Retinales
Se divide en: Canales y bombas i´nicas Retinal en all-trans (estado base) o se isomeriza a 13-cis. (Ej: bR) Receptores acoplados de proteina G (opsinas) retinal en 11-cis (estado base) se isomeriza en all-trans. (Ej. Rh) Entorno de prote´ modula la m´xima absorci´n de luz en el ına a o retinal. Absorci´n m´xima de luz: Rh (497 nm) y bR (560-590 nm), o a significativo considerando que comparten mismo crom´foro o (Hoffmann et al 2009)

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Bacteriorhodopsina

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Bacteriorhodopsina (bR)

Mayor prote´ fotosint´tica de las halobacterias archaea. ına e El dispositivo biol´gico de conversi´n de energ´ m´s simple o o ıa a conocido (fotos´ ıntesis). Utiliza luz (500-650 nm) para conducir una bomba prot´nica o electroqu´ ımico usado para la producci´n del ATP por la ATP o sintasa (Luecke et al 1999; Humphrey et al 1998). Base de Schiff libera un prot´n en la parte extracelular del o canal y reprotoniza a partir de la fuente de protones localizada en la parte citoplasm´tica. a

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bR
bR no produce se˜ales qu´ n ımicas fuera de la c´lula y no realiza e cambios dentro de ´sta, Rh si lo realiza (Kandori et al 2001). e

Figura: Representaci´n New Cartoon (VMD) de la bR 1 . (pdb:1C3W) o
1 Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K., 1996. VMD - Visual Molecular Dynamics. J. Molec. Graphics. 14. pp:33-38. Alejandro G´mez Espinosa Escuela Polit´cnica Nacional. Quito - Ecuador. o e

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Rhodopsina (Rh)

Prote´ muy estudiada. ına ´ Unico fotoreceptor en el segmento externo de los bastones. Crom´foro (retinal) responsable de absorci´n de luz (500 nm). o o
Forma cis estabiliza su conformaci´n. o Fotoisomerizaci´n inducida convierte a la proteina a su estado o activo (Saam et al 2002).

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Rhodopsina (Rh)

Figura: Representaci´n New Cartoon (VMD) de la Rh 2 . (pdb:1HXZ) o
2 Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K., 1996. VMD - Visual Molecular Dynamics. J. Molec. Graphics. 14. pp:33-38. Alejandro G´mez Espinosa Escuela Polit´cnica Nacional. Quito - Ecuador. o e

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Figura: Izq: Rh. Der: bR. (verde: retinal)

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3 Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K., 1996. VMD - Visual Molecular Dynamics. J. Molec. Graphics. 14. pp:33-38. Alejandro G´mez Espinosa Escuela Polit´cnica Nacional. Quito - Ecuador. o e

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Parte Practica

Preparaci´n del sistema (VMD): o
Archivos pbd (bR: 1C3W y Rh:1HZX). A˜adir H. n Creaci´n de membrana y solvente. o Introducci´n en membrana con solvente. o Ionizaci´n. o

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Figura: bR en membrana de l´ ıpidos POPC 4 .

4 Humphrey, W., Dalke, A., Schulten, K., 1996. VMD - Visual Molecular Dynamics. J. Molec. Graphics. 14. pp:33-38. Alejandro G´mez Espinosa Escuela Polit´cnica Nacional. Quito - Ecuador. o e

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Simulaciones de din´mica molecular (NAMD): a
Minimizacion (10000 pasos) Calentamiento a 300K (20000 pasos, y Equilibraci´n (1 millon de pasos) o C´lculos mecanocu´nticos (GAMESS) para medir diferencia en a a conformaci´n del retinal. o

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Gracias por su atenci´n. o

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