modélisation des systèmes biologiques cours 5 - 9/02/2004

Le passage à l'échelle de l'individu
François Goreaud LISC - CEMAGREF

Attention
• Ce diaporama est un support de cours prévu pour être accompagné d'explications orales. • Si vous n'avez pas assisté à l'exposé, la lecture des diapositives seules peut vous amener à faire des contresens.

Les modèles dendrométriques.
• Partir des données, • Relations entre ces données, • Evolution au cours du temps. • Vers des modèles plus complexes.

Le triangle de Levins (1966)...
• Le beurre, l'argent du beurre, la crémière...
Généralité
Modèles conceptuels

Modèles statistiques Modèles mécanistes

Précision

Réalisme

Rappel du cours précédent...
(Houllier et al., 1991)

• des tables de production....
Age classe I 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 classe II 22 25 10.2 12.1 3958 2005 8.5 10.5 30 38 Ho 10.5 14 17 19.6 21.8 23.7 25.3 26.9 28.1 29 N 3336 1420 875 650 505 417 365 329 310 296 Hg 8.8 12.4 15.5 18.1 20.4 22.3 24 25.6 26.8 27.8 Cg 32 47 62 75 87 98 108 117 122 126

....Rappel du cours précédent.. H années . 1991) • des tables de production. (Houllier et al.. aux modèles à l'échelle du peuplement... • .

...Rappel du cours précédent.. 60 50 40 30 20 10 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Série1 t=0 200 180 160 140 120 100 80 60 40 20 0 1 2 3 4 5 6 7 t=10 Série1 8 9 10 ... aux modèles par liste d'arbres. • . aux modèles à l'échelle du peuplement. • .. (Houllier et al.... 1991) • des tables de production.

.. . 1991) • • • • des tables de production. (Houllier et al....Rappel du cours précédent. . aux modèles à l'échelle du peuplement.. ... aux modèle à l'échelle de l'arbre.. aux modèles par liste d'arbres.. ...

Objectif du cours : • Montrer comment on peut passer à l'échelle de l'individu (de l'arbre). .

• Donner quelques idées sur les modèles "arbre" les plus classiques.Objectif du cours : • Montrer comment on peut passer à l'échelle de l'individu (de l'arbre). .

Rappel des cours précédents : Utilisation Ajustement Contexte Validation Choix du modèle .

. • Prendre en compte le voisinage. • Avantages et inconvénients de ces modèles.Plan : • Pourquoi passer à l'échelle arbre ? • Modéliser l'accroissement individuel.

1. Pourquoi l'échelle arbre ? • Enjeux sociaux • Enjeux scientifiques .

Enjeux sociaux.. – objectif de production . • Des peuplements réguliers..11...

11. Enjeux sociaux.. à des peuplements plus complexes... • .. – – – – – – mélangés irréguliers conservation paysage divertissement production .

. • Il faut de nouveaux outils. Enjeux sociaux. .. – prendre en compte la variabilité individuelle.11.

.. mortalité) ou actions humaines Croissance individuelle 0 0 100 Indice de Compétition . régénération. Enjeux scientifiques. • Importance du voisinage individuel : environnement local Structure spatiale 100 Processus naturels (croissance.12.

.12. Enjeux scientifiques.. • Importance du voisinage individuel. • Importance de la structure spatiale : – comment la décrire et la modéliser ? – comment elle se forme ? – comment elle influence les processus ? .

. • Modéliser à l'échelle de l'arbre : – – – – – la croissance individuelle la compétition en fonction du voisinage la qualité du bois la mortalité la régénération .12. Enjeux scientifiques..

• Modéliser à l'échelle de l'arbre : – – – – – la croissance individuelle la compétition en fonction du voisinage la qualité du bois la mortalité la régénération • Outils d'aide à la gestion. . Enjeux scientifiques..12..

.

• Partir des données • Choix du modèle • Ajustement .l'accroissement individuel...2... .

. hi ?. gi.. – sur une longue période (100ans) – pour chaque individu – ci. état .21. Partir des données. • Des données de suivi individuel.

hi ?. état • Trouver la bonne base de données – divers organismes. Partir des données. . gi. – travail de nettoyage sur les données. • Des données de suivi individuel.21.. – sur une longue période (100ans) – pour chaque individu – ci..

49 15..57 9 6 11 232.21.98 14 2 33 233.6 39. 64 52 71 39 35 é c l. • Dispositif de Lamotte-Beuvron (INRA).2 39.21 8 9 14 4 13 3 19 2 10 6 9 10 16 4 14 3 se c 19 2 se c 12 7 9 10 17 4 15 19 12 7 9 32 32 56 56 14 se c 47 47 66 66 38 38 21 se c 31 31 33 é c l.2 233.34 18.45 39.9 39.6 233.66 11.43 2.45 233.43 23 39. n ° Arb re a ve n i n ° in ve n ta ire y g lo b a l Pla c e a u x g lo b a l n ° c a rto y lo c a l x lo c a l C 79 d 66 d 69 d 72 d 75 c 78 c 83 c 88 A1 A1 A1 A1 A1 A1 A1 A1 A1 A1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 191 194 206 210 217 188 1.98 8 12. 71 56 78 41 c 93 77 59 87 43 s69 s72 s75 s78 s83 s88 .89 11 3 28..04 12 4 25. Partir des données.02 1 37.9 234.

Choix du modèle.22. • Modèle d'accroissement individuel : – sur la surface terrière à 1m30 ∆g i = f ( g i (t )) + ε i effet "taille" aléa .

• Modèle d'accroissement individuel : – sur la surface terrière à 1m30 ∆g i = f ( g i (t )) + ε i – sur la hauteur ? . Choix du modèle.22.

22. Choix du modèle. • Préparer les données : – sélection de la période étudiée : • entre 1979 & 1988 – – – – sélection des arbres vivants : (3952) choix d'une sous-population : (250 arbres) calcul de l'accroissement analyse des données .

22. Choix du modèle. modèle parabolique modèle linéaire • Analyse des données : ∆gi 500 400 300 200 ∆gi=f(gi) entre 1979 et 1988 points aberrants 100 0 0 -100 100 200 300 400 500 600 gi .

Ajustement. ∆gi 500 400 300 200 100 0 0 -100 100 200 300 400 500 600 2 ∆gi=f(gi) entre 1979 et 1988 y = 0. • calcul des paramètres du modèle.8323x .23.049 R = 0.55.6924 gi .

05 β = 0. Ajustement. • Modèle ajusté : ∆g i = α + βg i + ε i α = -55.23.83 ce modèle est indépendant du voisinage ! .

• Rappels sur la compétition • Principe des indices de compétition • Exemple d'un indice simple .3. Prendre en compte le voisinage.

d'après Haskell en 1949 (in Leary.• Des modèles d'interaction : Effet de B sur A Effet de A sur B + - mutualisme coopération symbiose prédation parasitisme + - prédation parasitisme compétition Classification simplifiée des interactions entre individus. 1985) .

.31. Rappels sur la compétition • Plusieurs sources de compétition – – – – pour la lumière pour l'eau pour les ressources du sol pour l'espace.. .

. Rappels sur la compétition • Plusieurs sources de compétition • Un effet négatif des voisins. • Qui augmente avec le nombre de voisins.31.

Principe des indices de compétition • Mesurer l'effet du voisinage sur l'accroissement individuel.32. ∆g i = f ( g i (t )) + ε i effet du voisinage aléa .

32. Principe des indices de compétition • Mesurer l'effet du voisinage sur l'accroissement individuel. ∆g i = f ( g i (t )) + IC (voisi nage) + ε i effet "taille" aléa effet du voisinage .

h j .) . j )< R ∑ f (g j . Principe des indices de compétition • Quelle contribution pour les arbres voisins ? ICi = j / d (i .. etc..32.

. etc... en fonction de l'espèce. (voir pex Biging & Dobbertin.... plus gros. 1995) . somme de • surface terrière des voisins • rapport des hauteurs des voisins • cône d'ombrage des voisins. Principe des indices de compétition • Différents indices de compétition : – – – – nombre de voisins nombre de voisins plus hauts.32.

32. • qui soulèvent des questions : – – – – comparaison ? choix d'un indice ? validation ? justification physiologique ? . Principe des indices de compétition • Différents indices de compétition.

33.. Exemple d'un indice simple. • Définition de l'indice : – somme des surfaces terrières IC i = j j / d (i .. j )< R ∑g .

– somme des surfaces terrières IC i = j j / d (i . j )< R ∑g • Calcul de l'indice : – préparation des données – implémenter le calcul de voisinage Il faut des données de position des arbres ! . • Définition de l'indice...33. Exemple d'un indice simple.

• Préparation des données : – caractéristiques individuelles. – pour différent rayon R. – valeur de l'indice. Exemple d'un indice simple...33. .

• Préparation des données : – caractéristiques individuelles. • Ajustement : – modèle linéaire – par exemple sous SAS . Exemple d'un indice simple. – valeur de l'indice. – pour différent rayon R.33...

014 ce modèle prend en compte le voisinage ! . • Modèle ajusté : – R = 8m ∆g i = α + βg i + γICi + ε i α = 39.33.75 γ = -0. Exemple d'un indice simple.9 β = 0...

65 0. • Validation : – sur d'autres sous-populations : Valeurs de R² pour le modèle R² 0.7 0.33.8 0. Exemple d'un indice simple.75 0..6 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 portée R LB1 LB2 LB3 LB4 ..

33... • Utilisation : – problème de transfert – identifier le besoin – interface CAPSIS ? . Exemple d'un indice simple.

. Avantages et inconvénients. .4..

41. ... Avantages.. • Prédiction à l'échelle de l'arbre • Prise en compte du voisinage • Ouverture vers la qualité du bois..

• Grand nombre de données • Faible gain en précision • Problème de validation .42. Inconvénients...

• Prendre en compte le voisinage. • Avantages et inconvénients.Bilan : • Pourquoi passer à l'échelle arbre ? • Modéliser l'accroissement individuel. .

.Que retenir ? • On peut construire des modèles dendrométriques à l'échelle de l'arbre.. .

• La démarche doit être adaptée à la spécificité des données et des questions.Que retenir ? • On peut construire des modèles dendrométriques à l'échelle de l'arbre. ...

Forest Science. American Scientist.S.. Thèse. Bouchon J. 7 (2) : 45-51. 54 (4) : 421-431. engref.1995 : Evaluation of competition indices in individual tree growth models. Dobbertin M. ENGREF.F. 524 pp.1966 : The strategy of model building in population biology. Birot Y. XLIII (2) : 87108. Pardé J.1991 : Modélisation de la dynamique des peuplements forestiers : état et perspectives. Goreaud F.. Bouchon J. . Leary R. . 325 p. . . • • • . .2000 : Apports de l'analyse de la structure spatiale en forêt tempérée à l'étude et la modélisation des peuplements complexes.1985 : Interaction theory in forest ecology and management. Houllier F. .A..Références citées : • • • • Biging G. Haskell E. Levins.. Main currents in modern thought. .1988 : Dendrométrie (2ème édition). Dordrecht Nijhoff Junk. Revue Forestière Française. 41 (2) : 360-377. 219 p. R.1949 : A clarification of social science.

inra.Sites internet • CAPSIS : www.fr/ .com/coligny/ • INRA : www.multimania.onf.fr • ONF : www.