Installing SciPy/Linux

-

http://www.scipy.org/Installing_SciPy/Linux#head-...

Installing SciPy / Linux
Table of Contents
Contents 1. Table of Contents 2. Introduction : source and binaries 3. Fedora Core 8, openSUSE 10.2, RHEL/Centos 5 1. Basic install 2. Building Atlas 1. Building Atlas by Hand 2. Building Atlas with atlas-XXX.src.rpm from Ashigabou Repository 4. Mandriva 2007.1 5. Gentoo 6. Debian / Ubuntu - Andrew Straw's unofficial repository 1. Binary packages Ubuntu Dapper (6.06), (i386 and amd64 architectures) 2. Source packages for any Debian-based distribution 3. GPG Verification using Andrew Straw's repository 4. Debian sarge notes 5. Ubuntu notes 7. openSUSE 1. ATLAS 2. Broken BLAS 8. Building everything from source with gfortran on Ubuntu (Nov 2010)

1 of 17

11/02/11 21:10

 some of them which can be challenging to install.2. SciPy Versions < 0.2) 1. or shipped with incompatibilities by major Linux distributions. However. 1.7. although the situation is still far from optimal.1.0) 9. Fedora Core 8. Build lapack (3.scipy. Step 4: Build numpy(1. you can install Numpy and Scipy without any software outside the necessary tools to build python extensions.2) 4.7 and Numpy >= 1. Installing Numpy and Scipy from source is reasonably easy..0) 6.2.2 6. Step 1: Disable CPU Throttling 3.5. However.0) with AMD (2.0) and CHOLMOD (1.5.9. keep in mind that if you want to use the last improvements done to Numpy and Scipy on Linux.org/Installing_SciPy/Linux#head-. RHEL/Centos 5 2 of 17 11/02/11 21:10 . Any Linux distro: self-contained local installation with Sage. Build Numpy and Scipy 10. Step 2: Build ATLAS(3. Install required packages 2. Introduction : source and binaries On Linux.8. Many other binary options are also available. to whole commercially-supported scientific distributions.1. both packages depend on other softwares.32) with complete Lapack(3. Step 5: Build scipy(0.1). Build FFTW (3. SciPy Versions >= 0.Installing SciPy/Linux - http://www.5. Most major Linux distributions now ship Numpy and Scipy and.2 2.7 and Numpy < 1. those binary packages are now reasonably reliable to use. Install required packages 2. Building everything from source with gfortran on Ubuntu (Feb 2008) 1. Build UMFPACK (5.0) 5.0) 4.8.2. openSUSE 10. Step 3: Build UMFPACK (5. UFConfig(3.. You will find below some installation instructions and advices for most major distributions. Any distribution with Intel C compiler and MKL 11. you have to build it from sources.2. Scipy and Numpy official releases are source-code only.1) 3. Hopefully.1) 5. Build ATLAS (3. as most dependencies are optional. ranging from individually made packages by some scipy developers for a specific Linux version.

. but as it is built with the -fPIC compiler flag.repo file. scipy as well as lapack and blas dependencies for Fedora Core 8.2 and Centos/RHEL 5 and a few others thanks to the opensuse build service..inc Now. which can be used to build a complete LAPACK with ATLAS: it is a static version. this is particularly useful for x86_64 arch.repo file into /etc/yum.Installing SciPy/Linux - http://www. with gcc/gfortran it is -fPIC).tgz tar zxvf lapack-3.1. First.org/lapack/lapack-3. and take the corresponding . simply pick up your arch/distribution.inc file to ensure that the OPTS and NOOPT lines both contain the flag for compiling position-independent code on your platform (e.inc.opensuse. You can also find the package lapack3-pic.1.1. and often match vendor specific implementations. Put this . But. it is getting easier all the time. I strongly advise you to use those packages instead of the "official" ones.g.1 There are several make. For example: OPTS = -O2 -fPIC 3 of 17 11/02/11 21:10 . Copy one of those files to the main directory. The repository is there: http://software.scipy.1.inc files in the INSTALL directory of the lapack distribution.org/Installing_SciPy/Linux#head-. you must edit the make. I (DavidCournapeau) have packaged the last released of numpy. Building Atlas by Hand These instructions show how to build ATLAS (and LAPACK) from their official distributions. Unfortunately. it can be used to build python extensions.1.gfortran make. Building Atlas ATLAS is a BLAS/LAPACK implementation which tuned itself on the machine to provide ideal performances.d/. and then install numpy/scipy with yum: yum install python-numpy python-scipy I also packaged timers and testers for blas and lapack. building ATLAS is not easy. opensuse 10. which are often unusable.netlib. download and unpackage the LAPACK distribution from netlib (you need these to build a complete version of LAPACK). For example: cp INSTALL/make.repo.tgz cd lapack-3.org/download/home:/ashigabou/ Basic install To use this repository with yum. which can be useful if you intend to compile special optimized versions of BLAS/LAPACK (eg GOTO or ATLAS). wget http://www.

 but provides all the tools to make the building process of ATLAS almost painless: it will build a complete LAPACK. build it with the right fortran compiler to avoid ABI issues (eg _gfortran_string_write.. change to the directory created. Now.37. Building Atlas with atlas-XXX.7.a files are already located. download the latest release of ATLAS (these instructions worked on 3.). You should copy them to some-place that you can tell site.7.. tar jxvf atlas3. for example. NOOPT = -O0 -fPIC (Note: Make sure that if you build with gfortran that g77 is not installed on your system (or at least is not in your PATH when numpy is being built) as you need to link with the same compiler that you built lapack with when numpy builds.. Then change to the SRC directory and run make cd SRC make This will create an lapack_<XXXX>. etc.a file in the head lapack directory. This directory should be named appropriate for the platform (you can build for multiple platforms from the same SOURCE tree --- perhaps the source is on a network drive and builds are taking place for multiple platforms). If you want to create shared libraries.Installing SciPy/Linux - http://www.rpm from Ashigabou Repository ashigabou repository does not provide binary versions..src. and with the right compiler flags such as it is usable to build numpy and scipy 4 of 17 11/02/11 21:10 .. It will try and find g77 first which will lead to linking errors if you have built lapack with gfortran). http://sourceforge. See.net/project/showfiles. then you can do that by cd lib make shared     # for sequential libraries make ptshared   # for threaded libraries after changing to the lib directory where the . Unpackage the result.tar.cfg about so that numpy and scipy can pick them up. and create a directory to contain the resulting build./configure -Fa alg -fPIC --with-netlib-lapack=/path/to/lapack /lapack_<XXXX>.php?group_id=23725. You will need the location of this file to configure atlas.scipy.a make Your atlas libraries should now be in the lib subdirectory of the current directory.org/Installing_SciPy/Linux#head-.37).bz2 cd ATLAS mkdir ATLAS_<my_platform_type> cd ATLAS_<my_platform_type> .

 you can use numpy by : python -c "import numpy as N.1 are available via the contrib 5 of 17 11/02/11 21:10 .1 Binary packages for NumPy 1. (with the -fPIC option). even on a powerful machine. once you installed numpy and scipy.  a=N.spec This will build the rpm: this can take a long time. That is.1 and SciPy 0. a)" To use atlas. you will get an installable rpm in /usr/src/packages /RPMS/ARCH (where ARCH can be x86_64 or i586 or something else depending on the distribution and your arch). N. What matters is whether atlas has arch defaults for your machine: if not. you should tell the OS to use atlas instead of default libraries by using LD_LIBRARY_PATH.dot(a. you do: LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/atlas/sse2 python -c "import numpy as N.so.org/Installing_SciPy/Linux#head-.scipy. a)" If everything is working correctly. To use the atlas libraries..randn(1000.src. If successfull.dot(a. First.2 Ghz. but takes ~10 minutes on my macbook under linux). to build the rpm. 1000). They are meant to be drop-out for the standard BLAS and LAPACK (the ones in refblas3 and lapack3). you must disable dynamic change of CPU frequency (used to decrease battery consumption): cpufreq-selector -g performance If this fails telling you no cpufreq support. use the following: rpm -ivh atlas-version.3.random. installed in /usr/lib /atlas/sse2. normally. this is fine.Installing SciPy/Linux - http://www. it can take several hours (it takes 2 hours and a half on a P4 @3. a=N. and execute rpmbuild -ba atlas. Mandriva 2007.rpm). go into the directory /usr/src/packages/SPEC. Then.2. and install from the ashigabou repository the package lapack3-pic (the rpm will refuse to build without it).. just uncompress all the necessary files for building the rpm in /usr/src/packages. 1000).random.rpm This will NOT install atlas. you will see that the above script runs much faster with atlas than without (I see a ten fold speed increase on my machine). Before building atlas.src.0.randn(1000.5. Now.so and liblapack. download the source rpm included in the ashigabou repository (the file atlasversion. The rpm contains two (shared) libraries: libblas.  N.

so.6 => /lib/libm.0 => /usr/lib/libg2c.4 /site-packages/numpy/linalg/lapack_lite. add the following line to your /etc/apt /sources.2 (0x0000555555554000) Source packages for any Debian-based distribution 6 of 17 11/02/11 21:10 . Type:    sudo emerge scipy Debian / Ubuntu - Andrew Straw's unofficial repository Andrew Straw has an unofficial repository for NumPy .org/Installing_SciPy/Linux#head-.1 => /lib/libgcc_s.3 => /usr/lib/atlas/liblapack.so.so.list: deb http://debs.3  (0x00002aaaab435000)         libg2c..so.astraw. (i386 and amd64 architectures) To use the binary package in Ubuntu Dapper.0 (0x00002aaaabd15000)         libm..3  (0x00002aaaaabcf000)         libblas.so.com/ dapper/ Then type sudo apt-get install python-numpy You can verify ATLAS support by running the command ldd /usr/lib/python2. These were built with stdeb.so.3 => /usr/lib/atlas/libblas.so.so.06 LTS). urpmi repository:    urpmi python-scipy Gentoo Gentoo includes an ebuild.deb packages.so.so.so.6 => /lib/libc. Binary packages Ubuntu Dapper (6.so.so.1 (0x00002aaaabfca000)         libc.scipy. which should result in output like the following:         liblapack. The binaries are for Ubuntu Dapper (6.06).6 (0x00002aaaac0d7000)         /lib64/ld-linux-x86-64.6 (0x00002aaaabe44000)         libgcc_s.Installing SciPy/Linux - http://www.so.

. there is a bug in libc6 2.scipy..org/Installing_SciPy/Linux#head-. Ubuntu notes If you choose not to use Andrew Straw's repository (which includes numpy built with ATLAS support).3.list: deb-src http://debs. Or you will be asked questions like this over and over: WARNING: The following packages cannot be authenticated! . you need to install several libraries/tools (you need to enable universe repository for some of those packages): sudo apt-get install gcc g77 python-dev atlas3-base-dev 7 of 17 11/02/11 21:10 . and rebuilt. First. Install these packages without verification [y/N]? Install the package astraw-keyring to eliminate these messages. This installs Andrew's archive signing key to your apt through the apt-key add command. Since there is now patch available. you might get warning messages like this: The following signatures couldn't be verified because  the public key is not available. See Andrew Straw's instructions for more information..com/ dapper/ To download and build. type: sudo apt-get build-dep python-numpy sudo apt-get -b source python-numpy GPG Verification using Andrew Straw's repository When you start using this repository. in order to fix this the libc6 sources need to be downloaded. here are some further notes to build numpy and scipy from sources on your computer.3..3). Debian sarge notes If you install NumPy or SciPy ontop of a debian sarge installation for a CPU with SSE2. the numpy and scipy tests crach with a SIGFPE.2 affecting floating point operations (fixed in version 2. Due to this bug.Installing SciPy/Linux - http://www.astraw. fixed. The following may (or may not) work on any Debian-based distribution: Add the following line to your /etc/apt/sources.

 you can build numpy with the following. etc. to install it system-wide (requires root privileges): python setup. obviously). For example. Instead those packages are provided by additional repositories.4/site-packages in your PYTHONPATH: PYTHONPATH=$HOME/local/lib/python2. atlas3-sse-dev if you have a CPU with SSE capabilities only.) OpenSUSE does not contain Numpy. The following repositories are currently the best to obtain Numpy. feel free to modify this section.. so I do the following: python setup. it should support SSE2.4 to python2.. then you should add $HOME/local/lib/python2.Installing SciPy/Linux - http://www. If you have a recent x86 (eg intel or AMD cpu).py build Then. The packages will then appear in the Software Management dialog.. etc. you need to use the prefix option. If you have newer of more accurate information. Packages usually exist only for a few current SUSE versions. appear on it.. inside the numpy source directory: python setup..5. 8 of 17 11/02/11 21:10 . Scipy or Matplotlib in the standard installation.py install --prefix=$HOME/local Note that if you do not install numpy system wide. I like to install local softwares in my $HOME/local.org/Installing_SciPy/Linux#head-. you should also install the atlas corresponding to your achitecture: atlas3-sse2-dev if you have a CPU with SSE2 capabilities.5 if you are using python2.. They can be added to the package manager (YaST) with the Installation Source dialog. etc.rpm files can be downloaded and installed manually (for example 'rpm -U <filename>' or with 'kpackage').4/site-packages python (change python2. that seem to be run by volunteers.. Scipy and Matplotlib. To check whether your CPU supports sse. you can check using the following command: cat /proc/cpuinfo | grep flags and check whether sse. you need to tell python to look for the directory where you installed numpy. However Novell provides webspace for some of those repositories.py install To install it in another directory. To use optimized lapack and blas. Then. sse2. openSUSE (This section reflects the situation of July 2009. Alternatively the *. sse2. For example.scipy. if you use $HOME/local as the former example.

 and very many other packages.test(). Installation was tested with openSUSE 11.html A more detailed description how to install Sage from sources is on this page too. ATLAS 9 of 17 11/02/11 21:10 . Also its relatively wide audience (schools) might lead to continuing development.1.2: Sage http://www.opensuse-education.opensuse.opensuse. It is primarily oriented towards schools.1-x586 additionally the Packman repository was required as an 'Installation Source'.links2linux.scipy. The repository was added despite of the broken packages. Scipy.0/ This project seems to have some backing from Novell. These packages might otherwise override original packages from SUSE.0: broken package Scipy openSUSE 11. Lists of Packman mirrors: 1 2 The packman repository should be given a low priority (high value. for example 200.com/education /enter_bug. 2009) reported that compiling and installing Sage from sources worked flawlessly. Education: http://www. One can also search for packages in the very big Packman repository: http://packman.org/.org/Installing_SciPy/Linux#head-. Alternatively one can search for packages in repositories hosted by Novell here: http://software.. because it is big and still active. a big collection of Mathematics related software. (The author of this section has also filed bug reports in their Bugzilla.1: one error in scipy.org/Education Tested with openSUSE 11.org/download-source. Repository has own Bugzilla: http://devzilla.opensuse. Matplotlib. It was recently (Jul. x86-64: openSUSE 11. Users of older versions of SUSE/openSuse can install Sage.org/search. For openSUSE 11. in priority field). on SUSE Linux 10. and many more packages of interest for scientific users.1.cgi and Website: http://en.org/download/repo/1. It contains very many packages. that are also present in SUSE's standard repositories. Matplotlib.Installing SciPy/Linux - http://www.0 and 11. Scipy.novell..sagemath. Select a suitable mirror from the list.0 and 11.org/repositories/science/ This repository contains: Numpy.) This repository contains: Numpy. Science: http://download. both i586 and x86-64. package seems (mostly) functional though.

 Until March 2007 however the LAPACK library did only contain a subset of the functions that were in BLAS. and a relatively painless way to do this is the Sage package.cgi?id=228824 and http://www. One could build Numpy and Scipy from sources though.changes Building everything from source with gfortran on Ubuntu (Nov 2010) These are instructions for building everything from source on a 64 bit Ubuntu system (Maverick: 10. There is currently no comfortable way to use ATLAS on openSuse. For details see: https://bugzilla.) David Cournapeau has a repository devoted to ATLAS.org/lapack/lapack-3. Unfortunately the repositories mentioned here do no longer contain corrected/complete packages of BLAS and LAPACK for the affected versions (SUSE 10.scipy. The bug's cause was as follows: The BLAS rpm is created from Netlib's LAPACK package and not from the BLAS package. The build instructions for ATLAS on this page work. Install required packages sudo apt-get install build-essential python-dev swig gfortran  10 of 17 11/02/11 21:10 . (If you know a comfortable way to make ATLAS work on openSuse.1.10) on a multicore processor using the latest versions as of November 2010.com/show_bug. ATLAS is a replacement for BLAS and parts of LAPACK. Broken BLAS SUSE (and Red Hat) regularly shipped versions of the BLAS library where some functions were missing. Everything is installed in a user directory structure in $HOME/local (/home /sam/local in my case). in later versions SUSE's original BLAS should work.org/Installing_SciPy/Linux#head-.netlib. This bug has finally been fixed in March 2007.. Administrator priviliges are required only in the beginning to disable CPU throttling while building ATLAS. but unfortunately the Numpy and Scipy packages don't work with ATLAS. Finally someone begged the LAPACK developers to include the whole BLAS library in the LAPACK package.org/download/home:/ashigabou/ This repository contains: ATLAS and additionally other scientific software. and they did.2 and older). please put it here into the Wiki.. Ashigabou http://software. This means SUSE 10.1. The build process will run for ten minutes to several hours.novell. because it optimizes itself for the computer's processor. It must be built from sources.2 and prior come with a broken BLAS.Installing SciPy/Linux - http://www. but he has not added packages for recent SUSE versions.opensuse. that is much faster.

 For a quad core processor. as ATLAS optimizes various performance parameters.2..1). these commands will be required: sudo cp /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor  /sys/devices/system/cpu/cpu1/cpufreq/scaling_governor  sudo cp /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor  /sys/devices/system/cpu/cpu2/cpufreq/scaling_governor  sudo cp /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor  /sys/devices/system/cpu/cpu3/cpufreq/scaling_governor  Step 2: Build ATLAS(3.32. python-nose Step 1: Disable CPU Throttling ATLAS' timing algorithm require CPU throttling to be disabled..bz2.7.mk to read: 11 of 17 11/02/11 21:10 . issue these commands: mkdir BUILD cd BUILD .. Step 3: Build UMFPACK (5.. Edit UFconfig/UFconfig.32) with complete Lapack(3.0) and CHOLMOD (1.5.Installing SciPy/Linux - http://www. make install Note that make ptshared might not work on a single core machine./configure -b 64 -Fa alg -fPIC --with-netlib-lapack-tarfile=<path  to lapack.9.scipy.org/Installing_SciPy/Linux#head-.tgz> --prefix=/home/sam/local  make cd lib make shared make ptshared cd . Extract the atlas archive into a directory named ATLAS and from within it.2) Download lapack.0) with AMD (2. This disables it on the 0th core: sudo cpufreq-selector -g performance Then disable it on each additional core. Note also that the first "make" command above will take several hours to run.1) Dowload all four packages and extract them in the same directory.5.tar.org and atlas3. UFConfig(3.9.2.tgz from netlib.

Installing SciPy/Linux - http://www. ptcblas. atlas [amd] amd_libs = amd [umfpack] 12 of 17 11/02/11 21:10 . uncomment these lines: [blas_opt] libraries = ptf77blas. copy site./AMD make install cd .. atlas [lapack_opt] libraries = lapack.scipy.h /home/sam/local/include Step 4: Build numpy(1.. CC = gcc CFLAGS = -O3 -fexceptions -m64 -fPIC F77 = gfortran F77FLAGS = -O -m64 -fPIC INSTALL_LIB = /home/sam/local/lib INSTALL_INCLUDE = /home/sam/local/include METIS_PATH = METIS = CHOLMOD_CONFIG = -DNPARTITION Then issue the following commands cd UMFPACK make library make install cd . ptcblas./UFconfig cp UFconfig.cfg..0) Untar the archive..5.org/Installing_SciPy/Linux#head-.example to site.cfg and edit it: [DEFAULT] library_dirs = /home/sam/local/lib include_dirs = /home/sam/local/include In the same file. ptf77blas.

0) Make sure that $HOME/local/bin is in $PATH (for f2py) and $PYTHONPATH contains $HOME/local/lib/python-2.8. it is an earlier version that doesn't work with scipy.Installing SciPy/Linux - http://www. atlas [lapack_opt] libraries = lapack. It took me some time to work out the issues so I thought I'd put the details here. f77blas.scipy.py install --prefix=/home/sam/local Building everything from source with gfortran on Ubuntu (Feb 2008) This is how I built everything from source on a 64 bit Ubuntu system with latest versions as of February 2008.py install --prefix=/home/sam/local Step 5: Build scipy(0.. Install required packages sudo apt-get install build-essential python-dev swig gfortran Install nose (easy_install nose). Do not install python-nose.py build python setup. uncomment these lines: [blas_opt] libraries = f77blas.org/Installing_SciPy/Linux#head-. atlas Then use the standard installation technique python setup. cblas.py build python setup. I believe it should work the same on 32 bit systems (leaving out 64 bit related options).. Also make sure g77 is not installed. cblas. umfpack_libs = umfpack For a single core machine. sudo apt-get remove python-nose sudo apt-get remove g77 sudo apt-get install python-setuptools sudo easy_install nose 13 of 17 11/02/11 21:10 .6/site-packages (for numpy) Do a standard install python setup. Distutils will not use gfortran if g77 is installed.

.2. UFconfig/UFconfig. Build ATLAS (3. Build UMFPACK (5.2./configure -b 64 -Fa alg -fPIC --with-netlib-lapack=/path /to/lapack/lapack_<XXXX>.1) As described above..Installing SciPy/Linux - http://www.a ~/scipy_build/lib cp AMD/Include/amd. I found it's easier to copy all needed libraries and files to a common directory.mk should contain: CC = gcc CFLAGS = -O3 -fexceptions -m64 -fPIC F77 = gfortran F77FLAGS = -O -m64 -fPIC BLAS = -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.h ~/scipy_build/lib/include Copy libgfortran into scipy library directory (doesn't seem to work if it doesn't find the 14 of 17 11/02/11 21:10 . UFconfig and UMFPACK and untar them into a directory..1 -L/home/robince /scipy_build/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas -lgfortran LAPACK = -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4. remove the -m64 flags and change the first -L option to -L/usr /lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.org/Installing_SciPy/Linux#head-. create a directory for your build in ATLAS and run configure (add option '-b 64' for 64 bit).8.1. Build lapack (3. Run 'make' in UMFPACK directory. Copy resulting libraries and include files.1 -L/home/robince /scipy_build/lib -llapack -lf77blas -lcblas -latlas -lgfortran On a 32 bit system.0) As described above untar.2.h ~/scipy_build/lib/include cp UMFPACK/Include/*.inc. cp AMD/Lib/libamd.h ~/scipy_build/lib/include cp UFconfig/UFconfig.gfortran.a make Copy the libraries to a lib directory (/usr/local/lib or ~/scipy_build/lib for example).0) Get the latest versions of AMD.2. add -fPIC flags (and -m64 if building 64 bit) to OPTS and NOOPT. Run make in SRC directory. sudo cpufreq-selector -g performance .scipy.a ~/scipy_build/lib cp UMFPACK/Lib/libumfpack. copy make.

umfpack_libs together)..2. I ran configure first and extracted the suggested FLAGS from the Makefile.2) SciPy Versions >= 0.7 and Numpy < 1. Install or create your own wrapper of FFTW.1. 2. See http://developer./configure --enable-sse2 --enable-threads --with-combined-threads  CFLAGS="-O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing -ffast-math  -pthread -fPIC -m64" FFLAGS="-g -O2 -fPIC -m64" CXXFLAGS="-g -O2  -fPIC -m64" make sudo make install Build Numpy and Scipy Set the following entries in site.berlios.* ~/scipy_build /lib/ Build FFTW (3.2 Because of license. atlas 15 of 17 11/02/11 21:10 . cblas. Downgrade to a Numpy/Scipy version that includes support.. Instead now uses a built-in version of fftpack.de /projects/pyfftw/ as an un-endorsed example.cfg (this will also work with fftw if it has been compiled and installed in the default location (/usr/local): [DEFAULT] library_dirs = /usr/local/lib:/home/robince/scipy_build/lib include_dirs = /usr/local/include:/home/robince/scipy_build /lib/include [atlas] atlas_libs = lapack. SciPy Versions < 0. then added -fPIC and -m64.2 After untarring.7 and Numpy >= 1.scipy.7 and NumPy >= 1.org/Installing_SciPy/Linux#head-. run configure.2/libgfortran. (Not sure if this is necessary) . f77blas. and maintenance issues support for FFTW was removed in versions of SciPy >= 0.Installing SciPy/Linux - http://www. configuration. There are a couple ways to take advantage of the speed of FFTW if necessary for your analysis. cp /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4. 1.

Installing SciPy/Linux - http://www. vml include_dirs = /home/youruser/intel/mkl/8..py to be something like: cc_exe = 'icc -O2 -g -fomit-frame-pointer -mcpu=pentium4  -mtune=pentium4 -march=pentium4 -msse2 -axWN -Wall' Run icc --help for more information on processor-specific options.py config --compiler=intel build_clib --compiler=intel  build_ext --compiler=intel install Compile and install SciPy with the Intel compilers: python setup.py install Any distribution with Intel C compiler and MKL The Intel C compiler and Intel MKL are free for personal non-commercial use. Compile and install NumPy with the Intel compiler: python setup. python setup.scipy. Add some variation of the following lines to site. [amd] amd_libs = amd [umfpack] umfpack_libs = umfpack. gfortran [fftw] libraries = fftw3 Build Numpy and Scipy. Modify cc_exe in numpy/numpy/distutils/intelccompiler.py build sudo python setup.1/include There are also libraries for the IA-64 and EM64T processors.org/Installing_SciPy/Linux#head-..1/lib/32 mkl_libs = mkl.cfg in your top level numpy directory to use MKL: [mkl] library_dirs = /home/youruser/intel/mkl/8.py config --compiler=intel --fcompiler=intel  build_clib --compiler=intel --fcompiler=intel build_ext  --compiler=intel --fcompiler=intel install You'll have to set LD_LIBRARY_PATH to ~/intel/mkl/8.1/lib/32/:~/intel 16 of 17 11/02/11 21:10 .

sagemath. Any Linux distro: self-contained local installation with Sage. run sage with the -sh option.org/Installing_SciPy/Linux#head-. /cc/9. This will install sage in its own directory.Installing SciPy/Linux - http://www.1. compiler and library versions) for NumPy to work. you can set the environment variables to point to your sage executables..044/lib:~/intel /fc/9. The only solution I've found that always works is to build Python. All you need is some basic tools like gcc (no fortran).1. make install. python (and ipython) can be found in SAGEROOT/local/bin If you don't want to have to type in absolute paths.1/lib/32 Configure Python with --prefix=$HOME/opt.profile contains the line ~/Sage/sage -sh CategoryInstallation Installing SciPy/Linux (last edited 2010-12-30 00:37:22 by MaxBane) 17 of 17 11/02/11 21:10 .1.scipy. you shouldn't have to set any LD_LIBRARY_PATH for NumPy and SciPy to work..044/lib (exact values will depend on your architecture.g: export LD_RUN_PATH=~/opt/lib:~/intel/cc/9. My . Built like this. add $HOME/opt/bin to the front of your PATH and then build NumPy and SciPy with the site. Run the test suites to verify this.html All you have to do is unpack the tar and type make.cfg as above in their top level directories (check the config step's output carefully to make sure it selects MKL). make. This takes about 3 hours.039/lib:~/intel/mkl/8. To do this. e. Follow the instructions here to build sage from source: http://www. NumPy and SciPy inside an environment where you've set the LD_RUN_PATH variable. This can still cause problems.org/doc/installation/source.