i+8

i+4

i
 Elica 310

Il legame idrogeno forma un

ciclo di 10 atomi della catena
principale (includendo lo
stesso idrogeno. Ci sono tre
residui per giro.
Termodinamica del folding
delle proteine
!G = !H " t!S
!G fold = !Gnative " !Gdenatured

ΔGfold e’ piccolo, circa 5 - 20 kcal/mol < kT/10 !!!!!

Le forze che determinano il folding

Forze idrofobiche (entropiche) stabilizzanti

entropia (gradi di liberta’, flessibilita’) (kj/mol) destabilizzanti
solvatazione di gruppi polari e carichi stabilizzanti
repulsione sterica destabilizzanti
Legami idrogeno +/-
Interazioni di van der Waal’s stabilizing
Protein Structures
 Domini ed esoni

In alcuni casi (rari) un dominio

corrisponde ad un esone.
 Ruolo dei domini: legami dei substrati
I siti di legame dei substrati
nelle proteine multidominio
sono spesso nella region tra i
domini.
Il movimento relativo dei
domini puo’ favorire il
riconoscimento e la
possibilita’ di creare un
ambiente favorevole alla
reazione.
 Ruolo dei domini: segregazione di funzioni

Moti enzimi multi-dominio hanno

funzioni separate nei domini (per
esempio legame del substrato e
catalisi)
La lattato deidrogenasi ha un dominio che lega un
nucleotide e un dominio per legare il substrato.
Nella fosfofruttochinasi un
dominio contiene il sito
attivo, l’altro ha un effetto
regolativo. Quando un
attivatore o un inibitore si
lega al secondo, c’e’ un
cambiamento di forma che
viene trasmessa all’altro
dominio rendendolo piu’ o
meno attivo.
 Modifica di funzione

Lo stesso dominio funzionale puo’ essere

“riutilizzato” dall’evoluzione.
Nelle varie deidrogenasi NAD
dipendenti il dominio che lega
il nucleotide e’ simile, l’altro
dominio che lega il substrato
e’ specifico.
Le immnoglobuline sono
formate da vari domini tutti
simili tra loro.
Le proteasi ad aspertato monomeriche sono formate da due
domini, la proteasi ad aspartato di HIV e’ un dimero
simmetrico.
Spesso i domini hanno un ruolo puramente
strutturale.
Flessibilita’:
Piccole variazioni nelle
strutture secondarie
possono provocare grandi
variazioni dell’intera
struttura, come nella
calmodulina
Ruolo dei domini: facilita’ di strutturazione

Un’architettura a molti domini puo’

rendere la strutturazione piu’ efficiente.
Perche’ studiare il folding?

Ci sono molte malattie dovute a folding

incorretto:
Polineuropatia familiare amiloide
Alzheimer
Mucca pazza
Insonnia familiare acuta …
Polineuropatia familiare amiloide

Transtiretina
L’Alzheimer e’ dovuto ad aggregati del
peptide beta amiloide.
Ne e’ affetto circa il 10% degli
ultrasessantacinquenni e probabilmente il 50%
degli ultraottantenni.
In condizioni normali l’organismo processa il
precursore amiloide in un peptide solubile. In
certi casi, il peptide aggrega in lunghi
filamenti che non possono essere eliminati dai
meccanismi fidiologici.
Questi aggregati formano una fibra beta-
amiloide che a sua volta da’ aorigine a placche
neuritiche.
 The folding problem:

ACTFGARTEADEASRTFCGABHI
?
GFRLPMNHTYWPLYHMVCS…

HGRTDEPLPMNWQACVFRGHEF
GPLMNSSFGHINV…
?

?
MKWSDFHITTLPEQCVNTHILSS
TPLMYHVGVCQQTHLMS…

LIPREDSGHWQPLMTRFHSDAAS
LKPLRTENMVCDERSTGHKL…
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TPLMYHVGVCQQTHLMS…

LIPREDSGHWQPLMTRFHSDAAS
LKPLRTENMVCDERSTGHKL…
 The folding problem:

ACTFGARTEADEASRTFCGABHI
GFRLPMNHTYWPLYHMVCS…

HGRTDEPLPMNWQACVFRGHEF
GPLMNSSFGHINV…

MKWSDFHITTLPEQCVNTHILSS
TPLMYHVGVCQQTHLMS…

LIPREDSGHWQPLMTRFHSDAAS
LKPLRTENMVCDERSTGHKL…
 Il paradosso di Levinthal

Variamo phi e psi ad intervalli di 120 gradi

2 amino acidi: 3x3=9 alternative

3 amino acidi: 3x3x3x3=81 alternative
…
N amino acidi: 3 2(n-1) alternative
50 aminoacidi: 10 46 alternative

Se ogni tentativo richiede 1 femtosecondo (10 –12 secondi)

provare tutte le combinazioni richiede:
10 46 femtosecondi = 10 32 secondi = 2 1027 giorni = 10 24 anni
 reduction remove urea
denaturation oxidase

Native protein Denatured protein Native protein

(active) (inactive) (active)

reduction oxidase
denaturation remove urea

Non native protein

Native protein Denatured protein
(inactive)
(active) (inactive)