Préambule

lundi 8 septembre 2008 09:23

Mécanismes de transcription et de traduction
Procaryotes
Chez les procaryotes, les gènes sont souvent regroupés sous forme d'opérons. Des séquences RBS (Ribosome Binding Site) (ou Shine Dalgarno) permettent aux ribosomes de se fixer sur l'ARN a traduire en protéine. Schéma de transcription de l'ADN :

Orientation 5' et 3'

Eucaryotes
Les gènes eucaryotes sont composés de séquences introniques et exoniques. L'initiation de la traduction se fait sur une séquence ATG. A la suite de la transcription d'un gène, un ARN pré-messager est créé, il comporte encore des séquences introniques, une coiffe 5' ainsi qu'une queue poly-Adénylée en 3'. L'épissage permet d'exciser les introns, on obtient un ARN messager mature qui ne comporte que les séquences exoniques mises bout à bout, la coiffe 5' ainsi que la queue poly-Adénylée sont conservées.

La traduction aboutit à la création d'une protéine découlant indirectement du codage des séquences exoniques.

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Une bactérie doit être très économe, la multiplication, la nutrition, l'adaptation doivent être efficientes.

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Les Procaryotes
lundi 8 septembre 2008 20:54

Parties de cours abordées : • Initiation • Elongation • Terminaison

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Chapitre 1 : Initiation de la transcription
lundi 8 septembre 2008 10:00

Box -35 -10

Séquence TgACA TATAAT

Le début de la transcription commence au niveau du nucléotide +1. Il est nécessaire de contrôler la fixation de l'ARN polymérase sur le promoteur.

1- Création du complexe fermé par la fixation de l'ARN polymérase sur toute la zone promotrice, englobant le nucléotide +1 et les séquences -35 et -10.

2- Création du complexe ouvert par la dénaturation des deux brins d'ADN pour permettre d'atteindre les bases. Cette ouverture se fait au niveau du nucléotide +1 jusqu'à environ la moitié de la séquence -10.

3- La synthèse de l'ARN peut débuter.

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4- Phase d'élongation : la polymérase quitte le promoteur et progresse vers l'extrémité 5'. La polymérase a une forte affinité au promoteur et une affinité plus faible aux séquences suivantes.

5- Terminaison de la traduction : arrivé en région terminatrice, le site de reconnaissance de Rho qui a été transcrit permet la liaison du facteur Rho impliqué dans le relargage de l'ARN polymérase :

Il y a formation d'une boucle terminative :

Rho progresse le long du brin d'ARN formé et éjecte in fine l'ARN polymérase :

4 points de contrôles :

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4 points de contrôles : • Contrôle de la fixation de l'ARN polymérase sur le promoteur. • Contrôle de l'ouverture de l'ADN. • Contrôle du début de la synthèse d'ARN. • Contrôle du départ de la polymérase du promoteur pour contrôler en réalité l'élongation.

Nous traiterons en général du cas d'E. coli. La structure de la polymérase d'E. coli est de type : α2ββ'ωσ Une protéine peut acquérir plusieurs conformations spatiales. Par exemple, elle peut se replier de telle sorte que des domaines NTD (N-Terminal Domain) et CTD s'agrègent de leur côtés respectifs et restent reliés par une séquence d'AA sans conformation particulière. La polymérase qui nous intéresse ici a juste ses deux sous-unités α qui comportent des domaines NTD et CTD reliés par un bras flexible.

La polymérase a une affinité forte pour une séquence particulière qui est promotrice. Elle peut toutefois se fixer autre part sur l'ADN, cependant cette fixation est à faible affinité et généralement l'initiation ne s'y fera pas : l'ARN polymérase va avoir tendance à se détacher successivement pour atteindre enfin la séquence promotrice. La sous-unité σ70 contient 2 parties impliquées dans la reconnaissance des séquences promotrices : • σ2 qui reconnait la séquence -10 : TATAAT • σ4 qui reconnait la séquence -35 : TGACA La région σ2 a un second rôle car c'est à son niveau (séquence -10) que l'ADN doit être ouvert. 1- Reconnaissance du site -10. 2- Ouverture de l'ADN autour de ce site -10.

Elément UP
Certains promoteurs comportent un élément UP responsable d'une meilleure reconnaissance pour la transcription. L'élément UP est reconnu par les domaines CTD des sous unités α. La stabilité conférée par la séquence UP permet une meilleure transcription. > Promoteurs dits "efficaces".

Intervention de la région σ3
Certains promoteurs ont une séquence -35 qui n'a rien a voir avec la séquence normalement reconnue par σ4. > Donc σ4 ne reconnait pas -35 Si on essaye d'installer la polymérase sur ce promoteur, seul l'interaction σ2 - -10 assure la stabilité.

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Si on essaye d'installer la polymérase sur ce promoteur, seul l'interaction σ2 - -10 assure la stabilité. > Condition instable, la polymérase aurait tendance à se détacher. Mais une région σ3 est présente juste à côté de σ2 impliquée dans la reconnaissance de la séquence -10. > La somme des interactions entre σ3 et l'ADN avant -10 ainsi que σ2 - -10 confèrent une stabilité suffisante.

La présence de la séquence -10 est indispensable étant donnée que c'est cette dernière qui est impliquée dans l'ouverture de l'ADN.

Contrôles de la transcription
Pour commencer l'élongation., il faut dissocier σ70 de l'holoenzyme. Le reste de l'enzyme (ββ') n'a pas une affinité spécifique pour le promoteur, elle peut quitter le promoteur. Des Activateurs/Répresseurs peuvent assurer une régulation à divers niveaux : > Contrôle de la fixation de l'ARN polymérase sur le promoteur. > Contrôle de l'ouverture de l'ADN. > Contrôle du début de la synthèse d'ARN. > Contrôle du départ de la polymérase du promoteur pour contrôler en réalité l'élongation.

Cas de la régulation de l'expression du gène merT en fonction de la présence ou absence de mercure (Hg2+)
Dans le cas du mercure, la bactérie doit mettre en place un système de défense qui nécessite de l'énergie et doit être finement régulé (en fonction de la présence ou absence d'un taux dangereux de mercure dans le milieu). > Production de la protéine merT capable de capter et "détoxifier" le mercure. Normalement, la bactérie ne produit pas merT mais lorsqu'un taux trop important de mercure est présent, la transcription se déclenche.

Les séquences -35 et -10 sont présentes et pourront être reconnues (par σ4 pour -35 et σ2 pour -10). L'écart entre la séquence -35 et -10 est de 15 à 17 pb en règle générale. La particularité du promoteur du gène merT est que l'écart entre -35 et -10 est de 19 pb. > σ4 et -35 peuvent se lier. > σ2 et -10 ne peuvent pas se lier. > Instabilité de la fixation de la polymérase

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En absence de mercure, la polymérase ne peut pas se fixer sur le promoteur du gène. La présence d'une concentration élevée en mercure induit une fixation d'un ion mercure sur une protéine activatrice "merR". Cette fixation s'accompagne d'un changement de conformation.

Répression de la transcription de merT

En absence de mercure, la protéine merR peut se fixer sur un site spécifique du promoteur du gène merT. La fixation de merR stabilise la structure tridimensionnelle de l'ADN et interdit toute fixation simultanée des régions -35 et -10 du promoteur par la sous unité σ de la polymérase.

Activation de la transcription de merT

En présence de mercure, la protéine merR acquiert une nouvelle conformation. Cette nouvelle conformation permet de tordre l'ADN au niveau du site de fixation. Les sites -35 et -10 se rapprochent.
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> Les sites -35 et -10 se rapprochent. > La polymérase peut se fixer sur le promoteur du gène. > Transcription. Une même protéine peut donc être un répresseur ou un activateur en fonction de la concentration du composé qui la contrôle.

Les promoteurs qui comportent des séquences -35 et -10 de type TTgACA et TATAAT proches ne peuvent être contrôlés que par répression. > Un promoteur fort est principalement contrôlé par des répresseurs car augmenter son activité est difficile. Un promoteur plus faible, par exemple avec des séquences -35 et -10 respectivement AgCACA et TAgCAT, rendra plus difficile la fixation de la polymérase ainsi que l'ouverture de l'ADN. > L'efficacité de l'initiation de la transcription est plus faible "au départ". > On peut donc utiliser des activateurs pour augmenter l'efficacité du promoteur. > On peut aussi utiliser des répresseurs pour diminuer encore plus l'efficacité du promoteur. > La combinaison Répresseur/Activateur est aussi envisageable.

Répresseur
Opérateur dans le promoteur

Un répresseur reconnait une séquence spécifique de l'ADN appelée Opérateur. Cet opérateur est entre les séquences -35 et -10. > Il empêche la fixation de la polymérase.

Opérateur après le promoteur

D'autres répresseurs peuvent se fixer plus loin dans l'ADN, après le promoteur > Logiquement, ce type de répresseur ne peut pas bloquer la fixation de la polymérase, par contre il peut bloquer l'ouverture de l'ADN.

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Activateur
Activateurs de classe I sur site -61

Un activateur peut se fixer sur le site -61 en amont de la séquence -35. Cette protéine activatrice se lie aussi avec les domaines CTD des sous unités α de la polymérase. L'activateur de classe I peut lier une ou les deux sous unités α. En partant d'un promoteur faible, la somme des interactions confère une bonne stabilité grâce à l'activateur.

Activateurs de classe II sur site -41

D'autres promoteurs faibles peuvent avoir un site -41 où se fixera une protéine activatrice. L'activateur qui se lie sur le site -41 peut réaliser 3 liaisons : > Une avec un domaine CTD d'une sous unité α. > Une avec un domaine NTD de la même sous unité α. > La dernière avec la protéine σ70. > La somme des interactions stabilise la fixation de la polymérase. > Activation de la transcription. L'activateur de Classe II, comme le classe I est susceptible d'avoir des interactions différentes (une seule ou deux sous unités α considérées par exemple) étant donné la variabilité des cas qui peuvent se présenter. Un activateur de classe 2 fait deux choses : > Faciliter la fixation de la polymérase sur le promoteur en multipliant les interactions et donc en renforçant la stabilité. > Favoriser l'ouverture de l'ADN à l'issue de cette fixation. (Ce qui n'est pas possible pour un activateur de classe I sur -61 étant donné qu'il est trop loin de la protéine σ70 ) Si on revient sur notre exemple de promoteur faible avec des bases changées, il est plus judicieux d'imaginer un activateur de classe II car : > On cherche à augmenter la fixation de la polymérase, fragilisée par des bases atypiques. > On cherche aussi à aider l'ouverture de l'ADN étant donné que la séquence changée confère une meilleure liaison entre les deux brins (CG). 09/09/2008; 19:05 Sources : Vidéo de la transcription chez les procaryotes : http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072835125/126997/animation21.html

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