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Una classe particolare di sequenze

ripetute: gli elementi trasponibili


Un elemento trasponibile o trasposone è un tipo particolare di sequenza
ripetuta dispersa capace di spostarsi nel genoma in posizioni diverse.
Rappresentano una grossa porzione del genoma degli eucarioti, il 45% del
genoma umano e dal 50 all’80% del genoma delle piante superiori.

La loro presenza nel genoma delle piante è sicuramente la causa della sua
enorme dinamicità e plasticità.

La presenza di elementi trasponibili nella cellula è normalmente individuata


dai cambiamenti che essi determinano nell'espressione e/o attività dei geni
conseguente al meccanismo d’integrazione e al sito d’integrazione.

Sono stati scoperti nelle piante.


Negli anni '30 Marcus Rhoades parlò di gene mutatore
Negli anni '40 e '50 Barbara McClintock concentrò la propria attenzione su
cariossidi di mais che, anziché essere completamente pigmentate, o
depigmentate, esibivano delle macchie di colore su una cariosside incolore
McClintock giunse alla
conclusione che la
mutazione C⇒c era dovuta
ad un "elemento di
controllo mobile", oggi
definito trasposone Ds
(dissociatore) "non
autonomo", inseritosi nel
gene C
McClintock dimostrò che
per la trasposizione di Ds
nel gene C, era
indispensabile un altro
elemento mobile che
chiamò Ac (attivatore) ed
oggi "autonomo". Ac può
infatti promuovere la
trasposizione di Ds al di
fuori di c che dà origine a
reversione c⇒C e a
produzione di macchia
colorata.
Ac è l'elemento autonomo della
famiglia e quindi può trasporre
da solo e le mutazioni sono
instabili. Le mutazioni causate
da Ds sono invece stabili se nel
genoma non è più presente Ac.
Intorno alla metà degli anni
'50 McClintock dimostrò che
Ds si era originato da Ac.
Ac è lungo 4563 bp con delle
sequenze terminali ripetute
invertite (IR) lunghe 11 bp. Ac
possiede un'unica unità di
trascrizione con direzione di
lettura sinistra⇒destra. Ha
cinque esoni e sei introni.
L'elemento Ds si origina da Ac in seguito ad eventi di delezioni L'unità trascrizionale produce
interne di varia lunghezza. Ds non traspone in assenza di Ac. un messaggero di 3,5 kb che
Quando invece Ac è presente fornisce in trans le funzioni che codifica per un polipeptide di
attivano Ds, determinando la trasposizione di Ds in un nuovo 807 aminoacidi. In seguito
sito, oppure causando la rottura del cromosoma, in all'evento di inserzione , nel
corrispondenza del locus di inserzione. Gli elementi Ds variano sito bersaglio di verifica una
in composizione nucleotidica, hanno le stesse IR terminali, e le ripetizione di 8 bp ripetute
delezioni o altri tipi di riarrangiamento più complessi sono la dirette.
causa della mancanza di capacità autonoma di trasposizione.
La trasposizione di Ac non richiede replicazione dell'elemento che, quando traspone,
non lascia copia di se stesso nella posizione cromosomica occupata. Per questo se la
trasposizione di un elemento Ac avviene da un sito donatore ad un sito accettore
situato nel DNA già replicato non si ha aumento in elementi Ac. Viceversa se La
trasposizione avviene al di fuori della forca replicativa si ha un aumento in elementi
Ac
Elementi trasponibili particolari sono stati identificati in Arabidopsis
thaliana: si tratta degli elementi MITES (Miniature inverted repeat
trasposons) che si inseriscono preferibilmente in corrispondenza
dell'estremità 5' degli introni, o nelle regioni non codificanti dei geni in 3'.
In orzo, elementi simili sono stati identificati nelle regioni regolatrici di
geni. Come gli elementi LINE in Drosophila potrebbero costituire anch'essi
"enhancers" di trascrizione.
TRASPOSONI (TE)
Ac-Ds

Mites

RETROTRASPOSONI: originati da RNA, retrotrascritti e integrati come DNA nel


genoma
Tutti gli elementi che sono capaci di trasporsi mediante retroposizione contengono
un gene per la trascrittasi inversa e sono detti retroelementi

I retrovirus sono i retroelementi più


complessi. Il loro genoma contiene almeno 3
geni: gag, pol, ed env. gag codifica per una
poliproteina che viene processata in una serie
di proteine del capside di rivestimento e
della matrice del virione. Pol codifica per la
trascrittasi inversa (RT), per l’Rnasi H che
degrada l’RNA, per una integrasi (IN) che è
responsabile dell’integrazione del cDNA
retrotrascritto nel genoma dell’ospite e di
una aspartato proteinasi (PR) responsabile
della maturazione dei prodotti dei geni gag e
pol. env codifica per l’involucro del virione.
I retrotrasposoni contengono alle estremità elementi LTR (Long terminal
repeats), importanti in quanto contengono sequenze di controllo come, promotore,
attivatore trascrizionale e segnale poly-A di terminazione della trascrizione.

Appartengono alla classe delle sequenze mediamente ripetute e sono più frequenti
nelle piante caratterizzate da genomi molto grandi. Recenti ricerche hanno
dimostrato che l’amplificazione differenziale di retrotrasposoni, almeno nei cereali,
è la spiegazione del “paradosso del valore C”. In questa famiglia i retrotrasposoni
aumentano in percentuale proporzionalmente alle dimensioni del genoma: nel riso che
ha un genoma pari a 430 Mbp sono il 15%; nel mais con un genoma di 2800 Mbp sono
il 50-70%; nell’orzo con un genoma pari a 4800 Mbp sono >80%. I retrotrasposoni
hanno drammaticamente raddoppiato il genoma del mais negli ultimi 6 milioni di anni
d’evoluzione. La comparazione della sequenza di singoli elementi in diverse specie di
mais ha permesso di stimare la divergenza tra le specie in base al tempo
d’inserzione. Con la loro presenza questi elementi hanno contribuito a ristrutturare
i genomi e possono essere considerati come strumenti di evoluzione adattativa.
Locus 9002 sul cromosoma 1 di mais

Brunner et al. The Plant Cell, Vol. 17, 343–360, February 2005, www.plantcell.org ª
2005 American Society of Plant Biologists
Meccanismi di trasposizione

Retroposizione
Transposable element Target

Transcription
RNA
Reverse transcription
cDNA
Integration

Donor Recipient
Le conseguenze dell'inserzione dei trasposoni
Le possibili conseguenze dell'inserzione di un trasposone
vegetale nel cromosoma dipendono dalle caratteristiche
del trasposone stesso e dal punto d'integrazione.

Gli effetti:attivazione o repressione di geni:


aberrazioni cromosomiche, quali duplicazioni, delezioni,
inversioni, traslocazioni, o rotture.
La rottura per inserzione in un gene causa quasi sempre delle
"mutazioni null", cioè mutazioni che riducono a zero la
funzionalità di un gene.
La trasposizione nelle regioni regolatrici di un gene può invece
aumentare o ridurre l'espressione genica. Se un trasposone si
inserisce in un promotore, l'efficienza del promotore può
ridursi o venire addirittura eliminata. Inoltre il trasposone
stesso può esercitare aumento dell'espressione genica.
Regolazione dell’attivazione trascrizionale
dei trasposoni
Transcriptional silencing Post-transcriptional silencing
RNAi: interferenza da RNA

RNA induced silencing complex


Uso dei trasposoni nelle biotecnologie

Mutagenesi da trasposoni: se uno degli effetti


dell’inserzione di un trasposone è la soppressione della funzione
genica, allora il trasposone può essere usato nell’analisi genetica
per studiare la funzione di un gene: “mutanti knock out” per
inserzione da trasposoni.

Transposon tagging: è un metodo largamente utilizzato nelle piante


per l’isolamento e la caratterizzazione di geni. Il trasposone può essere
utilizzato come una sonda in esperimenti di ibridazione molecolare per
localizzare i geni nel genoma e permetterne così l’isolamento.

Il trasposone come marcatore molecolare: può servire per il


fingerprinting a livello di specie e a livello di varietà.