Skripsi Hokie Agung Permana 2

ANALISIS SENYAWA BIOAKTIF ANTIMIKROB BERSPEKTRUM LUAS DARI BAKTERI YANG BERASOSIASI DENGAN SPONS Haliclona sp.

HOKIE AGUNG PERMANA

DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011

aureus. dan HAL-23. and HAL-23. Two out of the six isolates carried genes encoding polyketide synthase (PKS) and five out of six isolates encoding nonribosomal peptide syntethase (NRPS). E. Hasil kromatografi lapis tipis dibawah sinar UV 365 nm menunjukkan bahwa masing-masing isolat bakteri marin memiliki fraksi yang aktif menghambat P. B. Di bawah bimbingan ARIS TRI WAHYUDI dan DUDI TOHIR. Key words: sponge-associated bacteria. aureus. were extracted using ethyl acetate solvent. Hasilnya sebagian ekstrak kasar isolat bakteri marin tersebut memiliki aktivitas hambatan terhadap S. subtilis. bioactive compound. E. Senyawa antimikrob berspektrum luas dari enam isolat yang berasosiasi dengan spons Haliclona sp.5% to 100%. . P.5% hingga 100%. coli. HAA-07. ANALYSIS OF BIOACTIVE COMPOUNDS AS WIDE SPECTRUM ANTIMICCROBIAL FROM SPONGE ASSOCIATED BACTERIA FROM Haliclona sp. HAL-08. EPEC. coli. HAL-20. Under direction of ARIS TRI WAHYUDI and DUDI TOHIR. antimicrobial activity .. HAA-07. dan C. albicans. HAL-20. aeruginosa. aeruginosa through bioautography test. aktivitas antimikrob ABSTRACT HOKIE AGUNG PERMANA. HAL-10. ANALISIS SENYAWA BIOAKTIF ANTIMIKROB BERSPEKTRUM LUAS DARI BAKTERI YANG BERASOSIASI DENGAN SPONS Haliclona sp. Wide spectrum of antimicrobial compounds from six bacteria associated with the sponge Haliclona sp. aeruginosa melalui uji bioautografi. B. HAL-10. Thin layer chromatography after extract under UV 365 nm indicated that each bacterial isolates had an active fraction inhibited P. The results showed that crude extracts of bacterial isolates had inhibitory activity against S. senyawa bioaktif. Dua dari enam isolat membawa gen poliketida synthase (PKS) dan lima dari enam isolat membawa gen nonribosomal peptide syntethase (NRPS). albicans. Kata kunci: bakteri yang berasosiasi dengan spons. aeruginosa. Ekstrak kasar bakteri tersebut kemudian diuji aktivitasnya terhadap beberapa mikrob patogen dan non patogen. Konsentrasi hambatan minimum (MIC) dari supernatan bakteri marin tersebut berkisar antara 12. diekstrak menggunakan pelarut etil asetat. Keenam isolat tersebut adalah HAA-02.ABSTRAK HOKIE AGUNG PERMANA. Those isolates were HAA-02. EPEC. and C. Minimum inhibitory concentration (MIC) of bacterial supernatant ranged between 12. subtilis. HAL-08. P. Bacterial crude extracts were tested their activities against pathogenic and non pathogenic microbes.

ANALISIS SENYAWA BIOAKTIF ANTIMIKROB BERSPEKTRUM LUAS DARI BAKTERI YANG BERASOSIASI DENGAN SPONS Haliclona sp. HOKIE AGUNG PERMANA Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biologi DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 .

19641002 198903 1 002 Tanggal Lulus : . Ketua Departemen Biologi Dr. 19630705 199103 1 005 Drs. Aris Tri Wahyudi.Si.Judul Skripsi Nama NIM : Analisis Senyawa Bioaktif Antimikrob Berspektrum Luas dari Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons Haliclona sp. NIP. 19571104 198903 1 001 Mengetahui.S. NIP. M. M. Ir. : Hokie Agung Permana : G34070026 Menyetujui: Pembimbing I Pembimbing II Dr.Si. Dudi Tohir. NIP. M. Ence Darmo Jaya Supena.

S atas bimbingan dan pengarahan yang diberikan.” ini dilakukan mulai Januari 2011 sampai dengan Juni 2011 di Laboratorium Mikrobiologi. serta Pak Eman dan Ibu Nunung dari Laboratorium Kimia Analitik atas bantuan dan saran selama penulis melakukan penelitian ini.. Penelitian dengan judul “Analisis Senyawa Bioaktif Antimikrob Berspektrum Luas dari Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons Haliclona sp. Terima kasih juga untuk keluarga tercinta yang senantiasa memberi cinta. Rika Indri Astuti. Bogor. M. semangat dan kasih sayang. Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr. Departemen Biologi. M. S. Aris Tri Wahyudi. sehingga karya ilmiah ini dapat diselesaikan.Si. doa dan dukungan. Si dan Drs. Institut Pertanian Bogor. Penulis berharap semoga karya tulis ini dapat bermanfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan.PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-Nya. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Oktober 2011 Hokie Agung Permana . M.Si di Laboratorium Mikrobiologi. serta teman-teman tersayang khususnya di Biologi angkatan 44. Ungkapan terimakasih juga disampaikan kepada Yonatan Banoet. Dudi Tohir. doa. Wisma Cibanteng City yang selalu memberikan bantuan.

Penulis juga mendapatkan pendanaan dari Dikti pada tahun 2009 untuk Program Kreativitas Mahasiswa (PKM). Penulis lulus dari SMP Negeri 9 Jakarta pada tahun 2004. dan sebagainya. . kemudian melanjutkan pendidikan di SMA Negeri 58 Jakarta dan lulus tahun 2007.RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Bogor Jawa Barat pada tanggal 12 Agustus 1988 dari pasangan Uun Gunawan dan Saw Jan Nio. LDK-DKM Al-Hurriyyah pada tahun 2008. Revolusi Sains 2009. Penulis merupakan anak pertama dari dua bersaudara. Ilmu Lingkungan. dan Biologi Dasar. Setelah itu. penulis pernah aktif berorganisasi di Himpunan Mahasiswa Biologi (HIMABIO) pada tahun kepengurusan 2009 dan 2010. Selain itu. Festival Ilmuwan Muslim 2008. SERUM-G pada tahun 2008 serta menjadi panitia di berbagai kegiatan antara lain Biologi Interaktif 2009. penulis lulus seleksi masuk jurusan Biologi di Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Undangan Seleksi Masuk IPB). Penulis mempunyai pengalaman sebagai asisten praktikum pada mata kuliah Ekologi Dasar.

.... Uji Minimum Inhibitory Concentration (MIC) ………………………………………........DAFTAR ISI Halaman Daftar Tabel …………………………………………………………………………….. Bioassay Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob………………………………………… Analisis Kandungan Ekstrak Kasar……………………………………………………... PENDAHULUAN ……………………………………………………………………. Waktu dan Tempat Penelitian …………………………………………………………….. Deteksi Gen Penyandi Domain KS (PKS) dan Domain A (NRPS) dengan PCR ……................................. SIMPULAN …………………………………………………………………………………… SARAN ………………………………………………………………………………………...... Isolasi Genom…………………………………………………………………………. Ekstraksi Senyawa Bioaktif Menggunakan Etil Asetat …………………………...... Bioassay Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob ……………………………………… Fraksinasi Ekstrak Etil Asetat……………………………………………………….. Analisis Aktivitas Antimikrob Senyawa Hasil Fraksinasi (Bioautografi)…………….......... DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………………………………… iv iv 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 5 7 8 8 8 ................... Aktivitas Antimikrob Senyawa Hasil Fraksinasi……………………………………… Deteksi Gen Penyandi Domain KS (PKS) dan Domain A (NRPS) dengan PCR……............... Daftar Gambar …………………………………………………………………………………................. Latar Belakang …………………………………………………………………………… Tujuan ……………………………………………………………………………................... HASIL DAN PEMBAHASAN……………………………………………………………….................... BAHAN DAN METODE........ Minimum Inhibitory Concentration…………………………………………............. Bahan dan Alat …………………………………………………………………………… Metode …………………………………………………………………………………….....

.................terhadap bakteri dan cendawan patogen.............. Minimum Inhibitory Concentration dari supernatan bakteri asal spons Haliclona sp.............. Fraksinasi dan uji aktivitas ekstrak etil asetat terhadap P........... terhadap bakteri dan cendawan patogen............................ 5 Kromatogram dan uji bioautografi .. 3..................... aeruginosa........................ Aktivitas antimikrob ekstrak etil asetat dari bakteri asal spons Haliclona sp.......................................... ............... terhadap P.... 2........DAFTAR TABEL Halaman 1................................................................................. aeruginosa…………………....................................... 4 5 6 DAFTAR GAMBAR Halaman Aktivitas antimikrob ekstrak etil asetat dari bakteri asal spons Haliclona sp....................... 3.................................. 2.............................................. 7 1........ 6 Hasil visualisasi PCR gen penyandi PKS dan NRPS .....

Pada permukaan tubuhnya terdapat lubang kecil sebagai tempat masuknya air. antimikrob. Sampai saat ini telah ditemukan 15. menghancurkan zat yang tak dapat larut oleh kolagen spons. polyketide synthase baru (PKS) (Courtois et al. Candida tropicalis. dan C. Bacillus subtilis non-patogen. Senyawa yang diisolasi dari Haliclona sp. Bakteri yang berasosiasi dengan spons Haliclona sp. terpenoid. lebih dari 190 metabolit dengan aktivitas spektrum luas telah diisolasi (Yu et al. serta deteksi gen penyandi domain KS pada polyketide synthase (PKS) dan domain A pada nonribosomal peptide synthetase (NRPS). 1 . Aktivitas antimikrob ditunjukkan dengan adanya konsentrasi hambat minimum (MIC) yaitu konsentrasi terendah dari senyawa antimikrob yang akan menghambat pertumbuhan mikroorganismee setelah diinkubasi selama satu malam (Andrews 2001). Para peneliti menemukan bahwa spons menghasilkan metabolit sekunder sebagai mekanisme perlindungan diri. Pada species Haliclona sp. dan sebagai pensuplai nutrisi. mencakup steroid. analisis kandungan dan aktivitas antimikrob fraksi senyawa ekstrak kasar. Moffitt and Neilan 2003). peptida asam lemak tak jenuh. Berdasarkan analisis kekerabatannya keenam isolat yaitu HAA-02. Penelitian lain juga mengungkapkan bahwa metabolit sekunder ini tidak hanya berperan dalam metabolisme organisme tersebut tetapi juga berperan dalam strategi adaptasi organisme terhadap lingkungannya (Thakur & Müller 2004). Isolasi dan identifikasi komponen-komponen senyawa organik yang berpotensi sebagai senyawa bioaktif dapat dilakukan dengan beberapa cara. menyediakan akses ke matahari bagi mikroba yang berfotosintesis. HAL-23 menunjukkan homologi dengan genus Bacillus. dan sitotoksik (Fiesler et al. Pada penelitian ini dilakukan uji MIC. 2000). 2002). Furniss et al. Untuk melihat ada tidaknya aktivitas fraksi yang dihasilkan dari uji KLT maka dilakukan uji lanjut yaitu uji bioautografi.PENDAHULUAN Latar Belakang Spons merupakan nenek moyang metazoa lebih dari 580 juta tahun lalu. Peran dari mikroba tersebut bervariasi. HAL-20. dan fungsi baru seperti sistem asosiasi membran proteolitik (Beja et al. albicans. partikel organik dan sirkulasi kanal tubuhnya. 2004). namun keragamannya mungkin jauh lebih besar. HAA-07. salah satunya dengan kromatografi lapis tipis (KLT) KLT merupakan teknik pemisahan senyawa berdasarkan distribusi komponen yang berbeda dari suatu campuran antara fase gerak dan fase diam (Khopkar 1990). Setiap fraksi menghasilkan nilai Rf yang merupakan langkah awal untuk memperkirakan jenis suatu komponen senyawa organik yang telah terpisah (Smart 2002. 1984). dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang menghambat Staphylococcus aureus nonpatogen.000 spesies spons. alkaloid. 2006). 2006). S. 2009). Berbagai senyawa antimikrob telah diisolasi dari bakteri yang berasosiasi dengan spons. Analisis fungsional metagenom telah menghasilkan banyak senyawa baru (Gillespie et al. dan penggunaan metabolit sekunder yang dihasilkan oleh mikrob tersebut sebagai mekanisme pertahanan terhadap kompetitor dan predator (Taylor et al. mulai dari sumber makanan hingga melakukan simbiosis mutualisme dengan spons itu sendiri (Kennedy et al. Polyketide synthase (PKS) dan non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) merupakan kompleks enzim multifungsional yang berperan dalam sintesis beragam struktur senyawa bioaktif secara luas. Spons berperan sebagai substrat bagi mikroba. EPEC. Spons sebagai organisme filter feeder mampu mengolah ribuan liter air laut per hari. ekstraksi senyawa antimikrob dengan menggunakan etil asetat. antimalaria. kebanyakan merupakan kepentingan medis (Hutchinson 2003). poliasetilen. Senyawa tersebut diketahui sebagai antifouling. Habitatnya terdapat pada lingkungan tropis dan subtropis tetapi juga ditemukan pada tempat yang lebih tinggi dan pada danau air tawar dan aliran sungai. Keuntungan bagi spons dari simbiosis ini antara lain meningkatkan kepadatan spons. Hasil pemisahan senyawa tersebut akan menghasilkan fraksi-fraksi yang terpisah sepanjang pelat KLT berdasarkan tingkat kepolarannya. HAL-10. 2003. 2007). Pseudomonas. aureus patogen. dan poliketida (Yu et al. HAL-08. Spons menjadi inang dari berbagai jenis komunitas mikroba secara umum yang dapat mencapai 50-60% dari tubuhnya (Wang 2006). antifungi.

HAL-08. pipet mikro. NA (Nutrient Agar). subtilis. Bioassay Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob Mikrob indikator dikultur selama 24 jam. aeruginosa atau dalam media PDB untuk C. Mikrob target diremajakan kembali dalam media NB untuk E.25%. B. albicans dan C. IPB. Komponen senyawa organik yang terpisah akan berbentuk noda-noda di sepanjang pelat. Mikrob indikator yang digunakan untuk uji antagonis adalah E. 12. HAA-07. aureus. cawan. dan P.Tujuan Penelitian ini bertujuan menganalisis senyawa bioaktif antimikrob bespektrum luas dari bakteri yang berasosiasi dengan spons Haliclona sp. Kemudian diamati kekeruhan masing-masing biakan di dalam tabung reaksi. tabung. EPEC. Kemudian ke dalam kultur ditambahkan 500 ml etil asetat. mesin PCR. BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Januari 2011 hingga Juni 2011 di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi. hot plate. coli. laminar (Jouan. dan 100%. dibuat juga kontrol yang tidak diberi filtrat bakteri. dan dievaporasi. S. 2004). Setelah senyawa bergerak sampai garis batas atas. Media yang digunakan yaitu SWC (Sea Water Complex).5%. HAL-10. Fraksinasi dilakukan pada pelat 25 TLC Aluminium sheet silica gel 60F254. S. B. aeruginosa. Cawan uji diinkubasi selama 24 jam. tropicalis. diaduk selama 3 jam. Kemudian pelat dimasukkan ke dalam kotak kromatografi yang berisi eluen n-butanol: etil asetat: akuades (2:3:1) dan n-butanol: etil asetat (3:7) dan telah dijenuhkan selama satu jam. kemudian dilihat dan ditandai di bawah sinar UV dengan panjang gelombang 254 dan 365 nm (Zheng et al. Sebanyak 30 μl ekstrak senyawa antimikrob diteteskan dengan pipa kapiler pada pelat yang telah diberi tanda sebagai titik awal. albicans dan C. Biakan uji MIC tersebut lalu diinkubasi selama 24 jam. HAL-23 koleksi Pauliasi Tokasaya (2010). Masing-masing komponen 2 . Ekstraksi Senyawa Bioaktif Menggunakan Etil Asetat Isolat bakteri marin dikulturkan ke dalam 500 ml media SWC cair. FMIPA. autoklaf. Ekstrak yang dihasilkan disimpan pada suhu 5 ºC untuk pemakaian selanjutnya (Muller et al. masingmasing tabung diisi dengan 1 ml bakteri target. 30 ºC) selama tiga hari.1. Kultur diinkubasi pada mesin penggoyang (100 rpm. MIC ditentukan berdasarkan kekeruhan biakan dibandingkan dengan kontrol. 25%. C. Pelarut yang digunakan untuk ekstraksi adalah etil asetat. 2005). Perancis). 50%. Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) K. Mikrob target tersebut diinkubasi selama 24 jam pada suhu ruang kemudian diinkubasi kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 30 menit. Hasil uji positif ditunjukkan dengan terbentuknya zona bening. Filtrat dari hasil sentrifugasi dimasukkan ke dalam 5 tabung reaksi dengan konsentrasi yang berbedabeda masing-masing 6. Selain kelima konsentrasi tersebut. Fraksinasi Ekstrak Etil Asetat Isolasi dan identifikasi senyawa bioaktif sampel dilakukan dengan KLT terhadap senyawa organik dari ekstrak kasar. tropicalis. aureus. pelat dikeluarkan dan dikeringkan. HAL-20. P. Sebanyak 1% kultur mikrob indikator dicampurkan ke media NA dan PDA semi padat lalu dituangkan di cawan. Alat-alat laboratorium yang digunakan adalah pelat KLT (TLC Aluminium sheet silica gel 60F254 produksi Merck) vorteks. Setelah itu. coli. Bahan dan Alat Bahan yang digunakan adalah isolatisolat terbaik dari bakteri yang berasosiasi dengan spons hasil penelitian terdahulu yaitu HAA-02. Ekstrak kasar senyawa antimikrob yang telah dilarutkan dengan metanol (100 mg/ml) diteteskan ke kertas cakram masing-masing sebanyak 100 μl kemudian diletakkan di permukaan media agar semipadat tersebut. NB (Nutrient Broth). PDB (Potato Dextrose Broth) dan PDA (Potato Dextrose Agar).1. serta peralatan umum yang digunakan di laboratorium. subtilis. Metode Uji Minimum Inhibitory Concentration (MIC) Isolat bakteri marin dikulturkan dalam medium SWC lalu diinkubasi selama tiga hari di suhu ruang.

dan aerasi (Tokasaya 2010). Visualisasi amplikon PKS dan NRPS dilakukan melalui elektroforesis. Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan dari Tokasaya (2010) yang telah dilaporkan bahwa ekstrak kasar dari spons Haliclona sp. dan kondisi inkubasi seperti temperatur. Aktivitas positif dari senyawa antimikrob tersebut ditunjukkan dengan adanya zona bening di sekitar koloni (Gambar 1). Berdasarkan uji MIC. HAL10 menghambat paling kuat terhadap P. perubahan permeabilitas dinding sel. subtilis. DNA genom bakteri diekstrak dengan mengikuti metode CTAB (Sambrook & Russell 2001). aureus dan EPEC dengan konsentrasi sebesar 50%. Hal ini merupakan indikasi yang bagus terhadap efek senyawa antimikrob yang dihasilkan oleh isolat tersebut. komposisi kultur media. pH. tropicalis. lalu diletakkan di atas agar nutrien pada cawan petri. Semua supernatan dari bakteri marin tidak memiliki aktivitas terhadap C. aureus dan P. Sebanyak 1. waktu inkubasi. aeruginosa.5 ml kultur disentrifugasi 10000 rpm selama 10 menit. aureus (Tabel 1). HAL-20 menghambat paling kuat terhadap B. zona bening yang terbentuk diamati. coli. 2005).5% 3 . seperti produksi enzim. sedangkan pada deteksi gen penyandi domain adenilasi (A) dari NRPS ditunjukkan dengan munculnya pita pada ukuran sekitar 1000 bp. aeruginosa dengan metode agar tuang. (2005). Isolat HAA-02 memiliki aktivitas hambat terhadap S.5% terhadap E. Deteksi Domain KS dari Gen PKS dan Domain A dari Gen NRPS dengan PCR Reaksi PCR untuk mengamplifikasi domain KS dari gen penyandi PKS dan domain A dari gen penyandi NRPS dilakukan dengan mengikuti metode Schirmer et al. untuk melihat komponen senyawa organik yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri (Zheng et al. ukuran inokulum. Kemudian lapisan tersebut dilapisi oleh media agar cair yang mengandung bakteri uji P. Hal ini karena kedua cendawan tersebut merupakan cendawan patogen yang memiliki dinding sel yang tebal sehingga sulit untuk didegradasi. kemudian diinkubasi pada suhu 37 ºC selama 24 jam. Pelat tersebut disterilisasi menggunakan sinar UV selama 30 menit. Analisis Aktivitas Antimikrob Senyawa Hasil Fraksinasi (Bioautografi) Bahan yang digunakan adalah pelat KLT yang mengandung senyawa yang sudah difraksinasi. dan jalur metabolik yang menjadi target dari senyawa bioaktif tersebut (Lay 1994). Setelah masa inkubasi. HAL-23 memiliki nilai MIC yang tinggi yaitu 12. Ekstrak kasar bakteri marin hasil ekstraksi dengan etil asetat menunjukkan bahwa HASIL DAN PEMBAHASAN Minimum Inhibitory Concentration Uji MIC menghasilkan kisaran hambatan yang berbeda. Hasil yang didapat dari uji bioassay menggunakaan difusi paper disc menunjukkan hasil yang positif terhadap mikrob uji (Tabel 2). Isolat yang mempunyai gen penyandi domain keto-sintase (KS) dari PKS menunjukkan terbentuknya pita pada ukuran di sekitar 700 pasang basa (base pair). polimerisasi 75 ºC selama 1 menit 10 detik. bersifat antimikrob. dan post PCR dilakukan pada suhu 72 ºC selama 5 menit. Isolasi Genom Isolat bakteri dikulturkan dalam media kaldu SWC selama 24 jam. Sedangkan HAA-07 menghambat EPEC dengan konsentrasi 25%. Reaksi PCR dilakukan sebanyak 30 siklus dengan masing-masing tahap yaitu predenaturasi selama 1 menit dan denaturasi selama 30 detik pada suhu 94 ºC.5% terhadap S. aeruginosa. Selain itu terdapat mekanisme pertahanan dari sel cendawan patogen tersebut yang dapat menghambat atau menghilangkan efek senyawa bioaktif dari supernatan bakteri marin. Selain itu isolat ini juga memiliki aktivitas hambat yang tinggi terhadap S. Uji MIC bersifat tidak stabil tergantung dari mikrob uji. Proses ekstraksi menghasilkan ekstrak kasar senyawa bioaktif sebagai antimikrob. sampai 100% Isolat HAL-08 memiliki nilai MIC sebesar 12. semua isolat hanya menghambat pertumbuhan bakteri atau bakteriostatik. yaitu antara 12. annealing 50 ºC selama 30 detik. Bioassay Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob Bagian selanjutnya dari penelitian ini yaitu ekstraksi senyawa bioaktif dari bakteri dengan menggunakan etil asetat. albicans dan C.antimikrob kemudian diuji aktivitasnya (bioautografi) untuk mengetahui komponen antimikrob yang dapat menghambat bakteri.

hanya isolat HAA-07 yang tidak memiliki aktivitas hambat terhadap EPEC.38 dan 0.54. terhadap bakteri dan cendawan pathogen serta bakteri non patogen. Menurut Lay (1994) besarnya zona hambat yang dihasilkan dari senyawa bioaktif dipengaruhi oleh sifat fisik dan kimia dari senyawa tersebut. Semakin besar konsentrasi dari senyawa bioaktif maka akan semakin besar laju difusinya pada media agar. 0. suhu. Isolat HAL-08 memiliki nilai Rf 0.Tabel 1 Minimum Inhibitory Concentration dari supernatan bakteri asal spons Haliclona sp. HAA-07. Senyawa bioaktif memiliki kelarutan yang berbeda pada setiap pelarut yang berbeda pula. HAL-20. C.44 dan 0. dan 0.60. Faktor lain yang mempengaruhi penghambatan mikroorganisme antara lain kepadatan populasi mikroorganisme. dan HAL-08 terfraksinasi oleh eluen n-butanol: etil asetat: akuades (2:3:1) sedangkan tiga isolat lainnya terfraksinasi oleh eluen n-butanol: etil asetat (3:7). aureus P. Hasil penapisan yang diperoleh memiliki perbedaan dengan penelitian sebelumnya. Selain itu besarnya konsentrasi senyawa bioaktif juga mempengaruhi laju difusi senyawa bioaktif pada media agar.45. dan HAL23.albicans C. dan HAL-08 terfraksinasi dengan eluen yang terdiri dari n-butanol:etil asetat: akuades dengan 4 .Pada penelitian sebelumnya pelarut yang digunakan yaitu nbutanol. Perbedaan ini disebabkan karena adanya perbedaan tingkat polaritas.5 100 50 50 100 Bs/Fs HAA-02 100 50 100 100 50 Bs/Fs HAA-07 50 50 100 50 25 Bs/Fs Keterangan: Bs/Fs= Bakterostatik/ Fungistatik.50 dan 0. 0. 0. kepekaan terhadap senyawa antimikrob.5 100 100 Bs/Fs HAL-10 100 100 100 50 100 Bs/Fs HAL-20 100 50 100 100 100 Bs/Fs HAL-23 12. Analisis Kandungan Ekstrak Etil Asetat Analisis kandungan senyawa ekstrak etil asetat ini dilakukan dengan menggunakan kromatografi lapis tipis. kandungan bahan organik.40.38. Pelarut polar akan menarik senyawa yang polar sedangkan pelarut yang nonpolar akan menarik senyawa yang nonpolar pula. sedangkan pada isolat HAL-08 dihasilkan dua fraksi.aeruginosa EPEC C. Perbedaan yang dihasilkan disebabkan karena pelarut yang digunakan untuk ekstraksi berbeda. subtilis * S. dan lama waktu mikroorganisme terpapar bahan antimkrob. dan 0. Aktivitas hambatan dari senyawa antimikrob juga dipengaruhi oleh keberadaan dari senyawa pengotor yang terdapat pada ekstrak kasar bakteri marin. HAA-07 memiliki nilai Rf masingmasing 0.coli * B.20.45 Isolat HAL23 memiliki Rf 0. Penggunaan eluen berbeda pada isolat-isolat tersebut. tropicalis. salah satunya dalah berat molekul. Isolat HAA-02. Untuk isolat HAL-10 dan HAL-20 memiliki dua fraksi dengan nilai Rf berbeda yaitu 0. MIC (%) Test Strain E. Sedangkan semua ekstrak kasar tidak memiliki aktivitas terhadap C. dan 0.65. Semakin besar berat molekul senyawa bioaktif maka akan semakin besar zona hambat yang dihasilkan.28 dan 0. *= Non patogen semua ekstrak etil asetat positif terhadap semua bakteri uji. Isolat HAA-02. Pada isolat HAA-02 dan HAA-07 dihasilkan tiga fraksi. tropicalis HAL-08 100 100 12. HAA-07. albicans hanya dapat dihambat oleh HAA-02.58 (Tabel 3).31.44. HAA-02 memiliki nilai Rf 0.

tropicalis Mikrob Uji Keterangan : + : diameter zona hambat 6-9 mm. sistem pelarut.42 yang dihasilkan oleh spons Aaptos aaptos. Pada perbandingan eluen ini ketiga isolat lainnya yaitu HAL-10.Tabel 2 Aktivitas antimikrob ekstrak etil asetat dari bakteri asal spons Haliclona sp.aeruginosa +++ ++ +++ ++ +++ +++ EPEC ++ +++ +++ +++ +++ B. Hasil uji inimenunjukkan ketiga fraksi dari HAL-23 memiliki aktivitas hambat terhadap 5 . Senyawa tersebut diperkirakan sama karena menggunakan pelat KLT. Namun Ismet (2007) berhasil menemukan senyawa organik yang mirip dengan norharman (β-carboline. tetapi hanya untuk melihat jumlah komponen yang terkandung dalam ekstrak senyawa dan sebagai dasar purifikasi pada kromatografi kolom atau kromatografi cair kinerja tinggi (HPLC). dan HAL-23 terfraksinasi. coli* ++ + ++ ++ ++ ++ C. *: non patogen Gambar 1 Aktivitas antimikrob ekstrak etil asetat ‘ dari bakteri asal spons Haliclona sp. dan (g) kontrol negatif. (e) HAL-20. Nilai Rf belum dapat dijadikan sebagai identifikasi dengan komponen senyawa.++++ : 20-24 mm. Aktivitas Antimikrob Senyawa Hasil Fraksinasi Fraksi yang diperoleh dari hasil fraksinasi ekstrak senyawa antimikrob selanjutnya diuji aktivitasnya terhadap P. aeruginosa dengan metode bioautografi. Eluen yang terdiri dari n-butanol : etil asetat : air dengan perbandingan 2:3:1 memiliki tingkat kepolaran yang lebih tinggi. Diduga ketiga isolat lainnya memiliki polaritas yang lebih rendah. Kode Isolat S. Oleh karena itu digunakan eluen lain yang memiliki polaritas lebih rendah yang terdiri atas n-butanol: etil asetat dengan perbandingan 3:7. (f) HAL-23. ++ : 10-14 mm . +++ : 15-19 mm. +++++: > 25 mm . Sedangkan ketiga isolat sebelumnya tidak mengalami fraksinasi. terhadap Pseudomonas aeruginosa dengan kode isolat: (a) HAA-02. sehingga gatif (g) terhadap P.terhadap bakteri dan cendawan patogen serta bakteri non patogen. HAL-20. perbandingan 2:3:1. aureus HAA-02 HAA-07 HAL-08 HAL-10 HAL-20 HAL-23 +++ + ++ + ++ ++ P. (d) HAL-10. polaritasnya pun berbeda. Sedangkan pada tiga isolat lainnya tidak terfraksinasi. Hal ini terjadi karena senyawa yang dikandung oleh masing-masing isolat berbeda. (c) HAL-08. dan temperatur sistem yang sama. (b) HAA-07. aeruginosa.albicans ++ ++ ++ C. subtilis* +++ ++ +++ ++ ++ ++ E. 9H-Pyrido [3.4b] indole) yang dihasilkan dari bakteri yang berasosiasi dengan spons Hymeniacidon perleve. Senyawa tersebut memiliki nilai Rf 0.

(Sudirman 2005).50 0.31 Rf:0. dan (c) hasil uji bioautografi yang negatif (Rf 0. (b) Hasil uji bioautografi HAA-07 yang positif (Rf 0.20). Isolat HAA_02 memiliki dua fraksi aktif yang dapat menghambat bakteri uji yaitu fraksi satu dan dua (Tabel 3). dan HAA-07 hanya fraksi satu saja yang memiliki aktivitas hambat.60) P. Selain itu dapat juga fraksi tersebut merupakan senyawa yang aktif namun tidak sensitif terhadap bakteri uji yang digunakan.Tabel 3.44 0.60 Rf:0. Perbedaan munculnya bercak terjadi karena setiap pendeteksi memiliki fungsi yang berbeda.44 0.31 0. aeruginosa. HAL-08. Hal ini dikarenakan fraksi-fraksi tersebut merupakan senyawa pengotor ataupun senyawa aktif yang tidak terdeteksi dengan mikrob uji. Beberapa fraksi lain tidak memiliki aktivitas hambat karena tidak muncul zuna bening disekitar pelat KLT. HAL-10. Fraksinasi dan uji aktivitas ekstrak etil asetat terhadap Pseudomonas aeruginosa Fase gerak Kode isolat HAA-02 n-butanol:etil asetat:air 2:3:1 Fraksi 1 2 3 1 2 3 1 2 1 2 1 2 1 2 3 Rf 0.38 0. 6 .55 0.40 0. Jadi secara tidak langsung melalui metode bioautografi dapat diketahui berapa banyak senyawa bioaktif yang dapat diisolasi dari setiap ekstrak kasar dari bakteri marin seperti spons Hymeniacidon perleve yang menghasilkan norharman (Zheng et al.45 0.54 0. Sedangkan pada isolat HAL-20.60 0.58 0.65 aktivitas + + + + + + + + + HAA-07 HAL-08 HAL-10 n-butanol:etil asetat 3:7 HAL-20 HAL-23 Keterangan: (+) : ada zona bening disekitar pelat KLT Rf:0.20 (a) (b) (c) Gambar 2 (a) Kromatogram dari kromatografi lapis tipis ekstrak metanol .38 0. 2005).28 0.20 0. yang ditandai dengan adanya zona bening disekitar pelat KLT (Gambar 2). Selain itu disebabkan juga kekuatan dari tiap pelarut dalam mengelusi sampel.

1990). 7 . HAL-10. HAL-08. Ketosintase merupakan salah satu jenis enzim yang berperan dalam sintesis . 2005). Sistem pengembangan ini akan lebih baik bila ruangan pengembangan telah jenuh dengan uap sistem pelarut (Christian 1994). Domain KS bertanggung jawab atas kondensasi unit extender ke rantai poliketida tumbuh selama biosintesis poliketida. Deteksi terhadap gen penyandi domain KS pada PKS menghasilkan pita berukuran 700 pasang basa. Sehingga dapat dikatakan bahwa senyawasenyawa. onnamide dan theopederin (Piel et al. HAL-08. deteksi gen NRPS juga menunjukkan hasil positif pada lima isolat. 2009). yaitu HAA-02. Hasil deteksi gen PKS menunjukkan bahwa dua isolat bakteri marin positif menyandikan gen domain enzim ketosintase. Selain itu. HAL-20. 2008). HAL-08. (b) isolat HAL-08 dan HAL-10 mempunyai gen penyandi PKS.HAL-10. 2 8 10 20 23 M diisolasi dari spons Pseudoceratina clavata telah diidentifikasi sebagai sumber antibiotik baru rifamycin. HAL-20. 2006). dan HAL-23. Deteksi Gen Penyandi Domain KS (PKS) dan Domain A (NRPS) dengan PCR Isolat HAA-02. Nonribosomal peptida disintesis oleh kondensasi monomer asam amino. sedangkan gen penyandi PKS hanya dimiliki oleh isolat HAL-08 dan HAL-10 (Gambar 3). Nonribosomal peptide syntethase merupakan sistem biosintesis yang terkandung dalam jumlah yang besar dalam mikroorganisme. NRPS biasanya berisi adenylation (A) domain. yaitu HAL-08 dan HAL-10 (Gambar 3). Selain itu pola pemisahan senyawa yang diperoleh mencirikan perbedaan komposisi senyawa yang terkandung sehingga dapat dijadikan idetifikasi senyawa apa yang terkandung dalam ektrak tersebut.Umumnya pelarut yang memiliki sifat semipolar banyak memunculkan bercak dan yang terdapat dalam bakteri marin bersifat semipolar dapat memisahkan dengan baik. 2004a). yang diproduksi oleh PKS (Kim et al. dan HAL-23 memiliki gen penyandi NRPS. Selain itu. Hasil visualisasi PCR gen (a) isolat HAA-02. HAL-20. dan terlibat dalam produksi berbagai macam struktural metabolit (Moffitt dan Neilan 2003). Contoh dapat ditemukan dalam spons Discodermia dissoluta dan Theonella swinhoei. yaitu memisahkan komponen yang bersifat polar menggunakan sistem pelarut yang bersifat polar dan memisahkan komponen yang bersifat non-polar menggunakan sistem pelarut non-polar. dan domain kondensasi (Schwarzer dan Marahiel 2001). Karakteristik struktural dari senyawa bioaktif dari bakteri marin merupakan dua senyawa kimia penting yaitu poliketida dan siklopeptida yang dihasilkan oleh kompleks multienzim yaitu polyketide synthase (PKS) dan nonribosomal peptide synthase (NRPS) (Zhu et al. peptidil pembawa protein domain. 10000 bp M 8 10 1000 bp 500 bp 1000 bp 500 bp 700 bp (a) (b) Gambar 3. sedangkan deteksi gen penyandi domain A pada NRPS memiliki ukuran pita sebesar 1000 pasang basa. Sistem pengembangan yang digunakan pada KLT ini berdasarkan prinsip like dissolves like. bakteri Salinispora poliketida (Schirmer et al. yang telah terbukti untuk menghasilkan senyawa antitumor discodermolide (Gunasekera et al. dan HAL-23 (berurutan dari kiri ke kanan) mempunyai gen penyandi NRPS. HAL-10. Poliketida dibuat dari penambahan dua unit karbon ketida secara berulang yang berasal dari monomer asil-koenzim A. kemudian setiap unit disusun menjadi polimer linier berupa poliketida (Tanovic et al. Analog dengan modul gen PKS.

J Org Chem 55: 4912–4915. Hasil penapisan isolat dan ekstrak kasar isolat bakteri marin tersebut menunjukkan aktivitas antimikrob terhadap E. Fifth Edition. 48: 5-16. Christian DG. and mutations. Genetics and assembly line enzymology of siderophore biosynthesis in bacteria. Appl Environ Microbiol 69: 49–55. Antimic Chemother. Furniss BS. Beja O et al. Proc Natl Acad Sci USA 100: 3010–3012. Am Biol 35: 57-64.Modul inti pada NRPS dalam produksi senyawa bioaktif pada minimal terdapat adenilat (A) untuk seleksi dan aktivasi monomer asam amino. Courtois S et al. aeruginosa dengan nilai Rf yang berbeda-beda. Cane DE. Saptoraharjo. 2003. AR Tatchell. SARAN Perlu dilakukan penelitian lanjutan untuk mengetahui fraksi senyawa antimikrob murni yang dihasilkan oleh bakteri marin melalui kromatografi preparatif. Khosla C. Analytical Chemistry. England: English Languange Book Society/ Longman. Konsep Dasar Kimia Analitik. 2009. dari lokasi yang berbeda [tesis]. 2008. 2007. Discovery of a new 8 . Gunasekera M. aeruginosa. 1994. Ismet MS. permutations. Crosa JH. HAL-08. Marine natural products. SIMPULAN Keenam isolat bakteri marin yaitu HAA_02. Walsh M et al. Walsh CT. Fiesler L. yaitu HAL-08 dan HAL-10 untuk gen PKS dan HAA-02. Walsh CT. Piper C. USA: University of Washington. Appl Environ Microbiol 60: 3724–3732. Isolat-isolat ini memiliki konsentrasi hambat minimum yang berbeda-beda berkisar antara 12. Hasil fraksinasi sebagian besar memiliki aktivitas hambat terhadap P. Environ Microbiol 2:516–529. Polyketide and nonribosomal peptide synthases: falling together by coming apart. Gillespie DE et al. dan C. ACJ Vincent. Fourth edition. Science 282: 63–68. HAL-10. albicans. Harnessing the biosynthetic code: combinations. Recombinant environmental libraries provide access to microbial diversity for drug discovery from natural products. aureus. 1990. Fuerst JA. coli. B. Shaw PN. Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage. 2006. Schulte GK. V Rogers. Isolatisolat tersebut juga terdeteksi mempunyai gen penyandi PKS dan NRPS. Discovery of the novel candidate phylum “Poribacteria” in marine sponges. 2001. subtilis. Bogor: Program Pascasarjana. Penapisan senyawa bioaktif spons Aaptos aaptos dan petrosia sp. DAFTAR PUSTAKA Andrews JM. 1998. Isolation and analysis of bacteria with antimicrobial activities from the marine spons Haliclona simulans collected from Irish waters. PWG Smith. Nat Prod Rep 25: 35–94. Scale and sustainability of marine bioprospecting for pharmaceuticals. dan HAL-23 merupakan bakteri penghasil senyawa antimikrob dengan spektrum yang luas. Institut Pertanian Bogor Kennedy J. John Wiley & Sons. P. Gunasekera SP. Determinations of minimum inhibitory concentration. Hentschel U. 1984. 2000. dan HAL-23 untuk gen NRPS. Vogel’s Textbook of Practical Organik Chemistry: Including Qualitative Organik Chemistry. Jakarta: UI Press Kim TK. Appl Environ Microbiol 68: 4301–4306. Hutchinson CR. 1990. HAL-08. Longley RE. Beker P. 2002. 2003. Isolation of antibiotics turbomycin A and B from metagenomic library of soil microbial DNA. 2002.5% sampai 100% tergantung dari mikrob uji. Blunt JW et al. Hunt B. Microbiol Mol Biol Rev 66: 223–249. Discodermolide–a new bioactive polyhydroxylated lactone from the marine sponge Discodermia dissoluta. penerjemah. EPEC. 2004. AJ Hannaford. HAL-20. HAL-20. Wagner W. HAL-10. HAA-07. Hewavitharana AK. Cotter PD. Horn M. S. 2006. Khopkar. Mar Biotechnol 11: 384–396. domain kondensasi (C) untuk mengkatalisis bentuk ikatan peptide dan domain peptidil carrier protein (PCP) dengan grup phosphopantetheiner untuk mentransfer monomer situs katalis.

Hofer I. World J Microbiol Biotechnol 21: 201-206. Russel DW. Metagenomic analysis reveal diverse polyketide synthase gene cluster in microorganisms associated with the marine sponge Discodermia dissoluta. Staunton JK. Sponge-associated bacteria producing antimicrobial compounds and their genetic biodiversity analysis. Curr Sci 11: 86. Polyketide biosynthesis. and Anor sterols from the sponge Haliclona oculata. 2008. X Han. Zhang W. Inc. Schirmer A et al. 2004. J Bacteriol 186: 1280–1286. Samel SA. penerjemah. The Molecular World: Separation. Hui D. Weissman JK. [tesis]. Yu S. Piel J. Microb Ecol 48:167–177. 2006. Tokasaya P. Naturwissenschaften 88: 93–101. 2010. Parker J. Marahiel MA. 1994. Smart L. Lee YK. Lin W. Zheng L. Purification and Identification. Müller WEG. 2009. Evolutionary affiliations within the superfamily of ketosynthases reflect complex pathway associations. New York: Gold Spring Harbor Laboratory. Lee HK. 2002. Culturable actinobacteria from the marine spons Hymeniacidon perleve: isolation and phylogenetic diversity by 16 SrRNA gene-RFLP analysis. Analisis Obat secara Kromatografi dan Mikroskopi. Nat Prod Rep18: 380-416. Oxygen-controlled Bacterial Growth in the Sponge Suberites domuncula: toward a Molecular Understanding of the symbiotic relationships between sponge and bacteria. Detection of antimicrobial compounds isolatd from several tropical Lentinus by bioautographic method. Microbiol Mol Biol Rev 71: 295–347. X Yan. Deng Z. Cambridge: The Open University. The biogeography and phylogeny of unicellular cyanobacterial symbionts in sponges from Australia and the Mediterranean. Bogor: Program Pascasarjana. 2005. 2006. Wagner M. Moffitt MC. 1985. Bandung: ITB. 2006. Neilan BA. Ed ke3. 2003. Biotechnological potential of marine sponges. Müller WEG et al. J Mol Evol 56: 446–457. Diversity and biotechnological potential of the sponsassociated microbial consortia. Antimicrobial screening and active compound isolation from marine bacterium NJ6-3-1 associated with the sponge Hymeniacidon perleve. Peng Z. oculatolide. Thakur NL. Essen LO. J Ind Microbiol Biotechnol 33: 545–551. Peptide synthetase crystal structure of the termination module of a nonribosomal.ecology and biotechnological potential. Sambrook W. Evidence for a symbiosis island involved in horizontal acquisition of pederin biosynthetic capabilities by the bacterial symbiont of Paederus fuscipes beetles. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Antonie van Leeuwenhoek 90: 159–169. Molecular phylogeny and modular structure of hybrid NRPS/PKS gene fragment of Pseudoalteromonas sp. Yan X. NJ6-3-2 isolatd from sponge Hymeniacidon perleve J Ind Microbiol Biotechnol 19: 229–237. 2004. 2004. 2005. Appl Environ Microbiol 70: 2332-2341. Stahl E. Terjemahan dari: Drug Analysis by Chromatography and Microscopy. Multimodular biocatalysts for natural product assembly. Lay KM. Institut Pertanian Bogor Wang G. Sudirman LI. 2005. Appl Environ Microbiol 71: 4840-4849. 2007. Padmawinata K. J Nat Prod 69:1330–1334. Appl Environ Microbiol 72: 2118–2125. Hayati 12:6772. Proksch P. Steger D. Zhang H. Marahiel MA. H Chen.source of rifamycin antibiotics in marine sponge actinobacteria by phylogenetic prediction. Schwarzer D. Tanovic A. Spons associated microorganisms: evolution. Oculatol. 9 . Shao J. 2001. You Y. Brock Biology of Microorganism. Radax R. Prentice Hall International. Taylor MW. 2006. 2001. Martinko JM. Zheng Y. 2001. Ed ke-8. Madigan MT. Science 321: 659-663.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful