You are on page 1of 12

The Microbiology Companion

by Joel Topf and Sarah Faubel

Reviewed by Ogan Gurel
for Little, Brown & Company
14 March 1994

It has been a pleasure to be of service in reviewing The Microbiology Companion.  It is 
clearly an ambitious work by these two medical students, Joel Topf and Sarah Faubel who, as 
they put it: “… processed the class into a logical and convenient format … while [their] peers 
were off skittering around the globe.”  They are to be commended for their effort.  In general, 
the book serves a definite purpose and thus should sell quite well.  However, I have some 
serious practical and philosophical reservations that potentially limit its usefulness.
This review comes in two parts. Based on my experience I will first discuss the nature 
of medical school microbiology and how medical students typically study it.  In this context, 
I will address the book’s strengths and weaknesses, along with the reservations I alluded to. 
In the second part of the review, I will try to answer the specific questions that came with 
your letter so that my comments may directly meet the concerns of your review committee.

Part One
How is microbiology taught in medical school?  The challenge is to cover both the basic 
as well as the clinical (infectious disease) aspects of the subject.  Towards this end, three 
different curricular schemes have been used, incorporating one, two or three separate 
courses respectively. These “pathways” are outlined below.

Curricular Number  1st year 2nd year

scheme of courses (basic science) (clinical science)

A 1 Microbiology
(both basic & infectious disease)

B 2 Microbiology (basic) Pathophysiology
(infectious disease)

C 3 Microbiology (basic) Pathophysiology 
(infectious disease)
(infectious disease)

The Columbia course, for example, followed scheme “C” where microbiology was 
taught as part of three different courses.  Most of the clinically­oriented material was 
presented during the 2nd­year pathology and pathophysiology sequence.  In many other 
traditional programs, there is a single monolithic microbiology course with a heavy 
emphasis on clinical details.  The content consists of more­or­less random laundry lists of 
facts organized along the lines of microbial systematics (e.g. Cocci, DNA­containing viruses, 
etc.).  The Microbiology Companion and thus the course at Wayne State appears to follow this 
pattern.  The book is clearly aimed at clinically oriented microbiology courses and thus 
would not be useful to 1st year students or for those in graduate­level courses.
“Complaining and medical school go together” as Topf and Faubel note in their 
preface.  Among these complaints, exasperation at the capricious and arbitrary nature of 
microbiology leads the list.  So how do medical students typically study for this class?  A 
significant minority do exactly what Topf and Faubel have done.  Namely, they 
systematically compile voluminous charts of data about each microbe along with its various 
biological and clinical properties.  The compulsive and laborious preparation of such charts 
is nearly as much a part of medical student culture as is dissecting the cadaver.  The majority 
of students, however, do not have the time, energy or stamina to prepare such tables and 
make do with attending lectures and reading the textbook.  This “unwilling” majority of 
Topf and Faubel’s classmates are those who apparently buy their book.
Therefore, it is in this context that The Microbiology Companion finds a ready market.  If 
the book is attractively laid­out, low­priced and aggressively marketed, I suspect that a great 
many of this “unwilling” majority would purchase the book — even capturing those 
students who would have ordinarily prepared such charts on their own.
For the book to be successful some major practical problems need to be resolved.  The 
book needs more illustrations; at the very least in the form of “flagposts” that facilitate the 
organization.  For example, a picture of some representative organisms (placed near the 
margin perhaps) should accompany each introductory page.  Without a regular and 
systematic succession of such illustrations, the mass of tables in this book will look just like 
those dog­eared sheets made by the students themselves.  The book contains some diagrams 
but most of these are extremely confusing; see for example, page 132 which is reproduced 
below.  Eliminating some of the detail and cleaning up the computer­generated drawings 
should clear up the confusion.

Review of The Microbiology Companion Ogan Gurel

The most serious weakness is the lack of the “overall picture” which Topf and Faubel 
had ironically promised in their preface.  To follow their analogy (see page x of their book), I 
would say that the “Christmas tree” is missing. The Microbiology Companion is more like a 
huge variety of ornaments packed in piles of boxes labeled balls, bells, stars, candles, etc.  The 
book can be used to find the ornaments but not necessarily to guide us in decorating the 
Christmas tree in such a way that is understandable and hence pleasing to the eye.
The missing “big­picture” leads to my philosophical concerns with the book.  Again, it 
is important to note that in their preface, Topf and Faubel emphasize giving the reader “a 
broad overview so that the details will be learnable [sic].”  However, without a coherent 
story­line and with the overwhelming crush of random detail this book is impossible to learn 
from.  This has, indeed, been a general problem in medical education.  For example, most 
microbiology students do not learn, in any long­term sense, much of the material in this 
detail­bloated format.  The students regard the subject as an onerous hurdle to be quickly 
jumped and just as quickly forgotten; the faculty, good intentions and all, recognize that the 
little that is remembered comes by accident and at best by “osmosis.”  Recent curricular 
reform has focused on making medical education more conceptual and integrated, 
encouraging the development of critical­thinking and the ability to apply fundamental 
concepts to new situations.  These goals are rarely served by traditional preclinical medical 
school pedagogy.
Two books that are representative of this conceptual, thought­based approach are The  
Pathogenesis of Infectious Disease by C.A. Mims, published by Academic Press (1987) and 
Bacteria, Plasmids, and Phages by E.C.C. Lin, R. Goldstein, and M. Syvanen, published by 
Harvard University Press (1984).  The first book is slanted towards the clinical side of 
microbiology and discusses the general principles and processes of infectious disease.  The 

material is closely integrated with immunology because most infectious processes cannot be 
understood without understanding what the body is doing in response.  The overall table of 
contents (reproduced here with details included for chapter 8) gives a sense of the scope of 
this book.  As you can see, general themes of microbial pathogenesis are described in the 
context of a logical progression of concepts.

Chapter 1 General Principles
Chapter 2 Entry of Microorganisms into the Body
Chapter 3 Events Occurring Immediately After the Entry of the Microorganism
Chapter 4 The Encounter of the Microbe with the Phagocytic Cell
Chapter 5 The Spread of Microbes through the Body
Chapter 6 The Immune Response to Infection
Chapter 7 Microbial Strategies in Relation to the Immune Response
Chapter 8 Mechanisms of Cell and Tissue Damage
Infection with no cell or tissue damage
Direct damage by microorganisms
Microbial toxins
Indirect damage via inflammation
Indirect damage via immune response
Other indirect mechanisms of damage
Chapter 9 Recovery from Infection
Chapter 10 Failure to Eliminate Microbe
Chapter 11 Host and Microbial Factors Influencing Susceptibility

Review of The Microbiology Companion Ogan Gurel

The second book, Bacteria, Plasmids, and Phages is a published version of the basic 
microbiology syllabus at Harvard Medical School.  Again, the emphasis is on fundamental 
concepts and on an understanding of how things work rather than what they are.  The 
questions at the end of the chapter supplement this approach and are designed to provoke 
thought rather than quiz rote memorization.  It is interesting to consider that this book is a 
product of the old Harvard Medical School curriculum; its success, nevertheless, served as a 
strong stimulus and example to the reforms that are now more widespread in the HMS 
curriculum and indeed around the nation.
These reform efforts have also been extended to standardized medical examinations. 
From the MCAT all the way through to the USMLE National Boards these exams are 
becoming significantly more conceptual and integrated.  All this is reflective of a cultural 
shift in our society in grappling with the explosion in medical knowledge and knowledge in 
general.  In response, new technologies as well as changes in educational philosophy are 
being developed to meet these challenges.  Concepts are in; facts are out.  Thinking is in; 
memorizing is out.  The form of medical education represented by The Microbiology  
Companion is quickly going out of style.
In the long­term, then, I believe that this book will become an anachronism.  At the 
same time, there will be an increased demand for a new generation of concept­based, 
integrated and interactive books that address the formidable information challenges of 
modern medicine.
What are some of these new approaches to assimilating and presenting knowledge? 
First, is the emphasis on concepts.  It is the concepts that we commit to long­term knowledge 
and it is concepts that are applied to the varied and complicated situations faced in real 
practice.  Second, is the importance of integrating knowledge.  Cognitive studies have shown 
that it is easier to remember knowledge that is integrated (interrelated to use another word) 
as compared to remembering independent, random bits of knowledge.  To memorize 
random knowledge requires a linear increase in memory “units” — brain cells, if you will; 
memorizing integrated knowledge demands only a logarithmic increase in memory “units.” 
In short, those who remember integratively retain more.  These relationships are depicted in 
the graph below.

Third, is a shift in our view from what is being to what is becoming.  Back in the 19th­
century the challenge of microbiology was in classifying what there was.  “Here we have a 
round bacteria, call it a member of the cocci; here’s a spiral­looking bacteria, call it a 
spirochete.”  Now, our whole perspective on microorganisms is completely different.  We 
know more that just the existence of things and phenomena; we also understand to some 
degree the processes underlying the biology.  Likewise, we should teach how things become, 
rather than simply what they are — not only as a more effective way to learn but also as a 
stimulus to the development of critical thinking.
Fourth, is the importance of interactive learning.  Much of the excitement and challenge 
behind multimedia technologies is the promise and possibility of implementing this 
interactivity.  The use of interactive technology — the modern correlate of the Socratic 
method — will facilitate active, rather than passive, learning on a large­scale basis.  Finally, 
there is a heightened appreciation of the effectiveness of visual learning.  The proverb — “A 
picture is worth a thousand words,” is even more true today.  There will be a continued and 
increasing demand for meaningful illustration in the textbooks and multimedia packages of 
the future.
In summary, then, The Microbiology Companion stands a good chance of meeting the 
needs of the present market and with some of these practical suggestions it should sell well. 
The book is limited, however, in that it runs the risk of eventually becoming obsolete — 
joining, as it were, other dinosaurs of medical education.

Review of The Microbiology Companion Ogan Gurel

Part Two
The following are answers to the specific questions you suggested would be helpful in 
your evaluation.  Some of these issues have been addressed in the above discussion and have 
been replicated below.  Your questions are in red; my answers are in blue.

1. What is your assessment of the market potential?  Please be as specific as possible 

A. Courses to which this book would apply
The traditional microbiology course has usually involved a single monolithic 
microbiology course, with a heavy emphasis on clinical details.  The content 
consists of more­or­less random laundry lists of facts superficially organized 
along the lines of microbial systematics (e.g.  Cocci, DNA­containing viruses, 
etc.).  The Microbiology Companion and thus the course at Wayne State appears 
to   follow   this   pattern.     The   book   would   be   much   less   applicable   to 
microbiology courses that have a more basic science emphasis such as 1st­year 
medical courses or graduate­level courses.

B. Who would buy it
A   significant   minority   of   microbiology   medical   students   systematically 
compile   voluminous   charts   of   data   about   each   microorganism   along   with 
their   various   biological   and   clinical   properties.     One   could   say   that   the 
laborious  preparation  of  such  charts   is  as  much a   part   of  medical student 
culture as is dissecting the cadaver.   The majority of students, however, do not 
have the time, energy or stamina to prepare such tables and make do with 
attending  lectures   and   reading   the   textbook.    This   “unwilling”  majority  of 
Topf and Faubel’s classmates are those who apparently buy their book.
Therefore, it is in this context that The  Microbiology Companion finds a ready 
market.     If   the   book   is   attractively   laid­out,   low­priced   and   aggressively 
marketed,   I   suspect   that   a   great   many   of   this   “unwilling”   majority   would 
purchase the book.  The book could even capture those students who would 
have ordinarily prepared such charts as they may surely prefer to save their 
time for other things.  It should be emphasized that demand for the book will 
come   from   the   students   themselves   rather   than   from   the   explicit   course 

C. Applicability to what level and type of program

The book is applicable to traditional, detail­laden clinically­oriented medical 
school microbiology courses.   The book would  not apply  to less  clinically­
oriented courses such as first­year medical school microbiology or graduate­
level courses.

D. Application to continuing education and practicing health professionals
Virtually none.

Review of The Microbiology Companion Ogan Gurel

2. Do you feel there is a definite need for a book such as the one proposed?  Please 
substantiate your opinion.  Will this book fill such a need?  Why or why not?
There   is   a   need   for   this   book   in   the   context   of   the   traditional   medical 
microbiology   course.     With   some   improvements,   the   book   should   fill   that 
need   quite   well.     However,   if   current   trends   in   medical   education   reform 
continue, this need may quickly evaporate.

1. What book(s) are you currently using to teach the topic covered in this manuscript?
There are, of course the standard, heavy­duty microbiology textbooks which 
contain much of the detail covered in The Microbiology Companion.  In an ideal 
sense,   I   would   prefer   to   use   more   conceptually   oriented   books   as 
“companions” to the microbiology course.  Two books that are representative 
of this conceptual, thought­based approach are  The Pathogenesis of Infectious  
Disease  by C.A. Mims and published by Academic Press (1987) and  Bacteria,  
Plasmids, and Phages  by E.C.C. Lin, R. Goldstein, and M. Syvanen, published 
by  Harvard  University   Press   (1984).     The  first   book  is   slanted  towards   the 
clinical   side   of   microbiology   and   discusses   the   general   principles   and 
processes   of   infectious   disease.     The   material   is   closely   integrated   with 
immunology because most infectious processes cannot be understood without 
understanding what the body is doing in response.
The second book is taken from the Harvard Medical School’s basic science 
microbiology syllabus.   Again, the emphasis is on basic concepts and on an 
understanding of how things work rather than what they are.   The chapter­
end   questions   are   designed   to   provoke   thought   rather   than   test   brute 
memorization.    It is interesting to note that this book came  out of the old 
Harvard Medical School curriculum; its success served as a strong stimulus 
and   example   to   the   reforms   that   are   now   more   widespread   in   the   HMS 
curriculum and indeed all around the nation.

2. What are the key strengths of this material
It meets a defined need, namely the desire of medical students for a concise 
presentation   of   facts   in   chart   form.     Along   these   lines,   it   is   organized   in 
traditional format and relatively comprehensive.   I think the cross­reference 
tables   near   the   back   of   the   book   have   potential,   but   they   too   are   over­
burdened with the same excessive depth of random detail.

3. What are the key weaknesses?

For the book to be successfully marketed some major practical problems need 
to be resolved.  The book needs more illustrations; at the very least in the form 
of “flagposts” that facilitate the organization.  For example, a picture of some 
representative   organisms   (placed   near   the   margin   perhaps)   should 
accompany   each   introductory   page.     Without   a   regular   and   systematic 
succession of such illustrations, the mass of tables in this book will look just 
like   those   dog­eared   sheets   made   by   the   students   themselves.     For   those 
diagrams that are in the book, most are extremely confusing; see for example, 
page   132.     Eliminating   some   of   the   detail   and   cleaning   up   the   computer­
generated drawings should clear up the confusion.
The most serious weakness is the lack of an “overall picture” which Topf and 
Faubel had promised in the preface.   To follow their analogy (see page  x), I 
would say ironically that there is no “Christmas tree” in this book.  Rather The  
Microbiology Companion  is more like a huge variety of ornaments packed in 
piles of boxes labeled “balls,” “bells,” “stars,” “candles,” etc.  Using this book, 
we can find the ornaments but we aren’t guided in decorating the Christmas 
tree in such a way that is understandable and thus pleasing to the eye.

4. What have you chosen the text(s) you are using?  (Please discuss considerations such 
as content, size, depth of presentation, price, etc.)
Again, I chose the Mims as well as the Harvard book because I wanted to 
learn things on a fundamental, conceptual level.   During medical school, I 
might   have   also   bought  The   Microbiology   Companion  although  it   would  not 
have been with pleasure but rather because I was compelled by the demands 
of the course.

5.  What advantages, if any, would the proposed project have over the  competition?
I am not aware of any direct competition.

1.  What elements do you feel are essential in a text such as the one proposed here?
Clear and attractive layout of charts.  Completeness.

2.  Based on the information provided herein, how does this proposed book compare to 
the competition?
There is really no competition that I am aware of.

3. Please discuss the following areas:
A.  Accuracy of content

Review of The Microbiology Companion Ogan Gurel

Appears to be accurate; all of the material has been pulled from course syllabi 
or standard microbiology texts.  Some typos are scattered about: “The disease 
often relapses months later and may take a chronic coarse [sic] of years.”

B.  Depth and scope of coverage (should any areas be deleted? added?)
I would suggest massively cutting out much of the detail.  However, the book 
would then no longer serve its purpose.

D. Writing style clear? logical? concise?
Essentially there is no writing style to comment on.   Apart from the preface 
and some introductory passages, the grammar consists of sort, “sound­bite” 
like   phrases.     The   individual   phrases   themselves   are   generally   clear   and 
concise  although  the   listing  of  facts  in each  chart   cell  is  nearly  completely 
random.   Medical education has often been likened to drinking from a fire 
hose;   with   this   book,   I   would   say   it’s   more   like   catching   bullets   from   a 
machine gun.  This is not a book that can be easily read.  Here’s a typical cell:

Legionnaires’   disease  is   an  atypical   pneumonia  named   after   the 

outbreak   which   occurred   at   the   1976   American   Legion   convention   in 
Philadelphia.  Transmission is through contaminated water sources.  Air 
conditioners  are   the   cause   of   most   outbreaks.     No   person   to   person 
transmission occurs.  The organism may be found in lakes, ponds and tap 
water.     The   disease   can   be   fatal.     Risk   factors   for   infection   include: 
smoking, alcohol consumption and immunosuppression.   Pontiac fever 
is  a  milder   form  of   infection   named   after   an   outbreak   in  Michigan   in 
1968.  Self­limiting within 3­4 days.

E. Pedagogical devices?
The   book   makes   extensive   use   of   charts   which   closely   the   ones   that   some 
medical   students   typically   prepare   for   themselves.     This   is   the   book’s 
strongest selling point.

F. Illustrative aids (if applicable)
More illustrations (even simple ones) would benefit the book greatly.  Most of 
the diagrams that are included are quite confusing and need to be cleared up 
to be more effective.

4. Do you have any additional ideas and suggestions that may assist the author  in 
developing this project?
In addition to the points mentioned above, I would urge the author to make 
individual chart entries more logical and systematic rather than a mere listing 

of facts culled from other sources.   A renewed commitment to providing an 
“overall picture” would also help although it is unclear how this would fit in a 
book whose primary purpose is to convey facts.

5.  Based on the information provided, would you require this book for your students’ 
use? Recommend it?  Why or why not?
I would not recommend or require this book for a microbiology course.  My 
own   courses   and   review   sessions   strongly   emphasize   conceptual 
understanding.     Any   facts   to   be   memorized,  per   se  would   be   within   the 
context   of   these   concepts   rather   than   in   the   traditional   format   that   is 
presented in The Microbiology Companion.

6.  In your opinion, should Little, Brown pursue publication of this project? Why or why 
From what I understand of Little, Brown’s book portfolio, I do not see a major place for The  
Microbiology Companion.  Your company seem to focus on two major areas: high­end, 
physician­oriented texts in specialized areas along with student/resident­oriented 
handbooks and manuals.  This book does not fit neatly in either of these categories.  One 
could propose a Companion series devoted to chart­like compendiums of medical school 
minutia.  However, this doesn’t seem to be your company’s style; moreover, as I have argued, 
the long­term demand for detail­oriented learning material is limited.  Of course, the book 
can always be published as an isolated offering in your portfolio with short­term revenue­
generating potential.