Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.

HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä

I. GIÔÙI THIEÄU Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di. Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieát trong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi. II. Tieán trình thöïc hieän Söû duïng tieán trình PCR (Polymera Chain Reaction) vaø ñieän di ñoïc keát quaû treân baûn gel, ví duï nhö quy trình sau: Baûng keát quaû sau khi chaïy ñieän di A B C D E F G H K M N O P Q

PHAÂN TÍCH DI TRUYEÀN BAÈNG PHAÀN MEÀM THOÁNG KEÂ NTSYSPC

1 2 3 4 5 6 7 8 9

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ghi chuù: “-“ : vaïch phaùt saùng sau khi ñieän di hay goi laø Band vaø ñoù cuõng chính laø alen Vaø chuùng ta caàn maõ hoùa soá lieäu theo baûng maõ nhò phaân nhö sau: So haøng ngang, maãu naøo coù vaïch thì ñaùnh soá 1 vaø maãu naøo khoâng coù vaïch thì ñaùnh soá 0. Vaø cöù theá laøm cho ñeán vaïch cuoái cuøng cuûa caùc maãu. Löu yù: caùc maãu khi ñoïc keát quaû phaûi nhìn caån thaän. Theo baûng treân chuùng ta coù baûng soá lieäu ñöôïc maõ hoùa nhö sau:

1

Nhaäp soá lieäu vaøo Microsoft Excel 1.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. 1. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Baûng soá lieäu ñöôïc maõ hoùa A 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 1 0 1 1 1 0 1 1 B 0 1 0 1 0 1 0 1 0 C 0 1 0 1 0 1 0 1 0 D 1 1 1 1 0 1 1 1 0 E 1 0 1 1 1 0 1 0 1 F 1 0 1 1 1 0 1 0 1 G 1 0 1 0 1 0 1 1 1 H 1 1 1 0 1 0 1 1 1 K 0 1 1 0 1 1 0 1 0 M 0 1 1 0 1 1 0 1 0 N 1 1 1 1 1 1 0 1 1 O 0 1 0 1 1 1 0 0 1 P 0 1 0 0 1 1 0 0 1 Q 1 1 1 0 1 1 1 0 1 Khi ñaõ coù baûng soá lieäu maõ hoùa thì chuùng ta môû phaàn meàm Microsoft Excel ñeå nhaäp soá lieäu tröôùc khi phaân tích baèng NTSYSPC II. Khôûi ñoäng Microsoft Excel töø maøng hình chính Hình 1: Maøng hình hieån thò cuûa Windows Nhaép vaøo nuùt Start vaø choïn All Program choïn Microsoft Office vaø choïn Microsoft Excel 2 .

Trong baøi naøy chuùng ta löu teân taäp tin laø BaigiangNTSYSPC.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. Nhaäp soá lieäu Trong cöûa soå Excel chuùng ta tieán haønh nhaäp soá lieäu töø doøng thöù 3 vaø baét ñaàu ôû coät thöù 1.Haøng 3.Haøng 3. Sau khi nhaäp xong ta löu taäp tin baèng teân vaø nôi deã nhôù ñeå goïi ra ôû caùc böôùc tieáp theo. coät 2: nhaäp “soá vaïch ñieän di. band hay alen” (soá haøng) . nhö hình döôùi. hay soá gioáng caàn thoáng keâ” (soá coät hay gieáng treân gel). . .Haøng 3.Haøng 4: nhaäp teân gioáng hay teân coät. coät 4: nhaäp soá “0” laø chuùng ta xaùc ñònh khoâng cho söï sai soùt. vaø nhaäp cho ñeán khi heát soá lieäu ñöôïc maõ hoùa. coät 3: nhaäp “soá coät trong ñieän di. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Hình 2: Môû cöûa soå Microsoft Excel 2.Haøng 3. coät 1: nhaäp soá “1” laø soá hieån thò 1 baûng chung . 3 . Ôû baûng soá lieäu ta nhaäp nhö sau: . soá “1” laø cho söï sai soùt.

Khôûi ñoäng chöông trình NTSYSPC Töø maøng hình cöûa soå chính Hình 4: Cöûa soå chính cuûa Windows 4 . HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Hình 3: Cöûa soå baûng nhaäp soá lieäu 2.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.

HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Nhaép vaøo nuùt Start vaø choïn All Program choïn NTSYSPC21 Maøng hình NTSYSPC coù daïng nhö sau 5 .Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.

coøn khoâng thì ñeå troáng. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Töø cöûa soå NTSYSPC choïn nuùt Similarity vaø choïn Qualitative data Sau khi choïn seõ xuaát hieän cöûa soå Trong ñoù: Input file: nhaäp teân taäp tin cuûa baûng soá lieäu khi baèng Excel (baûng soá lieäu Excel treân).Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. Output file: Ñaët teân vaø choïn nôi choán ñeå löu File ra laø daïng NTSYSPC. Coù theå ñeå troû chuoät vaøo vaø nhaép ñuùp ñeå tìm nôi löu teân file. Maøng hình seõ xuaát hieän nhö sau: 6 . By row?: Neáu chuùng ta nhaäp baûng soá lieäu tính baèng haøng (Row) thì môùi khai baùo. Coù theå ñeå troû chuoät vaøo vaø nhaép ñuùp ñeå tìm teân file.

7 . HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Nhaáp chuoät vaøo nuùt Compute Sau khi nhaáp chuoät vaøo nuùt Compute xuaát hieän cöûa soå Report listing Töø cöûa soå Report listing vaøo File vaø choïn Load notebook vaø choïn file NTSYSPC ñaõ löu treân.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.

Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Choïn file ñeå xuaát Report listing Vaø seõ xuaát hieän moät Report listing nhö sau 8 .

Sau khi caùc böôùc soá lieäu treân ñaõ nhaäp xong thì môùi taïo Report naøy ñöôïc Töø cöûa soå NTSYSPC choïn nuùt Clustering Choïn nuùt Clustering Xuaát hieän cöûa soå tieáp theo 9 .Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. Taïo keát quûa ra daïng bieåu ñoà. 3. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Ñaây laø cöûa soå thoáng keâ theo daïng soá vaø raát khoù nhìn keát quaû neân chuùng ta söû duïng keát quaû baèng daïng caây hay daïng bieåu ñoà.

HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Choïn SAHN Hieån thò ra cöûa soå Trong muïc: Input file: Laáy file NTSYSPC baèng caùch goïi teân hoaëc nhaép ñuùp chuoät vaøo nôi ñoù vaø tìm file. Daïng thoáng keâ caàn thieát chuùng ta caàn. Output tree file: Ñaët teân vaø choïn nôi ñeå löu file daïng caây.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp. 10 .

vaø xuaát hieän baûng caây thoáng keâ. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä Khi nhaäp xong nhaán nuùt Compute vaø seõ xuaát hieän cöûa soå Report listing. Nhaáp chuoät vaøo bieåu töôïng Ta coù cöûa soå thoáng keâ daïng caây “Tree plot” nhö sau 11 . sau ñoù trôû laïi cöûa soå NTSYSPC choïn bieåu töôïng “caây” gaàn nuùt Start ôû phía goùc traùi maøng hình.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.

Caùc böôùc caøi ñaët coù theå theo trình töï nhö hình veõ nhö sau. HCM Phaïm Ñöùc Toaøn Taøi lieäu löu haønh noäi boä CAÙCH CAØI ÑAËT CHÖÔNG TRÌNH NTSYSPC CHO MAÙY TÍNH PC Cho ñóa CD vaøo maùy tính vaø choïn START – Run – Browse ñeå choïn thö muïc NTSYSPC chöùa treân ñóa CD. khi chöông trình hieån thò caàn Password vaø Serial thì vaøo START – Run – Browse môû thö muïc NTSYSPC ñeå choïn taäp tin CDkeys ñeå laáy caùc thoâng soá caàn thieát. Hình 1 Hình 2 Hình 3 Hình 4 Hình 5 CHUÙC THAØNH COÂNG 12 . xong moãi böôùc Click chuoät vaøo nuùt OK hoaëc Next ñeå tieáp tuïc. Môû thö muïc NTSYSPC choïn taäp tin Setup vaø Setup vaøo maùy.Trung taâm Phaân tích Thí nghieäm Hoùa Sinh – Ñaïi hoïc Noâng Laâm Tp.