THỰC TẬP ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC

(Dành cho sinh viên 50CNSH) Bài 1: Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet (NCBI)
1. Yêu cầu: Nắm được những công cụ chính trong cơ sở dữ liệu NCBI như tìm kiếm phần mềm tin sinh, tìm kiếm sách báo, tìm kiếm trình tự, tìm kiếm cấu trúc protein…Từ đó, liên hệ đến những công cụ tương tự trên các cơ sở dữ liệu khác như EMBL, DDBJ… 2. Nội dung thực hành: a. Tìm kiếm các bài báo, các công trình đã công bố liên quan “bacteriocin”, “bacteriocin shrimp” Có bao nhiêu kết quả? Chọn 1 kết quả, tải về và phân tích nội dung? So sánh kết quả khi tìm kiếm trên EMBL?

b. Tìm kiếm trình tự gene liên quan “lung cancer” Có bao nhiêu kết quả? Chọn một kết quả và phân tích nội dung?

c. Tìm kiếm trình tự của xạ khuẩn “streptomyces” Có bao nhiêu kết quả tìm được? Chọn 10 kết quả có trình tự lớn hơn 700bp để sử dụng cho các phân tích tiếp theo 3. Thực hành và báo cáo kết quả?

Thực tập và báo cáo kết quả? Bài 3: Thao tác với trình tự DNA thô 1. Yêu cầu: Xử lý được số liệu về trình tự DNA thu được từ máy giải trình tự sequencing 2. Phần mền sử dụng: Bioedit. chọn lựa kết quả sequencing? b. BLAST 3. Yêu cầu: tìm kiếm được trình tự (DNA và Protein) tương đồng phù hợp bằng công cụ BLAST 2. Tìm kiếm trình tự DNA và trình tự Protein liên quan “H5N1” Có bao nhiêu kết quả tìm được? Chọn một trình tự tùy ý (lấy FASTA) b. Tiến hành Blastn.Bài 2: Tìm kiếm trình tự tương đồng: BLAST 1. NCBI. Thực tập và báo cáo kết quả? . Blastp và Blastx? So sánh các kết quả tìm được? 3. Nội dung thực hành: a. Phân tích. Nối 2 trình tự được giải trình tự bằng 2 mồi (overlap) c. Blast các trình tự thu được? 4. Nội dung thực hành: a.

Nội dung thực hành: a.Bài 4: Xây dựng cây phân loại 1. TreeView 3. Nội dung thực hành: a. 2. Sử dụng các phần mềm online khác đã được học c. Hiển thị kết quả bằng phần mềm Njplot hoặc TreeView 4. Yêu cầu: Nắm được các bước xây dựng cây phát sinh loài trong phân tích đa dạng sinh học 2. Tìm kiếm trình tự tương đồng bằng BLAST b. So sánh các kết quả thu được từ các cách trên? 3. Phần mềm sử dụng: BLAST. Sử dụng phần mềm DNA club trong thiết kế mồi và bản đồ enzyme cắt giới hạn? b. Yêu cầu: Sử dụng các phần mềm thông dụng trực tuyến hoặc không trực tuyến trong thiết kế mồi cho phản ứng PCR và thiết kế bản đồ enzyme cắt giới hạn. Thực tập và báo cáo kết quả: . ClustalX và Njplot. Thực tập và báo cáo kết quả? Bài 4: Thiết kế primer cho PCR và thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn 1. Sử dụng phần mềm ClustalX để dựng cây phân loại c.

Bài 5: Đệ trình trình tự lên cơ sở dữ liệu và hiển thị cấu trúc protein 1. Một số yêu cầu cụ thể sẽ được giao khi các bạn thực tập trực tiếp trên lớp! Chúc các bạn học tốt! . . Yêu cầu: . Nội dung thực hành: a. Thực tập và báo cáo kết quả? Bài 6: Câu hỏi Thảo luận và kiểm tra • Lưu ý: Trên đây chỉ là nội dung các bước thực tập. Sử dụng phần mềm Sequin? b.Nắm được các bước cơ bản trong việc đệ trình một trình tự sinh học lên cơ sở dữ liệu. Sử dụng phần mềm Cn3D? 3.Biết cách hiển thị cấu trúc không gian của phân tử protein 2.