ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI AEROB PENDEGRADASI SELULOSA DARI SERASAH DAUN RUMPUT GAJAH (Pennisetum purpureum Schaum

)

Kurniawan Sarju Ambriyanto Pembimbing : Dr. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si., Nengah Dwianita Kuswytasari S.Si., M.Si. Jurusan Biologi Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya 2010

Abstrak Selulosa adalah polimer yang tersusun dari rantai monomer glukosa melalui ikatan β(1→4). Rumput gajah (Pennisetum purpureum Schaum) mengandung 22% selulosa. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, purifikasi dan karakterisasi bakteri aerob pendegradasi serasah selulosa dari daun rumput gajah dengan mengikuti kunci Determinasi Bergeys Manual. Pada penelitian ini diperoleh 5 isolat yang cenderung masuk ke 3 Genus yaitu Flavobacterium (PP 127A dan PP 141-A), Lampropedia (PP 146-A), dan Halomonas (PP 79-D dan PP 91-A). Dari uji Hidrolysis Capacity (HC) dan degradsi in vivo (penurunan berat kering) maka diketahui bahwa isolat PP127-A adalah isolat yang memiliki ratio HC tertinggi dan penurunsn berat kering terbanyak, kemudian diikuti oleh isolat bakteri yang lain. Kata kunci : bakteri pendegradasi selulosa, rumput gajah

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang Sellulosa adalah polimer karbohidrat yang terbanyak yang terdapat di alam (Han and Chen, 2007). Diperkirakan 50% dari biomassa adalah selulosa. Dipekirakan jumlahnya sekitar 50 milyar ton (Claassen, et al. 1999). Polimer alami seperti selulosa belum dimanfaatkan secara optimal, sedangkan jumlahnya di alam melimpah.

Rumput gajah (Pennisetum purpureum Schaum) adalah tanaman yang dapat tumbuh di daerah dengan minimal nutrisi. Rumput gajah membutuhkan minimal atau tanpa tambahan nutrient. Sehingga tanaman ini dapat memperbaiki kondisi tanah yang rusak akibat erosi. Tanaman ini juga dapat hidup pada tanah kritis dimana tanaman lain relatif tidak dapat tumbuh dengan baik (Sanderson and Paul, 2008). Produktifitas rumput gajah adalah 40 ton

per hektar berat kering pada daerah beriklim subtropis dan 80 ton per hektar pada daerah beriklim tropis (Woodard and Prine, 1993). Total karbohidrat dan serat kasar termasuk selulosa jumlahnya masing-masing adalah 30,91% dan 9,09% ( Okaraonye and Ikewuchi, 2009). Mikroorganisme memiliki peran yang cukup besar dalam siklus berbagai unsur seperti siklus karbon, nitrogen, fosfor, belerang dan unsur yang lain. Siklus selulosa merupakan bagian dari siklus karbon (Schlegel, 1994), karena selulosa adalah polimer terbanyak di tanaman, maka hidrolisis selulosa adalah hal yang sangat penting dalam siklus karbon (Zhang and Lynd, 2004). Selulosa yang dihasilkan oleh tanaman ada yang mengalami degradasi oleh mikroorganisme menjadi humus dan ada yang didegradasi oleh hewan. Akhirnya

selulosa diubah menjadi CO2 dan masuk ke jalur fiksasi CO2 (Brock, 1994). Peran mikroorganisme menjadi penting karena dapat menjaga keseimbangan unsur-unsur yang ada di alam (Schlegel, 1994). Bakteri selulotik ditemukan di berbagai ekosistem. Contoh bakteri selulotik adalah Cellumonas sp, celvibrio sp., Microbispora bispora, Thermomonospora sp., Acentivibrio cellulolyticus, Bacteriodes cellulosolvent, Bacteriodes succinogenes, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens dan Clostridium termocellum . Enzim selulosa dapat dihasilkan oleh berbagai bakteri dan fungi, aerob dan anerob, mesofil dan termofil. (Bhat and Bhat, 1997).
1.2 Rumusan Masalah Rumput gajah sebagain besar dimanfaatkan sebagian bahan makanan ternak. Rumput gajah mempunyai potensi untuk digunakan sebagai bahan baku bioenergi. Untuk dapat digunakan sebagai bahan baku bioenergi, polisakarida yang terdapat pada rumput gajah harus dihidrolisis. Untuk menghidrolisis polisakarida diperlukan bantuan mikroorganisme. Masalah yang ingin dikaji dalam penelitian ini adalah apakah bakteri selulosa dapat diisolasi dan dipurifikasi dari seresah rumput gajah (Pennisetum purpureum Schaum)? 1.3 Batasan Masalah

1.5 Manfaat Manfaat dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan isolat murni dan mengetahui seberapa besar bakteri tersebut dapat mendegradasi selulosa. TINJAUAN PUSTAKA Tanaman menghasilkan biomassa melalui proses fotosintesis (Hatami et al., 2008). Bimassa tersusun secara unik yang membedakan antara satu spesies dengan spesies yang lain. Secara umum ada tiga kelompok besar penyusun biomassa pada tanaman yaitu selulosa, hemiselulosa dan lignin. Ketiga kelompok senyawa ini biasanya ditemukan secara bersama-sama dengan perbandingan tertentu yang unik yang didasarkan atas spesies, umur tanaman atau bagian tanaman dan keadaan lingkungan tempat tanaman itu hidup (Glazer and Nikaido, 2007). Karena selulosa tidak ditemukan dalam keadaan murni maka komplek yang antara selulosa dengan hemiselulosa dan lignin disebut dengan cellulosan. Cellulosan relatif lebih larut dibandingkan dengan selulosa (Hatami, et al., 2008). Karena dalam keadaan alami tidaka ada dari tiga senyawa itu yang berada dalam keaadan murni, hal ini yang menyebabkan proses degradasi biomassa menjadi lambat (Varnaite et al., 2008) Dinding sel merupakan sel jaringan vaskuler pada tanaman tingkat tinggi (Glazer and Nikaido, 2007).Dinding sel tanaman adalah suatu struktur yang tersusun atas selulosa, hemiselulosa dan subtrat pektin, lignin dan protein struktural (Hatfield, 1993). Struktur ini berkaitan antara polimer yang satu dengan polimer yang lain dengan ikatan kovalen cross-link,, sehingga memberikan kekuatan fisik (Chesson and Forsberg, 1988 dalam Matsui et al, 1988; Glazer and Nikaido, 2007). Selulosa, hemiselulosa dan lignin yang kemudian membentuk apa yang disebut dengan lignoselulosa. Berat keringnya mencapai 90% dari sel tanaman. Hemiselulosa dan lignin saling terikat melalui ikatan ester pada residu arabinosa dari hemiselulosa dengan p-coumaric acid atau ferulic acid pada lignin. Ada banyak perbedaan komposisi secara struktural polisakarida terutama komposisi hemiselulosa antara monokotil dan dikotil (Chesson and Forsberg, 1988 dalam H.

Isolasi dan purifikasi dilakukan secara aerobik sehingga bakteri pendegradasi selulosa yang diharapkan adalah bakteri aerob. Karakterisasi yang dilakukan sampai tingkat genus dengan menggunakan Bergeys Manual Of Determinative Bacteriology 9th (Holt et al., 1994).
1.4 Tujuan Penelitian Tujuannya adalah untuk mengisolasi, purifikasi dan mengkarakterisasi bakteri aerob pendegradasi sellulosa dari rumput gajah.

Matsui et al, 1988). Arabinosa adalah hemiselulosa yang terbanyak yang terdapat pada dinding sel monokotil, sedangkan xylan adalah hemiselulosa yang terbanyak pada dikotil (Miron and Ben-Ghedalia, 1993 dalam H. Matsui et al, 1998). Degredasi dari senyawa organik komplek alami (hemiselulisa dan selulosa) adalah masalah yang sangat penting. Jumlahnya yang berlimpah di alam mengakibatkan polimer ini menyimpan sebagian besar energi hasil fotosintesis yang disimpan dalam bentuk ikatan kimia. Ada sekitar 60% energi yang diperoleh dari fotosintesis berada dalam bentuk senyawa hemiselulosa dan selulosa (Varnaite et al., 2008)

Gambar 2.1 Struktur dinding sel tanaman (http://www.astbury.leeds.ac.uk/history/astbu ry18.htm) 2.1.1 Sellulosa Selulosa adalah komponen struktural yang banyak ditemukan pada dinding sel tanaman terrestrial dan laut, juga diproduksi oleh beberapa tanaman laut dan bakteri. (Linder dan Teeri, 1997). Sellulosa adalah polisakarida yang mempunyai fungsi sebagai unsur struktural pada dinding sel tumbuhan tingkat tinggi. Sellulosa berbentuk serabut, liat, tidak larut di dalam air, dan ditemukan terutama pada bagian berkayu pada tumbuhan. Sellulosa adalah polisakarida terbanyak yang ditemukan pada tanaman. tanaman dan umur tanaman) (Atalla, 1993 dalam Linder dan Teeri, 1997). Diperkirakan bahwa jumlah karbon terbanyak terdapat dalam bentuk selulosa dan mayoritas terdapat di lingkungan teresrial (Levin et al., 2009). Karena itu material

Sellulosa tersusun atas D-glukosa yang terikat melalui ikatan β(1→4) (gambar 2.1a). Sellulosa adalah polimer yang tidak bercabang yang terdiri dari 100-14.000 monosakarida atau lebih (Beguin and Aubert, 1994 : Lehninger, 1982). Ikatan β(1→4) tidak dapat diputuskan oleh enzim α-amilase (Lehninger, 1982). Molekul-molekul sellulosa seluruhnya berbentuk linier, dimana setiap molekul glukosa sebagai penyusun polimer dapat berotasi hingga 180° (Brown, 1996) dan mempunyai kecenderungan kuat membentuk ikatan-ikatan hydrogen intra dan intermolekul. Ikatan antar fibril ini yuang kemudian membentuk selulosa crystalline (Brown et al., 1996). Jadi berkas-berkas molekul sellulosa membentuk agregat bersama-sama dalam bentuk mikrofibril. Mikrofibril mimiliki dimensi antara 3-4 nm pada tanaman tingkat tinggi hingga 20 nm pada Valonia macrophysa, dimana setiap mikrofibril terdiri dari beberapa rantai selulosa. Mikrofibril ini memiliki oritentasi yang sangat besar untuk tersusun secara pararel (Beguin and Aubert, 1994). Mikrofibril ini pada tempat-tempat tertentu memiliki struktur yang teratur (crystalline) (gambar 2.1b) dan pada tempat-tempat tertentu memiliki struktur yang kurang teratur (amorphous) (gambar 2.1b). Struktur amorphous terjadi karena prose kristalisasi yang tidak berlangsung sempurna pada semua mikrofibril yang terbentuk (Hon, 1994 dalam Linder dan Teeri, 1997). Mikrofibril membentuk fibril-fibril dan akhirnya serat-serat sellulosa. Struktur sellulosa yang berserat dan terdapat ikatanikatan hidrogen yang kuat mengakibatkan dapat tahan terhadap tarikan tinggi (Sjostrom, 1995 ; Beguin and Aubert, 1994). Jumlah selulosa amorphous dan crystalline di alam sama banyak. Selulosa terakumulasi di alam karena relatif resisten di dalam proses degradasi (proses degrdasi di alam berjalan lambat). Dimensi serat selulosa dan proporsi dari bagian kristalin dan amorphous sangat tergantung kepada keadaannya alami (jenis selulotik berbeda menunjukkan property yang berbeda tergantung kepada sumber yang digunakan dan metode ekstrasi yang dilakukan, dan jumlah subtrat berbeda yang digunakan dan jenis enzim selulotik yang digunakan (Linder dan Teeri, 1997).

Selulosa tipe II jarang ditemukan di alam. Limbah selulosa. olive stone and pulp. proporsi ikatan hidrogen dan tergantung kepada sumbernya di alam (Beguin and Aubert. Kayu keras. Dari limbah padat yang dihasilkan dunia 40 % (w/w) adalah salah satu sumber sellulosa. 5. Kayu lunak. Gambar (2. it is not the most thermodynamically favorable form). 4.2b) struktur selulosa teratur (kristalin) dan kurang teratur (amorphous) (Beguin and Aubert. Selulosa kristalin tipe II adalah selulosa yang paling stabil yang diketahui. secara umum dapat dikatakan bahwa sebagai hasil represifitasi setelah proses swelling dan pelarutan kembali selulosa tipe I. Selain tanaman bakteri juga menghasilkan selulosa. Secara umum biomassa berbasiskan selulosa yang digunakan dalam produksi etanol dapat dibagi menjadi enam kelompok yaitu : 1. wheat straw. Penelitian difokuskan bagaimana memanfaatkan limbah organik (terutama sellulosa) menjadi energi. Contohnya: kertas bekas. dimana secara alami tidak dapat diubah menjadi selulosa kristalin tipe yang lain. corn stover. Contoh: cane bagase. 3. Penelitian-penelitian yang dilakukan di seluruh dunia tentang konversi selulosa . Untuk meminimalkan biaya produksi diperlukan pengembangan metode konversi sellulosa menjadi glukosa. 1994). 2. switchgrass. selain selulosa tipe I dan II juga terdapat selulosa tipe III dan IV yang sangat jarang ditemukan di alam (Brown et al. et al. sehingga dibutuhkan beberapa enzim untuk dapat mendegradasi selulosa. 6. Contohnya: aspen dan poplar. 1991). Perbedaan atara tipe Iα dan Iβ terletak pada perbedaan ikatan hidrogen antar rantai selulosa. Selain itu diketahui bahwa selulosa memiliki struktur yang beragam baik dilihat dari tingkat struktural atau supramelekulnya. sweet sorgum bagase.Bentuk selulosa kristalin yang sering ditemukan di alam adalah selulosa tipe I. Contohnya: alfalfa hay. Selulosa tipe I mempunyai ikatan glukosida paralel dan mempunyai ikatan hidrogen intramolekul yang kuat. coastal Bermuda grass.e. menjadi energi dapat dikembangkan menjadi sektor komersial (Walker and Wilson. dimana termasuk metastabil (i. 1994). Diperkirakan 50% dari biomassa adalah selulosa. Selulosa tipe I dapat diubah menjadi selulosa tipe II dengan treatment dengan menggunakan alkali (Beguin and Aubert. barley straw. Sellulosa adalah polimer karbohidrat yang terbanyak yang terdapat di alam (Han and Chen. Hal ini disebatkan karena struktur sekulosa lebih komplek dibadingkan dengan struktur pati. Diperkirakan jumlahnya sekitar 50 milyar ton (Claassen. Berdasarkan pada sumber alami selulosa dan pretreatment yang dilakukan maka ratio kristalisasi dari selulosa berkisar antara 0% pada selulosa amorphous hingga mendekati 100% pada selulosa yang diisolasi dari Valonia macrophysa (Beguin and Aubert. Selain itu enzim pendegradasi selulosa membutuhkan membutuhkan medium yang mengandung selulosa murni untuk mengoktimalkan produksi enzim. 1996). 1994). Residu atau limbah pertanian. Contohnya: pine dan spruce. koran. 1994). Di alam ada dua tipe selulosa tipe I sebagai selulosa kristalin suballomorphs yaitu tipe Iα dan Iβ.2a) struktur serat selulosa. (2. 2007). rice straw. thimoty grass. Biomassa herba. rice hulls. 2002). Konversi selulosa menjadi glukosa relatif membutuhkan biaya yang lebih besar dibandingkan dengan konversi pati. Municipal solid waste (MSM) (Sun and Cheng. 1999). reed canary grass.

glucuronoxylan. Xylan memiliki merupakan senyawa yang mempunyai hubungan terbanyak dengan polisakarida yang lain. dapat diisolasi dengan melakukan ekstraksi dengan menggunakan alkali (Palonen. sehingga ditemukan banyak enzim selulase yang ditemukan. Namun kerena sudah ditemukan mikroorganisme yang dapat mendegradasi lignin dengan cepat dan telah disadari bahwa menggunakan bahan kimia dalam proses penghilangan lignin akan mengakibatkan limbah yang sangat berbahaya bagi lingkungan (Glazer and Nikaido.. Delegnifikasi adalah suatu proses dalam menghilangkan lignin yang dilakukan dengan menggunakan bahan kimia (Ahmed et al. Hemiselulosa adalah molekul bercabang yang hanya memiliki 150-200 monomer (Mulcahy. 2004). Struktur kimia pada lignin yang terdapat di alam dapat berubah pada kondisi suhu tinggi dan asam. Hemiselulosa dapat dikelompokkan menjadi xylan.1. Hal ini disebabkan karena adanya keanekaragaman yang besar pada selulosa yang terdapat di alam. 1983 dalam Palonen. 1996). seperti saat dilakukan perlakuan dengan menggunakan uap air. 2007). Lignin pada tanaman tingkat tinggi tidak berbentuk crystalline (Palonen. glukosa yang ujungnya tidak tereduksi (nonreducing end) dan anhydroglucopyranose. Hal ini berkaitan dengan kecocokan antara struktur substrat dengan struktur enzim (Beguin and Aubert. 2001). Lignin tersusun oleh unit yang disebut dengan lignol. Monomer nonreducing end mengandung empat gugus hidroksil dan monomer reducing end mengandung gugus hemiacetal pada penambahan tiga gugus hidriksil (Palonen.3 Hemiselulosa Hemiselulosa secara umum diklasifikasikan berdasarkan residu gula pada backbone. maka lignin akan mengalami degradasi menjadi senyawa partikel dengan ukuran yang kecil dan lepasnya ikatan dengan selulosa (Tanahashi et al. Gambar di bawah ini adalah menjelaskan struktur dari hemiselulosa (Glazer and Nikaido. Hemiselulosa adalah material yang berbeda dengan selulosa.Salah satu bidang yang sering dijadikan studi dalam konversi sellulosa adalah mencari mikroorganisme yang dapat menghasilkan enzim yang lebih aktif dan efisien dalam mengkonversi selulosa (Walker and Wilson. galactans dan glucans. Untuk mempermudah dalam mendegradasi lignoselulosa maka diperlukan delignifikasi. Lignin adalah polimer aromatik terbanyak di bumi dan merupakan penyebab utama degradasi lignoselulosa menjadi lambat (Ahmed et al. Lignol adalah derivat dari asam amino phenylalanine dan tyrosin. 2004). galactoglucomannan. mannans. 2004). Lignol secara struktural sangat berhubungan dengan asam amino phenylalanine dan tyrosin.2 Lignin Lignin adalah material organik penyusun matrik dinding sel tanaman tingkat tinggi (Spermatophyta). Lignin lebih bersifat hidrofobik dibandingkan dengan selulosa dan hemiselulosa (Ahmed et al. 2007). Hemiselulosa seringkali dilaporkan memiliki hubungan secara kimia atau cross-linked dengan polisakarida .1. 2. Hemiselulosa adalah polimer yang mirip dengan selulosa. 1994).. Hemiselulosa lebih larut dibandingkan dengan selulosa. dan arabinoglucunoxylan sedangkan pada hardwood hemiselulosa sebagian besar merupakan glucuronoxylan. 2001). 1991).. predominan pada jaringan pengangkut (Glazer and Nikaido. Pada saat dilakukan perlakuan dengan menggunakan suhu di atas 200°C. yang terdiri dari aryl propanol yang tersusun pada senyawa aromatik dan tiga karbon rantai karbon. Softwood hemisellulosa mengandung glucomannan.. Backbone (rangka utama) dari hemiselulosa adalah terbentuk . Lignin adalah termasuk penyusun sebagian besar biomassa atau yang lebih dikenal dengan lignoselulosa. Setiap molekul selulosa mengandung tiga tipe unit glukosa yaitu glukosa dengan ujung yang tereduksi (reducing end). lignin juga terdapat bagian yang crystalline dan amorphous.. 2007). Struktur lignin tidak seragam. 2. 2004). 2001). protein atau lignin. Unit monomer anhydroglucopyranose adalah molekul selulosa yang mengandung 3 gugus hidroksil primer dan dua gugus hidroksil sekunder.

com/images/up load/20080403103622. Hemiselulosa tidak hanya ditemukan berupa xylan. Namun sekarang jalur biosintesis dari hemiselulosa telah diketahui. 9. Residu ditambah 150 mL H2SO4 1 N. Komponen yang menyusun hemiselulosa adalah gula pentosa ( D-xylose. dalam hal ini konteknya adalah mendegradasi biomassa dengan bantuan mikroorganisme. galactomannans. 10. Hasilnya disaring. Hemiselulosa mempunyai banyak cabang. Jadi hemiselulosa secara struktural homologenus dengan selulosa. D-mannose. secara umum dapat dikatakan bahwa hemiseluloasa merupakan polimer noncrystalline heteropolysaccharides. Laju degradasi juga dipengaruhi oleh keadaan lingkungan pada saat proses degradasi. Faktor-faktor yang mempengaruhi antara lain adalah kandungan zat yang dibutuhkan oleh mikroorganisme terutama yang esensial yang digunakan baik pada saat pertumbuhan mikroorganisme atau pembentukan enzim. 3. 7. 2. L-galactose. Lrhamnose.. dan dinding sel sekunder tanaman. Residu kemudian dipanaskan dengan oven dengan suhu 105oC sampai beratnya konstant dan ditimbang (berat d).2 Metode Menghitung Kadar Selulosa Berikut ini adalah metode untuk mengukur kandungan selulosa dan lignin berdasarkan metode Chesson yang dikemukakan oleh Datta (1981): 1. Kerena secara struktural hemiselulosa dan selulosa homologenus ditambah dengan adanya kemiripan nama. 8. gula hekosa ( Dgalactose. kemudian direfluk dengan water bath selama 1 jam pada suhu 100°C. jenis spesies dan tahapan pertumbuhan pada tanaman. Hemiselulosa adalah polimer polisakarida yang komplek. Hasilnya disaring dan dicuci sampai netral (300 mL) dan residunya dikeringkan hingga beratnya konstan.3 Degradasi Biomassa Dalam mendegradasi biomassa melalui mekanisme biologis.4-D-pyranosyl dari unit penyususnnya. komposisi dan frekuensinya tergantung kepada jenis jaringan tanaman. Ditambahkan 150 mL H2SO4 1 N dan direfluk pada suhu 100oC dengan water bath selama 1 jam pada pendingin balik. Residu kemudian dikeringkan dengan oven sampai beratnya konstan dan kemudian ditimbang (berat b). L-arabinose ). Faktor lain yang mempengaruhi adalah pH dan suhu optimum yang mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme dan aktifitas enzim selulase. Selanjutnya residu diabukan dan ditimbang (berat e) Perhitungan kadar selulosa dan kadar lignin menggunakan rumus berikut ini: Kadar selulosa = (c-d)/a x 100% Kadar lignin = (d-e)/a x 100% http://www. 6. Adanya produk metabolit baik primer atau .dari ikatan β 1. namun juga ditemukan dalam jumlah yang banyak berupa glucomannans. Satu g sampel kering (berat a) ditambahkan 150 mL H2O atau alkoholbenzene dan direfluk pada suhu 100°C dengan water bath selama 1 jam. L-fucose ) dan asam uronik (Lglucomonic acid ) (Glazer and Nikaido. Dimana selulosa adalah polimer homolinear dengan sedikit modifikasi antara molekul yang satu dengan yang lain. Berat ditimbang (berat c). Residu kering ditambahkan 100 mL H2SO4 72% dan direndam pada suhu kamar selama 4 jam. Dan juga telah diketahui bahwa penyusun hemiselulosa berbeda dengan selulosa (Mulcahy. 1996). Hemiselulosa ditemukan dengan proporsi yang berbeda-beda pada lemela tengah.jpg 2. 2. Hemiselulosa juga merupakan penyusun utama dinding sel tanaman. maka seringkali hemiselulosa diangggap sebagai produk intermediet dalam biosintesis dari selulosa. 2001). Dan diketahui bahwa jalur biosintesis hemiselulosa berbeda dengan selulosa. 5. residu dicuci dengan air panas 300 mL. Enzim menjadi alat yang sangat penting dalam proses degradasi. Residu disaring dan dicuci dengan H2O sampai netral (400 mL). arabinogalactans dan senyawa yang lain (Mulcahy. 2007). 1996).biomassmagazine. hal ini terjadi karena enzim dapat mengkatalisis reaksi pada kondisi yang normal (Ahmed et al. Degradasi melalui enzimatis menjadi sesuatu yang sangat penting. 4.

4-glukosida dengan menggunakan enzim endo atau exoglukonase yang spesifik yang didasarkan atas topologi dari sisi aktif. enzimatik. setidaknya empat endoglukanase (EG I. Adanya selobiosa dalam jumlah banyak juga mempengruhi kerja enzim. fungi melepaskan sistem enzim selulase yang terdiri dari beberapa exo. Denman et al... Hal ini juga terjadi pada fungi anaerob dimana memiliki komplek seperti cellulosome dengan ukuran yang lebih besar (Fanutti et al. 1996 dalam Linder dan Teeri. 1995. maka enzim selulase harus menjadi lebih aktif dan mendefusi ke dalam substrat (Mattinen.dan endoselulase. dengan kadar lignin yang sangat sedikit saja proses degradasi tidak dapat dilakukan dengan memasukkan selulosa ke dalam sel mikroorganisme.sekunder yang dapat mempengaruhi kerja enzim dalam mendegradasi selulosa. Mikroba ini dapat mendegradasi melekul komplek. Karena substrat yang tidak dapat terdifusi ke dalam enzim. Hal ini karena selobiosa adalah inhibitor terkuat dalam proses degradasi (Ahmed et al. 1996 dalam Linder dan Teeri. Kedua tipe enzim dapat melepaskan ikatan β-1. EG III dan EG IV) dan satu β-glukosidase (Mattinen.. Karena selulosa di alam yang bersifat berukuran besar dan tidak larut maka enzim selulase memerlukan perlakuan yang khusus dalam mendegradsi selulosa. reaksi redok yang terjadi. 1995). 1995. dan hasil akhir yang diperoleh akan sangat penting untuk diketahui dalam degradasi selulosa (Levin et al. Dijkerman et al. Dan untuk mengoktimalkan hasil yang diperoleh maka diperlukan pengetahun tentang genetika mikroorganisme yang digunakan. dan satu atau dua β-glukosidase.. pathway utilization. akses terhadap karbon (kecocokan konformasi enzim dengan subtrat). setiap bakteri mempunyai strategi yang berbeda-beda tergantung pada karakteristik bakteri tersebut (Jescu. Efisiensi degradasi kayu dengan menggunakan mikorganisme sepeti fungi filamentus. 1997)... 1997). konsentrasi produk. 1998). Hal ini dapat dilihat ketika melakukan isolasi protein yang terdapat pada tanah dan proses pengomposan. Bakteri selulotik dapat bekerja pada variasi keadaan lingkungan yang berbedabeda dalam mendegradasi seresah daun pada tanah (Beguin and Aubert. 2009). Keberadaan nitrogen sangat mempengaruhi laju degradasi yang terjadi. Besar hasil akhir yang diperoleh pada proses degradasi tergantung kepada beberapa faktor yaitu pH. Banyaknya komponen sistem enzim yang dilepaskan tergantung kepada fungi itu sendiri. Sistem enzim selulase adalah lebih sulit dibandingkan dengan sistem enzim selulase fungi dan hanya sedikit yang baru diketahui dari sistem enzim selulase bakteri. Bayer et al. merupakan tipe yang mengsekresikan dan mengsinergikan aksi enzim selulase dimana bakteri menggunakan komplek enzim (cellulosome) yang bekerja pada permukaan substrat (Tomme et al.. Detail pengetahuan mengenai hubungan antara genome content. 2. enzim selulase adalah komponen utama dari protein yang ditemukan (Ahmed et al. 2001). 2008).. 1994. Denman et al. gen dan produk ekpresi gen.3. Pada degradasi selulosa yang dilakukan oleh fungi. Sehingga strategi yang dilakukan oleh mikroorganisme adalah dengan mengsekresikan enzim selulase. Enzim selulase yang dihasilkan oleh Cellulomonas fimi adalah yang paling sering dilakukan studi. 1998). 1997). 2001). Sistem enzim selulotik mengandung dua cellobiohydrolases (CBH I dan CBH II). Umumnya degradasi selulosa terjadi pada pH normal (Hatami et al. Hal ini seperti yang ditunjukkan oleh Trichoderma reesei yang melepaskan enzim komplit saat mendegradasi crystalline selulosa. dan termodinamika dalam mekanisme aliran karbon (carbon flow). keadaan dimana subtrat tidak larut dalam air dengan menggunakan berbagai enzim melalui berbagai cara didalam memutuskan bagian yang berbeda di dalam substrat. Untuk mengopimalkan metabolisme bakteri pendegradasi selulosa pada keadaan minimal nutrient. 1996. 1996 dalam Linder dan Teeri. Beberapa bekteri terutama bakteri anaerob menghasilkan komplek multi .1 Degradasi Selulosa Pada degradasi material lignoselulosa dengan kadar selulosa yang tinggi sehingga bisa dikatakan selulosa murni (dihasilkan oleh tanaman kapuk). Hal ini terjadi kerena ukuran selulosa yang cukup besar. EG II..

Bakteri mensekresikan enzim selulase sebagai enzim ekstraselluler yang bersifat soluble atau pada keadaan anaerobik membentuk komplek yang disebut dengan cellulosome yang menempel dengan permukaan sel bakteri . 1996).1). Pada degradasi selulosa murni laju degradasi terjadi penurunan yang sangat besar. 2004) Kemampuan degradasi selulosa oleh bakteri berbeda dengan kemampuan degradasi fungi dalam mendegradasi selulosa. Cellulosome nampaknya mampu mendegradasi tidak hanya selulosa saja.enzim yang berukuran besar yang dikenal dengan cellulosome. Hal ini karena setelah selobiosa diubah menjadi glulosa Tabel 2. and pectin lyases (Glazer and Nikaido. maka diduga degradasi selulosa crystalline dilakukan lebih dari satu enzim (Mulcahy. 2001 dalam Palonen. . Contoh bakteri yang memiliki cellulosome adalah Clostridium thermocellum (Mattinen. hemiselulosa dan Fibril persebarannya) Particle size (fibril dimension ) Luas permukaan Fiber Degree of fibrer swelling Struktur pori dan distribusi Akses enzim selulase terhadap selulosa pada lignoselulosa menjadi yang penting dalam degradasi selulosa. 2004). Hasil hidrolisis berkaitan dengan volume pori yang digunakan dalam akses enzim selulase (Grethlein.dan exoglucanase diproduksi oleh berbagai bakteri.. Pada lignoselulosa yang tidak dilakukan pretreatment hanya sedikit pori yang dapat digunakan sebagai akses enzim selulase terhadap sustrat (Palonen. dan kemampuan ini dimiliki oleh hampir semua bakteri pendegradasi selulosa baik secara aerob atau anaerob. Pada berbagai penelitian yang dilakukan secra intensif dilakukan maka diketahui bahwa tidak ada faktor yang paling signifikan pada laju hidrolisis pada material lignoselulosa yang berbeda. oleh karena itu kehadiran enzim β-glukosidase menjadi sangat penting dalam degradasi selulosa. Selobiosa adalah inhibitor utama dalam degradasi selulosa. Secara umum struktur enzim selulase bakteri memiliki kesamaaan dengan yang dhasilkan fungi. Pada beberapa penelitian diketahui bahwa pengeringan lignoselulosa menurunkan maka laju degradasi menjadi jauh lebih cepat.1 Struktural selulosa yang berpotensi menghambat pada hidrolisis dari serat selulosa pada beberapa level struktural (Mansfields et al. namun semua jenis polisakarida termasuk berbagai jenis hemisellulosa seperti xylanases. III. arabinofuranosides. Penurunan ini disebabkan kerena adanya inhibitor yang sangat banyak jika dibandingkan pada degradasi lignoselulosa. 2004) Level struktur Faktor substrat Degree of polymerization (DP) Microfibril Crystallinity Cellulose lattice structure (I. Hasil akhir pada degradasi lignoselulosa tergantung kepada tipe bahan mentah yang digunakan. kapileritas sel dan menurunkan pori sehingga menurunkan efektifitas enzim selulase (Esteghlalian et al. 1998). Bakteri memiliki kecenderungan untuk mendegradasi selulosa crystalline dibandingkan dengan sisi a amorphous. Pada pretreatment yang dilakuan untuk menghilangkan hemiselulosa menunjukan terjadi peningkatan pori dan terdapat permukaan spesifik. Sedangkan fungi memiliki kecenderungan untuk mendegrdasi selulosa pada sisi amorphous dibandingkan dengan sisi crystalline. 2004).. Kandungan lignin dalam lignoselulosa dan persebarannya mempengaruhi degradasi selulosa (Palonen. atau IV) Komposisi struktural (kandungan lignin. 2007). dan mekanisme dan interkasi enzim selulase. mannanases. II. 1999 dalam Palonen. Ektrasellular endo. 1985 dalam Palonen. 2004). Secara umum dapat dikatakan bahwa faktor pembatas degradasi selulosa dapat dikelompokkan menjadi dua yaitu struktur dari substrat (Tabel 2. Selulosa memiliki akses baik eksternal (dipengaruhi oleh bentuk dan ukuran paticle) dan internal (struktur kapiler pada fibers). Namun karena selulosa crystalline tidak dapat didegradasi oleh enzim selulase tunggal karena sifat selulosa crystalline yang rigrid.

Intraselluler quinon reduktase menggunakan NAD(P)H sebagai kofaktor. Pada saat terjadi mineralisasi terhadap lignin yang terdapat pada kayu atau daun maka terjadi bleaching (perubahan warna menjadi putih pucat) (Ahamed et al. namun diduga bahwa degradasi jika terjadi akan berlangsung sangat lama (Kirk and Farrell. Hal ini dapat dilihat pada kemampuan Phanerochaete chrysospirum hingga 3 gram lignin setiap hari. 2007).Berikut merupakan skema proses degradasi lignin (Glazer and Nikaido. Degradasi lignin memerlukan hidrogenperoksidase. Sebagai contoh bahwa tanaman yang telah mati ratusan tahun yang lalu masih sering ditemukan dalam timbunan tanah. Belum diketahui bahwa jika pH lingkungan sedikit asam dan keaadaannya anaerobik apakah proses degradasi akan terjadi. Hidrogen peroksidase diproduksi oleh white rot fungus dan disekresikan untuk mengaktifkan lignin peroxidase dan manganese-dependent peroxidase dalam proses mendegradasi lignin. Proses degradasi ini dilakukan dengan melepaskan lignin peroxidase. chrysosporium juga dapat mendegradasi lignin dengan melepaskan manganesedependent peroxidase. dimana hal ini tergantung kepada struktur kimia. Degradasi lignin adalah proses yang sederhana namun tidak terjadi pada pada beberapa lingkungan alami. namun tidak ada satupun yang dapat diisolasi dan ditumbuhkan pada laboratorium. ikatan pada ether. keadaan fisik atau akses (Glazer and Nikaido. tidak dapat melakukan mineralisasi terhadap lignin. 2007).2 Degradasi Lignin Bakteri hanya dapat sedikit mengdegradasi lignin saat terdapat oksigen dan tidak ada satu pun bakteri yang dapat mendegradasi lignin dalam keadaan anaerob (Glazer and Nikaido.. pembukaan ikatan siklik aromatik dan hydroxylation. 2007). dan kekuatan ionik. Kemampuan fungi ini untuk mendegradasi lignin adalah cukup besar.2. Sampai saat ini dapat diisolasi 10 isoenzim dari lignin peroxidase dan lima manganese-dependent peroxidase. Enzim ini mirip tetapi tidak identik dimana tiap enzim dapat mendegradasi suatu struktur polimer yang berbeda dalam satu tanaman. Actinomycetes tidak dapat mengubah lignin menjadi CO2. Banyak filamentous bakteri (Actinomycetes) dapat mendegradasi lignin. Hal ini utamanya terjadi karena tidak terdapat oksigen. Fungi dapat menggunakan hidroquinon dalam metabolismenya. Hanya Basidiomycetes (white rot fungi) yang dapat melakukan meniralisasi terhadap lignin. Ektraselluler Mn (II)-dependent peroxidase dalam mengoksidasi komponen fenol lignin. atau model nonfenol yang merupakan subtruktur dari lignin. Kesuksesan degradasi lignin tergantung kepada penyerangan komponen nonfenol dan fenollignin. Sehingga diperlukan adanya quinon reduktase baik intraselluler dan extraselluler. pH. Degradasi ini terjadi optimum pada suhu 40°C dengan triggernya adalah pembatasan nitrogen. Quinon merupakan produk yang dihasilkan dari proses degradasi melalui peroksidase. seperti veratryl alcohol. Fenol lignin tidak dapat didegradsi oleh lignin peroxsidase. Pada proses degradasi melalui lignin peroksidase diperlukan kondisi asam untuk menciptakan kondisi yang optimum pada proses degradasi dengan menggunakan reaksi oksidasi. Mn (II)dependent peroxidase dan H2O2 diperlukan untuk mengaktifkan isoenzim yang digunakan dalam degradasi lignin. Enzim ini menggunakan cellobiosa sebagai donor hydrogen untuk mereduksi quinon menjadi hidroquinon. Selain itu P. Pada lingkungan dengan keadaan asam maka proses degradasi tidak terjadi.. Ektraselluler cellobiosa-quinon oksidureduktase hanya akan aktif jika terdapat selulosa.3. Degradasi lignin memerlukan adanya oksigen. 2001). Lignin peroksidase mengkatalisis pembukaan ikatan pada sisi arylpropane. Jadi ini bisa memberikan bukti bahwa ada keragaman biokimia yang memungkinkan adanya keberagaman kondisi optimum tumbuh dengan berbagai kondisi lingkungan seperti temperature. Degradasi lignin mungkin saja terjadi dan dilakukan oleh bakteri. 2001). 1987 dalam Ahamed et al. . Jadi dapat dikatakan bahwa fungsi dari quinon reduktase adalah mengubah produk dari degradasi lignin sehingga dapat digunakan dalam repolimerasi. Degradasi lignin hanya dapat dilakukan oleh white rot fungus.

Degradasi hemiselulosa adalah proses yang komplek karena tipe enzim yang dihasilkan adalah multiple isoenzymes (enzim yang mempunyai fungsi katalitik yang sama namun memiliki lebih dari satu karakteristik physical yang membendakan antara komponen yang satu dengan komponen yang lain seperti pH optimum).1.1.2 Persentase perbandingan lignoselulosa (Glazer and Nikaido. β-mannoside (1.3 Degradasi Hemiselulosa Seperti selulosa. 2000).2. (1993) diketahui bahwa proses degradasi lignoselulosa lebih tergantung kepada kandungan lignin yang terdapat pada material selulotik tersebut dibandingkan dengan kristalitas suatu material selulotik.37).2. EC 3.25) dan β-glukosidase (EC 3. beberapa mempunyai Cellulose Binding Domain (CBD).2. Tabel 2.78) yang mendegradasi glucomannan.4-β-D-xylan xylanohydrolases. 2007)..72) (Palonen.1.8) dan xylosidases yang merupakan enzim pendegradasi xylan (senyawa hemiselulosa yang terbanyak) (Moracci et al. Enzim yang digunakan dalam mendegradasi oligomer berantai pendek yang dihasilkan oleh enzim endo pada degradasi hemiselulosa adalah βxylosidase (1.2.Lignifikasi dan struktur selulosa yang tersusun dengan baik pada polisakarida. α-arabinosidase (α-Larabinofuranoside arabinofuranohydrolase.2. Gugus acetyl pada hemiselulase akan dipindahkan melalui enzim esterase (EC 3. (1997) dalam Zverlova et al. Namun enzim yang paling dikenal adalah xylanase yang terdiri dari endoxylanases (1. Produksi enzim xylanase lebih dipengaruhi oleh adanya selulosa dibandingkan dengan xylan.4-β-D-xyloside xylohydrolase EC 3. 1998). (2003) . beberapa menghasilkan multi domain protein yang salah satu domainya dapat mendegradasi selulosa..55) dan α-D-galactosidase (α-Dgalactoside galactohydrolase.1... Softwood mengandung lignin yang lebih banyak dibandingkan dengan hardwood.139).1. (1992).2. 1992). Sedangkan untuk ikatan α pada sisi α oligomer maka ikatan akan diputus dengan menggunakn enzim diantaranya adalah α-glucoronidase (EC 3. termasuk kristalisasi pada selulosa yang terdapat pada dinding sel tanaman mengakibatkan proses degradassi menjadi terhambat (Chesson and Fosberg.1. enzim ini akan memutuskan ikatan oligosakarida pada sisi β pada xylan dan mannans.3.2. 2001). Pada penelitian yang dilakukan oleh Sharma and Hobson (1986) dalam Cailliez et al. Dalam menghidrolisis hemiselulosa diperlukan sinergi dari banyak untuk memutuskan ikatan glikosida pada poly.2. EC 3.1. 1988 dalam Matsui et al.atau oligosakarida. 2007) Jenis tanaman Rumputrumputan Softwood Hardwood Lignin Selulosa Hemiselulosa 10-30 25-35 18-25 25-40 45-50 45-55 25-50 25-35 24-50 2. Karena kadar hemiselulosa yang besar maka proses degradasi selulosa pada rumput-rumputan relatif menjadi lebih sulit.1. Tiap-tiap enzim akan bekerja secara spesifik memustuskan ikatan kimia dalam mendegradasi hemiselulosa Cazemier et al. hemiselulosa juga merupaka bagian dari penyusun sebagian besar biomassa dan juga diperlukan enzim hidrolitik untuk memutuskan ikatan. Perbandingan kandungan dari selulosa.21). diketahui bahwa bakteri yang mampu mendegradasi berbagai macam jenis selulosa murni (sumber selulosa) termasuk selulosa dengan tingkat kristalisasi yang tinggi (high cristalin) hingga 60-80% hanya dapat mendegradasi lignoselulosa seperti koran sebesar 15% dan majalah sebesar 35 %.1. Hemiselulosa tertinggi terdapat pada rumput-rumputan.. Lignifikasi adalah proses yang mana penambahan melekul lignin memenuhi ruang kosong pada fibril selulosa dan hemiselulosa serta membentuk ikatan diantaranya pada dinding sel (Glazer and Nikaido. Namun diperlukan 24 enzim untuk mendegradasi seluruh hemiselulosa (Srinivasan. EC 3..1. hardwood dan rumput terdapat pada Tabel 2.22).4-β-Dmanoside mannohydrolase EC 3. Penjelasan mengenai hal ini belum diketahui sampai saat ini (Ahmed et al.. EC 3. lignin dan hemiselulosa pada softwood. Selain enzim pendegradasi xylan adalah enzim yang juga penting dalam degradasi hemiselulosa adalah endomannanases (1. Pada penelitian yang dilakukan oleh Benoit et al.4-β-D-mannan mannanohydrolase. 2004).

2005). 1974.4 dan 0. (2003). Sedangkan DS menunjukkan seberapa banyak gugus hidroksi pada selulosa yang diganti dengan gugus lainya setiap 100 AGU (anhydroglucopyranose unit(s)). Hal ini kerena metode ini adalah metode yang mudah dilakukan dan hasil yang diperoleh banyak digunakan untuk berbagai bidang kehidupan. sehingga disarankan menggunakan CMC dengan DS 0. 1998).5 < 0. Disarankan untuk menggunakan CMC dengan DS 1. dan efisiensi dalam melakukan produksi (Heinze. Purired > 98 <2 ceramic glazing. Semakin rendah DS maka akan semakin mudah mikroorganisme mendegradasi CMC tersebut.4 Derivat Selulosa Selulosa memiliki banyak derivat yang dimanfaatkan di berbagai bidang kehidupan.. Derivat selulosa dilakukan dengan melakukan modifikasi selulosa murni yang diisolasi. Derivat selulos yang sering digunakan dalam isolasi bakteri pendegradasi selulosa adalah Hydroxyethylcellulose (HE cellulose) dan Carboxymethylcellulose (CMC) (Klemm et al. range dari DS adalah 0-3.enzim pendegradasi lignin tidak ditemukan dalam keadaan anaerob Guo et al. DP menunjukkan seberapa panjang atau berapa monomer penyusun suatu rantai CMC.9. 1977).. CMC dengan DS 0.7) tidak efektif digunakan sebagai CMC. Tidak . Jadi Carboxymethylation tidak terjadi hanya pada selulosa dan pati namun pada polisakarida yang lain (Heinze. Extra purified > 99. Hankin and Sands. Hal ini karena semakin tinggi DS maka terjadi resistensi CMC terhadap enzim selulase. Carboxymethylcellulose (CMC) pertama kali ditemukan pada tahun 1918 dan diproduksi secara masal pertama kali pada awal 1920 oleh IG Farbenindustrie AG di Jerman.5 pharmaceuticals Pada CMC ada 2 istilah yang sering digunakan yaitu Degree of Polimeritation (DP) dan Degree of Substitution (DS). 2005) Kelompok kualitas Contoh penggunaan Kandungan CMC (%) Kandungan garam (%) dari CMC Ditergents. mining Technical < 75 > 25 flotation Oil and gas drilling Semi-purifed 75-85 15-25 muds Paper coating.9 terutama pada pengukuran aktifitas enzim selulase pada bakteri (Hankin and Anagnostakis. 2.2 untuk mendeteksi enzim selulase yang dihasilkan oleh mikroorganisme yang diisolasi dari tanah dan air selokan (Hankin et al. (2001) dalam Zverlova et al. 1974 dalam Hankin and Anagnostakis. Namun hingga sekarang peningkatan teknologi yang digunakan dalam produksi masih diperbaiki.9 dapat digunkan untuk mendeteksi secara efektif enzim selulase pada semua mikroorganisme. Secara umum dapat dikatakan bahwa metode yang dilakukan adalah dengan menggunakan larutan alkali hydroxide (umunya adalah NaCl) pada polisakarida sehingga ada penggantian gugus hidroksi yang terdapat pada polisarida. 3. Tabel 2. Saat ini terdapat berbagai jenis kualitas CMC yang digolongkan berdasarkan kandungan pada CMC seperti yang tersaji pada Tabel 2. oil drilling muds Food. textile sizing and printing. 1977).Namun DS yang terlalu rendah (0. CMC dengan DS 0. Sehingga semakin tinggi DS maka aktifitas enzim hidrolisis seperti enzim selulase akan menunjukkan hasil yang semakin rendah.4 baik digunakan untuk mendeteksi enzim selulase pada beberapa fungi yang tidak dapat efektif mendegradasi CMC dengan DS 0.3 Pembagian CMC berdasarkan kualitas dan pemanfaatannya (Heinze. Carboxymethylation polisakarida adalah suatu bidang penelitian yang diminati dan banyak dilakukan. peningkatan kualitas produk. toothpate. 2005)..

1977). Oleh karena itu mikroorganisme pendegradasi selulosa ditemukan di berbagai ekosistem. Chetomium thermophile. 2007). Organisme dapat mendegradasi selulosa dan menjadikan selulosa sebagai sumber karbon tunggal yang secara ekologi menjadi sangat penting. Bakteri pendegradasi selulosa termofil dapat menghasilkan enzim selulase yang relatif stabil (tahan pada kondisi asam atau basa dan pada suhu tinggi hingga 90°C) (Bhat. Sphaeromonas communis). Polimer karbohidrat tidak dapat dicerna oleh kebanyakan hewan tetapi dapat dihidrolisis dan difermentasi oleh mikroorganisme yang terdapat di rumen. Sellulosa adalah polimer karbohidrat yang terbanyak yang terdapat di alam (Han and Chen. aerob dan anerob. 2003). Hal ini disebabkan karena tanah mengandung bahan organik yang relatif kaya dan terdapat seresah daun mengandung polisakarida yang relatif komplek. Hanya 5-10% degrdasi yang berlansung secara anaerob. dan Trichoderma koningii. Bacteriodes cellulosolvent. Bacteriodes succinogenes. bakteri mesofilik dan termofilik aerobik (Cellumonas sp. Kondisi tersebut menyebabkan tanah dan seresah daun menjadi habitat yang baik untuk berbagai mikroorganisme (William and Govind. Actinobacteria. Ratio HC yang diperoleh pada hutan adalah 1. Thermoascus aurantiacus. Ruminococcus flavefaciens dan Clostridium termocellum). Bakteri selulotik yang ditemukan terdapat pada filum Thermotogae. Hanya sedikit mikroorganisme yang digolongkan ke dalam kelompok seperti fungi termofilik aerobik ( Sporotrichum thermophile.. Diperkirakan 80% isolat yang diperoleh ditemukan pada filum Firmicutes dan Actinobacteria dan mayoritas bakteri pendegradasi selulotik Gram positif masuk ke dalam kelas Clostridia dan genus Clostridium yang termasuk ke dalam Filum Firmicutes (Levin et al. Trichoderma reesi. Fusarium solani. Hal ini terjadi karena terdapat perbedaan material organik yang terdapat pada hutan dan lahan pertanian.bakteri mesofilik dan termofilik anaerobik (Acentivibrio cellulolyticus. Spirochaetes. Tolaromyces emersonii. celvibrio sp. Enzim selulosa dapat dihasilkan oleh berbagai bakteri dan fungi. Fibrobacteres and Bacteroides. Firmicutes.6 sedangkan pada lahan pertanian ratio HCnya adalah 2. Hal ini dapat diduga karena enzim selulase disekresikan pada lingkungan sekitar yang mengandung selulosa. Penicillium pinophilum.. (2008) diketahui bahwa jumlah bakteri yang berhasil diisolasi pada tanah hutan lebih banyak dibandingkan dengan yang berhasil diisolasi pada lahan pertanian. Piromonas communis. Sporotrichum pulvelentum. dan sebagian besar proses degradasi selulosa terjadi dalam keadaan aerob. Fungi aerob yang dapat mendegradasi selulosa diantaranya adalah Trichoderma viride. Mikroorganisme pendegradasi selulosa yang terdapat pada . Pada penelitian yang dilakukan oleh Hatami et al. Humicola insolens). mesofil dan termofil.1. 1997). fungi mesofil anaerobik (Neocallimastix frontalis. Proteobacteria. Pada penelitian yang dilakukan oleh Hatami et al. and Bhat. Hasil akhir yang diperoleh adalah asam lemak yang digunakan dalam metabolisme rumennansia.5 Mikroorganisme Pendegradasi Selulosa (Bakteri Selulotik) Bakteri pendegradasi karbohidrat sering diisolasi dari tanah yang mengandung seresah daun. Thermomonospora sp).. (2008) diketahui bahwa rata-rata pada ratio Hydrolisys Capacity (HC) isolat yang diisolasi pada lahan pertanian lebih besar dibandingkan dengan ratio HC yang diisolat pada hutan. Simbiosis antara hewan (ruminansia) dan mikroorganisme adalah hubungan yang saling menguntungkan. Hutan memiliki keanekaragaman material organik yang lebih tinggi dibandingkan dengan lahan pertanian. Microbispora bispora. 2009). 2. Dari total bakteri yang berhasil diisolasi juga diketahui bahwa jumlah total isolat bakteri pendegradasi selulosa lebih banyak dibandingkan dengan yang diisolasi dari lahan pertanian. Ruminococcus albus.ada perbedaan yang nyata antara laju degradasi CMC pada media padat dengan media cair (Hankin and Anagnostakis. Hal ini menunjukkan bahwa isolat bakteri pendegradasi selulosa pada lahan pertanian memiliki potensi yang lebih besar dibandingkan dengan isolat bakteri yang diperoleh pada hutan untuk digunakan dalam mendegradasi material selulosa.

dan βglukosidase (tabel 2.6 Enzim Selulase Di alam. Wood. 1985). Neocallimastix frontalis. Piromyces equi. 1985). Cellobiohydrolyase dapat menghidrolisis microcrystalline namun tidak dapat menghidrolisis CMC (carboxymethylcellulose) (Kim and Kim. . Fibrobacter succinogenes. Sistem enzim sellulosa sangat penting karena berperan dalam mengubah sellulosa menjadi gula sederhana.. Enzim sellulase terdiri dari enzim Endosellulase . cellotriose.2.4-D-glucan cellobiohydrolases (cellobiohydrolases). Enzim endosellulase (EC 3. Enzim eksoselulase adalah enzim yang aktif pada sisi crystalline selulosa (Mattinen. 1998).1997 dalam William and Govind. Eksosellulase. Besar hasil akhir yang diperoleh pada proses degradasi tergantung kepada beberapa faktor yaitu pH.2. enzimatik.4D-glucan glucanohydrolases (lebih dikenal dengan cellodextrinases) dan1. 1985). Piromyces rhizinflata. Dan untuk mengoktimalkan hasil yang diperoleh maka diperlukan pengetahun tentang genetika mikroorganisme yang digunakan. 2003). 1998). Enzim eksoselllulase (EC 3. Hal ini mengakibatkan rantai polisakarida yang telah terpotong (oligosakarida) mempunyai panjang rantai yang berbeda-beda (Bhat. Orpinomyces jayanii. Piromyces Untuk mengokimalkan metabolisme bakteri pendegradasi selulosa pada keadaan minimal nutrient.. 2009). 2000). 2000). Ruminococcus flavefaciens. reaksi redok yang terjadi. Enzim endogluconases dan βglukosidase dapat menghirolisis selulosa menjadi glukosa. dan oligosakarida yang lebih tinggi (Wood. 1985). 1985). adalah enzim pendegradasi selulosa yang ditemukan pada mayoritas fungi yang dapat mendegradasi selulosa (Wood. Enzim endoselulase sangat aktif pada degradasi derivat selulosa seperti carboxymethylcellulose dan hydroxyethylcellulose.. Prevotella ruminocola. 2003). dalam degradasi ini endoselulase bekerja sama dengan exoselulase (Mattinen.rumennasia antara lain adalah Butyrivibrio fibrisolvens. Orpinomyces sp. menghidrolisis secara acak ikatan pada serat selulosa (Wood. enzim selulase ditemukan di berbagai ekosistem. Sellulosa relatif sulit diubah menjadi gula sederhana. 1996). cellobiose. β-glukosidase di butuhkan untuk menghidrolisis inhibitor cellobiose (Wood. E2. Neocallimastix patriciarum. pathway utilization. Cellobiohydrolyase. 1997 . 1995). dan hasil akhir yang diperoleh akan sangat penting untuk diketahui dalam degradasi selulosa (Levin et al.4) terdiri dari satu jenis enzim yaitu 1. Ruminococcus albus. yang seing disebut dengan exoglucanse. 2.1.1.4-D-glucan-4-glucanohydrolases (Bhat dan Bhat.91) terdiri dari 1. sp. et al. dan Prevotella albensis (Krause. terutama ditemukan pada dekomposisi serasah daun pada tabah. namun jumlah sellulosa yang melimpah menjadikan sellulosa menjadi bahan yang potensial untuk digunakan dalam produksi bioetanol (Himmel et al. β-glucoside glucohydrolases lebih dikenal sebagai β-glukosidase. akses terhadap karbon (kecocokan konformasi enzim dengan subtrat). konsentrasi produk. Endoglucanases atau yang sering disebut dengan CM-cellulases (carboxymethylcellulose) atau Cx enzim. Enzim selulase adalah enzim yang dapat mengkatalisis dan menghidrolisis ikatan glukosidik pada sellulosa (ikatan yang paling banyak di sellulosa) (Bhat. Hasil dari hidrolisis serat sellulosa adalah glukosa. dan termodinamika dalam mekanisme aliran karbon (karbon flow). gen dan produk ekpresi gen.1). setiap bakteri mempunyai strategi yang berbeda-beda. hingga keadaan anaerobik pada rumenansia (Denman et al. β-glukosidase adalah enzim yang digunakan untuk menghidrolisis cellobiose dan pada beberapa kasus dapat menghidrolisis cello-oligosakarida menjadi glukosa. Detail pengetahuan mengenai hubungan antara genome content.

1.2. dimana struktur Kristal dari selulosa relatif lebih sulit dihidrolisis dibandingkan dengan struktur amorf ( Coughlan. 1988). glukosa dan sellobiosa ke bulk aqueous phase 5.1. Glukosa dan sellobiose adalah inhibitor enzim dalam menghidrolisis selulosa.. 1985).. interaksi anatara enzim selulase dan serat selulosa. 1997) Jenis enzim Kode EC Endo-(1EC 4)-β-D3. 2003). 1982).2.91 e atau eksoselulase Memutuskan ikatan secara acak G-G-G-GMelepaskan selobiosa baik yang reducing atau nonreducing end G-G-G-G Melepaskan glukosa dari non-reducing end G-G. maka enzim selulase (enzim endosellulase) menghidrolisis struktur amorf.2. Transfer sellodextrins. Sellobiose mempunyai potensi menjadi inhibitor yang lebih kuat dibandingkan dengan glukosa pada mekanime hidrolisis selulosa (Marsden and Gray. G-G-GMelepaskan glukosa dari selobiosa atau rantai cellooligosakarida pendek Ekso-(1-4)β-Dselulase EC Eksoglukanase 3. . Hidrolisis sellulosa 4. 1982). Hal ini dapat dilihat bahwa luas permuaan mempengaruhi kontak enzim selulase dengan permukaan selulosa (Weimer et al.3. mekanisme hidrolisis enzim tersebut di alam dan inhibitor yang terbentuk (Coughlan. 1986).2.1. Adsopsi enzim dan pembentukan komplek enzim-substrat 3.1. 1993 dalam Rodrigues et al. Transfer enzim dari bulk aqueous phase ke permukaan substrat selulosa 2. Tahapan reaksi tersebut adalah : 1. Laju hidrolisis enzim selulase ditentukan oleh struktur enzim dan struktur substrat (Mandels. Mekanisme skematis kerja enzim selulase seperti pada Gambar 2. Degradasi selulosa dengan menggunakan meadow hay (rumput-rumputan) menunjukkan bahwa dalam degradasi selulosa perlekatan dari bakteri memainkan peran yang penting dalam mendegradasi selulosa (Sequeira and Sequiera. 1985). 1993) Enzim selulase dapat menghidrolisis subtrat selulosa melalui sistem reaksi komplek yang terdiri dari beberapa tahapan (Lee and Fan. Hidrolisis sellodextrins dan sellobiosa menjadi glukosa Fase adsopsi dan pembentukan komplek enzim-substrat adalah fase kritis di dalam hidrolisis selulosa (Bledman et al.74 atau glukohidrolase βEC Selobiose glukosidase 3. Karena struktur kristal lebih sulit didegradasi dibandingkan dengan struktur amorf. Tahapan hidrolisis selulosa tergantung kepada struktur selulosa. Dua mekanisme inhibibisi yaitu inhibitor kompetitif dan inhibitor non kompetitif (Lee and Fan.4 selulase Sinonim Endoselulase atau endoglukanase Mekanisme reaksi -G-G-G-G- Ekso-(1-4)β-Dselulase EC Selobiohidrolas 3.4 Jenis-jenis enzim selulase (Bhat dan Bhat. Sellobiosa menghambat enzim sellobiohidrolase pada komplek enzim selulase dan glukosa menghambat enzim penghidrolisis sellobiosa . 1985).Tabel 2.21 Luas permukaan adalah faktor yang berprngaruh dalam proses degadasi serbuk selulosa crystalline.

Mikroba ini dapat mendegradasi melekul komplek. Davies and Henrissat.. 1996 dalam Linder dan Teeri. 1996). merupakan tipe yang mengsekresikan dan mengsinergikan aksi enzim selulase dimana bakteri menggunakan komplek enzim (cellulosome) yang bekerja pada permukaan substrat (Tomme et al.. Sekarang telah behasil diidentifikasi 120 CBD dan diklasifikasikan menjadi 10 families (I-X). 1998). Namun hampir semua enzim selulase memiliki multidomain. 1996 dalam Linder dan Teeri. 1997). 1997 dalam Linder dan Teeri. 1996. CBD yang termasuk ke dalam families III adalah dihasilkan oleh bakteri yang dapat menghasilkan cellulosome (Mattinen. Families I hanya mengandung CBD yang berasal dari fungi dan semua CBD yang termasuk ke dalam families II-V. CBD yang termasuk ke dalam families I adalah CBD yang berukuran kecil dan tersusun oleh peptide yang kompak. 1994) Bakteri selulotik dapat bekerja pada variasi keadaan lingkungan yang berbeda-beda dalam mendegradasi seresah daun pada tanah (Beguin and Aubert. 1995. IIb. Kedua tipe enzim dapat melepaskan ikatan β1. Ada dua families (II dan III) yang memiliki anggota yang banyak sehingga dibagi menjadi subfamilies (IIa. 1997).memiliki komplek seperti cellulosome dengan ukuran yang lebih besar (Fanutti et al. keadaan dimana subtrat tidak larut dalam air dengan menggunakan berbagai enzim melalui berbagai cara didalam memutuskan bagian yang berbeda di dalam substrat.4-glukosida dengan menggunakan enzim endo atau exoglukonase yang spesifik yang didasarkan atas topologi dari sisi aktif. 1994. mengandung 32-36 asam amino. 1998).. Sebagian besar CBD termasuk ke dalam families I. 1995. Contoh terbaik CBD families I adalah yang terdapat pada Trichoderma reesei. Denman et al. Dijkerman et al. 1995. Hal ini juga terjadi pada fungi anaerob dimana Enzim ada yang mempunyai singgel Binding Domain dan ada yang mempunyai dua atau lebih Binding Domain. Bayer et al. Gambar 2. II dan III. IX-X semuanya merupakan CBD yang berasal dari bakteri (Mattinen. 1995.. Teeri. Salah satu yang menjadi perhatian utama adalah mengenai adsopsi yang berhubungan dengan aktifitas . IIIa dan IIIb). Klasifikasi dari CBD dari organisme yang berbeda disajikan pada Lampiran 12. Berdasarkan perbedaan enzim selulase beberapa lebih memilih mendegradasi substrat selulosa pada bagian amorphous dibandingkan bagian yang lain yaitu bagian kristalin.. 1997). Efisiensi degradasi kayu dengan menggunakan mikorganisme sepeti fungi filamentus.3 Skematis mekanisme degradasi selulasa (Beguin and Aubert. selulase yang berbeda dapat digunakan untuk mengidentifikasi enzim mana yang kemungkinan pada masa yang akan datang digunakan untuk mendegradsi selulosa pada bagian kristalin (Wilson and Mertens. pada beberapa families hanya mengandung beberapa anggota dan pada families yang lain hanya memiliki satu anggota.. Beberapa penelitian yang dilakukan terhadap enzim 2. CBD fungi memiliki kemiripan yang sangat tinggi antara yang satu dengan yang lain.7 Cellulose Binding Domain (CBD) CBD pertama kali ditemukan pada Trichoderma reesei. CBD bakteri yang termasuk ke dalam families II tersusun dari asam amino yang lebih banyak yaitu 95-108. Denman et al.

namun tidak semua enzim selulase efektif mendegradasi selulosa berdasarkan model struktur penyusun sehingga tempat perlekatan sisi katalitik berkaitan dengan cellulose-binding domain (CBD) (Tomme et al. 2005). 1990 dalam Linder dan Teeri. Banyaknya pori juga membantu terjadinya degradasi oleh mikroorganisme dari guguran daun. Rumput gajah banyak dimanfaatkan pada bidang peternakan yaitu sebagai makanan hewan ternak seperti sapi.8 Rumput Gajah (Pennisetum purpureum Schum) Rumput gajah adalah tanaman yang termasuk ke dalam kelompok tanaman rumputrumputan. (Gonggo et al. 2. Fokus utama yang menjadi pertimbangan dalam memilih biomassa adalah bahan tersebut mudah diperbaharui dan energi yang dapat diperoleh. Rumput-rumputan dipilih karena merupakan tanaman yang produktifitasnya tinggi dan memiliki sifat yang dapat memperbaiki kondisi tanah (Gonggo et al. Kingdom Phlum Class Ordo Family Genus Spesies : Plantae : Spermatophyta : Monokotil : Poales : Poaceae : Pennisetum : Pennisetum purpureum Schum (Tjitrosoepomoe. 2005). Salah satu tanaman yang mempunyai potensi dijadikan sumber biomassa pada energi terbarukan adalah rumput gajah (Pennisetum Purpureum Schum). limbah industri yang menggunakan kayu. hal ini terjadi karena perakaranya yang dalam (Rismunandar. 1997). Berikut adalah klasifikasi dari Pennisetum purpureum Schum. tumbuh berumpun dan tingginya dapat mencapai 3 m lebih. 2005). Biomassa adalah sumber energi terbarukan yang melimpah dan dapat diperoleh dari berbagai industri sebagai sampah/limbah seperti pertanian. Hal ini dapat meningkatkan porositas. kambing dan kuda. 2002). Selain menggunakan bahan yang merupakan limbah dari industri lain energi terbarukan dapat berasal dari tanaman yang ditanam sebagai sumber energi (sumber karbon) (Strezos et al. yang menyebabkan terjadi aerasi yang lebih baik terhadap lahan yang ditanami oleh rumputrumputan (Handayani.. Pelepahnya licin atau berbulu pada waktu muda dan kemudian berbulu-bulu tersebut gugur. Tanaman tumput-rumputan membuat tanah menjadi lebih gembur. Potensi untuk mendapatkan isolat bakteri pendegradasi selulosa menjadi cukup besar . Lahan yang ditanami rumput juga tahan terhadap kekeringan. 2004) Rumput gajah (Pennisetum purpureum Shaum) berasal dari afrika tropik.. Mirip dengan enzim selulase. Namun untuk peternakan yang relatif besar maka rumput yang digunakan adalah rumput yang sengaja ditanaman atau dipelihara secara khusus. 1997). Pada saat ini biomassa adalah menjadi perhatian utama dalam pengembangan energi terbarukan. memperlambat aliran permukaan (Kartasapoetra et al. Hal ini dilakukan untuk memenuhi kebutuhan pakan ternak. Karasteristik struktural dari berbagai enzim selulase didasarkan pada pengetahuan mengenai melekuler yang merupakan bagian terpenting dalam memahami degradsi selulosa. Hal ini menunjukan bahwa struktur modular domain memiliki keuntungan yang signifikan dalam mengdegradasi substrat yang tidak larut (Linder dan Teeri. Daunnya berbentuk garis. 1995 dalam Linder dan Teeri.. dan industri makanan. industri gula... pemindahan substrat binding domain aktifitasnya meningkat pada subtrat yang tidak larut namun tidak pada substrat yang larut (Blaak and Schrempf. Tanaman penutup tanah dari jenis rumput-rumputan dapat juga berfungsi sebagai pelindung permukaan tanah dari daya disperse dan daya penghancur oleh butiran-butir air hujan. 2008). Umumnya rumput gajah yang digunakan diindonesia adalah rumput yang tumbuh secara liar. Kebanyakan.. 1995). Sumber energi yang ramah lingkungan dan ekonomis menjadi perhatian utama pengembangan teknologi dalam bidang energi..katalitik pada substrat padat (Klyosov. 1997). 2005). Permukaan buluhnya licin dan pada buluh yang masih muda bisanya ditutupi oleh sejenis zat lilin tipis. pangkalnya . 2000 dalam Gonggo et al. 1989 dalam Gonggo et al. Rumput-rumputan yang ditanam pada suatu lahan dapat memperbaiki kondisi tanah.

1993).08 0. Lahan kritis yang tidak digunakan memiliki kecenderungan mengalami kerusakan yang lebih parah seperti erosi.03 0.2 5. Lahan kritis umumnya tidak banyak digunakan sebagai lahan pertanian.4 1.09 Sedangkan menurut Strevoz (2008) kandungan mineral pada rumput gajah ada pada Tabel 2. Rumput gajah adalah tanaman yang berasal dari afrika yang dapat mencapai hingga Jumlah senyawa dari total berat abu yang dianalisis 43 <0. Oleh karena itu.5 Analisisa kandungan kimia rumput gajah (Pennisetum purpureum Shaum) Parameter Kandungan air Jumlah abu Protein kasar Lemak kasar Jumlah total karbohidrat Serat kasar Berat basah 89. Table 2. Rumput gajah dapat hidup pada daerah dengan kandungan nutrisi yang minimal.lebar dan ujungnya lancip sekali. Tepi daun kasar. Bulir-bulirnya berkelompok.00 Berat kering 18.9 9.17 7. 2008).com).6 Analisis kandungan mineral pada rumput gajah Analisis kandungan mineral pada abu Silikon Almunium Besi Kalsium Magnesium Natrium Kalium Titanium Mangan Fosfor Belerang Strontium Barium Zink Vanadium Mineral yang dianalisis dalam bentuk senyawa SiO2 Al2O3 Fe2O3 CaO MgO Na2O K2O TiO2 Mn5O4 P2O5 SO3 SrO BaO ZnO V2O5 Gambar 2.flickr.01 Softwood mengandung lignin yang lebih banyak dibandingkan dengan hardwood. untuk meminimalkan kompetisi penggunaan lahan kritis perlu ditingkatkan.4 Rumput gajah (Pennisetum purpureum Shaum) (www.5 0. Tabel 2.63 3. Hemiselulosa tertinggi terdapat pada rumput- .1 1. Dalam satu tahun rumput gajah dapat dipanen hingga empat kali.18 27. 45 ton per hektar berat kering pada daerah subtropis dan 80 ton per hektar berat kering pada daerah tropis (Woodard and Prine. Pangkal bulirnya bulirannya berbulu panjang dan halus.7 0.40 1.5. Penanaman tanaman penghasil energi dapat memperbaiki kualitas tanah (Strezos et al.00 2.flickr.00 14. Dapat tumbuh hingga pada ketinggian 1500 m dpl (www.97 1.6.91 9.03 0. Menurut Okaraonye dan Ikewuchi (2009) analisis kandungan kimia dari rumput gajah ada pada Tabel 2. Perbungaan berupa tandan tegak yang panjangnya sampai 25 cm.82 30.08 0. gagang-gagangnya berbulu. terdiri dari 3-4 buliran tiap kelompoknya dan bergagang pendek sekali. Di dunia terdapat 2 Gha lahan kritis yang tidak dapat ditanami tanaman pangan.9 <0. Perbanyakan dapat dilakukan dengan pemecahan rumpun dan potongan-potongan buluhnya.com) Penamaman tanaman seperti rumput gajah mengalami kompetisi perebutan lahan dengan tanaman pangan seperti jagung.0 2.01 30.

5 atm.5 atm selama 15 menit.rumputan. METODOLOGI 3. purpureum Shaum) dan daun rumput gajah (P. 3. 5 Februari 2009 pada pukul 00. 3. agar 7. purpureum Shaum) dimasukkan ke dalam gelas Erlenmeyer yang telah berisi medium PCS tersebut diatas sehingga total volume menjadi 1 L. Medium kemudian diautoklaf selama 15 menit pada suhu 121°C dengan tekanan 1. Pengenceran bertingkat dilakukan hingga tingkat pengenceran 10-10 (Lampiran 1). Sampel berupa sedimen. Keasaman medium adalah pH 7. Sebelum diambil. ke-7 dan ke15 dilakukan perhitungan jumlah konsentrasi sel bakteri yang bertujuan untuk mengetahui pertumbuhan bakteri. Dari setiap tingkat pengenceran diteteskan sebanyak 0. purpureum Shaum) dan 900 ml akuades steril. terlebih dahulu serasah dicampurkan agar homogen. hardwood dan rumput terdapat pada Tabel 2. Medium ini dibuat dengan memodifikasi metodologi dari penelitian Haruta et al. Bahan-bahan tersebut dicampurkan kecuali agar dan gelatin. Medium CCRA dibuat dengan dengan komposisi K2HPO4 sebanyak 0.2 Pengambilan Sampel Sedimen dan Serasah Daun Lokasi pengambilan sampel di Wana Wisata Air Panas Padusan Wisata Perum Perhutani Unit II Pacet Mojokerto. Medium disterilisasi ke dalam autoklaf pada suhu 121°C dan tekanan 1. Setelah 15 hari masa inkubasi kultur pengayaan dipindahkan ke medium PCS baru dengan perbandingan 1:10.1 ml ke . purpureum Shaum) segar. purpureum Shaum). didinginkan lalu dituangkan ke cawan Petri steril dan disimpan pada suhu 4°C. Pengenceran bertingkat dilakukan untuk memudahkan isolasi. Agar dan gelatin kemudian dilarutkan dalam medium dengan pemanasan menggunakan hot plate. Ini merupakan pengenceran tingkat 10-1.88 gr. 5 g pepton. Pada hari ke-5. Material selulotik adalah 20 g daun rumput gajah (P.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan pada bulan Februari 2009 sampai April 2010 di Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Biologi ITS Surabaya. Kemudian kultur bakteri diinkubasi di atas rotary shaker (Health/H-MSR) dengan kecepatan 100 rpm selama 2 minggu pada suhu ruangan. 5 g CaCO3. Sampel diambil pada hari Kamis. Sumber inokulum untuk pengayaan kultur bakteri pendegradasi selulosa adalah sedimen dan serasah daun rumput gajah (P. purpureum Shaum) diambil dengan menggunakan paralon dan sekop kecil.7 (Glazer and Nikaido. purpureum Shaum) segar yang sebelumnya diblender terlebih dahulu dengan akuades 200 ml dan kemudian disaring. Sampel serasah diambil mulai dari permukaan hingga kedalaman ±15 cm. serasah daun rumput gajah (P. Sampel dibawa ke laboratorium dan langsung dilakukan perlakuan sesuai dengan prosedur isolasi bakteri. lignin dan hemiselulosa pada softwood.00 WIB. 2002.25 gr. Serasah daun rumput gajah (P. 3. 100 ml filtrat serbuk daun rumput gajah (P. Sampel dari kelima titik dicampur menjadi satu dan kemudian dimasukkan ke dalam kantong plastik dan disimpan di dalam ice box yang berisi dry ice.5 gr..4 Isolasi Bakteri Pendegradasi Selulosa Untuk mengisolasi bakteri pendegradasi selulosa digunakan medium Cellulose Congo Red Agar (CCRA) (Hendricks et al.0. purpureum Shaum) sebanyak 5 g dicampurkan secara aseptik ke dalam gelas Erlenmeyer 500 ml yang berisi 250 ml medium PCS (1:50 gr/vol).3 ) diambil sebanyak 1ml dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml akuades steril lalu di vorteks agar homogen. 2007). Karena kadar hemiselulosa yang besar maka proses degradasi selulosa pada rumput-rumputan relatif menjadi lebih sulit. Sampel serasah daun rumput gajah (P. Filtrat daun rumput gajah (P. Kultur pengayaan yang berusia 15 hari tersebut diatas (metode 3. 5 g NaCl ke dalam gelas Erlenmeyer kemudian ditambahkan 800 ml akuades.2 gr. gelatin 2 gr. Congo red 0. Pembuatan medium ini dengan mencampurkan 1 g ekstrak yeast.5 gr.3 Pengayaan Kultur Bakteri Pendegradasi Selulosa Perlakuan pengayaan kultur bakteri dilakukan pada medium cair PCS. 1995). Sampel diambil di 5 titik.. Perbandingan kandungan dari selulosa. CMC 1. MgSO4 0.

Uji biokimia yang dilakukan terdiri dari pewarnaan Gram. serupa kawah. kelabu. karakterisasi yang dilakukan meliputi: 1. Warna koloni : keputih-putihan. kebutuhan oksigen. Preparat ulas yang telah dibuat kemudian diwarnai dengan methylen blue (Merck®. Kultur murni adalah kultur yang terdiri dari sel yang sama bentuk dan ukurannya. Jika telah ditemukan kultur murni maka perlakuan pemurnian dihentikan. Pengamatan mikroskopik Pengamatan mikroskopik dilakukan untuk melihat bentuk sel bakteri dan untuk melihat kemurnian dari isolat. Noviani dan Gusrizal (2002).5 Pemurnian Kultur Setelah inkubasi selama 7 hari akan tampak zona bening pada tiap koloni yang terbentuk. Untuk uji biokimia. isolat kultur diamati secara mikroskopik. Pengamatan sel bakteri dilakukan dibawah mikroskop (Olympus. bergerigi. digunakan isolat yang disimpan pada medium Nutrient Agar (NA). Pengamatan mikroskopik dilakukan dengan melakukan metode pewarnaan sederhana. 3. Harley and Prescott (2002). Untuk memperjelas pengamatan di berikan bantuan dengan meneteskan satu tetes minyak imersi pada permukaan atas gelas penutup. Setelah itu dibilas sisa methylen blue pada preparat dengan menggunakan akuades. Zona bening menunjukkan bahwa koloni bakteri tersebut menghasilkan enzim selulolitik dan mendegradasi selulosa yang ada disekitarnya. kemampuan tumbuh pada . tak teratur. berbelah. Preparat kemudian difiksasi dengan melewatkan di atas api bunsen hingga akuades mengering. berombak. Satu ose bakteri kemudian digoreskan pada tetesan akuades dan diratakan. c. Tepi koloni (dilihat dari atas) : utuh. berbenang. Setelah 3 kali proses pemurnian. Jerman).permukaan medium padat (CCRA) dan kemudian diratakan dengan menggunakan spatula. Uji biokimia Uji biokimia yang dilakukan merupakan hasil modifikasi metode dari Collins and Lyne (1985). melengkung. 3. Koloni dengan dengan rasio HC tertinggi atau diameter dari zona bening yang terbesar dipilih dan akan digunakan untuk langkah selanjutnya. Bentuk koloni (dilihat dari atas) : berupa titik-titik. Setiap koloni terpisah yang memunculkan zona bening dimurnikan dengan metode 16 goresan pada medium CCRA seperti pada Lampiran 2.6 Karakterisasi Bakteri Isolat bakteri murni kemudian dikarakterisasi dan diidentifikasi yang dilakukan secara biokimia yang mengacu pada Bergey Manual of Determinative Bacteriology 9th yang merupakan bagan alir hasil modifikasi dapat dilihat pada Lampiran 4 sampai dengan 7. b. Penyediaan preparat dengan mengikuti langkahlangkah tersebut di atas selanjutnya disebut sebagai preparat ulas. CX21FSI®.2005) 2. Koloni yang tumbuh diamati zona beningnya. Lay (1994). Akuades steril diteteskan sebanyak satu tetes pada bagian ujung dari kaca obyek. serupa akar. keriting. Biakan bakteri di inkubasi dalam inkubator pada suhu 37°C selama 1-7 hari. serupa kumparan. Cappucino and Sherman (2001). Pengamatan makroskopik Karakteristik koloni bakteri hasil inokulasi pada media CCRA datar yaitu berdasarkan: a. Metode isolasi bakteri yang digunakan pada penelitian ini adalah Spread Plate Methode. bulat. Koloni yang terpilih diberikan kode PP. berbenang. Permukaan koloni (dilihat dari samping) : rata. isolat yang didapat disimpan pada medium CCRA miring untuk dilakukan pengamatan selanjutnya. d. Pemurnian ini dilakukan sebanyak lima kali tahap pemurnian. Pembuatan medium NA dapat dilihat pada Lampiran 3. Huruf “PP” merupakan singkatan dari Pennisetum purpureum Shaum. Sebanyak 2-3 tetes methylen blue diteteskan diatas sediaan dan ditunggu selama ± 3 menit. Jepang) dengan perbesaran 1000X. timbul-datar. 3. kekuning-kuningan atau hampir bening. (Dwijoseputro. Dari hasil pemurnian. membukit.

Pada uji ini digunakan medium minimal (Lampiran 3) yang didapatkan pada penelitian Widdel et al. Setelah kering. maka isolat adalah anaerob aerotoleran. Harley and Prescott. Tabung reaksi kemudian diputar dengan bantuan telapak tangan. 3. CMO173®.5 atm. 3.medium NA+20% NaCl dan motilitas. Selanjutnya larutan iodin (Merck. 2001. kemudian dicuci di bawah air mengalir dan dikeringanginkan. Setelah suhu media teradaptasi pada suhu 50°C yang ditandai dengan media terasa hangat-hangat kuku. maka isolat adalah mikroaeroflik. Sedangkan apabila hanya tumbuh pada dasar tabung reaksi. purpureum Shaum) dengan ukuran 2x2 cm. dicuci di bawah air mengalir dan dikeringanginkan. Biakan dari isolat murni diambil dengan menggunakan jarum ose tanam tajam kemudian disentuhkan bagian ujung jarum yang mengandung biakan pada bagian tengah medium CCRA. tetapi pertumbuhan terpekat pada permukaan agar. . kemudian sebanyak satu ose isolat bakteri berumur 24 jam di inokulasikan ke dalam media tersebut secara aseptis. Apabila isolat bakteri tumbuh merata sepanjang kolom tabung reaksi. agar bakteri terdistribusi merata di dalam agar. pola pertumbuhan dari isolat bakteri diamati.8 Uji Kemampuan Degradasi Selulosa dari Isolat Uji kemampuan degradasi selulosa dilakukan dengan memodifikasi metodologi penelitian yang digunakan Lu et al.7 Uji Hydrolisys Capacity (HC) Uji HC ini dilakukan untuk mengetahui kemampuan dari isolat untuk mendegradasi selulosa di lingkungan sekitarnya. tetapi tidak sampai sepanjang kolom tabung reaksi. Jerman) 95% diteteskan setetes demi setetes di atas permukaan lapisan preparat sampai kristal violet tercuci dan kemudian dicuci di bawah air mengalir dan dikeringanginkan. maka isolat tersebut adalah aerob obligat. Pengukuran rasio HC dilakukan setiap hari selama 1 minggu. Kebutuhan Oksigen Sebanyak 3 gram agar dan 29. maka isolat adalah anaerob obligat (Cappuccino and Sherman. Medium CCRA padat digunakan pada pengujian ini. 1994). 2002). Larutan etil alkohol (Merck. Jerman) diteteskan sebanyak 2-3 tetes di atas permukaan preparat dan didiamkan selama 1 menit. Medium sebanyak 88 ml dimasukkan ke dalam gelas Erlenmeyer 250 ml yang telah berisi 5 potong daun rumput gajah (P.(1992). 2005. preparat ditutup dengan gelap penutup untuk diamati dibawah mikroskop pada perbesaran 1000X dengan bantuan minyak imersi (Lay. Uji biokimia mengikuti bagan alir dikotomi (Lampiran 4-7) berdasarkan buku panduan standar Bergeys Manual of Determinative Bacteriology. Rasio HC (hydrolysis capacity / HC value) adalah rasio antara diameter zona bening dengan diameter koloni yang menghasilkan zona bening (Lu et al. tabung reaksi yang berisi media langsung dimasukkan ke dalam bak yang berisi air yang telah diatur suhunya setinggi 50°C untuk mencegah terjadinya pemadatan agar. Apabila isolat bakteri tumbuh sepanjang kolom tabung reaksi.. Pewarnaan Gram Preparat ulas ditetesi larutan kristal violet sebanyak 2-3 tetes dan didiamkan selama 20 detik. Inggris) (Lampiran) dilarutkan ke dalam 1 liter akuades dan dipanaskan diatas pemanas sampai agar larut dan homogen. selanjutnya dicuci preparat di bawah air mengalir dan dikeringanginkan.. hingga diperoleh isolat bakteri yang berumur 24 jam. maka isolat adalah anaerob fakultatif. Setelah dikeluarkan dari autoklaf. Untuk melakukan pengujian tersebut. Setelah masa inkubasi selama 48 jam pada suhu 37°C. Kemudian media dipindahkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 7 ml dan disterilisasi dalam autoklaf pada suhu 121°C selama 15 menit dan tekanan 1. Biakan dinkubasikan di dalam inkubator pada suhu 37º C. digunakan isolat bakteri sebelumnya yang diremajakan dalam media padat NA. Larutan safranin diteteskan di atas permukaan kaca obyek dan didiamkan selama 20 detik.5 gram media thioglycollate (Oxoid. Apabila isolat bakteri hanya tumbuh di bawah permukaan agar. Apabila isolat bakteri hanya tumbuh di permukaan media. 2005).

air.. Setelah itu dibungkus daun rumput gajah (P. Material selulosa yang diambil adalah berasal dari daun rumput gajah segar baik yang masih muda atau sudah tua yang diambil secara acak dari daerah wisita pemandian air panas yaitu Wana Wisata Air Panas Padusan wisata perum Perhutani unit II Pacet Mojokerto. juga ditemukan pula pada daging. Berat kering daun rumput gajah (P. Kelima isolat itu dikode dengan nama PP 127-A. PP 146A.. Dari penelitian yang dilakukan oleh Ishigaki et al. Rumput gajah dapat tumbuh di daerah pantai hingga daerah dengan ketinggian 1500 dpl (di atas . 1994). (1994) karakter dari koloni Flavobacerium adalah sebagai berikut. Tabel 4. Menurut Holt et al. et al. menunjukkan karakter koloni isolat tersebut. memiliki HASIL DAN PEMBAHASAN 4. Kemudian larutan diinkubasikan pada suhu ± 45oC di atas rotary shaker (Health.5x1. Konsentrasi sel bakteri tersebut didapatkan dengan cara memasukkan 1 ose isolat murni bakteri pendegradasi selulosa ke dalam 2 ml medium minimal steril dan dihomogenkan dengan menggunakan vorteks (Lampiran 8). Larutan isolat dinokulasikan ke dalam medium minimal steril secara aseptik sehingga volumenya menjadi 90 ml. Kemampuan isolat untuk mendegradasi selulosa diamati berdasarkan total berat kering daun rumput gajah (P. berukuran 0. Flavobacterium terdapat di tanah. Berdasarkan karakter biokimia tersebut isolat bakteri PP 127-A dan PP 141-A cenderung masuk ke genus Flavobacterium. Sel berbentuk batang dengan sisi yang sejajar dan ujung bulat. Perlakuan dilakukan secara duplo.Kelima potong daun rumput gajah (P. serta dapat tumbuh di lingkungan dengan suhu 37°C.1 Isolasi dan Karakterisasi Pada penelitian ini berhasil diisolasi dan dipurifikasi 5 isolat bakteri yang berpotensi sebagai bakteri pendegradasi selulosa. permukaan air laut). (2000) untuk mengisolasi bakteri pendegradasi selulosa asetat diketahui bahwa 3 dari 35 strain yang berhasil diisolasi adalah dari genus Flavobacterium. et al. Setiap hari dilakukan penimbangan untuk mengetahui berat kering yang konstan. isolat bakteri PP 146-A cenderung masuk ke genus Lampropedia dan isolat bakteri PP 79-D dan PP 91-A cenderung masuk ke genus Halomonas. purpureum Shaum) setelah 7 hari masa inkubasi dan menghitung konsentrasi sel dengan menggunakan Haemacyometer. dan oksidase positif. Huruf PP pada kode isolat adalah kependekan dari Penesetum purpureum (nama ilmiah dari rumput gajah).0-3. serta dapat ditemukan di lingkungan rumah sakit dan material klinis manusia.0 µm. purpureum Shaum) dengan menggunakan aluminium foil dan dioven pada temperatur 80º C selama 1-3 hari. susu dan makanan yang lainnya. Selanjutnya kelima isolat dikarakterisasi secara biokimia dengan mengikuti dikotomi berdasarkan Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 9th edition ( Holt. Genus Halomonas menurut Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 9th edition ( Holt.5 atm. dan PP 91-A. Sel bersifat Gram negatif. Medium kemudian disterilisasi di dalam autoklaf selama 15 menit pada suhu 121º C dengan tekanan 1..1. 1994). non motil. dimasukkan isolat dengan konsentrasi 105 sel/ml. Genus Flavobacterium adalah salah satu genus yang penting dalam degradasi polisakarida (Yang et al. Karakter hasil uji biokimia dari kelima isolat bakteri tersebut terdapat pada Tabel 4. purpureum Shaum) tersebut telah diketahui total berat kering awal. H-M-SR®) dengan kecepatan 100 rpm. 1985). PP 141-A. PP 79-D. aerobik. endospora tidak terbentuk.2. purpureum Shaum) dicari dengan cara menimbang berat awal (basah) daun sebelum dimasukkan ke dalam oven (Lampiran 9). Kedalam larutan yang telah disterilisasi.

. tidak mempunyai vakuola gas. anaerobic fakultatif. dua isolat memiliki karakter dan tampak kering..karakter berbentuk batang. 2010). Kode isolat Gram Bentuk 1 2 3 4 5 PP 127-A PP 141-A PP 146-A PP 79-D PP 91-A Negatif Negatif Negatif Negatif Negatif Batang Batang Kokus Batang Batang AO AO AO AF AF * * * + + * - Flavobacterium Flavobacterium Lampropedia Halomonas Halomonas Keterangan : AO=Aerob Obligat AF=Anaerob Fakultatif *=Uji tidak dilakukan hidup pada lingkungan halofil. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa H. 4. Genus ini termasuk ke dalam Gram negatif proteobacteria.2 Uji degradasi Uji degradasi adalah uji yang dilakukan untuk mengetahui seberapa besar kemampuan isolat bakteri untuk mendegradasi selulosa. kemoorganotrof. koloni yang terbentuk sangat tipis yang didapat. Halomonas bahkan ditemukan di pH hingga 11 ( Yang et al. Gram negatif. tidak genus Halomonas yaitu dengan kode PP 79mempunyai karetenoid dan pigmen D dan PP 91-A.. Pada penelitian yang dilakukan oleh Gandbhir et al. fotosintesis. katalase µm. 1995).05-20 ‰) . yang tersebar luas di habitat laut (Gauthier et al. berukuran 1-2. aerobik obligat. tidak motil dan mempunyai dan halotoleran (0.. 1995 ). tidak menyimpan sulfur dalam tubuhnya metabolismenya memerlukan oksigen Tabel 4. 1980 dalam Gandbhir et al. payau hingga air laut dengan kadar garam yang tinggi. dalam Gandbhir et al. Dari hasil flagella.1 Morfologi koloni bakteri Kode No. 1995 diketahui bahwa Halomonas elongata dapat tumbuh hingga salinitas 30 %. elongate dapat . Bentuk Permukaan Pinggiran Warna Isolat 1 PP 127-A Bulat Mencembung basah Utuh Merah 2 PP 141-A Bulat Mencembung basah Utuh Merah 3 PP 146-A Titik-titik Utuh Putih susu 4 PP 79-D Rizoid Melengkung basah Utuh Putih susu 5 PP 91-A Bulat Mencembung basah Utuh Putih susu Tabel 4. endospora negatif dan oksidase positif. Genus Halomonas tidak hanya dapat beradaptasi terhadap daerah dengan kadar garam yang tinggi tetapi juga dapat cocok hidup pada habitat laut dengan range dari air tawar.. 1992..2 Karakteristik isolat pada uji biokimia Kecenderungan Genus No.5 sebagai aseptor elektron terminal. Uji degradasi Genus Halomonas dapat diisolasi dari berbagai habitat laut termasuk garam hasil dari evaporasi air laut (Vreeland et al.

dilakukan dengan dua uji dan berbeda yang dilakukan secara terpisah. karena ukuran selulosa lebih besar daripada ukuran sel bakteri. zona bening yang terbentuk terkait dengan kelarutan dari enzim selulase.. Namun penggunaan agar pada medium yang digunakan juga tidak boleh terlalu sedikit. medium menjadi terlalu lunak sehingga sulit untuk isolasi dan inokulasi. 1997).. Bakteri tidak dapat memasukkan molekul selulosa. uji . semakin kecil pori-pori pori medium sehingga enzim selulase yang disekresikan lebih sulit melewati pori-pori pori tersebut dan mengakibatkan terhambatnya proses degradasi. karena data hanya berupa perbandingan antara diameter zona bening dan dengan diameter koloni. degradasi dengan menggunakan metode zona bening adalah uji semi semi-quantitatif. Uji HC dilakukan dengan menggunakan medium padat Cellulose Congo Red Agar (CCRA) yang mengandung 2 macam material selulotik yaitu Carboxymethylcellulose (CMC) dan filtrat dari serbuk daun rumput gajah. Semakin banyak CMC dan/atau agar yang digunakan semakin tinggi kepadatan medium. Luas zona bening tergantung pada konsentrasi CMC dan/atau agar yang digunakan. Semakin tinggi tingkat kelarutan suatu enzim maka akan semakin besar zona bening yang emakin terbentuk. Diameter zona bening umumnya berukuran lebih besar dibandingkan dengan diameter koloni. namun karena medium yang dihasilkan terlalu lunak maka agar ditingkatkan menjadi 1... (2003). Zverlova et al. (Sudiana et al. 2002) Menurut Zverlova et al.5 %. atau bahkan tidak bulat sama sekali. Kesulitan metode ini adalah apabila bentuk koloni atau zona bening yang dihasilkan tidak benar-benar berbentuk benar bulat. yaitu uji Hidrolisis Capacity (HC) dan uji degradasi material selulotik dari daun rumput gajah secara in vivo. penggunaan agar dibawah 0. Ratio HC adalah perbandingan antara diameter zona bening dengan diameter koloni..5%. karena enzim selulase disekresikan ke lingkungan sekitarnya oleh bakteri pendegradasi selulosa. Ratio HC menunjukkan kemampuan isolat bakteri yang diperoleh dalam mendegradasi selulosa yang diindikasikan dengan terbentuknya zona bening. Semakin tinggi konsentrasi agar. Pada awal penelitian ini agar yang semula digunakan adalah 0.8% menyulitkan proses isolasi bakteri (Hankin and Anagnostakis. . Demikian pula sebaliknya. (2003) juga menyebutkan .

5 2.2 4.5 1.7 1.5 5.8 0.2 1.7 5 5.1 2.4 3.9 2.6 3.2 0.8 2.9 1.5 1.5 3 2.8 2.6 2.2 3.5 0.5 3.9 2 2.3 3.9 3.5 1.6 3.4 2.1 2.3 2.0 2.5 2.8 3 2.2 3.7 2.3 1.6 0.1 1.8 0.6 1.9 2 2 2 2 2.2 2.1 1.3 4.5 3.8 2.4 3 Keterangan : DZB = Diameter Zona bening DK = Diameter Koloni HC = Hidrolysis Capacity .1 1.5 2.Tabel 4.5 6 1.3 3.1 5.9 1 1 1.1 1.1 1.1 1.2 1.0 2.4 3.8 3.7 4.9 2.2 1.2 1.3 Ratio HC hari ke-1 hingga ke-7 masa inkubasi Kode PP 127-A PP 141-A Isolat PP 146-A PP 79-D PP 91-A DZB (cm) Waktu (Hari) 1 2 3 4 5 6 7 DK (cm) HC DZB (cm) DK (cm) HC DZB (cm) DK (cm) HC DZB (cm) DK (cm) HC DZB (cm) DK (cm) HC 2.7 4.4 9 9 9 9 9 9 9 8 8 8 8 8 8 8 1.1 2.1 1.1 4.9 4.3 1.3 4.9 3.6 6.4 2.1 1.3 3.1 1.3 5.

purpureum Schaum) mengandung 23. 24% hemiselulosa. panas dan radiasi. Kemampuan isolat PP 79-D setara dengan isolat PP 127-A. Selanjutnya uji yang kedua adalah uji kemampuan bakteri isolat mendegradasi material selulotik dari daun rumput gajah (P. diketahui bahwa sejak hari ke-1 isolat PP 79-D sudah memenuhi cawan Petri sehingga tidak ada lagi tempat yang dapat digunakan untuk pertumbuhan bakteri sampai akhir masa inkubasi. Isolat PP 127-A menunjukkan hasil yang setara antar uji HC dan uji in vivo.. Akumulasi dari mekanisme tersebut diduga merupakan faktor adanya degradasi yang cukup besar pada kontrol. Hal ini diduga bahwa isolat tersebut hanya dapat mendegradasi material selulotik sederhana. ratio HC stabil dan lebih kecil daripada isolat yang lain. kandungan CMC lebih banyak dari pada serbuk rumput gajah (2:1). Tidak semua isolat bakteri yang ratio HC-nya tinggi juga menunjukkan uji in vivo yang tinggi seperti PP 141-A dan PP 91-A. Hal ini mengakibatkan hasil pengukuran diameter zona bening dan koloni adalah tetap. 1997). Hal ini diduga bahwa isolat PP 127-A mampu menghasilkan enzim selulase sama banyak dan aktif pada pengujian di medium padat dan cair. lignin dan beberapa kelompok senyawa lain yang bukan merupakan penyususun yang predominan.4 dan Lampiran 10. Kode isolat dalam (%) 1 PP 127-A 25 2 PP 79-D 22 3 PP 146-A 21 4 PP 141-A 19 5 PP 91-A 17 6 Kontrol 14 Berdasarkan ratio HC pada hari ke7 masa inkubasi.Tabel 4. PP 91-A. 22% selulosa dan 6% abu (ash). Mekanisme degradasi kimiawi pada kontrol diduga melalui hidrolisis dengan menggunakan . hemiselulosa. Dari Tabel 4. kimia. seperti CMC. Sanchez (2009) menyebutkan rumput gajah (P. Dari Tabel 4. Pada medium yang digunakan untuk uji HC. Perbedaan hasil yang diperoleh bukan hanya disebabkan oleh perbedaan panjang polimer selulosa saja tetapi lebih dipengaruhi oleh struktur selulosa tersebut (Hankin dan Anagnostakis. Hasil dari uji ini ada di Tabel 4. Mekanisme mekanik diduga terjadi karena inkubasi dilakukan di shaking incubator pada kecepatan 100 rpm.4 terlihat bahwa isolat PP 79-D yang berberbentuk rizoid dan tidak terdeteksi kemampuan uji HC mampu mendegradasi selulosa secara in vivo. Ratio HC menjadi stabil dan lebih kecil dibandingkan dengan isolat yang lain. 1998 menyebutkan bahwa degradasi selulosa dapat terjadi secara mekanik. Klemm et al. Hal ini mungkin karena dari hasil pengamatan koloni.3). dan PP 146-A (Tabel 4. Sedangkan untuk isolat PP 79-D. Material selulotik alami merupakan struktur komplek yang tersusun atas selulosa. purpureum Shaum) secara in vivo selama 7 hari. isolat PP 127-A adalah yang mempunyai kemampuan tertinggi dalam mendegradasi CMC dan filtrat serbuk daun rumput gajah yang kemudian diikuti oleh isolat PP 141-A. CMC adalah molekul selulotik sederhana bila dibandingkan dengan daun rumput gajah.9% lignin. Morfologi koloni bakteri PP 79-D adalah rizoid (menyerupai akar).4 ternyata pada kontrol juga terjadi penurunan berat kering.4 Hasil uji kemampuan bakteri selulotik melakukan degradasi material selulotik dari daun rumput gajah setelah 7 hari inkubasi Rata-rata penurunan berat kering No.

Madigan. D. 1997. and Raval. Microbia. Sedangkan penggunaan MM sangatlah penting untuk pengujian degradasi selulosa in vivo. Ecology. Z. 3/4. Bioresource Technology. H. Apakah isolat bakteri yang diperoleh dapat mendegradasi lignin dan hemiselulosa 5. walaupun gelas Erlenmeyer tempat proses degradasi sudah ditutup dengan kertas karbon. KH2PO4 dan KCl. Cellulose degrading enzymes and their potensial industrial applications. 1997. FEMS Microbiology Reviews. Petitdemange. Biotecnology advanteces. kemudian secara berturut-turut diikuti oleh isolat PP 79-D.2H2O. A33:1345-1373. Bagaimana kemampuan isolat dalam mendegradasi selulosa pada daun rumput gajah setelah dilakukan delignifikasi.dan PP 91-A. M. M. Journal of biological sciences. P. and Aubert. L. 583~20. DAFTAR PUSTAKA Ahmed. and Haque M. and S. R. 43:7783 . PP 91-A. M. H. Rahman. Prantice Hall.. P. M.. J. 1996. Cellulose and releted enzymes in biotechnology. C. Aspek yang dapat dijadikan bahan kajian antara lain: 1. 117-25. C. selotriosa dan oligoselulosa yang lain. Bhat. PP 141-A.. 1993..2 Saran Pada penelitian ini masih banyak aspek yang masih bisa dijadikan bahan kajian pada penelitian yang lain.. M. 1994. isolat PP127-A adalah isolat yang memiliki ratio HC tertinggi kemudian berturut-turut diikuti oleh isolat PP 141-A. J. 2001. E.. J.. 5. M. Martinko. Benoit. G. M. 2. 1994.. J. The biological degradation of cellulose. L.. Banu. Penggunaan lampu dop tersebut diduga dapat memberikan efek radiasi. 4.6H2O. Jr. 355-358. Lampropedia (PP 146-A). Berdasarkan uji HC.. Cailliez. Parker. PP 141-A. PP 146-A. Na2SO4. Benoit. 2. S. CaCl2. PENUTUP 3. karena diharapkan sumber karbon dan energi hanya berasal dari selulosa tersebut (Ljungdahl and Eriksson. 15. K. Brown.. Brock. Vol. 1(10):993997. PP 146-A.. pp. Apakah isolat yang diperoleh dapat mendegradasi selobiosa.. 23. (2000). Cailliez. Englewood Cliffs. dan Halomonas (PP 79-D dan PP 91-A). MgCl. Beguin.1 Kesimpulan 1.K. PP 79-D dan PP 91-A yang cenderung masuk ke dalam genus Flavobacterium (PP 127-A dan PP 141-A). T. 3. Biotechnology Advances.Isolation of cellulolytic mesophilic clostridia from a municipal solid waste digestor.. E. Akhter F. 1985). Microbial activity on the degradation of lignocellulosic polysaccharides. contoh avicel. sigmacel). Nos.. The biosynthesis of cellulose. Journal macromol science-pure applied chemistry. Isolat PP 127-A juga menunjukkan penurunan berat kering terbanyak pada uji in vivo. Petitdemange. Bhat.alkalin. 13. Pada penelitian ini diperoleh 5 isolat yaitu PP 127-A. karena Minimal Media (MM) yang digunakan banyak mengandung garam dari golongan tersebut diantaranya adalah NaCl. C. Solubilization of cellulose by mesophilic cellulolytic clostridia isolated from a municipal solid-waste digester. dan PP 146-A. Bhat. Biology of microorganisms. 18. Gelhaye. 25-58. (1992). & Gitton. Untuk menciptakan kondisi suhu 45°C tersebut shaker ditutup rapat dengan kardus. Seberapa besar isolat bakteri dapat mendegradasi selulosa crystalline (serbuk selulosa. T.Pada penelitian ini inkubasi dilakukan pada suhu 45°C untuk memicu ekpresi enzim selulase.

Stefan. Dasar-dasar Mikrobiologi. Journal of General Microbiology. D.. Casamayor.. 1995. R... and Gilbert. Utilisation of biomassa for the supply of energy carrier.R. Handayani. A.. second edition. 2001. F. 62:20-25 Dunca. 1985.. J.. N. 1999. Massana. Morgavi. S. H. N.G. Z. Y. 41.. C. and Drif. (2005). Ponyi. 7(1):44-55. Nimitan. Flexibacter and Saprospira and a discussion of the evolution of eubacteria in general. Review. R.. Microbiology A Laboratory Manual.. Hermawan. 52. A.. High diversity biofilm for the oxidation of sulfidecontaining effluents.. H. B. A. 2000.O. D. Benjamin Cummings. and Henrissat. I. Environ. 1990. Pengaruh jenis tanaman penutup dan pengolakan tanah terhadap sifat fisika tanah pada lahan alangalang. Characterisation of Neocallomastix patriciarum cellulose cDNA (CelA) homologus to Tricoderma reesei cellobiohydrolase II. P. Olteanu. M. Cambridge:USA Gonggo...... P. R. dan Sherman. Claassen. T. 2002. 3:853859. G. E. Pedro´ sAlio´ .. M. J. Chen. The properties of fungal and bacterial cellulases with comment on their production and application. 2007..136: 11-18. H. 270:2931429322. E. and Anggraeni. V. A. Z. and Owen. Microbiol...64:726–734. Davies. and Nikaido. B. 5s rRNA sequences of representatives of the genera Chlorobium. Synergism between corn stover protein and cellulose. et al.. Beauchemin. Adsorption characteristics of cellulolytic enzymes from the anaerobic fungus Piromyces sp. Iasi. Applied. G. Laporan penelitian pendayagunaan vegetasi invasi . 39-109. Strain E2 on microcrystalline cellulose. Biotechnology Genetic Engginering. Ameciran society of animal science. D. 741-755. Balague´ . Structures and mechanism of glycosyl hydrolases. Ferrera. and Wachter. Dwijoseputro. Peer. J.. San Fransisco. D.. G. K.Prosthecochloris. M. Applied microbiology and biotechnology. M. I. Structure.. M. Perry. Black. The conserved noncatalytic 40-residue sequence in celluloses and hemicelluloses from anaerobic fungi functions as a protein docking domain. Applied Microbiology and Biotechnology. Influence of fibrolytic enzymes on the hydrolysis and fermentation of pure cellulose and xylan by mixed ruminal microorganisms in vitro. 1995. Journal Biology Chemistry. Enzyme and microbial technology. Dijkerman. Hazlewood. Applied. P. Djambatan : Malang Eynde. 2005... 1996. D. 62:18891896. Microbial biotechnology: fundamentals of applied microbiology. Colombatto. C. Environ.638-645. 2004. Camp.Cappuccino. Ye Jun and H. O. H. P. E. Reports of University Iasi. Bhat. Fanutti.. K.. Han. van der. Mas. D. V. G. L. Glazer.. Ailiesei. Vervurem. 81:1040-1050. Xue. 2004. Romania. Coughlan.. Jurnal ilmu-ilmu pertanian Indonesia. Flavobacterium. S. B. and Patel. C. 1996. Microbiol. 2007. Mould. 3. M. Denman. Thermomicrobium. Cytophaga.

Kim. 1995. C. L. . E. Solid media containing carboxymethylcellulose to detect Cx cellulase activity of microorganisms. R. S. U. L... Afrousheh. 2002. Sci. Hankin. Comparative phylogenetic assignment of environmental sequences of genes encoding 16S rRNA and numerically abundant culturable bacteria from an anoxic rice paddy soil. and Anagnostakis. Applied and Environmental Microbiology. Z. Environmental research laboratory. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology ninth ed. 1998. J. D. Chin. Carboxymethyl ethers of cellulose and starch-a review. Construction of a stable microbial community with high cellulosedegradation ability. Celulaze de origine microbiana. 65:5050–5058. H. Opportunities to improve fiber degradation in rumen: microbiology. and J. D. H. Germany. Sands. M. Krause..Madison. 1994. T. R. Soil Science:118: 38-44.. N. Wagesknecht.. 1995.. O. A new solid media for enumerating cellulose-utilizing Bacteria in soil. D. Doyle and B.. 1999. Hendricks. (ed). Purification and specificity of a specific endo-β-D-glucanase (Avicelase II) resembling exocellobiohydrolase from Bacillus circulans. B. Holt.. 2005. McGraw-Hill Company. 1995.. 17: 248254.2 corvallis: Oregon Hengstmann.. D. Jung. Z. H.. Lembaga penelitian Universitas Bengkulu... and Kim. D. I. W.... Cell wall polysaccharide interactions and degradability. P. Applied Microbiol Biotechnol. G.H. Liesack. Haruta. Comprehensive cellulose chemistry. inc. 1997. H. and Igarashi. M. 98:109115. Heinze... 38:65-78. Harley dan Prescott. Denman S. Cui. and Hill. & Environ. L.. Hugley. L. Investigation on aerobic cellulolytic bacteria in some of north forest and farming soils.1 and mantech environmental technology. M. Laboratory Exercises in Microbiology. 1993. Bengkulu. volume 1: fundamentals and analytical methods. Center of excellence for polysaccharide research.. Attwood. T.dalam proses agradasi tanah untuk percepatan restorasi lahan kritis. Pages 285-314 in forage cell wall structure and degesbility. Ishii. Friedrich Schiller University. 2008. S. Morrison... E. S. Klemm.ASA-CSSASSSA. Y.. D. WI. C. St. Philipp. Hankin. Environmental protection agency. FEMS Microbiology Reviews 27:663-696.. Biochim. G. D. C.. Salehrastin. 2003. M.. T. A.D. Janssen. (1974). Heinze.s.G. R. Journal of general microbiology. Mackie R. Agric. Alikhani. Heinze. S. Hatfield.. and Jahromi. C. American-Eurasian J. Besharati. A. L. 3 (5): 713-716 Hatfield. U. Ralph. Germany:Wiley-VCH. Relation of land use to some degradative enzymatic activities of soil bacteria. Rae. S. 59:529– 534 Hatami. Li. Williams and Wilkins: USA Jeschu. and MacSweeney. ecology.. u. K-J. Buxton. J. Y. cerc. and genomics. 2002. Enzyme and Microbial Technology. D.W.. Huang Z..

Chen.. and Kojima. C. Ushida. S. W. J. Hotchkissa. McCammon. J. Z.T. D. Fan. 34:7390–7403. M. Llobet-Brossa. 1994. K. and Eatona. and Bowman. 51: 353360 Mandels... 2008. Taxonomy of Antarctic Flavobacterium species: description of Flavobacterium gillisae sp. E. Van der Oost.. nov. S.Appl. D. H. Biochem Society Trans. Lay. K. Y. 25. Rosello´ -Mora. Lo. 2000. J. Bai. Lee. T. De Rosa. Raja Grafindo Persada. comb. Enzyme and microbial tehnology. Y. Sense C. 1982.. and Eriksson.P. S. R. Use of ratio of digested xylan to digested cellulose (X/C) as an index of fiber digestion in plant cell-wall material by ruminal microorganisms. Y. A.. M. Animal feed science technology.. 2009. International journal of hydrogen energy. Mattinen. 13. Advances in microbial ecology vol 8. Trincone. 2005. rev. G. H. 1985.. S.. and Chang. Cicek R. A..61:106–116. C. M. L. Carere C. and Nie. Aplication of cellulases. Saralate.. and Sparling R.50:1055–1063. Analysis of extended hydrolysis time. and Rossi. Matsui.. K.. Mitchella.. Flavobacterium tegetincola sp. R.. Challenges for biohydrogen production via direct lignocellulose fermentation. Applied and Environmental Microbiology. Ecology of microbial cellulose degradation.J.. T. and L. 1998. nov. 2000. B.. Kinetic studies of enzymatic hydrolysis of insoluble cellulose : (II). 57:15-28. W. International Journal of Systematic Bacteriology. mon... G.. Isolation of cellulosehydrolytic bacteria and applications of the cellulolytic enzymes for cellulosic biohydrogen production. R. Structural and functional studies of fungal cellulose binding domain by NMR spectroscopy. Carlobois R.. Journal Biotechnology. Analisis Mikroba di Laboratorium. D. B. L.. Miyazaki. Lehninger. Dasar-dasar biokimia jilid 1. Amann... 1998.Vegetable Waste Co-Composting System. nov. 1998.Gen. Jakarta.Microbiol. 414-16. 1985.Landy. and Flavobacterium xanthum sp. 2009. Ponzano. Levin. Isolation and Characterization of Mesophilic Cellulose-Degrading Bacteria From Flower Stalks.. Finland. Wang.. Fusco S. I. M. nov. L. E. Wang. Yang. Identification and molekuler characterization of the first alpha –Xylosidase from . M. Ljungdahl. nov... Moracci.. M.. L. 1982.. Jakarta: Erlangga. Microbial community composition of Wadden sea sediments as revealed by fluorescence in situ hybridisation. International Biodeterioration & Biodegradation. Biotechnology Bioengginering. J. Academic dissertation from University of Helsinki. In: Marshall (Ed).. M.. A. R.. Bacterial diversity associated with archaeological waterlogged wood: Ribosomal RNA clone libraries and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). The role and fungtion of cellulosebinding domains. Linder. 1997. 44:417–425 Lu. 71:207–215. B. Y.64:2691–2696. E.H.939-66.A.. M. and Teeri. and re-classification of [Flavobacterium] salengens as Salegentibacter salegens gen. J. W.

. M. G.. (Ed). van Gelder. Rodrigues. Mulcahy. Sequeira.. 2002. Sun. Role of lignin in the enzymatic hydrolysis of lignocelluloses. 2002.. and Penner M. and Gilkes. N. A. 2008.. and Sequeira. 1996.. C. Mikrobiologi Umum edisi keenam. Subba. Tim. and Imanuddin. 2004. C. G.41:65-72. Cone. Waren. and R. Miller. Fry. V. 111. J. Cris. Sjostrom. C. Rahayu R. Anim feed science technology. Tjitrosoepomo. A. M. Kimia kayu. C. Enzymatic degradation of . Cheng. Kilburn.. H.. The effect of cellulose crystallinity on the in vitro digestibility and fermentation kinetics of meadow hay and barley.. Tomme.. Srinivasan.83:652-657.C. Applied and Environmental Microbiology. S. J. H. 2009. J. M.. 2002. Pvt. Balagopalan and S. R. C. Sudiana. In: Saddler. A. R. Thermal conversion of elephant grass (Pennisetum Purpureum Schum) to bio-gas. 2004. 1992. Hydrolysis of lignocelluloses material for ethanol production: a review. and Ikewuchi. India. E. Chem. 275:22082-22089. Bioresource technology. Y. A. 83. A. 768-788. D. New degenerate Cytophaga–FlexibacterBacteroides-specific 16S ribosomal DNA-targeted oligonucleotide probes reveal high bacterial diversity in river Taff epilithon. and Fonseca. Oxford and IBH publishing Co. P. Biol. Rahmansyah. C. M. M. J. R. 1995. New Delhi. C. Ltd.an Archaeon. L. A. Disertation at University of Technology. Palonen. H. Nutritional and antinutritional components of Pennisetum purpureum Schumach. Paul. edisi kedua. O’Sullivan. Perennial forages as second generation bioenergy crops. 1993.. Strezos. M... Populasi dan karakterisasi bakteri selulotik yang diisolasi berbegai ketinggian lokasi di taman nasional gunung Halimun..68:201–210.. Yogyakarta: Gajah Mada University Press. Schlegel. V. A. J. J.. A. 2008.. 99 (2008) 8394– 8399. Sanderson. and J. bio-oil and charcoal. I. Ramakrishna (Ed). wheat and rice straws. Bacterial adhesion to fibre during in vitro degradations under varying osmotic pressure. 1994. In:New trends abiotechnology. C. Suliasih. 2003. Kanti. E. Cellulose binding domains: Clasification and properties. Indonesia.Helsinki Finland. N.J. Yogyakarta : Gajah Mada University Press.. Yogyakarta: Gajah Mada University Press. S. Pp 315-320. Weightman. M. dasardasar dan penggunaan. Okaraonye... Widawati. J.. Taksonomi tumbuhan (spermatophyta). 9.. Journal of the science of food and agriculture. Final year project university of Limerick. W. An investigation of cellulose Binding Domain in non-celululose binding domains in non-cellulolytic enzymes. H.A. Pakistan journal of nutritional 8(1): 32-34.. Laporan teknik proyek inventarisasi dan karakterisasi sumberdaya hayati. Sequieria. International Journal of Molecular Sciences. W.. Bioresource Technology. J. 1995. H. Puslit biologi-LIPI.. Lignocelluloses biotechnology: Recent advance and technology prospects.

Ma. X. Zhang Y. C. 13.ac. 2004. Rev. 818– 824..uk/history/astbury1 8. 70: 1563-1569. and Lynd.biomassmagazine. International biodeterioration & biodegradation. Bak. IV. p. and Mertens. K. Y. Dry matter accumulation of elephantgrass.. and K. Biochem Society Trans.jpg diakses pada 10 Juni 2010 pada pikul 19. The prokaryotes. Kinetics and relative importance of posphorylytic and hydrolytic cleave of cellodextrins and cellobiose in cell extracts of Clostridium thermocellum. Biol. Wilson. 51:175–179.M. Bioresource Technology. 2010. Yang.. 35:251-259. H. Wilson.. L. Rhagium inquisitor L.astbury. R. Niu. and Schwarz. 1995. V. R. Appl. energycane and elephantmillet in a subtropical climate. J. H.... M. Tang. Wang.. Widdel. Enzymatic hydrolysis of cellulose: an overview. Paskevicius.com/images/uploa d/20080403103622. 4: 205-210. R... S. Cell wall accessibility and cell structure limitations to microbial digestion of forage. 1991..09 WIB Yang.R. Crop sci. W. M. L. (1985) Purification and characterization of heparinase from Flavobacterium heparinum. Balows. and G. H.. Cooney. J. 101:1737-1744.. Bioresaouce technology. P. Supl. Wang. Microbiol. Wood. R. R. Linhardt. C. 40710.13 WIB www.htm diakses pada 10 Juni 2010 pada pukul 18..com Diakses pada tanggal 5 Januari 2009 pukul 21.. J. 2008.. Properties of cellulolytic enzyme systems. Chem. 2003. and Raudoniene. H. vol. Ekologija 54 (1): 29-31. 1985. D. flickr. and F. Z. 1849-1857. Gramnegative mesophilic sulfatereducing bacteria. 2003. (Col. Varnaite. T. Cerambycidae). Woodard. 33. and Xu.insoluble carbohydrates. William R. A novel microbial habitat of alkaline black liquor with very high pollution load: microbial diversity and the key members in application potentials. 36 (1991) 3-14. F. P. New York. Walker. www.B. V. 618:143-163. Zverlova. R..15 WIB www. Environ. H. Washington DC. P. 1992. C. V. Holl.leeds. . and Langer. Bernstein. G.. Identification of carbohydrate degrading bacteria in sub-tropical regions.. Crop Science.. A. H. American chemical society. 51. Truper. V.). Prine. Dworkin. 3352-3378. Cellulose degradation in rye straw by micromycetes and their complexes. Trop. SpringerVerlag..-H. C. Su. 2nd ed.. Govind. Biol.. Tao.. 1993. F. and D. L.260. Enzymes for digestion of cellulose and other polysaccharides in the gut of longhorn beetle larvae. Schleifer (ed. In A. and N.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful

Master Your Semester with Scribd & The New York Times

Special offer: Get 4 months of Scribd and The New York Times for just $1.87 per week!

Master Your Semester with a Special Offer from Scribd & The New York Times