Asam nukleat dalam sel terdiri dari DNA (DeoxyriboNucleic Acid) dan RNA (RiboNucleic Acid).

Kedua jenis asam nukleat ini memiliki perbedaan basa purin yang merupakan molekul penyusunnya. Untuk RNA disusun oleh gula D-ribosa dan basa urasil. Sedangkan untuk DNA disusun oleh gula 2-deoksi-Dribosa yaitu gula D-ribosa yang kehilangan gugus OH pada atom C nomor 2 dan basa timin.

Pokok bahasan di dalam bab ini menguraikan struktur molekul dan komponen asam nukleat, termasuk macam-macam ikatan kimia yang menghubungkan komponen-komponen tersebut. Selain itu, dijelaskan pula perbedaan struktur antara DNA dan RNA, serta sifat-sifat fisika-kimia dan spektroskopik-termal asam nukleat, khususnya DNA. Dengan mempelajari pokok bahasan ini akan diperoleh gambaran mengenai perubahan struktur yang terjadi pada asam nukleat yang dimanipulasi, dan juga mekanisme manipulasi asam nukleat yang pada dasarnya berkaitan dengan sifat-sifat fisika-kimianya. Setelah mempelajari pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan: 1. struktur molekul dan komponen-komponen asam nukleat, termasuk macam-macam ikatan kimia yang terdapat di dalamnya, 2. perbedaan struktur antara DNA dan RNA, 3. cara pembacaan sekuens suatu molekul asam nukleat, 4. sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat, dan 5. sifat-sifat spektroskopik-termal asam nukleat

Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari pokok bahasan ini dengan lebih baik adalah sejarah penemuan asam nukleat beserta percobaan-percobaan yang membuktikan bahwa DNA merupakan materi genetik pada sebagian besar organisme dan RNA merupakan materi genetik pada virus tertentu. Pengetahuan tersebut telah diperoleh melalui mata kuliah Genetika pada semester VI. Adapun urutan bahasan di dalam bab ini adalah struktur molekul asam nukleat, sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat, dan sifat-sifat spektroskopik-temal asam nukleat. Struktur Molekul Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’deoksiribosa (Gambar 2.1.b). Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua

buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah

gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin. Ikatan fosfodiester Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.2). Gambar 2.2. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.

dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan.Kecuali yang berbentuk sirkuler. ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Sebagai contoh. Oleh karena itu. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. Kenyataannya. asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif. Sekuens asam nukleat Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri. spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. Jadi. sedangkan yang lain 3’→ 5’). Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA . Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’. suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Selanjutnya. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa.

jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’. 3’ 5’ 5’ . mengajukan model struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA.Dua orang ilmuwan. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling komplementer. sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Dengan perkataan lain.Crick. kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel). basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya. Artinya. Akan tetapi. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan.H.C. kedua rantai tersebut sejajar. J.D. sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik. maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi. maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui. Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua. maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini. Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.Watson dan F. Dalam hal ini.

C = sitosin. Model struktur tangga berpilin DNA P = fosfat S =gula A = adenin. kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel hidup. T =timin Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0.3’ Gambar 2. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick.3. di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3. Namun.4 nm. .34 nm. G = guanin. Sementara itu.

sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal. denaturasi kimia. molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. dan RNA ribosomal (rRNA). yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA). akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. Modifikasi struktur molekul RNA Tidak seperti DNA. viskositas. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. dan kerapatan apung. misalnya bentuk A. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. Namun. Selain itu. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA). Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. pengaruh asam.Bentuk yang lain. kita mengenal tiga macam RNA. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral. yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA. modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). pengaruh alkali. sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya. Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer. . ada pula bentuk Z. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.

hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. Selanjutnya. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. di dalam asam mineral yang lebih encer. . Sebagai contoh. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Bahkan pada pH netral sekalipun. Jadi.sebenarnya tidaklah demikian. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponenkomponennya. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Namun. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.

Begitu juga.Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.7 g/cm3. Selain itu. tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. . Kerapatan apung Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Pada konsentrasi yang relatif tinggi. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Artinya. yakni sekitar 1. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Dengan demikian.

098% (G + C). absorbansi pada λ 260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa . dan perkiraan kemurniannya. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan λmaks = 260 nm. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini. ternyata ada perbedaan nilai yang bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Selain itu. penentuan kemurnian DNA. Gambar 2. serta denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. kuantifikasi. Sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar UV.66 + 0. Hipokromisitas Meskipun λmaks untuk DNA dan RNA konstan.Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. Dalam hal ini. penghitungan konsentrasi asam nukleat. Nilai ini jelas sangat berbeda dengan nilai untuk protein yang mempunyai λmaks = 280 nm. Sifat-sifat absorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi. hipokromisitas. ρ = 1. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein.4. Masingmasing akan dibicarakan sekilas berikut ini. fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam absorpsi UV. Absorpsi UV Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang bersifat aromatik.

. Kemurnian asam nukleat Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbah A260 terhadap A280. nilai sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA) atau RNA. Penghitungan konsentrasi asam nukleat Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. dengan λmaks = 280 nm. sedangkan konsentrasi yang sama untuk molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang sebesar 25. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sebesar 1. dan nilai A260 purin tidak sama dengan nilai A260 pirimidin. Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang diisolasi. Istilah klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah hipokromisitas. ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap dsDNA.8. Sebaliknya. nilai A260 -nya sudah pasti.0. RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2.pada kondisi yang berbeda.0.8 dikatakan terkontaminasi oleh protein. Oleh karena itu. suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 kurang dari 1. Sebaliknya. tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280 kurang dari 1. suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih dari 1. dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA). Protein. Nilai A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan karena kandungan basa purin dan pirimidin pada kedua molekul tersebut tidak selalu sama. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Pada dsDNA. yang selalu mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama. Efek ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan hidrofobik. Sementara itu. Molekul dsDNA dengan konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20.8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA.

Sebaliknya. panas juga dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat. Denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya. Proses denaturasi ini dapat diikuti melalui pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena molekul rantai ganda (pada dsDNA dan sebagian daerah pada RNA) akan berubah menjadi molekul rantai tunggal. Pada RNA denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai ganda yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai ganda yang panjang. pendinginan yang dilakukan perlahan-lahan dapat mengembalikan seluruh molekul DNA ke bentuk rantai ganda seperti semula. DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi) dengan cara didinginkan. Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Ternyata. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil renaturasi yang diperoleh. Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh atau melting temperature (Tm). Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan hibridisasi. Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampel DNA.Denaturasi termal dan renaturasi Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat. Tidaklah demikian halnya pada DNA. . Pendinginan yang berlangsung cepat hanya memungkinkan renaturasi pada beberapa bagian/daerah tertentu. dan berkisar dari 80 ºC hingga 100ºC untuk molekul-molekul DNA yang panjang.

Dengan adanya EtBr molekul DNA dapat divisualisasikan menggunakan paparan sinar UV. kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain dihubungkan sesuai dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam molekul DNA tersebut. Salah satu faktor yang penting adalah keberadaan interkalator seperti etidium bromid (EtBr). Filed under: Pewarisan Sifat — gurungeblog @ 2:01 am Tags: DNA. Artinya. Molekul ini merupakan senyawa aromatik polisiklik bermuatan positif yang menyisip di antara pasangan-pasangan basa. maka deformasi yang terbentuk akan terkunci ke dalam sistem pilinan tersebut. Sebagai contoh. peningkatan kekuatan ionik dapat menambah jumlah pilinan. Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA.Superkoiling DNA Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closedcircular (CC). Interkalator Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah akibat beberapa faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. peningkatan suhu dapat menurunkan jumlah pilinan. misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA berbagai virus. Deformasi inilah yang disebut sebagai superkoiling. Cara yang baik untuk membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti gelang karet dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. atau sebaliknya. Jika kita membayangkan suatu pilinan pada gelang. RNA .

dna DNA DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. Struktur DNA Pada tahun 1953. membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan.Gula 5 karbon (2-deoksiribosa) .basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan guanin (guanini = G).Setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul.gugus fosfat Berikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA : Baik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang merupakan prekursor elementer untuk sintesis DNA. yaitu sitosin (cytosine = C) dan timin (thymine = T) . tersusun rangkap. yaitu : . atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick.DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang. serta golongan pirimidin.Prekursor merupakan suatu unsur awal pembentukan senyawa deoksiribonukleosida yang berkaitan dengan . Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda.

Saat suatu sel membelah secara mitosis.Kedua rantai polinukleotida DNA yang membentuk heliks ganda berjajar secara antipararel.Polaritas heliks ganda berlawanan orientasi satu sama lain.Model ketiga adalah model dispersif. Keempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama rata. sedagkan sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk 3 ikatan hirogen (C = G). yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masingmasing rantai DNA lama tersebut.Antara mononukleotida satu dengan yang lainnya berhubungan secara kimia melalui ikatan fosfodiester.Demikian pula jumlah guanin (G) dengan sitisin(C) selalu sama.karean perubahan jumlah hidrogen ini.Akan tetapi.DNA tersusun dari empat jenis monomer nukleotida. Stabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen yang terbentuk sepanjang rantai tersebut.Fenomena ini dinamakan ketentuan Chargaff. pada setiap molekul DNA.Proses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama sebagai cetakan.Replikasi DNA semikonservatif ini . DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai. yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah. tidak mengehrankan bahwa ikatan C=G memerlukan tenaga yang lebih besar untuk memisahkannya.Sturktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga. dengan ikatan A-T dan G-C.Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama. Model pertama adalah model konservatif. Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA : Dari ketiga model replikasi tersebut. DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah polinukleotida rantai rangkap berpilin.Dengan demikian. yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebgai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.Jika digambarkan sebagai berikut : Replikasi DNA Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Anak tangganya adalah susunan basa nitrogen.gugus fosfat.Adenin (A) selalu berpasangan dengan timin (T) dan membentuk dua ikatan hidrogen (A=T). DNA heliks ganda yang panjangnya juga memiliki suatu polaritas. Model kedua disebut model semikonservatif. tiap-tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya. jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin (T).Kedua “tulang punggung tangganya” adalah gula ribosa. model semikonservatif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi DNA. berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model.

RNA rna RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. terutama golongan retrovirus. yaitu : .Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat .basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan golongan pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U) .gugus fosfat Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida. serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA. Struktur RNA RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain. yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis DNA.5 karbon .Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus molekul.Pada organisme eukariot.berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot. peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis.RNA sebagai penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus. tepatnya pada fase sintsis dalam siklus pembelahan sel.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan jumlah enzim yang terlibat.

RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Berikut gambarnya : RNAr RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom. mitokondria . dan berpilin (double heliks) — RNA berbentuk rantai pendek. tRNA ( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer ).Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt. pada RNA adalah Adenin dan Guanin .Setiap subunit ribosom terdiri dari 30 – 46% molekul RNAr dan 70 – 80% protein.komponen : Gula pada DNA deoksiribosa . RNAt RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom. yaitu mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA duta ). sedangkan RNA adalah ribosa Basa nitrogen : – purin — DNA adalah Adenin dan Guanin. Tipe RNA RNA terdiri dari tiga tipe.Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung antikodon. sehingga RNA merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA. kloroplas. ganda.RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA. dan rRNA ( ribosomal RNA ) atau RNAr ( RNA ribosomal ). pada RNA adalah Urasil dan sitosin .Letak : — DNA terletak di dalam nukleus.Kode genetik RNAd tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai polipeptida. dan tidak berpilin .Bentuk : — DNA berbentuk rantai panjang . Perbedaan antara DNA dan RNA Berdasarkan penjelasan sebelumnya kita dapat menyimpulkan beberapa perbedaan antara DNA dengan RNA sebagai berikut : . sitoplasma. RNAd RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu urutan basa rantai DNA. kloroplas.Pirimidin — DNA adalah Timin dan sitosin. tunggal.RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang. mitokondria – RNA terletak di dalam nukleus.Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek ( disebut antikodon ).membentuk suatu nukleotida atau ribonukleotida. yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.

jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA). Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan posisi 5′ pada mononukleotida lainnya(Harpet.Kadar : — DNA tetap – RNA tidak tetap DNA dan RNA Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida.. 1980). Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun .

DNA berbentuk double helix. Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan asam ribonukleat(RNA). meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden. bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal yang terlipat. RNA mengandung basa adenin. sedangkan bagian pentosa DNA adalah dioksiribosa. sebagai gantinya RNA mengandung urasil. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA. DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA. perbedaannya dengan DNA yaitu: a. 2. 1994): 1.dari satuan monomer yang disebut nukleotida(Dage. 4. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa. tidak perlu sama dengan urasil. RNA merupakan pita double namun tidak terpilih sebagai spiral. 3. Susunan kimia Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. asam ini merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme. guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak mengandung timin. b. DNA terutama ditemui dalam inti sel. sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. yaitu messenger RNA(mRNA). satu tipe RNA. Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA. antara lain yaitu(Poedjiati. RNA memiliki perbedaan dengan DNA. Meskipun demikian pada beberapa virus tanaman. Bagian pentosa RNA adalah ribosa. sehingga menyerupai rantai ganda. Ukuran dan bentuk Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. 2. 1992). 1990). tetapi . melainkan ribosa. 1992): 1. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin. Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal(Suryo. demikian pula jumlah adenin.

Metode Schnider Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji oleh reaksi kalorimetri dengan difenilanin. berlangsung didalam inti sel. yaitu: a. terdapat di sitoplasma. c. 3. terdapat didalam ribosom. RNA d(RNA duta). mengikat asam amino yang ada di sitoplasma. Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA. Jaringan hewan dan alkali hangat RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut dalam asam. Secara Spektroskopi Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana . 4. yang mana akan bereaksi dengan purin dioksiribosa dan tidak bereaksi dengan purin ribosa. b. Reaksi ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan DNA didalam bagian-bagian sel. RNA t. 4.urasil. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer). 3. c. Fungsinya DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik. b. proses ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida. RNA d dicetak oleh salah satu pita DNA yang berlangsung didalam nukleus. Metode Feligen Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA. menerima informasi genetik dari DNA. sedangkan RNA tergantung dari macamnya. mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino. 1968): 1. Lokasi DNA pada umumnya terdapat di kromosom. RNA t. RNA r(RNA ribosom). yaitu(Frutan and Sofia. terdapat dalam nukleus. yaitu: a. dan tidak dengan RNA. sedangkan fungsi RNA tergantung dari macamnya. 2. prosesnya dinamakan transkripsi. DNA sulit dipecah atau dirusak oleh alkali. RNA d.

perbedaan RNA DNA. mRNA. rRNA(ribosa RNA). hampir semua RNA ada di dalam sitoplasma. tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA. lebih dari 50% dalam ribosom. 1. RNA genetik. yaitu RNA genetik dan RNA non-genetik. Pada sel bakteri. RNA. rRNA. dan kira-kira 24% dalam strosol Filed under: 2. Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah mRNA(messenger RNA). tRNA Macam-macam RNA RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama. RNA genetik . Disel hati kira-kira 11% terdapat dalam nukleus(terutama mRNA). dan tRNA(transfer RNA).spektra cincin purin dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal. sekitar 15% dalam mitokondria. Tiap bentuk RNA ini mempunyai berat molekul dan komposisi yang berlainan. Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Macam-macam RNA — biodesy @ 15:57 Tags: E.

tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA. Berdasarkan letak dan fungsinya. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki DNA. Urutan asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. tetapi menempatkan diri di dalam sitoplasma. tRNA. mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai. A 2) tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer) RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus.RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA. Struktur tRNA 3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal) . 1. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. mRNA bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Gb. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan DNA. maka akan dihancurkan dalam plasma. dan rRNA. yaitu sebagai pembawa keterangan genetik. baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel. RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA. 1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta) mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan) dengan salah satu urutan basa rantai DNA. Bagian tRNA yang berhubungan dengan kodon dinamakan antikodon. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. RNA non-genetik RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. misalnya virus. RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus.

Kedua pita itu diikatkan oleh ikatan hidrogen. dan fleksibel. protein. tidak bercabang. molekul rRNA ini mencapai 30-46%. RNA ini berupa pita tunggal. Bentuk Polinukleotida ganda yang Polinukleotida tunggal dan terpilin panjang pendekl Gula Deoxyribosa Ribosa BasanyaGolongan purin : adenine Golongan purin : adenine dan guanine dan guanine Golongan pirimidin : cytosine dan urasil sintesis protein - Golongan pirimidin : cytosine dan timin . Letak basa nitrogen dari kedua pita ADN saling berhadapan dengan pasangan yang tetap yaitu Adenin selalu berpasangan dengan Timin. Macam ARN : ARN duta ARN ribosom ARN transfer . Dengan adanya penjelasan materi di atas. senriol. mitokondria. terdapat perbedaan antara DNA dan RNA. Perbedaan DNA dan RNA DNA (Deoxyribo Nukleat RNA (Ribo Nukleat Acid) Acid) Letak Dalam inti sel.Fungsi mengontrol sifat yang menurun sintesis protein sintesis RNA Tidak dipengaruhi sintesis Dipengaruhi sintesis Kadarnya protein.RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di dalam nukleus. Di dalam ribosom. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. dan ribosom. Tabel . Dalam inti sel. Fungsi dari RNA ribosom adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang mRNA. sitoplasma kloroplas. Cytosin dengan Guanin.

diluar aktifitas begitu riuh. Jenis-jenis RNA yang dibentuk dari hasil transkripsi DNA merupakan bahan dasar sintesis protein Peran RNA Dalam Mempertahankan Keberadaan Mahluk Hidup REP | 08 October 2011 | 13:08 59 26 5 dari 5 Kompasianer menilai bermanfaat Pagi itu waktu lamban merambat.namun hanya mampu mengintip dari tirai jendela ruang putih dimana aku berbaring. Adalah kebiasaanku berdiskusi dengan dokter dan praktisi medis. sekedar mengusir rasa bosan dan ingin belajar banyak hal yang kebetulan waktu itu dokter sedang menceritakan salah satu .Gb..

Di sini. ……. RNA berisi ribosa (tidak ada kelompok hidroksil yang menempel pada cincin pentosa pada posisi 2 ‘dalam DNA). Ribosom ini terbuat dari protein dan RNA ribosom. yang datang bersama untuk membentuk sebuah mesin molekuler yang dapat membaca dan menerjemahkan messenger RNA informasi yang mereka bawa menjadi protein. sementara DNA biasanya beruntai ganda nukleotida RNA mengandung ribosa sementara DNA mengandung deoksiribosa (sejenis ribosa yang tidak memiliki satu atom oksigen) dan RNA memiliki urasil dasar daripada timin yang hadir dalam DNA. RNA sangat mirip dengan DNA. tetapi berbeda dalam beberapa rincian struktural penting dalam sel.. sementara DNA berisi deoksiribosa. RNA beruntai tunggal biasanya. Kedua. Topiknya adalah seputar DNA dan RNA. Kelompokkelompok hidroksil membuat RNA dari DNA kurang stabil karena lebih rentan . jenis RNA disebut RNA membawa informasi dari DNA ke struktur yang disebut ribosom. Setiap nukleotida ( molekul yang tersusun dari gugus basa heterosiklik ( senyawa organik) gula dan satu atau lebih gugus fosfat yang dalam kimia sering disebut Ortofofat yang terdiri dari basa nitrogen. dan fosfat. RNA dan DNA kedua asam nukleat. RNA adalah sebuah molekul untai tunggal di sebagian besar peran biologis dan memiliki rantai lebih pendek dari nukleotida. Lalu diskusi itu mengalir dan hidup layaknya di sebuah forum diskusi. gula ribosa.pasien yang sedang tes DNA di rumah sakit yang sama. ………. tetapi berbeda dalam tiga cara utama. RNA merupakan pusat sintesis protein. ……… RNA ditranskripsi dari DNA oleh enzim yang disebut RNA polimerase dan umumnya selanjutnya diproses oleh enzim lainnya. ……… Asam ribonukleat atau yang lazim disebut RNA adalah jenis molekul biologis penting yang terdiri dari rantai panjang unit nukleotida. tidak seperti DNA yang beruntai ganda. Pertama.

penentuan struktur dari enzim-ribosom suatu yang mengkatalisis pembentukan ikatan peptida mengungkapkan bahwa situs aktif adalah seluruhnya terdiri dari RNA. Selain itu RNA pengatur juga akan membantu menentukan gen apa yang dapat diakses oleh tiap tipe sel. ………. seperti buku telepon yang tebal dan RNA lah yang mencari nomor lalu menghubungkan saluran dan menentukan seberapa lama panggilan berlangsung. Lalu muncul dogma biologi yang manyatakan bahwa DNA membua RNA kurir. ………. DNA telah menjadi bintang dalam biologi molekuler. karena dalam DNA. Sebagai contoh. Selama ini orang cenderung lebih mengenal yang namanya DNA.terhadap hidrolisis. basis pelengkap untuk adenin tidak timin. Tetapi sekarang RNA yang selama ini dipandang sebagai duplikat dari gen yang dikodekan dalam heliks ganda. ……… Pada masa lalu. Bahkan selama beberapa dekade. namun lambat laun dogma dinilai kurang lengkap sejak adanya penemuan RNA pengatur. Ketiga. RNA tidak memperoleh banyak perhatian. DNA hanya kumpulan informasi pasif. RNA kurir membuat protein. yang merupakan bentuk unmethylated timin. semakin menjadi terkenal sejak ahli biologi menemukan banyak hal mengenai RNA. Jika dipandang dari sudut RNA. ………. Menurut Susan Gottesman dari National Cancer Institute salah seorang pakar biologi dalam paparan di salam satu symposium di Cold Spring Harbour Labolatory bahwa Idealnya apa yang dapat dilakukan DNA juga dapat dilakukan oleh RNA dengan baik. dan protein melakukan segala sesuatu yang diperlukan dalam sel kehidupan. RNA pengatur adalah merupakan pemeran utama dalam kebanyakan aktifitas utama sel. melainkan urasil. . Meskipun masih berlaku. RNA pengatur juga mampu menjaga kesatuan DNA dalam sel telur dan sperma yang akan mewariskan informasi turunan ke generasi berikutnya.

. . ………. hasil akhirnya adalah potongan kecil sel RNA dengan panjang sekitar 20 cm. tetapi tiap mikro-RNA dapat dan mampu berinteraksi dengan banyak jenis RNA kurir. Peran pengatur RNA mulai diketahui kurang lebih 15 tahun lalu sejak peneliti menemukan kelas dari melokul DNA pendek yang disebut silencing RNA dan kelas kedua disebut micro RNA. Bila potongan RNA menemukan RNA kurir yang sesuai. Keduanya terbuat dari gen pendek atau potongan DNA dalam genom. Hal ini yang akhirnya mematahkan evolusioner ada semua sel RNA kurir.. tumbuhan Arabidopsis memiliki 333 gen. Meskipun ringkas potongan RNA ini cukup panjang untuk disesuaikan dengan urutan RNA spesifik dalam sel berbagai jenis RNA kurir. maka mikro RNA akan mengekang aktifitas RNA kurir dan silencing RNA akan menghancurkan target RNA kurir. Hal ini berarti lebih sedikit atau tidak ada protein yang diproduksi dalam sel. cacing gelang memiliki 111 gen. baik yang merupakan gen atau bukan. Salah satu tugasnya adalah mendaftarkan beberapa gen RNA pengatur yang terdapat dalam sel berbagai species. karena gen yang tidak memerlukan pengontrolan protein oleh mikro-RNA harus menghindari perkembangan urutan yang dikenali. ………. ………… Setelah mengetahui cara RNA pengatur dibuat. Meskipun 400 gen mikro-RNA terlihat kecil dibandingkan dengan 25 000 gen berkode protein dalam sel manusia. Kemudian para peneliti menemukan bahwa keduanya mengikuti jalur yang berbeda dari RNA kurir. transkrip gen RNA dir poses oleh enzim yang disebut Dicer Slicer dan Argonaute.………. Pada RNA pengatur. Genom adalah adalah keseluruhan bahan genetik yang membawa semua informasi pendukung kehidupan pada suatu makhluk hidup. Kedua kelas tersebut memiliki banyak fitur yang sama. Dari sini diketahui bahwa manusia memiliki lebih dari 400 gen mikro-RNA. maka para peneliti mencoba menjawab pertanyaan lain.

Dalam peran ini. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk ‘triplet’. Dari uraian diatas tadi. maka RNA pengatur lebih berperan penting. Para ahli biologi mengatakan bahwa lebih dari sepertiga gen manusia berada dibawah tekanan evolusioner untuk mempertahankan urutan RNA kurir yang dapat di kontrol oleh RNA pengatur. monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih lanjut. yang dikenal dengan nama kodon. ……. Asam deoksiribonukleat Dari Wikipedia bahasa Indonesia. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. tiga urutan basa N. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori ‘dunia RNA’. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). saya mengambil kesimpulan bahwa peranan penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi.. ensiklopedia bebas .……. terutama silencing RNA aktif dalam sel telur dan sperma karena diperlukan untuk menjaga warisan DNA dari serangan virus dan elemen laing yang dapat mengubahnya. Karena RNA dapat menpengaruhi banyak RNA kurir pada waktu yang bersamaan . yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi.

Di dalam sel. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus). nitrogen biru. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik. dan hidrogen putih.Struktur molekul DNA. Atom karbon berwarna hitam. lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid). . DNA umumnya terletak di dalam inti sel. artinya. DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. oksigen merah. Secara garis besar. Asam deoksiribonukleat. fosfor hijau.

• • • gugus fosfat gula deoksiribosa basa nitrogen.1 DNA dalam forensik o 3. yang terdiri dari:[1] o Adenina (A) o Guanina (G) o Sitosina (C) o Timina (T) Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida. DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama.2 DNA dalam komputasi 4 Sejarah 5 Referensi [sunting] Karakteristik kimia Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenina dengan timina dan guanina dengan sitosina) yang membentuk DNA beruntai ganda.1 Replikasi 3 Penggunaan DNA dalam teknologi o 3. . sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.Daftar isi [sembunyikan] • • • • • 1 Karakteristik kimia 2 Fungsi biologis o 2.

sementara panjang satu unit nukleotida 3.3 Å[2]. sedangkan guanina berikatan dengan sitosina. DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. gula RNA adalah ribosa. dan timina (T). Pada struktur heliks ganda. Adenina berikatan hidrogen dengan timina. kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida[3]. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenina (dilambangkan A). yaitu 2-deoksiribosa. Misalnya. Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Hal ini disebut sebagai antiparalel. sebagai struktur utama.Rantai DNA memiliki lebar 22-24 Å. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima). dari cytosine).[4] [sunting] Fungsi biologis [sunting] Replikasi . biasanya merupakan molekul RNA. Segmen polipeptida dari DNA disebut gen. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. dan basa nitrogen. guanina (G). sitosina (C.

DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. sperma. satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah. maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Metode ini adalah salah satu teknik paling tepercaya untuk mengidentifikasi seorang . Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Dengan kata lain. kulit. Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Inggris. pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. [sunting] Penggunaan DNA dalam teknologi [sunting] DNA dalam forensik Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut. liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka. proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester. dan enzim girase yang mampu membuka pilinan rantai DNA. dibandingkan. Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. dengan mengetahui susunan satu rantai. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada dasarnya. kecuali sel gamet. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Pada setiap sel. salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang digandakan. dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire.Pada replikasi DNA. Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil. sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling).

dimotivasi sebagian oleh riset DNA. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text. dan dua lainnya dari kelompok pirimidina:sitosina dan timina. James Watson dan Francis Crick mendefinisikan DNA sebagai polimer yang terdiri dari 4 basa dari asam nukleat. Jerman.[5] Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin menemukan bahwa molekul DNA berbentuk heliks yang berputar setiap 3. ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal mentransform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda. [sunting] Sejarah DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di Tubingen. Eksperimen yang dilakukan Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (bahasa Inggris: radioactive tracers). atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang. Keempat nukleobasa tersebut terhubung dengan glukosa fosfat. misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh. yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. dan pencarian homologi. sedangkan jarak antar molekul nukleobasa adalah 0. yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya mencukupi. Riset dalam algoritma pencarian string. yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar. hingga . dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Pada tahun 1953. bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira. Namun demikian. dua dari kelompok purina:adenina dan guanina.34 nm. Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar X pada DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin. mencari pola yang berulang. Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA.pelaku kejahatan. tetapi tidak selalu sempurna.4 nm. pembandingan urutan. DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut. [sunting] DNA dalam komputasi DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer. baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi. penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya.

baru diketahui bahwa DNA terdiri bukan dari 1 rantai. karena sudah wafat pada waktu itu. Watson. Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang dilakukan tahun 1958.http://www. Franklin.lipi.dapat ditentukan bahwa terdapat 10 molekul nukleobasa pada setiap putaran DNA. Soliton dan DNA . tidak dapat dianugerahi hadiah ini.id . dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini.go. Setelah diketahui bahwa diameter heliks DNA sekitar 2 nm.nano. Crick. melainkan 2 rantai heliks.

Soliton dan DNA Miftachul Hadi * dan Ika Nurlaila ** (*Applied Mathematics for Biophysics Group. suatu himpunan dua polimer yang terbelit. yang terdiri dari empat tipe: Adenine (A). DNA mengandung informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan dari suatu organisme. Gula dan fosfat dari seluruh nukleotida seluruhnya sama. yakni nukleotida. Selama pembelahan sel. sebagai ? cetak biru? organisme [1]. yang memiliki satu siklus organik [2]. gula dan basa [2]. Satu pengamatan penting yang menuntun Watson dan Crick ke penemuan terkenal dari struktur heliks ganda DNA adalah. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida. Physics Research Centre LIPI. Pada manusia. DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama reproduksi [1]. Terdapat dua kelas interaksi dasar yang menstabilkan struktur heliks ganda [2]: . purin: Adenine (A) dan Guanine (G) yang memiliki dua siklus organik dan pirimidin: Cytosine (C) dan Thymine (T). termasuk dua kategori. mengkode barisan residu asam amino dalam protein dengan menggunakan kode genetik. basa cenderung berpasangan melalui ikatan hidrogen. Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida. * ' ** First Bright School) Apa itu DNA? DNA. DNA bukanlah suatu molekul tunggal. nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka. tetapi nukleotida dapat dibedakan dengan meninjau komponen basanya menjadi empat tipe. sebuah kode nukleotida triplet [1]. Cytosine (C). biasanya dalam bentuk heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel. ciri-ciri ini misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Struktur DNA DNA adalah polimer. maka harus ditinjau interaksi antara grup penyusun nukleotida [2]. sehingga pasangan-pasangan demikian membentuk struktur dua rantai nukleotida berikatan hidrogen yang sangat teratur. Untuk memahami mengapa dua rantai nukleotida terkait membentuk heliks ganda. Tiap-tiap monomer yang menyusun polimer ini adalah nukleotida yang terdiri dari tiga elemen: fosfat. DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Sebuah untai DNA mengandung gen. dan pasangan yang terbentuk oleh purin dan pirimidin memiliki ukuran yang hampir sama. lebih tepatnya. DNA membuat genom organisme [2]. Guanine (G) dan Thymine (T) [1]. informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata penyusun?.

Terdapat banyak variasi model yang mendeskripsikan gerak DNA: kontinyu dan diskrit. Model DNA tingkat kedua memasukkan perhitungan bahwa molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida. Model DNA DNA adalah entitas yang sangat dinamis dan srtukturnya tidak beku. Model yang lebih kompleks. diperlukan enam persamaan diferensial tergandeng: dua persamaan untuk gerak longitudinal. dengan meninjau molekul DNA yang terdiri dari dua rantai polinukleotida. Dalam pemodelan gerak fungsional DNA. Transkripsi DNA adalah pembacaan gen tunggal untuk mensintesa protein [2]. Model DNA tingkat ketiga memperhitungkan tiap-tiap rantai terdiri dari tiga subunit: gula. Model pertama terdiri dari dua batang elastis yang secara lemah berinteraksi dan melilit satu sama lain untuk menghasilkan heliks ganda. Untuk mendeskripsikan gerak internal DNA. model batang elastis dan versi diskritnya. cukup dengan menuliskan tiga pasang persamaan diferensial: satu persamaan untuk gerak longitudinal. Analogi diskrit dari model demikian mewakili dua rantai dari cakram yang terkait oleh pegas longitudinal dan transversal serta kekakuan pegas longitudinal yang jauh lebih kuat ketimbang pegas transversal [3]. digunakan model aproksimasi berbeda. fosfat dan basa.• • ikatan hidrogen antara basa-basa komplementer. Untuk mendeskripsikan dinamika internal dari batang elastis. dua persamaan untuk gerak torsional dan dua persamaan untuk gerak transversal dalam kedua batang. dapat dimodelkan dengan dua batang elastis yang berinteraksi lemah di antara mereka serta tergulung ke dalam spiral ganda. satu persamaan untuk gerak puntiran (torsional) dan satu persamaan untuk gerak transversal. . gerak tiruan dari setiap atau hampir setiap atom. Barisan pasangan basa dalam DNA mengkode informasi untuk mensintesa protein. Untuk mendeskripsikan versi diskrit diperlukan 3N persamaan [5]. dan gerak transversal [3]. ?Pernapasan (breathing)? DNA terkandung dalam pembukaan temporer pasangan-pasangan basa [2]. model homogen dan model-model yang memasukkan keberadaan barisan basa [3]. dianalogikan dengan gerak mekanis. yang terjadi selama pembelahan sel. Dalam kaitan dengan gen. spiral dan tak spiral. DNA mengandung daerah tak terkode yang peranannya belum sepenuhnya dipahami. adalah polimer yang terdiri dari 20 asam amino berbeda. gerak rotasi atau berpilin. Model DNA tingkat keempat diwakili oleh model kisi DNA dan mendeskripsikan gerak atom yang menyusun sel kisi. Solusi tipe model DNA tingkat keempat ini dapat diselesaikan dengan aproksimasi (harmonik) linier. Model yang paling sederhana dari DNA. interaksi tumpukan (stacking interaction) dari plateu pasangan basa. Model kedua adalah versi diskritnya. Untuk mendeskripsikan model yang terdiri dari dua batang elastis yang berinteraksi lemah (dengan mengabaikan helisitas struktur DNA). Deskripsi model untuk versi diskritnya terdiri dari 6N persamaan tergandeng. katakanlah. molekul dikopi dengan cara membukanya seperti ritsleting. Model batang elastis dicirikan oleh tiga tipe gerak internal: gerak longitudinal. Selama replikasi DNA. Model DNA tingkat kelima mensimulasi struktur dan gerak DNA dengan akurasi maksimum dalam model dinamika molekuler [3]. misalnya.

dua rantai gula-fosfat digambarkan oleh dua garis panjang. Solusi persamaan nonlinier dari gerak internal DNA dengan amplitudo besar (persamaan sine-Gordon). rantai gulafosfat memainkan peranan rantai horisontal. Metode pertukaran hidrogen-tritium digunakan untuk menunjukkan kemungkinan utama pembentukan keadaan terbuka (open state) dalam DNA yang didefinisikan sebagai daerah lokal yang bergerak (dari satu hingga beberapa pasang basa). banyak penelitian berkaitan dengan gerak internal amplitudo besar DNA sampai pada kesimpulan: molekul dapat ditinjau sebagai sistem dinamika nonlinier dimana muncul gelombang soliton. hingga model yang paling akurat dicapai dengan memasukkan dalam perhitungan seluruh atom. gula dan fosfat). Apakah gelombang soliton ini sungguh ada dalam DNA? Atau hal ini hanya contoh dari ?invasi? tak benar dari pendekatan fisika ke dalam biologi? [5]. grup berbeda ditunjukkan dengan bentuk geometri yang berbeda. Solusi tipe kink mendeskripsikan deformasi lokal (pembukaan pasangan-pasangan basa) bergerak sepanjang molekul DNA. Proses ini dideskripsikan dengan menggunakan formalisme Hamiltonian. DNA sebagai Sistem Dinamika Nonlinier Dalam tahun-tahun belakangan. merupakan deskripsi yang menunjukkan keadaan terbuka DNA.Model berikutnya dengan memasukkan dalam perhitungan bahwa masing-masing rantai polinukleotida terdiri dari tiga tipe grup atom (basa. Basa terkait dengan gula memegang peranan bandul berotasi dalam DNA. dimana ikatan hidrogen dibuka. Daftar model aproksimasi dapat diteruskan dengan model struktur dan dinamika DNA yang lebih kompleks. tetapi juga meninjau gerak internal dengan amplitudo besar (aproksimasi nonlinier atau nonharmonik). Dalam skema penguraian DNA. sementara basa ditandai dengan banyak garis pendek. Englander. Kallenbach. 1998) mendeskripsikan gerak rotasi amplitudo besar dari basa mengelilingi rantai gula-fosfat. Dalam model-model DNA tersebut di atas. dan medan gravitasi eksternal diperankan oleh medan yang diinduksi oleh benang kedua DNA yang secara lemah berinteraksi dengan benang pertama DNA melalui ikatan hidrogen di antara basa. Analogi antara molekul DNA dan rantai bandul digunakan untuk mendeskripsikan sifat-sifat gerak internal DNA. dan untuk penyederhanaan helisitas struktur DNA diabaikan. tidak terbatas pada pemodelan deviasi kecil dari keadaan kesetimbangan (harmonik atau aproksimasi linier). gerak dan interaksi [5]. Di dalam pemodelan gerak internal DNA. Pembentukan keadaan terbuka DNA dihubungkan dengan deviasi sudut basa dari keadaan kesetimbangan. . Heeger dan Krumhansl (1980) melakukan penelitian rintisan dalam pengujian dinamika internal DNA. Kusutan (kink) berhubungan dengan daerah lokal dengan pasangan basa yang terbuka. Gerak ini memumpun ke putusnya ikatan hidrogen dan pembentukan keadaan terbuka DNA. Modifikasi model Englander (Yakushevich.

tak terbelit lokal (local unwinding) heliks ganda. rotasi basa mengelilingi rantai gula-fosfat. tinjauan statistik soliton DNA. Telah ditunjukkan. dimana ketegaran puntiran dari gulungan positip dan negatip DNA terukur. penyelidikan persamaan diferensial nonlinier terkait dan solusi soliton. dst) memiliki bentuk heliks ganda. amplitudo dan energi aktivasi yang berbeda. Dalam paper tersebut model Hamiltonian nonlinier pertama DNA ditunjukkan dan hasil ini memberi dorongan yang berdaya guna untuk penelitian dinamika nonlinier DNA berikutnya [5]. dibahas sekitar tahun 1980-an dalam paper Englander dkk. sebaliknya molekul DNA bersifat sangat fleksibel [5]. heliks bukanlah struktur statis. kelembaban. Banyak kontribusi yang telah disumbangkan dalam perkembangan studi dinamika nonlinier DNA dengan menyempurnakan model Hamiltonian. perpindahan grup atom. mengajukan model baru. Paling sedikit terdapat dua kesimpulan penting yang dapat diambil dari analisis gerak internal DNA [5]: • • gambaran umum gerak internal DNA sangat kompleks: banyak tipe gerak internal dengan waktu karakteristik. Dan mungkin hanya pekerjaan yang dipublikasikan oleh Selvin dkk (1992). Gambaran Umum Gerak Internal DNA Dari sudut pandang fisikawan. memberi bukti yang nampaknya dapat diandalkan: molekul DNA menunjukkan sifat-sifat nonlinier [5].Pertanyaan tersebut. pH. molekul DNA: • • dalam kondisi eksternal biasa (temperatur. transisi antara bentuk DNA yang berbeda. yang berjudul ?Asal Mula Keadaan Terbuka dalam Heliks Ganda Polinukleotida: Kemungkinan Eksitasi Soliton?. . tersusun dengan cara tertentu dalam ruang. Banyak kajian dilakukan dengan menggunakan pendekatan nonlinier untuk menjelaskan mekanisme dinamis fungsi DNA. molekul DNA tak lain adalah sistem yang terdiri dari banyak atom berinteraksi. interaksi lokal dengan protein memumpun kepada gerak internal DNA. rotasi grup atom mengelilingi ikatan tunggal. gerak dapat dibagi ke dalam dua grup utama: gerak internal amplitudo kecil dan gerak internal amplitudo besar. Salah satu alasan dari hal ini adalah molekul DNA biasanya dibenamkan dalam ?bak? termal. Tumbukan dengan molekul-molekul larutan yang mengelilingi DNA. Beberapa contoh gerak internal yang mungkin dalam DNA: • • • • • perpindahan atom individual dari posisi kesetimbangan mereka. pada awalnya.

fisika. ditinjau model tak terbelit lokal heliks ganda DNA. Model Hamiltonian DNA dan Persamaan Gerak Internal Untuk mendeskripsikan gerak internal DNA dimulai dengan memilih model aproksimasi yang bersesuaian. Dengan merumuskan ulang Hamiltonian diperoleh: H = H(f) + H(é + H(g) + H(interaksi) dimana H(f) mendeskripsikan gerak transversal. Is DNA a Nonlinear Dynamical System where Solitary Conformational Waves are Possible?. http://en. . Hamiltonian model DNA dibangun dengan memasukkan energi kinetik dan energi potensial sistem yang melibatkan vektor yang mendeskripsikan perpindahan torsional. No.wikipedia.biophysics.net.26. May 22. http://www. Untuk mendeskripsikan gerak internal amplitudo besar diperlukan pendekatan tak harmonik (nonlinier).hfi. Untuk membuktikan bahwa gelombang soliton konformal muncul. Ludmila V. Referensi 1. 2006. transversal dan longitudinal. Kedua jenis gerak internal amplitudo besar DNA ini memegang peranan penting dalam pemfungsian DNA [5]. 305-313. cukup dengan menunjukkan bahwa persamaan gerak tersebut memiliki solusi soliton. Wospakrik. J.3. 5. Biasanya pilihan model bergantung pada problem yang ditinjau dan akurasi deskripsi yang diperlukan. Nonlinear Dynamics and Statistical Physics of DNA. Sehingga. Published in Physics Journal IPS Proceeding Supplement C8 (2004) 0514. 2006. Riznichenko Galina Yur?evna. 4. H(g) mendeskripsikan gerak longitudinal. jari-jari DNA. http://pj. perpindahan longitudinal. Miftachul Hadi and Hans J. Contoh lain gerak internal amplitudo besar adalah gerak transisi antara keadaan konformasi (bentuk DNA) berbeda. Mathematical Models in Biophysics. Contoh gerak internal amplitudo besar adalah gerak tak terbelit lokal heliks ganda. Vol. SU(2) Skyrme Model for Hadron. Persamaan gerak yang berkaitan dengan model Hamiltonian dapat diperoleh dari Hamiltonian sistem. karena aproksimasi linier menjadi tak benar ketika amplitudo gerak internal tidak kecil. Indian Academy of Sciences. September 2001. perpindahan transversal nukleotida. 2004 3. H(interaksi) mendeskripsikan interaksi antara gerak. fungsi potensial yang mendeskripsikan interaksi antara pasangan-pasangan basa.pdf. massa nukleotida. Wikipedia Encyclopedia. Representasi grafis dari solusi persamaan gerak yang memiliki solusi soliton ditunjukkan dengan solusi kink antikink dan tafsirannya sebagai keadaan terbuka untai ganda DNA. atau gerak ? formasi keadaan terbuka?. Biosci. cukup digunakan aproksimasi harmonik (linier). sudut rotasi basa mengelilingi rantai gula-fosfat. H(é mendeskripsikan gerak torsional. Sebagai contoh.Untuk mendeskripsikan gerak internal amplitudo kecil. solusi gelombang soliton dapat dengan nyata ditafsirkan sebagai daerah tak terbelit (atau keadaan terbuka) [5]. Yakushevich. jarak antara basa sepanjang rantai.. 2.org/wiki/Dna.org/education/galina. konstanta gandeng sepanjang masing-masing untai. Michel Peyrard.

. 3. Perturbed Soliton Excitations in DNA Molecular Chain. 016614. Nonlinear Dynamics of Topological Solitons in DNA. (2002). Biochemistry with Clinical Correlations. Devlin. . J. Riznichenko Galina Yur?evna.org/education/galina. 10. 9.biophysics. M. Yakushevich. Mathematical Models in Biophysics.PS/0602037 v1 17 Feb 2006. 7.. Physical Review E 66. al. tidak dipublikasikan. 8. No. Vol. Daniel and V. 11. 2002. arXiv:nlin. www. September 2001. Vasumathi. 26.6. Biosci. Korespondensi dengan Ika Nurlaila.pdf. et. Yakushevich. access on May 2006.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful