L'HETEROCHROMATINE, du chromosome la protine

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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L'HETEROCHROMATINE, du chromosome la protine

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I Le concept d'htrochromatine II Deux types d'htrochromatine II.1 L'htrochromatine constitutive II.2 L'htrochromatine facultative III Proprits de l'htrochromatine III.1 L'htrochromatine est condense : III.2 L'ADN de l'HC est de rplication tardive : III.3 L'ADN de l'HC est mthyl : III.4 Les histones de l'HC sont hypo-actyles : III.5 Les histones de l'HC sont mthyles sur la lysine 9: III.6 L'HC est transcriptionnellement inactive: III.7 L'HC ne participe pas la recombinaison gntique: III.8 L'htrochromatine a l'instinct grgaire: IV Facteurs impliqus dans l'htrochromatinisation IV.1 Les squences rptes en tandem, un grand nombre de fois. IV.2 La mthylation de l'ADN IV.3 L'hypo-actylation des Histones IV.4 La mthylation de H3-K9 IV.5 Les protines HP1 IV.6 Les ARNs nuclaires V Fonctions de l'htrochromatine V.1 Rle de l'HC dans l'organisation des domaines nuclaires. V.2 Rle de l'HC dans la fonction centromrique V.3 Rle de l'HC dans la rpression gnique (rgulation pigntique) VI Maladies de l'htrochromatine VI.1 Maladies de l'htrochromatine constitutive VI.2 Maladies de l'htrochromatine facultative Conclusion

I Le concept d'htrochromatine
Dfinition de la chromatine: Chez les eucaryotes, contrairement aux procaryotes, l'ADN est empaquet sous forme d'un complexe nuclo-protique appel "chromatine", qui porte le message hrditaire. Elle est localise dans un noyau et apparat organise en plusieurs entits distinctes que sont les chromosomes. Le concept d'htrochromatine En 1928, bas sur des observations exclusivement histologiques, Emil Heitz dfinit l'htrochromatine (HC) comme les segments de chromosome qui apparaissent trs condenss et trs colors dans le noyau interphasique. En fait, la chromatine se prsente comme un enchevtrement de fibres dont le diamtre varie, non seulement au cours du cycle cellulaire, mais aussi en fonction des rgions chromosomiques observes. L'euchromatine active est constitue d'une fibre dont le diamtre correspond celui d'un nuclosome, segment d'ADN double brin enroul autour de 8 molcules d'histones identiques deux deux, H2A, H2B, H3, et H4.Dans l'euchromatine inactive, cette fibre peut s'enrouler en un solnode grce aux histones H1. Ce solnode est davantage organis grce des interactions avec des protines non-histones (topoisomrase II, la scaffold protein 2 ou SC2, les lamines...). En ce qui concerne l'htrochromatine telle que nous l'avons dfinie, la fibre qui la compose est encore plus condense, apparat souvent en agrgats, et implique de nombreuses autres protines et notamment les protines HP1 (heterochromatin protein 1).

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II Deux types d'htrochromatine

Il existe deux types d'htrochromatine, l'HC constitutive et l'HC facultative, qui prsentent quelques rares diffrences, essentiellement lies l'ADN qu'elles contiennent. La richesse en ADN satellite conditionne, en effet, la permanence ou la rversibilit de l'htrochromatine, son polymorphisme ventuel et ses proprits tinctoriales (Table I).

Table1 : Proprits permettant de diffrencier l'htrochromatine constitutive de l'htrochromatine facultative.

II.1 L'htrochromatine constitutive

L'HC constitutive contient un ADN tout fait particulier, appel ADN satellite et constitu de squences courtes et rptes en tandem un trs grand nombre de fois : ADN alpha-satellite, ADN satellite I, II et III. Ces squences d'ADN satellite peuvent se replier sur elles mmes et pourraient jouer un rle important dans la structure trs compacte que prsente l'HC constitutive. L'HC constitutive est stable et garde ses proprits d'htrochromatine toutes les tapes du dveloppement et dans tous les tissus. L'HC constitutive est trs polymorphe probablement du fait de l'instabilit de l'ADN satellite. Ce polymorphisme peut concerner aussi bien la taille, que la localisation de l'htrochromatine et n'entrane apparemment aucun effet phnotypique. L'HC constitutive est fortement colore par la technique des bandes C, ce qui pourrait rsulter de la renaturation trs rapide de l'ADN satellite aprs dnaturation.

II.2 L'htrochromatine facultative

L'HC facultative est caractrise par la prsence de squences rptes de type LINES. De telles squences, disperses dans le gnome, pourraient favoriser la propagation d'une structure chromatinienne condense. L'HC facultative est rversible, son tat htrochromatique dpendant du stade de dveloppement ou du type cellulaire tudi. L'X inactif (Corps de Barr) dans les cellules somatiques femelles et la vsicule sexuelle (VS) inactive au stade pachytne de la miose masculine sont deux exemples d'HC facultative. L'HC facultative, n'tant pas particulirement enrichie en ADN satellite, ne prsente pas de polymorphisme. L'HC facultative n'est jamais colore par la technique des bandes C.

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III Proprits de l'htrochromatine

En dpit des quelques diffrences que nous venons de voir, l'HC constitutive et l'HC facultative ont des proprits trs similaires.

III.1 L'htrochromatine est condense :

C'est la dfinition mme de l'htrochromatine et elle s'applique aussi bien l'HC constitutive qu' l'HC facultative. Cette forte condensation entrane une intense chromophilie et la rend inaccessible la DNAse 1 et aux enzymes de restriction en gnral.

III.2 L'ADN de l'HC est de rplication tardive :

L'incorporation de diffrents analogues des nuclotides montre que l'ADN contenu dans l'HC, facultative et constitutive, a une rplication tardive. La rplication tardive de l'HC rsulte d'une part de sa forte condensation qui empche la machinerie de rplication d'accder facilement l'ADN, et d'autre part de sa localisation dans un domaine nuclaire excentr, pauvre en lments actifs.

III.3 L'ADN de l'HC est mthyl :

L'ADN de l'HC constitutive est trs mthyl sur les cytosines. Ainsi, un anticorps anti-5-methyl cytosine colore trs fortement toutes les rgions d'HC constitutive. Pour ce qui est de l'HC facultative, la mthylation de l'ADN est plus discrte. Des enzymes de restriction, sensibles la mthylation, permettent cependant de dceler une forte mthylation des ilts CpG, spcifiquement localiss dans les rgions rgulatrices des gnes.

III.4 Les histones de l'HC sont hypo-actyles :

Les histones peuvent subir des modifications post-traductionnelles, portant sur leurs extrmits N-terminales et susceptibles d'influer sur l'activit gntique de la chromatine. L'hypo-actylation des histones, essentiellement sur les lysines, est associe une chromatine inactive. Au contraire, des histones hyper-actyles traduisent une chromatine active. L'actylation/de-actylation des histones est un mcanisme tout fait essentiel de la rgulation de l'expression des gnes. De nombreux facteurs de transcription ont t montrs avoir une activit, soit d'Histone Actyl Transfrase (HAT), soit d'Histone De-ACtylases (HDAC).

III.5 Les histones de l'HC sont mthyles sur la lysine 9:

La mthylation de l'histone H3 lysine 9 (H3-K9) a trs rcemment t implique dans les processus d'htrochromatinisation du gnome, aussi bien de l'HC constitutive que l'HC facultative.

III.6 L'HC est transcriptionnellement inactive:

Contrairement la drosophile, l'HC constitutive humaine ne contient pas de gnes, et l'incorporation d'uridine tritie dans une culture cellulaire ne montre aucun marquage de l'htrochromatine. L'HC facultative est relativement pauvre en gnes et ces gnes ne sont gnralement pas transcrits dans un contexte htrochromatique.

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III.7 L'HC ne participe pas la recombinaison gntique:

Il est admis qu' la miose, l'HC constitutive ne participe pas la recombinaison gntique. Il n'y a pas d'appariement pralable entre les rgions htrochromatiques homologues, probablement cause du polymorphisme, caractrisant les rgions htrochromatiques, qui rend difficile, voire impossible, un tel appariement. L'HC constitutive a de plus un effet rpresseur sur la recombinaison des rgions euchromatiques adjacentes. Pour ce qui est de l'HC facultative, elle ne participe pas la recombinaison miotique quand elle est sous forme inactive.

III.8 L'htrochromatine a l'instinct grgaire:

L'tude de diffrents organismes montre que l'HC constitutive a une relle tendance s'agrger en interphase. Dans les larves de drosophile, les centromres des chromosomes polytnes, riches en htrochromatine, peuvent s'agrger pour former les chromocentres pendant l'interphase. Chez la souris, le nombre de blocs htrochromatiques que l'on observe dans les noyaux interphasiques est toujours infrieur au nombre de rgions htrochromatiques visualises sur les chromosomes mtaphiques. Chez l'homme, les bras courts des chromosomes acrocentriques, essentiellement forms d'htrochromatine, sont frquemment associs dans le noyau interphasique avec d'autres chromosomes portant un large bloc d'HC, comme les chromosomes 1, 9 ou 16. Cette tendance de l'htrochomatine s'agrger semble tre fortement lie la prsence de squences d'ADN satellite, mais pourrait impliquer aussi d'autres squences.

IV Facteurs impliqus dans l'htrochromatinisation

Certaines observations ont permis de mieux cerner les lments ayant un rle important dans la formation d'htrochromatine, qu'elle soit constitutive ou facultative.

IV.1 Les squences rptes en tandem, un grand nombre de fois.

L'ADN satellite visualise par FISH correspond parfaitement celle de l'htrochromatine constitutive. De plus, de telles squences d'ADN satellite ont en effet la particularit de se courber et de se replier sur elles mmes, et ceci pourrait jouer un rle important dans la structure trs compacte que prsente l'HC constitutive. Nanmoins, il n'y a pas que l'ADN satellite qui soit concern. Ainsi chez les plantes, la drosophile, mais aussi chez la souris, certains transgnes multicopies sont peu ou pas exprims, alors mme qu'ils ne sont pas soumis l'effet rpresseur d'un centromre. Ces diffrentes observations suggrent que la rptition d'une squence d'ADN, en tandem, un grand nombre de fois, est capable de gnrer, elle seule, la formation d'htrochromatine. De telles squences rptes permettraient d'atteindre un degr plus lev de compactage de la chromatine, formant ainsi des structures particulires. Ces structures pourraient alors tre reconnues par des protines spcifiques comme les protines HP1, et l'ensemble conduirait la formation d'une chromatine d'un ordre suprieur.

IV.2 La mthylation de l'ADN

Les larges rptitions de transgnes ne conduisent pas toutes une inactivation transcriptionnelle de celui-ci. Le silencing induit par les rptitions en tandem apparat tre li la prsence de squences d'ADN procaryote, riches en CpG, susceptibles d'tre mthyles. Alors, la composition en bases des squences rptes en tandem pourrait donc jouer un rle non ngligeable dans

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la formation d'htrochromatine.

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De faon intressante, il a rcemment t montr que la methyl binding protein MeCP2, qui normalement se fixe l'ADN contenant des cytosines mthyles, est capable de recruter des histones de-actylases (Fig1). La mthylation de l'ADN pourrait ainsi induire une de-actylation des histones et favoriser l'htrochromatinisation. Nanmoins, la mthylation de l'ADN n'est pas un lment indispensable la formation d'htrochromatine. Elle pourrait tre un lment de stabilisation. Chez les marsupiaux, en effet, l'X inactif n'est pas mthyl et il est beaucoup moins stable que chez les mammifres euthriens.

Fig1: La mthylation de l'ADN provoque une d-actylation des histones, modification qui caractrise les histones la fois dans l'htrochromatine et dans l'euchromatine. MeCP2 se fixe l'ADN mthyle et recrute une HDAC qui d-actyle les histones.(Ac = Acetyl ; Me = Methyl ; MeCP2 = Methyl-CpG binding Protein 2 ; HDAC = Histone De-Acetylase).

IV.3 L'hypo-actylation des Histones

Nous avons vu que l'hypo-actylation des histones tait une caractristique de la chromatine silencieuse qu'il s'agisse ou non d'htrochromatine. Ainsi, un blocage de la de-actylation des histones par adjonction de trichostatine A induit une hyperactylation des histones, qui a pour consquence une ouverture de la structure chromatinienne. En fait, l'actylation des lysines annule la charge positive des histones, diminuant ainsi les forces d'attraction avec la charge ngative du phosphate de l'ADN, et conduisant une ouverture plus large de la chromatine. Au contraire, la de-actylation des lysines libre les charges positives et favorise ainsi une attraction troite avec l'ADN, conduisant la formation d'une chromatine condense.

IV.4 La mthylation de H3-K9

La mthylation de l'histone H3 sur la lysine 9 est une modification pigntique, trs rcemment dmontre comme tant implique dans les processus d'htrochromatinisation, aussi bien dans l'HC constitutive que sur l'X inactif. L'enzyme responsable de la mthylation est l'histone mthyltransfrase SUV39H1. Sur la lysine 9 de H3, actylation et mthylation semblent tre mutuellement exclusives. Ainsi, chez la drosophile, l'histone H3 mthyltransfrase Suv39h est associe une histone de-actylase, ce qui suggre un mcanisme molculaire unique, permettant de convertir directement une lysine 9 actyle en une lysine 9 mthyle. La mthylation de H3-K9 cre en outre un site de haute affinit pour la protine de l'htrochromatine HP1. La co-immuno prcipitation de Suvar39h avec HP1 permet de proposer un mcanisme d'htrochromatinisation qui serait bas sur l'interaction entre ces 2 protines et la lysine 9. Enfin, chez Neurospora crassa, il a rcemment t montr que la mthylation de H3-K9 pouvait entraner la mthylation de l'ADN.(Fig2)

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Fig 2: La mthylation de l'histone H3-K9 provoque la mthylation de l'ADN, modification qui caractrise l'ADN dans l'htrochromatine ou dans l'euchromatine rprime. SUVAR39H est une mthyltransfrase qui mthyle spcifiquement la lysine 9 de l'histone H3. Une telle mthylation cre un site pour la protine de l'htrochromatine HP1 qui recrute une DNA Mthyl Transfrase (DNMT), capable de mthyler le CpG de l'ADN. (Me = Methyl ; Methyl H3-K9 = Methyl sur Lysine 9 de l'Histone H3 ; HP1 = Heterochromatin Protein 1).

IV.5 Les protines HP1

Les protines HP1 semblent jouer un rle tout fait particulier dans l'organisation de l'htrochromatine. C'est essentiellement l'tude de la varigation par effet de position (effet PEV) chez la drosophile, puis l'tude des transgnes chez la drosophile et la souris qui ont permis de mieux connatre le rle jou par les protines HP1. Chez la drosophile, la protine HP1 est code par le gne Su(var)205, suppresseur de varigation capable de modifier l'effet PEV. La varigation par effet de position peut tre dcrite comme suit : des gnes, habituellement localiss dans l'euchromatine active sont, la suite d'un rarrangement chromosomique, placs proximit d'une rgion centromrique, donc htrochromatique. La chromatine nouvellement rprime devient beaucoup plus compacte et commence s'associer avec des protines HP1, habituellement confines aux centromres. De plus, les gnes contenus dans cette chromatine sont rprims. Chez la souris, l'insertion d'un transgne proximit d'un centromre peut entraner des consquences similaires. Il est intressant de noter que mme dans les cas o un transgne est rprim, non pas en raison d'un effet centromrique, mais en raison de sa forte rptition, l encore on retrouve des protines HP1 associes la chromatine rprime. Les protines HP1 semblent constituer le maillon indispensable la formation d'htrochromatine et pourraient jouer un role d'organisateur de domaine chromatinien. Ces protines HP1 seraient capables de reconnatre des structures particulires ralises par l'appariement et/ou l'association des squences d'ADN rptes. De plus, grce au chromodomaine (CD) et au chromoshadow domaine (CSD), elles seraient capables d'tablir secondairement des liaisons avec un grand nombre d'autres protines.

IV.6 Les ARNs nuclaires

Il est dj bien tabli que certains ARN nuclaires sont capables d'intervenir dans la formation de l'HC facultative. Ainsi, les transcripts du gne XIST (Xinactif Specific Transcripts) jouent un rle essentiel dans l'initiation de l'inactivation facultative d'un chromosome X, dans les cellules somatiques des mammifres femelles. Certains rsultats rcents, obtenus chez la souris, suggrent que des transcrits nuclaires pourraient aussi tre impliqus dans la formation d'HC constitutive. Dans cette espce, l'HC centromrique est caractrise par la prsence d'une forte concentration d'histone H3-K9 mthyle et de protines htrochromatiques HP1, qui sont rapidement dlocalises aprs incubation avec de la RNAse A. Ceci suggre donc qu'un ARN nuclaire pourrait tre un composant structural essentiel de l'HC constitutive.

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V Fonctions de l'htrochromatine
On s'est longtemps demand si l'htrochromatine avait un rle prcis dans le gnome humain car son polymorphisme important ne semblait pas avoir de consquence fonctionnelle ou phnotypique.

V.1 Rle de l'HC dans l'organisation des domaines nuclaires.

L'htrochromatine et l'euchromatine occupaient des domaines nuclaires diffrents : l'HC est gnralement localise la priphrie du noyau et accole la membrane nuclaire. La chromatine active occupe, au contraire, une position centrale. La localisation prfrentielle de l'HC contre la membrane nuclaire pourrait tre due l'interaction de la protine HP1 avec le rcepteur de la lamine B, composant intgral de la membrane nuclaire interne. La localisation priphrique de l'HC, concentre les lments actifs vers l'intrieur du noyau, permettant l'Euchromatine active de se rpliquer et d'tre transcrite avec une efficacit maximum.

V.2 Rle de l'HC dans la fonction centromrique

Dans la plupart des eucaryotes, les centromres sont enrobs d'une masse non ngligeable d'htrochromatine. Il a t propos que l'HC centromrique soit ncessaire pour assurer la cohsion des chromatides surs et permettre une disjonction normale des chromosomes mitotiques. Chez la levure saccharomyces Pombe, l'homologue de la protine HP1, Swi6, est tout fait ncessaire la cohsion efficace des chromatides soeurs pendant la division cellulaire. De plus, des expriences de dltion de l'ADN satellite montrent qu'une large rgion de repeats d'ADN satellite est indispensable pour que la fonction centromrique soit correcte. Il est suppos que l'HC centromrique pourrait crer, de facto, un compartiment en augmentant la concentration locale du variant d'histone centromrique CENP-A et en favorisant l'incorporation de CENP-A plutt que d'histone H3 pendant la rplication.

V.3 Rle de l'HC dans la rpression gnique (rgulation pigntique)

L'expression gnique peut tre rgule deux niveaux: Tout d'abord au niveau local et c'est la rgulation de la transcription, grce la formation de complexes locaux de transcription. Ce niveau implique des squences d'ADN relativement petites lies des gnes individuels. A un niveau plus global, et c'est alors plutt la transcriptabilit qui est contrle. Il implique des squences beaucoup plus grandes, reprsentant un large domaine chromatinien, qui peut tre soit sous un tat actif, soit sous un tat inactif.L'htrochromatine serait implique dans le contrle de la transcriptabilit du gnome. Ainsi, des gnes habituellement localiss dans l'euchromatine peuvent tre rduits au silence lorsqu'ils sont placs proximit d'un domaine htrochromatique. Mcanisme d'inactivation en cis: A la suite d'un rarrangement chromosomique, une rgion euchromatique peut tre juxtapose une rgion htrochromatique. Dans les cas o le rarrangement a enlev certaines barrires normales protgeant l'euchromatine, la structure htrochromatique devient capable de se propager en cis l'euchromatine qui la jouxte, inactivant ainsi les gnes qu'elle contient. Ce mcanisme a t observ dans la varigation par effet de position (PEV) chez la Drosophile ou encore dans l'inactivation de certains transgnes chez la souris. Mcanisme d'inactivation en trans: Au cours de la diffrenciation cellulaire, certains gnes actifs sont susceptibles d'tre transposs dans un domaine nuclaire

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htrochromatique, ce qui entrane leur inactivation. Un tel mcanisme a t propos pour expliquer la co-localisation, dans les noyaux de lymphocytes, de la protine Ikaros et des gnes dont elle rgule l'expression avec de l'htrochromatine centromrique.

VI

Maladies de l'htrochromatine VI.1 Maladies de l'htrochromatine constitutive

Ces maladies rsultent gnralement d'une altration des processus de diffrenciation cellulaire. Elles peuvent tre constitutionnelles comme le syndrome ICF ou le syndrome de Roberts : Le syndrome ICF associe une Immunodficience, une instabilit des Centromres et une dysmorphie Faciale (Immunodeficiency, centromeric instability, facial anomalies). Il s'agit d'une maladie rcessive, rare, lie des mutations du gne DNMT3B, DNA methyl transfrase. Les ADN satellites II et III riches en G-C sont particulirement dmthyls, ce qui provoque une sgrgation anormale des chromatides surs, la formation de figures multiradiales, des dltions, des micronoyaux Elles peuvent tre acquises : dans de nombreux cancers, des anomalies de l'htrochromatine constitutive ont t mises en vidence, portant soit sur l'ADN soit sur les protines de l'htrochromatine. Dans les lymphomes non hodgkiniens et le mylome multiple ont notamment t montres des anomalies de la constriction secondaire du chromosome 1 , et ces anomalies miment les anomalies retrouves dans le syndrome ICF. Il a en effet t montr l'existence d'une hypomthylation globale du gnome, associe plus particulirement une hypomthylation de l'ADN satellite II. Dans le cancer du sein mtastatique, a t dmontre une diminution de la protine HP1 alpha, cette protine tant normalement localise dans les rgions centromrique des chromosomes.

VI.2 Maladies de l'htrochromatine facultative

Elles peuvent rsulter du dfaut d'inactivation d'un chromosome X dans les cellules somatiques chez la femme (mutation dans le gne XIST), et entranera l'expression de maladies rcessives lies au chromosome X chez la femme. Elles peuvent rsulter d'un dfaut de condensation de la vsicule sexuelle, dans les cellules germinales mles et entraner une strilit due l'arrt de la mose au stade pachytne.

CONCLUSION En conclusion, l'htrochromatine, bien qu'apparemment amorphe et isole en priphrie du noyau, semble jouer un rle tout fait essentiel dans l'organisation et la fonction du gnome. Tout au long de cet expos nous avons essentiellement prsent les caractristiques lies l'HC, qu'elle soit constitutive ou facultative. Nous avons montr que les proprits de l'HC constitutive ne diffraient pas fondamentalement de celles de l'HC facultative. Il apparat maintenant vident que les mcanismes impliqus dans l'htrochromatinisation facultative, qui sont des mcanismes pigntiques, sont identiques ceux intervenant dans la rpression de l'euchromatine (silencing) en gnral.

Contributors : Marie-Genevive Mattei and Judith Luciani* *Judith Luciani est subventionne par la Fondation Electricit de France

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