You are on page 1of 40

20/02/2012

INTRODUCTION A L’ETUDE DES ENZYMES

Pr. Laila CHABAA 1ère année médecine / 2011-2012

OBJECTIFS
• • • • • Savoir définir une enzyme Pouvoir décrire la structure et la composition d’une enzyme Connaître le mode d’action des enzymes Connaître la classification des enzymes Pouvoir classer les coenzymes en fonction de leurs natures, et leurs rôles

1

20/02/2012

PLAN
• INTRODUCTION • I - DEFINITION ET STRUCTURE • II – MODE D’ACTION DES ENZYMES • III- CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE • IV - COENZYMES ET COSUBSTRATS • CONCLUSION

INTRODUCTION

– – –

organisme vivant ?
Respiration Croissance Efforts physique


Comment?
Réactions biochimiques: • • • Rôle de l’anhydrase carbonique Réactions d’anabolisme Réactions de catabolisme

2

20/02/2012

CO2 + H2O

H2CO3

HCO3- + H+

anhydrase carbonique
Zn2+

• • •

Réactions uniques ou intégrées dans une voie métabolique Temps adapté Nécessité de catalyseurs: enzymes qui permettent aux réactions de se dérouler dans les conditions physiologiques compatibles avec la vie

3

20/02/2012

Exemple 1: réaction de décarboxylation du pyruvate CH3-CO-COOH CH3COH + CO2

In vitro: 170° C In vivo: 37° , la pyruvate décarboxylase C

Exemple 2: réaction d’hydrolyse du saccharose saccharose + H2O glucose + fructose

In vitro: plusieurs mois, années In vivo: quelques secondes, saccharase ou invertase

CHAPITRE -IDEFINITION ET STRUCTURE DES ENZYMES

4

20/02/2012 A. Glucokinase S ATP ADP P Glucose 6 phosphate Pi H2O Glucose P Glucose 6 phosphatase S 5 .DEFINITIONS Substrat: molécule qui entre dans une réaction pour être transformée par l’action catalytique d’une enzyme Produit: molécule qui est produite au cours d’une réaction catalysée par une enzyme Enzyme: est une catalyseur biologique qui assure la transformation biochimique d’un substrat (S) en un produit (P).

polymériques.Partie protéique : apoenzyme • porte la spécificité enzymatique • Fixation du substrat • Favorise l’action du coenzyme 6 . réaction E+S Régulables E+P B.STUCTURE Protéines douées de propriétés catalytiques Holoprotéines ou hétéroprotéines Monomériques.20/02/2012 Catalyseurs: Agissent à faible dose augmentent la vitesse de la réaction diminuent l’énergie d’activation sont régénérés à la fin de la réaction E+S E-S E+P Biologiques: Protéines produites par l’organisme Action spécifique : substrat. complexe multienzymatique Les Hétéroprotéines sont constituées : 1 .

lié: groupement prosthétique . Deux types : . substance apportée par Indispensable à la catalyse enzymatique: Intervient dans la l’alimentation (ex: vitamine) réaction enzymatique. transporte le substrat. reçoit le produit ou participe à la structure de l'enzyme.20/02/2012 2.libre: cosubstrat 2.Partie non protéique ( cofacteur ou coenzyme …) - Atomes ou molécules biologiques.1. mais n’est pas transformé définitivement à la fin de cette réaction.le groupement prosthétique .Régénéré sans être libéré .Fonctionne à concentration stoechiométrique AX A ApoE-GP ApoE-GP X B BX 7 .

20/02/2012 Exemple: l’acide lipoïque AH2 A déshydrogénase Acide lipoïque Acide dihydrolipoïque FADH2 FAD 2.2 .le cosubstrat .X B Apoenzyme 2 BX 8 .Nécessite un second apoenzyme pour être régénéré Apoenzyme 1 AX A cosubstrat cosubstrat.

20/02/2012 Exemple: G6P DHase 6 phosphogluconate Glucose 6 phosphate NADP+ NADPH.H+ Glutathion glutathion réductase Glutathion réduit CHAPITRE – II – MODE D’ACTION DES ENZYMES 9 .

NOTIONS DE BIOENERGETIQUE pourquoi une réaction est possible ? Comment agit l’enzyme ? 10 .20/02/2012 Pour que la réaction enzymatique se produise. • La formation d’un complexe enzyme-substrat • Un échange d'énergie libre entre le complexe enzymesubstrat et le milieu environnant. il faut : • Que l’enzyme reconnaisse spécifiquement les cofacteurs dont elle a besoin.

GC et GD C+D On définit la variation d’énergie libre: ∆G = (GC+ GD) – (GA+ GB) (kjoule/mole) 11 . C et D ont une énergie libre notée GA. GB. Variation d’énergie libre standard A +B A. B. Constante d’équilibre A +B C+D v1= k1 [A] [B] v2 = k2 [C] [D] A l’équilibre: v1 = v2 k1 [A] [B] = k2 [C] [D] K1/K2 = Kéq = [C] [D] / [A] [B] 2.20/02/2012 1.

R = 8.31 Joules/mole T: température absolue A +B C+D variation d’énergie libre standard ∆G° = -RT ln Keq ’ [C] [D] / [A] [B] > 1 Ln Kéq valeur positive alors ∆G° < 0 : réaction exergonique ’ [C] [D] / [A] [B] :0 à 1 Ln Kéq valeur négative alors ∆G° > 0 : réaction endergonique ’ 12 .20/02/2012 A +B C+D Dans les conditions standard: Pression : 1 atm T: 25 °C (298K) pH 7 [A] = [B] = [C] = [D] = 1 mole On définit la variation d’énergie libre standard: ∆G° = -RT ln Keq ’ R: constante des gaz parfaits.

on peut calculer ∆G et prédir le sens de la réaction * Une réaction endergonique peut avoir lieu si elle est couplée à une réaction exergonique 13 .20/02/2012 3. Variation d’énergie libre ∆G = ∆G° + RT ln Keq ’ À l’intérieur de la cellule: T= 37° C. Conséquences et applications * La constante d’équilibre permet le calcul de ∆G° ’ * Si on connait ∆G°’ et les concentrations des substrats et des prod uits. cc < 1 mole 4.

ACTION SUR L’ENERGIE LIBRE D’ACTIVATION 1. 14 .2.Définitions 1.Etat de transition S+E Pour que S → P+E P. . S doit passer par un état activé de contenu énergétique plus élevé: état de transition 1.1.Energie d’activation -Correspond à la différence d’énergie entre l’état initial et l’état de transition.C’est l’énergie libre moyenne qu’une molécule doit recevoir du milieu environnant pour que la réaction se produise à une vitesse donnée. Cette dernière sera proportionnelle à l’énergie captée.20/02/2012 A.

20/02/2012 2.Action des enzymes sur l’énergie d’activation: Les enzymes abaissent l’énergie d’activation Etat de transition Energie d’activation Absence d’enzyme Présence d’enzyme Etat initial Etat final B.ACTION SUR LA VITESSE DE LA REACTION Les enzymes augmentent la vitesse de la réaction L’équilibre de la réaction est atteint plus rapidement Les concentrations à l’équilibre ne sont pas modifiées E Exemple: S 70 % P 30 % 100 70 équilibre Sans enzyme Avec enzyme 0 15 .

20/02/2012 C.FORMATION DU COMPLEXE ENZYME-SUBSTRAT ENZYME1. on distingue ceux qui: • Interviennent dans la reconnaissance du substrat et forment avec des liaisons covalentes: site de fixation • Participent à la transformation chimique du substrat en produit: site catalytique Le site actif est localisé au fond d’une poche de la zone interne hydrophobe de la protéine 16 . elle doit se lier à son substrat. Le site actif est l’ensemble des acides aminés qui entrent en contact avec le substrat. Parmi les acides aminés du site actif. Ces acides aminés sont éloignés les uns des autres sur la séquence primaire.1 .NOTION DE SITE ACTIF 1.DEFINITION Pour que l’enzyme puisse assurer sa fonction catalytique. mais son rapprochés dans l’espace par les repliements dus aux structures secondaires et tertiaires de la protéine.

histidine. lysine). les trois acides aminés du site actif : 12 et 119. Enzymes.2 – MODELE DU SITE ACTIF 1. presses universitaires. PELMONT.20/02/2012 Représentation de la molécule de ribonucléase ( en noir. 1. grenoble.1. 41.1 – MODELE DE FISHER C’est le modèle de la clé et de la serrure: la forme S (clé) est complémentaire du site actif de l’enzyme (la serrure) 17 .

20/02/2012 1. tyrosine et lysine Exemple 1: DFP ou diisopropylfluorophosphate se combine avec la sérine O-CH-(CH3)2 O=P – F O-CH-(CH3)2 H O – Ser-enzyme Acétyl-choline éstérase 18 .3 – MISE EN EVIDENCE DU SITE ACTIF Méthodes chimiques de marquage: inhibiteurs irréversibles entraînant l’inactivation de l’enzyme Acides aminés fréquents au niveau du site actif: sérine.2 – MODELE DE KOSHLAND OU AJUSTEMENT INDUIT La molécule enzymatique n’est pas rigide L’enzyme et le substrat adaptent mutuellement leurs formes respectives qui ne sont complémentaires qu’au sein du complexe ES 1. cystéine. histidine.1.

oxydo-réduction.SPECIFICITE LIEE A LA REACTION Une enzyme peut avoir plusieurs substrats mais catalyse un seul type de réaction. ex: hydrolyse.20/02/2012 Exemple 2: dérivés de l’arsenic trivalent qui se combinent avec la cystéine HS R – As = O HS Phosphoglycéraldéhyde déshydrogénase cys . Un substrat peut réagir avec plusieurs enzymes qui contrôlent des réactions différentes. Exemple Décarboxylation R – CH – COOH NH2 R – CO – COOH + NH3 R – CH2 – NH2 + CO2 19 .Permet d’éviter la formation de sous-produits .enzyme D.Due à une complémentarité entre le substrat et l’enzyme : site actif 1.SPECIFICITE DE LA REACTION ENZYMATIQUE .

SPECIFICITE LIEE AU SUBSTRAT Une enzyme catalyse un seul type de réaction sur un type chimique de substrat • Spécificité étroite: 1 substrat uréase Ex1: urée carbonate d’ammonium glucose oxydase Ex 2 : glucose • acide gluconique Spécificité large : plusieurs substrats glucose 6-phosphate + ADP Glucose + ATP Hexokinase fructose + ATP fructose 6-phosphate + ADP 2. Ex 2: α et β glucosidases 20 .20/02/2012 2.3: STEROSPECIFICITE : Distingue entre les isomères optiques Ex1: trypsine agit sur les acides aminés de type L.1: SPECIFICITE LIEE A LA NATURE DE LA LIAISON: Ex: lipase hydrolyse les Triglycérides sans tenir compte des AG liés au glycérol 2.2: SPECIFICITE DE GROUPE: Ex: exo et endopeptidases 2.

les enzymes sont distinguées en 6 classes en fonction des réactions qu’elles catalysent. 21 . 2. Chaque classe contient des sous-classes (groupement fonctionnel du substrat) et des sous-sous classes ( accepteur).20/02/2012 CHAPITRE – III – C LAS S I F I C AT I O N ET N O M E N C LAT U R E Classification et nomenclature en 1961. International Union of Biochemistry (IUB) 1.

1. Chaque enzyme possède un numéro de code (E.7.1 • classe 2 (transférase) • sous-classe 7 (transfert de phosphate) • sous-sous.C 2.classe 1 ( accepteur de phosphate est un groupement alcool) enzyme : Hexokinase ou ATP: D hexose 6 phosphotransférase ATP Glucose ADP glucose 6-phosphate HEXOKINASE 22 .C) fait de 4 chiffres: exemple: E.20/02/2012 CLASSE ROLE SOUS CLASSES 1 2 3 4 5 6 oxydo-réductase transférase hydrolase lyases isomérases Ligases (synthétases) 17 8 11 7 6 5 3.

20/02/2012 4. Le nom de l’enzyme est formé de deux parties: • • Le nom du ou des substrats Une deuxième partie qui se termine par un suffixe ase et désigne le type de réaction. Ex: Hexokinase. lactate déshydrogénase CHAPITRE – IV – LE S C O E N Z Y M E S 23 .

LES COENZYMES DE TRANSFERT DE GROUPEMENT •Vitamines hydrosolubles •S-adénosyl méthionine 24 .20/02/2012 CE SONT DES COFACTEURS INDISPENSABLES CERTAINES ENZYMES libres (cosubstrats) A L’ACTIVITE DE Liés (groupements prosthétiques) Métalliques. Dérivés de vitamines hydrosolubles.LES COENZYMES METALLIQUES Cations bivalents qui se lient à l’enzyme ou au substrat. phosphokinases • Zn 2+ : anhydrase carbonique. héminiques Oxydo-réduction Transfert de groupement A. alcool déshydrogénase • Cu 2+ : tyrosine hydroxylase B. Exemple: • Mg 2+ : phosphatases.

2 – LE PHOSPHATE DE PYRIDOXAL Origine: vitamine B6 ou pyridoxine Structure: Noyau pyridine substitué 25 .1 – LA THIAMINE PYROPHOSPHATE Origine Structure : vitamine B1 : CH C N C H S C CH 2 CH 2 Rôle: Réaction de décarboxylation des acides α-cétoniques 1.20/02/2012 1.

COOH NH2 HOOC-CH2-CH2 .réaction de décarboxylation des acides aminés R – CH .NH2 + CO2 26 .COOH NH2 R .NH2 + CO2 Exemple: décarboxylation du glutamate en GABA (acide gammaaminobutyrique ) HOOC-CH2-CH2 – CH .CH2 .réaction de transamination des acides aminés AA1 + AC2 AC1+ AA2 Exemple: transamination de l’alanine en pyruvate 2.20/02/2012 Rôle: Réaction de décarboxylation et de transamination des acides aminés 1.CH2 .

20/02/2012 1.3 – LE COENZYME A Origine: Dérive de l’acide pantothénique (vit B5) Structure complexe nucléotide Phosphopantothéine sulfhydryle Rôle: activation des molécules contenant un groupement carboxylique par formation d’une liaison thio-ester riche en énergie R – COOH + CoASH R – CO ~SCoA + H2O exemple: activation des Acides gras en acyl CoA CH3-(CH2)14 – COOH + CoASH Acide palmitique CH3-(CH2)14 – CO ~SCoA + H2O palmityl CoA 27 .

20/02/2012 1. apporté par l’alimentation sous forme de polyglutamylfolate (ptéroyl heptaglutamate++) qui sera transformé en ptéroyl monoglutamate Structure: noyaux ptéroique (ptéridine reliée à un acide paraaminobenzoique par un chaînon monocarboné) substitué en 2 et 4 2 (THF) 28 .4.1 – L’ACIDE TETRAHYDROFOLIQUE Origine: Dérive de La vitamine B9.4 – LES COENZYMES DE TRANSFERT DE RADICAUX MONOCARBONNES Groupement formyl : CH=O CH=NH (histidine) -CH2 – OH CH3 COOH Groupement formimino : Groupement hydroxyméthyl: Groupement méthyl Groupement carboxyle : : 1.

20/02/2012 Rôle: 1 .hydroxyméthyl Ex: méthylation de l’uracile en thymine 29 . N10 ou les deux. 10 5 N5.transport de groupements monocarbonés liés au N5.

H+ NADPH2 THF – CHO NAD THF – CH3 Rôle: 3 .coenzyme de réduction Vit B 12 R– CH2 – OH THF DHF R – CH3 30 . NADP THF – CH2 – OH NADH.20/02/2012 Rôle: 2 .interconversion des groupements monocarbonés.

4. OH.2 – LA CYANOCOBALAMINE Origine: Dérive de La vitamine B12 Structure: complexe CN .20/02/2012 1. Réactions d’isomérisation: migration intramoléculaire de groupements monocarbonés Ex: HOOC – CH – CO ~ SCoA CH3 Méthyl malonyl CoA 2. 5’désoxyadénosine Rôle: 1.CO ~ SCoA Méthyl malonyl CoA mutase succinyl CoA 31 . Réduction de radical hydroxyméthyl en méthyl Ex: Vit B 12 R– CH2 – OH THF DHF R – CH3 Vit B12 HOOC – CH2 – CH2 . NO2.

cosubstrat 32 .4.20/02/2012 1.4.3 – LA BIOTINE Origine: La vitamine H ( foie. jaune d’œuf) structure: Noyau imidazole + noyau thiophène NH2 – Lys -Apoenz Rôle: groupement prosthétique des carboxylases.3 – LA S-ADENOSYL METHIONINE • Donneur de CH3. transport et activation du CO2 1.

20/02/2012 • Exemple: synthèse de l’adrénaline à partir de la noradrénaline C.LES COENZYMES D’OXYDO-REDUCTION CoE + AH2 CoEH2 + B A + CoEH2 CoE + BH2 33 .

1.LES COENZYMES FLAVINIQUES Origine: riboflavine ou vitamine B2.20/02/2012 2. alimentation structure: Noyau isoalloxazine R = H2PO3 R = -PO3.ac adénilique Flavine mononucléotide (FMN) Flavine adénine dinucléotide (FAD) Fonctionnement: FMN + 2 H+ + 2 e FAD + 2 H+ + 2 e - FMNH2 FADH2 Enzymes à FMN: cytochrome c réductase L amino-acide oxydase Enzymes à FAD: Glucose oxydase 34 .

indispensable Adénosine monphosphate (AMP) Nicotinamide mononucléotide NAD NADP : nicotinamide adénine dinucléotide : nicotinamide adénine dinucléotide phosphate Rôle NAD: cosubstrat de réactions d’oxydation catalysées par des déshydrogénases Réducteur dans la chaîne respiratoire mitochondriale NADP: réducteur dans la synthèse des acides gras 35 .LES COENZYMES NICOTINIQUES Origine: nicotinamide ou vitamine PP.20/02/2012 2.2.

+ H+ NAD(P)H.L’ACIDE LIPOÏQUE Structure: AG en C8 avec pont S-S entre C6 et C8.3 .20/02/2012 Mécanisme: NAD(P) + 2 e.H+ 2. la partie active est le pont disulfure COOH 36 .

transporteur mobile de protons et d’électrons dans la chaîne respiratoire mitochondriale 37 .Groupement prosthétique lié à un résidu lysine de l’apoenzyme .20/02/2012 Rôle : .Intervient dans les réactions de décarboxylation oxydatives des par son groupement COOH acides α -cétoniques mécanisme : fixe réversiblement deux atomes d’hydrogène 2.4 – LE COENZYME Q OU UBIQUINONE Structure: noyau quinonique et une chaîne polyisoprènique Rôle: cosubstrat.

SOUFRE Structure: protéine à fer non héminique. ion sulfure S2-) Rôle : transporteurs d’électrons dans la chaîne respiratoire mitochondriale mécanisme : l’ion de fer fixe l’électron apporté par un substrat puis le passe à un second substrat qui sera réduit S 1( réduit) + Prot (Fe 3+) S 2 (oxydé) + Prot (Fe 2+) S 1 (oxydé) + Prot (Fe 2+) S 2 (réduit) + Prot (Fe 3+) 38 .5 – PROTÉINES À CENTRE FER . L’ion Fe 2+ ou Fe 3+ est lié à la protéine par des atomes de soufre (cystéine.20/02/2012 Exemple : réaction de déshydrogénation du succinate en fumarate Succinate déshydrogénase HOOC CH2 CH2 COOH HOOC CH CH COOH CoQ CoQH2 2.

péroxydases Exemple : Réduction de l’oxygène Cytochrome oxydase ½ O 2 + 2 H+ + 2 cyt c(Fe2+) H2O + 2 Cyt c (Fe3+) 39 .20/02/2012 2.LES COENZYMES HÉMINIQUES Structure: noyau porphyrine avec au centre un ion fer Apoenzyme Rôle : groupement prosthétique d’enzymes d’oxydoréduction: Cytochromes. catalases.6.

20/02/2012 CONCLUSION 40 .