Docking Molekuler dan Studi QSAR 3D di Aktivitas antagonis reseptor glukokortikoid

dari hidroksilasi bifenil poliklorinat.

ABSTRAK

Aktivitas antagonis glukokortikoid reseptor (GR) dari hidroksilasi Polychlorinated biphenyls

(HO-PCBs) baru-baru ini ditandai. Untuk terus mengeksplorasi interaksi antara HO-PCB dan
GR, dan ke Untuk menjelaskan fitur struktural yang mempengaruhi antagonis GR Aktivitas HO-
PCB, molecular docking dan tiga dimensi studi struktur-aktivitas kuantitatif (3D-QSAR)
terdaftar. Analisis komparatif indeks kemiripan molekuler (CoMSIA) dilakukan dengan
menggunakan kedua ligan dan reseptor skema keselarasan. Hasil yang dihasilkan dari model
berbasis reseptor ditemukan lebih memuaskan, dengan q2 0,632 dan r2 dari 0,931 dibandingkan
dengan model berbasis ligan. Beberapa internal Strategi validasi (misalnya, analisis validasi
silang, bootstrap) Analisis dan Y-pengacakan) dan metode validasi eksternal masing-masing
digunakan untuk penilaian stabilitas dan prediksi lebih lanjut Kemampuan model turunan.
Penafsiran grafis model memberikan beberapa wawasan tentang fitur struktural yang terkena
dampak aktivitas antagonis GR dari HO-PCBs. Studi docking molekuler menunjukkan bahwa
beberapa residu kunci sangat penting bagi reseptor ligan Interaksi dengan pembentukan ikatan
hidrogen (Glu540) dan hidrofobik Interaksi dengan ligan (Ile539, Val543 dan Trp577).
Meskipun CoMSIA terkadang bergantung pada orientasi molekul Informasi yang diberikan
bermanfaat bagi prediksi antagonis GR Aktivitas homolog HO-PCB dan sangat membantu untuk
memahami Mekanisme pengikatan HO-PCB pada GR.

Pendahuluan

Polychlorinated biphenyls (PCB) adalah bahan kimia sintetis yang sangat persisten dan tahan
untuk biodegradasi. Meski produksi PCB itu dilarang di banyak Negara Senyawa-senyawa ini,
yang dimulai pada akhir 1970-an, masih merupakan salah satu kelompok gangguan endokrin
(EDC) yang paling banyak ditemui di lingkungan dunia.

Saat PCB memasukkan organisme, sitokrom P450s (CYPs) mengoksidasinya menjadi PCB
hidroksilasi. (HO-PCBs) . Meskipun PCB HO mudah diekskresikan, senyawa ini dapat diikat
Protein darah seperti transthyretin, yang memudahkan pengalihan HO-PCB ke darah tali pusar.
Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa penelitian telah melaporkan bahwa HO-PCBs hadir
dalam darah dan jaringan plasenta manusia dan hewan. Gomara dkk. Pertama melaporkan
konsentrasi OH-PCB pada sampel plasenta (53-261 pg / g berat basah) dari satu populasi di
Madrid, Spanyol Bytingsvik dkk. memperkirakan konsentrasi plasma OH-PCBs Beruang kutub
(Ursus maritimus) ibu (80 ± 38 ng / g berat basah) dan anak laki-laki berusia 4 bulan mereka (49
± 21ng / g). Hasilnya menunjukkan bahwa paparan OH-PCB menimbulkan risiko kesehatan
potensial untuk beruang kutub dan kadar OH-PCB berada di atas tingkat yang terkait dengan
efek kesehatan pada manusia dan satwa liar.
Ada peningkatan bukti bahwa HO-PCB memiliki potensi mengganggu endokrin dengan cara
mencampuri dengan berbagai hormon reseptor seperti reseptor estrogen (ER) dan reseptor tiroid
(TR). Baru-baru ini, HO-PCB telah terbukti memiliki reseptor glukokortikoid (GR). Aktivitas
GR adalah anggota superfamili reseptor steroid-tiroid-retinoid. Dengan mengikat Dengan
glukokortikoid, GR dapat memblokir atau memodulasi efek buruk glukokortikoid Kelebihan dan
pengaruh respon imun, perkembangan dan metabolisme pada jaringan target. Takeuchiet al.
melakukan uji gen reporter in vitro yang sistematis untuk mengevaluasi Aktivitas GR agonistik
dan antagonis HO-PCB. Untuk menunjukkan kemampuan pengasuh Metode untuk identifikasi
senyawa positif dari senyawa negatif, total 100% OH-PCB yang tersedia diuji untuk aktivitas
agonistik / antagonis GR. Sungguh luar biasa 30 OH-PCB bertindak sebagai antagonis GR
sementara tidak ada satupun yang menunjukkan aktivitas agonis.

Sampai sekarang, pengetahuan tentang mekanisme toksikologi HO-PCB dengan berbagai

hormone Reseptor relatif terbatas. Selain itu, jumlah OH-PCB besar (misalnya, ada total 837
PCB monohidroksilasi dan informasi toksikologi rinci untuk masing-masing Koneksi sulit
didapat. Oleh karena itu, ada minat yang meningkat dalam penyajian interaksi biologis kompleks
antara ligan dan reseptor nuklir melalui perhitungan yang disederhanakan Metode (dalam silico),
dikenal sebagai hubungan aktivitas struktur kuantitatif (QSAR) Studi. Beberapa penelitian
QSAR telah dilakukan pada HO-PCB dengan estrogenicity, Aktivitas hormon tiroid dan
androgenisitas. Namun, QSAR hilang Studi tentang aktivitas antagonis GR-HO-PCB. Selain itu,
informasi tentang Pengikatan HO-PCB dengan GR terbatas. Sebagai metode yang berguna untuk
pengetahuan kita tentang Pada tingkat atom, interaksi protein-ligan telah membuat docking
molekul menjadi bagian integral.

Dalam penelitian kali ini, molecular docking dan QSAR tiga dimensi (3D-QSAR) untuk
mempelajari sifat struktural yang mempengaruhi aktivitas antagonis GR dari HO-PCBs. Analisis
komparatif dari indeks kemiripan molekuler (CoMSIA) digunakan Buat model QSAR 3D dan
temukan wilayah di mana bidang interaktif dapat memengaruhi aktivitasnya. Dua aturan
penyelarasan yang berbeda (yaitu, penyelarasan ligan dan reseptor) adalah diterapkan untuk
mendapatkan konformasi rasional untuk pengembangan model QSAR 3D. Ketangguhannya dan
kemampuan prediksi diuji dengan berbagai strategi validasi internal dan eksternal. Molekul
docking digunakan untuk mempelajari interaksi antara HO-PCB dan GR. Itu Hasilnya bisa
memberikan beberapa informasi bermanfaat tentang fitur struktural yang Aktivitas antagonis GR
dari HO-PCB dan penjelasan mekanisme interaksi protein-ligan.

Docking molekul

Docking molekul dan studi QSAR 3D dilakukan dengan SYBYL. Dock Surflex Program terkait
SYBYL [17] digunakan untuk studi docking untuk menyelidiki yang paling mungkin Mengikat
konformasi HO-PCB dalam kantong pengikat protein target. Kristal Struktur GR manusia
dengan konformasi antagonis (kode PDB: 3H52) digunakan dalam molekul Docking diambil
dari Kolaborasi Penelitian Bioinformatika Struktural (RCSB) Database protein [18]. Sebelum
docking, ligan asli dan molekul air GR Telah dihapus, atom hidrogen polar ditambahkan ke
protein, dan Kollman-semua tuduhan dibuat ditugaskan ke atom protein. Dokumen ini
menggunakan mode docking berbasis otomatis dengan parameter dalam nilai default. Selama
proses docking, molekul ligan berada dianggap fleksibel dan reseptornya dianggap kaku. Sisi
aktifnya adalah didefinisikan sebagai kubus, meliputi situs pengikat dengan panjang tepi 12 Å
dan pada Pusat jarak atom-atom terpanjang di masing-masing ligan ko-kristal di dalam Protein.
Semua molekul dalam dataset dilabuhkan ke tempat aktif reseptor, dan Untuk setiap molekul
ligan, ditemukan 10 konformasi. Eksterior dengan bagian atas Skor masing-masing ligan dipilih
sebagai konformasi bioaktif yang paling mungkin dan digunakan langsung untuk penelitian
CoMSIA berikut ini. Untuk memverifikasi keakuratan docking molekul, ligan asli dihasilkan
oleh SYBYL dan merapat kembali ke kantong pengikat reseptor [20]. Prosedur docking itu bisa
diandalkan Bila mean deviasi rata-rata (RMSD) berada di antara konformasi nilai terbaik
ditentukan oleh docking dan eksperimennya kurang dari 2,0 Å

Studi 3D-QSAR

Orientasi molekuler

Penyelarasan molekuler senyawa merupakan proses kunci dalam pengembangan 3D-QSAR

Model. Untuk mendapatkan model QSAR statistik 3D yang optimal, dua orientasi berbeda
Aturan diadopsi: keberpihakan berbasis ligan dan reseptor. Dalam pendekatan pertama, semua
Senyawa tersebut diselaraskan dengan database Align ke senyawa 2'-OH-CB58 yang paling kuat
Perintah di SYBYL. Selama proses terakhir, konformasi bioaktif dari semua senyawa Berasal
dari docking molekul, biaya MMFF94 ditugaskan dan diselaraskan secara otomatis bersama dan
digunakan langsung untuk penelitian CoMSIA.

Hasil dan diskusi

studi docking

Sebelum analisis docking, ligan asli yang dihasilkan oleh SYBYL dimasukkan ke dalam
Mengikat saku GR. RMSD rendah 0.7107 Å antara konformasi nilai terbaik Ligan asli dan
konformasi eksperimental menjelaskan bahwa parameter docking yang ditentukan dalam
program Surflex Dock yang handal dan bisa mengembalikan interaksi dengan baik Mode untuk
kompleks GR alam yang teramati. Semua koneksi dalam rekaman itu kemudian dilabuhkan ke
sisi aktif dari GR dengan cara yang sama. Untuk memperjelas interaksi adalah perhatian fokus
pada interaksi protein-ligan dari senyawa terkuat 2'-OH-CB58. Konformasi paling tinggi dari 2'-
OH-CB58 di tempat aktif GR ditunjukkan pada Gbr Gambar 1. Dapat dilihat bahwa 2'-OH-CB58
dilekatkan pada tempat pengikatan melalui hydrogen Mengikat dan interaksi hidrofobik.
Terutama gugus hidroksil 2'-OH-CB58 membentuk ikatan hidrogen dengan atom oksigen
karbonil Glu540 (OH ··· O = C, 2,3 Å, 110,8º). Sebagai tambahan, cincin benzen dari 2'-OH
CB58 ditempatkan di kantong hidrofobik Ini terdiri dari residu Ile539, Val543, Ala573 dan
Trp577. Ini yang tersebut Residu (Glu540, Ile539, Val543, Ala573 dan Trp577) penting dalam
kantong pengikat dan merupakan kontributor utama interaksi ligan dan reseptor.

kesimpulan

Dalam karya ini, 3D QSAR dan molecular docking dilakukan untuk menyediakan model untuk
Aktivitas antagonis GR dari HO-PCBs. Konformasi dari semua senyawa yang diperoleh dari
minimisasi energik dan docking molekul digunakan untuk perhitungan CoMSIA. Itu Hasil model
CoMSIA yang optimal berdasarkan reseptor menunjukkan ketahanan dan prediktabilitas yang
baik Kemampuan menurut beberapa parameter statistik. Berdasarkan interpretasi grafis yang
rinci Peta garis besar membantu model yang disimpulkan untuk menunjukkan beberapa struktur
yang signifikan Sifat yang mempengaruhi aktivitas antagonis GR dari HO-PCBs. Studi docking
terungkap bahwa interaksi ikatan hidrogen dengan interaksi Glu540 dan hidrofobik dengan
residu terjadi Dalam saku hidrofobik memainkan peran penting dalam mengikat ligan-reseptor.
Itu Hasil 3D QSAR dan molecular docking mampu memprediksi GR secara akurat Aktivitas
antagonis HO-PCBs, mengidentifikasi ciri-ciri struktural yang mempengaruhi antagonis GR
Aktivitas dan memberikan pemahaman yang lebih baik tentang interaksi antara HO-PCB dan
GR.