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Concepto de enzima Los enzimas son generalmente protenas o asociaciones de protenas y otras molculas orgnicas e inorgnicas que actan catalizando los procesos qumicos que se dan en los seres vivos. Qu es catalizar?
Acelerar las reacciones qumicas Disminuir la energa de activacin
Energa de activacin Es la energa necesaria para que una sustancia A se transforme en otra B
Para que una reaccin se lleve a cabo las molculas deben alcanzar un estado energtico determinado (energa de activacin). Puede conseguirse esta energa, de dos formas:
B) CON ENZIMAS
Aumentando la temperatura. Sin embargo, las enzimas se desnaturalizan a esa T. Adems, esa energa debe proceder de otra reaccin, lo que aumenta el gasto energtico.
PROPIEDADES GENERALES
AUMENTAN LA VELOCIDAD DE REACCIN
De 106 a 1012 veces vs sin enzima. An ms rpido que los catalizadores qumicos.
CONDICIONES DE REACCIN
Temperatura 25-40 oC (algunas hasta 75 oC) pH neutro (5-9), la mayora 6.5 7.5 Presin atmosfrica normal
CAPACIDAD DE REGULACIN
Por concentracin de sustrato Por concentracin de enzima Por inhibidores competitivos (semejantes al sustrato) Por inhibidores no competitivos (no semejantes al sustrato) Por regulacin alostrica
la energa de activacin.
Energa de activacin sin la enzima Energa de activacin con la enzima Energa Energa de los reactivos Variacin de la energa Energa de los productos Progreso de la reaccin
Centro activo: Regin del enzima que se une al sustrato y donde se realiza la catlisis
Es un bolsillo o hendidura tridimensional compuesto por residuos de aminocidos de diferentes partes de la molcula que producen un microambiente especfico. Es relativamente pequeo en comparacin con el volumen total del enzima. Los sustratos se unen mediante mltiples interacciones dbiles. Las interacciones proveen de la energa necesaria para reducir la energa de activacin. Proporciona la especificidad a la enzima.
Enzima (E)
Sustratos (S)
E+S
ES
E+P
Modelo de Llave y Cerradura (Emil Fischer) Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecfica, de la misma manera que una llave se ajusta a su cerradura. Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se considera insuficiente al no explicar algunos fenmenos de la inhibicin enzimtica
Sustrato Enzima
Complejo enzimasustrato
Modelo de Ajuste Inducido (Koshland) Tanto la enzima como el substrato sufren una alteracin en su estructura por el hecho fsico de la unin. Est mucho ms de acuerdo con todos los datos experimentales conocidos hasta el momento.
Sustrato
Enzima
Complejo enzimasustrato
Nomenclatura
(v.g. ureasa)
DONADOR + ACEPTOR + ACTIVIDAD + SUFIJO(asa)
Clasificacin de enzimas por Grupos EC 1.x Oxidorreductasas EC 2.x Transferasas EC 3.x Hidrolasas EC 4.x Liasas EC 5.x Isomerasas EC 6.x Ligasas
1. OXIDORREDUCTASAS
Sin transferencia de hidrgenos
Existen dos tipos esenciales: Con transferencia de hidrgenos Sin transferencia de hidrgenos
2. TRANSFERASAS
3. HIDROLASAS
4. LIASAS
Rotura o formacin de molculas sin intervencin de agua. Suele producirse adicin a dobles enlaces: C=C, C=O, C=N
5. ISOMERASAS
Cambio de posicin de grupos dentro de la molcula
6. LIGASAS O SINTETASAS
pH ptimo
pH ptimo
T ptima
Cada enzima acta a un pH ptimo. Los cambios de pH alteran la estructura terciaria y por tanto, la actividad de la enzima.
Cada enzima tiene una temperatura ptima para actuar. Las variaciones de temperatura provocan cambios en la estructura terciaria o cuaternaria, alterando la actividad del enzima.
Efecto del pH
Todas las enzimas presentan un pH ptimo de actividad. El pH puede afectar de varias maneras: El centro activo puede contener aminocidos con grupos ionizados que pueden variar con el pH.
Algunas enzimas presentan variaciones peculiares. La pepsina del estmago, presenta un ptimo a pH=2, y la fosfatasa alcalina del intestino un pH= 12
Efecto de la temperatura
Influye en la actividad. El punto ptimo representa el mximo de actividad. A temperaturas bajas, las enzimas se hallan "muy rgidas" y cuando se supera un valor considerable la actividad cae bruscamente porque, como protena, la enzima se desnaturaliza.
APOENZIMA: parte proteica COFACTOR: parte no proteica Segn la complejidad de la porcin no proteica: In Coenzima Grupo prosttico
La velocidad de una reaccin enzimtica aumenta de forma lineal hasta alcanzar un mximo en el que se produce la saturacin de la enzima
. .
. . . . .
[s]
Representacin directa
100
Vmax
v = V K
m m
80
60
40
sx + s
20
s
0 0 20 40 60 80 100
Km
Representacin Lineweaver-Burke
1/Vmax -1/Km
1 Km 1 1 = + v Vm xs Vm
La concentracin de sustrato a la que la velocidad de reaccin es la mitad de la velocidad mxima es la constante de Michaelis (Km). El valor de Km tambin indica la afinidad de la enzima por el sustrato o eficacia cataltica
Inhibicin enzimtica
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimtica, a travs de interacciones con el centro activo u otros centros especficos (alostricos). Esta definicin excluye todos aquellos agentes que inactivan a la enzima a travs de desnaturalizacin de la molcula enzimtica De esta forma, habr dos tipos de inhibidores: I. Isostricos: ejercen su accin sobre el centro activo II. Alostricos: ejercen su accin sobre otra parte de la molcula, causando un cambio conformacional con repercusin negativa en la actividad enzimtica.
1. Inhibidor reversible: establece un equilibrio con la enzima libre, con el complejo enzima-substrato o con ambos: E+I ES + I EI ESI
Inhibicin reversible
(a) El inhibidor se fija al centro activo de la enzima libre, impidiendo la fijacin del substrato: Inhibicin Competitiva (b) El inhibidor se fija a la enzima independientemente de que lo haga o no el substrato; el inhibidor, por tanto, no impide la fijacin del substrato a la enzima, pero s impide la accin cataltica: Inhibicin No Competitiva (c) El inhibidor se fija nicamente al complejo enzima-substrato una vez formado, impidiendo la accin cataltica; este tipo se conoce como Inhibicin Anticompetitiva
Inhibicin Competitiva
Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima Se une solo a la enzima libre V mx no se altera y K M cambia
Inhibicin competitiva
Al aumentar la cantidad de SUSTRATO el inhibidor competitivo es desplazado y se forma producto
S E I EI
Se define una constante de equilibrio de disociacin del inhibidor:
ES
E+P
[E] [I] Ki = [EI]
Caractersticas: - Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibicin - Por lo general, el inhibidor competitivo es un anlogo qumico del substrato. - El inhibidor es tan especfico como el substrato
En condiciones de equilibrio rpido, llamando y a la concentracin del complejo EI, para la inhibicin competitiva obtenemos el sistema de ecuaciones
(e0 x y )s K m = x (e0 x y )i Ki = y
Que resuelto para x nos da
De donde
x =
e0s
i K m 1 + + s Ki
sx v = i K m 1 + + s Ki
m
1. El efecto cintico del inhibidor es el aumento aparente de la Km, que aparece multiplicada por el factor (1 + i/Ki) 2. La Vmax no aparece modificada; para concentraciones muy altas del substrato, v = Vmax, igual que en ausencia de inhibidor 3. Cuanto ms pequeo sea el valor de Ki mayor ser la potencia del inhibidor competitivo.
Sin inhibidor
1/v
1/Vmax
-1/Km
-0.3 -0.2 -0.1
1/s
0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6
-1/(Km(1 + i/Ki))
Metotrexato y Dihidrofolato
El cido flico en sus formas de dihidro y tetrahidrofolato es coenzima de la reaccin catalizada por la dihidrofolato reductasa Esta reaccin es parte del metabolismo de los nucletidos para la sntesis de DNA Metotrexato se usa en la terapia de algunos cnceres, inhibiendo la sntesis de DNA
No se forma producto
Inhibicin No Competitiva
Inhibidor No Competitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo la enzima Se une a la enzima libre y tambin al complejo enzima-sustrato Por accin del inhibidor disminuye la Vm pero el valor de Km no se altera
Inhibicin NO competitiva
Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un sitio diferente del sitio activo
S E I S EI ESI I ES E+P
Inhibicin No Competitiva
El inhibidor se fija indistintamente a la enzima libre E y al complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos
Inhibidor Incompetitivo
En este tipo de inhibicin el inhibidor se enlaza al centro activo pero solo despus de que el sustrato lo haya hecho y, por tanto, inhibidor y sustrato no compiten. De esta manera, aunque todo el sustrato est saturando la enzima y toda la enzima est como complejo ES, el inhibidor puede enlazarse produciendo un complejo inactivo ESI. Como I solo se une a ES estimula la formacin de ES y, por tanto, incrementa la unin del sustrato a la enzima, disminuyendo Km . Sin embargo, el complejo ESI no conduce a productos y Vm disminuye.
Inhibidor Incompetitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo de la enzima Se une slo al complejo enzimasustrato Los efectos que tiene: disminuye el valor de Km y tambin el de Vmx
S E I ES ESI E+P
Inhibicin Anticompetitiva
Inhibicin Irreversible
- Los inhibidores irreversibles reaccionan con un grupo qumico de la enzima, modificndola covalentemente - Su accin no se describe por una constante de equilibrio Ki, sino por una constante de velocidad ki:
E+I
- A diferencia de la inhibicin reversible, el efecto de los inhibidores irreversibles depende del tiempo de actuacin del inhibidor. - Los inhibidores irreversibles son, por lo general, altamente txicos.
Inhibidores Irreversibles
Producen inactivacin permanente de la actividad enzimtica Se interfiere con el normal desarrollo de una reaccin o va metablica Ejemplos: p-cloromercuribenzoato, yodoacetato, diisopropilfluorfosfato
Enzimas Alostricas
Son enzimas cuya estructura proteica est formada de varias subunidades No se rigen por la cintica de M - M Adems del sitio o centro activo tienen sitios alostricos o de regulacin Sitio activo/sustratos; Sitio alostrico/moduladores o reguladores La relacin entre la velocidad de reaccin y la concentracin de sustrato sigue cintica sigmodea
Enzimas alostricas
Las enzimas alostricas presentan estructura cuaternaria. Tienen diferentes sitios activos, unen mas de una molcula de sustrato La unin del sustrato es cooperativa la curva de velocidad presenta una forma sigmoidal
Concepto de Cooperatividad
La unin de los sustratos al sitio activo de una subunidad produce un cambio conformacional que por contacto fsico se transmite a las subunidades vecinas, facilitando las interacciones Modelos de unin: secuencial y concertado Ejemplos: unin Hb-O2, enzimas alostricas y sus sustratos
Moduladores Alostricos
Tambin reciben el nombre de efectores y pueden ser positivos o negativos Se unen al sitio alostrico que puede estar en la misma subunidad que tiene al sitio activo o en las subunidades regulatorias Su unin produce un cambio conformacional que afecta al sitio
Aspartato Transcarbamilasa
c L-asp + Carbamil-P === Carbamilasp + Pi . Primera reaccin en la sntesis de pirimidinas Efector positivo: CTP Efector negativo: ATP Tiene dos subunidades catalticas para los sustratos y tres subunidades regulatorias para los efectores
Rutas metablicas
Isoenzimas o Isozimas
Son formas moleculares diferentes de una misma enzima Catalizan la misma reaccin Ejemplo: Lactato deshidrogenasa Lactato + NAD ==== Piruvato + NADH M4, M3H1, M2H2, M1H3 y H4 Se diferencian por su movilidad electrofortica Usadas en clnica: sueros normales y sueros con alguna patologa
EXCEPCIN:
RIBOZIMAS. En 1982, Thomas Cech, y Sidney Altman las descubrieron. No eran protenas, sino ARN. En 1989 les concedieron el premio Nobel de Qumica