You are on page 1of 133

Sitrik Asit Siklusu

(SAS)
Trikarboksilik Asit Döngüsü (TCA) Krebs Döngüsü Prof.Dr.Sabahattin MUHTAROĞLU

Sitrik Asit Siklusu
 Bu metabolik yol, 3 karboksil grubu taşıyan asitler

aracılığıyla işlediği için Tri Carboksilic Acid siklüsü, kısaca TCA siklüsü veya bu metabolik yolun reaksiyonlarını keşfeden Hans Krebs’ in ismine atfedilerek Krebs Siklüsü isimlerini alır.  Karbonhidrat, lipid ve proteinlerin yıkımı ile oluşan asetatın (aktif asetat-asetil CoA) karbon dioksite oksidasyonunun gerçekleştiği enzimatik-döngüsel yola sitrik asit siklusu denir.  Mitokondriyal matrikste işleyen bir yoldur. Döngü oksaloasetat ile sonlanırken asetil CoA nın iki C’u, CO2 şeklinde ayrılır.

Metabolik Önemi
 Karbonhidrat, lipit ve proteinler için ortak yıkım yoludur.  Enerji değeri oldukça yüksektir.  Amfibolik bir yoldur  Glukoneogenezde önemli bir role sahiptir.  Transaminasyon, deaminasyon ve lipogenezde rol alır.  Enzimlerinden bazılarının klinik değeri vardır.

Toplu reaksiyon
Asetil CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi +2H2O

CO2 + CoASH + 3NADH + 3H+ + FADH2 + GTP

Özet gösterim

Pirüvat dehidrogenaz enzim kompleksi

ATP, A KoA, NADH, yağ asitleri AMP, KoA, NAD, Ca ACoA NADH, süksinil-KoA, sitrat, ATP ADP Sitrat akonitaz izositrat

OAA Malat dehidrogenaz Malat Fumaraz Fumarat Süksinat dehidrogenaz FADH2

Sitrat sentaz

(-) fluroasetat

İzositrat dehidrogenaz ATP, NADH NADH+H ADP, Ca+2 α-ketoglutarat

Süksinat Süksinat tiokinaz

α-ketoglutarat dehidrogenaz NADH+H ATP Süksinil KoA Dikloroasetat

Ca Süksinil KoA

SİTRİK ASİT SİKLUSU İLE ELEKTRON TRANSPORT ZİNCİRİ ARASINDAKİ İLİŞKİ

 Karbonhidrat, lipit ve proteinlerin yıkımı ile

oluşan asetil CoA sitrik asit siklusunda iki mol CO2 ,8 H+ ve 8 e- a parçalanmaktadır.

 Siklus boyunca oluşan H+ ve e- lar elektron

transport zinciri boyunca taşınarak havanın oksijenine aktarılır.  Bu aktarım sırasında 3 kademede NADH, bir kademede ise FADH2 kullanılmaktadır. Elektron transport zinciri ile sitrik asit siklusu arasındaki ilişki aşağıda gösterilmiştir.

Siklus Özeti
 Siklusda ara ürünlerin net bir üretimi ve tüketimi

yoktur. 1 döngüde 4 çift e’ transferi olur:  üç çift e’→NAD’I NADH+H’a indirger  1 çift e’→FAD’yi FADH2’ye indirger.
 Düzenleyici enzimler:  Sitrat sentaz  İzositrat dehidrogenaz  α-ketoglutarat dehidrogenaz

 CO2 çıkışı olan basamaklar:  İzositrat dehidrogenaz  α-ketoglutarat dehidrogenaz  TCA siklusunda NADH+H üretilen

basamaklar:  İzositrat dehidrogenaz  α-ketoglutarat dehidrogenaz  malat dehidrogenaz

TCA siklusunda substrat düzeyinde fosforilasyon basamağı:  Süksinat tiokinaz (süksinil koenzim A sentetaz) TCA siklusunda FADH2 üretilen basamak:  Süksinat dehidrogenaz TCA siklusunda mitokondri iç membranına bağlı enzim:  Süksinat dehidrogenaz Sadece mitokondride yerleşen TCA enzimleri:  α-KG dehidrogenaz  Süksinat dehidrogenazdır.

TCA’da yer alan vitaminler
 Riboflavin: FAD yapısında olup, α-

ketoglutarat enzim kompleksi ve süksinat dehidrogenaz yapısında bulunur.  Niasin: NAD’nin yapısında yer alır, izositrat dehidrogeaz, α-ketoglutarat dehidrogenaz ve malat dehidrogenazın yapısında bulunur.  Tiamin: α-ketoglutarat dehidrogenazın kofaktörüdür.  Pantotenik asit: CoA yapısında bulunur.

Aşağıdakilerden hangisi pirüvat dehidrogenaz enzim kompleksinin inhibitörüdür?
a. ADP b. NAD c. Asetil KoA d. Pirüvat e. Koenzim Q

Mitokondride elektron transport zincirinin en önemli elektron kaynağı hangisidir?
a. Pentoz fosfat yolu b. Heksoz monofosfat şantı c. Üronik asit yolu d. Üre siklusu e. Krebs siklusu

Sitrik asit siklusunda rol oynamayan vitamin hangisidir?
a. Riboflavin b. Pantotenik asit c. Tiamin d. Piridoksin e. Niasin

Döngünün başlaması için
 Altı karbonlu sitratı oluşturmak için, asetil-KoA, asetil gruplarını

dört karbonlu oksaloasetata verir.  Oluşan sitrat, altı karbonlu bir molekül olan izositrata dönüşür,
 İzositrat beş karbonlu bir bileşik olan

α-ketoglutaratı (oksoglutarat da denir) oluşturmak için CO2’ni kaybederek dehidrojene olur. α-ketoglutarat CO2 kaybeder ve sonunda dört karbon yapılı suksinat ve ikinci CO2i oluşturur.

TCA
 Suksinat daha sonra üç basamakla döngünün

başladığı oksaloasetata enzimatik olarak dönüşür.  Oksaloasetat yeni bir asetil-KoA molekülü ile etkileşecek hale gelir.  Döngünün her turunda, bir asetil grubu (iki karbonlu) asetil-KoA olarak girer, ve iki CO2 molekülü salıverilir.
 Ayrıca bir oksaloasetat molekülü sitrat oluşumu için

kullanılır.

oksaloasetat
 Ancak bir seri reaksiyon sonucu

oksaloasetat rejenere edilir.  Oksaloasetatın net ayrılışı gözlenmez, bir oksaloasetat molekülü teorik olarak sınırsız sayıdaki asetil gruplarının oksidasyonu ile elde edilir.  Gerçektende oksaloasetat hücrede çok düşük konsantrasyonda bulunur.

özet
 Prosesin sekiz

basamağının dördü oksidasyondur, ki bunlarda oksidasyon enerjisi redükte koenzim formları olan NADH ve FADH2 de verimli bir şekilde depo edilir.

 Enerji üretim metabolizmasının

merkezinde olmasına rağmen sitrik asitin rolu enerji depolanması ile sınırlı değildir.
 Döngünün dört veya beş karbon

atomlu ara maddeleri, çok sayıdaki ürünler için prekürsör olarak işe yarar

 Eugene Kenneedy ve Albert Lehninger,  1948 de eukaryotlardaki sitrik asit

döngüsünün tüm reaksiyonlarının mitokondride yer aldığını göstermişlerdir.
 İzole mitokondiri sadece sitrik asit

döngüsü için gerekli enzim ve koenzimleri değil, aynı zamanda solunum –elektron transferinin son basamağı olan oksidatif fosforilasyonla ATP sentezi için gerekli tüm enzim ve proteinleri içerir.

Sitrik asit döngüsünün sekiz basamağı vardır
 Sitrik asit döngüsünün sekiz ardışık

reaksiyonları ile asetil KoA’dan sitratın oluşması ve CO2’yi oluşturmak için oksaloasetat okside olur
 ayrıca bu oksidasyon enerjisinin redükte

koenzimler olan NADH ve FADH2 de depolanır

1. Sitratın oluşumu

Döngünün ilk reaksiyonu sitratı oluşturmak için sitrat sentaz ile katalizlenen asetilKoA’nın oksaloasetat ile kondensasyonudur. Bu reaksiyonda, asetil grubunun metil karbonu, oksaloasetatın karbonil grubuna (C2) bağlanır

 Sitroil-KoA, enzimin aktif yerinde

oluşan geçici ara maddedir.  Bu ara bileşik hızlı bir şekilde KoA ve sitrata hidroliz olur ve enzimin aktif yerinden ayrılırlar.  Bu yüksek enerjili ara maddenin hidrolizi ileriye doğru olan reaksiyonu yüksek derecede ekzergonik yapar

 Sitrat sentaz reaksiyonunun yüksek

standart serbest enerji değişimi, döngünün çalışması için esansiyeldir, çünkü daha öncede işaret edildiği gibi, normalde oksaloasetatın konsantrasyonu çok düşüktür.
dehidrogenaz kompleksi ile diğer bir piruvat molekülünün oksidatif dekarboksilasyonunda yer almak için tekrar kullanılır.

 Bu reaksiyonda salıverilen KoA, piruvat

 Enzim, ilk substrat olan oksaloasetatta

yapısal değişime yol açarak, ikinci substrat ( asetil KoA) için bağlanma yeri oluşturur.  Sitroil-KoA enzim yüzeyinde oluştuğu zaman, diğer bir yapısal değişiklik, Asp resüdününün yan zincirlerini, tioesterleri bölmek için uygun pozisyona getirir

 Enzimin önce substratları daha

sonrada ara maddeleri uygun pozisyona getirmesi,  asetil-KoA’nın tioester bağının zamansız ve verimsiz yıkımını azaltır.

2. Cis-Akonitat üzerinden izositratın oluşumu.(izomerizasyon)
 Akonitaz enzimi (daha formal olarak , akonitat hidrataz), normalde aktif merkezden dissosiye olmadan trikarboksilik cis-akonitat ara maddesi üzerinden sitratı, reverzibl olarak izositrata dönüştürür.  Akonitaz, iki yolla enzime bağlı cisakonitatın çift bağına H2O’nun reverzibl eklenmesini teşvik eder, biri sitratla diğeri ise izositratla sonuçlanır

 Denge karışımı her ne kadar pH 7.4 ve

250C de %10 dan daha az izositarat içeriyorsa, hücre içindeki reaksiyon sağa doğru ilerler.  Çünkü izositrat döngünün bir sonraki basamağında hızlı bir şekilde tüketilir bu da onun denge konsantarsyonunu düşürür.

Heme-olmayan bir fe-protein

Akonitaz, bir demir-sülfür merkez içerir, bu da hem aktif merkezde substratın bağlanmasında hem de H2O’nun katalitik eklenmesinde veya ayrılmasında rol alır.

3. İzositratın α-ketoglutarat ve CO2’e oksidasyonu.(oksidatif dekarboksilasyon)

 Bir sonraki basamakta, izositrat

dehidrogenaz, α-ketoglutaratı oluşturmak için izositratın oksidatif dekarboksilasyonunu katalize eder.

İzositrat dehidrogenazın
 iki farklı formu bulunur, birisi elektron

alıcısı olarak NAD+ gerektirirken diğeri NADP+ gerektirir. Reaksiyonun tümü bunun dışında benzerdir.  enziminin NADP+ ye bağımlı şekli mitokondriyel ve stoplazmik (belki de ana fonksiyonu redüktif anabolik reaksiyonlar için esansiyel olan NADPH’ın oluşturulmasıdır) , NAD+ bağımlı olan ise sadece mitokondriyeldir.

4. α-ketoglutaratın suksinil-KoA ve CO2’ye oksidasyonu
 Diğer bir oksidatif dekarboksilasyondla  α-ketoglutarat, α-ketoglutarat dehidrogenaz

kompleksinin etkisi ile süksinil-KoA ve CO2’e parçalanır; NAD+ elektron alıcısı ve KoA da süksinil grubunun taşıyıcısı olarak rol oynar.

 süksinil KoA nın tiyoester bağının oluşumu ile

depo edilir.Bu reaksiyon gerçekten de pirüvat dehidrogenaz reaksiyonuna benzerdir ve  α-ketoglutarat kompleksi hem yapı hem de fonksyon yönünden pirüvat dehidrojenaza oldukça benzerlik gösterir.

Pirüvat dehidrojenaz komleksi
 Pirüvat dehidrojenaz komleksinin TPP,

lipoat, FAD, NAD ve KoA yı bağladığı gibi E1, E2, E3 gibi homolog üç enzim içerir.

 İki kompleksin E1 bileşenleri yapısal

benzerlik gösterdiği halde, amino asit dizilişleri değişir ve farklı bağlanma özellikleri vardır:  α-ketoglutarat dehidrogenaz,  dihidrolipoil süksinil transferaz  dihidrolipoil dehidrogenaz

Sitrik asit siklusunun en önemli kontrol kademesidir
 Pirüvat dehidrogenaz kompleksini E1 i α-

ketoglutaratı bağlar.  Her iki kompleksin E2 bileşenleri ayrıca çok benzerdir, her ikisinde de kovalent olarak bağlanmış lipoil kısımları bulunur. Her iki kompleksin E3 subüniti de gerçekten de benzerdir

5. Süksinil-KoA nın süksinata dönüşümü
Süksinil KoA, asetil -KoA ya benzer olarak kuvvetli negatif standart serbest hidroliz enerjili tiyoester bağına sahiptir.(ΔG0α-36 kj/mol )
Bir sonraki sitrik asit döngüsü basamağında bu bağın kırılması ile serbestleşen enerji yalnızca –2.9 kj/mol net ΔG0 ile gerek GTP gerekse ATP deki fosfoanhidrid bağının sentezini harekete geçirmede kullanılır

süksinil CoA
 Bu kademenin substratı olan süksinil CoA

çeşitli metabolitlerin sitrik asit siklusuna katıldığı ve ayrıldığı ara üründür.  Bu ara ürün üzerinden tek karbonlu yağ asitlerinin β-oksidasyonu sonucu oluşan ve dallı zincirli amino asitlerden meydana gelen propiyonil CoA nın siklusa katılımı olurken  δ-amino levünilik asit üzerinden de porfirin sentezine gidilmektedir

substrat düzeyinde fosforilasyon
 Bir sonraki sitrik asit döngüsü basamağında bu

bağın kırılması ile serbestleşen enerji yalnızca – 2.9 kj/mol net ΔG0 ile gerek GTP gerekse ATP deki fosfoanhidrid bağının sentezini harekete geçirmede kullanılır.  Süksinat bu proseste oluşur.  Bu reverzibl reaksiyonu katalize eden enzim suksinil- KoA sentaz veya suksinik tiokinaz olarak isimlendirilir; Her iki isimde bu reaksiyonda nukleosid trifosfatın yer aldığına işaret eder

 Enerji depolayan bu reaksiyon, enzim

molekülünün aktif merkezinde his residüsünda fosforile edildiği bir ara madde basamaği gerektirir.  Yüksek grup transferi potansiyeline sahip olan fosforil grup , ATP (veya GTP) oluşturmak için ADP veya GDP oluşturmak için ADP veya GDP ye transfer edilir

Hayvan hücrelerinin iki izoenzimi vardır
 birisi ADP ye diğeri de GDP ye spesifiktir.  Süksinil -KoA sentazın iki subünitesi

vardır, α (Mr 32.000) fosfo-his rezidüsü (His 246) ve KoA, β(Mr 42.000) nin bağlanma bölgesi gerek ATP ve gerekse GTP ye spesifik denmektedir.

α-ketoglutaratın oksidatif dekarboksilasyonu
 Dekarboksikasyon ile salınan enerjinin

harcanması ile oluşan ATP(veya GTP), glisealdehid-3-fosfat dehidrogenaz ve piruvat kinaz enzimlerinin katalizlediği glikolitik reaksiyonlardaki ATP sentezine benzerdir .

 Süksinil-KoA sentetaz ile oluşturulan

GTP, nukleosid difosfat kinaz ile katalizlenen revezibl bir reaksiyonda ATP oluşturmak için ADP’ye terminal fosforil gruplarını verebilir.

 . Böylece her bir süksinil-KoA sentetaz izozim

aktivitesinin net sonucu, enerjinin ATP olarak depolanması  Nukleosid difosfat kinaz reaksiyonunda serbest enerjide bir değişiklik olmaz; ATP ve

GTP enerji yönünden eşdeğerdir.

6. Süksinatın fumarata oksidasyonu
Süksinil-KoA dan oluşan süksinat, bir flavoprotein olan süksinat dehidrogenaz ile fumarata okside olur.
 İki yönlü olan bir reaksiyon sırasında üçüncü

dehidrogenasyon kademesi gerçekleşerek FADH2 açığa çıkmaktadır.  Bu enzim mitokondri iç membranına bağlı bir enzimdir.  Yapısal olarak malonat tarafından yarışmalı olarak inhibe edilmektedir.

suksinat dehidrogenaz
 Eukaryotlarda, sıkı bir şekilde iç mitokondirial

membrana, prokaryotlarda, plazma membranına bağlanır.

Bu enzim sitrik asit döngüsünde plazma membranına bağlanan tek enzimdir

Sığır kalp mitokondiri enzimi
 üç farklı demir sülfür demetini ve

kovalent olarak bağlı bir molekül FAD içerir.  Elektronlar, iç mitokondirial membrana ( veya bakteri plazma membranı) girmeden önce FAD ve demir-sülfür merkezleri üzerinden süksinattan geçer

.

Bu taşıyıcılar üzerinden final elektron akseptörü olan O2’ye süksinattan olan elektron akımı, bir çift elektron başına yaklaşık 1.5 ATP molekülü sentezine eşleniktir.

Malonat
 Süksinatın bir analoğu olan malonat,

süksinat dehidrogenazın kuvvetli kompetetif bir inhibitörüdür ve dolayısıyla sitrik asit döngüsünün aktivitesini bloke eder.

7. Fumaratın malata hidratasyonu. Fumaratın, L-malata reverzibl hidrasyonu fumaraz( fumarat hidrataz) tarafından katalize edilir.
fumarat bir molekül su bağlayarak malata dönüşür

 Bu enzim yüksek derecede sterospesifiktir;

malatın(fumaratın cis izomeri) cis çift bağı değil, fumaratın trans çift bağının hidrasyonunu katalize eder.  Ters yöndeki reaksiyon (L-malattan fumarata) fumaraz eşit ölçüde sterospesifiktir:  D-malat bir substrat değildir .

8. Malatın oksaloasetata oksidasyonu
. Sitrik asit döngüsünün son raksiyonunu NADbağlı L-malat dehidrogenaz, malatın oksaloasetata oksidasyonunu katalizler. Malat iki hidrojenini NAD+ ya aktararak dördüncü dehidrogenasyon kademesi yürütülerek dönüşümlü bir reaksiyonla oksaloasetat’a dönüşür. Enerji yönünden endergonik olmasına rağmen,OAA’in sürekli kullanılması reaksiyonu sağa doğru kaydırır.

Döngüdeki oksidasyon enerjisi verimli bir şekilde depo edilir
 Buraya kadar sitrik asit döngüsünün

total bir turu gözden geçirdik.  İki karbonlu asetil grubu, oksaloasetat ile birleşerek döngüye girmektedir.  İki karbon atomu izositrat ve αketoglutaratın oksidasyonu ile CO2 olarak açığa çıkar.

Bu oksidasyon ile açığa çıkan enerji
 Bu döngüde açığa çıkan enerji; üç NAD+, bir

FAD ve bir ATP veya GTP’nın oluşumunda depolanır.  Döngünün sonunda, bir molekül oksaloasetat rejenere edilir. CO2 olarak meydana gelen iki karbon atomu, asetil grubundaki karbon atomları olmadığına dikkat edilmelidir.  Bu karbonların CO2 olarak salıverilmesi için döngü sırasında ek dönüşümlere gereksinim vardır .

 Glikolizde bir molekül glukozdan 2 molekül

piruvatın oluşması ile üretilen enerji 2ATP ve 2 NADH olduğunu gördük.  Oksidatif fosforilasyonda iki elektronun NADH dan O2’enzim geçmesi 2.5 ATP oluşturur ve iki elektrnun FADH2’den O2 geçmesi 1.5 ATP oluşturur.

 Bu stoikiometri, glukozun total

oksidasyonundan oluşan tüm ATP’yi hesaplamamızı mümkün kılar.  Her iki piruvat molekülünün, piruvat dehidrogenaz kompleksi ve sitrik asit döngüsü ile 6 CO2 okside olur ve oksidatif fosforilasyon ile elektroların O2 transfer edilmesi ile bir glukoz başına 32 ATP meydana gelir.

 1948 de bununla beraber Alexander Ogston ,

sitrat her ne kadar asimetrik bir merkez içermese de etkileşeceği enzimin asimetrik bir aktif merkeze sahipse , asimetrik etkileşim potansiyeline sahip olacağına işaret etmişlerdir.  Akonitazın aktif merkezinin üç noktaya sahip olabileceği ve sitratın bu üç noktaya spesifik üçlü noktayla bağlanabileceğini öne sürmüştür

 görüldüğü gibi sitratın bu üçlü noktaya

bağlanması yalnızca bir şekilde meydana gelmez ve bu da yalnızca tek tip işaretli αketoglutarat oluşma sebebini izah edebilir.  asimetrik merkezi olmayan ve asimetrik bir merkezle asimetrik etkileşim potansiyeli yeteneği olan sitrat gibi organik moleküller önasimetrik moleküller olarak isimlendirilebilir.

 Elektronlar oksidatif fosforilasyon ile O2 ye

transfer edilir ve bir glukoz başına 32 ATP elde edilir.  Birçok dönüş yaklaşık olarak 32x30.5 kj/mol= 976 kj/molün depolanmasını veya glukozun total oksidasyonundan sağlanan teorik maximum olan 2.840 kj/molün %34 ünü göstermektedir

 Bu hesaplamalar hücredeki ATP nin oluşumu

için gerekli olan gerçek serbest enerjinin düzeltilmesi durumundaki standart serbest enerji değişimleri için kullanılır., prosesin hesaplanan verimliliği %65 e yakındır

Asetatın oksidasyonu neden çok komplekstir
 Sekiz basamak , basit iki karbonlu asetil

gruplarının CO2 e oksidasyonu için siklik prosesler gereksiz yere kullanışsız görülmekte ve biyolojik proseslerin maksimum ekonomisine uygun değildir

 Bununla birlikte sitrik asit döngüsü asetatın

oksidasyonu ile sınırlı değildir.  Bu yol intermediyer metabolizmanın merkezi durumundadır.  Birçok katabolik prosesin dört veya beş karbonlu son ürünleri döngüye yakıt olarak yüklenilir

 Örneğin okzaloasetat ve α-ketoglutarat

proteinlerin parçalanması durumunda sırasıyla aspartat ve glutamattan oluşturulur.  Bazı metabolik koşullarda biyosentetik yollarda prokürsör olarak kullaılmak amacıyla ara maddeler döngüden çıkarılır

 Sitrik asit döngüsü her zaman asetattan CO2

ye olan en kısa yolu göstermez, ancak zaman içinde en büyük seçici avantajları sunan bir yol olmuştur.  İkel anaeroblar büyük bir olasılıkla lineer biyosentetik proseslerde sitrik asit döngüsünün bazı reaksiyonlarını kullanmışlardır.

 Gerçekten de bazı gelişmiş anaerobik

mikrooorganizmalar gelişmemiş (Tam olmayan ) sitrik asit döngüsünü enerji kaynağı olarak kullanırlar.  Bu organizmalar α-ketoglutarat oluşturmak için döngünün ilk üç reaksiyonunu kullanırlar, ancak α-ketoglutarat dehidrogenazı içermediklerinden sitrik asit döngüsünün tüm reaksiyonlarını gerçekleştiremezler.

 Okzalaasetattan , süksinil koA ya reverzibl

dönüşüm katalize eden dört enzime sahiptirler ve döngünün normal (oksidatif yöndeki akışın tersi ile okzalaasetattan , malat , fumarat , süksinat ve süksinil KoA yı oluşturabilirler.  Bu okzalaasetat , süksinata redüksiyonunun tekrarlandığı ve izositrat oksidasyonu ile NADH ın oluşturulduğu bir fermentasyondur.

 Sitrik asit döngüsü bileşenleri önemli

biyosentetik ara maddelerdir.  Anerobik organizmalarda , sitrik asit döngüsü amfibolik bir yoldur, hem katabolik hem de anabolik proseslerde yer alır.

 Karbohidratlar , yağ asitleri ve amino asitlerin

oksidatif katabolizmasındaki rolünün yanında , döngü anaerobik kökendeki aynı amaca yönelik görev yaptığı reaksiyonlar ile birçok biyosentetik yola prokürsör temin eder.  Örneğin α-ketoglutarat ve okzaloasetat, basit transaminasyon reaksiyonu ile aspartat ve glutamat amino asitleri için prokürsör olarak kullanılır

 Aspartat ve glutamat dahil olmak üzere ,

okzalaasetat ve α-ketoglutaratın karbonları daha sonra diğer aminoasitler gibi pürin ve pirimidin nükleotidlerinin yapımında kullanılır.  Okzalaasetat glukoneogenezis ile glukoza dönüştürülür

 Süksinil KoA oksijen taşıyıcısı olarak

(hemoglobin ve myoglobinde )ve elektron taşıyıcısı (sitokromlarda)olarak kullanılır.  Kullanılan porfirin halkasının hem gruplarının sentezinde merkezi bir ara maddedir.  Sitrat, ticari olarak kullanılan bazı mikroorganizmalardan salıverilir

 Sitrat sentaz , soda patlaması ve dünya

gıda temini  Sitratın birçok önemli endüstriyel uygulamaları vardır.Alkolsüz içeceklerdeki maddelerin hızlı analizi , turta veya meyva lezzetini sağlamak için sitratın yaygın kullanımımı açıklamaktadır.

 Sitrik asit ayrıca parlak renklerin koruyucusu

olarak bazı sakızların üretiminde kıvam artırıcı ve köpük inhibitörü olarak yiyeceklerin lezzetini korumak için antioksidant olarak kullanılmıştır.Sitrik asit , ucuz şeker kaynağı ,melas pancarı varlığında Aspergillus niger mantarının endüsrtiyel olarak geliştirilmesiyle üretilir

 Sitrik asit dünyadaki açlığı hafifletmek için

muhteşem bir rol oynayabilir, yapısındaki üç negatif yüklü karboksil grubu ile sitrat metal iyonları için iyi bir şelat yapıcısıdır ve bazı bitkiler toprağa sitrat salıvererek metal iyonlarını bağlar ve bitkinin onları absorbe etmesini önleyerek bu özelliği kullanır.

 Aluminyum iyonu (Al+3)özel bir önemi var,

kendisi bitki için toksiktir ve dünya ekilebilir toprağının %30 ile 40 ında mahsül üretimini azaltır

 Bununla birlikte toprağın pH sı beşin altında

ise Al+3 çözünür hale gelir ve böylece bitki kökleri ile absorbe edilebilecek duruma gelir.Asidik toprak ve Al toksisitesi tropiklerde çok yaygındır ki burada mısır verimini %80 enzim kadar düşürebilir

 Meksikada Al+3 toksisitesi teorik olarak

ekilebilir 3 milyon hektarın yerine 20.000 hektara kısıtlanmıştır.Çözümlerden birisi kireç ile toprak pH sının yükseltilmesi olabiir. Ancak bu ekonomik ve çevre yönünden imkansızdır

 Bir alternatif Al+3 dirençli bitkiler üretmek

olabilir.Doğal olarak dirençli bitkiler mevcuttur ve bu da 3. çözüm yolunu hazırlar: Genetik mühendislik ile bu direnci mahsül bitkilerine transfer etmek. Meksikada bir grup araştırıcı, yüksek bakteriyal sitrat sentaz düzeyli tütün ve papaya bitkilerini genetik olarak geliştirmişlerdir.

 Bu bitkiler Al+3 bağlayan normal miktarının

beş-altı misli kadar sitrik asit salgılar ve kontrol bitkilerine göre on misli daha fazla Al+3 seviyesinin olduğu yerde büyür. Bu direnç düzeyi, meksikada, günümüzde Al+3 ile uyumsuz olduğu kabul edilen 3 milyon hektar toprağın papaya üretimine izin verecektir

 Beklenen nüfus gelişim seviyesi göz önüne

alınırsa, dünya gıda üretimi, 9.6 milyar kişiyi besleyecek yeterlilikte olabilmesi için 50 yılda 3 katından daha fazla olmalılıdır.  Uzun dönemli çözüme, Al+3 toksisitesinden etkilenmiş ekilebilir toprakta mahsul üretimini artırmakla ulaşılabilir ve sitrik asit döngüsü bu amaca ulaşmak için önemli rol oynayabilir.

 Anaplerotik reaksiyolar sitrik asit ara maddelerini

tekrar yerine konmasını sağlar  Sitrik asit döngüsü ara maddeleri, biyosentetik prekürsörler olarak kullanılmak amacıyla uzaklaştırılacağı gibi, anaplerotik reaksiyonlarla yerine konabilir. Normal şartlar altında, diğer yollarda kullanılmak için verilen döngü ara maddelerii ile ilgili reaksiyonlarla, onları yerine koyanlar arasında dinamik bir denge vardır. Bu nedenle, sitrik asit dngüsü intermedietlerinin konsantrasyonu her zaman sabit kalır.

 Memeli karaciğer ve böbreğindeki en önemli

anaplerotik reaksiyon, piruvat karboksilaz ile katalizlenen ve oksaloasetat oluşturmak için piruvatın CO2 ile reversibl karboksilasyonudur.  Sitrik asit döngüsünün oksaloasetat veya diğer herhangi bir ara madde eksikliği durumunda piruvat daha çok oksaloasetat oluşturmak için karboksile olur.

 Karboksil grubunun piruvata enzimatik olatak

eklenmesi enerji gerektirir, ki bu da ATP ile temin edilir-karboksil grubunun piruvata atak yapması için gerekli serbest enerji, ATP den elde edilen serbest enerjiye yaklaşık eşittir.

 Piruvat karboksilaz düzenleyici bir enzimdir

ve gerçekten de kendisinin pozitif allosterik modulatörü olan asetil–KoA yokluğunda inaktiftir. Sitrik asit döngüsünün bir yakıtı olan asetil–KoA’nın aşırı varlığı daha çok oksaloasetat oluşturmak için, piruvat karboksilaz reaksiyonunu sitimule eder. Sonuçta sitrat sentaz reaksiyonunda daha çok asetil-KoA kullanımını mümkün kılar.

 Piruvat karboksilaz daki biotin CO2 gruplarını

taşır  Piruvat karboksilaz reaksiyonu, enzimin prostetik grubu olan biotin vitaminini gerektirir

 Biotin insan dietinde gerekli olan bir

vitamindir; bir çok yiyecekte bol olarak bulunur ve intestinal bakteriler tarafından sentezlenir. Biotin yetersizliği nadirdir. Genellikle çok miktarda çiğ yumurtanın tüketilmesi ile meydana gelir. Yumurta beyazı, avidin(Mr 70.000) proteini fazla miktarda içerirler, biotine sıkı bir şekilde bağlanır ve bağırsaklarda absorpsiyonunu engeller.

 Yumurta beyazındaki avidin, bakteri

çoğalmasını inhibe eden potansiyel civciv embiryoları için bir savunma mekanizması olabilir. Yumurta pişirildiği zaman, yumurta beyazının diğer proteinleri ile birlikte avidin denature(ve öylelikle inaktive) olur.

 Sitrik asit döngüsünün düzenlenmesi  Metabolik yollardaki anahtar enzimlerin

allosterik effektörlerle ve kovalent modifikasyonla düzenlenmesi, hücrenin stabil denge durumunda kalmasını sağlayacak gerekli oranlardaki ara metabolitlerin ve ürünlerin meydana getirilmesi ve savurganlığın önlenmesini garanti eder

 Karbon atomlarının, sitrik asit döngüsü

boyunca piruvattan akışi iki seviyede sıkı regülasyon altındadır:  Sitrik asitin başlangıç materyali olan piruvatın asetil-KoA’ya dönüşümü(piruvat dehidrogenaz kompleksi reaksiyonu) ve asetil-KoA’nın döngüye girişi(sitrat sentez reaksiyonu).

 Pirüvat, asetil-KoA’nın yegane kaynağı

olmaması nedeni ile bir çok hücrede ayrıca yağ asitlerin ve belirli amaino asitlerin oksidasyonundan elde edilirler.  Ayrıca ara maddelerin diğer yollarla temin edilmesi pirüvatın oksidasyonu ve sitrik asit döngüsünün düzenlenmesinde önemlidir.

 Döngü ayrıca izositrat dehidrogenaz ve α-

ketoglutarat dehidrogenaz reaksiyonlarında da regüle edilir.

 Asetil-KoA’nin pirüvat dehidrogenaz

kompleksi ile oluşumu allosterik ve kovalent mekanizmalarla düzenlenir  Omurgalıların pirüvat dehidrogenaz kompleksi, kompleksle katalizlenen reaksiyon ürünleri olan ATP, asetil-KoA ve NADH ile kuvvetlice inhibe edilir

 Piruvat oksidasyonunun allosterik inhibisyonu

uzun zincirli yağ asitleri varlığında çok artar.  Asetatın sitrik asit döngüsüne çok düşük oranlarda girişi durumunda birikmiş olan AMP,KoA, ve NAD+lar pirüvat dehidrogenaz kompleksini allosterik olarak aktive eder.

 Böylece yağ asiti ve asetil KoA forumundaki

yeterli yakıtın bulunması ve hücredeki [ATP] / [ADP] ve [NADH] /[NAD+] oranının yüksekliği durumda enzim aktivitesinde sapma olur. Ayrıca enerji ihtiyacı yüksekse ve sitrik asit döngüsü için büyük bir asetil-KoA akışı gerekiyorsa enzim aktivitesi yeniden başlamış olur.

 Omurgalılarda, bu allosterik düzenleme

mekanizmaları, ikinci regülasyon seviyesi olan kovalent protein modifikasyonu ile tamamlanır.  Pirüvat dehidrogenaz kompleksi, E2’nin iki subünitesinden birisi üzerindeki spesifik ser kalıntısının reversibl fosforilasyonu ile inhibe edilir.

Sitrik asit döngüsü boyunca pirüvattan kaynaklanan metabolitlerin regülasyonu.
 Pirüvat dehidrogenaz kompleksi yeterli metabolik

enerji durumunun göstergesi olan yüksek [ATP] / [ADP] ve[NADH]/[NAD+] ve [asetil-KoA] /[KoA] oranları ile allosteri olarak inhibe edilir.  Bu oranların azalması, pirüvat oksidasyonunun allosterik aktivasyonuna yol açar.  Döngünün akış hızı, oksaloasetat ve asetil-KoA gibi sitrat sentaz substratlarının veya üç NAD bağımlı oksidasyon basamağını yavaşlatan NAD (NADH ‘ye dönüşümü ile tükenir) ile sınırlandırılabilir

 Ayrıca süksinil-KoA, sitrat ve ATP ile olan

feedbak inhibisyonu ilk basamakları inhibe ederek döngüyü yavaşlatır.  Kas dokusunda, Ca2+ kasılma sinyalları ve burada görüldüğü gibi, kasılma ile harcanan ATP’nin yerine konması için enerji üreten metabolizmayı stimüle etmektedir

 Sitrik asit döngüsü üç ekzergonik basamakta

regüle edilir  Sitrik asit döngüsündeki metabolit akışı sıkı regülasyon altındadır.  Üç faktör döngüdeki akış hızını yönetir:  substrat varlığı,  ürünlerin birikimi ile inhibisyon  ve döngünün ilk basamaklarını katalizleyen enzimlerin allosterik feedbak inhibisyonu.

 Döngüdeki kuvvetli ekzergonik

basamaklardan her biri(sitrat sentaz, izositrat dehidrogenaz ve α-ketoglutarat dehidrogenaz ) ile katalizlanan bazı şartlar altında döngünün hız kısıtlayıcı basamağı durumuna gelebilir.  Sitraz sentaz için substratların varlığı(asetilKoA ve oksaloasetat) hücrenin metabolik durumuna göre değişir ve bazen sitrat oluşum hızını sınırlayabilir.

 İzositrat ve α-ketoglutarat oksidasyonunun bir

ürünü olan NADH, bazı durumlarda birikebilir, ve yüksek[NADH]/[NAD+] her iki dehidrogenaz reaksiyonu, kütle etkisi ile şiddetli bir şekilde inhibe edilir.  Benzer olarak hücredeki malat reaksiyonu denge halindedir( yani substartla sınırlıdır) ve [NADH]/[NAD+] oranı yüksekse, oksaloasetat konsantrasyonu düşüktür, bu da döngüdeki ilk reaksiyonu yavaşlatır

 Ürün birikimi döngünün her üç kısıtlayıcı

basamağını inhibe eder: süksinil-KoA, αketoglutarat dehidrogenazı(ve ayrıca sitrat sentazı) inhibe eder;  sitrat, sitrat sentazı bloke eder; ve son ürün olan ATP hem sitrat sentazı hem izositrat dehidrogenazı inhibe eder.  Sitrat sentazın ATP ile inhibisyonu, enzimin allostarik aktivatörü olan ADP ile giderilir.

 Omurgalı kasında, kasılmanın sinyalı olan

Ca2+, ve aynı zamanda  ATP’ya olan artmış gereksinim,  hem izositrat dehidrogenazı ve α-ketoglutarat dehidrogenazı ve ayrıca pirüvat dehidrogenaz kompleksini aktive eder.

 Normal koşullar altında, glikoliz ve sitrik asit

döngüsünün hızı, sitrik asit döngüsünün kendi yakıtı olan asetil-KoA’nin asetil gruplarını temin etmek için gerekli olan yeterli glukozun piruvata metabolize edilmesi için entegre edilmiştir.  Pirüvat, laktat ve asetil-KoA’lar normalda sabit denge konsantrasyonunda ayarlanmıştır.  Glikolizin hızı sitrik asit döngüsünün hızı ile uyuşması, sadece glikolitik ve glukoz oksidasyonunun solunum basamaklarının bilinen bileşenleri olan ATP ve NADH’ın yüksek seviyelerinin inhibisyonu ile olmaz aynı zamanda sitrat konsantarsyonu ile olur.

 Sitrik asit döngüsünün ilk ürünü olan sitrat,

glikolitik yoldaki fosfofrükto kinaz-1’ın önemli bir allosterik inhibitörüdür.

Glioksilat Döngüsü
 Omurgalılar yağ asitlerini veya onlardan

türetilen asetatları karbohidratlara dönüştüremezler.  Fosfoenol pirüvatın, pirüvata ve pirüvatın da asetil-KoA’ya dönüşüm esansiyel olarak irreversbl olabilmesi için çok ekzergoniktir.  Eğer bir hücre asetatı fosfoenol pirüvata dönüştüremiyorsa, fosfoenolpirüvattan glukoza gidecek glukoneojenik yolda asetat başlangıç mataryali olarak rol alamıyacaktır.

 Bu kapasite yokluğunda, bir hücre veya

organizma yakıtlarını veya asetata parçalanacak metabolitlerini (yağ asitleri ve bazı amino asitler) karbohidrata dönüştürme yeteneğinde olmazlar.

glioksilat döngüsü
 Omurgalılarda döngüye asetil-KoA olarak giren her iki

karbonun omurgalıların dışındaki bitr çok organizmada, glioksilat döngüsü asetatın karbohidrata dönüştüğü mekanizma olarak kullanılır.  Sitrik asit döngüsüne giren asetat molekülünün karbon atomları oksaloasetta sekiz basmak sonra görülmesinden dolayı, bu yolun asettan oksaloasetat üretebileceğini gösterebilir ve böylece glukoneogenez için fosfoenolpirüvat üretir.  Bununla birlikte sitrik asit stoikiometrisinin incelenmesi, asetattan oksaloasetata net bir dönüşüm olmadığını göstermektedir

 Glioksilat döngüsü . Sitrat sentaz, akonitaz

ve malat dehidrogenaz sitrik asit döngüsü enzimlerinin izozimleridir; izositrat liyaz ve malat sentaz glioksilat döngüsüne özgüdür. İki asetil grubunun döngüye girmektedir ve dört karbon süksinat olarak terk eder. Glioksilat döngüsü, Hans Krebs laboratuvarında Hans Kornberg ve NeilMadsen tarafından aydınlatılmıştır.

 Glioksilat döngüsü asetattan dört karbonlu

bileşikleri üretir  Bitkilerde, belirli omurgasızlarda ve bazı E.coli ve maya gibi bazı mikroorganizmalarda asetat, hem yüksek enerjili yakıtların hemde karbohidrat sentezi için fosfoenolpirüvat kaynağı olarak kullanılabilir

 Bu organizmalarda, glioksilat döngüsünün

enzimleri, asetatın süksinata veya sitrik asit döngüsünün diğer dört karbonlu bileşiklere net dönüşümünü katalize eder:

 Glioksilat döngüsünde, asetil-KoA tıpkı sitrik

asit döngüsündeki gibi sitratı oluşturmak için oksaloasetat ile kondense olur ve sitratta izositrata dönüştürülür.  Daha sonraki basamak, bununla birlikte, izositrat dehidrogenaz ile izositratın yıkımını değil fakat süksinat ve glioksilat oluşturmak için izositrat liyaz ile izositratın yıkımını ilgilendirir.

 Glioksilat daha sonra malatı oluşturmak için,

malat sentazın katalizlediği bir reaksiyonda ikinci bir molekül asetil-KoA ile kondense olur. Daha sonra malat, oksaloasetata okside olur, oksaloasetattta yeni bir döngüyü başlatmak için diğer bir asetil-KoA molekülü ile birleşir.

 Glioksilat döngüsünün her turu, iki molekül

asetil-KoA’yı tüketir ve biyosentetik amaçlara uygun bir molekül süksinat oluşturur. Süksinat, fumarat ve malat üzerinden oksaloasetata dönüştürülabilir. Oksaloasetatta,PEP karboksikinaz ile fosfoenolpirüvata ve böylece glukoneogenez ile glukoza dönüştürülebilir.

 Bitkilerde, glioksilat döngüsü enzimleri glioksizom

olarak isimlendirilen membrana bağımlı organellerde soyutlanmıştır.  Sitrik asit ve glioksilat döngülerinde bilinen bu enzimlerin biri membrana diğeri ise glioksizoma spesifik iki izozimi vardır. Glioksizomlar tüm bitki dokularında ve her zaman bulunmaz.  Çok yağlı tohumlarda filizlenme sırasında meydana gelir ve gelişim öncesi dönemde bitkiler fotosentezle glukoz yapma yeteneğini elde ederler.

 Glioksilat döngüsü enzimlerine ek olarak,

glioksizomlar ayrıca tohum yağlarında depolanan yağ asitlerinin parçalanması için gerekli olan tüm enzimlerini içerir.  Yağ yıkımından elde edilen asetil-KoA, glioksilat döngüsü ile süksinata dönüştürülür ve mitokondriye gönderilen süksinat, sitrik asit döngüsü enzimleri ile malata dönüştürülür.  Malat dehidrogenazın sitozolik izoenenzimi, malatı glukoneogenez prekürsörü olan oksaloasetata okside eder. Böylece filizlenen tohumların depo lipit karbonlarını glukoza dönüştürür

 Omurgalı hayvanlar gliosilat döngüsüne

spesifik enzimleri(izositrat liyaz ve malat sentaz) ihtiva etmezler ve dolayısıyla lipitlerden net glukoz sentezini gerçekleştiremezler.

Sitrik asit ve Glioksilat döngüleri koordineli olarak regüle edilir
 Filizlenen tohumlarda dikarboksilik ve trikarboksilik

asitlerin enzimatik dönüşümleri üç hücresel bölme olan mitokondiri, glioksozom ve sitozolde gerçekleşir. Bu bölmeler arasında sürekli değişim görülür.  Sitrik asit döngüsündeki oksaloasetatın karbon iskeleti (mitokondride) aspartat formunda glioksizoma taşınır. Aspartat, oksaloasetata dönüştürülür, oksaloasetatta yağ asitlerinin yıkımından elde edilen asetil-KoA ile birleşir.  Böylece oluşan sitrat, akonitaz ile izositrata dönüştürülür daha sonra da izositrat liyaz ile glioksilat ve süksinata bölünür.

 Mitokondriye dönen süksinat, sitrik asit

döngüsüne yeniden girer ve malata dönüşür, bu da sitozole girer ve oksaloasetat (sitozolik malat dehidrogenaz ile)okside olur.  Gelişen kök ve sürgünlerde taşınan oksaloasetat glukoneogenez ile hekzozlara ve sukroza dönüştürülür.

 Dört farklı yol bu dönüşümlerde yer alır:  Yağ asitlerinin asetil-KoA’ya yıkımı

(glioksizom da),  glioksilat döngüsü(glioksizomlarda),  sitrik asit döngüsü (mitokondiri de)  ve glukoneogenez (sitozolda).

asetat
 E. coli dahil olmak üzere bazı bakteriler

sitozol de glioksilat ve sitrik asit döngüleri için tüm enzimlere sahiptir ve dolayısıyla yegana karbon ve enerji kaynağı olan asetat üzerinden gelişimini sürdürebilir.

İzositratın glioksilat ve sitrik döngüleri arasındaki paylaşımını tayin edecek izositrat dehidrogenaz aktivitesinin düzenlenmesi

 İzositrat dehidrogenaz fosforilasyonla(spesifik

bir protein kinaz ile) inaktive edildiğinde, izositrat, glioksilat döngüsü ile biyosentetik reaksiyonlara yönlendirilir.  Enzim fosforilasyon ile aktive edildiğinde (spesifik bir fosfataz ile) izositrat sitrik asit döngüsüne girer ve ATP üretir.

 Bir çok prokaryotta,

sitrik asit döngüsünün enzimleri sitozoldedir ve plazma membranı ATP sentezinde iç mitokondrial membrana analog olarak rol oynar