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El clima de la selva baja es tambin tropical, pero con temperaturas mucho mas elevadas, con excesiva humedad y fuertes precipitaciones. En esta ecorregin tambin se produce, durante los meses de lluvia, un incremento en el caudal de los ros, lo que ocasiona desbordes. Las zonas que se inundan temporalmente se denominan restingas, y las partes altas reciben el nombre de altos o filos. Asimismo, existen pequeas depresiones llamadas tahuampas o aguajales, zonas que permanecen casi siempre inundadas.
La temperatura media anual de la selva baja supera los 31 grados centgrados, debido, en primer lugar, a su condicin de territorio de baja latitud, es decir, estar situado cerca a la lnea ecuatorial; a su lejana de la cordillera de los Andes, cuya influencia no se hace sentir en esta vasta regin y a la excesiva cantidad de vapor de agua que hay en la atmsfera, que absorbe, retiene e irradia despus la energa calrica que acumula.
Las mayores temperaturas se registren durante el mes de octubre, con un promedio mensual que se acerca a los 37C. La mnima temperatura se registra en invierno( mes de junio) que oscila entre 18 y 20C.
La humedad atmosfrica es excesiva debido a la temperatura elevada que impera en la regin . Las altas temperaturas producen excesiva evaporacin.
Evaporacin de la humedad.
Las precipitaciones son abundantes, pero en menor cantidad que en la selva alta, con una media anual que puede estimarse en 2500mm.
Prorrogan estado de emergencia en distritos de Loreto por lluvias (Decreto Supremo 062-2012-PCM)
Las lluvias de la selva baja son de conveccin. Se originan por las corrientes convectivas, es decir, el ascenso vertical de las masas de aire caliente, cargadas de vapor de agua , que va condensndose a medida que asciende, formando primero las nubes cmulos y despus, los cmulo-nimbos, que son las que originan las tormentas, es decir, las precipitaciones violentas, con presencia de vientos fuertes y grandes descargas elctricas (rayos, relmpagos y truenos).
Luego de soportar extremados rayos solares, de un momento a otro se presentan precipitaciones pluviales acompaados con descargas elctricas.