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13 / 11 / 200
Los números del genoma humano
Total de genes estimado 20.000-25.000
1097
717
641
206 356 328
443 664 160 727 277 139 286 45
4
Características de los genes humanos que codifican proteínas.
5
Los genes humanos varían enormemente
en tamaño y cantidad de exones
6
La densidad de genes no es homogénea
7
La densidad génica se correlaciona con el bandeo cromosómico
Xp21
6p21.3
BANDAS G
Claras oscuras
8
Aunque es raro, existen genes solapados y anidados
9
El tamaño de los genomas
No existe una buena correlación entre
el tamaño del genoma y complejidad
genética
10
Secuencias de DNA repetitivas
11
Contenido en repeticiones del genoma humano
Derivados de trasposones
12
Contenido en repeticiones del genoma humano
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ORGANIZACION
GENOMA
GENERAL DEL NUCLEAR
GENOMA HUMANO
Repetidos en tándem
35000 genes 500 RNA Repetidos dispersos o agrupados
proteínas funcionales 12% 18%
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INGENIERIA GENETICA
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Manipulación del DNA
•Tipo II: cortan justo en los puntos que reconocen, que son
repeticiones invertidas o palíndromes
5´-GGATCC- 3´
3´-CCTAGG- 5´
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Dos tipos de cortes:
EcoRI: E. Coli
BamHI: Bacillus amyloliquefaciens •Corte plano:
extremos romos
•Corte escalonado:
extremos pegajosos o
cohesivos
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Herramienta básica
•Selección de vectores
20
C
Fago λ
l
o Vectores de
n clonación
a
c •Fago λ (2 sitios de
i corte) < 24 kb
ó
n
•Cromosomas
d artificiales P1
e (derivados del
l bacteriófago P1,
pueden aceptar
insertos de 80 y 100
D kb
N
A
21
C Vectores de clonación
l •Cósmido: extremos cos λ + DNA plásmido (origen replicación)
o + DNA foráneo + cápisde. ~50 kb
n
•BAC (cromosoma artificial bacteriano): derivado del plásmido
a F, insertos de 150-300 kb. Usados en la secuencia de genomas
c
i Cósmido
ó
n
d
e
l
D
N
A
22
C
l
o Huésped: E. coli
n
a
Inserción del vector híbrido en el huésped:
c
i
•Plásmido: transformación (solución diluida
ó
cloruro de calcio) y replicación autónoma
n
•Fago λ (transducción, inserción en DNA
d
e huésped)
l
•Cósmido (transducción como fago y
D replicación como plásmido)
N
A
23
C Selección de vectores híbridos
l
o •Plásmido: resistencia a antibióticos
n
a
c
i
ó
n
d
e
l
D
N •Fago λ : Inserción en E. coli (sólo se puede
A empaquetar el DNA de λ si contiene el
inserto foráneo) 24
C Obtención de la secuencia que se
l clona
o •Un gen
n •Aislamiento a partir del mRNA (ya no tiene
a intrones): uso de la transcriptasa inversa que
c hace cDNA (por ejemplo, 1982 primera insulina
i humana recombinante en bacterias)
ó
n •Síntesis automatizada de DNA in vitro: a
partir de la secuencia aminoacídica se puede
hacer DNA con la ayuda del código (no región
d
promotora ni controladora de la expresión)
e ~100bp
l
•Fragmentos del genoma por digestión con enzimas
D de restricción (aleotoria o perdigonada, Shotgun)
N •Se obtiene genoteca, juego completo
A fragmentos clonados del genoma del organismo
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Vectores eucarióticos
Permite obtener las máximas ventajas de genes eucariotas
Resistencia a antibiótico
(p.e., ampr) Origen de replicación
del DNA de levadura
(ARS)
Linealización (con
endonucleasas) y adición
de extremos teloméricos
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Separación fragmentos
Reptación
de los
fragmentos
a través del
gel de
agarosa
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DNA teñido
con bromuro
de etidio
emite
fluorescencia
con luz UV
28
Sondeo de una secuencia de DNA en un conjunto
heterogéneos de fragmentos
Se precisa de una sonda marcada (radioactividad, colorantes
fluorescentes,...), cDNA suele usarse como sonda
29
Mapas de restricción
mediante
enzimas de restricción
30
La reacción
en cadena
de la
polimerasa
(PCR)
31
32
33
Usos de la PCR
•Secuenciación
Fósiles
Mamut lanudo (40000
años)
Abraham Lincoln
(síndrome de Marfan,
fribrilina)
Métodos:
Secuenciación manual (inicial)
Químico (Maxam y Gilbert 1977)
Didesoxi (Sanger 1977)
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Secuenciación automatizada del DNA
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