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Séminaire de l’Ecole Doctorale SST

Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Communiquer les résultats
de ses travaux de recherche
Etablir une stratégie de publication
Construire un article de recherche
Patricia Volland-Nail
INRA – Centre de recherches de Tours
2

A scientific experiment, no matter how spectacular the
results, is not complete until the results are
published …
The cornerstone of the philosophy of science is based
on the fundamental assumption that original research
must be published …
The scientist must not only « do » science but must
« write » science …

(Day, 1988, In « How to Write & Publish a Scientific
Paper », 3rd Ed)


3
Publier, auto-archiver,
pour que la nouvelle
information devienne
connaissance
Collecter
l’information
scientifique
Veiller, surveiller,
se tenir régulièrement
informé
Gérer l’information
collectée
Evaluer
l’information
Communiquer
ses résultats
Lire, réfléchir,
mettre en place des
protocoles
Chercheur
Utilisateur de l’information
Chercheur
Producteur de l’information
Insérer la nouvelle
information dans
son processus
de recherche
Rédiger des articles
4
Objectifs du séminaire

 Prendre conscience de l’importance de la
communication scientifique en recherche et
l’intégrer dans son travail de recherche : Pourquoi
publier ?
 Mieux appréhender et comprendre le contexte
actuel de l’édition scientifique et son évolution
 Définir une stratégie de publication pour mieux
valoriser les résultats de ses travaux en se posant
les bonnes questions au bon moment
 Connaître les bases de la construction et de la
rédaction d’un article de recherche : structurer un
article, les points-clés (titre, résumé), les règles de
construction des tableaux et figures, les
conventions internationales
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Pourquoi publier ?
6
Pourquoi publier ? (1)
 « A research project must generate a written
publication »
(Matthews, Bowen & Matthews, 2000. In « Successful scientific
writing », 2nd Ed)

 « Researchers publish for economic
self-interest … »
(Huth E, cité par Devine K, The Scientist 15:30, 2001)

 « No publications, no funds ; no funds, no job … »
(Flower-Ellis J, Swedish Univ. of Agricult. Sciences, cité par Devine
K, The Scientist 15:30, 2001)

7
Pourquoi publier ? (2)
 Publier les résultats de la recherche c’est
participer à l’élaboration de la Connaissance

 Mais publier c’est aussi le moyen par lequel le
chercheur est reconnu …
 … car l’évaluation de la Recherche et des
chercheurs passe par l’évaluation des
« écrits » de la recherche …
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
L’évolution du contexte de
l’édition scientifique
De l’avènement des revues
scientifiques en 1665 …
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… à « l’article du futur » de 2010 …
10
2 éléments de « l’Article du futur »
11
… et à l’avènement du Web 2.0 …
 … réseaux sociaux et autres « Wikis » ou
Symposia en ligne …
12
13
Evolution de la communication
et de l’édition scientifique
 Depuis + de 15 ans, profonds changements
 A l’origine : 1990-2000 : 2 phénomènes :
 émergence et appropriation d’Internet par les chercheurs
 augmentation des tarifs des abonnements aux revues
scientifiques majeures
 D’où il a découlé :
 le mouvement des archives ouvertes : initié par les
physiciens en réaction aux tarifs pratiqués par les éditeurs
scientifiques
 opérations libre accès, axées sur la « gratuité » de l’accès à
l’information scientifique
 un profond « remaniement » de la communication
scientifique et de la manière d’écrire les articles via le Web
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Archives ouvertes ou « Open Archives »
 « Open Archives » : dépôt de preprints et/ou d’articles
publiés sur des serveurs spécifiques « inter-opérables »
(protocole OAI) : la consultation se fait via ces serveurs
interrogeables simultanément
 Origine : 1991 : Archives de Los Alamos (pour la
physique et les mathématiques) créées par P Ginsparg qui a
conduit à une entreprise internationale ouverte à tous :
les Open Archives
http://xxx.lanl.gov/ ou http://fr.arXiv.org
 Octobre 2000 : en France, création du Centre pour la
Communication Scientifique Directe des Archives
ouvertes du CNRS (CCSD) : http://ccsd.cnrs.fr

15
Déclaration de Berlin
 22 octobre 2003 : Déclaration de « Berlin »
 engagement à développer le libre accès aux
résultats de la recherche
• soit par l’auto-archivage sur des sites
institutionnels : les serveurs d’archives ouvertes
• soit par la publication des articles dans des
périodiques « gratuits » pour le lecteur :
périodiques en « libre accès »
 signée par un certain nombre de responsables
d'universités et d'instituts de recherche européens :
en France, par l'INSERM, le CNRS et par l’INRA
 Octobre 2010 : « Berlin 8 » … à Pékin
CCSD : http://ccsd.cnrs.fr
16
17
HAL : http://hal.archives-ouvertes.fr/
L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL,
est destinée au dépôt et à la diffusion
d'articles scientifiques de niveau recherche,
publiés ou non, et de thèses,
émanant des établissements d'enseignement
et de recherche français ou étrangers,
des laboratoires publics ou privés
Les serveurs d’archives de
l’Inserm, l’Inria, l’Inra …
18
Les Thèses en ligne
http://tel.archives-ouvertes.fr/
19
20
Périodiques en libre accès
Exemple : BioMed Central
http://www.biomedcentral.com/
 Avril 2010: 207 revues en biologie et
médecine
 Accès à ces revues totalement gratuit
 Le chercheur qui publie paye les frais
administratifs du « peer review » et de la mise
en ligne
 Revues compatibles OAI
 Copyright laissé au chercheur
21
22
PLoS : Public Library of Science
 PLoS : à l'origine une coalition de chercheurs
soucieux de rendre librement accessible les résultats
de la recherche scientifique
 Mouvement lancé en février 2000 pour demander aux
éditeurs de mettre leurs revues en libre accès 6 mois
après leur parution : peu d’enthousiasme des éditeurs !
 Pétition lancée début 2001 : les chercheurs
demandaient que tout article publié soit accessible en
ligne gratuitement 6 mois après sa parution dans une
revue, sinon boycott des revues …
 PLOS Biology paru en octobre 2003
 PLOS aujourd’hui : 7 périodiques
http://www.plos.org/
23
 Pas encore bien connu …
 Changement du modèle « économique » de l’édition
scientifique ?
 Développement des « archives ouvertes » ?
 Suivre l’information sur le site du Libre Accès :
actualités, problématiques et perspectives
http://openaccess.inist.fr/


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L’avenir …
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Elaborer une stratégie de
publication
Que publier ? Notions d’éthique des publications
Avec qui publier ? Qui est auteur ?
Quand publier ?
Comment ? Quel type d’article publier ?
Où ? Dans quel périodique ?
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Avril 2011

Que publier ?

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Que publier ? (1)
 La notion de progrès dans la connaissance est
essentielle

 Est publiable :
 tout progrès spécifique, identifiable, vérifiable ou
éventuellement répétable
 toute observation nouvelle d’un processus ou d’un
phénomène méritant d’être connu et apportant une
nouvelle « brique » à la connaissance
 toute avancée dans l’application pratique de
principes connus

Que publier (2)
 Néanmoins, savoir laisser « libre court » à son intuition …
et ne pas se laisser enfermer dans des préjugés
 Exemple : la parution dans Nature du 1
er
Juillet 2010 d’un
article sur la découverte de fossiles d’organismes
multicellulaires datés de 2,1 milliards d’années qui remet
en cause la date de l’apparition des premières formes de
vie sur terre …
 « Nous avons malheureusement tous tendance à trop
faire confiance à ce que nous ont appris nos professeurs
… Il faut bien sûr de la connaissance, mais il faut aussi
de la curiosité …» (Le Monde, 3 Juillet 2010, A. El Albani)
28
© Nature 1
er
Juillet 2010
29
Que publier ? (2)
 Attention à la subdivision abusive d’un travail
dans le seul but d’augmenter le nombre
d’articles publiés … éviter le « salami slicing » !
Cf. Editorial - Nature Materials 4, 1 (2005) - The cost of salami slicing



 Une règle : on doit publier les résultats de ses
travaux scientifiques dans le respect
des règles de l’éthique de la publication !


© Nature Materials -2005
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
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Avril 2011
Ethique des publications
http://www.slideshare.net/pvolland/ethique-
publicationsscientifiquesauthorship2010pvn


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Ethique et science
 Fin du 20ème siècle : mise en lumière de nombreux cas
de fraude scientifique et nombreuses questions
suite à l’avancée rapide des connaissances (recherches
sur l’embryon)

Prise de conscience de l’importance de la notion
d’éthique dans le domaine de la recherche scientifique
 Mise en place de réglementations et de codes de
conduite internationaux
 Mise en place de nombreux Comités d’éthique

32
Quelques exemples de sites sur
l’éthique et la recherche
 The Office of Research Integrity (ORI) in US :
http://ori.dhhs.gov/

 The National Institutes of Health's Bioethics Resources
on the Web :
http://www.nih.gov/sigs/bioethics/

 Comité d’Ethique au CNRS en France, COMETS:
http://www.cnrs.fr/fr/organisme/ethique/comets/index.htm

 Web Resources on Publication and Research Ethics
http://www.wame.org/resources/wame-ethics-resources

33
Ethique des publications : COPE
Committee On Publication Ethics








Créé en 1997 par des membres de l’ICMJE qui diffusent par
ailleurs, depuis 1988, les « Uniform Requirements for Manuscripts
Submitted to Biomedical Journals » ou « Consignes de Vancouver »

Publie : the « Guidelines on good publication practice »
http://www.publicationethics.org.uk/

34
Committee On Publication Ethics
 Regroupe plus de 6200 journaux et fait référence en la
matière
 De nombreux éditeurs adhèrent au COPE dont :
Elsevier, Wiley–Blackwell, Springer, Taylor & Francis,
Palgrave Macmillan, Wolters Kluwer
 Elsevier depuis février 2008 : « Our editors face an
increasing number of cases of plagiarism and
unethical publishing behaviour. As publishing ethics is
a major aspect of the peer-review process, we’re
delighted to announce the partnership with COPE
which can act as a sounding board for all our editors
seeking for an external authoritative opinion on difficult
cases »
Martin Tanke, Managing Director, Elsevier S&T Journals Publishing
35
 COPE Code of Conduct

36

37
Ethique des publications
4 grands principes :

1. Evaluation par les pairs
2. Respect des principes fondamentaux de la
démarche scientifique
3. Respect des règles de bonne conduite
scientifique
4. Contribution significative de chacun des auteurs
des publications : notion « d’authorship »

38
1. Evaluation par les pairs
 Principe du « peer-review » : pas nouveau mais réaffirmé :
 toute nouvelle information scientifique doit avoir été
acceptée par les « pairs » pour être publiée
 pas de communication directe des résultats de
recherche sur Internet sans évaluation par les referees

 Mais les referees (ou reviewers) ont aussi des devoirs :
ils doivent aussi respecter des règles éthiques
39
Ethique du « reviewer »
Maillon très important de la chaîne de publication, le
« reviewer » doit :
 Respecter les règles de déontologie : ne pas citer un
manuscrit avant qu’il ne soit publié, ne pas utiliser
l’information avant sa publication
 Adopter une attitude positive et impartiale vis-à-vis
des auteurs
 Ne pas discuter de l’article avec les auteurs
 Ne pas juger un travail s’il ne s’en sent pas capable : il
doit le retourner rapidement à l’éditeur
 Respecter les délais de renvoi des commentaires
40
2. Respect des principes fondamentaux
de la démarche scientifique
 Exactitude des données rapportées
 Reproductibilité des faits expérimentaux
 Explication de l’ensemble des méthodes ayant
permis d’obtenir les résultats présentés sans
dissimulation de détails
 Disponibilité des données : mise à disposition des
cahiers de laboratoire si besoin : archivage
obligatoire des cahiers de laboratoire
 Références aux travaux antérieurs
41
3. Règles de bonne conduite
 Mise à disposition de toutes les informations
détenues et éventuellement des produits qui ont
été utilisés pour obtenir les résultats présentés
 Actes d’inconduite scientifique : à ne pas faire !
 « Fabrication » de résultats
 Falsification ou suppression de résultats
 Plagiat ou appropriation de résultats, de
données ou de concepts nouveaux
 Non-reconnaissance des apports d’autrui assimilé
à du plagiat : défaut de citation des travaux
antérieurs

42
4. Auteurs des publications
 Le fait de signer une publication implique la
contribution « significative » de chacun des auteurs
dans l’élaboration du contenu et la rédaction

 Tous les acteurs de la recherche peuvent
légitimement prétendre à la signature des travaux
auxquels ils ont contribué sans discrimination, mais
dans le respect des règles de l’« Authorship »
Singapore Statement on
Research Integrity 2010
 Fait suite à la 2
nd
World Conference on Research
Integrity (21-24 July 2010 à Singapore) : 4 grands
principes rappelés :
 Honnêteté
 Responsabilité
 Courtoisie et Equité
 Bonne gestion de la recherche
43
Singapore Statement on
Research Integrity 2010
1. Integrity
2. Adherence to
Regulations
3. Research Methods
4. Research Records
5. Research Findings
6. Authorship
7. Publication
Acknowledgement
8. Peer Review
9. Conflict of Interest
10. Public Communication
11. Reporting Irresponsible
Research Practices
12. Responding to Irresponsible
Research Practices
13. Research Environments
14. Societal Considerations

44
Qui peut revendiquer être auteur
d’un article scientifique ?
46
Importance de la notion d’auteur car…
 Le chercheur a besoin de publier pour se faire
connaître et reconnaître par l’ensemble de la
communauté scientifique
 L’évaluation de la Recherche et … des chercheurs se
fait quasiment exclusivement par l’intermédiaire des
publications et écrits scientifiques…
 Toute la « vie académique »
tourne autour des publications :
les crédits et l’obtention
de contrats sont fonction
des publications …
47
Querelles autour de la notion
d’authorship …
 Fréquentes : représentent 2/3 des conflits :
 Oubli d’un auteur devenu « fantôme » : « Ghost
author »
 Place de l’auteur parmi les signataires de l’article ne
reflétant pas l’importance de la contribution
 Ajout injustifié d’un auteur ou signature « cadeau » :
« Gift author » ou « Honorary author »
 Le COPE conseille les éditeurs d’avoir des instructions
claires vis-à-vis des auteurs et de mettre en place des
« déclarations » sur l’honneur qui attestent que tous les
auteurs ont contribués et qu’ils approuvent la version
finale du manuscrit
48
Qui peut revendiquer être auteur
d’un article scientifique ?
 Le concepteur du protocole expérimental ?
 Le responsable du laboratoire ?
 Le technicien qui a collecté les données ?
 Le chercheur qui a fourni un anticorps ?
 Le responsable du fonctionnement du
matériel d’analyse : spectromètre de masse,
microscope électronique, etc … ?
 Le statisticien qui a analysé les résultats ?
 Celui qui a collecté les fonds nécessaires ?
… etc …
49
 « La signature en science n’est pas un simple
geste qui vient clore une recherche et qui est
réductible à une information chiffrée : elle
véhicule des traditions en vigueur au sein d’une
discipline, les relations entre les membres d’un
même laboratoire, les collaborations qu’ils ont
établies avec d’autres collègues, le mode
d’organisation de la communauté scientifique »

D. Pontille, 2005, Pour la Science n°327, p: 58-61
50
51
Pourquoi autant de questions ?
 Constats :
 « La signature est le résultat de discussions, de
négociations, de justifications » (Pontille, 2005)
 Durant les 30 dernières années, la pression de l’évaluation
a entraîné une augmentation du nombre des co-auteurs
des articles …
 La recherche est un travail d’équipe : complique l’analyse
de la notion d’auteur « réel » de l’article
 Publier apporte « renom », reconnaissance et
« célébrité » …
 Pratiques diverses selon les domaines scientifiques
(Physique vs Biologie)
 Des règles existent, mais elles sont relativement
récentes (< 30 ans) et trop mal connues
52
Mise en place de règles (1)
 En 1982, lors d’un congrès du Council of Biology
Editors (CBE), E. Garfield* demande aux
éditeurs des revues scientifiques d’établir des
règles en matière d’auteurs :

« As editors, you do have the authority … »

* Fondateur de l’Institute for Scientific Information (ISI), producteur
des Current Contents et du Journal of Citation Reports
(Impact Factor des périodiques)
53
Mise en place de règles (2)
 De nombreux problèmes de fraudes et de
« mauvaises conduites » dans les années 80 ont
entraîné un intérêt accru pour l’éthique de la
publication
 En 1986 : déclenchement de l’affaire
« Baltimore » : publication dans Cell d’un article
avec 5 co-auteurs dans lequel une fraude a été
suspectée
 David Baltimore (prix Nobel de médecine en
1975) n’a pas été accusé lui-même de fraude,
mais responsable en tant que co-auteur
54
Mise en place de règles (3)
 En 1988 : Colloque sur les droits et
responsabilités des auteurs : règles insérées
dans la Convention de Vancouver adoptée par
plus de 500 éditeurs de revues biomédicales

Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical
Journals http://www.icmje.org/urm_main.html
« Définition » de l’auteur
« Est auteur, toute personne ayant
suffisamment participé au travail pour en
accepter la responsabilité en public »


Notions essentielles :
participation et responsabilité

« Uniform Requirements for Manuscripts Submitted
to Biomedical Journals » & « Committee On Publication Ethics »
Singapore Statement on
Research Integrity 2010

 Authorship : Researchers should take
responsibility for their contributions to all
publications, funding applications, reports and
other representations of their research. Lists of
authors should include all those and only those
who meet applicable authorship criteria
56
Critères de choix des auteurs
 L'auteur d'un article de recherche doit remplir
simultanément 3 conditions :
1) Avoir contribué de façon « substancielle » à la
conception et à la mise au point du protocole
expérimental, ou à l’acquisition des données,
ou à l'analyse et à l'interprétation des données
2) Avoir contribué à la rédaction de l'article ou à la
révision critique du contenu intellectuel
3) Avoir approuvé la version finale publiée

Cf. Uniform Requirements for Manuscripts
Submitted to Biomedical Journals
Il est précisé que :

 Participer seulement à la collecte des résultats ou
exécuter seulement les expériences ne justifie pas
automatiquement la qualification « d'auteur »

 Superviser un groupe de recherche n'entraîne pas
automatiquement la qualification d'auteur de tous les
articles du groupe


Critères de choix des auteurs (suite)
Précision de la Society for Neuroscience

 « Although researchers are strongly encouraged
to share materials such as reagents, animals, and
tissues (see 1.8), the provision of such materials
in and of itself does not constitute sufficient
grounds for inclusion as an author »

Cf. Society for Neuroscience – Authors of Research Manuscripts
http://www.sfn.org/index.aspx?pagename=responsibleConduct_authorsOfRes
earchManuscripts
 Attention à la notion de « Gift author » : il est
essentiel de ne pas mettre parmi les auteurs
quelqu’un sans l’en avertir, afin de ne pas l’engager
dans une responsabilité qu’il ne tient pas forcément à
assumer !

 Pour limiter ce genre de pratique de plus en plus de
revues demandent, au moment de la soumission de
l’article, que tous les auteurs s’engagent en signant
un formulaire spécifique
Qu’implique la notion
de « Responsabilité »
« Authorship responsability »
Exemple avec
Biology of Reproduction
« All authors must sign »
Consignes aux auteurs
 La définition des « auteurs » et les critères de choix sont reconnus
par la plupart des revues scientifiques et intégrés dans les
Consignes aux auteurs au paragraphe « Authorship »

 Extrait des consignes aux auteurs d’Elsevier :

Authorship of the Paper
Authorship should be limited to those who have made a significant
contribution to the conception, design, execution, or interpretation of the
reported study. All those who have made significant contributions should be
listed as co-authors. Where there are others who have participated in
certain substantive aspects of the research project, they should be
acknowledged or listed as contributors.
The corresponding author should ensure that all appropriate co-authors
and no inappropriate co-authors are included on the paper, and that all co-
authors have seen and approved the final version of the paper and have
agreed to its submission for publication.
Authorship vs « Contributorship »
 La notion d’auteur évolue et on parle maintenant
de plus en plus de « contributorship »
 Les rédacteurs des revues peuvent ainsi demander aux
auteurs de décrire précisément la contribution de
chacun des auteurs et le degré de responsabilité

 «Some journals now request and publish information
about the contributions of each person named as
having participated in a submitted study, at least for
original research »
Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals,
Updated October 2007
« Guarantor »
 Il est parfois difficile de prendre en compte le fait que
certains auteurs, très spécialisés, puissent être
responsables de tous les aspects du projet de la
recherche
 Les éditeurs souhaitent alors qu’un (ou plusieurs)
auteur(s) soi(en)t le garant de l’intégralité du projet

 « All persons designated as authors should qualify for authorship,
and all those who qualify should be listed. Each author should have
participated sufficiently in the work to take public responsability for
appropriate portions of the content. One or more authors should
take responsibility for the integrity of the work as a whole, from
inception to published article »
« Corresponding » author
 Le « corresponding author » a la responsabilité des
relations avec l’éditeur de la revue et fait le lien entre
tous les co-auteurs

 Il doit avertir les co-auteurs au fur et à mesure de
l’avancée des étapes de la publication : critiques des
« referees », acceptation ou rejet de la publication, etc

 Le choix du « corresponding author » se fait en
concertation avec l’ensemble des co-auteurs

 Il doit avoir une adresse « stable »
66
Comment réduire la fréquence des
problèmes d’auteurs ?
 Contestations essentiellement de 2 types:
 Différence d’appréciation du mot « substantiel » : le
cahier de laboratoire doit faire foi de la participation
de chacun
 Réel manquement à l’intégrité: ajout d’un auteur ou
plus grave « oubli » d’un auteur

 Encourager une culture de l’éthique de signatures
 Commencer à discuter de qui sera auteur et de l’ordre
des signataires avant la fin du projet, suffisamment en
amont de la rédaction et de préférence avoir une
décision collective
67

En cas de doute …
http://ori.dhhs.gov/education/products/niu_authorship/index.htm

68
Qui choisit les auteurs ?
Quand ?
Ordre des auteurs
Qui choisit les auteurs ? Quand ?
 La décision doit être prise en équipe, avant de
commencer le travail de rédaction proprement dit

 C’est en général la personne la plus « engagée »
dans le projet qui propose les noms des auteurs car
elle sait qui a fait quoi

 Il est aussi important de décider au tout début de
l’ordre des auteurs, afin d’éviter les malentendus, et
d’établir qui aura le rôle de « corresponding author »
vis-à-vis de la revue
Ordre des noms d'auteurs (1)
 Pas de règles strictes
 Varie selon les pratiques dans le domaine si la revue
ne donne pas de consignes spéciales (tel que l’ordre
alphabétique par exemple)
(cf. Rapport Académie des Sciences Janvier 2011)
 Exemple : conventions en Biologie :
 Le premier auteur : la personne la plus « engagée »
dans le travail : celle qui fait la synthèse du travail,
qui coordonne le travail de rédaction de l'article,
qui a effectué le plus de travail …
 Ensuite : par convention, le directeur du laboratoire
ou de l'équipe (s’il peut être qualifié
« d’auteur ») signe en dernier
 Entre les deux ?
Ordre décroissant des responsabilités ou ordre
alphabétique en cas de « responsabilités
équivalentes »

 On peut expliciter l'ordre des noms d'auteurs dans
une note de bas de page

 L’ordre des noms d’auteurs est à déterminer en
concertation avec tous les co-auteurs
Ordre des noms d'auteurs (2)
Liée à la notion d’auteur,
la notion de Remerciements
 Rappel des « Uniform Requirements for
Manuscripts Submitted to Biomedical Journals » :

« All contributors who do not meet
the criteria for authorship should be listed in an
acknowledgments section »
Singapore Statement on
Research Integrity 2010

 Publication Acknowledgement : Researchers
should acknowledge in publications the names
and roles of those who made significant
contributions to the research, including writers,
funders, sponsors, and others, but do not meet
authorship criteria.
75
Remerciements (1)
 Doivent être citées dans les remerciements :
 aides techniques de toute nature (personnel des
UE/IE par exemple)
 personnes ayant fourni des produits ou du
matériel expérimental (animaux des UE/IE par
exemple)
 personnes participant uniquement à une relecture
de l’article et/ou une discussion éventuelle sur le
contenu
 soutien matériel ou financier, en indiquant la
nature de l'aide
 Les personnes sont citées avec la description de
leur fonction ou contribution :
« conseiller scientifique », « analyse critique du
protocole d'étude », « collecte des données »,
« fourniture des animaux », « fourniture d’un
anticorps », « avec le soutien financier », etc…
 Toute personne remerciée doit en être avisée et doit
avoir donné son accord pour être citée
 Certains journaux (aux US principalement)
demandent maintenant que les personnes
remerciées signent aussi les formulaires de
soumission des articles
Remerciements (2)
Les remerciements peuvent désormais
se retrouver intégrés dans le WOS
 Dans le cas de remerciements « financiers », des Unités ou des
organismes peuvent apparaître dans le WOS dans le « champ » :
Funding Acknowledgement.
Exemple :
On peut ainsi prévoir à terme
une meilleure reconnaissance
des Remerciements
Droits des auteurs
en vue des dépôts futurs dans
Prodinra ou les « Archives ouvertes »
Droits des auteurs
des articles scientifiques
 Au regard du droit, l’auteur d’un article scientifique
possède des droits de propriété intellectuelle, en tant
que créateur du contenu de l’article
 Mais les revues scientifiques internationales pratiquent
le Copyright : à partir du moment où l’article est publié
dans une revue, les auteurs perdent certains « droits »
 Les auteurs doivent accepter les conditions des
éditeurs scientifiques avec lesquels ils passent contrat,
dont la cession des droits à l’éditeur : le Copyright
assignment
« Copyright assignment »
 Par ce document, le périodique s’assure que l’article
est lui-même libre de droits
 L’éditeur se prémunit des problèmes de « conflits
d’intérêt »
 Le transfert de droit s’étend aux traductions
futures et à tous supports de diffusion quels qu’ils
soient, y compris électronique
 Toute reproduction totale ou partielle de l’article est
interdite sans l’autorisation de l’éditeur
 Seuls les résumés des auteurs et les
communications orales, les posters présentés dans
des congrès, échappent à cette contrainte

Exemple de Copyright Assignment
Demande de permission au Publisher
Permissions & Reprints
 Exemple d’un journal
d’Elsevier : réutilisation d’une
figure dans un article de Brain
Research Bulletin 1982
83
Springer
84
Les noms des auteurs …
Attention … car il y a de nombreux
problèmes d’identification !
Nom des auteurs (1)
 La composition (nom prénom) et
l’orthographe des noms des auteurs doivent
être invariables dans le temps !
 Les femmes doivent faire particulièrement
attention à leurs changements de noms
éventuels ...
Garder son nom patronymique est la meilleure
solution …

Nom des auteurs (2)
 Attention aux homonymes !!!
Faire une recherche bibliographique avant la
première publication pour déterminer son nom
« d’auteur scientifique »
 Important : respecter l’intégrité du nom et des
initiales de prénom des co-auteurs
Nom des auteurs (3)
 Encore un exemple : 3 articles d’un même auteur parus sous 3
noms différents dans le WOS aux mêmes dates :
 Pajot-Augy E ; Vidic J ; Grosclaude J ; et al. On a Chip
Demonstration of a Functional Role for Odorant Binding Protein in
the Preservation of Olfactory Receptor Activity at High Odorant
Concentration. Chemical Senses 33 (8): S164-S165 (2008)
 Girard E ; Bernard V ; Minic J ; Chatonnet A ; et al.
Butyrylcholinesterase and the control of synaptic responses in
acetylcholinesterase knockout mice. Life Sciences 80 (24-25):
2380-2385 (2007)
 Hou YX; … ; Minic-Vidic J ; … Pajot-Augy E ; et al. A novel
detection strategy for odorant molecules based on controlled
bioengineering of rat olfactory receptor 17. Biosensors &
Bioelectronics 22 (7): 1550-1555 (2007)

 Difficile à retrouver dans les bases de données ... si on ne
connaît pas spécifiquement l’auteur … et sa vie personnelle
Documents de référence
 Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical
Journals
http://www.icmje.org/
 Elsevier : Publishing Ethics
http://www.elsevier.com/wps/find/intro.cws_home/publishing
 Society for Neuroscience – Authors of Research Manuscripts
http://www.sfn.org/index.aspx?pagename=responsibleConduct_authorsOfR
esearchManuscripts
 Journal of Animal Science Instructions for Authors
http://jas.fass.org/misc/ifora.shtml
 Managing Allegations of Scientific Misconduct: A Guidance
Document for Editors (PDF) de l’ORI (Office of Research Integrity)
http://ori.dhhs.gov/publications/handbooks.shtml
 La signature scientifique : Une sociologie pragmatique de
l’attribution. David Pontille, CNRS Editions, 2004
Liée à la notion d’auteur, l’affiliation …

Pour retrouver sans ambiguïté
les travaux de l’Inra dans
les bases internationales (WOS) !

Identification du laboratoire
Rappel sur les affiliations
 L’adresse figurant sur l’article est celle où a été
effectué le travail
 Les éléments de l’adresse ne doivent pas être
traduits dans une autre langue

 L’identification de l’organisme d’appartenance doit
être faite avec soin : Université, INRA, CNRS,
INSERM, etc… pour la réalisation des études
bibliométriques et évaluations diverses de plus en
plus nombreuses …
Exemple de l’adresse d’une UMR
dans le WOS de 6 façons différentes
dans la même revue en 2008 !!!
Adresses sur les publications
 Une tentative de normalisation des adresses a été
réalisée par l’OST (Projet « Normadresses ») mais c’est
difficile à mettre en œuvre !!!
 Etre vigilant dans le cadre des UMR à partenaires
multiples : mettre l’adresse de chaque organisme, une
ligne par adresse
 Conseil : « Adresses-types » à mettre en place pour
chaque Unité (à voir avec les DUs) selon les consignes
de l’organisme
94
http://www.obs-ost.fr/
normadresses.phtml

 « La reconnaissance et la visibilité internationales
des articles scientifiques qu'ils ont contribué à produire
sont désormais une préoccupation pour l'ensemble
des acteurs du système français de recherche »

 Projet, mené en collaboration avec l’ensemble des
Universités et Organismes de recherche, visant à traiter
les adresses françaises de la base bibliographique de
référence, le Web of Science, en concertation avec
l'éditeur de cette base, Thomson Reuters

Exemple adresse « multiligne »
 Exemple : l’UMR « Physiologie de la Reproduction et
des Comportements » à Nouzilly : 4 partenaires + IFR

1) INRA, UMR85, Unité Physiologie de la Reproduction et des
Comportements, F-37380 Nouzilly, France
2) CNRS, UMR6175, F-37380 Nouzilly, France
3) Université François Rabelais de Tours, F-37041 Tours, France
4) IFCE, F-37380 Nouzilly, France

5) IFR 135 Imagerie Fonctionnelle, F-37044 Tours, France

 Retranscription dans le WOS
Retranscription dans le WOS : c’est l’Université qui arrive
en tête des différents partenaires, ce qui pose problème
pour l’identification des organismes dans les analyses bibliométriques
Mauvais exemple
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Quand ?
A quel moment dois-je publier mes
résultats ?
98
Quand ? (1)
En présence de :

 résultats significatifs que l’on peut relier à
l'ensemble des connaissances déjà acquises
 résultats représentant un ensemble de données
essentielles et apportant un certain progrès dans
la connaissance
 résultats dont les interprétations ont été faites et
dont on a tiré des conclusions

99
Quand ? (2)
 Attention à la précipitation !

 Exemple : l’annonce dans Le Monde du 25 mars 2005 : « Une
plante mutante défie les lois mendéliennes de l’hérédité »
(d’après un article de Nature du 24 mars 2005 : Genome-wide
non-mendelian inheritance of extra-genomic information in
Arabidopsis, by Lolle SJ, Victor JL, Young JM, Pruitt RE, Nature
434 (7032): 505-509 2005

 Un scientifique interrogé dans Le Monde juge prudent de « ne
pas accepter tout de suite l’idée proposée … » …

« Si l’ARN caché est bien responsable de cette hérédité
particulière, il doit être possible de le trouver. Mais cela implique
au minimum une année de travail supplémentaire … »
100
Quand ? (3)
 Attention à la précipitation …
Mais ne jamais trop tarder !
 La compétition internationale est telle qu’il faut
suivre avec attention les travaux réalisés sur son
sujet ou des sujets proches : une « veille
scientifique » régulière et de qualité est
indispensable en parallèle de son travail
expérimental
 Des résultats présentés sous forme d’abstract ou de
poster lors d’un congrès-colloque scientifique
internationale doivent être publiés rapidement après
cette première diffusion
101
Article dans un périodique vs
Communication à un congrès ?
 Attention à la communication de résultats dans des
congrès/colloques
 Les communications dans les congrès sont publiées
sous différentes formes :
 Conférences en séance plénière, publiées sous forme d’articles
de synthèse
 Courtes communications orales « invitées » : publication de
courtes communications écrites, type article de recherche
 Propositions d’« abstracts » seuls (court résumé), certains étant
choisis pour être présentés en communication orale
 Présentation de « posters », publiés sous forme
d’« abstracts »

102
Rôle des communications aux
congrès scientifiques
 Congrès : lieux d’échanges et de rencontres
privilégiés


Participer à un congrès (colloque scientifique,
symposium) : opportunité pour le chercheur de
rencontrer d’autres scientifiques et de discuter de
son travail avec des spécialistes de son domaine
 Présenter un « abstract » permet de prendre date
avant la publication d’un article de recherche
 Présenter ses résultats dans des congrès « clés » est
réellement stratégique
103
« Abstract » ou courte communication ?

 La présentation de résultats à un congrès sous forme
d’« abstract » ou de « poster » n’est pas un obstacle à
la publication ultérieure d’un article de recherche…

 … mais si une courte communication est demandée
(plus de 2 pages) et si le compte rendu du congrès est
considéré comme une publication primaire : attention,
la publication ultérieure d’un article de recherche n’est
en principe pas autorisée !
104
« Abstract » ou courte communication ?
(suite)

 Important : poser un certain nombre de questions aux
organisateurs avant la soumission d’une
communication pour connaître le devenir du
« Proceeding » du congrès : comment les
communications seront-elles publiées et où ?

 Cf Guidelines Congrès ISER 2010
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Comment ? Sous quelle forme ?
Quel type d’article ou de document ?
106
Transfert de l’IST (1)
Le transfert de l’IST passe par 2 étapes :

 L’enregistrement des faits
 La diffusion des connaissances

 Plusieurs types de documents ou articles peuvent
traiter d’une même information scientifique
 Ils ne sont pas tous identiques dans le fond et la
forme, chacun jouant un rôle spécifique et possédant
sa propre structure
107
Transfert de l’IST (2)
Etape 1 - Enregistrement des faits

Publication scientifique
ou dépôt de brevet ?

Brevet d’invention « Article scientifique »

Communication à un congrès

Article de Recherche

Thèse ou Mémoires
Si les résultats d’un travail
de recherche peuvent avoir
une application industrielle,
la question du brevet
peut et doit se poser quand on
décide de publier
108
Transfert de l’IST (3)
Etape 2 - Diffusion des connaissances

Public scientifique Public non scientifique

Article de synthèse Article de transfert
Article de développement
Ouvrage spécialisé Article de vulgarisation

Ouvrage de référence Ouvrage de vulgarisation

Encyclopédie
Niveau ultime de la Connaissance
109
Les différents types de documents
Entre ces différents types de documents
scientifiques, il existe une relation
chronologique : le résultat est
la transformation d’un Résultat original en
Connaissance scientifique


L’article de recherche est l’article-clé
du transfert de l’IST …
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
L’article de recherche
111

L’article de recherche

 L’article « clé » de la
communication scientifique

 Structure classique IMRAD :
Introduction
Material and methods
Results
And
Discussion

 4 parties fondamentales
dont le rôle et le contenu
sont bien définis
112
L’article de recherche
Définition
 « Première publication des résultats d’une
recherche originale,
sous une forme telle que l’on puisse répéter les
expériences et tester les conclusions,
dans un périodique, ou autre document
facilement accessible par l’ensemble de la
communauté scientifique internationale »

(Day, In : « How to Write & Publish a Scientific Paper »)
113
Rôle de l’article de recherche

 Diffusion et archivage des résultats de la
Recherche

 Evaluation du travail des chercheurs et de la
Recherche en général
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Etapes de publication d’un article de
recherche dans un périodique
115
Principales étapes de
la publication d’un article de recherche

1. Choisir un périodique de publication : un des
principaux éléments de la « Stratégie de publication »
2. Se procurer les « consignes aux auteurs » du
périodique
3. Construire et rédiger l’article avec les co-auteurs
4. Soumettre l’article au périodique et suivre
attentivement le processus de publication avec les
allers-retours éventuels avec les referees
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Choisir un périodique
Où ? Dans quel périodique ?
117
Où publier ? Quel périodique ? (1)
 Le périodique est le support privilégié de
publication de l'article de recherche
 L’impact produit par un article sur l’ensemble de la
communauté scientifique ne dépend pas
exclusivement de sa qualité, mais également du
périodique de publication



Le choix du périodique est déterminant pour la
diffusion des résultats de la recherche
Où publier ? Quel périodique ? (2)
 Principaux critères de choix d'un périodique scientifique, par
ordre d’importance :
1. le domaine couvert et le type d'audience ou lectorat
2. le prestige ou la « notoriété »
3. la diffusion : diffusion via le Web, recensement dans les
bases de données bibliographiques
4. le fonctionnement : délais de publication , gestion des
soumissions, processus de révision par les referees, les
coûts de publication

 Données accessibles très facilement à partir des sites Web
des revues
119
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du périodique ?
1 - Domaine et audience (lectorat)
121
Choix du périodique
Domaine couvert et type d’article
 Le domaine couvert par le périodique et le type
d’article publié sont spécifiés dans les consignes aux
auteurs ou dans la partie « Aims and Scope » de la
présentation du périodique

 On peut aussi utiliser certaines fonctionnalités des
bases de données (WoS, JCR …) pour identifier /
rechercher des périodiques d’intérêt, suivre les
publications de collègues ou de concurrents …
122
 Répondre de façon objective et réaliste à la
question suivante :
 Qui est le plus intéressé par l’information que je
transmets ?
• les spécialistes de mon champ de recherche ?
• la plupart des chercheurs du domaine ?
• le monde scientifique en général ?


Choix du périodique
Audience - Lectorat
Domaine couvert (1)
Exemples :

 Soil Use and Management provides an international forum for
original papers in the field of practical uses of soil science.
Papers are accepted on the understanding that the work has been
submitted exclusively to the Journal and has not been published
elsewhere unless otherwise stated.

The Journal publishes research papers, reviews, short
communications and informed comment on the wide range of
applications of soil science. Research papers and reviews should
not exceed 5000 words (including space in tables and figures as
word equivalents) and short communications 1000 words.

Domaine couvert (2)

 Plant Science will publish in the minimum of time, manuscripts
recommended by its referees in all areas of experimental plant
biology with emphasis in the broad areas of genomics, proteomics,
biochemistry (including enzymology), physiology, cell biology,
development, genetics and molecular biology


 Molecular Microbiology publishes original research and review
articles reporting new developments in the genetics, molecular
biology and biochemistry of prokaryotic and eukaryotic
microorganisms, and covers the most important advances in
bacterial pathogenicity
125
Domaine couvert (3)



 Journal Scope
The Journal publishes research results dealing with :
the chemistry and biochemistry of agriculture and food with a focus on original
research representing complete studies, rather than incremental studies. Topics
covered include chemical/biochemical composition and the effects of processing on
the composition and safety of foods, feeds, and other products from agriculture,
including wood and other bio-based materials, byproducts, and wastes. It covers
the chemistry of pesticides, veterinary drugs, plant growth regulators, fertilizers,
and other agro-chemicals, together with their metabolism, toxicology, and
environmental fate. In addition, JAFC reports on the chemical processes involved in
nutrition, phytonutrients, flavors, and aromas.

Domaine couvert (4)
 Utiliser la commande Analyze du WoS pour identifier des
périodiques pertinents sur un sujet
Domaine couvert (5)

Infos générales sur la
revue et les catégories
thématiques associées
(de 1 à 7)
Liens de citations :
infos utiles pour
choisir une revue
de publication
 Utiliser le JCR
Citing Journal Data
Quelles sont les revues citées par une revue spécifique ?
Revues citées par JAFC
Cited Journal Data
Quelles sont les revues qui citent une revue spécifique ?
Revues qui citent JAFC
130
Type d’audience
 Pluridisciplinaire
Ex : Nature, Science, PNAS …
 Spécialisée au niveau de la thématique
Ex : Biochemistry, Plant Science, Planta
Carbohydrate Polymers, …
 Spécialisée au niveau de la technique
Ex : Applied Spectroscopy
Journal of Near Infrared Spectroscopy


131
Exemples d’audience spécifiée dans
les « Aims et Scope » du périodique
 Forest Ecology and Management :
Research Workers, Managers and Policy Makers in
forestry, natural resources, ecological conservation and
related fields
 Plant Science : Plant biochemists, physiologists,
molecular biologists and plant virologists
 Briefings in Bioinformatics is an international forum for
researchers and educators in the life sciences. The
journal publishes reviews for the users of databases and
analytical tools of contemporary genetics and molecular
biology and is unique in providing practical help and
guidance to the non-specialist …
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du périodique ?
2 - « Prestige » ou « Notoriété
133
Choix du périodique
« Prestige »
Evalué par :
 La « notoriété » dans la communauté scientifique
internationale :
 membres de l’Editorial Board, les « garants » de
la qualité du périodique
 chercheurs qui publient régulièrement dans le
périodique
 opinion générale des « pairs »
 Des indicateurs calculés sur différents critères, dont
le plus connu : le facteur d'impact
(indicateur très controversé mais largement utilisé)

Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Du bon usage du facteur d’impact
135
Le facteur d’impact
 Le plus connu et le plus utilisé des
indicateurs calculés par Thomson-Reuters
(l’ex-ISI Institute for Scientific Information) :
http://scientific.thomson.com/mjl/

 Publié chaque année, avec une série
d'autres indicateurs, dans le Journal Citation
Reports ou JCR
(accessible via le Web of Knowledge)
Accès au JCR
à partir du Web of Knowledge
WoK
WoS
137
Le Journal Citation Reports
 Couvre plus de 10 000 revues citées dans plus de 25
millions de références indexées par Thomson Reuters
chaque année :
 L’édition « Science » couvre plus de 7200 revues dans 171
disciplines
 L’édition « Sciences Sociales » couvre plus de 2100 revues dans
55 disciplines
 Il fournit en particulier, pour l’ensemble des périodiques
sélectionnés :
 le nombre d'articles publiés annuellement par
chaque périodique
 le nombre de citations reçues par les articles de
chaque périodique durant les 2 années précédentes
138
Les limites des données du
Journal Citation Reports
 Majorité des périodiques analysés sont anglo-saxons et
de langue anglaise
 Changement de titre d’un périodique : remise à zéro du
compteur …
 Il faut au moins 5 ans d’existence à un périodique pour
être reconnu et indexé dans le JCR
 Le facteur d’impact a longtemps été calculé sur 2 ans
 Depuis 2007, il est également calculé sur 5 ans
 Pas de différence de prise en compte entre un
hebdomadaire et un semestriel
Mise en garde de Thomson
« Utiliser le JCR judicieusement »
« Nous vous déconseillons de ne baser votre évaluation
d’une revue que sur les données de citations trouvées
ici. Il est très important de prêter attention aux
différents facteurs et conditions susceptibles
d’influencer le nombre de citations, en particulier la
langue de la revue, son histoire, son format, son
calendrier de publications et sa spécialité …

… Ces facteurs peuvent considérablement
influencer la façon dont ces revues sont citées et
doivent êtres sérieusement pris en compte lors de
l’analyse comparative de revues dans JCR. »
140
Le facteur d’impact
Définition
 Le facteur d’impact (FI) représente, pour une année
donnée, le rapport entre le nombre de citations sur le
nombre d'articles publiés par un journal, sur une
période de référence de deux ans
 Exemple :



Le FI mesure la fréquence moyenne avec laquelle
l'ensemble des articles d’un journal est cité pendant
une durée définie

Nbre citations en 2009 des articles
publiés en 2007 et 2008
Nbre d’articles publiés en 2007 et 2008
IF 2009
=
PVN - ED SST Tours -
Avril 2010
141
Le facteur d’impact
Exemple

 En 2008, « Nature » a eu un facteur d’impact de
31,434

 Donc, les articles de Nature publiés en 2006 et 2007
ont été cités en 2008 en moyenne un peu plus de 31
fois chacun

Le FI est fluctuant
« Top 10 » – JCR Science 2008
1. CA – A Cancer Journal for Clinicians 74.575
2. New England Journal of Medicine 50.017
3. Annual Review of Immunology 41.059
4. Nature Reviews Molecular Cell Biology 35.423
5. Physiological Reviews 35.000
6. Reviews of Modern Physics 33.985
7. JAMA-Journal of the American Medical 31.718
Association
8. Nature 31.434
9. Cell 31.253
10. Nature Reviews Cancer 30.762



Synthèse
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Hebdo
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Hebdo
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Synthèse
Hebdo
1. CA – A Cancer Journal for Clinicians 87.925
2. Acta Crystallographica Section A 49.926
3. New England Journal of Medicine 47.050
4. Nature Reviews Molecular Cell Biology 42.198
5. Annual Review of Immunology 37.902
6. Physiological Reviews 37.726
7. Chemical Reviews 35.957
8. Nature 34.480
9. Nature Genetics 34.284
10. Reviews of Modern Physics 33.145





Le FI est fluctuant
« Top 10 » – JCR Science 2009
144
Attention à l’utilisation
du facteur d’impact !

 La valeur du facteur d'impact va de 0 à un maximum
variable : > 80 (en 2009)
 Ce chiffre maximum varie d'une année à l'autre :
• 58,286 pour Clinical Research en 1995
• 46,233 pour Annual Review in Immunology en 2001
• 54,455 pour Annual Review in Immunology en 2002
• 74,575 pour CA – Cancer J Clin en 2008
• 87,925 pour CA – Cancer J Clin en 2009
Attention à l’utilisation du facteur
d’impact !
 Un relativement faible pourcentage de
périodiques a un facteur d'impact > 3
 Exemple : sur l'année 1994, le facteur d'impact variait
entre 0 et 57,778 mais seulement 8 % des
périodiques (335 sur 4445 analysés) avaient un
facteur d'impact supérieur ou égal à 3,008 !
Source :
Magri MH et al., 1997. In : «L'information scientifique et technique :
nouveaux enjeux documentaires et éditoriaux». Colloque INRA, 21-23
octobre 1996, Tours, © 1997 INRA, Paris

 En 2008, 6620 périodiques ont été indexés dans le
JCR et 1154 ont un FI > ou =3, soit 17,43 %
Figure 1. Groupes de revues
déterminés à partir
du box-plot du facteur
d'impact* des 4445 revues
du SCI JCR 1994 et
nombre de revues hébergées
dans ces groupes (%).
(Magri et al., 1997)
Distribution de fréquence du
facteur d’impact représentée
en box plot*
148
Utilisation du facteur d’impact
Notion de Subject Category

 Il faut comparer des choses comparables : il ne faut
pas considérer le facteur d'impact d'un périodique en
tant que donnée brute, mais replacer le périodique
dans son domaine scientifique
 Quand on veut « évaluer » un périodique, il faut le
comparer avec les périodiques du même domaine
 L'ISI a classé les périodiques scientifiques par
domaines scientifiques les « Subject category » du
JCR (176 disciplines en 1994 , 173 en 2008)

149
Le facteur d’impact (suite)
 Un même périodique peut appartenir à 1, 2, 3 ou 7
domaines différents …et les domaines ne sont pas
comparables entre eux, ni sur le champ scientifique, ni
sur l’importance « quantitative » qu’ils représentent
Subject Category JCR 2008 JCR 2009
Nbre de
titres
FI max Nbre de
titres
FI max
Allergy 17 9.773 21 9.165
Food Science and Technology 107 4.154 118 4.356
Plant Sciences 156 22.192 173 23.460
Polymer Science 73 16.819 76 23.753
Biochemistry and Molecular Biology 275 31.253 283 31.152
Réorganisation de catégorie (1)
Catégorie « Environmental Studies » : 52 périodiques en 2006
Réorganisation de catégorie (2)
Catégorie « Environmental Studies » : 160 périodiques en 2007
152
Le facteur d’impact (suite)
 En 1994, la valeur maximale du facteur d'impact
était pour les catégories suivantes :
 Behavioral sciences : 3,79
 Biochemistry & Molecular Biology : 42,169
 En 2001 :
 Behavioral sciences : 17,312
 Biochemistry & Molecular Biology : 31,639
 En 2008 :
 Behavioral sciences : 12,818
 Biochemistry & Molecular Biology : 31,253

JCR en ligne
Accès par journal ou Subject Category
Positionnement des revues avec une analyse en box-plot basée sur
la distribution des FI dans une Subject Category (dérivé des travaux
de MH Magri, Inra) : classement par quartiles
Nouveautés à partir du JCR 2008
En 2009, JAFC a un facteur d’impact
de 2.469.
Q4
Q3
Q2
Q1
5 valeurs statistiques :
Q25, Q50, Q75,
intervalles interquartile
(Q75-Q25) inf. et sup.
155
Pour conclure …
En 1994, le concepteur du facteur d’impact
Eugene Garfield a dit :
« Dans le cas d'une évaluation académique,
il est parfois inapproprié d'utiliser l'impact
d'un journal pour estimer la fréquence
attendue de la citation d'un article publié. La
fréquence de citation des articles d'un
même périodique, pris individuellement, est
tout à fait variable »

E. Garfield. Citation Comments : The Impact factor.
Current Contents N°25, 20 juin 1994
156

Il a ajouté en 1999 :
« Impact factor is not a perfect tool to measure
the quality of articles but there is nothing
better … »
Garfield E., 1999. Journal Impact factor : a brief review. Canadian
Medical Association Journal 161, 979-980

Depuis d’autres indicateurs sont apparus
comme le Eigen Factor et l’Article Influence.
Ces deux nouveaux indicateurs sont fournis par
The Eigenfactor Project™ (projet à but non
lucratif) et accessibles via le JCR
www.eigenfactor.org

Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Choix du périodique ?
3 - Diffusion et fonctionnement
158
Choix du périodique
Diffusion du périodique

Diffusion d’un périodique estimée par :
 son signalement dans les bases de données
bibliographiques (Web Of Science, Current Contents,
Medline, CAB, etc…)
 sa diffusion via Internet : impact important du libre
accès
 plus anecdotique : sa présence dans les
bibliothèques scientifiques et universitaires (à voir sur
les sites Web des bibliothèques) et sur les « plate-
formes » d’accès des organismes de recherche ou des
BUs

159
Choix du périodique
Signalement dans les bases de données
 Critère important
Exemple : Journal of Agricultural and Food Chemistry






 Vérifier la présence du périodique dans les bases de
données utilisées couramment
Choix du périodique
Diffusion en Libre accès ?
 Gain de temps : cycle de publication sensiblement raccourci
 Gain de citations ?
 Cf. The effect of open access and downloads (« hits ») on
citation impact: a bibliography of studies
http://opcit.eprints.org/oacitation-biblio.html
 Problème du coût de publication :
 Modèle auteur-payeur : les frais administratifs du « peer
review » et de la mise en ligne sont à la charge de l’auteur ou de
son employeur
 Plusieurs modèles :
• OA immédiat : l’intégralité des contenus est diffusée gratuitement
dès publication (Ex : PLoS Biology)
• OA optionnel : une partie seulement des contenus sont
immédiatement accessibles contre des frais de publication (choix
des auteurs) (Ex : Springer’s Open Choice, OUP’s Oxford Open
schemes …)


Ware, M.; Mabe, M.- 2009. The stm report : an overview of scientific and scholarly journal publishing.
Oxford : International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers
http://www.stm-assoc.org/2009_10_13_MWC_STM_Report.pdf
162
Choix du périodique
Fonctionnement
 Caractérisé par :
 le procédé de contrôle des manuscrits (avec ou
sans « referee »)
 les délais de publication : beaucoup plus courts avec
les périodiques « tout électroniques »
 la précision des consignes aux auteurs
 la périodicité de parution (hebdomadaire, mensuel,
trimestriel)
 les coûts de publication : problème majeur des
périodiques en libre accès
Processus de publication d’un article de
recherche dans un périodique
Suite … Les consignes aux auteurs
Etapes et exemple de timing du
processus éditorial
Source : Gaillard, M.- Communication écrite. Rédiger et publier un article
scientifique. Ecole Doctorale des Sciences de la Mer. Novembre 2009
165
Les consignes aux auteurs
 Dès que l’on a choisi son périodique de
publication, on se procure les consignes ou
instructions aux auteurs

 Contiennent 3 grands types d’information :
 politique du périodique
 procédure de préparation du manuscrit et
les conditions matérielles à remplir
 rappel des conventions internationales à
respecter dans le domaine
Exemples de consignes aux auteurs
Journal of Agricultural and Food
Chemistry
http://pubs.acs.org/paragonplus/submission/jafcau/jafcau_authguide.pdf
167
La soumission …
 Vérifier que l’ensemble est en accord avec les
consignes aux auteurs
 Rédiger un mail d’accompagnement avec :
• références du manuscrit : titre, auteurs
• description succincte du contenu et motivation
• coordonnées d’un « correspondant »
 Constituer l’envoi (électronique ou papier) avec :
• lettre (mail) d’accompagnement
• accord des co-auteurs et des personnes remerciées
• transfert de copyright (transfert de droit)
168
De la soumission … à la diffusion
Le rôle de l’éditeur
 Vérification de la conformité du manuscrit par le
secrétariat d’édition
 Choix des lecteurs-arbitres (ou «referees») par l’éditeur
du périodique et envoi de l’article pour avis
 3 cas possibles :
 acceptation pure et simple (rare)
 acceptation après corrections
 refus
 Si corrections, allers-retours entre les auteurs et le
périodique
 Préparation finale du manuscrit pour l’impression
et/ou la diffusion électronique
 Correction des épreuves
 Impression / diffusion
Processus éditorial
Statut du manuscrit
 Pre-print : version “auteur” de l’article soumis
à la revue




 Post-print : version validée par la revue mais
non mise en forme par la revue : l’auteur
garde ses droits sur cette version




 Article : version publiée par la revue
Travail éditorial : comité de lecture
Travail éditorial : mise en forme
Le travail du « referee » ou « peer-
reviewer » d’un article de recherche
171
Guide du « peer-reviewer » (1)
 Respecter des règles de déontologie : ne pas
citer un manuscrit avant qu’il ne soit publié, ne
pas utiliser l’information avant sa publication
 Adopter une attitude positive et impartiale
 Ne pas juger un travail si on ne s’en sent pas
capable : le retourner à l’éditeur
 Respecter les délais de renvoi des
commentaires
 Ne pas discuter de l’article avec les auteurs
172
Guide du « peer-reviewer » (2)
 Prendre en considération les aspects suivants :
 Importance de la question ou du sujet traité
 Originalité du travail
 Pertinence :
• de l’approche expérimentale
• des techniques expérimentales, y compris l’analyse
statistique
• de la discussion
• Justesse des conclusions et des interprétations
 Clarté de l’expression écrite et justesse de
l’organisation de l’article
173
Guide du « peer-reviewer » (3)
 Ecrire ses commentaires en se mettant à la
place de l’auteur : les critiques doivent être
« dé-passionnées », éviter les remarques
désobligeantes
 Suggérer des révisions possibles en
distinguant ce qui est essentiel et ce qui peut
être accessoire
 Les critiques, arguments et suggestions seront
utilisées par l’éditeur si elles sont clairement
documentées
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Le brevet
175
Le brevet d’invention
Définition
 « Titre légal, délivré sur demande, par un
service public d’un état (INPI),
qui décrit une invention
et crée une situation juridique selon laquelle
l’invention brevetée ne peut normalement pas
être exploitée sans l’autorisation du propriétaire
du brevet »

Définition INPI : « Institut National de la
Propriété Industrielle »
http://www.inpi.fr
176
Les critères de brevetabilité
 On ne peut breveter qu’une « invention »,
c’est-à-dire la solution technique à un problème
technique
 Selon la loi, sont brevetables :
 les inventions nouvelles
 impliquant une activité inventive
 et susceptibles d’application industrielle
 Les 3 conditions sont nécessaires et doivent
être impérativement réunies
177
Rôle d’un brevet

 Le brevet confère à son titulaire un droit
exclusif d’exploitation : moyen de protection
légale de 20 ans

 Source éventuelle de finances
 Source d’information technique :
• très complète
• dense : pas de détails inutiles
• à jour au moment de la demande
178
Structure d’une demande de brevet
 Une requête sur un formulaire INPI, avec noms
des inventeurs, du déposant, codes divers
 Une description détaillée de l’invention
 Des dessins, si nécessaires
 Des revendications : propositions expliquant ce
que l’inventeur estime constituer les
caractéristiques nouvelles de son invention
 Un abrégé ou résumé concis
179
Erreurs à éviter !
 Divulguer l’invention avant le dépôt de la
demande.

 Tarder pour déposer une demande de
brevet en cas de concurrence internationale.

 Négliger de vérifier que l’invention est
brevetable !
180
Le brevet d’invention
Pour plus d’information : cf le site de l’INPI
http://www.inpi.fr
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Communications à des congrès,
colloques, symposiums, …
182
Communications aux
congrès scientifiques
Sous différentes formes :
 Conférences en séance plénière, publiées sous
forme d’articles de synthèse
 Courtes communications orales « invitées » :
publication de courtes communications écrites,
type article de recherche
 Propositions d’« abstracts » seuls (court résumé),
certains étant choisis pour être présentés en
communication orale
 Présentation de « posters », publiés sous forme
d’« abstracts »
183
Structure d’un « Abstract » de congrès

 Entre 250 et 500 mots

 Un titre
 Une phrase d'introduction sur le problème
posé
 Le matériel et la méthode utilisés en bref
 Les résultats essentiels
 Une phrase de conclusion

184
Posters
185
Le « poster » scientifique
 Les sessions « posters » sont de plus en plus
nombreuses lors des congrès pour faciliter
la diffusion des informations et donner
l’opportunité de contacts personnels avec
les auteurs
 Le poster est avant tout un support de
communication « visuel » qui a une valeur
informative très temporaire : le temps du
congrès !


Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
L’article de synthèse ou « Review »
187
L’article de synthèse
Définition
 Résume, analyse et/ou synthétise des résultats
originaux déjà publiés dans des articles de recherche
(Woodward, 1974)
 Ne contient pas de résultats originaux, mais une
réflexion originale sur les travaux antérieurs
 Paraît dans des ouvrages spécialisés (chapitres
d’ouvrages) ou des publications spécifiques, dans des
périodiques spécialisés ou sous la rubrique
« Review » des périodiques
 Souvent caractérisé par de nombreuses références à
des articles de recherche
188
Structure de l’article de synthèse
 Un titre
 Un plan (facultatif)
 Une introduction
 Différents chapitres ou parties, en fonction de
l'information à transmettre
 Une conclusion
 Une liste de références bibliographiques
189
Rôle de l’article de synthèse
 Critique, évaluatif, interprétatif, spéculatif ou
« état de l’art » : il permet au chercheur de faire
le point des connaissances sur un sujet

 Déterminant en matière d’Information
Scientifique et Technique car il permet le
transfert des Idées et de la Connaissance

190
Comment publier un article de synthèse ?
 L’article de synthèse est souvent fait à la
demande d’un éditeur d’un périodique
scientifique à un spécialiste du sujet …
 … mais on peut proposer un article de
synthèse à un périodique … avant de
commencer à l’écrire
 On peut valoriser la partie « analyse
bibliographique » de sa thèse en article de
synthèse publié
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Autres types d’articles
192
Autres types d’articles (1)
 « Briefs communications » ou « Short
communications » : idem à des articles de
recherche mais concernant des résultats
nécessitant une publication courte et rapide.
Publications soumises à l’acceptation de
certains périodiques
 Cas clinique : en médecine essentiellement
Il a pour but de rapporter une observation et
de la commenter brièvement
193
Autres types d’articles (2)
 Editorial : écrit à la demande du comité de
rédaction d’une revue par un auteur qui fait
autorité sur le sujet, en donnant librement son
opinion
 Lettre : adressée à l’éditeur d’une revue dans le
but d’être publiée. Une lettre concerne en
général soit un commentaire à propos d’un
article publié, soit une réponse ou une opinion
contradictoire suscitée par un article
194
Les articles de transfert
 Articles de développement : pour les techniciens et
professionnels du domaine, publiés en français, dans
des périodiques « techniques »
 Articles de vulgarisation à destination du grand
public : la vulgarisation est le fait d’adapter, en les
simplifiant et en les expliquant, un ensemble de
connaissances scientifiques, techniques ou autres,
de manière à les rendre accessibles à un non-
spécialiste

 Ne constituent pas à proprement parler des articles
scientifiques « validés », mais sont basés sur des
résultats scientifiques publiés
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
La thèse
196
Le document « thèse »
 Compte rendu d’un travail de recherche en vue
d’obtenir un diplôme

 Résultat d’une réflexion et d’une recherche
individuelle

 Une thèse ou un mémoire peut traiter de
plusieurs sujets
197
Structure d’une thèse « classique »
 La page de titre
 Le résumé ou synopsis
 Des mots-clés
 Les remerciements

 Un sommaire ou table des matières

 Différents chapitres ou sections qui suivent les
règles de rédaction des articles de recherche
...
198
Corps de la thèse ou du mémoire
 Introduction : situe la problématique étudiée
et résume la structure de la thèse
 Analyse bibliographique du sujet :
équivalent à un article de synthèse
 Matériel et méthodes
 Les différents résultats : présentation et
analyse de l’ensemble des données
 Discussion générale sur l’ensemble des
résultats
 Conclusion : objectifs futurs
 Liste de références bibliographiques
199
Thèse « sur articles »
 Les articles publiés ou « sous presse »
constituent le corps de la thèse

 Ils sont précédés d’une introduction générale
présentant l’ensemble des travaux réalisés et
suivis d’une discussion générale présentant
les perspectives de recherche induites par ces
résultats
200
Règles de rédaction de la thèse

 Même règles de rédaction que pour les articles de
recherche

 Seule différence : on n’est pas toujours « guidé » par
des consignes aux auteurs précises pour la rédaction

 Un guide sur Internet (rubrique : Diffusion des thèses)
http://www.sup.adc.education.fr/bib/Acti/These/guidoct.rtf
201
Diffusion électronique des thèses
http://tel.archives-ouvertes.fr/

202
Quelques éléments de bibliographie
 CBE style manual, 5th edition. A guide for authors, editors, and publishers in
the biological sciences (1983). Council of Biology Editors, Inc. Bethesda,
Maryland. 324p.
 Day R.A. & Gastel B. (2006). How to write and publish a scientific paper, 6th
edition. Greenwood Press, USA. 211p.
 Lindsay D. (1996). A guide to scientific writing. Manual for students and
research workers. (2nd Ed) Longman Cheshire, Melbourne. 120 p.
 Matthews J.R., Bowen J.M., Matthews R.W. (1996). Successful scientific
writing : a step-by-step guide for the biological and medical sciences.
Cambridge University Press. 181 p.
 Davis M. (1997). Scientific papers and presentations. Academic Press, San
Diego. 296 p.
 Malmfors B., Garnsworthy P., Grossman M. (2005). Writing and presenting
scientific papers. 2nd Edition. Nottingham University Press.

Et participation aux congrès et Workshop suivants :
- «Writing and presenting scientific papers » : Workshop in advance of the
Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Août
2001, Budapest.
- Fourth International Congress on « Peer Review in Biomedical Publication »,
14-16 septembre 2001, Barcelone.
- « Scientific Writing Workshop », David Lindsay, Mai 2003 et Octobre 2005,
Nouzilly.
Séminaire de l’Ecole Doctorale SST
Université François Rabelais de Tours
Avril 2011
Merci de votre écoute
patricia.volland@tours.inra.fr